5P7EA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 311
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7eA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7eA01
1XN3A 1BXOA 1FQ5A 4GZFA 1PSOE 5P8DA 3NU4A 5OZKA 4OBDA 5P6XA 3UTLA 1JLDA 2AVOA 2P8HA 2QMPA 4M8YA 2Z4OA 1BVEA 1YT9A 3S54A 2ZJMA 4ER1E 5P1AA 5P7WA 2WEZA 5P74A 2AOCA 5P1PA 4L1AB 1KJ4A 1YG9A 2VA7A 1HVRA 1K2CA 3SKGA 5BWYA 3I7EA 2ZJJA 3OUAA 5P4VA 3OU4A 1EPQE 5P2GA 5P4PA 2XYFA 2XFIA 5P8IA 3MXEA 2WEBA 4LXAA 4Y3YA 4J1KA 2B60A 3ZKSA 3DUYA 1MSMA 2VJ7A 4B1EA 2ZHRA 5P6VA 5P8BA 3CMSA 5P78A 3INEA 1EAGA 1WBKA 4Y3JA 5IVTA 3DV1A 3NU3A 2BQVA 3U71A 5P01A 4A4QA 4B00A 2G94A 2QZLA 5AHAA 1Q9PA 3OTSA 4DJRA 3MSJA 1W5WA 3G72A 2OHMA 2G27A 2OF0A 3UFNA 4F76A 5P2MA 4EJ8A 3ST5A 5P1DA 4J0TA 5P0EA 4J0YA 4GB2A 1EBZA 4RGHA 5P79A 3EL5A 5P5KA 4CKUA 5P1LA 5P6YA 5P3CA 1YTIA 3OU1B 4N00A 1MTRA 4Y47A 4XX3A 5P38A 5P4XA 5P6LA 4AA8A 3SO9A 2A4FA 3NLSA 4CP7A 5EZXA 1C6XA 5P1RA 3SABA 3TOHA 2QU2A 3VV7A 2ZYEA 3QROA 3EKWA 5P8SA 3EMYA 2G26A 5P3PA 1G2KA 1MPPA 3D3TA 5P6DA 2IGXA 5P5SA 2G1RA 3RVIA 1HSIA 3R0YA 4Z4XA 5P7ZA 8HVPA 2AOIA 5P10A 5P1SA 2I0DA 2XFKA 1W5XA 4RVXA 5P3HA 5P40A 5P34A 3SACA 3IN3A 1HTEA 5P6SA 1CMSA 5P4WA 5P71A 2OHUA 2WHHA 3LITA 3L5CA 5P0YA 3PCWA 3SQFA 1W50A 5P73A 1WBMA 4Y41A 3MSLA 1SMRA 1GVUA 2B8VA 2ER9E 5P5XA 5C9DA 3WZ7A 5HCOA 4ACUA 1GNOA 4MC2A 1B6KA 4LXMA 1A8GA 3OAGA 3FNUA 5P86A 3PMUA 5HDVA 3EL0A 3INDA 3PHVA 5P4FA 1HVSA 1ODXA 5P6HA 3TTPA 1BILA 3NSHA 1FQ6A 4F73A 2NPHA 2ZJLA 3KMYA 5P8EA 2BJUA 2P3BB 4I0IA 4DJXA 4NPUA 4FM8A 2QD8A 5P8OA 3GI0A 4Y53A 1DAZC 3BVAA 3LINA 1MRWA 2AVQA 1MUIA 2H6SA 5P4CA 1SDUA 4JPEA 1UH8A 5P3EA 2QZXA 2AODA 3TPPA 1KJFA 1YTGA 3INHA 1EPOE 2WL0A 3HD8A 5OYZA 3ZKGA 5KQFA 1NH0A 2UY0A 2HM1A 5PEPA 1EC1A 1AAQA 2QU3A 3QVCA 3DK1A 3S45A 5P4DA 3T3CA 3LZSA 2NMYA 1YX9A 2HB4A 5P48A 1W51A 2ZHSA 1FQ4A 4PPHA 1AXAA 4I0GA 3NDWA 1KJGA 5P24A 5P3BA 4COEA 4GJ9A 1LYWA 5P5LA 1M43A 3IN4A 3QI1A 1KJ7A 3VFBA 1B5FB 1A9MA 1HPXA 5P0JA 2ZDZA 5P7GA 5P2ZA 1HVLA 5P8LA 3PWWA 4YD6A 2UPJA 4FSEA 4Y5EA 2NXLA 3KFRA 3BXSA 1HPOA 3O9AA 2AVMA 4OC6B 1BWAA 4Y5NA 4Y3HA 2QI6A 1AVFA 3D91A 3HW1A 1KJHA 2O4SA 9HVPA 2BKTA 3UQRA 2PSVA 4H3JA 2AZBA 5P2IA 2EWYA 3ZLQA 5P4ZA 4Y3QA 