5P6KA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 281
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6kA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6kA01
5P2LA 5DR1A 4CPWA 4J1EA 3QBFA 3S2OA 3VYDA 2R8NA 1HVIA 4TRWA 4DJYA 1HTGA 5P84A 4YD5A 5OZZA 2ER9E 4DVFA 5DR3A 2WHHA 3BUFA 4Y41A 5P85A 5P3TA 2IEOA 5AH6A 1AXAA 1XDHA 5P2IA 2G20A 3ZKIA 1U8GA 3DCKA 3SA9A 3KFNA 3PVKA 2FNTA 5JODA 5P8AA 3IAWA 2G21A 5HE4A 1EBZA 1QRPE 5BWYA 1T3RA 5P3HA 3SACA 2O4PA 3NYGA 1HVJA 3HW1A 1KJ4A 1OD1A 3OAGA 3LZUA 4Y51A 2XFIA 3TL9A 3EMYA 5P2CA 3MXDA 1A9MA 4Y56A 5P0UA 4RVXA 4AA8A 1HPVA 4J0PA 1AM5A 3EKYA 4ER1E 5COOA 1M0BA 5P5SA 5P0RA 5P1TA 2NMYA 4OD9B 4Y57A 3JVWA 4QJAA 3EKWA 4B70A 1IZEA 2AOEA 3SA7A 4Y4JA 3O9IA 4I0HA 5P6IA 3SFCA 3GGXA 1BXOA 1E80E 5P79A 3JW2A 4LL3A 3NU4A 1QDMA 3VYEA 1GKTA 1ZSFA 2PMAA 2JE4A 2OHPA 4HDPA 5P4OA 4YBFA 4J17A 4FSEA 3ZKMA 5P23A 2QU2A 3QS1A 4LP9A 3PSGA 3KDDA 1WBKA 2PH6A 4EP3A 3L59A 4J5JA 4B1EA 4NJTA 2I1AA 5P3GA 5FIVA 5P8BA 3EXOA 4MC2A 5P4DA 1UH9A 1LF3A 3VFAA 5P5NA 4IVSA 1HVLA 1EPLE 3OXXA 4FM8A 5F01A 3NSHA 4H1EA 3WB5A 3MXEA 3R2FA 1W6IA 5P11A 1B6JA 2QK5A 1PPME 2FGVA 3NWXA 4MC9A 4ZPFA 3L38A 5P7AA 1FB7A 1SGUA 3LINA 3LIXA 5P66A 3GW5A 5UPJA 4FCOA 5P72A 4DJOA 4RCFA 5P4BA 4EJ8A 3K4VA 3IA9A 3H0BA 5AHCA 4Y36A 5P4VA 1OHRA 1A94A 1NPWA 5P56A 5P59A 5AH9A 3GGUA 5P3NA 4BFDA 1IIQA 5P36A 5P0OA 4Y4DA 1ZPKA 5P44A 2QHCA 1XE5A 5P28A 1PROA 5IVTA 4JPEA 5KR1A 4L6BA 4Q5MA 2B42A 1MT8A 5OZ0A 4Y5AA 3T7PA 3VV7A 4EP2A 4YD4A 1LEEA 1SMRA 5P2OA 4I10A 3UDJA 3SO9A 2ZJMA 3I25A 5P47A 3OU1A 3KN0A 1GVWA 5P0AA 1B6PA 5OZNA 5P6GA 5P1XA 2AZCA 5P4IA 3Q70A 5P64A 5P3QA 8HVPA 2HPFA 2V16C 2Q15A 4RLDA 3TLHA 1YT9A 2AVOA 1LYAB 3VUCA 5P8DA 4DJXA 5P43A 5HU1A 2FLEA 5P7RA 3UQXA 