5P6MA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 283
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6mA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6mA01
5JFUA 2B8LA 1HSHA 2WEAA 1QS8A 1WBMA 2QHCA 2O4SA 5P85A 3RSVA 3D3TA 5HD0A 3TL9A 4LAPA 4BFBA 5P4YA 4I0FA 3TPLA 5P1UA 1LF2A 2WF2A 4Y41A 2V0ZC 5OZOA 4EPJA 1BWBA 5P64A 4A6CA 4B78A 2B7ZA 2I1AA 1APWE 4OD9A 2I4XA 4FRJA 5P6QA 2AZ8A 4QLHA 2JJIA 3UQRA 3O9LB 5P7MA 4Y3TA 2PWCA 1FFIC 4B1DA 5P7SA 2QZKA 1LV1A 4Y4UA 2VS2A 1IZEA 5P2FA 1UH9A 5AHCA 5P4IA 2ANLA 3EC0A 5P6KA 4APEA 2ZDZA 3VYFA 1RPIA 5P0RA 1HTFA 4FRIA 5P7BA 1GKTA 5P8DA 4X2LA 4BFDA 5I3WA 5OYUA 3OQFA 3INEA 3MSLA 2QI4A 4J0YA 3S45A 2FNSA 4Y3PA 5P66A 4K8SA 2XFJA 2PMAA 5P1YA 2G24A 3FNTA 4Z50A 2G69A 2IL2A 2QAKA 5P44A 5P65A 4MC6A 5P28A 4JP9A 1E81E 3EKVA 1E5OE 3QI1A 2IKUA 1GVTA 4F76A 1M43A 3DJKA 4J0VA 2VNMA 5P3VA 3JVYA 5P6GA 5OZ8A 4EXGA 5OZ2A 3BHEA 1EC3A 3KFSA 1C6XA 2J9JB 5P8CA 3NU9A 4U7VA 1C6YA 4FAFA 1T7KA 4YHQA 1D4SA 4TRZA 1HVJA 1M0BA 2R43A 3UDMA 1KJ4A 4Y3AA 3BC4A 1KJ7A 3CIDA 1MSNA 3PB5A 1EBZA 1YTIA 3L58A 5P2SA 5P3TA 2OHSA 5I3YA 3CYWA 1NH0A 1Q9PA 3QROA 1IZDA 5P3FA 5P11A 3SA6A 5P81A 4J0PA 4HVPA 4Y56A 5OZEA 4Y50A 3TNEA 5C9BA 3OUBA 3UDJA 5EZZA 5P6MA 3O9HA 3SKGA 4B77A 4J1HA 5P00A 1B6KA 1U8GA 2QI5A 3L5BA 3KDDA 5P46A 3Q3TA 5P5OA 5P6LA 2VA7A 3TOFA 5KR2A 5P35A 1KJHA 3ZLQA 3CIBA 4Y5GA 1UH8A 5T4SA 1EPRE 2FGUA 5P34A 1LYBB 5FIVA 1G6LA 4D88A 5P3NA 4YOBA 2H6SA 5P68A 2NMZA 3PSUA 5BS4A 3QP0A 1LYAA 2I4VA 4QJ9A 2PK6A 4Y5EA 2IRZA 1PSAA 4A4QA 2ER0E 4RVXA 5OZDA 4FM8A 1ER8E 1EEDP 5P3LA 5P74A 3OOZA 5COPA 3EL9A 4I12A 1E82E 3QS1A 1TZSA 2ZJLA 3SFCA 2OHLA 5KQZA 4GJCA 4B70A 5P8OA 4CPSA 1HVCA 2XFKA 5P1JA 5P7LA 4KE0A 5P82A 4Y37A 4GYEA 2AZ9A 4YDFA 5AGZA 