5P6NA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 284
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6nA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6nA01
4FSLA 3H0BA 1W6IA 4A6BA 2V0ZC 4YCKA 1D4SA 4KB9A 5KQFA 5P79A 3GGAA 1B6MA 4Y48A 3UDNA 3PJ6A 5SY3A 5P5LA 3OHFA 4YCTA 5JG1A 5P49A 5P6TA 3I8WA 5KR2A 4B05A 2F81A 4X7IA 3SM1A 1E80E 2WKZA 3LPKA 3QPJA 3O9EA 3S8IA 2F3EA 5OZOA 4J54A 3UDRA 3U7SA 1DAZC 1IVPA 2ANLA 5OZ2A 3VV7A 5P5BA 1UH9A 3VYDA 5P6EA 5P3EA 1META 4GZFA 3U71A 5P1CA 1PROA 3TPRA 3UDQA 1IDAA 5P2TA 1ZSFA 3PLLA 2ZJJA 5P1OA 3D1YA 4H3FA 3EM6A 3NWXA 2R38A 5P4UA 4I11A 1EC0A 5P3CA 1Z1HA 4JPEA 3VF3A 3RSXA 3L5FA 2G69A 4CPTA 4LP9A 4J0VA 2NTRA 1SDVA 2O40A 3OGPA 1WKRA 3QI1A 1QRPE 2QI7A 4Y4EA 3K5GA 3VV8A 3GI5A 3ZPUA 1CZIE 1GNNA 3OTSA 5P5WA 2JJIA 5P0TA 5P4JA 5P7OA 2IS0A 1ER8E 5OZAA 5OZFA 4ACXA 5OZVA 3QVIA 1EBYA 3EL1A 1OD1A 1M0BA 4FS4A 4MC6A 4TVHA 3UTLA 4EYRA 4Y3FA 5KQZA 3CYXA 4Y3GA 5P2VA 3L5CA 3D91A 5P4MA 5P45A 1TCXA 5P7JA 3OQFA 4HZTA 4TRYA 5P7PA 1HPVA 5P70A 1M43A 1PPKE 3WZ6A 3ZKMA 4EJ8A 5P1AA 2BQVA 2VA7A 2JJJA 2NMZA 5P4SA 5HDZA 4ZSPA 3NUOA 2WF1A 3HZCA 2V00A 4DQEA 2QHZA 3OGQA 1GNMA 1AJXA 4GJ9A 5OZWA 2XFJA 2PC0A 1LZQA 5P1WA 3BXRA 3DCKA 2V10C 2Q54A 2G1OA 3S7MA 2ZHRA 4YBFA 2PSGA 1BV7A 4EP3A 4DQCA 2FDPA 2IQGA 4K4PA 2PQZA 3SA9A 3L58A 3WZ8A 5P8KA 5P6SA 3OXVA 4Y4GA 3VCMA 1A30A 3LPIA 2XYEA 3O9DA 1OEXA 5P1TA 3TKGA 5P81A 3FX5A 2P3BA 4QGIA 3IVHA 2P3BB 2FDDA 3LIYA 5P85A 1IVQA 5OZMA 3WSJA 1K1TA 3CKPA 1SDTA 1EBZA 5P7KA 5P7CA 3HAUA 3TOHA 5P5NA 5P75A 2B7ZA 4JPCA 2G20A 4HLAA 5KOQA 5AH8A 2FDEA 4XX4A 1B5FA 2G24A 5P44A 1B5FB 5OZ8A 4S1GA 2OHSA 5SXNA 2FNTA 1ODXA 2R3WA 1BWBA 1LYAB 1BVGA 5OZ7A 5P5RA 3S54A 1ZSRA 2ASIA 5P0FA 4LC7A 5P7YA 5P7LA 4ZPEA 