5P50A 1T6GA 5OZ8A 3CKTA 2QU3A 4B05A 2NXMA 1HVHA 3QI1A 4Y4UA 5DR7A 1DAZC 3NDTA 3OADA 2Q64A 2BJUA 3SA4A 5P49A 4Y4WA 5I3VA 3EL9A 4CPXA 5J25A 3N3IA 4YDFA 3ZKNA 5BRYA 2QNQA 2ER0E 2ZJIA 5P6YA 3O99A 4I0GA 4IVTA 5P1VA 5P19A 4R8YA 4M8YA 3RTNA 1ENTE 3OQAA 1HIHA 5P0YA 1PSOE 4Y5MA 5P2RA 1EC0A 3K1WA 1B6KA 1MUIA 5P7LA 3ER5E 3UFLA 1LYBA 2OHUA 3EL4A 5P88A 3BXRA 2APRA 1IDAA 3QRMA 2WF4A 3KMXA 4AMTA 1XL5A 1HTRB 4BFBA 3NUJA 3R4BA 3OQFA 2WEBA 3QIHA 5P6HA 2G94A 5IE1A 1DMPA 1DP5A 1LF4A 5P76A 1ER8E 2NPHA 4ER4E 2QMDA 4Y3GA 3PB5A 4Y5BA 2ZHSA 1APWE 3NU5A 2RMPA 1FFIC 4FRSA 1D4YA 5AHAA 5P7MA 5DR8A 1EPME 3QRVA 5P48A 5P08A 4J0ZA 3LZYA 5EZZA 1T7IA 3OU4B 2OHMA 4Y4GA 1W51A 4DQHA 4GJ6A 3D1ZA 3QPJA 5P3OA 4ACXA 4Q1NA 3PCWA 2I4QA 3MSKA 4F74A 4OBHA 4Y4TA 1XS7D 3AUPA 2AOIA 2XYFA 5P1EA 1BDLA 2PSUA 5P67A 3B80A 5P00A 2QZKA 3RTMA 4J55A 2VS2A 5KQFA 4H3JA 4FRIA 5P2YA 3SA6A 4RVIA 5P3EA 2IGYA 5P39A 3OXWA 1APVE 1RPIA 2AOCA 2FXDA 4Y44A 2G22A 5IS4A 4HVPA 1NSOA 3TPPA 3ZKQA 4L7GA 2WKZA 3VF3A 1EBKC 2AZ8A 5IVRA 5P3CA 5P8QA 2BB9A 2P3CA 3S7MA 3EM6A 4DUSA 4L7HA 2AOGA 4XKXA 1PFZA 1AAQA 5P7WA 3DJKA 1NPAA 2BKSA 4GMIA 4S1GA 3T7XA 1Z1HA 5P5XA 3S8IA 2V0ZC 1HSIA 5P6EA 2AOHA 2ZJNA 5P5JA 3EKXA 5HVPA 1NH0A 3VLBA 1HSGA 2PQZA 5P1NA 4Y35A 5OYVA 3ZPUA 2QMGA 1F7AA 4FRJA 2ZDZA 4YE3A 1BVGA 5PEPA 1Z8CA 5OZ6A 3EL0A 5P4SA 2O4NA 4B0QA 3HZCA 4Y3MA 5OYWA 4E43A 2IL2A 4D8CA 5P65A 3SLZA 4K8SA 5P5MA 5P5EA 3LIVA 3L3AA 4YCKA 4YD3A 5P1UA 2H6TA 3OAGB 1QS8A 1BIMA 2PWRA 4PZWA 4R91A 4Y47A 2VIJA 5ENMA 1BV7A 5P7CA 5P7EA 2QD7A 4HDFA 3CIDA 4GB2A 1EC2A 5P5GA 5F00A 2R3WA 4DPIA 4Y39A 3OXCA 1WBMA 2P3AA 4RROA 5P57A 4Y4XA 4FE6A 3AIDA 2FIVA 3S45A 4DH6A 3LNKA 2B60A 1EC1A 3SKGA 5P4ZA 4K4RA 5P5QA 4D85A 2AIDA 5HE7A 3EBZA 5P0VA 5P77A 5P0WA 