5P6PA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 286
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6pA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6pA01
5DQ4A 5P8HA 1D4JA 4HZTA 1XN2A 4B0QA 5P74A 4Y4XA 4TRZA 3OQ7A 4Y3LA 4B78A 5P17A 3GGVA 5P7KA 2BPZA 5P5EA 3CIBA 2J9KA 2G27A 4H3JA 3EKYA 3OU1B 2VA5A 5ENKA 5P7GA 1PROA 3LIXA 5OZLA 3QVIA 1ZSFA 2EWYA 1WBMA 5P5QA 3IGBA 5P66A 1QBUA 4DJXA 1LF4A 1PPME 5P3AA 2QI3A 5P2KA 4B72A 2IENA 3HD8A 5P22A 3I2LA 3KFRA 2ZJJA 4LXMA 1PFZA 5OZ1A 3T7XA 4OBGA 3VUCA 1M4HA 5P37A 4LBTA 3RU1A 5SY2A 4Y3AA 1D4HA 4JP9A 5DQCA 5P3YA 2ASIA 5P5JA 1GNNA 3VSXA 5IVQA 4RGHA 5P6VA 5P2DA 3O9GA 3LPJA 4RCEA 2AOJA 4ZSQA 2FMBA 5P8KA 4HDPA 5OYUA 5P13A 2V0ZC 2Q55A 1BV7A 1C6YA 1BVEA 5P3KA 1D4SA 5P1QA 1VIKA 4NPTA 1APWE 4J1FA 2AOCA 2H6TA 3ZMGA 4Q1YA 3L58A 4Y5EA 1AAQA 5P61A 4Y3XA 3OUBA 5P5UA 2Q54A 5BWYA 3RTHA 5P14A 2QD6A 2RSPA 5P1VA 3DOXA 5P8DA 3Q70A 1D4KA 5P4OA 3K4VA 4D83A 3ER5E 5P6NA 1MRXA 3OU4B 5OZYA 1FMXA 3C9XA 4UPJA 1IZIA 2PMAA 3I8WA 2VS2A 4EP3A 5P4VA 5P4NA 4FRSA 3PWWA 4DPIA 5OYWA 5P33A 3APPA 3DCKA 2R38A 2ZJKA 5P6IA 4DJOA 1HVKA 5P43A 2B8VA 3EM4A 4Y4BA 1HTFA 5P1IA 3INHA 5P4RA 3BC4A 3NDUA 1IDAA 5P7UA 5P2YA 3EXOA 4FRKA 4KE1A 3VSWA 3PMUA 2QMFA 4ZPFA 1LEEA 2XYFA 5C9FA 1DAZC 4GJ9A 3SM2A 4ER4E 1MIQA 4HEGA 3SA6A 1GKTA 1PSNA 2MIPA 5P15A 2I4QA 4ZPGA 5P02A 1E82E 5P8SA 5P3RA 5KQFA 2WEAA 2QI5A 5P1UA 4D89A 3NLSA 1F7AA 3UDRA 4JPCA 5DR8A 4Y51A 3M9FA 4LC7A 2PYMA 5P4AA 5P0ZA 5P3JA 2O40A 5P6EA 3UDMA 5P49A 5P0HA 4F73A 5P1JA 2V11C 5P4GA 5KR0A 1W51A 4HLAA 3EBZA 3S45A 1RPIA 1ZJ7A 3Q3TA 5AH7A 5P2GA 5P2JA 5P18A 3NDTA 5P0NA 1HIVA 5P7PA 5P0SA 5OZAA 5E5JA 4N00A 1IVQA 2Q3KA 4J0YA 2FXEA 5P0WA 1CMSA 5P7LA 3IN4A 4HDBA 9HVPA 4Y4DA 5F01A 5P6JA 3TTPA 4I11A 1IDBA 3IVIA 4Y35A 4YCKA 4YE3A 1FG8C 3K5CA 3SAAA 5P2BA 5OZBA 4Y58A 4EJKA 2VA7A 2NMYA 3UDNA 5EZZA 3TKWA 5OZXA 3R0WA 5P0JA 3VFBA 1HPOA 2CEMA 3NU4A 2G22A 4Y5AA 2O4LA 3MXEA 5P1RA 5P4LA 4CPXA 4CPRA 