5P7AA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 307
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7aA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7aA01
1OD1A 3OAGB 4FSEA 1LV1A 5P4GA 1YTHA 2ZJJA 1MERA 3LZVA 3SPKA 4YBFA 3T7PA 5OZNA 4Y5CA 5IS4A 5P2NA 2R5QA 3OWNA 5P1OA 3OUCA 4TRYA 5P3DA 4HDPA 2IGYA 4Y4DA 5AGZA 2WECA 3NXEA 3NWXA 3DJKA 1APVE 3HBOA 2R43A 3PSUA 4WY1A 3AUPA 5P2MA 2FLEA 2CENA 4EPJA 3T11A 4Y36A 5P0HA 1HTGA 2G1RA 5P6PA 3K5GA 5AH7A 1HTFA 2OHKA 5P0QA 5P69A 4R8YA 5P3RA 3KFPA 4OBZB 4L1AB 5P0SA 5P77A 2JE4A 2G21A 3I25A 5P8UA 2OF0A 1AIDA 4ZSRA 3ER3E 4J0TA 4AMTA 2QMDA 3UQXA 5P5WA 3S45A 5P8VA 3K1WA 4KB9A 4OBDA 3NUJA 5P6AA 5P5PA 1IZEA 3UQWA 2XFJA 5P7XA 2QZLA 2VNNA 3DUYA 5OZEA 1EEDP 5AHAA 4Y37A 3EKTA 5HDVA 2IL2A 3IVIA 5AH9A 2QNQA 3SO9A 5P4WA 5P6EA 2G1NA 5I3YA 4ZSPA 2OHLA 3TPPA 5P4MA 2I0DA 2UY0A 3EKWA 4F74A 1TSUA 2QI3A 5P1KA 2FGVA 5P86A 1YTIA 2WEBA 3PI5A 2VKMA 1ZTZA 2QK5A 1OHRA 2I4UA 1IZHA 1WBMA 2J9JA 5P7CA 3OXCA 5P71A 4NJTA 4Y5EA 5OYVA 2JJIA 5P0GA 5P1HA 2I4WA 3QN8A 5P4FA 1EPQE 1LYAA 4Y3EA 4Y54A 4I0EA 1ER8E 1CPIA 5P4YA 2PSGA 5JODA 5ISJA 3LIXA 5P0VA 3EKYA 2F3FA 3RTMA 4Y5BA 1GVTA 2G69A 4Y4EA 4PPHA 4F73A 4IVSA 2VJ6A 4K4PA 5P7VA 1EC3A 4B77A 4F75A 5P3TA 5P4ZA 5P1VA 5P3FA 3PHVA 1YM2A 5P7SA 5P0EA 3ST5A 4DJRA 4Y41A 2UPJA 3KT2A 5P08A 3VF3A 3ZPSA 2ZHVA 4EHCA 4EQJA 2Z4OA 1HIIA 2HPFA 3ZOVA 1SDVA 5OZ2A 4ZLSA 5P2EA 3TOFA 3IXOA 5P42A 3OAGA 4Y3YA 2ER9E 5IVQA 5P17A 5P6HA 3ER5E 4YOAA 4FRJA 4Y3QA 1LZQA 5DQ2A 4FM6A 3L58A 4Y4ZA 2B7FA 3QBHA 2FGUA 5F01A 5OZAA 4B1CA 5DR7A 2R38A 1BAIA 5P8DA 1YTJA 2AOEA 1OEWA 5P3QA 1ZSFA 3S43A 4Y3AA 5P7FA 2XYEA 1ZAPA 3VSWA 4NPUA 1MESA 2OAHA 3S7LA 2QP8A 3UDYA 1ME6A 4OBZA 4M8XA 4J1HA 5P3SA 3QVCA 3C9XA 1HVIA 