5P6OA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 285
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6oA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6oA01
4CPSA 4ER1E 3EKTA 3VF5A 5KAOA 2V00A 5KQFA 5HE5A 2SAMA 1EBWA 2V13A 3PCWA 2VA7A 3SACA 2VS2A 4DQEA 1W5VA 2G24A 1BWBA 5P3JA 3K4VA 5P06A 3EL4A 7HVPA 5P5ZA 2QD7A 3DK1A 5P3IA 2EWYA 5P6HA 5P5XA 4FRIA 5P5VA 5P2VA 4D83A 4YCKA 4Y3LA 3VSXA 2QI5A 1FGCC 4OBZA 4J17A 4YA8A 1CPIA 5P1TA 4PZWA 2F3FA 5P6CA 5P7PA 4DJVA 4F73A 2B7FA 5SXNA 6UPJA 5P4ZA 3TKWA 5P81A 4J1HA 2OAHA 1LYAB 4L1AB 5P3NA 1FLHA 2BPWA 3EKPA 5P3LA 3LNKA 1SDVA 5P4CA 1Z8CA 5P5JA 3ZKMA 4GJDA 2MIPA 2XFIA 5BS4A 4OBFA 2IKOA 5P1OA 5KR0A 4KE1A 5C9BA 1JLDA 3VV8A 1N49A 1XL2A 3OHHA 5HCOA 2QMPA 2G27A 3H0BA 5P4AA 5P5WA 3VLBA 1B6PA 4OD9A 4PYVA 2F80A 1EPPE 3LITA 2FLEA 2QD8A 1ZPKA 3LINA 5P8OA 2Q3KA 5FIVA 5P7GA 1KJGA 1LEEA 3O9LA 2QNQA 2WF3A 2G69A 3VFBA 5P51A 3OUAA 4DJPA 4HDBA 3LZYA 5P04A 3KMYA 3FNTA 1MIQA 5AH7A 3UQXA 5DR8A 5P26A 1EC3A 2A1EA 5PEPA 5CLMA 4RYCA 5P63A 5P28A 1K6CA 2R5QA 5AH9A 3PRSA 3KDDA 1K1UA 3NDWA 2I4UA 3DCRA 3RSXA 2Z54A 3IXOA 4J0ZA 2R38A 5P69A 3OQAA 5P1KA 5P3SA 3N4LA 4QJ2A 5P4PA 4ZPGA 1XE5A 2NXLA 5DR4A 1XN3A 5P62A 3VG1A 1DIFA 3ZKGA 1FFIC 3ZMGA 1D4LA 5OZIA 5COOA 2NXMA 1G2KA 4EQJA 2OHRA 1BV7A 1FIVA 1PPME 3MSLA 2AVSA 3L38A 5OZRA 4TRWA 5P8BA 3IGBA 4B0QA 4H3IA 1A30A 4K9HA 2NPHA 2AZBA 3KFSA 5P59A 5P38A 3GGAA 4JP9A 1AVFA 1QBTA 2ZGAA 5P6SA 4KUPA 5P10A 2B8VA 3MXDA 4Y4BA 4Y4UA 3QVCA 3VEUA 2PMAA 4YD6A 1YM2A 4EJ8A 3UDPA 5P1UA 3D1ZA 3PGIA 3PVKA 2BPVA 4ZE6A 3OXCA 1WKRA 2QHYA 3O9AA 4IVSA 3BVBA 5P23A 4CKUA 4CMSA 4OC6A 1LZQA 1CZIE 5P5PA 3NSHA 3OGPA 3WZ8A 5P73A 4KE0A 3VCMA 1FG8C 4OBZB 1W5XA 2O4NA 5P4XA 3FIVA 4BFBA 4Z4XA 3SPKA 3B7VA 