5P6UA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 291
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6uA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6uA01
5P0NA 3EKXA 4Q1XA 2Z54A 2QP8A 1SIVA 1LYBA 1UH8A 4JOOA 2PH6A 5P4MA 1XN2A 5P49A 2G1SA 3L5DA 3NDWA 2AZCA 3JVYA 5P66A 4GJ7A 3KFRA 3L5CA 3CYXA 3NR6A 4Y3GA 3LZUA 1ZLFA 4Y4WA 2AVOA 2ZJHA 2FS4A 5P83A 4F76A 3OHHA 5P5GA 4EJKA 5P8AA 5OZOA 2VNMA 1TSUA 5P2GA 4OD9A 3BUHA 2IQGA 4K4PA 1UPJA 4TRZA 5P3CA 5P5MA 3LIYA 4Y5KA 1MVPA 2QK5A 3O9LA 3CICA 4GJBA 2WL0A 2H6TA 4Y3FA 5P0MA 2QD7A 4J5JA 1LZQA 2AVSA 3KDBA 3QROA 3ZOVA 3SA3A 5P8BA 1FF0C 4B00A 1TQFA 2QI3A 3UQXA 1ODWA 4H3JA 4Y57A 3G72A 2ZJLA 4Y53A 4Y3ZA 4EXHA 5DR7A 3IXJA 5P0LA 3EBZA 5P42A 1IBQA 2FDPA 5HDXA 5UPJA 4RYGA 1DW6C 4OBKA 5P8IA 3D1YA 5HU0A 4D8CA 3OHFA 1K1TA 2BQVA 2FNTA 4JPEA 4FE6A 1WBMA 5P43A 5P3HA 4GJ6A 5P6PA 1DIFA 3KA2A 5OZSA 3MSJA 5P4AA 2I1AA 3DV5A 1FQ4A 4Y5AA 5P2AA 4QJ9A 5P25A 3D1ZA 5DQ4A 5C9BA 2OF0A 5P8HA 2NPHA 1ER8E 1PPKE 2Q11A 3BXRA 6UPJA 3SA9A 3BGCA 5P1AA 7HVPA 5P5YA 3SKGA 3BC4A 5P3EA 3AIDA 5P5CA 1HPOA 5P40A 3UQRA 3KFSA 2QI5A 3OXCA 3EM6A 5OZDA 2BKSA 1BDQA 3CKPA 1IZIA 4RCEA 5OZTA 4I0JA 1APTE 2I0AA 1QS8A 2Q55A 4TVHA 4JPCA 8HVPA 3ZKNA 2G94A 1AAQA 4RZ1A 1QDMA 3VSWA 4HLAA 4FIVA 4FM7A 5IVTA 5KR0A 5P1MA 2UPJA 3TTPA 5P6LA 2QMPA 3ZPSA 3EL1A 4ZPFA 5ISKA 5OZ5A 1FGCC 5F01A 4ZIPA 5P12A 3SA8A 2VIZA 5OZAA 5P7EA 2HB2A 5ENMA 3GI5A 5DR4A 4J0ZA 5P64A 3T7XA 2VNNA 5P8KA 1C70A 5P86A 3I2LA 1Q9PA 5P1NA 4CP7A 5P69A 3NU6A 3EM3A 5P2WA 4DPFA 5P5JA 4YCKA 1K1UA 3PI0A 5P3GA 5P8LA 5P7FA 1CZIE 2IS0A 3I7EA 3OUBA 4YDGA 3ZKIA 2RENA 4I1CA 1EPPE 3UQUA 2BKTA 3LNKA 4J1CA 5P29A 5P4PA 2G1OA 2QU2A 5OZGA 5OZ0A 5P4FA 3NSHA 5P35A 4I0ZA 4EPJA 4CPQA 2NXLA 2AOJA 