5P74A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 301
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p74A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p74A01
5OZLA 3NUJA 3R0YA 5OZ5A 5OZDA 3HVPA 5P22A 3QBHA 5OZJA 3NXEA 3OQ7A 3GGXA 4CPWA 2QU2A 5OZZA 1BILA 2QD6A 5P1SA 3K1WA 5P2YA 5P25A 4Y3JA 1XL2A 3BUFA 4RCDA 5P8SA 4ACUA 4RVIA 3FKTA 3TPLA 3OU4B 4R92A 3KT2A 5P3IA 4I12A 2R5PA 4RVXA 1QBTA 5P7WA 3UQWA 3I7EA 1KJFA 1FG8C 3FNTA 1HSHA 3PSYA 3OK9A 4OBDA 5P70A 5P3LA 5ENMA 3SA4A 1MT8A 5P4OA 1E5OE 4NJVA 4JECA 4H3IA 5KAOA 3T11A 1MVPA 2PSVA 4KE0A 1UH8A 4X2LA 4I10A 5OYXA 2ZGAA 5OZPA 4D83A 4YCYA 2I4UA 3SM1A 5P4FA 1OEXA 5P0QA 4TRZA 5P3QA 3HAWA 4Y38A 4K8SA 4MC2A 4OBHA 5HTZA 4ZSQA 3U71A 4Y3PA 3TOGA 5P47A 4DPIA 1PSNA 4DJVA 1ODYA 4I0GA 2QD8A 5P1LA 3L5DA 1OD1A 5UPJA 4GJDA 1IDAA 4EXHA 1BDRA 3TLHA 5P1CA 5P1OA 1MERA 3NDUA 1ODWA 5P5VA 2AOEA 5P76A 2HAHA 3TL9A 1D4IA 5P8UA 1MIQA 5P6HA 1BWAA 5OZVA 5P5UA 5P3VA 4J1FA 4Y6MA 5P35A 5P2AA 5P38A 2Q5KA 3D1XA 4J1KA 1NH0A 4FRIA 4GJAA 4Y5AA 3CYWA 5P0VA 2AVOA 4OBGA 4B05A 2IEOA 4AA8A 2I4WA 1HPXA 5P7AA 1W5YA 5P1JA 2G20A 3EKTA 5P79A 2PK6A 5AHBA 5P8FA 3FNSA 4ZLSA 5P6NA 5P44A 5P1GA 5P7VA 4PHVA 3H5BA 3VEUA 3KMYA 4F74A 3BGBA 3UQPA 4L7HA 2NMZA 1HBVA 3ZKXA 5OZFA 3LZUA 5P57A 2PWRA 5P3ZA 5P1EA 3NUOA 1LYWA 4R95A 5P7XA 2I4XA 1XE5A 3S7LA 4FSLA 5P60A 4RCFA 5P4XA 3S8IA 1ZSFA 1FEJC 5BRYA 5P3WA 4YDGA 1KJ7A 5P6VA 1HHPA 3QP0A 5HE5A 1AJVA 5P1ZA 5P48A 2VIZA 5DGUA 3K5CA 3VFBA 5HDVA 3NLSA 5P3DA 3K5DA 3Q5HA 4EXGA 3O9GA 3CMSA 5P36A 1GNOA 5OZNA 4ZE6A 3NWQA 1EBKC 5P67A 5P30A 1TQFA 5P1VA 2PH6A 1HPOA 4DUSA 4GJ9A 5KOQA 4J54A 5P77A 4CPTA 2O4PA 3D3TA 3RSXA 5P24A 2H6SA 5P63A 5P7IA 3VG1A 3JW2A 1AM5A 2R38A 2FDPA 3NR6A 5SY2A 2AOIA 2G22A 4OC6A 