5P6QA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 287
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6qA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6qA01
4Y51A 5P0RA 1OEWA 1HHPA 5P27A 1GVWA 2FGUA 3ZLQA 3ZKNA 5I3WA 4COEA 3D3TA 5JODA 3CIDA 5P29A 5P5ZA 4HDFA 3UHLA 1T6EX 3C9XA 4GZFA 4Y45A 4DJWA 4I11A 2P8HA 3OOZA 5P0UA 3VYDA 1DAZC 5P3OA 4HA5A 2BPWA 3CKRA 4YE3A 3O9AA 3OQKA 5OZ8A 4I0FA 5OZJA 5P5GA 4D89A 2IEOA 4QJ9A 5AGZA 5P2DA 2PMAA 4RCEA 3URIA 4PYVA 5P7FA 3HBOA 2VJ6A 5P43A 3L58A 2ZHRA 4DH6A 3S85A 1DMPA 4S1GA 2F3FA 1MVPA 4X7IA 5P13A 1FQ8A 1FQ7A 5OZSA 4H3GA 4LBTA 2ZJKA 3SA6A 1A94A 5P6PA 3S53A 5P70A 3EL0A 1KJFA 4Y3RA 1EPNE 3PMYA 3SACA 5P61A 3MWSA 3CICA 2AOEA 5P7HA 1HSIA 4ER4E 5P05A 1EPME 2CENA 5OZYA 4FL8A 3BRAA 3LPIA 3JW2A 4HDBA 1YX9A 3FIVA 2OF0A 2Q55A 5P5BA 2FS4A 3LNKA 3MSLA 3UCBA 2PWRA 1DW6C 2QAKA 5P7PA 4I8ZA 5P0QA 1EPRE 2AOHA 5P19A 3MXEA 1HRNA 3OADA 4B1CA 1SDUA 5P3AA 2PK6A 1APTE 3UF3A 5P7KA 3CKPA 4U7VA 4GB2A 5KAOA 3LIQA 2ZDZA 2RKGA 2VJ7A 5TOLA 2AVQA 1LZQA 5P58A 1YTHA 4I10A 1QBSA 9HVPA 3OADB 5P52A 3EM4A 5P4TA 2VIYA 3D91A 2O4PA 5HDXA 1XE5A 3HD8A 2RSPA 1NSOA 5P3KA 2CEMA 4CKUA 4M8YA 3UDKA 5DGWA 5P2MA 3EKWA 5P66A 5P88A 3TPRA 1G6LA 4PZWA 4XXSA 1ZP8A 1NPWA 5DQCA 5P5CA 4YD7A 4J1IA 3JVYA 1D4HA 4HE9A 4ZE6A 5COKA 5P8LA 3OTSA 4B00A 1W5WA 4I12A 4Z4XA 3G6ZA 5P1GA 1ZSFA 5P6OA 4X2LA 1MTRA 4OC6A 1HEGE 1EBZA 4J0VA 4RVIA 4CP7A 3O9GA 3GI0A 5JG1A 5DR0A 1FEJC 7UPJA 5P46A 4D8CA 4LHHA 4K8SA 2VA5A 4I0JA 1C6YA 5P2EA 2B42A 5P5PA 5P4FA 5P2BA 5P55A 1BDRA 3HDKA 3PCZA 2AVVA 5HDUA 5P5MA 1MIQA 3IXOA 3OHHA 5P82A 4GYEA 3SA3A 5P35A 2FDEA 1NPVA 3NXEA 5P03A 2O4SA 1HVHA 3R0YA 1UH7A 5P18A 3LZYA 5P2LA 3ZOVA 1MT7A 5P1XA 3VCMA 3I2LA 2WF2A 4LXMA 5P24A 3OAGB 