1MSMA 2AOCA 5P6DA 4IVTA 4ER1E 4Q1NA 4WY1A 5EZZA 5P4TA 4HDBA 1BVGA 1W5YA 1SDVA 5P88A 1TW7A 1W6HA 1B5FA 4KUPA 5OZ2A 5DQ2A 4Y35A 4J0YA 4ZSPA 1GVUA 5P6FA 3BHEA 2AVVA 3MWSA 4YD7A 4U8WA 5P76A 3SLZA 4OBJA 4I11A 5P4KA 5P16A 4MC2A 2HAHA 2P3BA 5KR8A 5OZ9A 3OY4A 4TRYA 5P03A 5P3NA 3GI4A 5P3OA 3O99A 2V0ZC 3RU1A 4Y39A 3Q70A 5P6UA 5P8TA 3KF0A 3L59A 5KAOA 4YA8A 1BAIA 4M8YA 1LF2A 3GW5A 1MERA 2VKMA 4Z2ZA 5P32A 4Y3JA 4ZPEA 4EWOA 4RVJA 5I3YA 1HSIA 1ME6A 4OBHA 5DR3A 2QNNA 3H0BA 3SQFA 2IKOA 5P0KA 2NNKA 1LYWA 1JLDA 5P13A 3PM4A 3EL0A 1IZEA 1AZ5A 3CKTA 5P4HA 5HD0A 1E81E 2JE4A 3NDXA 3OOZA 3PBDA 1FQ8A 3IVIA 3O9HA 3G70A 3FIVA 4RRNA 5P4YA 5P5DA 3OU4A 1B6JA 4RLDA 5P3TA 1ZP8A 3INFA 2JXRA 4Y5LA 4B1DA 2B7ZA 3SABA 3H5BA 5P1EA 5PEPA 1HEFE 1SMRA 5DGUA 3EC0A 3PSYA 5P8PA 1HPVA 3O9LB 3LZVA 3S2OA 1BXOA 5SY3A 3SO9A 3EM4A 3NXNA 2AZ8A 1FKNA 4LL3A 1A8GA 1W50A 6APRE 3RSVA 3LIQA 1EBKC 3LHGA 4OC6A 1EBYA 4Y3XA 5P1VA 5DQ5A 5P2UA 3IXKA 4PZWA 3CIBA 2AOHA 1XE5A 5P2SA 4YCYA 5P3BA 1HBVA 1A9MA 1HPSA 5P4SA 4YDFA 3INDA 4U7QA 3S43A 3O9EA 1RV7A 4NKKA 3KT2A 1J71A 3UF3A 5DQCA 6FIVA 4Y4JA 5P75A 3HZCA 2Q3KA 5OZUA 5P3DA 1LYAA 1ZSFA 5C9DA 2I4VA 2VA5A 5P0EA 2F3EA 5P85A 4J1EA 4J55A 5P8NA 3TNEA 2ZDZA 2BB9A 3NUJA 4XXSA 5P5UA 5P68A 5P81A 3L58A 3TOHA 3MSKA 4J0VA 4Y5CA 3O9IA 3D3TA 4ACUA 4I0HA 5P5KA 4B78A 3SAAA 3HAUA 5P4LA 2JYSA 3GI0A 5P4NA 5P7NA 2PMAA 3PWRA 3O9CA 4Y48A 3OWNA 4NJVA 3TOFA 4Y4EA 5OYUA 2XFJA 3T6IA 1MT8A 1YX9A 1C6YA 5ENKA 2P83A 2RKGA 2CEJA 5P04A 2HPEA 4Y9WA 3S45A 2O4SA 4H3GA 4PZXA 5P7RA 5P6RA 5P6ZA 4YOAA 3TLHA 4FRJA 4Y3LA 1F34A 1M0BA 1GVTA 5DGWA 1ZAPA 1T7KA 1XE6A 4Y4TA 5DR8A 1D4IA 5P51A 3D91A 1MTBA 3JVWA 1PSAA 5OZ3A 5P5RA 4Y4BA 2I4UA 2Q54A 4Y3AA 5P1HA 2WEZA 4MC1A 3EL4A 4Q1YA 5OZ6A 5P3MA 3QVIA 