5P7DA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 310
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7dA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7dA01
3SQFA 3MSKA 2NR6A 5DQ4A 4K8SA 3VG1A 3VYEA 3DV1A 5HTZA 1HVCA 2WF2A 1BVEA 5P1VA 5P42A 5OZOA 4AA8A 5P0JA 3OXVA 2BB9A 2OAHA 5P5CA 3K1WA 4B1EA 5OZAA 5SY2A 1FMBA 5OZVA 3TL9A 5P8LA 2HPEA 2B60A 4K4PA 1ZPAA 5JODA 5KOSA 5TOLA 1GNNA 3MXEA 5P8JA 5P81A 3TPRA 2ZE1A 5OZDA 2PK5A 1LZQA 1EC2A 8HVPA 4KB9A 5P5LA 3WSJA 3LIXA 5P7KA 3L5BA 2ZHTA 3G70A 2QD6A 5P5ZA 2IL2A 3NDUA 3EKYA 7HVPA 4Y4ZA 1AVFA 2NPHA 5P7AA 1IVQA 4HDBA 3LNKA 3EKTA 5P5RA 5HCOA 5P6QA 3KDCA 3HLOA 5P4VA 3WB5A 1BWBA 1NPVA 3T7XA 4FM7A 5P5MA 5P3VA 2VKMA 3B7VA 4LBTA 3TLHA 2OHTA 3TKGA 1HVKA 5OZFA 3L5CA 3OY4A 4QJ9A 3FNSA 3SLZA 2I4XA 5OZWA 5P7OA 5P4XA 3PWWA 1EPME 1FQ7A 5P3OA 3UQXA 4RRNA 3OXCA 3PEPA 4DJWA 3QI1A 2V13A 4F74A 2R5QA 4S1GA 4ACUA 1HVJA 5P7DA 2P3BA 4JPEA 4Y56A 4YOAA 2BPYA 1MUIA 3LIZA 5P7FA 5P6LA 5P7SA 4LP9A 1UPJA 3NDTA 1LYBA 5P17A 2HIZA 4Y3DA 1WKRA 1KZKA 1FFIC 1AM5A 2PYNA 4Y3YA 2QI4A 5P84A 2Q15A 5P2RA 2IGYA 5P4EA 2AOGA 1FQ8A 3K5CA 5BRYA 5P2EA 4Y3TA 5P6SA 4J0PA 4J54A 1E5OE 3PLLA 3PRSA 1D4SA 4DJOA 5P00A 5P7YA 5P5UA 3UFLA 4I8ZA 3ZPTA 5OZQA 5P40A 1EPLE 3IXKA 5P5DA 5P7XA 4GJ9A 5P7JA 4DJYA 5P1ZA 5P4BA 3UQWA 3EL4A 2ZHRA 1C6YA 3VYDA 3U7SA 2ZYEA 4Y43A 3LIQA 3FKTA 5P44A 1A8GA 1GVWA 2B7FA 3S7MA 3C9XA 3KFPA 3KDDA 5P43A 5KR8A 1WBMA 1RL8A 5P8QA 1W6IA 3O9DA 1YX9A 5OZ9A 5OZ4A 5OZIA 5P88A 3D1YA 4Y45A 5P6CA 3WB4A 3WZ7A 3KA2A 2FMBA 4GJCA 5E5JA 5P5FA 1MT8A 3B80A 1D4JA 4Y54A 3VLAA 4FS4A 5OZHA 1B6LA 1LYAA 5P4PA 3IVHA 3QP0A 4YCKA 2FGVA 5P7ZA 1PPME 5P1QA 5P5BA 3KFNA 5ER2E 2HM1A 4PZXA 2AOHA 5KOQA 2VS2A 1DP5A 4CKUA 5P0TA 2G20A 3SA4A 2QI5A 