2PSGA 1RNEA 5OZDA 1W5WA 2P3BA 1MT9A 1SH9A 3D1ZA 3VYEA 2G24A 4FE6A 3O9LA 5KOQA 3GI6A 1HVHA 4I8ZA 4LL3A 3PMYA 3HBOA 3URIA 5COKA 4DVFA 5P2EA 3KA2A 5JFPA 3SA8A 3EM6A 5P0BA 5KQXA 5P2OA 2QCIA 4DJPA 5KR1A 4YA8A 3VLBA 1E81E 4ZSMA 5P2AA 5HU1A 2Z4OA 5P1CA 1M43A 3NR6A 4ZPEA 2BKSA 5P4WA 4B05A 5OZWA 2QK5A 3OTSA 1D4YA 5P7CA 5OYRA 1SGZA 4BELA 1LV1A 5P7SA 5P2NA 3CKRA 5P0UA 3QN8A 3L59A 3UQXA 4OBHA 3UTLA 4PEPA 4Y3JA 2OHSA 3NSHA 4Y3QA 3OTYA 1EPPE 1C6ZA 3A2OA 5OZFA 4J0ZA 5OZKA 5P8QA 4L1AA 4EJDA 2V12C 5P3IA 5P4FA 5P69A 2JE4A 2FGVA 4FAEA 4H3GA 5AHBA 1JLDA 5P80A 4AA9A 1MT7A 1HHPA 2B8LA 4Y3PA 4FCOA 5OZOA 5DGWA 2OHQA 5P7AA 5IE1A 3PI0A 5DQ5A 5OZ4A 3OXWA 5HDVA 5P7IA 5P8PA 1HSIA 3URJA 3LPKA 1D4IA 2QHCA 3QI1A 5P1YA 3QRSA 5P0XA 1EC3A 5P1ZA 2PC0A 4Y3MA 1MUIA 1A9MA 1FGCC 2ZJLA 1YM4A 1MRWA 5P05A 5OZ3A 1XDHA 3U71A 3EL5A 5P5GA 4GIDA 3FSMA 3ZPUA 2IEOA 5P5MA 4MC9A 3F9QA 6UPJA 1YTJA 3L5CA 1APVE 5SXNA 4XX4A 3GI4A 3L5DA 2QZLA 3OWNA 3S43B 5OYQA 3CICA 5P83A 5KAOA 5P41A 5P0CA 3VYFA 4Y4ZA 1SIVA 4RRSA 2AIDA 5P57A 5P5TA 1NPWA 5P7QA 4DJWA 4Y6MA 5UPJA 2PYNA 2HPFA 1CPIA 3OQFA 1RV7A 2NPHA 4NPUA 1GNOA 5P3QA 1LYWB 4Y3GA 1HEFE 4YHQA 1HPSA 2O4NA 1ZSRA 3MSLA 1HTRB 4ER1E 2ER6E 3ZKXA 5JG1A 3PCZA 5OZTA 4J0PA 4A4QA 5DQ1A 3KDDA 1KJ7A 4LAPA 3BXRA 5AH9A 4FSEA 3HVPA 4BFDA 5P8BA 4Y53A 5ENMA 5P5KA 3WZ6A 4DFGA 3EKWA 5P34A 2AOIA 3O9CA 3LHGA 2J9JA 1LYBB 5P76A 5P59A 5P28A 5P08A 2OHUA 5P32A 4Y4JA 2B60A 1B6MA 5P4DA 3SLZA 4MC2A 4I0ZA 5DR0A 4F76A 5E5KA 2NMZA 1LYAA 1WBKA 4RYGA 1BDQA 4J55A 5KR8A 3ECGA 1E5OE 1AM5A 3T3CA 1BIMA 1AVFA 4B77A 4FM8A 3KFSA 4DUSA 3IN3A 3UDPA 3R0YA 1RL8A 5HVPA 3INFA 3VLAA 3BVAA 3QROA 3T6IA 3S85A 3O9IA 3BGCA 4JOOA 5P85A 5P67A 1J71A 5P52A 3ZKIA 3HZCA 3WB4A 2VJ9A 4J1HA 4XX3A 1SBGA 5APRE 3PHVA 3G72A 2FNSA 5CLMA 5P7WA 2IL2A 5F00A 5P0LA 3DJKA 1FFFC 1EC0A 2OAHA 5DQ2A 1YM2A 1FEJC 5P0OA 3WSJA 5P2MA 1EBYA 3D91A 5T4SA 4Y4GA 4K4QA 4Y3RA 5P84A 2OHMA 2PK6A 1B5FA 3WZ8A 5P56A 3EL9A 2BBBA 3H5BA 4GYEA 