1C6ZA 5P01A 4F75A 5P7WA 2HIZA 2IGXA 1HXWA 1SDTA 3UDNA 4CPUA 5OYVA 1FLHA 3TPPA 1NPAA 5OZJA 3GGXA 2CEMA 1K6CA 4EJ8A 1RNEA 4ZEAA 3EL5A 2RKFA 2OHSA 2G22A 4TRWA 1W5WA 1XDHA 2QI4A 4Y3TA 3OOTA 1GNOA 4DJPA 4EYRA 1Z8CA 5P2OA 2P8HA 3ZKMA 1EPNE 1C6XA 1DAZC 1HVIA 2G26A 4YCTA 5P4VA 4LHHA 4DJRA 1YTHA 3GGAA 1EPME 4DUSA 2QNQA 2I4QA 3K4VC 2I4DA 4DH6A 4Y5NA 3Q6YA 2HM1A 3S56A 3UDPA 1HVRA 2R5QA 1ZJ7A 3NWXA 1HTGA 2RMPA 1BBSA 2BPXA 2VJ7A 2ZJIA 5P3SA 4ZE6A 4QJ6A 1IIQA 4BFDA 4K9HA 2F3FA 1TCWA 2G1RA 3KFNA 2OHQA 2P3BB 1MESA 2ZHUA 1FQXA 5OZVA 3MXDA 3NDTA 5P84A 4DPIA 4L6BA 4ZSRA 4WY6A 3UHLA 4EJLA 1HIHA 1FFIC 1SP5A 1A8KA 1FFFC 5JFUA 3EKQA 1EPOE 5P0BA 4DJOA 3ZLQA 3TL9A 1A94A 3K5FA 1DMPA 4LBTA 1RL8A 3HLOA 1IZHA 4GZFA 4Y45A 5P37A 1LYWB 3VYDA 5P7DA 1YTGA 5OZEA 3EKWA 4MC6A 4Y4XA 2G1NA 5OZQA 4LAPA 2PWCA 1HTRB 5P36A 5P7OA 1MPPA 3RSXA 1K2BA 4X7IA 3HAWA 1KZKA 3OU4B 5P30A 5DR1A 2XFIA 5P56A 4Y3WA 1HTEA 5P6QA 2QD8A 4ACXA 4FLGA 3UDQA 5P0QA 4GJAA 1HVLA 4FRKA 4COEA 2QZKA 4GJ8A 5P87A 3EMYA 3T7PA 4NPTA 3CIDA 2NTRA 4APEA 3O9GA 4OC6B 4BFBA 1K2CA 2AOEA 3QVCA 5P54A 5P6YA 1NPVA 5P1OA 1GVXA 2FXDA 5P46A 3QBHA 4MC9A 1SDUA 5P45A 4CPSA 2Q63A 5P0DA 3S43B 5P5BA 3PSUA 1AXAA 2JJIA 2QMGA 5C9FA 2ER0E 1MTRA 4GJ5A 3EL9A 1NH0A 1HEGE 2HB4A 2QMFA 3T7QA 4AA8A 1LYAB 2R8NA 3OTSA 1APWE 4Y41A 2PSUA 1EPQE 4J54A 2I4WA 5J25A 1PFZA 2VS2A 5P0OA 5AHBA 2G21A 4Z22A 5OZHA 4DJYA 2O4PA 5P8CA 3QI1A 3R0WA 5P5WA 2FMBA 1GVWA 4GIDA 5P7QA 5P1WA 2OHNA 2IRZA 1GNMA 3OQDA 2XYEA 3LIZA 2R9BA 3PHVA 5KQYA 1YM4A 4J0TA 4DV9A 1TZSA 3B80A 2ASIA 3O9AA 4YD4A 4TVGA 1CMSA 2V12C 3TOGA 4H3IA 5P18A 3UTLA 2A4FA 2BPZA 3HDKA 5OZ1A 3PBZA 3INHA 3B7VA 3PB5A 5P0UA 1YTJA 5AH9A 3VUCA 5P0PA 3APRE 4B77A 1GVVA 3S85A 4NJSA 1M43A 2XFKA 2OHPA 4Y56A 3R0YA 