4KB9A 1FB7A 2XFKA 5C9DA 5DR0A 2QHZA 2O4LA 3KFNA 3EL4A 3T6IA 2ZJJA 2OHUA 4DVFA 3VLBA 3APPA 4ER4E 4YHQA 5P6OA 4Y5LA 2G27A 5P6CA 3BHEA 5P3MA 4ZSMA 5P4JA 4DJOA 5CLMA 3SO9A 4HDFA 2RKFA 4Y5GA 5P50A 1W6HA 4YOAA 3O9LA 1FMUA 3VCMA 5P4PA 5P2JA 5HDUA 3S43B 1F34A 3OAGA 5P0MA 2O4SA 2RENA 2IDWA 3QBFA 4LC7A 4Y3FA 1ME6A 6UPJA 4DFGA 4QJ2A 3NU4A 1HIVA 4HDBA 2XYEA 4EWOA 1EPRE 2HS1A 3HW1A 3WSJA 4JPCA 3GGUA 1PPME 5OZCA 5P3OA 5P0AA 3NDTA 3ZKGA 2JXRA 4Y4DA 2QZXA 4Q1NA 4EJ8A 5P4SA 4GMIA 3OUDA 5P2WA 2R43A 4L7GA 5P2VA 2H6TA 4CPQA 3CKPA 5P6JA 3PCZA 1FG6C 3LPIA 5IVSA 1HVCA 4ZSRA 5OYSA 1HSIA 5P3NA 3EKWA 3OUCA 5P02A 3T7QA 3UDNA 3LIYA 1D4SA 5P4CA 2I0AA 2QCIA 3I6OA 5P12A 4Q1YA 4A4QA 5P1UA 5E5JA 2F81A 4TVHA 1SDVA 5P8LA 5P2UA 3QRVA 3OTYA 3MWSA 3PJ6A 5OZHA 4RGHA 3OQAA 3K5FA 3HAUA 2WEDA 5COOA 1Q9PA 1WBMA 1HXBA 1PFZA 4DQEA 3PVKA 5P5NA 2V16C 1SH9A 3OOZA 3O99A 4I0JA 5OZ3A 2V11C 5JG1A 3R1GB 3DCKA 4Y5NA 4K4RA 2ER9E 3KDDA 3NWXA 3NU9A 3G72A 5P7MA 5P7NA 4Y4BA 4QLHA 5HVPA 3D1YA 3LIVA 5P8AA 3KYRA 3O9AA 1Z1RA 4GYEA 5P7QA 2A4FA 3BVBA 4WTUA 2ZJLA 3L5BA 4DQCA 1LV1A 5P4UA 2QZLA 2BPVA 2FMBA 3ZKNA 5P53A 5P7LA 2O4KA 5P6MA 5P7BA 4M8YA 4Y5MA 4UPJA 1JLDA 2UPJA 1LF2A 4JOOA 4AUCA 4DV9A 4FLGA 2G1YA 4Y58A 2ZHTA 5P3TA 3EL9A 3MXDA 1QS8A 5P0RA 3URJA 2VNMA 3FSMA 5P2IA 5HU1A 1MPPA 5OZYA 5P7JA 3K4VC 2G1SA 4YD7A 4GJ8A 2NXLA 4J1HA 2FLEA 3GGAA 5P4RA 3KFRA 5OZIA 3LNKA 3TPRA 3UDPA 3OGQA 2QAKA 5P5ZA 3PB5A 3PWWA 1EPOE 5P3GA 4J1EA 2QI3A 4HEGA 2BKSA 3VYEA 4Y3EA 1PPKE 1SDUA 3OADA 1A8GA 1MSMA 3O9IA 3QI1A 3S56A 2Z54A 4I1CA 4TVGA 2G1NA 3QPJA 5P1PA 4CPSA 5JODA 4Y3AA 1E82E 3S45A 1FGCC 1D4KA 3LHGA 1A30A 1W50A 4LXAA 3H0BA 2NNKA 1J71A 5OZ2A 3ST5A 4APRE 5P3HA 2ZJNA 4Y4TA 5PEPA 1LYBB 5P8HA 4NPTA 5P5BA 5OYWA 5P3YA 4Y53A 