3N3IA 4FE6A 5P8NA 1NPAA 1HPOA 1WBMA 3KFNA 3GI0A 5P03A 2IKUA 3PEPA 1LV1A 5P2IA 2ER9E 2ER0E 2RENA 2CENA 5P1FA 2I1AA 2VKMA 2AZCA 4DVFA 5P0DA 3TPJA 4OD9B 1A94A 1HHPA 3PLLA 3NUJA 2PSGA 2VA6A 3O9BA 5P5MA 2IENA 3PWMA 4Y4GA 1MT7A 3QI1A 4Y4XA 5JFPA 1MT8A 1DW6C 5OZ0A 1IZDA 3UDHA 1NPWA 3MWSA 2Z4OA 4Y3DA 2ZDZA 3NU6A 5P4OA 3OQKA 5E5KA 4DFGA 2HS2A 3JVYA 5T4SA 4D88A 1XS7D 4HLAA 1SBGA 1RL8A 5P6FA 1SDTA 4QGIA 2R9BA 5P6OA 5P1WA 4Y47A 5P3AA 4OBKA 2H6TA 3CKTA 4FRSA 2JJIA 3EM4A 5P64A 4Y4ZA 4L7JA 3GW5A 2VJ6A 1BDLA 4I12A 3RTMA 5KQZA 5OZUA 1T7KA 5P7MA 4H3FA 5P76A 2UY0A 3EKYA 1T7JA 2FGVA 5OZCA 5P08A 4DV9A 1HEGE 4QJ8A 2FS4A 4AZYA 3RTNA 2AQUA 5APRE 2Q55A 5OZTA 3OQ7A 2O4LA 2G94A 5P6YA 4E43A 3EL0A 2QI0A 2VJ7A 5COPA 2AIDA 2IDWA 2Q64A 3I7EA 5P19A 4Y3WA 5JODA 2V12C 3BUFA 5P8RA 5P50A 5P52A 3R4BA 3BUGA 2ZHRA 2R8NA 1YM4A 1Z1HA 4OC6B 5OZ8A 2G1SA 5ER1E 2QU2A 1IVQA 2HIZA 3OAGB 4Z50A 4XKXA 5P74A 2BB9A 5IVQA 1YG9A 2AOJA 4NPTA 4Y39A 4EJLA 5P0IA 3ZOVA 1AM5A 3VLAA 5P6GA 3Q6YA 3G70A 5J25A 5P12A 4ZSPA 5P4GA 5P2BA 3FSMA 4YBFA 5P8SA 3JW2A 3KA2A 3SFCA 1FQ4A 5P45A 3F9QA 2IS0A 3PCZA 3I8WA 3PMUA 2HB3A 1MTRA 2ZJKA 5P1HA 2QMDA 3S45A 4DQBA 1HPVA 5P0CA 5HDXA 3URLA 5P0EA 5P4MA 4MC2A 2OHNA 1EPQE 1B6KA 4CPUA 3NR6A 1K6PA 2IL2A 1T6GA 1UH8A 1LF3A 1IZIA 4ZSMA 5P57A 2QK5A 3D1XA 2Q63A 4GJ6A 1GNNA 5OZVA 3TTPA 3R2FA 5P7QA 3IVHA 3HW1A 4CPXA 5BWYA 5DR0A 1TQFA 5P3QA 1HEFE 3CKRA 2WECA 3K5DA 3KDCA 1K2CA 5P4RA 4Y9WA 5P5GA 3VF3A 1YTHA 3ER5E 2QMFA 5P3ZA 3TPLA 3L5BA 2R5PA 3R0WA 5P7DA 1FMUA 5IE1A 1MRXA 1T7IA 4Z22A 1C6YA 3CYWA 3ZKNA 5P00A 1BWAA 5P7BA 2WEDA 3PI5A 1SMEA 3QRSA 3NDXA 3HAWA 3A2OA 1D4SA 1AXAA 5ISJA 1YTJA 3RU1A 5P5TA 1EPME 3EKVA 3OOZA 3LZSA 2I4XA 3CIDA 3SA6A 4MC6A 4GZFA 1M0BA 3ER3E 5AHCA 3TOGA 3IN3A 