2AZ8A 1M4HA 2WF3A 5P84A 4Y5PA 3BC4A 5P1DA 1GVVA 1B6PA 3DV5A 3SPKA 3O99A 5P7EA 4Q1YA 3VF5A 2G20A 1PSAA 4XX4A 3VLBA 4BELA 4EPJA 1HSHA 1EPLE 4GJ7A 1C6ZA 1OEXA 1SH9A 5P4LA 3OK9A 1IDBA 3OQFA 5P6UA 3EKVA 2IRZA 5P28A 4EXHA 3S43B 1GVXA 5OYUA 3SKGA 3CIBA 2A4FA 3N4LA 2OHTA 2JJIA 4DV9A 1G0VA 2QI1A 5P2VA 5P5WA 3ZKSA 5P76A 4Y3WA 5P30A 5P6FA 1E80E 3KYRA 5OZQA 5P4MA 1TZSA 1HVRA 1RL8A 5P0EA 3ZKQA 4LP9A 2J9JB 5P2UA 5P4YA 3WZ7A 4YDFA 5P3CA 3OY4A 4Y3ZA 1A8GA 4DJOA 1FQ5A 3KDDA 5P0IA 3SA5A 5OZXA 2G24A 3S45A 4Y3QA 3GGVA 4HZTA 5P0NA 5P7AA 2WF4A 3GI5A 5P65A 5P1VA 1EBYA 1EPOE 2JJJA 3INFA 4J1EA 1E81E 4RRSA 5P8RA 3MSJA 3KDBA 4EJ8A 3O9HA 5P8IA 2IGXA 4FGXA 2HS1A 3OQ7A 4GJCA 5P2YA 4YHQA 3OGPA 1HVSA 3L5CA 3HAUA 2WF0A 1FB7A 5P0GA 2AOFA 3KMYA 1Z1RA 5P6JA 3B80A 3NDUA 2ZJHA 3UPJA 4Y35A 4Y4GA 1SGUA 5AHCA 1BILA 1FMBA 3QRMA 1PSNA 2JYSA 3HW1A 5P37A 5P8JA 1BVGA 2JXRA 1HTFA 1RV7A 4QJ7A 4Y37A 2HPEA 4K4PA 5P7MA 2ER9E 4EWOA 5IVSA 4DJVA 3ZL7A 4WTUA 5P7BA 4FAEA 2IKOA 2SAMA 3BVBA 4RGHA 4Y4ZA 5P5XA 5P81A 1W51A 5P77A 2CEJA 3MSKA 1U8GA 3SFCA 4Y39A 5P5SA 3R4BA 4Y50A 5SY2A 2P3CA 2QMFA 3S7MA 2V11C 5P3VA 1SDTA 3ZKMA 5APRE 5P07A 1K6TA 1HPSA 3LZVA 5P3MA 5P7SA 5P25A 2AQUA 3SABA 1K1UA 5P0WA 2HS2A 2V13A 2BB9A 4CPWA 1IIQA 1EBWA 5P75A 5P04A 5BRYA 2FDPA 3LIZA 5P2HA 3QROA 2XFJA 1MT8A 4DQCA 1CZIE 1LYBB 3DJKA 1HVCA 5P4RA 2IL2A 3VF3A 2XFIA 3TNEA 2OHMA 1D4KA 1UH9A 3EBZA 5P1BA 4FM7A 5P80A 5IVRA 2G22A 2I4XA 1CPIA 2PYMA 4NPUA 5P6QA 4RCFA 4TRYA 1KZKA 3S56A 4CPQA 2OAHA 4QGIA 2ZGAA 3H5BA 5P1AA 1FG6C 5P1KA 3DM6A 3PM4A 1BBSA 4WY1A 2VIJA 5P17A 4YOBA 2QNQA 3DOXA 1EC2A 2FDDA 1NPAA 5HDVA 3HVPA 3KA2A 4I0DA 3SKFA 3Q5HA 3PRSA 2FIVA 2FNTA 4Y4EA 5EZXA 3KDCA 5KR1A 3D20A 3PB5A 1PFZA 2QD7A 4FM8A 2WECA 5P7JA 2Z54A 5P6EA 