5P73A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 300
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p73A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p73A01
1DAZC 5P82A 1BDRA 4ZPEA 5DGWA 3R1GB 5OZTA 5P7VA 2VIYA 3FV3A 5P54A 3T7PA 3HVGA 5P61A 1A9MA 1A8KA 3SABA 3K5DA 2OHKA 1BILA 5P1TA 5P80A 5P81A 3NDTA 4I12A 5P3JA 3FNTA 5P0YA 3ZKIA 3UF3A 5P3BA 3EM4A 1EPME 5P5LA 2G94A 4I11A 5COPA 1AVFA 3KF0A 1SP5A 5P6HA 5P8IA 2I4QA 1EBKC 1D4YA 4DPFA 5KR0A 2OHLA 5P5UA 3D1YA 5P8UA 2PH8A 3T11A 6UPJA 3EL5A 4FSLA 5P43A 4DJPA 1Z8CA 4Y54A 2OHMA 2WKZA 4ZSPA 5P22A 4HEGA 5P4GA 1ZLFA 4Z4XA 4CPUA 5P1MA 1QDMA 3JVWA 4CMSA 1FMBA 2H6SA 4DH6A 3PSYA 5JFPA 1QBSA 5P6GA 3OQKA 3SO9A 4DFGA 4X7IA 1NSOA 3EXOA 1YG9A 4GJCA 3URJA 4I0DA 5AH8A 2G1SA 2G69A 3OUBA 3ZMGA 2V00A 5P4IA 3U6AA 3OU1B 3R2FA 1Z1HA 3CIBA 3O9CA 4K9HA 1T7KA 4TRWA 1D4JA 5P4VA 3B80A 3HBOA 5P0XA 3EC0A 4Y41A 5BWYA 5P27A 4Y4BA 3GI6A 4LBTA 5P0TA 3VF3A 2ZJMA 2V11C 1FFIC 2A4FA 2O4PA 3QVCA 4EJDA 5OZLA 5P62A 5P4AA 5P28A 4J1IA 3PHVA 4KE1A 5P2AA 2BKTA 4PYVA 4B1CA 1W5YA 3ZPTA 2G27A 4U7QA 4AZYA 2VJ7A 2P83A 3QBFA 5P7LA 2OHNA 2O4NA 5IVTA 2QD6A 1MRWA 4F75A 5C9FA 5P33A 5P5FA 1HIIA 2IGXA 3LIVA 2QI4A 1TSUA 5P45A 5P66A 5P8RA 5OZAA 2ER7E 5P08A 1EPOE 3G72A 4MC6A 3TL9A 3EMYA 3LZVA 7UPJA 5P5SA 5P2BA 3OY4A 5P7KA 2F3EA 3QRVA 3PGIA 1VIKA 5P3LA 2F80A 3JW2A 4I8WA 1A94A 1MT9A 2FXDA 3UHLA 3N3IA 3TPRA 2HB2A 5DQ4A 3IGBA 1HHPA 1AZ5A 1W5VA 2BBBA 4QJ2A 4J1CA 4JPCA 2R5QA 1MPPA 1PPKE 1DIFA 3IAWA 1VIJA 1LS5A 4U8WA 5P8OA 2AODA 4GIDA 3MSKA 5ENMA 1BDQA 3QS1A 4GJ5A 1D4KA 5P5EA 1SMEA 1ZTZA 5P4OA 4R5NA 3UDNA 2WEAA 3SACA 4GJAA 5P6AA 4GMIA 4LXMA 4RLDA 5KQXA 5P5NA 4PEPA 5P32A 5P4FA 3WB4A 4KB9A 5P4KA 5P5TA 1FG6C 5OZ9A 4Y6MA 5P1QA 2WEDA 5P85A 