4WY1A 5AHBA 4HDFA 5P58A 1HPXA 2NR6A 4FM7A 1HTEA 5P6AA 3HVGA 4CPRA 3WZ7A 4ER4E 3EL9A 4GJAA 5KR2A 5SZ9A 3QN8A 3OUCA 3OU1B 2NNPA 4CP7A 5P6WA 5P20A 4B70A 5P6UA 3K5FA 4I10A 5P0GA 5OYUA 3EKWA 3WB5A 4HEGA 1EBZA 5OYSA 4Y3PA 1QS8A 5P8CA 5P4TA 3VFAA 3INFA 2ZJMA 2BJUA 3FNSA 3UPJA 3HLOA 1D4KA 3OQFA 4Y53A 2XFKA 4AA9A 4YD4A 2A4FA 2QI1A 5P47A 3BGBA 2VNMA 6FIVA 3UCBA 3APPA 3BHEA 5OZXA 3T7QA 1W6IA 5P6RA 6APRE 2I4QA 4B1CA 5DR1A 3EXOA 2FNTA 4B77A 1MUIA 2AOGA 5P4QA 5P5HA 1UH7A 2NNKA 4KB9A 5DPZA 4FM6A 3Q4BA 1RPIA 1MVPA 3HD8A 4UPJA 5DQ5A 1SIVA 3SA3A 3S2OA 2ZHTA 1BAIA 3BVAA 4YCTA 4Y41A 4DJYA 3PBDA 1BXOA 4H3JA 5P7RA 4YOBA 3KT5A 3S7LA 1APWE 3OU3A 5P29A 5OZDA 5P1ZA 1D4IA 2PSVA 4AA8A 4GJ7A 3GI4A 1T6EX 3U71A 1MT9A 2O4SA 2P3BB 4DI2A 4Q1XA 3KF0A 3SM1A 4Q5MA 2G1RA 5P4BA 5P35A 5CONA 5P6PA 5F00A 3SA4A 3INEA 1YTGA 4PZXA 5OYZA 4X7IA 2WF1A 5P5AA 1BDQA 2AOEA 4A6BA 5P22A 4J0YA 2QZWA 5P39A 3PWRA 1PFZA 5P31A 5P8QA 1HVKA 1HVLA 3SKGA 5P7OA 1UPJA 4Y3ZA 5P89A 2QI7A 1C70A 4LAPA 1HVJA 4RCDA 3QBFA 1HOSA 5P2DA 5P3BA 4Z2ZA 4J0TA 1ODWA 4K4QA 5P0VA 1BIMA 2ZJIA 5P15A 1HSHA 3MSJA 3CKPA 2H6SA 5P7UA 1B6MA 4LHHA 2FDDA 1IZEA 5OZAA 1QBUA 1M43A 3LZUA 2IGYA 3QRMA 4Y3QA 3LIVA 5P54A 2HC0A 4Y5PA 5P7XA 4J0VA 3IA9A 1FQ8A 2JJJA 1SGUA 1HVCA 5P7IA 4J1KA 2WKZA 3IXKA 5P1DA 1LS5A 4Y50A 5P09A 1NSOA 4YE3A 8HVPA 4M8XA 5P6NA 5P7NA 5P1GA 4EQ0A 4FIVA 5P7KA 5P88A 3UTLA 4Y5GA 1RNEA 1E5OE 4GJ8A 5P3EA 3K4VC 3DJKA 3OK9A 3KT2A 4I0EA 3UQUA 2RKFA 5P2RA 3TH9A 4I0GA 3DCKA 1F7AA 3INDA 4A4QA 5HE7A 5P1BA 5P3FA 5P6BA 4Y3SA 2OHQA 1BBSA 3EMYA 3SO9A 2OHMA 5P34A 5P8UA 2HB2A 4GB2A 4A6CA 4Y6MA 4QLHA 3L5DA 3S54A 1BVGA 4MC1A 2HS1A 2I4VA 3FX5A 1MSNA 3OTYA 2I4WA 3BXRA 4LBTA 2ZJNA 1FFFC 5P37A 2QHZA 1QRPE 4EJKA 4Y3AA 5P4LA 1ZJ7A 5P8LA 