5P6IA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 279
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6iA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6iA01
3OQDA 5OZKA 2ER6E 2B8LA 3URLA 1G2KA 3SLZA 2HM1A 3BGBA 3MXDA 1G0VA 5P5HA 3EKPA 1NH0A 1YT9A 1ZTZA 1E82E 2QU3A 4OBZA 4ER1E 1XE6A 3KDDA 3PVKA 1B6LA 1K6TA 3OTSA 1GVUA 4PYVA 2NMYA 3OQKA 4R92A 3PSGA 4DQCA 1YM4A 4Y57A 2CEMA 2BJUA 5P2TA 4Y3XA 4YD6A 1EAGA 1GVTA 5P4SA 1GVVA 4ZSPA 2A1EA 3OUDB 5EZXA 2QMFA 5P0FA 4DQHA 1HPXA 5P1GA 4LAPA 5P0ZA 5P09A 4COEA 5I3VA 1PSNA 3R1GB 1T3RA 2OHQA 5DR4A 3Q6YA 4Y51A 2HS2A 4QJ6A 3PCZA 3UQXA 2I1AA 2OHRA 4OD9A 1D4HA 1D4IA 1META 5AH6A 3AUPA 5P78A 1HPSA 4J1EA 3S53A 5P3AA 3SA5A 2B7ZA 3BGCA 1HTGA 3H0BA 5P47A 5P2LA 4YE3A 1TQFA 3T3CA 3C9XA 4D8CA 4J1FA 1LYAA 5P14A 2MIPA 2XFJA 5P5CA 2F3EA 4Y3MA 1CPIA 2V12C 3LPKA 5AHCA 2G27A 3QVCA 1IZEA 2PH8A 3VCMA 3N3IA 5J25A 2RSPA 4Y4GA 2AQUA 2VJ7A 2HB4A 5P07A 4FLGA 5P64A 4LHHA 4Y5LA 1W5WA 3ZKXA 1BAIA 5P6NA 5P51A 1VIKA 5P3YA 5P85A 2HS1A 3OK9A 5OZEA 3APPA 2G22A 2IKOA 2PSGA 5P8GA 1GKTA 3PBZA 1SP5A 3O9GA 4EP3A 4Y3PA 3CKRA 2Q11A 5HDUA 5P7BA 2QD6A 2QNPA 4TVGA 2VA6A 1HVLA 1YTJA 3QROA 2ZYEA 3HAUA 5IVSA 3L38A 5P0DA 4Y3SA 3BUHA 3OADA 4CP7A 4Y39A 4CMSA 6UPJA 4PPHA 4Y56A 3SACA 4EQJA 4NPUA 4AMTA 3BUGA 5P59A 1XDHA 4OBZB 2OHKA 4Y3QA 3IVHA 3ZKMA 1YG9A 3PI5A 1MSNA 5P84A 1YX9A 1FG8C 5P2XA 1C6ZA 3ZLQA 4JP9A 3EBZA 5P3CA 5P63A 5P5FA 1DIFA 5P3TA 2UY0A 1LF3A 4Q1WA 5P0YA 5ER1E 2ZJHA 1CZIE 2BBBA 4J54A 2WEBA 3QRVA 4RGHA 3PLLA 5P8EA 2P3BB 1A9MA 3APRE 2VNMA 4AA8A 4Y58A 5DR0A 1UH9A 5I3YA 2AODA 4H3IA 2FGUA 3UDHA 5P1VA 4R5NA 3PM4A 2WF1A 1DP5A 3EC0A 5P3PA 1LZQA 4B05A 2VIZA 4ER4E 2IGXA 3K5DA 3SA7A 4OD9B 3WSJA 5P7UA 3G72A 5HU1A 3OY4A 3DUYA 5DGUA 