4KUPA 5SXNA 4X2LA 4EHCA 2Q15A 3OGPA 6UPJA 5P17A 3SA5A 2B8LA 2ZGAA 4QLHA 3EL1A 3SA9A 3GGVA 4FLGA 3URIA 5P4UA 5ER1E 3VV6A 1K6CA 5P81A 1XE6A 5P09A 5KR8A 4CPQA 4ZSRA 1FKNA 4LL3A 5P0AA 2NR6A 3EKTA 1SGZA 1SIPA 4GJCA 1SH9A 5P8FA 3QAAA 4RCFA 3CYXA 3OXCA 5E5KA 3DCKA 1AM5A 5P4SA 3G6ZA 5P2EA 2G22A 3RSVA 2PWRA 3L5FA 4Y5AA 5OZ4A 5P05A 5P5CA 5OZOA 2QI7A 4HDPA 4JECA 3ZMGA 4Y4WA 5OZZA 1LYBA 3K5DA 4J1EA 3VUCA 4I1CA 5OZYA 5P8TA 1HHPA 1XE5A 1C6ZA 3IVIA 5P0HA 4FE6A 5P0GA 3SLZA 4GJ7A 3L3AA 4AMTA 2G1YA 2P3AA 2QHZA 3I2LA 3KN0A 4K4PA 5P7CA 4CPRA 1HTRB 4OBHA 3K5CA 1QDMA 5ENKA 3KYRA 3KFNA 4QJ8A 5OYQA 3SA6A 5P75A 3OTYA 4LAPA 4XX4A 4DPFA 2OAHA 5P2XA 5OZTA 3O9LA 3UPJA 1PROA 4HE9A 3IXOA 1SDVA 3SA4A 1OEWA 1G35A 1RNEA 4FIVA 5KQXA 1LYAB 2QI4A 5P08A 4EWOA 5P0SA 1FFFC 5HCTA 4YD3A 3JVWA 3ZKXA 1Z8CA 4U8WA 5P7XA 5P3DA 1TCXA 4APRE 5HDZA 3KT5A 5P8UA 4Y3MA 5P2YA 5P07A 3OQDA 5DQ1A 5P1TA 4Z50A 3VF7A 4JPCA 4FCOA 4LXKA 5P2TA 4RVJA 4NJUA 4OBJA 4L7GA 4K9HA 3OQKA 3PJ6A 1C6YA 2VKMA 2PH8A 2HAHA 5P41A 4H1EA 5P7PA 5P8QA 1TZSA 1ZP8A 4GJ5A 2I4DA 2V11C 4KE0A 5P06A 1HPVA 2RSPA 5P8NA 1W6IA 3S8IA 2FDDA 3OXXA 4YD7A 5P6CA 5C9FA 4Y3WA 3LZUA 1FQXA 4NJVA 5P3ZA 3UDHA 5OZXA 3S2OA 5OZFA 2QHCA 3DCRA 3K5GA 4UPJA 5P4OA 4NKKA 3UCBA 5P49A 1GVVA 4GYEA 3SA8A 4EQ0A 5ISJA 2F8GA 4I12A 3BHEA 2JJIA 5ENMA 4DV9A 5OYTA 3C9XA 3HBOA 5P46A 2NNPA 4BFBA 5P36A 4ZSQA 3TH9A 1DPJA 3B80A 4EPJA 3QRSA 5OZEA 4PYVA 3G70A 2AQUA 1HTGA 2VJ9A 5HDXA 5P7TA 3KDBA 4L6BA 3HVGA 5P2RA 1BXQA 3UQPA 1SDTA 2NNKA 5P2LA 3EL9A 5P7MA 1HXWA 1RPIA 4XKXA 3MSKA 3R2FA 3L38A 3S43A 4RROA 3FX5A 5P8MA 5P28A 3PSUA 2RKFA 1IIQA 4FGXA 4B72A 5P0CA 4Q1XA 1HPSA 3R0WA 2R43A 2F3FA 4OBZB 4DJUA 4OD9B 5OZIA 2OHTA 4AZYA 3FKTA 1ODYA 3GI4A 2QZKA 3CIBA 2WF3A 4RYGA 4Y4AA 4BFDA 2PSUA 1OHRA 3DJKA 4WTUA 4Y4DA 3R4BA 4DVFA 5P3TA 2ZJIA 3UF3A 2ZE1A 2OHKA 2AOJA 1LEEA 3QRMA 5P54A 4BEKA 4L1AA 4EP2A 4Y4JA 3TPJA 1MESA 3EKXA 5P8KA 3UQWA 5P2HA 3T6IA 1MRXA 3VFAA 4Y44A 3OOZA 1HVCA 3BC4A 2VNNA 4RCEA 5HE7A 2V16C 1GVXA 2VA6A 2H6TA 3OQAA 2IKOA 2VA5A 2AOGA 3T7QA 3D1XA 3K4VA 5P4LA 4AUCA 2VIEA 2G1OA 3PSYA 1IVPA 5P60A 1EPME 2V13A 5P2QA 5P3LA 2NXMA 5P5NA 3SA7A 4Y4GA 5SY2A 2QD6A 3BRAA 3I6OA 2QI1A 1HBVA 1T7JA 1MERA 3K4VC 4B0QA 3PMYA 