1W5XA 1HVCA 5P8MA 3KF0A 5OYXA 5P4HA 5P6UA 3K5DA 4Y3PA 3L5CA 3NDUA 3OUDA 3RTHA 5P5PA 2NR6A 4Y48A 3GGAA 5SXNA 5I3WA 1ODXA 1ZLFA 2XFKA 2RSPA 1ZPAA 4HZTA 5DQ5A 1VIJA 1LZQA 5P53A 2PYMA 3UDRA 2FNSA 2RKFA 1GVXA 3OXVA 5P2ZA 1ODYA 1FG8C 5P8VA 3IXJA 1D4JA 3ZKSA 4GJ5A 2PSVA 1SBGA 5P61A 1PSNA 2AVQA 1MT9A 1UH7A 3H5BA 4Y45A 1GVVA 5P32A 1HOSA 4RGHA 4LXMA 1PPLE 3O9CA 4GJDA 1FMBA 4Y9WA 3GI5A 3LIYA 2G69A 1FQ5A 2HPEA 1OEWA 3KDCA 5JFPA 5P4CA 3OHFA 3S7LA 5EZXA 5OZEA 5B18A 2IGXA 4ACUA 4Q1XA 3I2LA 1M43A 3I8WA 4Y53A 2ZHRA 3PSYA 4RRSA 5P4YA 5P86A 5T4SA 3CYWA 3JVYA 4ZE6A 3QRSA 4BEKA 2F3FA 5KR8A 3VFBA 3MWSA 7HVPA 5P09A 5P0LA 4GJ8A 2HIZA 4FRKA 2OHRA 2O4KA 1HBVA 2WF3A 3ZPTA 2I4XA 3PBZA 3O9BA 1LV1A 4Z4XA 1ZJ7A 1D4LA 4TRYA 3ZKXA 5P8CA 4I0ZA 4APEA 4NPTA 4CP7A 4A4QA 3LIQA 1MERA 2PSGA 4GJ9A 5KR0A 5COPA 5OZ4A 2F3KA 3D20A 3URJA 3KDBA 1YTGA 1BDQA 2OHTA 2AODA 5P03A 1HVKA 5JFUA 1HTFA 5APRE 3G70A 5P45A 1EPNE 3OU1B 3PMUA 4I0FA 4Y3WA 1G35A 5OZBA 4CPQA 5KOSA 3WB4A 4CPSA 3UDPA 3QBHA 4JP9A 5C9DA 1A30A 1IZHA 3VYFA 5P06A 1WKRA 1Z1RA 1SH9A 5OZXA 4B1DA 5CONA 5P7OA 4J0TA 4Y58A 2F3EA 3NLSA 5P8GA 1K6PA 5AGZA 3FNUA 5P3MA 3VV8A 3QN8A 5P1SA 3IGBA 5DR0A 2ASIA 5P5TA 5P38A 1EAGA 2PK5A 4NJUA 4EPJA 4OC6A 3ECGA 3NU6A 4Y38A 2QNPA 5OZVA 1IBQA 3G72A 5DPZA 3WZ8A 1BV9A 4LAPA 1QBTA 4QJ6A 3OADB 2PYNA 4Y5PA 5P1GA 5P5BA 3UQUA 1HIVA 1HSHA 1TSUA 5P5ZA 3LZSA 3EC0A 2NTRA 5OZ1A 5P02A 2BPXA 2Q54A 4KE1A 1LYWA 4Y3HA 5P5DA 5OZGA 4OBKA 4K9HA 3OHHA 4H3GA 5DGUA 4RYCA 5P4NA 3VF5A 4ZSQA 4DQBA 1ODWA 1N49A 5OZYA 2BPYA 3IN3A 5OZTA 1BAIA 1MT7A 3S56A 5IVQA 3PI0A 2OF0A 1FLHA 1FQ8A 1A8GA 3EKQA 3O9DA 2ER6E 2G24A 1HWRA 5P3WA 5P7JA 5P73A 2PC0A 4PHVA 1QBSA 1LYBB 2F8GA 4WTUA 1GNOA 3Q6YA 4J0VA 4OBDA 4F73A 5P24A 3UDQA 3A2OA 2BPZA 