3F9QA 1GNMA 3CICA 3C9XA 1HIVA 1HVRA 4J1KA 2OHTA 2J9KA 3NXNA 1SBGA 2RKFA 4FRKA 4HZTA 4GJ5A 3GGUA 3ZPTA 2PSVA 5OZ6A 1E80E 5P38A 3K5CA 2R8NA 4DJUA 5IVQA 4ZSMA 3SACA 3FV3A 5P08A 3FX5A 5P0IA 5P8UA 3IA9A 5P5JA 4DJVA 5OYQA 3G6ZA 2V11C 5P4LA 5P0XA 4AA8A 5P17A 3D1YA 3VG1A 5DGWA 6FIVA 5OZ7A 5P1BA 3VCMA 4OC6A 1T7IA 3BGCA 4Q1WA 5P47A 2AOIA 5P4XA 1JLDA 4Y4TA 2VIEA 3OHHA 5ISJA 3KT5A 1DPJA 5P4HA 4QJAA 4CPUA 3UDHA 1XL2A 2QMGA 1SH9A 4R93A 3G72A 5P12A 3VV7A 5P3JA 2APRA 3I8WA 2IGXA 5OZCA 5DQ4A 5JFPA 2QNQA 4H3IA 4Z22A 3LZVA 2FNTA 3PVKA 3EL4A 1B6JA 5P8PA 1IDBA 3PI0A 2I4QA 3PSYA 1SIPA 1FF0C 2AVMA 2AZCA 4LC7A 3PM4A 4FSLA 4Q5MA 5P5AA 2NNPA 1B6MA 2Q63A 5JG1A 2WEZA 2QHYA 5P0FA 5P50A 5OYTA 3SAAA 3O9LA 2UPJA 3INFA 1D4KA 1Z1HA 4I0EA 3TPPA 4PYVA 2WEDA 3UDNA 4R92A 1IZHA 5P22A 5P4ZA 4Y3DA 1FLHA 1G35A 1DW6C 1LS5A 3KA2A 1HEGE 3HBOA 1ZLFA 3VV6A 5P52A 1OEWA 3B80A 3CKPA 5P1GA 5P10A 1Z1RA 4RROA 3QRVA 2XFIA 1FQ5A 3LIYA 5P0AA 2IS0A 4PHVA 3VLAA 5P7UA 2XYFA 3QVCA 5F01A 3S43B 3WZ8A 5P83A 5DQCA 1BV9A 3EM3A 4DI2A 4OBJA 3LPKA 4GIDA 2OHNA 5P0JA 4TVHA 5P2XA 5AH8A 5ENKA 1PPLE 4I0HA 1LYWB 3FKTA 4NKKA 2R9BA 5DGUA 4H3JA 1PSNA 3U71A 5P8SA 5OYZA 2BBBA 1IIQA 4FRSA 3GI5A 2BPYA 2H6TA 4GMIA 5P4AA 3LPJA 3OU1B 2JYSA 5P7TA 3L5EA 5P0KA 5P41A 4XKXA 4A6BA 4J0ZA 3D20A 2OHMA 2Q64A 1MTRA 4H3FA 1HTRB 2G1RA 2FXEA 4HDPA 5P5LA 3ZKXA 5P2JA 5P0WA 5JODA 2WF0A 3S85A 2BJUA 5P7AA 4CKUA 4I0ZA 4WY1A 2UXZA 2Q11A 4LXKA 1SMEA 5OZQA 2PSUA 3LIQA 1XN2A 2EWYA 4Y54A 3WZ7A 5HTZA 4M8XA 3ZKGA 3O9GA 4ACUA 1W50A 5P3UA 5P27A 2FS4A 5CONA 5AH9A 3OQKA 2NR6A 1HTEA 5I70A 5P62A 3SKFA 3IXJA 3RU1A 5P60A 4RGHA 5P8JA 3SM1A 3HVPA 4I10A 5HDZA 1K6TA 3OQ7A 1MEUA 4YE3A 5SXNA 2P8HA 3K1WA 5P5VA 5P4GA 3HAWA 3UDPA 2G1NA 3EKQA 2P3DA 1LYBA 5OZ5A 