1DMPA 2G1RA 4DJQA 3LIXA 5P84A 1KJFA 2RENA 5P18A 4A4QA 4B1CA 1A8GA 2QMGA 4EJKA 3K5FA 1MT7A 5OZIA 5P1IA 1SIVA 5HCOA 4DJRA 4Y3MA 5P58A 2FNSA 1ZBGA 1SDUA 3QVCA 5OZXA 3EXOA 2Q63A 5P38A 3Q3TA 3OXCA 2IEOA 2JYSA 5P3JA 5EZXA 4DH6A 1A9MA 3UDMA 2QZLA 4ER4E 3BHEA 4HDFA 5ENMA 2V12C 3KM4A 1BAIA 1AVFA 5OZ0A 3SA6A 4Z2ZA 1Q9PA 3PBDA 3FNUA 1C6XA 4H3IA 5P09A 2QP8A 2WF0A 4IVSA 5P3LA 1SIPA 5P5IA 4QJ2A 4Y3LA 4Z4XA 1KJ4A 3DCRA 4R92A 5DPZA 5P37A 5HDXA 1BXOA 1LYWA 4Y3AA 1NSOA 1LYWB 4IVTA 4D89A 4ZPGA 2G26A 2O4PA 3I7EA 4L7GA 5P1YA 3HW1A 3PGIA 5P40A 2APRA 3PM4A 4QJAA 2Z4OA 5P2FA 5P1MA 1E5OE 3UQUA 4OBHA 4FRIA 3B80A 3PWMA 5P2DA 3EMYA 4LXAA 5P8PA 2ZJLA 5P5HA 3SLZA 2ZE1A 5KQYA 2NXMA 3QP0A 2AVVA 1F7AA 3S56A 5OYZA 2CEMA 1APUE 2QU3A 5P4KA 4EQJA 5OZSA 3EKPA 5P4PA 3S2OA 4YD7A 2AOHA 1RQ9A 1XE6A 1MIQA 1PSOE 5DQCA 5P0BA 5P2MA 4Y5NA 2RKGA 2BKSA 4LXKA 3OK9A 1APTE 5DR1A 1N49A 4YDFA 4F76A 1ZPKA 4RZ1A 4GJ5A 1EPPE 5P3RA 5P7TA 3WZ7A 4Y4ZA 5P5MA 4Y3TA 2NMYA 3INFA 1EEDP 5P67A 3VF5A 1SBGA 4D88A 5P4DA 2Z54A 1AIDA 1FQ4A 5P66A 3L5EA 5P3IA 3SA3A 4DPIA 5P1KA 1K6CA 2AVMA 2IENA 5P5QA 4CKUA 5P6HA 5P5JA 5P0QA 1TSUA 4TVGA 4Y5MA 1W51A 4Y44A 3BXSA 5J25A 4RVJA 1XDHA 5P2LA 3T7PA 3U6AA 3QBFA 5P5YA 4ZE6A 3H5BA 1GVVA 5KR1A 1GVTA 3AIDA 3JW2A 2QZXA 5P0NA 2NXLA 3BUFA 5P6MA 5P1DA 5B18A 5P34A 3KT2A 2VJ6A 4FIVA 1HEGE 1SGUA 2I4DA 4L1AA 4I0HA 4L1AB 1EC2A 5OYYA 2HAHA 3I6OA 5P3PA 2ER6E 3UQRA 3D1ZA 1HVCA 3NDTA 1IZIA 3OWNA 4YOBA 4NKKA 3KDCA 1HVJA 5UPJA 2BPZA 2ER9E 3OQ7A 4EHCA 1XL5A 5OYQA 1EPME 2O4KA 1EPQE 5P51A 3T3CA 3KDDA 5DR0A 3OXXA 5P3SA 4Y5PA 1TQFA 3L59A 5DQ1A 2AZ9A 1D4HA 5P5EA 2FMBA 2HPFA 5P1FA 1A94A 3KDBA 3TOFA 5P03A 5P7HA 2J9JA 3DV1A 5P4QA 4RROA 2J9JB 2O4SA 4Y4BA 1HVRA 5OZGA 4DJWA 5P48A 1DIFA 2OHNA 5FIVA 