5P69A 5P7KA 4PYVA 2WEDA 3HD8A 5P26A 4XX4A 2BBBA 2R5PA 4Z50A 1FFFC 2A4FA 3FKTA 1FQXA 2V00A 4EWOA 3FNSA 1B11A 2JYSA 4Z22A 3TNEA 3TPLA 1MRWA 5P8NA 4GYEA 1BWBA 3EL5A 2ANLA 3NXEA 4FAEA 5P8TA 3S85A 4DJQA 5E5KA 3EKVA 3C9XA 1UH8A 1GVTA 5HTZA 4EQ0A 3GGVA 2ER7E 5P70A 3TPRA 2QD6A 1HVSA 4GZFA 5P8EA 3OU3A 5I70A 4I1CA 5DGWA 5P78A 1KJ7A 2R43A 2ZYEA 3RSXA 5P2MA 4B1CA 3NR6A 5P7SA 3DUYA 5OZAA 5P6TA 5P5IA 5KOQA 2QI7A 2O4SA 5P54A 1ZAPA 5P2UA 2VJ7A 2IS0A 1A8KA 2PH8A 5P1FA 4KB9A 5P4LA 4RCEA 5P68A 1CMSA 1MSNA 5P33A 3DCRA 1D4KA 4ZPGA 4YD6A 5P2QA 4FS4A 4I11A 4Y43A 1IDBA 5P1DA 3BC4A 1APTE 4YA8A 3IN4A 4RCDA 3HAWA 3SKFA 4XXSA 2VIYA 2WEAA 3PBDA 4Y3SA 3U6AA 4FSLA 2Z4OA 1TW7A 2WEZA 2HB4A 5OYZA 4CPRA 3SABA 1C6ZA 4D88A 4JOOA 5CLMA 1AVFA 3EM3A 2WF2A 4MC1A 1C70A 2VIZA 3UPJA 3VLAA 1BDRA 3SA8A 2G1SA 4CKUA 2AZ9A 5P1QA 5P3DA 5P6AA 3LHGA 1F34A 1K6TA 3PCZA 5P3SA 5P4PA 1MSMA 1IZIA 3QVIA 5P6NA 5ENKA 2WL0A 4EYRA 1W50A 3INEA 5P1YA 5P6BA 4AA9A 1XN2A 4R5NA 4M8XA 2BQVA 5P2XA 5P1KA 3UFNA 2P3BA 5P1PA 3UDYA 1FF0C 2HM1A 3OOTA 5HCOA 3CICA 3KYRA 5OZWA 3RSVA 5OZHA 3VSWA 5DQCA 3TOHA 5P3ZA 4J54A 1EPRE 5OZSA 5P4EA 3PI5A 5HDXA 5OZ3A 3UHLA 1FQ4A 5I3YA 5C9BA 3TOGA 1SDTA 3SM1A 5P3AA 5P51A 2ZE1A 2J9JA 4R93A 2QHZA 3NXNA 1D4HA 5P8IA 1AZ5A 5KR2A 4YHQA 5P74A 2I4WA 4YD7A 5IVSA 3APPA 3D1YA 1XN3A 3IXOA 1YM4A 4GJCA 2FGUA 1B6LA 5P81A 2AQUA 2HS2A 3DOXA 5P5FA 3OUDB 5P4GA 4B00A 2FXEA 3HVPA 1TQFA 4DV9A 3TPJA 1FQ7A 1GVUA 4MC6A 4I0JA 3B7VA 5KQYA 2QAKA 2R9BA 9HVPA 4Y3AA 4EXGA 5P1IA 1META 3CKPA 5P41A 2IKOA 3QROA 5P1AA 2QCIA 2VIEA 3KFPA 5P2EA 5P8SA 1HTEA 2ZHVA 4B77A 4U7QA 4Y5NA 3MSLA 4QJ7A 5P82A 4DI2A 3KT2A 1GNNA 2I0DA 2PWCA 4GJAA 1W5VA 5P01A 3UDHA 5OZIA 5P42A 2J9KA 2G1YA 2QI0A 4OBZA 3TH9A 2UY0A 3ZPSA 1K1TA 3BUHA 