5P6ZA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 296
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6zA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p6zA01
1C6YA 2ZJIA 3HVGA 2I4VA 2VA5A 4ACXA 5P3JA 4B77A 4ZLSA 5OYUA 4NKKA 4J0PA 5P2BA 5P4HA 4F74A 2AVQA 4J1IA 1NPWA 5P73A 2PMAA 1YTHA 2FXEA 2IKOA 5P7ZA 5P1UA 5P64A 4HDPA 1EPNE 4J0TA 1AZ5A 4YHQA 4Y3JA 5P36A 4JECA 3PBZA 4DQBA 3TPPA 4Y47A 4AUCA 5P3NA 3OQ7A 4ZIPA 4A6CA 3SFCA 1G35A 5P5PA 1DIFA 2VJ9A 3CYXA 5P0IA 4IVTA 3UQPA 3QP0A 3VYFA 4Y3PA 5P14A 1EAGA 2QI6A 2BJUA 4YD5A 5P1BA 3ZKSA 1A30A 3VSXA 4YE3A 3BHEA 3U71A 4PZXA 4Y5CA 2NMZA 5P72A 4PZWA 3INFA 1DW6C 5HE4A 5P5BA 5P7EA 4EXGA 5P68A 5P1NA 1WBMA 3R4BA 5P6LA 2IDWA 4HVPA 4OBDA 4I0HA 1META 4YD4A 3ST5A 4WY6A 5OZJA 1RV7A 3GI6A 7UPJA 1KJ4A 5P4BA 2BPVA 4AA8A 3K1WA 4DQGA 1YTJA 3OU3A 3HLOA 2ZHTA 4EJDA 2QI3A 1APUE 5P7UA 3T6IA 5P2HA 5OZ9A 3Q6YA 3VV7A 5P8LA 5P60A 4FGXA 5P5EA 2VA7A 5JODA 5P02A 4BFBA 4Y56A 2QMGA 4FRKA 1XL2A 3OXVA 1N49A 1HRNA 2IQGA 3EKXA 3WSJA 4U7QA 3EL1A 2QU3A 5P3MA 1MT9A 2AOIA 5DQCA 2QCIA 1YTGA 2NR6A 2FLEA 4JOOA 4OBHA 3INEA 5P4UA 4L7JA 2OHLA 2WJOA 4L7GA 4TRZA 3OU1B 5P8CA 1LV1A 2QHCA 3NDTA 2UPJA 4Q1NA 4L6BA 1ZSRA 5P8TA 5P7FA 5P1IA 5P20A 3IGBA 1YM2A 4Y5MA 4FRSA 2ZJNA 3QPJA 3NWQA 1DMPA 1IZIA 5P30A 1NPVA 2OHUA 3GGXA 2H6TA 2WF1A 4Y35A 3L59A 2O4NA 3PWRA 3D20A 3OADA 5P0GA 5P6FA 5P8NA 3L38A 2AVOA 1OHRA 5P7OA 1GVXA 1QBSA 4F76A 2PH8A 3CIDA 4QJ9A 1LYBA 1GVUA 3VLAA 2FDPA 4D83A 3ER3E 4GJ9A 3OAGA 1FF0C 4HA5A 5OZRA 1FQ6A 3UQXA 2XYEA 5P39A 4A6BA 1BDLA 5P56A 5P0TA 1LS5A 3PSUA 1WKRA 1IDAA 3IN4A 1NPAA 5P5YA 3NUOA 1DAZC 4LAPA 3L3AA 4RRNA 2JJJA 4QJAA 5P0UA 1RL8A 5P3LA 3I8WA 3R2FA 1W5WA 3EKPA 4RCDA 5P3GA 3LZSA 5P2CA 3IXOA 3K5GA 5P4MA 5P65A 