3PMYA 1SIVA 1AM5A 1KZKA 2JE4A 3UQXA 1TQFA 1HWRA 5OZMA 5P16A 5P6DA 3TKWA 3PMUA 2VIYA 1AJVA 5P6VA 3URIA 1K6PA 2R38A 5OZFA 5P3PA 2AVOA 3EKYA 5KR0A 2BPVA 2QI6A 1D4YA 2OHKA 4YBFA 2ZJIA 3HVGA 3EKWA 3PEPA 1W5XA 5P8VA 1A8GA 3TLHA 5P2ZA 2OAHA 1XE5A 3BUHA 3L5CA 3OU4B 3WB5A 3UQUA 1YTGA 4Q1NA 3VFAA 2WEBA 2AODA 5P8QA 2QP8A 1BV7A 5P4CA 2QI3A 2ZJMA 4DJQA 4FM6A 3LZSA 4Y47A 2R3WA 1XS7D 1G2KA 1ZP8A 4NJTA 1ZPAA 5DQ2A 1WKRA 4ZSPA 3URJA 5P0EA 2I0AA 3B7VA 2FDPA 3EM6A 1HVKA 5OZUA 5P0YA 5P5SA 4DVFA 2G20A 4Y3NA 1LEEA 2QD6A 5P71A 3FNUA 5P4PA 5IVSA 1W6IA 1W5YA 1W6HA 4KUPA 4J1EA 1K6CA 1IDAA 5P14A 5P6RA 4YBIA 4FIVA 5P2MA 2QU3A 5P0MA 1UPJA 2A4FA 2B7FA 5OZ3A 1MTBA 1B6PA 3OY4A 3QRMA 3UTLA 2WECA 2ZHUA 3EMYA 5J25A 5P2CA 5P1IA 5P45A 5P3DA 3OTYA 4Y3FA 4OBDA 1LZQA 3OADB 3T7QA 3PSGA 2F3FA 5P0VA 1B5FA 5OZ4A 3TPJA 2WF1A 4B72A 3UDQA 1FQXA 1ME6A 4PPHA 4L1AB 4RRSA 5P8KA 4NPUA 6UPJA 2ER6E 4R95A 3WSJA 1W51A 3SA7A 5P2GA 4YD4A 1HPVA 3NWXA 5P4VA 1HOSA 4OBZA 2PYMA 2HB4A 5P8LA 5DR0A 4GJ8A 3L3AA 3RVIA 1HSGA 2HS2A 3EBZA 3Q70A 4GJDA 4EQ0A 5OZKA 3SA9A 5P8GA 5P0TA 1SDUA 5OZTA 2BQVA 5OZRA 1B6LA 5P6SA 5P6YA 3APPA 5P1WA 3O9AA 4DQEA 5HU0A 3O99A 4LHHA 5P7KA 2OHPA 2AOJA 4I0GA 3S7LA 3OXXA 5P5DA 4Y5MA 3HAUA 3R0YA 5P6HA 3L5FA 5ER2E 4Y4DA 2Z54A 3EL1A 5P5FA 3QPJA 5BRYA 5P04A 2QI0A 4RRNA 1XN3A 5P43A 1TCXA 2O4KA 5P4MA 4Y39A 5P01A 5OYVA 3N4LA 4Y53A 4K4QA 4GJ9A 5P1MA 1LYWA 3T7PA 2QMDA 3K4VA 4EJDA 2PWRA 5P7OA 3ZKSA 3T6IA 5IVRA 2ZHTA 3SA4A 7HVPA 4J1CA 4R91A 4Y5BA 4L6BA 3ST5A 3OHFA 1IZIA 1MERA 4YCYA 5P57A 5HDVA 4GB2A 1FG8C 5I3XA 3OU1A 5P61A 4RCEA 3R1GB 2QHZA 5P5IA 1G0VA 5P5PA 5P49A 5IS4A 3VLBA 5P69A 4EJKA 1W5VA 3I25A 2VNNA 4LXAA 4MC1A 1Z8CA 4GJAA 3PCWA 1YX9A 5P8AA 1GVXA 1HIIA 1MVPA 1A9MA 2RENA 4IVSA 5IE1A 