2OHTA 3OU4A 4FSEA 4D8CA 3OTSA 5ISKA 4ZPFA 4Y5NA 2P8HA 3T6IA 1XE6A 1ZLFA 3DOXA 4ACUA 3SA8A 5P7TA 1W5YA 2CEMA 5P6EA 3OXWA 1B5FA 2FXEA 3LIYA 3S8IA 3OWNA 5P40A 5P7LA 1ZBGA 5P2NA 1A9MA 4Y3JA 5P2UA 5P24A 4Y3XA 4YD3A 5P7YA 1EC0A 1YTIA 2AVVA 3K5GA 4RGHA 3IN4A 2QZKA 5AH6A 2JYSA 5OZ9A 5P67A 3VV6A 2XYEA 2AVOA 2BKSA 1HXWA 4U7VA 5P0ZA 1SH9A 2FDEA 2V11C 2G1YA 5P2ZA 4Y5EA 5P75A 2QZXA 2G26A 3WZ6A 5P13A 5OZJA 2ZHSA 4B05A 5P65A 5AGZA 5KOQA 2AOIA 5OZOA 4YD7A 4APRE 2R43A 4Y5MA 5P2FA 1ENTE 3TKGA 5P18A 3VSWA 3O9LB 1ME6A 3SA7A 5OZQA 4DJUA 5P7JA 4R5NA 3IXJA 4Y35A 5P53A 3NU3A 3L3AA 1VIKA 3ZKIA 3DV1A 4B1EA 1HVHA 2P3AA 4GJCA 5P8VA 5P6JA 1FMXA 5P11A 2VIYA 3NWQA 5P0TA 5P77A 4JPEA 2PK6A 4HVPA 4OBGA 5P3RA 2NMZA 4Y57A 4YCYA 2WEBA 4RVIA 1SIPA 5P2XA 5P3TA 1FQ5A 3QAAA 3NDTA 2VJ9A 5KR1A 2AOFA 4BFDA 5P1VA 5P5YA 5P2OA 3INHA 5P3CA 4NJVA 5HDUA 3B80A 1G35A 2WEAA 3WSJA 3UQRA 3UDMA 4Y5LA 3R0YA 1DP5A 1B6JA 5P5RA 3I6OA 5P5UA 5JG1A 1RQ9A 4YD5A 3PM4A 5P0XA 1GNOA 3EC0A 5P3YA 3S43A 3LPJA 4ER2E 5OZKA 1HWRA 2APRA 5HU0A 1MPPA 5P8GA 4Y5CA 3Q70A 2CEJA 3OXVA 4DJWA 5P61A 3KYRA 4EPJA 3KDBA 5JFUA 4I0IA 4K4RA 1K6VA 1PROA 4CPQA 2PYMA 4I0ZA 3BGCA 3ZPUA 1A8GA 4FAFA 1PSAA 5OZNA 1MTBA 3LPKA 3EKQA 5OZ3A 3D1YA 5P0HA 1QDMA 2PH6A 5KQYA 1OEXA 4APEA 3RVIA 1ZAPA 1HIVA 1G6LA 1HPSA 4NJUA 3K5CA 5P6KA 1B11A 3ZPTA 2BPZA 5P7ZA 4XX3A 5P5DA 1IBQA 5P5BA 3O99A 5P49A 1LYBA 3CICA 3NWXA 1TCWA 1MSMA 2F3EA 3LZVA 4TVHA 1QBRA 4Y4DA 1NPVA 3T7PA 3D20A 4I8WA 4JOOA 5P6ZA 4L7GA 3SABA 1EPOE 3PSYA 5P3WA 1K1TA 4XX4A 5P6MA 3Q3TA 4Q1WA 4F75A 5OZEA 5OZBA 2OHKA 5P2LA 2PQZA 2QNNA 2QHCA 3G72A 3HAUA 1F34A 5P5SA 3UDNA 2OHSA 1LYWA 1FB7A 4M8YA 3SLZA 3URJA 2VIJA 4CPTA 3PSGA 5I3XA 1NH0A 5HCTA 2ASIA 5P0RA 3UFNA 1CMSA 4Y56A 7UPJA 5P25A 2BBBA 