1J71A 1APVE 3DOXA 3TLHA 5P6PA 3MSKA 1HXBA 3S8IA 4FS4A 5P75A 1HVRA 1TSQA 5P7XA 3EBZA 1A8GA 2AVMA 3NWXA 3T7QA 5P16A 3QVCA 3TPJA 5DR0A 5P0FA 1ZPKA 4RVXA 3U6AA 2ZJHA 5IE1A 3U7SA 4DJYA 1FEJC 3QI1A 4OBZA 1MT8A 5P23A 6APRE 5P34A 3IXJA 4J1HA 3PLDA 3M9FA 5ER2E 5P4OA 4I0ZA 4J17A 4K8SA 2WEBA 4IVSA 1SIVA 5P48A 3FNUA 5P35A 4Y3ZA 4YDGA 3FIVA 2VIEA 2CENA 4DJWA 3CKTA 3WB5A 5P1HA 1MIQA 5OZKA 3BGCA 2I4WA 5P0KA 4QJ7A 1K1TA 2I4QA 3CKRA 4J54A 3QAAA 3APRE 4J1CA 5AHCA 4J0ZA 5ENKA 5P6BA 1ZPAA 1K6VA 4H3FA 4LP9A 5P5TA 3HDKA 5P5WA 5APRE 1W5YA 2QD8A 3VEUA 5OYVA 4Y3SA 2HAHA 4B1CA 4FLGA 1VIKA 4OBGA 1LF2A 3EL0A 3ZL7A 2G1SA 3NLSA 5C9DA 2WKZA 2XFIA 4B1DA 3VF7A 4CKUA 4Y3DA 3TPLA 3LPIA 1A9MA 4CPQA 2BPWA 2ZJKA 2OAHA 5OZ8A 5P5CA 4R92A 6UPJA 4HZTA 5P17A 3OY4A 4DJUA 5P8DA 5P5HA 2G20A 2FDEA 1KJGA 4LBTA 3VYDA 1LYWA 3BC4A 3URLA 3WZ6A 4ZSQA 5HE7A 5OZWA 5P2QA 4J1KA 5P8QA 4FRIA 1HEFE 4Y48A 4EPJA 5P09A 1ZBGA 4OBKA 5P55A 5SY3A 1FMBA 1T3RA 1XN2A 2BKTA 2UXZA 1SDTA 2VNNA 4Y5AA 4Y4XA 5P3YA 1HTRB 5JFUA 5P7BA 2G1OA 5OZUA 1QRPE 1PSOE 5P38A 3BVAA 2O4LA 1MTBA 5P2VA 5OYZA 1SGZA 4J55A 1MPPA 2OHRA 1GKTA 4Y51A 1KZKA 5P7CA 1APTE 2OHMA 5P06A 4CPWA 2PWRA 4Y4DA 5P6MA 5OZ5A 1SMEA 5OZZA 4Y45A 5P2SA 3OXCA 2Z54A 1MUIA 4GJBA 5OZXA 5P63A 4F73A 3PSGA 4XX3A 3HAWA 2OHTA 3PSYA 3EXOA 5SXNA 3KYRA 4ACUA 3ZOVA 2HS2A 1TZSA 2ANLA 3OU4B 1UPJA 2G27A 5P3TA 4Y50A 5HTZA 4NPUA 4B1EA 1APWE 5E5JA 3LPJA 2RKGA 4M8XA 1YX9A 1SIPA 1Z1RA 4Y5NA 5P5OA 5P7QA 3MXEA 4DJOA 2ZJLA 5P6IA 2R5QA 5P45A 5P8KA 5UPJA 2ZHRA 3OUBA 5P2YA 4X2LA 5P2GA 2F3FA 1LEEA 2HB3A 4ER1E 5P2RA 5OZAA 5P7YA 5P1MA 4HLAA 4EJLA 1CZIE 5KAOA 2B8VA 3QRMA 4I8WA 5P6SA 2JXRA 2EWYA 3NU3A 1AM5A 3PBDA 1RQ9A 5P5KA 1MRXA 5OZIA 2BKSA 3TOGA 3S45A 5P2LA 3TNEA 2BQVA 1EPRE 3VUCA 