4ER4E 5P39A 3L3AA 2V10C 5P5ZA 4CKUA 4Y5PA 1CPIA 1QBRA 1K6PA 2G1YA 4XX3A 2F80A 4ZPGA 1EC0A 3IN3A 2O4KA 4CPTA 1YT9A 4CPRA 5P0SA 3URJA 3PWWA 1T7IA 2A1EA 2Z4OA 4Y3SA 2Q64A 2ZHTA 2NMZA 2QCIA 4Y3PA 2WECA 4GB2A 5P6IA 3NU3A 4AMTA 4FM8A 3VV7A 2P3CA 2CENA 5P4GA 5ER2E 4L7HA 5P0HA 5P2FA 3ZL7A 2AODA 5P6NA 4DVFA 4I8WA 2PC0A 1BXQA 5P8FA 1FG6C 5OZPA 3L5EA 3ZMGA 3OGQA 5SZ9A 2QI0A 5P8EA 2B60A 1ODXA 1KJFA 4Y54A 4R8YA 4AZYA 4Y4GA 1MSNA 5OYQA 3DM6A 5P0VA 5P28A 3EKPA 1T6EX 4HA5A 5P47A 5P11A 2G27A 2FGVA 3S53A 1RPIA 5P2ZA 4GMIA 5P1ZA 1HXBA 5P5XA 5CONA 1AVFA 3BGBA 4YBFA 1F7AA 1Z1HA 3RTNA 3KYRA 4S1GA 2V00A 3L38A 3KN0A 5P4OA 5P6OA 2QI7A 5P6MA 3SKFA 3O9DA 4J1HA 1IVQA 4APRE 5KQXA 5OYTA 1LF4A 5HDZA 1SGZA 3K5CA 5P7AA 1D4SA 2PK5A 1HWRA 1VIJA 3WZ8A 5P1LA 3VEUA 7UPJA 3WB5A 5P0WA 1OHRA 5P60A 2WEBA 3EKYA 4CPWA 1K6TA 1ODYA 2R43A 1N49A 4X2LA 2AQUA 3UFNA 1MRXA 5P05A 4EP2A 4JECA 5P3IA 1MEUA 2VJ9A 4YOBA 3SFCA 3JW2A 3VV6A 5I70A 1QRPE 5P0XA 5P7IA 3ZPUA 5P6SA 4K8SA 3SA5A 1EC1A 3N4LA 5P4JA 5P0ZA 5P6VA 3QRSA 3NU5A 5P73A 1E80E 3HD8A 1EC3A 1B6KA 3ZKGA 3CYWA 5COOA 1ZSRA 4RROA 5P1TA 2QHYA 5P57A 2IL2A 3BRAA 5P4EA 1NSOA 3KT5A 1W5VA 5P3RA 3SM1A 3OU3A 4R95A 4EJDA 4Y4AA 5OZBA 4BELA 4NJTA 5P8DA 3CKRA 3OQKA 5P6EA 5P77A 3IN4A 5T4SA 3IVHA 4Y5BA 4DQGA 4I12A 4RVIA 5P5FA 5P78A 5AH8A 4B70A 4D88A 2AOIA 3SA6A 1QBTA 5P80A 5P58A 4FL8A 4L7JA 2VA7A 5BS4A 4YD6A 5P23A 2ER9E 3PCZA 2ZJMA 4Y3YA 3OTYA 1YTIA 4Y4UA 1UH7A 1IDAA 5P0RA 5P6CA 2AVQA 2AVMA 5P4XA 1EBZA 5P2KA 1PPLE 5P2YA 1HVSA 5P7TA 5KQZA 3OADB 5P89A 1HTFA 4RYCA 4DJVA 1YG9A 3ZKSA 5SY2A 5P22A 5KOQA 2QI1A 2OAHA 1D4KA 3PLDA 4DQHA 1G6LA 5P7YA 1NPWA 2QNPA 3U6AA 4GJDA 3Q5HA 2F3KA 5P72A 5OZIA 3RTMA 5P5HA 1HVKA 4Y58A 3VCMA 1SMEA 2QHZA 1Z1RA 4YBIA 2AZ9A 5P1XA 