3PBZA 2PC0A 4Y4GA 2HS1A 5P13A 1HPSA 4DJWA 5P8BA 5P8RA 3OXWA 2HM1A 1EC2A 5P6WA 1KJGA 2I4WA 5APRE 5P37A 4TVGA 4ACXA 3LPIA 3OU3A 1ZBGA 1ODWA 1UH7A 4QJ8A 4QJ7A 1QBRA 2F80A 3SPKA 4D89A 3VV8A 3APRE 3OUAA 4QJ6A 2FGVA 1YTHA 4Y3YA 3UDYA 5AHBA 2AOCA 2HPFA 5P89A 4FL8A 5P2AA 3RTHA 1BBSA 1ODXA 4FSEA 4CPTA 1OD1A 5P2HA 4CPQA 3OAGA 3SLZA 5KQXA 4JPCA 4Q1XA 3UDKA 5KR1A 5P2EA 1VIKA 5P2IA 1A94A 5DR8A 3EL5A 4DJPA 2V00A 4ZSQA 1SP5A 4YD7A 5E5JA 4KE1A 2F3EA 1NSOA 5OZIA 4MC9A 4DQGA 1EBKC 3MXEA 3ZPSA 1HPOA 4LBTA 4Y3SA 2SAMA 3DV1A 5C9DA 2V12C 2BKTA 5P1TA 3D1XA 3ZKQA 3AIDA 2UY0A 4Y4AA 1HVLA 5P4FA 5P5QA 5OZ0A 2AVQA 3UF3A 3QBFA 5COKA 4X7IA 5P39A 5DR1A 4BEKA 1IBQA 2G1SA 2OHRA 5KR8A 3URLA 2ZHRA 3PBDA 1BVGA 1PPKE 3BXRA 2VA6A 3TPRA 1QBSA 2NXMA 5ENMA 1IVQA 5P1OA 3VEUA 5P4BA 4Y3XA 4XXSA 5P7IA 5E5KA 3NXEA 5P4JA 3SABA 1T3RA 5P6JA 3S53A 5P8NA 5KQYA 1HVIA 2AOFA 3PRSA 3D1ZA 5P54A 3LHGA 1GNNA 2IENA 5P3EA 3ZKNA 2RMPA 1HBVA 5P53A 1CMSA 4D83A 4QJ2A 5P3HA 1MUIA 3A2OA 4DJRA 5P6AA 2AQUA 5P0QA 3ZKIA 1GVWA 2WL0A 4I0IA 4B05A 1GVUA 4ER1E 2HIZA 4Y36A 5P5EA 1AIDA 3KDBA 4OD9B 1MRWA 4NJSA 3BVAA 5P7EA 3K4VC 4QGIA 4DFGA 2V13A 3PLDA 2R5QA 5P48A 5P7ZA 5P1LA 5P26A 4YOAA 4EP3A 1N49A 3UPJA 5SY2A 3EM4A 3FNSA 3IXOA 3DOXA 3IAWA 5OZWA 3OOTA 5OZZA 1YT9A 4J1FA 3GGXA 3KFRA 4L7HA 5P2QA 5EZXA 2QNNA 2NMYA 3AUPA 3D91A 4PEPA 5P6OA 3DCKA 1CPIA 5P6XA 1KJFA 1MT8A 2BPZA 4B1EA 2ZHVA 2HB3A 4COEA 4UPJA 3NUJA 3L5DA 5P7RA 5OZHA 3PI5A 5P6IA 4WY6A 5P4RA 4H3GA 4AUCA 2FLEA 4B1CA 3U7SA 4GJ7A 4I11A 7UPJA 1EPPE 5P8IA 3VF3A 2NXLA 5P6EA 5P1RA 3JW2A 2O4PA 3OTSA 1HSIA 3H0BA 3T11A 1EPQE 2I4UA 3OK9A 2IEOA 3UQWA 5P7JA 1QDMA 3BUGA 2I4DA 2QMPA 4Y5CA 3OGPA 5P3QA 2F3KA 3FSMA 5UPJA 1ZSFA 4DQFA 3BVBA 2QZXA 3HDKA 5P23A 5P03A 4Y3HA 3LINA 