5P7PA 5F01A 3S85A 3OOTA 2IGXA 3DCRA 3HBOA 3A2OA 3QRSA 3WB4A 3OK9A 3VF5A 2H6SA 2Q15A 3LHGA 3HAUA 3OQKA 2ZHUA 1EC0A 2HB2A 4BEKA 1MSMA 5DGUA 4Q5MA 4DQHA 5OYWA 5AHBA 1NSOA 5P5GA 3DJKA 5P83A 4EWOA 4Y43A 4RLDA 5HU0A 2ASIA 1BV7A 2HC0A 5OYQA 1HVJA 5KOSA 4J1FA 3O99A 3SKFA 1FIVA 2P4JA 5P1RA 9HVPA 3PMYA 5P76A 1XE6A 3EL4A 5TOLA 2QHZA 4AZYA 4FAEA 5P4CA 3S56A 5P2XA 3CMSA 5P1SA 1D4HA 5P0SA 3SM1A 5C9BA 2QZKA 2J9JB 3L5BA 1EBWA 3BUFA 4Y4UA 3KN0A 5P4ZA 5P85A 4K4QA 4DJPA 3KFSA 1GVTA 2ZGAA 4OBFA 2QMFA 2WF2A 5COPA 4KB9A 5P3XA 2BB9A 3O9FA 2NXMA 5P74A 2AVSA 2V00A 1MVPA 2OHNA 4RYGA 5P41A 5P4XA 4APRE 2Q55A 5P26A 1ZJ7A 1QBUA 2HM1A 4R8YA 3IVHA 5OYXA 3D3TA 4L1AB 5CONA 3EM6A 2R8NA 5P32A 5P7TA 5P13A 3VCMA 3R0WA 4D8CA 3MSJA 5P31A 4Y4TA 3URIA 1T7KA 2Q11A 4LL3A 4Y3HA 4I0EA 4Y5GA 1XDHA 5P54A 4GJAA 1B5FB 5OZSA 1D4YA 3WZ8A 2A1EA 2QI5A 4DJXA 5DR4A 2VJ6A 4Y9WA 5P18A 1ZLFA 4FM6A 3D91A 1HIVA 5P4TA 1ENTE 4LXAA 1XL5A 4Y3LA 4ZSRA 1FQXA 4EYRA 4JPEA 2P3BB 4GIDA 3ZKNA 5P89A 5P66A 2NPHA 5P70A 2WEZA 5OZ6A 5P4LA 4Q1XA 5ER1E 1D4IA 4FAFA 4Y4WA 1QDMA 3I6OA 3SQFA 5P5QA 1BXOA 5P27A 3RVIA 2FS4A 5P6RA 2OF0A 3UFLA 1MRWA 1ODWA 2PQZA 3UTLA 3EL9A 2SAMA 3KMYA 3UQUA 1GNMA 5KR1A 3O9LB 2V16C 4D88A 4Z2ZA 3SA6A 3ZKXA 5P19A 5COOA 5P5JA 3O9DA 5KOQA 5AH7A 5BS4A 2CEMA 4OC6B 3UDNA 2F81A 3GGAA 1SP5A 2P8HA 1BILA 2Z4OA 2BBBA 2UY0A 2AZ9A 4X7IA 5P6OA 3NU9A 5P8HA 5P2ZA 5P3VA 3EKVA 1F34A 5P5FA 5P6QA 3OQFA 1HVCA 3K5CA 2G1RA 2MIPA 4ZPGA 5P1VA 3SA9A 5ENMA 5AH6A 4XXSA 3UDHA 3EM3A 2G26A 5P0YA 4OC6A 3NYGA 5SY2A 2RSPA 2XFKA 1KJFA 1Z8CA 2QI0A 5P5RA 4JP9A 4Y4JA 5KQFA 2HS1A 2HPFA 3OTSA 1JLDA 5DQ1A 2AOFA 2PSUA 4FCOA 4MC6A 5P04A 5P0CA 3OU1A 5P59A 5P58A 2QI7A 5HDZA 3INHA 5HCOA 5P29A 1W5VA 4WY1A 5P61A 1DP5A 4NJUA 2OHKA 4B72A 