2O40A 5OZNA 3QRSA 4CKUA 2XFKA 5P5AA 1FFIC 1GNOA 5P0XA 3NWXA 1MRXA 3LZUA 1ZPAA 4RZ1A 3MSLA 6FIVA 3SKFA 1LYAB 4Y37A 2R3WA 2QHYA 2FMBA 3CIBA 4GJDA 2P83A 2PH6A 3IN4A 5OZPA 5ISJA 3TPPA 5P38A 4YD5A 1ZP8A 4DJOA 4RRNA 3CICA 4EJDA 5P75A 5JFPA 1HVRA 2Q15A 2AOHA 5OZHA 2G1SA 4WY1A 4BFDA 2B8VA 3PHVA 3CKTA 3OXXA 2HB3A 2QMPA 5P83A 4Q5MA 3TPRA 1EBZA 2VIJA 5P6TA 4GIDA 3HBOA 1HHPA 4MC6A 4Y4UA 1KJ7A 3VYFA 2OHMA 3KN0A 8HVPA 1KZKA 1EC0A 2AOGA 2R5PA 4Q1NA 2QAKA 1EBKC 2AVMA 5P7LA 1HVKA 4N00A 3OUCA 3KM4A 4I10A 3BVAA 3JW2A 3PGIA 3KFRA 4Q1YA 4Y5BA 4TRZA 4RCDA 5APRE 1EPME 4X2LA 3N4LA 4FCOA 2ZDZA 3KT2A 3UHLA 4RLDA 2V11C 2P3AA 5P2NA 3OADB 5P3LA 4YCYA 3G6ZA 5P37A 2IDWA 3NDTA 5P46A 4J0ZA 4Y3HA 1B6MA 5P6HA 1OEWA 4HDBA 3QP0A 1AJXA 4MC2A 4RVJA 5P0WA 5P3HA 3VSXA 5I3WA 3DOXA 5HU0A 5P67A 5P4YA 4OBJA 3EMYA 2JJJA 1TCXA 4Y5GA 5P55A 4DJQA 5P5UA 5P7PA 4Z4XA 1TCWA 3PMUA 5P5BA 5P0BA 5OZ5A 4JECA 5HDVA 1VIJA 3PEPA 5P8RA 2WECA 4GJ7A 4GJ6A 4J1KA 5ISKA 5F01A 3CMSA 4M8XA 3VFAA 1EBYA 1MTBA 1APUE 5P13A 2BB9A 4Y5PA 5P17A 3VV6A 3QS1A 5P72A 2HB2A 1LYBA 3S8IA 1PSAA 1AAQA 1ZBGA 2ZHVA 3NXNA 4RCEA 5P24A 3S2OA 5P4RA 5P6WA 2AZ8A 4J0PA 3T6IA 2OAHA 4QGIA 3EXOA 3L5CA 5P79A 4ZLSA 1W51A 2NTRA 2JXRA 1EC1A 1D4YA 5P5WA 2P3DA 5OZJA 1UH7A 3WZ7A 5P8LA 3O9BA 4OBGA 4Y9WA 2AOFA 3TH9A 1MESA 4FRSA 1B11A 5BWYA 1Q9PA 3R2FA 5P15A 5SZ9A 3PBDA 1M0BA 1A94A 1K2BA 1BVEA 3H5BA 2HAHA 4D85A 3PWRA 5P4LA 1SMEA 5P81A 1W5XA 4ZPEA 5P4ZA 2ZJMA 4FL8A 4Y47A 4CPRA 4J1CA 5P4WA 4E43A 3F9QA 3RVIA 2NXDA 3MWSA 5OZQA 5P4AA 3UQRA 1HSHA 1W6IA 5DR1A 3HVGA 1OD1A 1HTRB 5P8KA 3GGXA 5P7SA 1PPME 3A2OA 5P50A 3UDJA 3CKPA 5AH7A 2OHLA 3DM6A 5CLMA 1K6VA 2PMAA 5P76A 5P8SA 4KUPA 3U7SA 4Y4ZA 4Y4EA 4ZSQA 5OZDA 4HVPA 2WEAA 5ENKA 5HD0A 2BPXA 3UDYA 5P6YA 