1E5OE 3QP0A 4DJPA 3DCKA 1GVUA 5P1EA 4RYGA 5P0BA 3LZYA 3EKQA 1FIVA 4CMSA 2Z54A 5P8FA 3HLOA 3PJ6A 3VLAA 3QRVA 5P76A 1HRNA 2IEOA 3QROA 5E5KA 3O9IA 3S8IA 2OHUA 5OZBA 2WHHA 5P5NA 5P0UA 5HVPA 3HVPA 3CIDA 3IN3A 2G1OA 1FKNA 2Q11A 3UDHA 2G20A 3HAUA 4BEKA 5IVRA 5P1CA 1IVQA 4I0HA 5OZ5A 5P53A 2V16C 1BXQA 1LYWB 1ZBGA 3CYXA 1A94A 1Z8CA 3URLA 3ZMGA 5P2TA 2P3DA 1T7IA 1FQ6A 3BHEA 1T3RA 5P74A 2B8LA 2AVSA 5HE4A 2JYSA 2BB9A 5P0OA 3OU4A 4Y53A 4ZPGA 5E5JA 2RKGA 4YCYA 4NJUA 5HD0A 4J0PA 5P1SA 5OYXA 3OU3A 5P68A 5P6VA 4CPWA 1KJ7A 3QI1A 5OYWA 3LINA 3WB5A 1D4SA 3L5CA 5P3YA 3FNTA 2AVVA 1MUIA 4R91A 2EWYA 4J5JA 3TLHA 1K1UA 5IVTA 3CIBA 4Y3RA 5P5SA 2B42A 5P4TA 3UQPA 4Y5LA 3GGVA 5KOSA 1DW6C 1FQXA 4I1CA 1RV7A 4Y3WA 5OZTA 2G26A 4K8SA 4K4RA 1RQ9A 5P14A 3O9EA 4EJKA 5SXNA 2G27A 1Z1RA 4HDFA 1AJVA 1EBKC 3UCBA 2WKZA 5T4SA 1EBWA 1TCWA 4Q1XA 2V00A 4QGIA 3DM6A 2AIDA 2WF1A 2R5PA 5TOLA 5AHBA 4HZTA 5P8TA 5P0KA 1TSQA 3VYEA 4KUPA 1EBZA 2BPWA 5AH6A 1HIHA 5P7AA 5OZ8A 2F81A 3K4VA 4YD7A 1FG8C 1GVVA 3I6OA 3S2OA 2BPXA 2IS0A 5P37A 5HDUA 4HE9A 5P78A 4RLDA 5P4EA 5P4LA 1W5YA 3SLZA 3PBDA 4MC1A 2VNMA 1ZPKA 5P09A 1AAQA 2QZKA 5P6OA 5HCTA 2MIPA 2G1SA 3K5CA 4B0QA 5P0IA 3KFSA 3UF3A 4MC2A 1RPIA 1ZSRA 2CEMA 5P1BA 5P3VA 4XXSA 3D91A 5P44A 5IE1A 1ODXA 5P67A 1K6VA 5P7QA 5P6KA 1QBTA 3RSXA 5P6GA 1T7KA 5P4IA 3SFCA 1LYWA 5P1PA 3UHLA 3D3TA 4YDGA 2B60A 1EC2A 3JVWA 3KDCA 3QRSA 3ZL7A 3EL1A 3NYGA 5P1RA 4BELA 3UFNA 2AOGA 1CMSA 2PK6A 1HOSA 4WY6A 4B70A 5P8AA 3SM2A 1HPXA 1KZKA 3FX5A 3SA8A 4Q1NA 5OZXA 4XKXA 3UDMA 5P5FA 5P28A 4M8YA 3QVIA 5P7GA 1E82E 1B5FA 4FRKA 1GNOA 1WKRA 4GJ8A 1MTBA 1HIVA 4ER4E 2I4QA 2BBBA 5P2IA 3U6AA 3PCZA 5OZ1A 5P25A 1HPOA 3CMSA 1D4KA 4NJVA 5SY3A 3S7MA 2G24A 2QI5A 4CP7A 5P2XA 1LF2A 1M43A 1HVCA 4B72A 