5KOSA 4JECA 4Y3RA 5P6CA 1MVPA 2AIDA 2AOJA 5P54A 3NU5A 4B72A 5P12A 5P24A 1FFIC 4CPSA 3FNTA 5P8NA 5P0CA 2Q5KA 5P8QA 5P5TA 1BBSA 3NXEA 1T7IA 1OEWA 3VSXA 1T6EX 3KFNA 5AHBA 3ZMGA 5DR7A 3T6IA 1TZSA 2R9BA 5P2ZA 1SMEA 3SAAA 4QJ6A 5P8DA 2I0DA 3PHVA 1XS7D 4D85A 2AQUA 5P0GA 4J5JA 4FL8A 4FRSA 2ER0E 1FMBA 5OYUA 4FM6A 3APRE 3CYWA 3SACA 5OZ9A 4Y54A 4CPRA 4Y4TA 3UPJA 4I12A 2AOEA 3G70A 5OZZA 2QK5A 4Y3SA 1BVEA 3EL0A 3KYRA 2WL0A 3D20A 5P64A 6APRE 5OYXA 2QNNA 3KN0A 4DQFA 5DR4A 4Y5KA 5P4ZA 3EKTA 3OQAA 2QI0A 4EP2A 3NUJA 3APPA 4OBKA 2MIPA 4Y45A 2ZHTA 2G1NA 5P7AA 1K2CA 1YT9A 1XN3A 4NJVA 2R5PA 3PSYA 3CKRA 2I4XA 1WBKA 1K6TA 4OC6A 1M4HA 3WB4A 3PCZA 5P76A 5P3KA 5P6IA 3PVKA 4OC6B 4RCDA 5P6YA 4Y38A 3LPJA 5P05A 3IAWA 2BPYA 5P8UA 4B0QA 2ZJMA 2HC0A 4WY6A 5P7NA 4CPQA 3LINA 5HE5A 5P0XA 5P1ZA 3GI0A 2H6SA 1C6YA 2I4VA 5P4LA 5OZNA 3UFNA 1YG9A 5P8BA 1OHRA 1DPJA 3R1GB 4DJPA 3FV3A 4FAFA 1FQ5A 4OD9A 1HRNA 1KZKA 3ZKNA 4OD9B 4B1DA 2BPWA 3L3AA 2Q64A 4D83A 2F8GA 5OZYA 2FLEA 4YOAA 4ZLSA 1F34A 1LF2A 2XFKA 5P4YA 4AA8A 3VUCA 3IXOA 1B11A 3D1XA 5P32A 4DI2A 4X2LA 4Y51A 1G0VA 3L38A 5P4NA 3EL4A 4EWOA 1E82E 3KT5A 4GJ8A 1SMRA 5P2EA 1BXQA 5P33A 4RRNA 3SFCA 4I1CA 5P6OA 4J1EA 2AOCA 5P6FA 1EC3A 6FIVA 2HIZA 2PMAA 4DJUA 3LZYA 1C70A 2R43A 3VV6A 5I3YA 4YHQA 3INDA 3K4VC 1LYBA 2ZDZA 4CPXA 1LYBB 1BIMA 1ZP8A 4Y6MA 1NPAA 4YD6A 2ER7E 3SA8A 2O4NA 2WECA 4Z50A 3OXWA 2B60A 2OHQA 1NPVA 4Z22A 3OUDA 3RVIA 4Y47A 5P8AA 3D3TA 3OUDB 3NU9A 2PWRA 3DK1A 4L6BA 4GJAA 5P11A 3LZSA 5HU0A 1KJ7A 2ZJIA 4L7JA 2WF3A 3FSMA 3PI0A 5P2BA 5P6VA 2OHLA 1W50A 1MT9A 4I8WA 3NU3A 4PEPA 4F75A 2IL2A 3OTYA 1FB7A 1GKTA 5P7BA 1YTJA 5P13A 5P4AA 1AAQA 1MEUA 3BVBA 5P3TA 1CPIA 5IVQA 2QI5A 2QMFA 3PWRA 5P69A 4Y3PA 4Y37A 5OYSA 4Y5GA 4PZXA 2PK6A 3ZLQA 