5P0MA 5P5PA 5OZNA 4HDFA 5OYVA 4Y37A 1PPKE 5P7OA 3SQFA 5P8LA 1HVJA 2WF2A 2AVVA 2QD8A 3IA9A 3ZKQA 1FQ4A 4BFBA 4Y3WA 3S7MA 3IXKA 4QJ9A 3UPJA 5P72A 3D1YA 3LITA 1MERA 5P6BA 3ZL7A 2QMDA 4JPEA 4OBFA 4CPQA 2PSVA 3PM4A 5HE7A 3H0BA 5P8RA 4AZYA 3HLOA 1BWBA 2BPYA 1TSUA 3VV7A 1HTGA 3R4BA 1T7JA 3LPIA 2AVOA 4Y47A 3D20A 4AA8A 3PBDA 4L7GA 3EL1A 5P5OA 4R5NA 5P6RA 4PZXA 5KOSA 3APRE 5P1PA 3D1XA 5P89A 4B1EA 1F34A 4GJ5A 3FKTA 3BUFA 5J25A 5ISKA 5P0KA 2BPVA 4Y50A 3O9BA 1A30A 5P2TA 2R3TA 1NSOA 4ZEAA 5P46A 4S1GA 2QNPA 5P71A 2HAHA 2VKMA 2JJJA 5P87A 1K1UA 1GVUA 2ZHTA 5P3TA 3UDKA 3PI5A 4NKKA 1MTBA 5OZPA 1AJVA 5B18A 3S8IA 2R5PA 3N3IA 2FIVA 1FF0C 3IXJA 2A4FA 3OAGA 3PEPA 2ER0E 4OBZB 2R3WA 5OZHA 5P70A 1T7KA 5P3HA 4YD6A 5P3XA 5P5SA 4PPHA 3OGQA 3PVKA 3O99A 3VEUA 5P4UA 5OYYA 4RVXA 4OD9A 2IGXA 5ISJA 1C70A 2WHHA 3FX5A 5P2VA 4WY1A 3IVHA 4OBKA 1GVWA 1OD1A 2ANLA 3GI5A 5P0PA 3UQUA 4L6BA 5P6SA 3RTMA 4YD5A 2QI7A 3OY4A 4I0EA 5P5XA 1OHRA 5P5VA 2V00A 2F3KA 3EKPA 5OZZA 5P4ZA 2Q63A 1HVIA 1VIJA 4I0HA 5P5RA 5P62A 3PLDA 4Y48A 3UFNA 5P4EA 4I0GA 3LIQA 1KJHA 3INDA 2QU3A 4Y3ZA 5P3ZA 3UCBA 2QU2A 2FLEA 4U8WA 5P6FA 1W5XA 1SP5A 3LIVA 2BB9A 1IVPA 5ER1E 2QAKA 3PB5A 3ZKGA 1MESA 1B11A 2F8GA 5P8MA 3VF7A 3OOZA 5ER2E 4B1DA 5P1OA 3OADA 5P35A 4I0IA 5P38A 3VCMA 1W50A 5P3EA 1SMRA 2R5QA 4DH6A 1A8KA 1BAIA 3TOHA 4FIVA 5FIVA 1EC1A 3L3AA 2V10C 4FS4A 5P36A 5P48A 4Y3DA 2RMPA 1E80E 2WEDA 5IVTA 4A6BA 5P0IA 3NWXA 4DQBA 4QGIA 1FQ8A 1HPXA 4LXAA 3SACA 3UDYA 3LINA 3TOFA 2IKUA 4Y45A 2QNQA 1ER8E 5P1GA 1HVRA 1YTIA 5P7JA 3NU5A 1FQ7A 2HIZA 1NPAA 2FDDA 3DUYA 1BDRA 3ZLQA 4FM6A 4RVJA 4Y43A 5P8GA 3SA5A 5TOLA 3OUDA 5P4TA 4ZE6A 1UH7A 2P8HA 4WTUA 4DV9A 4NJVA 5P7YA 4QJ7A 2HM1A 2PSUA 2VNMA 5AHCA 3LZYA 2AOHA 3T11A 3N4LA 5P75A 2AOEA 4F75A 4DJQA 2QMGA 4EXGA 5COOA 5P26A 4ZSPA 1EBKC 4AMTA 2VJ7A 2OHLA 1MPPA 2QZXA 4RRNA 3CYXA 1PPLE 2QI0A 2VNNA 2R43A 4HVPA 1XE6A 5P5HA 5P1BA 4J1CA 3I7EA 1APUE 5P2XA 4GJCA 3Q4BA 2NR6A 1LS5A 2ZJNA 3BGBA 