5P6JA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 280
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6jA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6jA01
3BGBA 2R38A 2BJUA 4RVIA 5P4DA 3EKXA 4Y4UA 4GJBA 2G24A 5P4XA 5P0DA 4AMTA 2I4WA 1OEWA 5IVTA 4BELA 1MTBA 1B6MA 4XKXA 5OZOA 5P69A 2NXLA 3D1ZA 2OHQA 5OYVA 4Y5MA 4NJTA 2VNNA 3TPLA 5P6EA 5P66A 2F3EA 1G35A 1KJ4A 5P4SA 2PK5A 3S7MA 4GIDA 5P2UA 5P6UA 3PI5A 2B60A 5OZEA 5OZ2A 5OYXA 1LF4A 5P53A 2PWCA 3JW2A 3HAUA 2QNNA 5P6MA 3NU4A 1NSOA 1HTFA 1T7KA 2QNQA 1XN2A 1ER8E 5P4IA 2G20A 5P0UA 4Q1YA 1WBMA 2IGYA 4FSLA 1Z8CA 5DPZA 1ME6A 2QK5A 5P1YA 4PZWA 4YD4A 4R5NA 5P0SA 2JXRA 5P3BA 3ZKXA 3ZL7A 4L7GA 5P8KA 5PEPA 4RRSA 5DQ2A 5P5DA 1APUE 5P7PA 2I4QA 3MSKA 3FIVA 4I0FA 1DAZC 2F81A 1ZPAA 1EPQE 1KJ7A 5OZZA 4F76A 3S43A 1K2BA 4RGHA 4FM8A 5P4BA 1K6CA 1TW7A 4PYVA 2O4SA 2RKGA 6FIVA 3CIBA 1IVPA 2I4VA 3BXSA 3MXEA 1PPME 1GVWA 2VNMA 5P49A 3T6IA 1DP5A 1ZAPA 2HB4A 5P00A 2R3WA 3FKTA 3PLDA 1IBQA 4FSEA 5ER2E 3GGUA 3CIDA 4ZSRA 4GJDA 4FE6A 5P6WA 5F00A 1AJVA 2CEJA 1HEGE 1A8KA 2IS0A 5P0TA 2NXMA 3EKQA 1HIHA 1OHRA 2AVOA 1AVFA 5P5IA 5AH7A 4R8YA 4B72A 3SA8A 5P8CA 4I8ZA 3PHVA 3EL1A 2OAHA 2VIJA 1IZIA 4AZYA 4DJOA 3EBZA 5OZRA 2P3BB 1MTRA 1N49A 4I0IA 2I4XA 2VIYA 4H1EA 4EWOA 4DQHA 5P8IA 2VA6A 5P63A 5P1UA 1TSUA 5P2FA 4CP7A 3TNEA 4XX4A 1YTIA 3R4BA 5P8MA 4Y35A 4DUSA 3UQPA 2JJIA 4PPHA 2P83A 3KMYA 4DFGA 2FXEA 4GZFA 5P0QA 2G26A 2PSUA 2ZJJA 2JJJA 3AIDA 3OQAA 4J1EA 2OHPA 5P6LA 2AOGA 5HTZA 4H3GA 4IVTA 3O9BA 1BDQA 5P6DA 5P82A 2AOJA 2O4PA 4Y4WA 5P4LA 2XFIA 1FFFC 3QVCA 3FNUA 4Y56A 4A6BA 4APRE 3LIYA 3EXOA 2I4DA 3F9QA 5P8BA 3L3AA 3QROA 5P4TA 2NXDA 5KR8A 2WEBA 3KA2A 3I6OA 5OZMA 3VLAA 3PLLA 5P65A 5P7AA 5P38A 2P3DA 5P68A 1J71A 2H6TA 