3OXWA 3VFAA 1T7IA 4XKXA 1W51A 1A9MA 1W5WA 5P10A 4NPUA 2WECA 5P04A 2RSPA 2ASIA 3LPKA 2EWYA 2QI5A 5P0ZA 1UH9A 1XDHA 4FM6A 3N4LA 3S85A 1EPLE 3UDQA 3KM4A 4B1EA 4YBFA 2HPFA 4WY6A 1TZSA 1XN2A 3VYDA 5ER1E 1APWE 2XYFA 3ZPUA 5ISKA 5OZQA 1XS7D 4Y3SA 2FGVA 4FL8A 2SAMA 3EKPA 5HCTA 5P5XA 4I0EA 1Z1HA 4RYCA 2P3AA 7HVPA 5P2MA 2OHMA 5P6GA 3UHLA 4GJ7A 4OC6B 1MEUA 4YD4A 4F76A 4B0QA 2HB2A 3DK1A 5P4EA 5P8JA 3PMUA 3QRSA 5HDXA 4I0IA 5AH6A 4H3FA 5P32A 1M4HA 2IENA 8HVPA 2QZWA 4RCEA 2QK5A 1LYAB 1PROA 4DJRA 3QN8A 3CYXA 3OU1B 2HIZA 4PYVA 5P4YA 1YTIA 5P2HA 3ZOVA 4AA9A 5P68A 3PSUA 3QAAA 3O9BA 1DPJA 5P5YA 3SKFA 4J1IA 5HE7A 5P17A 2ZHVA 2P83A 3A2OA 1FMBA 5P0EA 5P87A 1HVHA 4FAFA 3B7VA 1T6GA 4Y3NA 4BEKA 3Q6YA 4X7IA 3KFPA 3TPJA 1UH7A 3BC4A 2NPHA 3L3AA 4J0VA 4JP9A 4E43A 5DR4A 3D1ZA 2PC0A 1YM4A 4Y3GA 4RYGA 4DI2A 5P2BA 2OHRA 3JVWA 1YX9A 4Y5EA 1B6MA 4CPXA 1BV9A 5P4ZA 5P5WA 2FXDA 1ZBGA 4HZTA 4J0PA 4AZYA 5P6UA 2BBBA 5P6LA 1KJGA 2WF2A 1EAGA 4Y5KA 4EQ0A 2QI6A 5OZSA 5P14A 1CMSA 2PYNA 3BXSA 4Y41A 2NXMA 4EJKA 5OZAA 5APRE 5P0BA 4B72A 4Y4AA 5IVRA 3K5GA 3QVCA 5P7KA 4GJ5A 1GVXA 1B5FB 1ZTZA 3UDKA 1WBKA 1C6ZA 4ZPGA 4QJ9A 5P8KA 5P0CA 1DAZC 1ZPAA 4YDFA 5P2ZA 2G1OA 5AHCA 1HOSA 3UDMA 5P66A 1U8GA 4A6BA 3OTSA 2AZBA 3MSJA 2NR6A 4R5NA 3GW5A 4FCOA 1IVQA 5DQ1A 3VV6A 2OF0A 5P1WA 3IGBA 3ZMGA 5P8MA 4IVSA 3SPKA 1FQXA 3O9CA 3OY4A 3ZKQA 3ER5E 1HTGA 5DQ2A 3IVIA 2APRA 1EPME 5P4KA 1CPIA 1MT7A 2NTRA 2Q11A 3SAAA 2B60A 3N3IA 5P7DA 5P28A 3SM2A 4I0FA 3EKXA 5P1XA 5F00A 1FQ4A 1EC3A 3NYGA 1WKRA 5P0DA 1BIMA 5P5QA 2UY0A 1TSQA 5P40A 4Y36A 3ZL7A 4COEA 9HVPA 3S7MA 5OZRA 1MTBA 5P71A 1ER8E 3O9HA 2QU3A 1GVVA 2ZE1A 4I8ZA 4LXKA 4A6CA 1UPJA 3NU3A 4JPEA 5P4BA 3D20A 3DCRA 4EHCA 4KE1A 3OADB 1K6CA 1YTGA 4ZSPA 5P0LA 4Y4UA 4DH6A 