1PPLE 5P64A 1KJ4A 1QS8A 4HA5A 5P2UA 3L5CA 3EKYA 1OD1A 5P05A 3MXDA 4KE0A 3UQRA 2O4LA 3TPLA 5P25A 2P3DA 2NMYA 1HTFA 2NTRA 4J1EA 4DJYA 4OC6B 3IXOA 2EWYA 2PSVA 3PSUA 5P6CA 1FFFC 5P31A 5FIVA 5P0OA 1SIVA 3HW1A 5P71A 1HPOA 2R38A 1HIHA 5P67A 3TNEA 4ER4E 5P74A 3SA8A 4J0YA 1HVSA 3BRAA 3OQFA 4QGIA 5BRYA 5P2HA 1YM2A 2ER9E 4J0VA 2O40A 3RTNA 4HZTA 4HDBA 5P7FA 2FGVA 1XE6A 2VS2A 3RTHA 1T7IA 2R3TA 5P2MA 3INEA 5IS4A 1SH9A 3RU1A 3SA5A 3LHGA 5P1XA 3D91A 5OYTA 5P4BA 2V10C 3BUFA 4EXHA 3CKTA 3S7LA 2PH6A 5DR7A 3PMYA 5HDVA 1XN2A 2V0ZC 2IEOA 5P4RA 3SLZA 5KQFA 4Y3AA 2AVMA 3PI5A 3OADA 1LYBA 2XFKA 4RCFA 4Q5MA 3ZOVA 1DW6C 4ZSMA 3HAUA 5P73A 5OZDA 1HVRA 5P89A 1EC0A 3BGCA 3Q3TA 4OBZA 4GB2A 5ER1E 5UPJA 2AOJA 2G1YA 4R95A 3O99A 1SDTA 3IVHA 3ZKMA 4EHCA 5P7CA 3OQAA 1TQFA 1HVJA 2AVVA 3ZKGA 3NUOA 5P2OA 5OYXA 5P59A 5HE5A 1GKTA 1UPJA 3SPKA 3H0BA 2R43A 5OZHA 5HDXA 1U8GA 2VJ9A 2I4VA 3L5FA 1W51A 5P7NA 3G70A 3ZPSA 3NXEA 4JPEA 3SM2A 4YBIA 3PVKA 3RTMA 4J0PA 3VFAA 2WL0A 5DQ1A 5P0GA 1D4IA 2ZJNA 4FM8A 4Y56A 4J5JA 3VCMA 2PSGA 2WF0A 4N00A 4R92A 3RVIA 4FCOA 4Y37A 1E81E 5P8EA 5P1KA 5P6SA 5P5KA 5P3ZA 2WJOA 4OBDA 5DR3A 4J1KA 4B70A 2ZHUA 1ZAPA 5IVRA 3DUYA 5P5GA 3I8WA 4JOOA 4B0QA 2QP8A 5P7ZA 3GGAA 4NPUA 3QP0A 3NXNA 3R4BA 4Y5LA 5P0SA 1GNMA 5P2NA 3VG1A 5P10A 2HAHA 5P1BA 5P3OA 2VKMA 1F7AA 3S43A 1B6KA 1OEWA 1FKNA 2I4XA 4ER1E 5OZ7A 3H5BA 3SA3A 2QAKA 2OAHA 5JG1A 3S7MA 3UTLA 4CPWA 1BWBA 4H3FA 4BFDA 5OZSA 5OZ5A 3K1WA 2QMGA 3O9LA 4EJ8A 2P3BA 4Y5NA 4BFBA 5OZRA 2R8NA 5HU1A 4TRYA 5P4LA 2ZGAA 4AUCA 1T6EX 3NSHA 5P3KA 1EPNE 2G22A 3O9GA 4DVFA 1XL5A 3SKGA 5I3WA 3K5FA 5P50A 4MC1A 4F76A 4ZPGA 4DQFA 4Y38A 3OHFA 4RVIA 1BDLA 4GJ6A 2PMAA 2QI3A 1B6PA 5DR1A 3EKTA 1AIDA 3OXVA 1UH9A 5P7OA 1GVXA 4PZXA 5P00A 4ZSQA 1IDBA 