1K6CA 3S85A 3CYXA 3IN3A 5P1JA 6APRE 3RTNA 3QIHA 1IZDA 3OUBA 5P82A 3UQUA 1WBMA 3KFNA 2PYNA 4Y4AA 4FRIA 1BXQA 5P7AA 2Q3KA 3LZYA 2ZE1A 4K9HA 4A4QA 5P62A 2ZHSA 4Y50A 1BWBA 3ER5E 4ACXA 5HTZA 4MC9A 4L7HA 4Y3NA 5P0NA 4GYEA 5KR8A 1FF0C 4L1AA 1XN3A 5P5OA 3VYDA 3Q3TA 1KJGA 2Q63A 1LYBB 5P7QA 5P5NA 4EJ8A 3VUCA 4GB2A 5DGWA 5KQFA 2JYSA 5OYRA 3NWQA 3VV7A 5P1YA 4DH6A 5P5MA 3VV8A 5OZZA 1D4SA 3TTPA 5P6GA 3LIZA 3VLAA 5P1XA 5JFUA 5P8QA 1BBSA 5P5KA 1MIQA 1UPJA 5P89A 1OEXA 3EKXA 3SAAA 4NJVA 4Y5NA 5OZRA 5P2IA 2AVQA 3K5GA 3PCWA 3OAGA 3DCRA 4I0EA 4YDFA 3OU3A 5AHBA 1QS8A 2WF4A 2V16C 5KR2A 5OZUA 3TNEA 1AM5A 1ZJ7A 4Y4TA 5P2WA 3BXSA 1YTGA 3VYEA 5P3VA 2VNNA 5P4XA 3OU4A 5P71A 5P3MA 3PB5A 3EKTA 5OZ9A 4K4RA 5CONA 4Y43A 4HE9A 1HXWA 3KF0A 3QBFA 4Z22A 1HPOA 1APVE 5JODA 3I8WA 4NJUA 2G20A 1B6KA 4I0IA 4FE6A 2XFIA 5P8HA 5KR0A 4JPCA 5AH8A 5DR3A 3GI4A 3NU3A 4EJLA 2FNTA 7HVPA 3TKWA 3KMXA 1BV7A 1YTHA 5P42A 3I25A 5P1KA 2QI5A 5OYZA 3NU4A 5P60A 5P06A 1SBGA 2Z4OA 3L3AA 4Y6MA 1T6EX 3O9FA 5P3NA 3QAAA 1EPQE 1IDBA 5COOA 3RTHA 3SA3A 5P73A 4TRWA 4OBHA 4Y3EA 4EQ0A 1FQ8A 5P6IA 1HRNA 2UXZA 5P4EA 3KA2A 3R0YA 3VF7A 4ER2E 2NXMA 4OC6A 2QNQA 2G69A 2RMPA 3PRSA 3UQPA 1DW6C 5P1EA 1IVPA 3RU1A 2F8GA 2I4QA 3IGBA 3TOGA 1XN2A 2QI7A 3Q4BA 5OYXA 2FS4A 3SM2A 5P1BA 5P30A 3OXWA 2Q5KA 1B5FA 4L1AB 1HXBA 5P1AA 1A30A 5P1RA 3S54A 3UTLA 4B1DA 4DQGA 4FGXA 4Y3ZA 5E5JA 4EYRA 4YA8A 1LF2A 4YHQA 4Y36A 5P5GA 1QDMA 4Z2ZA 1QRPE 4YBFA 3VLBA 3EL4A 4I0GA 5P3BA 4H3JA 4YD7A 2O4LA 5P6AA 1EPRE 1D4KA 3OUAA 4Y3JA 2AZ9A 5P58A 1SDVA 5P4CA 1C70A 4K4PA 2PC0A 2BPWA 5C9DA 2RENA 3OAGB 3IXOA 2B42A 3SQFA 3PWWA 1FLHA 1QBTA 4QJ9A 1J71A 1HVIA 5P8UA 3S7LA 5P0GA 3BC4A 4L7GA 5P7EA 5P2KA 3NXEA 1BXOA 4KE1A 5P8DA 4CPTA 3FV3A 5P4UA 1LYWA 2V0ZC 3OU4B 