5OYRA 5P12A 3CKPA 5C9FA 3MWSA 5P0DA 5IVQA 5P53A 5P6AA 5KQXA 5P2TA 5P8GA 2QZWA 5P3OA 3G72A 3EMYA 3KT2A 1BWAA 3RU1A 4HEGA 3D1YA 5P1TA 1YT9A 5P81A 5OZBA 5OYYA 4B78A 3SA4A 4ZE6A 4Y4AA 4EJ8A 5P0RA 1G0VA 4BFDA 2P3CA 4TRYA 3OUCA 5P8VA 1OEXA 1BVEA 3JVYA 5P3PA 5BRYA 5P4GA 5P3QA 3ECGA 5OZPA 1K6CA 1IDBA 2IGYA 5OZNA 5P7DA 3VYEA 4LHHA 1LYAB 3PHVA 1XS7D 4YCKA 1E81E 2QNPA 3KFPA 2FXDA 2AZBA 3S7LA 2NTRA 3O9BA 4FSEA 5P1WA 5P6EA 4R5NA 2PSVA 3I2LA 5P1AA 1SH9A 1GVVA 5EZXA 3ZPSA 3B80A 2IEOA 1K2BA 3LIYA 1EBKC 4H3IA 1W51A 5OZDA 4I0IA 3LZYA 3UFNA 4I0DA 5P71A 2QD7A 4Y5BA 5P01A 1IZDA 3CICA 1K2CA 2ZJMA 5P0VA 2AZCA 1W50A 5PEPA 2V12C 4I0GA 3OOZA 4ZPEA 5P0LA 2XYFA 5P2OA 4Y3TA 4NJTA 5OZYA 2JYSA 3QN8A 1W5XA 3L5CA 5IS4A 3O9AA 2I4XA 5P8SA 1B6LA 4OD9B 1SGUA 2JJIA 1XE5A 3KF0A 3NU6A 3GGVA 3PI5A 3JVWA 2AQUA 5P2AA 1B6JA 1FG8C 3LPKA 4Y5LA 4DUSA 3NSHA 2QU2A 5P46A 2PYNA 2ZHSA 3ZKMA 1AJVA 5P25A 5P8MA 2WF3A 3K5FA 5P0JA 3BXSA 1BBSA 5P6NA 5P8PA 3TH9A 5AH9A 3SO9A 1OD1A 4YCYA 2B8LA 3QRVA 2JE4A 1ZAPA 3IXKA 4LXMA 4U8WA 4CMSA 3OUDB 2V11C 3FSMA 5P00A 2PC0A 5P4NA 5P6VA 5JG1A 1T7JA 3OHFA 4Z4XA 3PM4A 4KUPA 5P33A 4J0VA 3APPA 3SA5A 1NH0A 5P4JA 3I25A 1FLHA 3IN3A 4RVJA 2IL2A 3VSWA 1G6LA 1IVQA 2AOHA 1PPKE 2ER9E 5OZ3A 2FIVA 1EC1A 2B7ZA 5OZLA 5OZ4A 5P2DA 5P77A 4OBJA 1HVSA 4Y3YA 4Y3AA 3Q4BA 3FNTA 3OXWA 3C9XA 5T4SA 2FDDA 1QBTA 4FL8A 2B7FA 4Z22A 5P6CA 3KM4A 5P2KA 2A4FA 3DV1A 2ZJJA 4AA9A 4GJDA 4COEA 1LF3A 1E82E 3HD8A 4WTUA 2AOGA 2PYMA 3OUAA 3QIHA 1HTFA 5HCTA 5E5KA 5P62A 5P43A 5AH8A 4HDBA 1B6KA 5P7NA 3O9EA 3DM6A 1K6PA 4YCTA 3N4LA 4Y3FA 1FMUA 1GVWA 3AUPA 4ZEAA 3VFAA 5P7KA 5P3DA 4S1GA 3BXRA 5P4EA 1SDUA 3EC0A 4Y58A 5P3FA 2R38A 1MEUA 1HTGA 2PSGA 4PEPA 5P1CA 5P5XA 4EHCA 4DFGA 1FQ8A 5P4QA 1EPME 5P1LA 2J9KA 