5P2OA 4FRKA 3EM3A 4Y57A 2R3TA 3PLDA 1GVUA 5KR8A 4BELA 2I1AA 3LZSA 4OBZA 6FIVA 2QNPA 4I0DA 5DR7A 5P0IA 1W6IA 3EL1A 4DJPA 5DGWA 4Y9WA 5P08A 4OD9A 5KQZA 2F3KA 5P0OA 3VUCA 3EM4A 4KUPA 5P5PA 3NSHA 5P5OA 4I8WA 2BPXA 5B18A 5P6WA 5P1KA 5P7HA 1D4LA 2HS2A 4U8WA 2ZYEA 1FQ5A 1D4YA 3DM6A 4QGIA 3IN4A 2J9JB 2R9BA 3OXVA 4QJ6A 1T6EX 5P55A 3INEA 4EYRA 5IVTA 1BVGA 1XE6A 3PI5A 4BFDA 5KR0A 1PSAA 2JYSA 5P0GA 5P5MA 5P5FA 1HEFE 5P8VA 5P8QA 3HDKA 1SMRA 2AIDA 2QMGA 4DPFA 5P5KA 2IS0A 3CKTA 3PWMA 3IXOA 2FGUA 4B78A 2ER7E 4EQJA 2AZ9A 4EP2A 2FNTA 3NU6A 1HXWA 1BV7A 5P83A 1KJHA 1DP5A 4FSEA 4CMSA 2B8LA 1IZHA 3VV7A 3U6AA 4YE3A 2BB9A 3L5EA 3ZPTA 2QMPA 3SA6A 5P0SA 2BJUA 1AAQA 4YD6A 5P3PA 1K6VA 3OU4A 3SABA 1ZLFA 5P2QA 3DOXA 4ZPEA 1LS5A 2PWCA 3GGVA 2ZJIA 3GI0A 1M0BA 5P00A 3CIDA 3I2LA 4DQGA 1Z8CA 2ZJHA 3VLAA 5P6ZA 2PK5A 3L59A 5P4GA 5P3RA 4HVPA 5P07A 5P1NA 3TOHA 4DJYA 3QRMA 5P8TA 5P5EA 3ECGA 1XN3A 4F73A 2QI4A 4QJAA 2HPEA 3UDHA 4QJ8A 5P39A 3I25A 4J5JA 4D88A 3HLOA 2NMYA 1ZAPA 1BDQA 1PSOE 2AOHA 3WZ6A 3VF5A 5ER2E 2AVSA 4K9HA 4APEA 5OZ8A 1W5VA 5P4TA 3RU1A 2V13A 4K4QA 1G0VA 1IDBA 4Y4JA 4OBJA 5P09A 2VA6A 2G94A 2XFIA 1HWRA 1IZEA 1K2CA 2ZHSA 1BDLA 5P1FA 1A8KA 3SA9A 4NJTA 4ZIPA 5EZZA 5P2TA 2QD7A 3RSVA 5OZUA 5P51A 5P59A 1ZP8A 3BRAA 4B70A 5P19A 2HB3A 4MC6A 5P1DA 4LP9A 3K4VA 2RMPA 3T7PA 2HM1A 5P18A 4TRWA 3NDWA 2VIEA 3OQKA 2FIVA 2Q63A 1K6TA 1HVKA 3OHFA 3TOFA 3G70A 3OGPA 2Q3KA 4LL3A 5P5LA 5HCOA 4DJQA 4B00A 5P8NA 2O4NA 5P3AA 4LHHA 3CKRA 1LF3A 3UCBA 4Y43A 1SIPA 5P26A 2OHQA 1KZKA 2Q64A 3VSWA 2AQUA 5P78A 4DJXA 3QROA 3KDCA 5HD0A 5P3UA 5DR1A 4GJ6A 5P3CA 1TSUA 5P6BA 2IKOA 5I3WA 3MXEA 4Y3MA 1FLHA 5P6TA 5P0KA 3PEPA 5SY3A 4XXSA 5KQXA 2AOFA 3Q4BA 4Y4XA 5OYYA 2V0ZC 1ZJ7A 5P8EA 4FIVA 2G21A 3INDA 5P7GA 