5OZUA 4Y4DA 1EPLE 3OQFA 3N3IA 1IZDA 5SZ9A 5B18A 2ZJKA 4X7IA 4QJAA 2V16C 5OZ4A 2O4NA 3TLHA 4L1AA 4FRJA 5OYYA 3OUDA 5P3MA 2P4JA 3CKPA 2AVSA 4YD3A 2PWRA 4Y3GA 3HVGA 4X2LA 2QZXA 5P5YA 1SGZA 3UDRA 1LYAB 4Y4ZA 3K4VC 2WF1A 2ASIA 5HD0A 1YTHA 4RCDA 4YBIA 4D88A 4KB9A 3KDCA 3R0WA 1ZSFA 5P5FA 5P6TA 4PZXA 2QD8A 1ZTZA 5OZNA 4I0GA 2ER7E 5P5BA 3RTNA 2AVVA 5P14A 5P2ZA 1RNEA 2H6SA 4RLDA 5P4UA 4AA9A 4F75A 1BXQA 2QHCA 4I11A 5P0AA 3S56A 2V12C 1HXWA 3APRE 5P71A 5P54A 2G1YA 3HVPA 5P0RA 5UPJA 3O9AA 5P1EA 3D1YA 5P7JA 1ZJ7A 3PB5A 3S7LA 2QAKA 3VF3A 3G6ZA 1BXOA 2QZWA 3BXRA 4DJRA 1EPPE 5P1TA 5P8HA 2Q11A 1W5VA 4ZSMA 3OADA 1PPLE 3TKWA 4Y3ZA 1D4HA 4FRSA 3IA9A 5P27A 5P5XA 1ZSRA 5P81A 3QBFA 3B7VA 3OWNA 5SXNA 4QJ7A 2ZHRA 4GJ6A 5P2DA 1DMPA 2NMZA 4EP3A 5DR8A 5OZCA 5P84A 3UQWA 1FQ8A 4UPJA 4EQJA 5P5VA 4I0JA 4R93A 2XFKA 5I70A 4GMIA 1UH9A 5P2CA 3NYGA 3K4VA 5P4MA 4DPIA 1F34A 1META 5I3XA 4NKKA 3MXDA 3NU3A 2QI4A 3FNSA 1RQ9A 4ER4E 1E80E 1FMBA 2FDEA 3K5FA 3OQDA 4Y3LA 3PVKA 3LPJA 2QNPA 5KAOA 4M8YA 3WB5A 5P6YA 3T7QA 5P4HA 3OAGA 5OZFA 4XX3A 3NDXA 4OC6B 4QJ9A 5P34A 1IIQA 5P7LA 5OZYA 5KR0A 1W6HA 2ZGAA 2QI5A 4H3FA 4GJ8A 5P86A 5P05A 5P1SA 1KJHA 1SBGA 4GJ7A 5KQXA 1HRNA 4DQCA 3Q5HA 3VF7A 3EKYA 1EEDP 2I1AA 3I25A 3IN3A 1FKNA 4I0DA 2PMAA 4F74A 3VYFA 1HVJA 3D91A 2AOFA 1RPIA 1LYBA 3S2OA 5HDVA 5P4FA 1EBYA 2UY0A 4TRYA 1HBVA 1EBKC 5SY3A 1DIFA 3R2FA 3VCMA 4DVFA 1M43A 3ST5A 3INEA 1LV1A 1WKRA 2FLEA 1Z1HA 5P52A 1SP5A 5P0HA 3IXOA 4LXKA 5P47A 5OZWA 1SDTA 3RSVA 1HTRB 3DV5A 3OY4A 2OHRA 3URLA 5HVPA 5P6FA 1XL5A 5OZHA 4MC2A 4DQEA 1E81E 2OHTA 4Y3JA 5P5HA 1IDAA 5P06A 5P7OA 3UDJA 3I7EA 4WY1A 4LP9A 4Y45A 1QBUA 4L7JA 5OZ1A 3BC4A 4PEPA 1M4HA 2Q64A 4GJCA 3L38A 1DPJA 5IS4A 5DQCA 4NPUA 1B6JA 3QBHA 1SMRA 5P0EA 3UQUA 