4J1IA 4RCEA 5P5YA 4Y5PA 4GB2A 4JOOA 2WEAA 3VF3A 3VV7A 1YM4A 1DAZC 5C9DA 2NMYA 5CONA 1EBYA 5P3IA 3PMYA 2VA7A 4YDFA 5P78A 4M8XA 4I10A 3LITA 1K6PA 4RVIA 3KYRA 3QPJA 4DQCA 3CICA 3JW2A 4LHHA 2I1AA 3BUHA 5P5IA 1B6JA 5DR8A 5DR3A 1HPOA 2P4JA 5P7WA 1B6PA 5ENMA 3DM6A 1SIVA 2Z54A 1DMPA 4NKKA 3RTHA 1PPLE 5P2HA 4U7QA 1BILA 2Q63A 5P8GA 3SO9A 1ZJ7A 4ZSRA 1SH9A 5P3FA 4YOBA 4AMTA 2IQGA 2QHZA 4Y36A 4RVXA 2I4WA 2AVOA 2ZHSA 3D1ZA 3O99A 3JVWA 1ODYA 5P3MA 1APWE 2P3CA 5P5EA 3ZOVA 1F7AA 2PQZA 4WY1A 3OTSA 3O9LA 4FRKA 5HDUA 3KT5A 3BRAA 5P23A 1HRNA 5P19A 5P0GA 5F01A 5P6UA 3S54A 5HCTA 5P4DA 4DQGA 1OEWA 5P2UA 2JXRA 3D1XA 2FNTA 4B0QA 2QHYA 3JVYA 3EKWA 3KT2A 4OBZA 3INFA 4F73A 2OF0A 4RROA 4Y41A 5P11A 3IXJA 4PHVA 2XFJA 1AAQA 2HS2A 2QI7A 3TOGA 3FNTA 2V12C 2ASIA 1N49A 3VUCA 3AUPA 5P41A 5P6EA 3VF7A 3LPKA 5P62A 5OYWA 3HW1A 1HSIA 2PWCA 5OZ5A 3SACA 2CEJA 5P3GA 3NSHA 4HDPA 3INDA 2B7ZA 1ZSRA 2V0ZC 5P7PA 5P3NA 4GZFA 3BHEA 1BAIA 5P1MA 4GJBA 5OZZA 6APRE 2AOEA 1FMUA 4EWOA 1D4KA 2QK5A 4HEGA 4LXKA 5P5XA 5P70A 4CPQA 2JYSA 4D89A 2AVSA 3SA8A 1XN3A 1HTRB 1T7JA 4YD4A 1IIQA 1XE6A 4TVHA 1EEDP 2ER7E 2WL0A 1SMEA 4RYGA 2BKTA 4A4QA 4PZWA 3OUDA 5P25A 4H3FA 5P49A 4MC6A 1LF2A 1ODWA 3H5BA 2R38A 1LF3A 4Q1XA 4Y39A 5P1LA 1AXAA 5P74A 2ZGAA 5P3YA 3S2OA 3K4VC 4J0VA 3INHA 3ZKSA 5SXNA 3OU3A 2H6TA 5I70A 4H3GA 1MRXA 3NU6A 3FX5A 1C6ZA 3L5DA 1C70A 1TCXA 1KJ7A 3GI5A 2ER9E 5P33A 4FM6A 1TQFA 4YBIA 4Q5MA 1B5FB 1IDBA 1CPIA 2QI1A 1BWAA 3GI4A 2G1OA 2WJOA 2FDDA 4YD5A 5P8UA 4OBJA 1ZSFA 3L58A 5P8EA 5P4OA 6FIVA 4DPIA 4Y3FA 2PSGA 5P8KA 4Y51A 2WEZA 4L6BA 5OYYA 1IBQA 4GYEA 2AZBA 2PMAA 2MIPA 5P3RA 4XX4A 1XL2A 4Y3ZA 2OHRA 4OBHA 1BBSA 3TPLA 2HB2A 5P8RA 1BXOA 2ZJHA 4L7HA 2Q64A 1FLHA 4J1EA 2P3AA 2ANLA 3RU1A 3K5DA 3S43B 4EJDA 