3BVBA 4Y4WA 3L5DA 3I7EA 3INHA 5P3QA 3GI4A 2G20A 5P4MA 3VFBA 4Y4JA 4Y53A 4ACXA 3MWSA 5P70A 5P0LA 5P1NA 1W50A 2Q63A 5P2KA 4Z50A 2PWCA 5P0AA 3LPIA 4RCDA 3O9HA 3NLSA 4IVSA 4K4QA 5OZVA 4Y3JA 4F74A 4LC7A 4Q1NA 3GGUA 4RYGA 1D4SA 5APRE 4FRKA 5P1YA 3WZ6A 3PWWA 3APPA 5AHBA 5P01A 3R0YA 4CPRA 4Y50A 1HPSA 5P7YA 5JODA 2ASIA 4DJWA 5P2YA 4R8YA 5P18A 5P3NA 3DM6A 5P5QA 3L3AA 1C70A 3NU3A 3O9BA 1QBRA 2NPHA 3S45A 3ER3E 2VIJA 5P7BA 4YD5A 3K4VA 1G35A 4EP2A 1B11A 2FDDA 1PPME 3K4VC 5P7HA 4FLGA 5P06A 3D20A 5SZ9A 1EPPE 3RSXA 5P4ZA 3OAGB 5CONA 4RVJA 3VF7A 5I3YA 2V13A 2NXDA 4DPIA 3LIZA 1JLDA 1WBKA 1OEXA 1M4HA 1MRXA 5P14A 5P1JA 1FF0C 3OGPA 3UQWA 4I0ZA 5P2GA 3S8IA 3UFNA 5P8PA 1UH7A 2ER6E 2ZJHA 4I0HA 3PSGA 3QRMA 2AZ9A 3VV8A 3NU4A 5P8QA 3KDCA 5P0PA 5P4WA 5I3VA 3OU1A 2BB9A 1HVIA 4PPHA 3BXRA 3KFRA 1Z1RA 3MSJA 3OK9A 5P8AA 2JYSA 2APRA 3QI1A 5P7QA 4ZIPA 1TZSA 2QZXA 5P4PA 2O4SA 5KR2A 1WBMA 3PCZA 1GVWA 4WY6A 4IVTA 5F01A 8HVPA 4Y3MA 5P6UA 2G1OA 1NPWA 3OU4A 3NWQA 3EM3A 5P5HA 4DJXA 4FRJA 5B18A 1G0VA 3EKVA 5P8LA 3I2LA 4OBHA 2ZE1A 5P6RA 2XFIA 2G26A 4L7JA 4Y5BA 3UPJA 5P11A 5P6WA 2PYMA 4NKKA 4HDFA 2ZHVA 4I8ZA 1DPJA 4DI2A 4Q1XA 1ZBGA 5P7PA 5P7MA 5OZ1A 2QZKA 5P6MA 3SA4A 3DCKA 2WF3A 5OYWA 1KJFA 3AUPA 1B5FB 4GJ9A 3VYEA 3WZ7A 1HWRA 3PCWA 2IKUA 2Z4OA 5P8TA 3VSXA 4Y4GA 4DJQA 2QMPA 4OD9A 2P3CA 3UDHA 4XXSA 2RKGA 3DK1A 5DGUA 4B05A 4E43A 2CENA 5P0MA 5P4TA 3S56A 1GNOA 2F8GA 3DOXA 2FXEA 5P4NA 5P3UA 5OZUA 1APVE 5P4DA 2XFJA 2PC0A 5P72A 1HRNA 4COEA 5P69A 3KMXA 5P4QA 3PLDA 1N49A 2I0AA 4L1AB 3VEUA 2NR6A 2BJUA 4Y3SA 3QAAA 3FNUA 3OU4B 1EPLE 3D1XA 2PWRA 5OZ0A 4Y5KA 4YD3A 5P0WA 3KDBA 1MT7A 5P6NA 1HSIA 2QU3A 4YCYA 5DPZA 4Y4ZA 5P1IA 4TVHA 1W5WA 5P5WA 4DUSA 2WF2A 4X2LA 5SY2A 2Q55A 2P3AA 4FM6A 2ZJIA 2PSUA 