5ENKA 3NWQA 1B6JA 3WSJA 2V10C 1K6PA 5P4OA 4Y45A 5JFUA 5P0XA 5EZXA 2FNTA 4GB2A 1UH7A 4QJ8A 2VIEA 2P8HA 1AM5A 4Y6MA 2PQZA 5OZLA 4GMIA 5P8RA 3INHA 5P22A 5P2AA 4Y5NA 1ZP8A 2FIVA 5P73A 5P5JA 4J1KA 1APTE 3GW5A 1OEXA 4BFDA 4QJ2A 3EKPA 5P6YA 5P0AA 1UPJA 3Q70A 5P7JA 1HVRA 1EPLE 5P30A 2OHTA 3PVKA 4GYEA 5P5XA 3ZKSA 5OYSA 5P4SA 5OZ0A 5P8IA 1HBVA 1KJGA 3PEPA 3I8WA 2ZGAA 4A4QA 1B6PA 2QI7A 4Q1YA 1HSGA 1RL8A 5P5QA 4TVGA 5P6DA 1BWAA 1FFIC 3TPLA 1HWRA 2ZHUA 3D1XA 5P7ZA 5P1YA 3ZKIA 5HE7A 4B05A 2BPYA 5P4XA 5P0DA 3WZ8A 3QBFA 5P88A 3K5DA 4I0GA 5P02A 3D1YA 4E43A 1SMEA 4Y58A 1FMUA 3CKTA 2IRZA 1IBQA 4WTUA 1IVPA 3HVGA 3LIZA 4YCKA 1MSMA 3IGBA 3JW2A 5P36A 1D4HA 3NU3A 4R95A 4HVPA 3MXDA 5P5KA 1ZPAA 4OBFA 4LC7A 3CICA 4APEA 1MPPA 5P8SA 2P3BA 3PLDA 3OXWA 3PMUA 5DR0A 3OHHA 2G1YA 1EC1A 3VV6A 5P5YA 3S56A 2QHYA 5P7HA 4I10A 3TKGA 4GJ7A 3O9CA 3CKPA 5P2ZA 5P18A 2J9KA 3N4LA 1BWBA 5KQZA 4DH6A 1XE5A 3Q6YA 5P1WA 2VIYA 3SA5A 3APRE 3OADA 5DR1A 5OZJA 5P10A 5P13A 1DP5A 5P03A 5P52A 4QJ7A 1EAGA 1GVWA 1W5VA 4D89A 4EP3A 4DV9A 3TOGA 4NJSA 4HEGA 1IZDA 3MXEA 3OQFA 5OZYA 5P5UA 1HVSA 3LIYA 4ZIPA 1IDBA 2QMFA 2AOFA 1BBSA 4X7IA 5P5TA 1PROA 3UDNA 5P8MA 3VLBA 5JFPA 5P6UA 4QJ6A 3OU1A 2OHPA 3O9LA 3UPJA 2VIZA 1HEFE 1VIKA 5P2HA 4H3FA 3HW1A 4Y43A 5P7EA 1PPKE 5ISKA 3BGBA 1C70A 5P8OA 4QJAA 2HIZA 5P85A 2ZJLA 5P8NA 1NPWA 2O4KA 4Y3GA 5P89A 5P3AA 4EJDA 3SQFA 2QI1A 2HM1A 2AOIA 5P3BA 1BDRA 5DQ5A 5HU1A 2B7ZA 1SH9A 4QLHA 3F9QA 3LNKA 2IGXA 5P79A 4D8CA 1PFZA 2WF0A 4D85A 4DJXA 4ZSQA 4CKUA 2AZCA 2AVQA 3SKGA 4MC9A 3UDJA 2RKFA 3D1ZA 5P26A 2HAHA 1EPME 1G0VA 2PWCA 3S53A 5P5ZA 3CYWA 3ZKMA 5P0MA 5OZGA 1MIQA 3PBZA 5P11A 2ZJKA 4LL3A 1U8GA 4Y48A 2WF4A 5P2UA 3NSHA 2WEZA 3I7EA 4S1GA 5P6CA 3VYFA 1HXBA 3MSKA 4QJ9A 5C9DA 2IQGA 