1K2BA 2NXMA 5P5YA 3SM1A 3VG1A 4OC6A 3RTNA 4J17A 4Y5NA 1HBVA 3NDXA 4Z22A 1TSQA 5P16A 1C6XA 1G35A 5HD0A 4YBIA 2RKGA 5P4HA 4YDFA 5OZVA 5P6HA 5P88A 3T7QA 3TPPA 4X7IA 1Z1HA 5P5CA 3NWQA 2QZWA 4GJ8A 3QBHA 5P82A 5BS4A 4I10A 3TKGA 1T6GA 1Z1RA 3VF5A 5P2IA 3I6OA 5P1DA 1MSMA 4QJ6A 4WY6A 2OF0A 3OXXA 2G94A 3FNUA 4Z50A 5P8FA 1ZPAA 2F3EA 3SA3A 1DP5A 3VYDA 5P2WA 3S2OA 5P1EA 2ZJIA 2QI1A 5P2UA 2JYSA 5P4MA 2V16C 5P6UA 5P3VA 4GZFA 4DJUA 1FQ6A 4B70A 2P4JA 3OOTA 5P4KA 3KYRA 3BHEA 2FS4A 3CKPA 5P3WA 2NXDA 2Q15A 2RENA 5P4XA 3SKFA 3PSYA 1KJ4A 2OHNA 2ZGAA 3OU1A 4IVTA 4K4RA 4TRYA 2G20A 4K8SA 4M8XA 3L5EA 3SFCA 2I0AA 5P2QA 1EPOE 5P1MA 3OQKA 5P6YA 3OUCA 4EXHA 5P79A 1XN3A 1ODYA 1FQXA 2JXRA 3ZKNA 4DQEA 3EKQA 4JECA 3EL4A 3B80A 4XKXA 2PH6A 1FLHA 3PWRA 5P24A 2G1RA 5P7MA 4Y5KA 4TVGA 4CKUA 5OZJA 2I4XA 3BXSA 3EC0A 4H1EA 3CMSA 4YD3A 4EQ0A 3LNKA 1EPQE 4LXKA 4E43A 2B7FA 2OHKA 3KFNA 5P8TA 5HDXA 4DQHA 4YOBA 5C9BA 3NU9A 4D88A 3UQPA 5P8JA 1HTEA 5P12A 5P54A 5P2ZA 3HAWA 4OBDA 5DR3A 1SIPA 4L7JA 1HXBA 2AQUA 3QBFA 5JODA 4Y3NA 2AZCA 1DPJA 3QRVA 2HB2A 1AXAA 4KB9A 1PSAA 4QJ2A 4MC6A 2QD7A 5P6PA 3UQRA 4RYCA 1HXWA 4Y4UA 3ZPTA 1AJXA 1QBRA 3QRMA 5P7ZA 5OZMA 2WEBA 3QAAA 5PEPA 3GW5A 1AIDA 1EC2A 4R95A 1UH9A 5P77A 5P3MA 1HPVA 5P5BA 4ZSRA 2QI6A 3ZPSA 3B7VA 3OK9A 3SA4A 1W5YA 3ST5A 4DJYA 5P0DA 5P25A 4APEA 3CYWA 2HS1A 3INEA 5OZEA 2ZDZA 5P09A 1SDUA 2OHPA 1BWAA 4EP2A 3PCWA 5BRYA 4ZIPA 1NH0A 1DIFA 5P1KA 1K2CA 5P2FA 2BKTA 4EHCA 5P11A 5P7VA 4FRJA 5DPZA 5COPA 2OHRA 2ZYEA 3OU3A 5P2LA 4Y3HA 3NUJA 2P3DA 4J1IA 7UPJA 3QP0A 3OHHA 5P73A 3QVCA 1M0BA 2F81A 3HVGA 3ER3E 1EAGA 5P60A 3GGUA 3VF3A 1MT8A 4Y3EA 2QHZA 5P50A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DQ4 A;  5P8H A;  1D4J A;  4HZT A;  1XN2 A;  4B0Q A;  5P74 A;  4Y4X A;  4TRZ A;  3OQ7 A;  4Y3L A;  4B78 A;  5P17 A;  3GGV A;  5P7K A;  2BPZ A;  5P5E A;  3CIB A;  2J9K A;  2G27 A;  4H3J A;  3EKY A;  3OU1 B;  2VA5 A;  5ENK A;  5P7G A;  1PRO A;  3LIX A;  