5P3XA 2ZHTA 2HIZA 5I3XA 3NYGA 4Y35A 1BV9A 4OC6A 5P48A 3NWXA 5P2IA 4FGXA 5P0RA 1BXQA 5P2WA 3U71A 5P0UA 3PB5A 1LF2A 2QU2A 4OD9B 4EWOA 2MIPA 1YX9A 5IVQA 4EJKA 5HE4A 5P5PA 5KQZA 4B1DA 4DQCA 5P41A 3TTPA 3KFNA 2I0DA 3S54A 3KN0A 1RPIA 3SA7A 2QZWA 2B8VA 5P0EA 5P44A 1MSMA 5P42A 5DR8A 4YHQA 3INDA 5P78A 5HDUA 2Q11A 5HDZA 4A6BA 5P3IA 2HS1A 2PK6A 3EKPA 5P23A 5P5XA 3T6IA 1YM4A 4FSEA 3D3TA 2IL2A 2ZJJA 5P76A 3A2OA 1SDVA 5P58A 7HVPA 2ZHRA 3CMSA 4Y9WA 4K4PA 1KJHA 5P7IA 3PRSA 1W5XA 5OYVA 3IXKA 5P3GA 3VYFA 1HTGA 6APRE 5P6BA 3SA9A 4Y3XA 4NPTA 4Y48A 1LYAB 3OUDB 1HIVA 2FNSA 5OYZA 3I25A 5OZZA 1B6JA 2F3FA 4NJVA 1FMXA 4RZ1A 3UFLA 5HE7A 1BVGA 4FS4A 5P3PA 5P3DA 2HPEA 3GGVA 1D4HA 2QD7A 3OHHA 5P87A 3O9IA 1G6LA 4B78A 2VIEA 5P1WA 3SFCA 4OBKA 5OZQA 3CICA 1LF4A 1IVQA 5P1HA 3LIYA 4GJDA 5J25A 1KZKA 5P0NA 2AVOA 1AJXA 4DQGA 1XN3A 3QVIA 2R3WA 2OHSA 9HVPA 2QK5A 5P6OA 2ZHSA 3GI5A 2I4UA 2QI0A 4J54A 3OTYA 5P5ZA 4ZPFA 1HEGE 4Y3NA 4CPQA 5P8JA 4F73A 5P4YA 4KUPA 4R93A 3KFPA 5P35A 5P2LA 3LPJA 2IGYA 3DV5A 3VYDA 1YTJA 4LHHA 2QI6A 4M8YA 2QNNA 5P56A 1MTRA 1EBZA 2HS2A 2QNPA 3ZKNA 4S1GA 5P3TA 5P3SA 2QCIA 4YOAA 2UPJA 5P6DA 5P63A 5P1UA 1K6CA 4Y44A 1ZJ7A 5KQYA 2OHQA 3SA6A 2AOEA 2VJ6A 3O9EA 2HB3A 1APUE 1HTRB 5HD0A 1Q9PA 1EAGA 4GJBA 4OBGA 3K5CA 5P39A 4PHVA 4APEA 2FS4A 3KFSA 5P1DA 2ZJKA 4A6CA 3OQDA 1CZIE 2WEZA 5P1GA 5P47A 1APWE 5AH6A 5P3EA 3EKQA 4Y3HA 3L59A 5P3WA 2P8HA 3OOTA 4CKUA 4Y3QA 3N4LA 3VF5A 5P52A 5COKA 5P0HA 4DQEA 4EQJA 3BHEA 4WY1A 1LEEA 3JVYA 1K6VA 1IZIA 2AOGA 1MESA 3BUHA 1K1UA 4H3IA 4D85A 4ZE6A 4YD7A 4UPJA 5P5RA 1SBGA 4Y3ZA 2FDPA 5P8HA 1HBVA 3EL4A 1PFZA 4HLAA 2XYEA 5P5IA 4BEKA 4H3GA 6FIVA 3ER5E 3LZUA 2BQVA 2AZ8A 2A1EA 5OYUA 1E5OE 4QJ6A 1A8GA 4Y3DA 4A4QA 2WECA 2I1AA 1EC1A 3BVAA 4Y4TA 