2PH6A 5P10A 4DI2A 4I8ZA 4Y6MA 4GB2A 1G2KA 3FX5A 2O4KA 1FQ7A 4I12A 5DPZA 1IIQA 1GNOA 2V13A 1T6EX 1HVIA 4M8YA 3BRAA 5P6GA 2V10C 3OU4A 3UDMA 5P8UA 4Y4BA 1HPSA 5P69A 5P0XA 5I3WA 1MTRA 1TSUA 3S53A 4DQEA 5P8IA 3QBHA 3LIXA 5I3XA 4YOAA 4FE6A 5P8EA 2AODA 1ZSFA 2VS2A 4ZPFA 5P7MA 4DPFA 5P7AA 5P22A 4QJ2A 2G21A 4I0JA 4LXKA 4FM8A 5KR8A 4Y5EA 4FSLA 1HXWA 3S43B 3F9QA 1IVPA 3CIBA 3ZPUA 4E43A 1EBYA 3EKWA 5I70A 3LZVA 2AZ8A 3BUGA 5P2WA 3O9CA 1VIJA 3L5FA 1FFIC 3GI4A 3MSLA 5BWYA 3FKTA 4XX4A 1BAIA 3KMXA 1PSAA 4I1CA 5P3WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1C6Y A;  2ZJI A;  3HVG A;  2I4V A;  2VA5 A;  4ACX A;  5P3J A;  4B77 A;  4ZLS A;  5OYU A;  4NKK A;  4J0P A;  5P2B A;  5P4H A;  4F74 A;  2AVQ A;  4J1I A;  1NPW A;  5P73 A;  2PMA A;  1YTH A;  2FXE A;  2IKO A;  5P7Z A;  5P1U A;  5P64 A;  4HDP A;  1EPN E;  4J0T A;  1AZ5 A;  4YHQ A;  4Y3J A;  5P36 A;  4JEC A;  3PBZ A;  4DQB A;  3TPP A;  4Y47 A;  4AUC A;  5P3N A;  3OQ7 A;  4ZIP A;  4A6C A;  3SFC A;  1G35 A;  5P5P A;  1DIF A;  2VJ9 A;  3CYX A;  5P0I A;  4IVT A;  3UQP A;  3QP0 A;  3VYF A;  4Y3P A;  5P14 A;  1EAG A;  2QI6 A;  2BJU A;  4YD5 A;  5P1B A;  3ZKS A;  1A30 A;  3VSX A;  4YE3 A;  3BHE A;  3U71 A;  4PZX A;  4Y5C A;  2NMZ A;  5P72 A;  4PZW A;  3INF A;  1DW6 C;  5HE4 A;  5P5B A;  5P7E A;  4EXG A;  5P68 A;  5P1N A;  1WBM A;  3R4B A;  5P6L A;  2IDW A;  4HVP A;  4OBD A;  4I0H A;  1MET A;  4YD4 A;  3ST5 A;  4WY6 A;  5OZJ A;  1RV7 A;  3GI6 A;  7UPJ A;  1KJ4 A;  5P4B A;  2BPV A;  4AA8 A;  3K1W A;  4DQG A;  1YTJ A;  3OU3 A;  3HLO A;  2ZHT A;  4EJD A;  2QI3 A;  1APU E;  5P7U A;  3T6I A;  5P2H A;  5OZ9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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