3G6ZA 3GGVA 3I7EA 4A6BA 1FF0C 5IVSA 3PMUA 4B00A 1YM2A 1SIPA 5P85A 2ZJIA 1MT9A 2OHKA 4Y3EA 1YTGA 3UCBA 2F81A 5P39A 4Z50A 4Y3XA 5P5QA 4I0HA 1ENTE 3K5GA 4XX3A 1OHRA 1XE5A 5OYZA 3OQKA 5OYRA 2PWRA 5P8SA 1EC3A 5P55A 1PFZA 4U8WA 2RMPA 5DR1A 4DI2A 4J1KA 3EM6A 2R5PA 5OYXA 5OZRA 5P1SA 4ZSMA 4Z4XA 2QNPA 3DCRA 3U71A 3MXDA 2G1SA 3GGAA 5E5KA 4DPFA 3OAGB 5P06A 5P5HA 5JG1A 3NU5A 5P6HA 5OZ0A 3OQFA 3ZKXA 4Y5CA 1GVTA 5P5NA 4DV9A 5DQ5A 1BVGA 5P4KA 4HZTA 2RKGA 5UPJA 4EHCA 1HVHA 3IN3A 5P14A 5P1CA 4H1EA 4Y3NA 3EL5A 5P4MA 5P3SA 4ZE6A 3EM4A 5P0CA 4I0JA 3PJ6A 5OZYA 3ECGA 5OZGA 1APVE 5P2JA 2ZJLA 2P83A 4R93A 3SKFA 1XS7D 1FB7A 3QRMA 1YTHA 5P89A 4ER1E 1FKNA 2Q3KA 5P86A 1TSQA 1TZSA 3KDBA 4L7JA 5P0NA 1WBKA 3S45A 4FIVA 5P0HA 1FGCC 1G2KA 1T3RA 5OZBA 3R1GB 2XFKA 4Y3JA 3NDWA 3PSYA 4H3JA 4OBKA 4LC7A 3PCWA 3L38A 5OYTA 5P5WA 5P4TA 3KMYA 4I8WA 5P6MA 3MSLA 5P32A 4DUSA 3VF5A 4ZPGA 3T7QA 4B1DA 1M4HA 4KE0A 1MTRA 4DJUA 4GJ6A 1ZPKA 3IXOA 5SZ9A 1KJGA 4K9HA 1HPXA 1HEFE 2F3FA 5P0PA 5P8NA 3QAAA 5P6TA 5P26A 3S7LA 2BQVA 1KJ4A 5P7GA 4Y3AA 5P7HA 3OHHA 4MC1A 1SGUA 5P37A 4Q1NA 2WF3A 1HVLA 4QJ6A 5P0YA 5P3ZA 5DQ1A 3APPA 3O9IA 2G22A 3I25A 5P6YA 4Y5GA 4N00A 3CYXA 4L1AB 4JP9A 2P8HA 4Y4UA 2OHQA 5P6BA 5DPZA 5OZTA 5OZPA 5P0QA 5P3QA 5P1WA 1QBRA 1YTJA 3EL1A 2O4KA 3PSGA 3NXNA 5P24A 5P0FA 5P5OA 1HWRA 3SA5A 5P3LA 5P1UA 5P0WA 3KF0A 1IZIA 3Q4BA 1Q9PA 3ZKMA 5P2TA 1SMRA 3QN8A 3HBOA 5P64A 4FRIA 2R9BA 2PH6A 4Y5NA 1APTE 5OZ3A 2FGUA 2WF1A 3IGBA 5P4ZA 5P4FA 5I3WA 4ZEAA 4RLDA 4Q1WA 1EPQE 3APRE 1GVVA 4Y4XA 3GGUA 4FRSA 4YA8A 3NWQA 4FSLA 4HDFA 3HVGA 5P1FA 3OGPA 3RSVA 2BJUA 5P0UA 3R4BA 1QDMA 4B78A 1Z1HA 4CPTA 3ZLQA 4NJVA 1IZEA 4Y48A 5P3AA 2I4QA 4ER4E 5P1GA 4Y5AA 1FQXA 1FIVA 5P8FA 5P0RA 3FNUA 5P2ZA 4I1CA 1FMXA 4F76A 