5P6ZA 5P6QA 3UDYA 3AIDA 4J55A 1EC2A 5P3CA 5P49A 5P2VA 3L58A 5P6VA 3TPPA 4B72A 5AHAA 4AMTA 5PEPA 3NDXA 3FKTA 3QBHA 5P3HA 2QI5A 4I0FA 5OYQA 4GYEA 2J9JB 4H3JA 3OAGA 1BVEA 1BV7A 3EKWA 1PSNA 3EM6A 3G6ZA 1PSAA 4DV9A 2F3KA 3NDWA 1T6GA 4FAFA 5P37A 5KAOA 5EZXA 2FIVA 4ER2E 5P3AA 2SAMA 3Q6YA 5P1SA 5P26A 5P5DA 5P8FA 2HPFA 1FB7A 5P6TA 5P88A 2QI1A 5P5BA 2AOIA 2NNKA 3EL0A 3R0WA 4Y5EA 3GGXA 2QZLA 4BELA 3BUGA 5EZZA 4GJ7A 1FQ7A 4Y4UA 5P6IA 3L5EA 1D4LA 2H6TA 1ER8E 3TH9A 1TW7A 3OXWA 5OZOA 2AVQA 1META 3URIA 2JE4A 2QHYA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1DAZ C;  5P82 A;  1BDR A;  4ZPE A;  5DGW A;  3R1G B;  5OZT A;  5P7V A;  2VIY A;  3FV3 A;  5P54 A;  3T7P A;  3HVG A;  5P61 A;  1A9M A;  1A8K A;  3SAB A;  3K5D A;  2OHK A;  1BIL A;  5P1T A;  5P80 A;  5P81 A;  3NDT A;  4I12 A;  5P3J A;  3FNT A;  5P0Y A;  3ZKI A;  3UF3 A;  5P3B A;  3EM4 A;  1EPM E;  5P5L A;  2G94 A;  4I11 A;  5COP A;  1AVF A;  3KF0 A;  1SP5 A;  5P6H A;  5P8I A;  2I4Q A;  1EBK C;  1D4Y A;  4DPF A;  5KR0 A;  2OHL A;  5P5U A;  3D1Y A;  5P8U A;  2PH8 A;  3T11 A;  6UPJ A;  3EL5 A;  4FSL A;  5P43 A;  4DJP A;  1Z8C A;  4Y54 A;  2OHM A;  2WKZ A;  4ZSP A;  5P22 A;  4HEG A;  5P4G A;  1ZLF A;  4Z4X A;  4CPU A;  5P1M A;  1QDM A;  3JVW A;  4CMS A;  1FMB A;  2H6S A;  4DH6 A;  3PSY A;  5JFP A;  1QBS A;  5P6G A;  3OQK A;  3SO9 A;  4DFG A;  4X7I A;  1NSO A;  3EXO A;  1YG9 A;  4GJC A;  3URJ A;  4I0D A;  5AH8 A;  2G1S A;  2G69 A;  3OUB A;  3ZMG A;  2V00 A;  5P4I A;  3U6A A;  3OU1 B;  3R2F A;  1Z1H A;  3CIB A;  3O9C A;  4K9H A;  1T7K A;  4TRW A;  1D4J A;  5P4V A;  3B80 A;  3HBO A;  5P0X A;  3EC0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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