5P08A 5P4CA 1SIVA 3O9GA 2Q5KA 5P46A 3IGBA 4LXAA 4TVGA 1ZPKA 3LNKA 3UDMA 4Q1NA 1A30A 4GJAA 5P48A 4YOBA 3DM6A 3OQ7A 2AQUA 3WB4A 2NNKA 4Y38A 3RTHA 3O99A 5OZJA 2AOCA 2BQVA 5P78A 5P0CA 3UFLA 5P3QA 4PHVA 5P7FA 4Y57A 2FDPA 1HXBA 2IDWA 3KFPA 2QI3A 4Y50A 4D89A 2OHLA 5P85A 3LPKA 5P6HA 1A8GA 2HC0A 3L5DA 3OU1A 2ZHUA 4GJ9A 3M9FA 5COOA 5P2RA 1SIPA 4FM7A 1W5WA 5OZ7A 3CKRA 5C9DA 1ENTE 1APTE 2FNTA 5ER1E 3SQFA 4Y3YA 2APRA 2OF0A 4OBJA 4DV9A 2XFJA 2G69A 3BUHA 4ZPGA 5OZ3A 5P2MA 1GNMA 3KF0A 1BVGA 2J9JB 3OK9A 3RSXA 3HDKA 1TCXA 5P2KA 1MPPA 5P4PA 4AA8A 3QS1A 2V0ZC 5P7CA 3ZPUA 5P2QA 2HPEA 4HZTA 2JYSA 3QI1A 2QCIA 3O9FA 1E5OE 5P3OA 3H5BA 2NR6A 2AOHA 2VA5A 1BV7A 4D83A 5P55A 2HB3A 5P7DA 3OU4B 3IVIA 5P29A 2AVQA 5DQ1A 5DR0A 2HS2A 5OZAA 5P75A 2WF0A 5KQFA 4NPTA 1LYWB 3CYWA 3SA7A 1W50A 5ENMA 2NPHA 2QI6A 4HEGA 3UDNA 4ZIPA 5P3TA 2VIZA 5P04A 3MWSA 2AOIA 5DGWA 1BBSA 4OBDA 3Q3TA 5P8QA 2NMYA 4Y51A 3T11A 1GNNA 4Y3AA 2IKUA 1HVSA 4K9HA 5P4VA 2VA7A 5E5JA 5P3WA 4OD9A 3LZVA 4YCTA 3OXCA 3N4LA 3TOHA 4J1HA 2QMGA 1YM2A 2QU2A 5P0VA 4K4QA 4ZLSA 4RYCA 4ZSPA 1KJFA 5P6XA 3DCKA 4EJKA 3WZ8A 1FQ4A 4LL3A 5P2TA 3OOTA 4JECA 4Y3HA 5P1QA 1EC2A 3VYDA 3NSHA 1HPXA 1BWBA 3R0YA 3K1WA 1YTJA 5P1KA 5P35A 5P40A 5P89A 3O9HA 4K4RA 3KM4A 5P3DA 1ZP8A 2QU3A 1HVCA 3O9EA 3O9DA 3QIHA 3KDBA 1F7AA 5P5NA 2PQZA 3PMYA 2IGXA 1PPKE 2VKMA 3PBDA 4Y5KA 3UCBA 3EL5A 3OOZA 1XS7D 2ER9E 5P16A 4A6CA 1AAQA 4D8CA 2ZHSA 1GKTA 5P4EA 3S8IA 4R92A 2P3BA 3S45A 5BS4A 4Q1XA 3UF3A 2G22A 5OZQA 1QBTA 3CYXA 5P7WA 3O9LB 5P8NA 4GJ5A 2F8GA 3UDKA 3VFBA 3EKWA 4DJVA 2ER6E 2G1OA 2XYFA 3NUOA 2FGVA 3S54A 3U6AA 5P4YA 4Y4EA 5P61A 4DJPA 5P28A 3KMXA 4U7QA 5P0NA 2I0AA 4LBTA 3L5BA 5P76A 4NJUA 2BKSA 2FXDA 3IN4A 4KE1A 4Y5GA 5P4OA 5DR1A 5P6JA 3DK1A 1HVHA 3CKTA 4MC1A 