5ENKA 1ZLFA 5P3GA 3OU1B 1D4YA 5P3QA 1BXOA 3OQAA 3OU3A 4CPUA 5OYXA 5P8PA 5HU0A 4Y44A 1M43A 4R8YA 5OZWA 5P4XA 4DJXA 3SA4A 7HVPA 5OYWA 2FLEA 2G1YA 4Y43A 4J0PA 3TKGA 5OZ7A 2F3KA 5OZ2A 1GNOA 5P8AA 5P4ZA 1C6XA 2BPZA 2ZJIA 3GGXA 1YG9A 4NPTA 4KUPA 4JPEA 1META 2AIDA 4EP3A 5OZHA 3VV8A 5KR2A 4YD3A 1HPVA 3OTYA 1TQFA 2ER0E 4Y47A 1DPJA 4RROA 3VUCA 3OWNA 4CPRA 4Y4BA 1HPOA 4EJLA 5P3WA 5P4EA 1BIMA 3NSHA 2PYNA 5OZ9A 5UPJA 1W6HA 3UQRA 3SM2A 1EC0A 3UDQA 4YCKA 5P7WA 2I4DA 1ZTZA 2JE4A 3PLLA 5P8NA 2G69A 5P2SA 4YA8A 2FNSA 5P4GA 3O9LA 3BUGA 3NWXA 4OBHA 3IN4A 5P0JA 1SIPA 2I4UA 3CYWA 4JPCA 5EZZA 3WZ8A 5P6DA 1APUE 3SA7A 2NNPA 3QBFA 5OZFA 3T7XA 3FX5A 3G70A 2AZCA 2QI0A 3O9LB 5OZOA 4Y48A 3HZCA 1WBMA 3IAWA 3HVGA 1KJGA 4L7JA 3IVIA 1T7IA 4FIVA 3VYEA 4BFDA 1BDLA 4DJYA 5P6RA 1XL2A 5P50A 4FSEA 3NUOA 2BPXA 1YT9A 5P57A 4Y4UA 4OD9A 4Y53A 2UY0A 2J9KA 4R5NA 3LPJA 1BVEA 3L59A 5P2WA 4NKKA 3K5CA 3WZ6A 5P4QA 2WJOA 4A6CA 4Y57A 4DQGA 2NXDA 1TCXA 5P8DA 1APWE 5P3FA 5P64A 3EC0A 2AVOA 3FKTA 2VNNA 3K5DA 1ENTE 3TLHA 3RSVA 5DQ1A 3QRSA 5P3BA 1RPIA 4H3JA 1T3RA 3QI1A 5P5TA 4MC6A 5P6GA 4ZSMA 4L7HA 1TSQA 2O4LA 5F00A 5P8EA 2MIPA 4JOOA 4Y41A 1HEFE 2O4KA 5OZ6A 4HEGA 4FCOA 1ZJ7A 3KFNA 4Y56A 3PBZA 5P8OA 4B77A 6FIVA 3ZMGA 5I3VA 2QU2A 1K6CA 5P5VA 5AHAA 5P44A 5P8FA 3L38A 3OUDA 1IVQA 2RMPA 5P3RA 1HTRB 2ZHVA 3TPLA 3ZPTA 3SA8A 1YTGA 1K1TA 4N00A 5OYQA 1RNEA 3FSMA 5IE1A 2B7FA 5P74A 2OHQA 5P42A 3Q70A 5P53A 4KB9A 4DPFA 3BXRA 1VIJA 3OXXA 4J54A 5KR8A 4Y5LA 5OZEA 3D1ZA 2P3AA 5P4BA 3PBDA 4YD6A 4JP9A 3PJ6A 5OZKA 5HCOA 3APPA 3OXVA 3UDJA 3TH9A 4TVHA 2BPYA 2WEAA 3BUHA 3UQXA 5P22A 3L3AA 4J1CA 2IENA 2V0ZC 3QPJA 3L5DA 5P7TA 5HD0A 1HXBA 4DJQA 1UH8A 3VV6A 4ZPEA 5AH6A 2H6SA 1ODWA 2A1EA 5C9BA 4PEPA 4FS4A 5OZDA 4OC6B 4EJKA 5KQYA 