2ASIA 1YM4A 5B18A 4Y5KA 4PZWA 5OZKA 1PPME 3MSLA 2VJ9A 5P3EA 4CPSA 5OZOA 1KJHA 1T7JA 4Z4XA 5I3VA 3S54A 4ACUA 2QI0A 1FQ5A 5P5IA 2VA7A 1BXOA 5OZVA 1K2BA 1W6HA 5P6IA 5P5RA 2R9BA 5P61A 4L1AA 5P0WA 5P5LA 5SZ9A 3KYRA 5KR8A 3EM6A 5DQCA 4AUCA 3KT5A 2OHNA 4YE3A 2ER6E 5P56A 1FEJC 2ZHRA 5OZFA 3O99A 4EYRA 3ECGA 5P6SA 2NMYA 3URJA 1SMRA 1PSAA 2RSPA 3R0YA 3SABA 2Q55A 4Y4JA 1MSNA 2O40A 1XS7D 2PYMA 3LZUA 5P1AA 5P39A 3OTSA 3L59A 3UQUA 3QS1A 3K4VC 4Y3PA 1BV7A 5P1UA 5OYTA 5P2WA 4L6BA 5BWYA 5P3ZA 1DPJA 4J1CA 2QHCA 3Q3TA 2BQVA 2Q5KA 4OC6B 5P5MA 5P4VA 4DQFA 2APRA 4Y3XA 2NTRA 3ZKXA 4RCFA 5P1DA 3FV3A 4GJDA 4FSLA 5P43A 3LZSA 2ZHSA 3EBZA 1HEGE 4DJUA 5P5VA 4Y3DA 5OZPA 3UFLA 4Y38A 2PK5A 2OHSA 5DQ4A 5P0TA 3BUFA 1TZSA 5ENMA 3BGCA 4GIDA 1D4YA 5OZUA 3OHFA 4Y3HA 2AZBA 5P8LA 4HDBA 4DQGA 5KOQA 1B6LA 5P3HA 3NU4A 4Y56A 5P1MA 5P33A 5P15A 2O4SA 3OUBA 1A30A 1FMXA 2ZJIA 2RMPA 3TH9A 4ER2E 5P2VA 2ZHTA 4AA9A 5OZ4A 2QNPA 5P32A 1YG9A 1HPSA 3KFNA 3VF7A 3I2LA 4FCOA 5P84A 4JOOA 3O9HA 4FIVA 4Y3SA 3NLSA 1GNNA 2VA5A 3L5BA 5P6LA 3RTHA 2QI4A 5P8JA 1MT8A 3SAAA 5I3WA 4DJQA 1HHPA 4OD9B 2OHQA 5OYZA 3RU1A 5P1NA 3OK9A 1A8KA 3QIHA 2BPZA 3B80A 3ZKNA 1FMBA 1DMPA 2I0AA 1APWE 3ZKQA 5DR8A 4H3IA 3PMYA 2PH8A 3KA2A 4J0VA 1AZ5A 3VEUA 4Y3ZA 4Y3JA 5ER1E 5HU0A 1TQFA 4Y5GA 5P0FA 4FRSA 5OZSA 3VF5A 4HLAA 4YD3A 3VCMA 4EJ8A 5C9BA 3OTYA 4FS4A 5P62A 2NXMA 3UQRA 5P4NA 1META 3EXOA 5P00A 3G6ZA 3INEA 3NR6A 3Q4BA 5P3LA 5OZ6A 4CPRA 4Y5MA 4YD6A 5P04A 5P24A 5P0RA 3K5FA 4UPJA 3VYDA 4Y3FA 1Q9PA 3R0WA 2I4DA 5BRYA 5P64A 1ZLFA 2ZYEA 3KFRA 2VS2A 3O9AA 4LP9A 5P0ZA 1EPOE 1DIFA 1AJXA 5P55A 3NDUA 5P7NA 1AXAA 5P4HA 4TVHA 2FXDA 5P40A 4FGXA 3KMXA 5P5AA 4CPTA 3WZ6A 5P8KA 2G22A 3EKVA 1XN2A 5P3XA 5P7TA 2F3KA 1FF0C 2IENA 1EPNE 1W6IA 2AODA 