5P84A 2G26A 3EXOA 1HIIA 5P16A 3UFLA 4LAPA 5P2EA 2G1RA 3LIXA 1HVRA 2P3BA 3LIZA 1FQ8A 1LYWB 1NPVA 2AVMA 4Y3TA 5P2SA 5P5HA 4CP7A 1B6JA 1FFIC 3EL5A 5P13A 3UQRA 4ACXA 1G6LA 3O9EA 5DR3A 3PBZA 4S1GA 3OXCA 5P4LA 3NDXA 4R91A 2FDEA 5P1AA 3ZKSA 2CEJA 3L58A 1G2KA 5P58A 5P03A 5KR1A 1IVPA 5P75A 1E81E 5OZ0A 4BFBA 1DIFA 5P4DA 5OYTA 5BS4A 5P7PA 3SACA 2QMFA 4CPUA 5P2LA 3QIHA 2HC0A 4DJUA 4D85A 5P1YA 4LBTA 3OHHA 4B77A 2QZKA 2QHYA 1RPIA 3EKVA 1QDMA 4Z4XA 5C9FA 5P0HA 1W5XA 1EBYA 5AH7A 5P7CA 2IKUA 3B80A 5KOSA 3SA7A 5P65A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZL A;  3NUJ A;  3R0Y A;  5OZ5 A;  5OZD A;  3HVP A;  5P22 A;  3QBH A;  5OZJ A;  3NXE A;  3OQ7 A;  3GGX A;  4CPW A;  2QU2 A;  5OZZ A;  1BIL A;  2QD6 A;  5P1S A;  3K1W A;  5P2Y A;  5P25 A;  4Y3J A;  1XL2 A;  3BUF A;  4RCD A;  5P8S A;  4ACU A;  4RVI A;  3FKT A;  3TPL A;  3OU4 B;  4R92 A;  3KT2 A;  5P3I A;  4I12 A;  2R5P A;  4RVX A;  1QBT A;  5P7W A;  3UQW A;  3I7E A;  1KJF A;  1FG8 C;  3FNT A;  1HSH A;  3PSY A;  3OK9 A;  4OBD A;  5P70 A;  5P3L A;  5ENM A;  3SA4 A;  1MT8 A;  5P4O A;  1E5O E;  4NJV A;  4JEC A;  4H3I A;  5KAO A;  3T11 A;  1MVP A;  2PSV A;  4KE0 A;  1UH8 A;  4X2L A;  4I10 A;  5OYX A;  2ZGA A;  5OZP A;  4D83 A;  4YCY A;  2I4U A;  3SM1 A;  5P4F A;  1OEX A;  5P0Q A;  4TRZ A;  5P3Q A;  3HAW A;  4Y38 A;  4K8S A;  4MC2 A;  4OBH A;  5HTZ A;  4ZSQ A;  3U71 A;  4Y3P A;  3TOG A;  5P47 A;  4DPI A;  1PSN A;  4DJV A;  1ODY A;  4I0G A;  2QD8 A;  5P1L A;  3L5D A;  1OD1 A;  5UPJ A;  4GJD A;  1IDA A;  4EXH A;  1BDR A;  3TLH A;  5P1C A;  5P1O A;  1MER A;  3NDU A;  1ODW A;  5P5V A;  2AOE A;  5P76 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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