4K9HA 3T7QA 4GJAA 5P1NA 5P6ZA 1ZPKA 4NJVA 5ISKA 1B6LA 5P7UA 4L7GA 4AUCA 1FFIC 3LIVA 5P59A 1LF2A 4DI2A 4Y5NA 4OBGA 4EYRA 3K4VC 5P6SA 3RTMA 1HTEA 2WHHA 5AH7A 5IVQA 3FNSA 3VV7A 4LAPA 5P20A 4Y36A 4F73A 2QK5A 4MC9A 3D1YA 3VEUA 5IS4A 4Y3PA 2IKUA 5P08A 1WBKA 2BPVA 5P0MA 2VJ9A 1IZHA 3SM1A 5J25A 1FFFC 4QLHA 4FRKA 3VSXA 1OD1A 1RQ9A 5P3TA 2ASIA 4DVFA 2V00A 1IZDA 3GW5A 5P6HA 4ZLSA 2PH6A 2R38A 4ZSQA 5P1YA 5P3SA 1AZ5A 4B1EA 1A8KA 4B78A 4I0ZA 3LINA 1K6VA 3FNTA 4I0HA 4AA9A 5P6MA 3L5FA 2AODA 3PWWA 5P0XA 5P5YA 5DR3A 1G35A 4H3IA 2H6TA 2HPFA 4Y3DA 4JECA 5P6VA 1FG8C 3QVIA 5I70A 3K1WA 1K6PA 2O40A 2BKSA 5P2IA 5P7YA 5OZCA 4FE6A 3VFBA 5OZMA 4R91A 2HB2A 5P3JA 5P4CA 1MTBA 1SBGA 4GJ9A 3TPPA 4J5JA 2ZJJA 2UPJA 4XKXA 1HXWA 5JFUA 3BGBA 4HVPA 2OHLA 4Q1XA 1ZSRA 3RTNA 5P83A 4K4RA 2R43A 2BKTA 2I4QA 5P56A 2XYEA 2R3WA 4NJUA 5DR7A 5P79A 3NDXA 3U6AA 5DGUA 5P7XA 3KT2A 5P40A 3DCRA 1HIVA 1BAIA 1EC1A 3D1XA 3T6IA 2HAHA 4TRWA 1XN3A 4ZPFA 5P5OA 1FKNA 1MESA 1AJVA 3I7EA 8HVPA 3UDYA 4OBKA 4LXKA 2IQGA 4FM6A 4IVTA 5KQFA 3NU6A 5P2KA 3TL9A 5ENMA 3UQPA 6APRE 1T7KA 2NMZA 1GVTA 2UXZA 4Y4TA 1A9MA 5P2OA 1ODXA 3NU9A 4GJDA 2P3DA 2Z4OA 1EBKC 4R93A 2B8VA 3NXNA 3VSWA 1EC3A 3R0WA 3CMSA 3GGUA 4GIDA 2AOJA 2NXLA 3KT5A 4MC2A 5P0YA 2QMGA 3GI4A 4QJAA 3PGIA 2I1AA 3WB5A 5IVTA 5P5JA 3PI5A 2NNKA 5P2JA 5P4OA 5DR4A 4J0TA 4AMTA 4AZYA 1IZEA 4RYCA 4ACXA 4D83A 3AUPA 3TOGA 5OYZA 3GI6A 5P06A 2QNNA 6UPJA 5BS4A 2QHZA 5P3UA 4NJTA 3PI0A 5P11A 4Q1WA 3EKYA 5P5DA 2ZJMA 2RENA 5P1RA 1MEUA 5P2QA 3O9CA 2G1SA 5P6LA 2ZYEA 4RCDA 3QVCA 3NWQA 3SQFA 1E5OE 1B6KA 4QJ8A 5P26A 4ZEAA 2FXEA 5P73A 4Y54A 5P2AA 3APRE 4Q1NA 3SLZA 2WEBA 4LXAA 2QI3A 5P00A 3DUYA 3OQDA 3RTHA 3OUBA 4J1HA 4ZSRA 4TRZA 5P3YA 3KM4A 4XX3A 3G72A 3PCWA 2RKFA 2PK5A 3ZPSA 