5COPA 2B42A 2J9KA 5P4UA 1LEEA 3S85A 2A4FA 5KAOA 2ER0E 2O4PA 5P2VA 1JLDA 2WF4A 4LL3A 1QRPE 5KR2A 3URLA 4BEKA 5P7TA 3OADB 2NNKA 3QS1A 2V16C 3OUAA 5OYUA 2WEBA 4D85A 2OHUA 1HIVA 4Y3GA 2VIJA 3EM3A 3ZKNA 3NU9A 3EC0A 2O40A 5IE1A 5P0AA 5P2CA 1A8KA 1K6CA 2QMPA 4LXMA 5P8BA 5AH7A 1SDVA 3BC4A 4GJAA 5P2SA 4YD7A 2QHCA 2R3TA 3T3CA 4FSEA 4Y3SA 2AOIA 5OYVA 1K1UA 4RCFA 3VYFA 4ACXA 1RV7A 3SM1A 1SGZA 3NR6A 1MERA 5P4AA 3GGXA 1HSHA 4J55A 5JFPA 1SDTA 5P0VA 3BXRA 3DK1A 4Y4TA 3S56A 5BWYA 1A9MA 3KM4A 5COOA 2BBBA 4Z22A 4ZLSA 2SAMA 5KQYA 3SFCA 1FQ5A 5P8MA 3UTLA 3GI0A 1VIKA 4BELA 3PI0A 5C9BA 4UPJA 2WF0A 2QCIA 3L5EA 3O9EA 4NPUA 3MWSA 1DIFA 3O9BA 4FAEA 4GJDA 2JE4A 3QVIA 4Y44A 4DFGA 4D83A 5P1KA 5IS4A 4RGHA 5P2XA 1HXBA 3TNEA 2ZJNA 1ER8E 1HIHA 3ER3E 5P2GA 1XL5A 4I11A 5P29A 3ST5A 5ISJA 1W5WA 5P4SA 5P82A 4I0EA 5P2DA 2IGXA 4Y3RA 5SY3A 4EPJA 5P8TA 1VIJA 1W5YA 3ER5E 5P6RA 1AJXA 2ZHVA 3EKPA 5OZLA 4GJ8A 4Y4BA 3UDJA 4NJTA 4QJAA 2QMDA 4GJ5A 5P16A 1OEXA 5P20A 2P3DA 1MSMA 2PYMA 1B5FA 2QNNA 1IZHA 3LZUA 3UQUA 5P6WA 2V00A 2ZJMA 5FIVA 5P6FA 4X2LA 5P3JA 4FL8A 5BS4A 4DJXA 3SA3A 3NU4A 5P1NA 4YCTA 5P35A 4CPWA 1DW6C 3OTYA 1OD1A 3NDXA 5P2WA 3UDNA 2B8LA 3UQPA 1MT7A 2WHHA 5OZNA 5P4YA 4I0FA 3K4VA 3ZMGA 3TH9A 3GI6A 5HVPA 4Y4JA 2UXZA 3OK9A 5P5KA 5P5TA 2Q55A 3S43A 5P65A 3INEA 3PBDA 1YT9A 4J5JA 3EMYA 4YCYA 1GKTA 5ENKA 5P12A 5P87A 3UQRA 3DUYA 4L7GA 5OZUA 4ZSQA 5P50A 5HU1A 2B8VA 2HC0A 3PBZA 5OYSA 2OHPA 5P51A 3A2OA 3PGIA 2VJ7A 1D4YA 3TPPA 5P2BA 5B18A 2QAKA 5P5JA 4PPHA 4CMSA 5P1AA 1W6HA 4OD9B 2VJ6A 1KJHA 3OAGA 2G94A 3VV6A 1PSAA 3UDMA 3NWXA 1HPSA 5P3WA 5APRE 1MPPA 2G21A 4YHQA 1HEGE 3CIBA 5P67A 2G1NA 3PI5A 2NXDA 2QD8A 3O9AA 5P2NA 4Y9WA 5OZ2A 4Y3QA 3L5FA 4QJ7A 1IDAA 3UFNA 3T11A 1B6KA 2PSVA 3OHFA 3PWRA 