3NDWA 1ZJ7A 5P2OA 5P4DA 1HVLA 5P70A 4YCTA 3LIVA 5DGUA 1SDUA 4DQHA 2WEDA 2QD7A 3HZCA 3Q5HA 3KM4A 5P4PA 1IIQA 2OHRA 1YT9A 1HTRB 3KMYA 4R93A 5P7OA 4JPEA 5OYUA 2PWRA 3IN4A 2HS1A 3NU5A 3OQDA 3GGUA 2HPEA 3EM4A 6UPJA 5P72A 2QZXA 3IVHA 4LXKA 3PSYA 3L5DA 5KR0A 3TTPA 4PZXA 1FLHA 4H1EA 5P6JA 5OZRA 2QNNA 5KR1A 3GGXA 4N00A 5P57A 3BUGA 3KN0A 2UXZA 2IDWA 4I12A 2ER0E 3NDXA 5P5EA 4JPCA 3EL9A 4Y57A 3KDDA 5P45A 1IDAA 1B6KA 2AOCA 2WEAA 5P2SA 2QD8A 2WJOA 2I4XA 4FL8A 2VA6A 5P63A 2AQUA 3LPKA 3DCRA 2QCIA 4D83A 1FQ7A 2AZ8A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1OD1 A;  3OAG B;  4FSE A;  1LV1 A;  5P4G A;  1YTH A;  2ZJJ A;  1MER A;  3LZV A;  3SPK A;  4YBF A;  3T7P A;  5OZN A;  4Y5C A;  5IS4 A;  5P2N A;  2R5Q A;  3OWN A;  5P1O A;  3OUC A;  4TRY A;  5P3D A;  4HDP A;  2IGY A;  4Y4D A;  5AGZ A;  2WEC A;  3NXE A;  3NWX A;  3DJK A;  1APV E;  3HBO A;  2R43 A;  3PSU A;  4WY1 A;  3AUP A;  5P2M A;  2FLE A;  2CEN A;  4EPJ A;  3T11 A;  4Y36 A;  5P0H A;  1HTG A;  2G1R A;  5P6P A;  3K5G A;  5AH7 A;  1HTF A;  2OHK A;  5P0Q A;  5P69 A;  4R8Y A;  5P3R A;  3KFP A;  4OBZ B;  4L1A B;  5P0S A;  5P77 A;  2JE4 A;  2G21 A;  3I25 A;  5P8U A;  2OF0 A;  1AID A;  4ZSR A;  3ER3 E;  4J0T A;  4AMT A;  2QMD A;  3UQX A;  5P5W A;  3S45 A;  5P8V A;  3K1W A;  4KB9 A;  4OBD A;  3NUJ A;  5P6A A;  5P5P A;  1IZE A;  3UQW A;  2XFJ A;  5P7X A;  2QZL A;  2VNN A;  3DUY A;  5OZE A;  1EED P;  5AHA A;  4Y37 A;  3EKT A;  5HDV A;  2IL2 A;  3IVI A;  5AH9 A;  2QNQ A;  3SO9 A;  5P4W A;  5P6E A;  2G1N A;  5I3Y A;  4ZSP A;  2OHL A;  3TPP A;  5P4M A;  2I0D A;  2UY0 A;  3EKW A;  4F74 A;  1TSU A;  2QI3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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