4K4RA 5P5SA 5OZ3A 3URLA 7HVPA 5P83A 5P2AA 3O9CA 4HVPA 5KR0A 2IRZA 1BDRA 2NNKA 4BFBA 1LF3A 5P8EA 3SPKA 3K1WA 5P0SA 1BILA 1BDLA 4FE6A 3Q5HA 1MT8A 3KMYA 1XN2A 1EBKC 4PHVA 2HB2A 2P83A 1FLHA 1IZDA 4Y3YA 1FQXA 5P53A 5OZPA 5KR8A 5P8OA 3JVYA 5OZBA 3CIBA 3NR6A 3OHHA 5P6BA 4ZSQA 5F00A 5HDVA 5P1SA 5P8GA 3GGUA 3ECGA 1FF0C 1K1UA 2QI1A 2WEDA 1TCWA 5HDUA 3IGBA 3L5DA 5P06A 1LEEA 3RTHA 3VSWA 2I4UA 4F74A 4ZPFA 5P8TA 2PH8A 5AHCA 1G35A 2BJUA 4YBIA 3O9HA 4LXMA 2G27A 2QMDA 2QZWA 4HA5A 5P4EA 5P7XA 4COEA 4K8SA 4Q1WA 1APWE 5P1RA 4WY1A 5P5XA 5DGUA 1RL8A 1FIVA 4FM7A 2CENA 3O9FA 1ENTE 4Y4DA 5P65A 2VNMA 1UPJA 3IN4A 3SA4A 3MWSA 5E5JA 4NJUA 1RPIA 4I0JA 2P4JA 1UH8A 4M8YA 4Q1NA 3BRAA 3GGVA 3VLBA 1MESA 2NNPA 2AZBA 1W5XA 1PSAA 2ZJHA 2WEBA 3UDKA 4Y4JA 1BDQA 4I0GA 5P6ZA 1T3RA 5OZRA 1FQ7A 5OZKA 3T11A 2UPJA 2F80A 1HXWA 3ZPTA 5P7VA 3SQFA 3UFLA 5P60A 4B00A 3S45A 1EC1A 3OUBA 5P2GA 3ZKSA 1K6VA 1FG6C 1NH0A 4J1HA 5OZQA 3ZPSA 4Y5LA 4OBDA 5COOA 4I10A 5P2JA 4MC1A 5P01A 2VJ9A 5P0VA 4CPWA 3KFRA 4Y3QA 5P73A 3OADA 2CEJA 2RSPA 3O9LA 4ZSRA 3OADB 2ZYEA 4EXHA 3LIVA 5P7WA 3KFSA 4CP7A 9HVPA 1HTFA 5HU1A 2JXRA 2VKMA 4Y35A 1FGCC 5C9BA 2XFIA 1ME6A 4PYVA 3IXKA 5P8RA 1HPSA 4LAPA 3URIA 4AMTA 2UY0A 5P8VA 2WHHA 4Y3ZA 1YTIA 1B6PA 1SGZA 5P39A 1VIJA 4QLHA 3BUGA 5P7RA 5JFPA 5AH7A 5P3QA 1QDMA 4NPTA 1G2KA 4FGXA 1HXBA 5OZDA 3EM3A 5IVRA 3ER3E 5P0DA 3NU6A 2A4FA 2AVSA 4J17A 1MPPA 5P07A 1FQ6A 4LL3A 4DJYA 2UXZA 3EKVA 5P04A 3HDKA 4ACUA 4E43A 1VIKA 1ODYA 2PH6A 1BV9A 1XL2A 1HVSA 1RNEA 3MSJA 2WEAA 5P8MA 4Q1YA 3T7QA 5P0YA 2P3CA 2H6TA 2R8NA 5P3BA 4Y3XA 4XX3A 4YE3A 3LHGA 3VYEA 5OZ4A 5P6PA 2PSUA 3EL5A 5P0OA 1DW6C 4LBTA 5P59A 4UPJA 2BKTA 4Y3WA 4FRKA 2XYFA 3O99A 5P0IA 4HE9A 5P77A 1ZAPA 2FXEA 1B6KA 4U8WA 3I25A 3SABA 5OZUA 