2QI6A 2P3BA 5P0CA 4EQ0A 2HB3A 1Z8CA 5P54A 3OXCA 5P7NA 4YCYA 2R3TA 5OZ1A 4Y5BA 3IXKA 5P1MA 3QAAA 4DFGA 5HE4A 3NU5A 1B5FA 1F34A 2QI5A 2VA6A 4Q5MA 5PEPA 1AVFA 1HVKA 3F9QA 1W5XA 3HLOA 2HM1A 2QHCA 3H0BA 3U7SA 4DQFA 5AH9A 5P60A 1QRPE 5P7QA 4MC1A 4Y3MA 2V12C 4Y4WA 3T3CA 1B5FB 2P4JA 1CMSA 3NLSA 1YTJA 3LITA 3OOTA 5I3XA 2VS2A 1KJ7A 3EKTA 4Y3FA 2AOGA 3NU4A 3QBHA 4J1KA 2NTRA 2AZ9A 5KQZA 5P4NA 3S8IA 3QIHA 2QZKA 3OUCA 3ZPUA 1AXAA 4Y38A 2FGVA 1J71A 1F7AA 4U8WA 4ZPGA 5P87A 4B0QA 5P4HA 5P7LA 3UDHA 4Z22A 5P1JA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y51 A;  5P0R A;  1OEW A;  1HHP A;  5P27 A;  1GVW A;  2FGU A;  3ZLQ A;  3ZKN A;  5I3W A;  4COE A;  3D3T A;  5JOD A;  3CID A;  5P29 A;  5P5Z A;  4HDF A;  3UHL A;  1T6E X;  3C9X A;  4GZF A;  4Y45 A;  4DJW A;  4I11 A;  2P8H A;  3OOZ A;  5P0U A;  3VYD A;  1DAZ C;  5P3O A;  4HA5 A;  2BPW A;  3CKR A;  4YE3 A;  3O9A A;  3OQK A;  5OZ8 A;  4I0F A;  5OZJ A;  5P5G A;  4D89 A;  2IEO A;  4QJ9 A;  5AGZ A;  5P2D A;  2PMA A;  4RCE A;  3URI A;  4PYV A;  5P7F A;  3HBO A;  2VJ6 A;  5P43 A;  3L58 A;  2ZHR A;  4DH6 A;  3S85 A;  1DMP A;  4S1G A;  2F3F A;  1MVP A;  4X7I A;  5P13 A;  1FQ8 A;  1FQ7 A;  5OZS A;  4H3G A;  4LBT A;  2ZJK A;  3SA6 A;  1A94 A;  5P6P A;  3S53 A;  5P70 A;  3EL0 A;  1KJF A;  4Y3R A;  1EPN E;  3PMY A;  3SAC A;  5P61 A;  3MWS A;  3CIC A;  2AOE A;  5P7H A;  1HSI A;  4ER4 E;  5P05 A;  1EPM E;  2CEN A;  5OZY A;  4FL8 A;  3BRA A;  3LPI A;  3JW2 A;  4HDB A;  1YX9 A;  3FIV A;  2OF0 A;  2Q55 A;  5P5B A;  2FS4 A;  3LNK A;  3MSL A;  3UCB A;  2PWR A;  1DW6 C;  2QAK A;  5P7P A;  4I8Z A;  5P0Q A;  1EPR E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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