5P7ZA 5P4JA 4Y5CA 4DJPA 5P2GA 2G27A 5P6ZA 5OZUA 4DJWA 3T3CA 6FIVA 5P2WA 1ZTZA 1W6HA 4DPFA 3QP0A 3G6ZA 1HEFE 5P10A 5P0HA 5HDVA 2JJJA 5P0ZA 4I0IA 3L5FA 5P5LA 2ZJKA 3NDXA 4GJ7A 4HEGA 5P20A 5OYYA 5P3KA 3KA2A 3KMYA 3FX5A 3OQKA 5P3FA 1EPQE 5P7XA 3ZMGA 3LPIA 4X2LA 1BXQA 4J1CA 5P5WA 4L1AA 4COEA 5P8KA 1QBRA 3R0YA 1HPOA 5P0DA 5P4AA 2O40A 1VIKA 4EJLA 4Q1WA 1J71A 3OWNA 5P6JA 4QJ2A 1T7KA 2Q55A 2V13A 3OTYA 1YTHA 3PSUA 4OBFA 3O9HA 3GI6A 2I0AA 2QI5A 1FEJC 5P29A 5P4RA 2UPJA 5P6CA 5OZRA 2HS1A 4LXKA 2VA5A 1MESA 3L58A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P2L A;  5DR1 A;  4CPW A;  4J1E A;  3QBF A;  3S2O A;  3VYD A;  2R8N A;  1HVI A;  4TRW A;  4DJY A;  1HTG A;  5P84 A;  4YD5 A;  5OZZ A;  2ER9 E;  4DVF A;  5DR3 A;  2WHH A;  3BUF A;  4Y41 A;  5P85 A;  5P3T A;  2IEO A;  5AH6 A;  1AXA A;  1XDH A;  5P2I A;  2G20 A;  3ZKI A;  1U8G A;  3DCK A;  3SA9 A;  3KFN A;  3PVK A;  2FNT A;  5JOD A;  5P8A A;  3IAW A;  2G21 A;  5HE4 A;  1EBZ A;  1QRP E;  5BWY A;  1T3R A;  5P3H A;  3SAC A;  2O4P A;  3NYG A;  1HVJ A;  3HW1 A;  1KJ4 A;  1OD1 A;  3OAG A;  3LZU A;  4Y51 A;  2XFI A;  3TL9 A;  3EMY A;  5P2C A;  3MXD A;  1A9M A;  4Y56 A;  5P0U A;  4RVX A;  4AA8 A;  1HPV A;  4J0P A;  1AM5 A;  3EKY A;  4ER1 E;  5COO A;  1M0B A;  5P5S A;  5P0R A;  5P1T A;  2NMY A;  4OD9 B;  4Y57 A;  3JVW A;  4QJA A;  3EKW A;  4B70 A;  1IZE A;  2AOE A;  3SA7 A;  4Y4J A;  3O9I A;  4I0H A;  5P6I A;  3SFC A;  3GGX A;  1BXO A;  1E80 E;  5P79 A;  3JW2 A;  4LL3 A;  3NU4 A;  1QDM A;  3VYE A;  1GKT A;  1ZSF A;  2PMA A;  2JE4 A;  2OHP A;  4HDP A;  5P4O A;  4YBF A;  4J17 A;  4FSE A;  3ZKM A;  5P23 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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