4QJ8A 5P7CA 1ZPKA 3VFBA 5F00A 5P2RA 4HZTA 4K4RA 5OYSA 3S7MA 3PLLA 4Z50A 4Y3EA 4JP9A 3QRVA 2P4JA 3Q3TA 5P4ZA 1HIIA 1KJHA 3PEPA 5P1KA 4A4QA 4FRIA 2IDWA 5P2DA 5P2VA 4Y3NA 3WSJA 3NLSA 4L1AA 2FDEA 3WZ7A 3QRMA 5P6GA 2QAKA 4Y3QA 1E82E 3NDUA 3KDCA 1BDLA 5P8UA 1APUE 3R4BA 2HS2A 3PI5A 4RVXA 5P6XA 5P41A 3C9XA 5P3UA 4KE1A 1D4YA 5HDVA 3UDYA 3L5FA 4UPJA 1HSGA 1MIQA 2V13A 5OZ7A 5P0GA 2WEDA 1B6LA 3OAGA 1HVCA 5OZNA 1IDBA 5APRE 4IVSA 4D89A 1SIPA 4GJ9A 4M8XA 2R5PA 1EPRE 2HC0A 2P3AA 4QJ7A 5P2MA 5P1SA 5P3XA 3R1GB 1W5XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0N A;  3EKX A;  4Q1X A;  2Z54 A;  2QP8 A;  1SIV A;  1LYB A;  1UH8 A;  4JOO A;  2PH6 A;  5P4M A;  1XN2 A;  5P49 A;  2G1S A;  3L5D A;  3NDW A;  2AZC A;  3JVY A;  5P66 A;  4GJ7 A;  3KFR A;  3L5C A;  3CYX A;  3NR6 A;  4Y3G A;  3LZU A;  1ZLF A;  4Y4W A;  2AVO A;  2ZJH A;  2FS4 A;  5P83 A;  4F76 A;  3OHH A;  5P5G A;  4EJK A;  5P8A A;  5OZO A;  2VNM A;  1TSU A;  5P2G A;  4OD9 A;  3BUH A;  2IQG A;  4K4P A;  1UPJ A;  4TRZ A;  5P3C A;  5P5M A;  3LIY A;  4Y5K A;  1MVP A;  2QK5 A;  3O9L A;  3CIC A;  4GJB A;  2WL0 A;  2H6T A;  4Y3F A;  5P0M A;  2QD7 A;  4J5J A;  1LZQ A;  2AVS A;  3KDB A;  3QRO A;  3ZOV A;  3SA3 A;  5P8B A;  1FF0 C;  4B00 A;  1TQF A;  2QI3 A;  3UQX A;  1ODW A;  4H3J A;  4Y57 A;  3G72 A;  2ZJL A;  4Y53 A;  4Y3Z A;  4EXH A;  5DR7 A;  3IXJ A;  5P0L A;  3EBZ A;  5P42 A;  1IBQ A;  2FDP A;  5HDX A;  5UPJ A;  4RYG A;  1DW6 C;  4OBK A;  5P8I A;  3D1Y A;  5HU0 A;  4D8C A;  3OHF A;  1K1T A;  2BQV A;  2FNT A;  4JPE A;  4FE6 A;  1WBM A;  5P43 A;  5P3H A;  4GJ6 A;  5P6P A;  1DIF A;  3KA2 A;  5OZS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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