5ISKA 2O4NA 1BV9A 3IVIA 1U8GA 4EYRA 3Q5HA 1ZBGA 5P13A 3O9HA 4A6CA 1G6LA 1ZTZA 3BGCA 5P10A 3VCMA 5J25A 2ZDZA 2NXLA 4I12A 5KQFA 3UDRA 4EJ8A 1HVIA 3R0YA 4DQFA 5HU0A 1HVRA 5OZ7A 4IVSA 5DQCA 2IEOA 1B11A 3PWMA 1FG8C 3QBFA 9HVPA 3SPKA 2FXDA 1YG9A 3CMSA 5P2OA 5P69A 3QROA 1HTGA 2R43A 3TOHA 4DH6A 5P09A 1EBZA 3KMXA 1GNOA 4Y35A 4J0YA 1HPVA 5EZXA 5P30A 2R3WA 2UY0A 4HA5A 2I4UA 6UPJA 4Z2ZA 2AQUA 3DOXA 4IVTA 4DQHA 2AVQA 5P5PA 4Y3PA 5P0SA 4E43A 5I3YA 2QU2A 2Q11A 5P68A 2ZJKA 4BFDA 3UDQA 1NPWA 5P4JA 1XN2A 5P08A 4Q1YA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SQF A;  3MSK A;  2NR6 A;  5DQ4 A;  4K8S A;  3VG1 A;  3VYE A;  3DV1 A;  5HTZ A;  1HVC A;  2WF2 A;  1BVE A;  5P1V A;  5P42 A;  5OZO A;  4AA8 A;  5P0J A;  3OXV A;  2BB9 A;  2OAH A;  5P5C A;  3K1W A;  4B1E A;  5OZA A;  5SY2 A;  1FMB A;  5OZV A;  3TL9 A;  5P8L A;  2HPE A;  2B60 A;  4K4P A;  1ZPA A;  5JOD A;  5KOS A;  5TOL A;  1GNN A;  3MXE A;  5P8J A;  5P81 A;  3TPR A;  2ZE1 A;  5OZD A;  2PK5 A;  1LZQ A;  1EC2 A;  8HVP A;  4KB9 A;  5P5L A;  3WSJ A;  3LIX A;  5P7K A;  3L5B A;  2ZHT A;  3G70 A;  2QD6 A;  5P5Z A;  2IL2 A;  3NDU A;  3EKY A;  7HVP A;  4Y4Z A;  1AVF A;  2NPH A;  5P7A A;  1IVQ A;  4HDB A;  3LNK A;  3EKT A;  5P5R A;  5HCO A;  5P6Q A;  3KDC A;  3HLO A;  5P4V A;  3WB5 A;  1BWB A;  1NPV A;  3T7X A;  4FM7 A;  5P5M A;  5P3V A;  2VKM A;  3B7V A;  4LBT A;  3TLH A;  2OHT A;  3TKG A;  1HVK A;  5OZF A;  3L5C A;  3OY4 A;  4QJ9 A;  3FNS A;  3SLZ A;  2I4X A;  5OZW A;  5P7O A;  5P4X A;  3PWW A;  1EPM E;  1FQ7 A;  5P3O A;  3UQX A;  4RRN A;  3OXC A;  3PEP A;  4DJW A;  3QI1 A;  2V13 A;  4F74 A;  2R5Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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