5OZL A;  3QVI A;  1ZSF A;  2EWY A;  1WBM A;  5P5Q A;  3IGB A;  5P66 A;  1QBU A;  4DJX A;  1LF4 A;  1PPM E;  5P3A A;  2QI3 A;  5P2K A;  4B72 A;  2IEN A;  3HD8 A;  5P22 A;  3I2L A;  3KFR A;  2ZJJ A;  4LXM A;  1PFZ A;  5OZ1 A;  3T7X A;  4OBG A;  3VUC A;  1M4H A;  5P37 A;  4LBT A;  3RU1 A;  5SY2 A;  4Y3A A;  1D4H A;  4JP9 A;  5DQC A;  5P3Y A;  2ASI A;  5P5J A;  1GNN A;  3VSX A;  5IVQ A;  4RGH A;  5P6V A;  5P2D A;  3O9G A;  3LPJ A;  4RCE A;  2AOJ A;  4ZSQ A;  2FMB A;  5P8K A;  4HDP A;  5OYU A;  5P13 A;  2V0Z C;  2Q55 A;  1BV7 A;  1C6Y A;  1BVE A;  5P3K A;  1D4S A;  5P1Q A;  1VIK A;  4NPT A;  1APW E;  4J1F A;  2AOC A;  2H6T A;  3ZMG A;  4Q1Y A;  3L58 A;  4Y5E A;  1AAQ A;  5P61 A;  4Y3X A;  3OUB A;  5P5U A;  2Q54 A;  5BWY A;  3RTH A;  5P14 A;  2QD6 A;  2RSP A;  5P1V A;  3DOX A;  5P8D A;  3Q70 A;  1D4K A;  5P4O A;  3K4V A;  4D83 A;  3ER5 E;  5P6N A;  1MRX A;  3OU4 B;  5OZY A;  1FMX A;  3C9X A;  4UPJ A;  1IZI A;  2PMA A;  3I8W A;  2VS2 A;  4EP3 A;  5P4V A;  5P4N A;  4FRS A;  3PWW A;  4DPI A;  5OYW A;  5P33 A;  3APP A;  3DCK A;  2R38 A;  2ZJK A;  5P6I A;  4DJO A;  1HVK A;  5P43 A;  2B8V A;  3EM4 A;  4Y4B A;  1HTF A;  5P1I A;  3INH A;  5P4R A;  3BC4 A;  3NDU A;  1IDA A;  5P7U A;  5P2Y A;  3EXO A;  4FRK A;  4KE1 A;  3VSW A;  3PMU A;  2QMF A;  4ZPF A;  1LEE A;  2XYF A;  5C9F A;  1DAZ C;  4GJ9 A;  3SM2 A;  4ER4 E;  1MIQ A;  4HEG A;  3SA6 A;  1GKT A;  1PSN A;  2MIP A;  5P15 A;  2I4Q A;  4ZPG A;  5P02 A;  1E82 E;  5P8S A;  5P3R A;  5KQF A;  2WEA A;  2QI5 A;  5P1U A;  4D89 A;  3NLS A;  1F7A A;  3UDR A;  4JPC A;  5DR8 A;  4Y51 A;  3M9F A;  4LC7 A;  2PYM A;  5P4A A;  5P0Z A;  5P3J A;  2O40 A;  5P6E A;  3UDM A;  5P49 A;  5P0H A;  4F73 A;  5P1J A;  2V11 C;  5P4G A;  5KR0 A;  1W51 A;  4HLA A;  3EBZ A;  3S45 A;  1RPI A;  1ZJ7 A;  3Q3T A;  5AH7 A;  5P2G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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