3NWXA 4XXSA 4NJVA 4YDGA 1EPRE 3VSWA 4GB2A 3LZSA 3PM4A 1QDMA 3GGVA 1D4YA 3ZLQA 2WF4A 3NDTA 4R95A 4Y3XA 2QHYA 5P3VA 5P03A 1G2KA 4J0TA 3INDA 1FQ7A 2WHHA 5P3NA 3ZKSA 4YDFA 5ISJA 2BBBA 3TH9A 4EPJA 1RL8A 4HA5A 5P5JA 3VV8A 1GVTA 1D4LA 4Y44A 2EWYA 4Q1WA 3L59A 1IZEA 4YCYA 3SM1A 4APEA 2G21A 1LYAA 3VFAA 3B80A 2UXZA 5P50A 1KJGA 4H3JA 3L5CA 3O9IA 2QHZA 4B1DA 1IVQA 3SFCA 3D3TA 1FGCC 3TPRA 3RTMA 1APWE 2AZ9A 1FEJC 4Y3NA 1HHPA 5P1GA 4I0EA 4B00A 2WKZA 2BPXA 2HAHA 2ZHTA 4N00A 3U71A 3RVIA 3VV6A 3EL0A 5P7XA 3SA3A 2VJ9A 1SH9A 4YD5A 5P3CA 5P1LA 5EZZA 3OUAA 1TCWA 4ACUA 5P1DA 1UPJA 5P37A 4FLGA 2BPZA 3EKPA 1T6EX 3Q6YA 5P8AA 5P15A 4Y4GA 1MRWA 3HD8A 3NDWA 1C6YA 3SABA 1MSNA 2FDDA 3KDDA 2Q15A 1HSHA 1MESA 1M0BA 3PEPA 1MEUA 4Y3MA 1MT7A 1TQFA 2AVMA 5HDUA 4B1CA 2WL0A 3ZKNA 1FQXA 4L6BA 2IL2A 4LXMA 2PYNA 1BIMA 5P2SA 3Q70A 5P7KA 3KFNA 4QJ8A 5P6CA 5P6QA 4ER1E 2QD6A 5KQYA 3K5DA 1NPWA 5FIVA 5P19A 1MERA 4DH6A 3I8WA 1EC1A 4Y3SA 2IRZA 5HE5A 5P5EA 1K2CA 2WEDA 5P2YA 3PWMA 1MIQA 4JPCA 5P1FA 3NR6A 5COKA 5OYUA 4K4PA 5P6KA 3INFA 1EC0A 3MSLA 4J55A 4HVPA 5P0MA 2Z54A 1W6IA 5P6BA 1MT9A 3T7XA 3BUFA 4B0QA 2HM1A 5OZGA 4LHHA 4YBFA 3D1XA 4EJ8A 5P01A 3CMSA 3OADB 3URIA 3SA4A 3UQXA 5P45A 5P64A 3TKGA 3VV7A 3BVAA 5P5TA 4J1KA 5P5SA 5P88A 1HSGA 4OC6A 3OGQA 5P6RA 3NWQA 4MC6A 5OZVA 1BDLA 2WF2A 4U8WA 3PCZA 5P2GA 4DJQA 5KQZA 1AIDA 1B6LA 5P3JA 3SO9A 1RV7A 5AH6A 2OHMA 5P79A 2OHSA 4Z2ZA 5AHCA 2HS1A 1BILA 2OHUA 4Y5NA 5P09A 1D4SA 5P51A 5P8PA 1PROA 2BPVA 5P2WA 4Y48A 2HIZA 1BWAA 3IXKA 3ER3E 3ZKQA 1FFIC 1YX9A 5AHBA 5P57A 4ACXA 4CPQA 5P7MA 3OXWA 3QRVA 5P4QA 1U8GA 2A4FA 4FRKA 4I10A 5P5RA 4DQBA 2MIPA 5P0KA 1AJXA 2AOEA 2WF3A 8HVPA 1HOSA 2UPJA 5P0IA 4TRZA 2QZKA 5P5GA 2P3AA 3EC0A 4COEA 5P1JA 1LZQA 3LZYA 2QI1A 2PSGA 