5P3QA 1EPLE 3GGAA 1APTE 4GJBA 5P74A 1A8GA 2I4VA 5P6JA 1EPNE 3O9LA 5OZWA 2XYFA 2I4WA 4EHCA 1SH9A 4YDGA 3RTMA 4H3GA 4DPFA 2OF0A 1KJFA 1PFZA 5P7CA 1ZSRA 4X7IA 4YD4A 3AIDA 3ZKNA 4NPTA 5P5VA 3PSYA 5P34A 4BEKA 4DJYA 7UPJA 5P0JA 1AVFA 1BDLA 1D4LA 5ENMA 3JVWA 3B80A 2V13A 2CENA 2G94A 5P6VA 2NXLA 5HDZA 1KJHA 3KYRA 3O9DA 5P1SA 5P54A 5P3FA 5P1NA 1SIVA 5P7GA 4D83A 1GVWA 5P7FA 1AXAA 4DI2A 2OHUA 1MERA 5P2ZA 5JG1A 5P4HA 4Y4JA 4OC6B 4PZWA 5DQ5A 4DFGA 3LIYA 1HEGE 2B60A 5P40A 2PWRA 3IVIA 5P7OA 3SPKA 2ZHRA 2Q64A 5P1UA 1NSOA 1B5FB 5P6BA 1HOSA 1ODWA 1RL8A 4B70A 1E80E 3LINA 4F76A 4FAFA 3O9EA 4YCTA 4FIVA 5P36A 3NR6A 4U7VA 5P5PA 5I70A 4BELA 4LC7A 3ZL7A 1GNMA 3L58A 3PI0A 3LNKA 5P2CA 3ER3E 2PSVA 3B7VA 4J0YA 5P0RA 5P8PA 5OZXA 5OYYA 5OZAA 2AVSA 1M43A 3CIDA 2QU2A 4IVTA 5DR7A 2IQGA 2BPZA 1AIDA 2F81A 4Y3TA 1PPLE 3EKVA 3T7PA 1RV7A 2IRZA 2R9BA 5P80A 3T7XA 3TOHA 1A8KA 1QBUA 5OZMA 3ZOVA 1MT8A 5P2VA 1E81E 1QBRA 1E5OE 1EC2A 1ZPKA 1FMBA 3SO9A 4JPEA 3CYWA 4GMIA 5P41A 3D91A 1LYWB 2Q54A 1UH8A 4Y3RA 3I6OA 2HIZA 1BVGA 2F80A 5F00A 3ECGA 1B6JA 4GZFA 2ZJIA 3BUFA 4NJTA 5OYQA 4FM7A 4LXKA 3R4BA 1XE5A 5OZ6A 5P32A 4AUCA 3D1XA 2WL0A 3GGVA 2G1OA 4ZPFA 2QCIA 3MSKA 2QI0A 2OHSA 1EBWA 4H3FA 5P0UA 4B1EA 3EL5A 5P45A 5P08A 3FNSA 5P49A 5P53A 4B1CA 5P6MA 2ANLA 2G24A 2IL2A 1W5YA 3K5CA 4MC1A 1BDRA 2NNKA 3EKQA 2BKTA 5PEPA 5P0SA 4Y3WA 5P0IA 3MXEA 1ODYA 1W50A 4Y3GA 3NUOA 1Z1RA 2FIVA 2Q55A 3ZKIA 5P0HA 5P6QA 3HDKA 4Y4WA 4KE0A 5P4TA 3S56A 4K4QA 5P1PA 1SDUA 2QI4A 2HPFA 3WZ8A 2G1RA 5AGZA 1C6XA 3QI1A 5P7KA 2AVVA 3EM3A 1FQ7A 2PYMA 5P4IA 5P3SA 5P77A 5SY2A 1BWAA 1LV1A 3QPJA 4HEGA 3R0WA 3O9AA 3LHGA 1ENTE 5P43A 3UFLA 3LPIA 5DR8A 3LIQA 5P8IA 3OU1A 4Y5EA 5OZCA 5P88A 4Y3FA 5P5RA 3FIVA 2AZBA 2Z54A 2V00A 5P25A 4BFBA 