4YD5A 4EXGA 3KMXA 1MERA 4M8XA 1MRXA 5P28A 3UQXA 2P3AA 5P1UA 4Y3HA 5OYWA 4Y57A 5P8SA 5P20A 2OHMA 1ZLFA 5P3AA 2QCIA 1HVIA 2QNQA 5P4BA 3ST5A 5P7ZA 1LV1A 5P57A 4QJ9A 4GJ7A 3NWQA 4PZWA 5P50A 3SA5A 4BFDA 1W6HA 3BUHA 5P6WA 5TOLA 4DJVA 2Q15A 3SKGA 1GVXA 4RVXA 2PSVA 3O9AA 5P1JA 5P46A 5P47A 1BWAA 3MSLA 4I0IA 5ER1E 5T4SA 2HS2A 2QI4A 4R5NA 5P14A 5P4VA 3VFBA 3AUPA 3NU4A 1LF4A 3TLHA 3OU1A 5OZJA 3VG1A 3OU1B 4RCEA 3OQDA 3VLAA 2G21A 5P74A 5P6AA 5P7IA 3OU4A 4Q5MA 3OUCA 3OU4B 1HPOA 5P5UA 1ZJ7A 5P6RA 5P86A 1AM5A 4GJ6A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4FSL A;  3H0B A;  1W6I A;  4A6B A;  2V0Z C;  4YCK A;  1D4S A;  4KB9 A;  5KQF A;  5P79 A;  3GGA A;  1B6M A;  4Y48 A;  3UDN A;  3PJ6 A;  5SY3 A;  5P5L A;  3OHF A;  4YCT A;  5JG1 A;  5P49 A;  5P6T A;  3I8W A;  5KR2 A;  4B05 A;  2F81 A;  4X7I A;  3SM1 A;  1E80 E;  2WKZ A;  3LPK A;  3QPJ A;  3O9E A;  3S8I A;  2F3E A;  5OZO A;  4J54 A;  3UDR A;  3U7S A;  1DAZ C;  1IVP A;  2ANL A;  5OZ2 A;  3VV7 A;  5P5B A;  1UH9 A;  3VYD A;  5P6E A;  5P3E A;  1MET A;  4GZF A;  3U71 A;  5P1C A;  1PRO A;  3TPR A;  3UDQ A;  1IDA A;  5P2T A;  1ZSF A;  3PLL A;  2ZJJ A;  5P1O A;  3D1Y A;  4H3F A;  3EM6 A;  3NWX A;  2R38 A;  5P4U A;  4I11 A;  1EC0 A;  5P3C A;  1Z1H A;  4JPE A;  3VF3 A;  3RSX A;  3L5F A;  2G69 A;  4CPT A;  4LP9 A;  4J0V A;  2NTR A;  1SDV A;  2O40 A;  3OGP A;  1WKR A;  3QI1 A;  1QRP E;  2QI7 A;  4Y4E A;  3K5G A;  3VV8 A;  3GI5 A;  3ZPU A;  1CZI E;  1GNN A;  3OTS A;  5P5W A;  2JJI A;  5P0T A;  5P4J A;  5P7O A;  2IS0 A;  1ER8 E;  5OZA A;  5OZF A;  4ACX A;  5OZV A;  3QVI A;  1EBY A;  3EL1 A;  1OD1 A;  1M0B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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