2AODA 3UTLA 3OTYA 1HVLA 3C9XA 4RCEA 2WEAA 5P62A 4Y3DA 2I0DA 5P2AA 4FL8A 1HTEA 3SACA 5HE7A 3HLOA 2PH8A 4CPTA 4DQGA 3SM2A 1G6LA 4B1EA 5P11A 5C9FA 4BFBA 5P0FA 5P70A 5P3PA 4KE0A 5IVQA 1HIIA 4EYRA 3EKTA 4Y3FA 1E82E 1W5XA 4EXHA 1NPVA 1LS5A 5P44A 4CKUA 5P6OA 1LF2A 1GVUA 1K6PA 1B6PA 5TOLA 5DGUA 4CPXA 5KOQA 4CPSA 5DQ4A 3KT5A 2QMPA 2QMFA 5OZKA 5P1AA 5OZ8A 3OHFA 5ENKA 3WSJA 4AUCA 4OBZB 1A9MA 4HE9A 5P4GA 4BEKA 5OZSA 2WJOA 3VSXA 2G94A 5P0JA 2J9JA 4FIVA 1K6VA 5P42A 1D4JA 9HVPA 1AZ5A 3GI5A 4LC7A 2CEMA 5P33A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BGB A;  2R38 A;  2BJU A;  4RVI A;  5P4D A;  3EKX A;  4Y4U A;  4GJB A;  2G24 A;  5P4X A;  5P0D A;  4AMT A;  2I4W A;  1OEW A;  5IVT A;  4BEL A;  1MTB A;  1B6M A;  4XKX A;  5OZO A;  5P69 A;  2NXL A;  3D1Z A;  2OHQ A;  5OYV A;  4Y5M A;  4NJT A;  2VNN A;  3TPL A;  5P6E A;  5P66 A;  2F3E A;  1G35 A;  1KJ4 A;  5P4S A;  2PK5 A;  3S7M A;  4GID A;  5P2U A;  5P6U A;  3PI5 A;  2B60 A;  5OZE A;  5OZ2 A;  5OYX A;  1LF4 A;  5P53 A;  2PWC A;  3JW2 A;  3HAU A;  2QNN A;  5P6M A;  3NU4 A;  1NSO A;  1HTF A;  1T7K A;  2QNQ A;  1XN2 A;  1ER8 E;  5P4I A;  2G20 A;  5P0U A;  4Q1Y A;  1WBM A;  2IGY A;  4FSL A;  1Z8C A;  5DPZ A;  1ME6 A;  2QK5 A;  5P1Y A;  4PZW A;  4YD4 A;  4R5N A;  5P0S A;  2JXR A;  5P3B A;  3ZKX A;  3ZL7 A;  4L7G A;  5P8K A;  5PEP A;  4RRS A;  5DQ2 A;  5P5D A;  1APU E;  5P7P A;  2I4Q A;  3MSK A;  3FIV A;  4I0F A;  1DAZ C;  2F81 A;  1ZPA A;  1EPQ E;  1KJ7 A;  5OZZ A;  4F76 A;  3S43 A;  1K2B A;  4RGH A;  4FM8 A;  5P4B A;  1K6C A;  1TW7 A;  4PYV A;  2O4S A;  2RKG A;  6FIV A;  3CIB A;  1IVP A;  2I4V A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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