4QJ2A 3BHEA 5P2DA 2ZJKA 5P11A 1XS7D 5OZ4A 5P3RA 3K4VC 5P7RA 4TRYA 3NSHA 1MUIA 4XXSA 4F74A 5IVRA 5P57A 2NR6A 3KFSA 3LIVA 5OZLA 4YOBA 3OQ7A 5P7JA 4I0DA 4K8SA 5P6PA 3NDXA 1MVPA 5P5XA 4J17A 4Y3LA 5P2FA 4I12A 2RKFA 4CPSA 1XL2A 2P4JA 3UDQA 5BRYA 2P8HA 3UQWA 1FB7A 2AOIA 3KT5A 1NPVA 3VEUA 2AOEA 3IAWA 5P5SA 5P0LA 1BDQA 1HVJA 4J0TA 4Y3YA 5P2GA 4M8YA 1YM2A 4FM6A 1DPJA 2ASIA 1IZHA 1SDTA 4DUSA 5AH9A 5AHAA 5HE5A 5T4SA 5EZZA 2QNNA 3D3TA 4I0JA 4Y54A 2I0AA 2PK6A 5SY3A 3L5EA 3TLHA 4QLHA 5P0KA 2WF3A 2IS0A 3QRMA 5P00A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OQD A;  5OZK A;  2ER6 E;  2B8L A;  3URL A;  1G2K A;  3SLZ A;  2HM1 A;  3BGB A;  3MXD A;  1G0V A;  5P5H A;  3EKP A;  1NH0 A;  1YT9 A;  1ZTZ A;  1E82 E;  2QU3 A;  4OBZ A;  4ER1 E;  1XE6 A;  3KDD A;  3PVK A;  1B6L A;  1K6T A;  3OTS A;  1GVU A;  4PYV A;  2NMY A;  3OQK A;  4R92 A;  3PSG A;  4DQC A;  1YM4 A;  4Y57 A;  2CEM A;  2BJU A;  5P2T A;  4Y3X A;  4YD6 A;  1EAG A;  1GVT A;  5P4S A;  1GVV A;  4ZSP A;  2A1E A;  3OUD B;  5EZX A;  2QMF A;  5P0F A;  4DQH A;  1HPX A;  5P1G A;  4LAP A;  5P0Z A;  5P09 A;  4COE A;  5I3V A;  1PSN A;  3R1G B;  1T3R A;  2OHQ A;  5DR4 A;  3Q6Y A;  4Y51 A;  2HS2 A;  4QJ6 A;  3PCZ A;  3UQX A;  2I1A A;  2OHR A;  4OD9 A;  1D4H A;  1D4I A;  1MET A;  5AH6 A;  3AUP A;  5P78 A;  1HPS A;  4J1E A;  3S53 A;  5P3A A;  3SA5 A;  2B7Z A;  3BGC A;  1HTG A;  3H0B A;  5P47 A;  5P2L A;  4YE3 A;  1TQF A;  3T3C A;  3C9X A;  4D8C A;  4J1F A;  1LYA A;  5P14 A;  2MIP A;  2XFJ A;  5P5C A;  2F3E A;  4Y3M A;  1CPI A;  2V12 C;  3LPK A;  5AHC A;  2G27 A;  3QVC A;  1IZE A;  2PH8 A;  3VCM A;  3N3I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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