5P1CA 3TNEA 2FXDA 5P8DA 5P7HA 4D85A 3NU9A 3SA9A 5P3GA 4LL3A 5DR7A 2G1OA 3EL1A 4QJAA 5P44A 5P1NA 3QPJA 4Y54A 4TVGA 3VF7A 5P4SA 1BDRA 1FKNA 5P7SA 5P2MA 3HDKA 4DPIA 5P1PA 5P27A 1A8KA 5HE4A 1OHRA 4RVJA 4OBDA 3L5EA 4COEA 5P4YA 5OZ2A 5OZZA 4JPCA 3BXSA 4Y45A 4TRYA 2I0AA 5KR8A 1ZPAA 4J5JA 5P36A 2FDPA 5P4EA 5P8HA 2JE4A 4PPHA 1FMBA 5OYYA 4L1AA 1LYAA 3TPPA 4BEKA 3ZKSA 1DAZC 5OZ6A 4ZLSA 4ZIPA 1SMRA 5OYVA 4I0FA 4Y3TA 4U8WA 3TOFA 4YDFA 2ER6E 4LC7A 4Y51A 3H5BA 2VIEA 2BPXA 4RZ1A 3OUBA 2BKTA 5DR3A 5EZXA 4IVTA 1GVVA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4CPS A;  4ER1 E;  3EKT A;  3VF5 A;  5KAO A;  2V00 A;  5KQF A;  5HE5 A;  2SAM A;  1EBW A;  2V13 A;  3PCW A;  2VA7 A;  3SAC A;  2VS2 A;  4DQE A;  1W5V A;  2G24 A;  1BWB A;  5P3J A;  3K4V A;  5P06 A;  3EL4 A;  7HVP A;  5P5Z A;  2QD7 A;  3DK1 A;  5P3I A;  2EWY A;  5P6H A;  5P5X A;  4FRI A;  5P5V A;  5P2V A;  4D83 A;  4YCK A;  4Y3L A;  3VSX A;  2QI5 A;  1FGC C;  4OBZ A;  4J17 A;  4YA8 A;  1CPI A;  5P1T A;  4PZW A;  2F3F A;  5P6C A;  5P7P A;  4DJV A;  4F73 A;  2B7F A;  5SXN A;  6UPJ A;  5P4Z A;  3TKW A;  5P81 A;  4J1H A;  2OAH A;  1LYA B;  4L1A B;  5P3N A;  1FLH A;  2BPW A;  3EKP A;  5P3L A;  3LNK A;  1SDV A;  5P4C A;  1Z8C A;  5P5J A;  3ZKM A;  4GJD A;  2MIP A;  2XFI A;  5BS4 A;  4OBF A;  2IKO A;  5P1O A;  5KR0 A;  4KE1 A;  5C9B A;  1JLD A;  3VV8 A;  1N49 A;  1XL2 A;  3OHH A;  5HCO A;  2QMP A;  2G27 A;  3H0B A;  5P4A A;  5P5W A;  3VLB A;  1B6P A;  4OD9 A;  4PYV A;  2F80 A;  1EPP E;  3LIT A;  2FLE A;  2QD8 A;  1ZPK A;  3LIN A;  5P8O A;  2Q3K A;  5FIV A;  5P7G A;  1KJG A;  1LEE A;  3O9L A;  2QNQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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