5HDXA 6APRE 5P7NA 5C9FA 2WF4A 4TRWA 3MXDA 4DPIA 1B11A 5HE5A 4RCFA 2J9JA 4OBGA 3U6AA 1APTE 2A1EA 4FAEA 4Z2ZA 4Y5NA 5P4DA 2VA5A 2RSPA 2PH6A 1D4IA 5OZGA 2BPXA 5P3SA 1ZAPA 4S1GA 4APRE 5P8FA 3KMXA 4Y4JA 3ECGA 5P56A 2QK5A 5P2DA 3NU4A 2I0DA 3R0WA 3VSXA 5IVTA 2AIDA 5P1VA 5OYWA 4Y3JA 5KQFA 5P4NA 5P0HA 3O9CA 4N00A 1EC0A 5OZBA 4Y4WA 4DJOA 4F73A 3PWWA 1FQ6A 1K6VA 2WF3A 5P55A 2XYEA 5P51A 4Q1YA 4Y57A 3TKGA 3ER5E 4ZLSA 1DP5A 4EJ8A 1AAQA 1MT9A 3O9DA 1LYAB 4KB9A 5P8EA 2F8GA 1NPAA 1HEFE 2V16C 2CEMA 1ZSRA 3RTNA 4MC2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5JFU A;  2B8L A;  1HSH A;  2WEA A;  1QS8 A;  1WBM A;  2QHC A;  2O4S A;  5P85 A;  3RSV A;  3D3T A;  5HD0 A;  3TL9 A;  4LAP A;  4BFB A;  5P4Y A;  4I0F A;  3TPL A;  5P1U A;  1LF2 A;  2WF2 A;  4Y41 A;  2V0Z C;  5OZO A;  4EPJ A;  1BWB A;  5P64 A;  4A6C A;  4B78 A;  2B7Z A;  2I1A A;  1APW E;  4OD9 A;  2I4X A;  4FRJ A;  5P6Q A;  2AZ8 A;  4QLH A;  2JJI A;  3UQR A;  3O9L B;  5P7M A;  4Y3T A;  2PWC A;  1FFI C;  4B1D A;  5P7S A;  2QZK A;  1LV1 A;  4Y4U A;  2VS2 A;  1IZE A;  5P2F A;  1UH9 A;  5AHC A;  5P4I A;  2ANL A;  3EC0 A;  5P6K A;  4APE A;  2ZDZ A;  3VYF A;  1RPI A;  5P0R A;  1HTF A;  4FRI A;  5P7B A;  1GKT A;  5P8D A;  4X2L A;  4BFD A;  5I3W A;  5OYU A;  3OQF A;  3INE A;  3MSL A;  2QI4 A;  4J0Y A;  3S45 A;  2FNS A;  4Y3P A;  5P66 A;  4K8S A;  2XFJ A;  2PMA A;  5P1Y A;  2G24 A;  3FNT A;  4Z50 A;  2G69 A;  2IL2 A;  2QAK A;  5P44 A;  5P65 A;  4MC6 A;  5P28 A;  4JP9 A;  1E81 E;  3EKV A;  1E5O E;  3QI1 A;  2IKU A;  1GVT A;  4F76 A;  1M43 A;  3DJK A;  4J0V A;  2VNM A;  5P3V A;  3JVY A;  5P6G A;  5OZ8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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