4Y3AA 4FRKA 5P89A 2QMGA 5P4IA 3OU1A 4DJPA 5OZUA 3UQXA 5P6FA 3RTNA 2VIYA 1PPLE 4Y35A 5P3IA 5HU0A 5AH6A 2FIVA 2VS2A 1YM2A 2Q3KA 4TVHA 2F80A 1UH9A 2QK5A 3ZKNA 1W5YA 2B42A 3O99A 5OYYA 5P7OA 5COOA 5P3YA 3LIZA 3VSXA 2A1EA 5KOSA 2VNMA 1FEJC 3S85A 4Y56A 2BPXA 2O4NA 1M0BA 4I0JA 3LIQA 1OD1A 1T7KA 4QJ7A 5OZAA 5DR0A 2QI5A 1BVGA 5P6AA 2IL2A 1PSAA 1HVKA 1CPIA 4FRIA 4J5JA 4Y4ZA 1E81E 4LC7A 2VIJA 4R92A 1AZ5A 4MC9A 4J1HA 2WF2A 5P4MA 5P0NA 1GKTA 2CEMA 2OHLA 3FNTA 1MT9A 2V0ZC 4CPTA 3SM1A 5OZ9A 3QRVA 4ACXA 5P1EA 5P3JA 2QMFA 1D4JA 2AOHA 3PI5A 5P0ZA 3TLHA 2FLEA 3CICA 3CKRA 2BPYA 5F01A 1T7IA 4U7VA 5SZ9A 4Y54A 3LPJA 5P1FA 4YDFA 2ASIA 1ER8E 1SMEA 5OZ7A 5P4QA 5P82A 4K8SA 5P7BA 4DQGA 5JFPA 3EBZA 2V12C 5P2JA 3OU3A 5P45A 5P5QA 5P0KA 4R91A 1FQ8A 3ER3E 4YBIA 5P6NA 4B77A 2P3BA 2JJJA 4TVGA 5DQCA 4Y5BA 5P65A 5P5HA 5OYSA 4ZSPA 2RKGA 5P3NA 1EPPE 3U7SA 4GIDA 3BGCA 5DGWA 3BUFA 1HIHA 1MTBA 3KF0A 5P12A 3OQ7A 2NTRA 3Q5HA 5P6KA 2BBBA 3TKWA 4I0FA 1IZIA 3WB5A 1QRPE 1EBKC 5OZDA 3EXOA 5P6RA 5P1JA 2QI0A 1EBWA 5P1UA 1T6EX 3D20A 5P68A 2I4WA 1D4YA 2Z54A 3TOGA 1PFZA 4B05A 2P83A 4Y39A 1B6MA 4DI2A 4DQHA 5OYXA 2FGVA 5AH9A 5E5JA 3KDCA 3HDKA 5OZ5A 4YBFA 1MSNA 5P2VA 1B5FA 1DP5A 1ODWA 1LZQA 1ZPAA 2IENA 3R1GB 5J25A 3OOTA 2PWCA 5P3QA 5P2KA 2WEDA 4DQFA 3OHHA 5BRYA 1C70A 5P5VA 5I70A 1HWRA 5P7YA 5C9BA 5P31A 3FSMA 3L5EA 2I4XA 4Y3LA 3LPKA 3ZOVA 4YE3A 5P85A 4OC6A 3T7XA 5P7RA 4WY6A 6APRE 1D4IA 2QD7A 3KFSA 5JODA 1RQ9A 4DJQA 2BB9A 4Y6MA 3MWSA 1K2BA 5P0UA 3BXRA 1APTE 3M9FA 5IVRA 5KQYA 5P32A 3FIVA 1EEDP 5P59A 3OADB 4DJYA 1PPKE 5P0FA 1FFIC 3NDTA 5F00A 3QS1A 4FS4A 1HSGA 1HOSA 1BDQA 1F34A 4Y3DA 5P76A 4HVPA 5P1GA 5P6BA 4B78A 5P43A 5OYWA 3SAAA 1LS5A 3DOXA 4GJ8A 1YTJA 3EKVA 3RSXA 5P8HA 1QBSA 3NYGA 4DQBA 4A6CA 3MXDA 5P2DA 3RTHA 3PBZA 3WZ8A 4EJDA 4A6BA 5P3UA 3DM6A 5P1CA 4F74A 3SA3A 2J9JB 3EM6A 4RVIA 5P7SA 3SFCA 5DQ2A 3UDYA 2RMPA 4KE1A 5P0OA 3IXJA 5CONA 1SBGA 4TRZA 2I4VA 5P42A 3WZ6A 5P5ZA 3BUGA 1IZHA 5P3XA 5P5YA 1PPME 5P0PA 2WKZA 5P63A 3H0BA 1BDLA 5OZLA 5P5FA 5P6GA 1U8GA 4YCYA 5DR1A 1EC2A 4I10A 5I3WA 1IDAA 4HA5A 4I0DA 5P4BA 4EXHA 2R3TA 1QBRA 4Y37A 2PMAA 5P0QA 4ER2E 5KOQA 2NMZA 5OZ3A 4Y3FA 3NU5A 5P3MA 4FSLA 3UDQA 4EP3A 1GVWA 1E5OE 5ISKA 5AH8A 5P61A 4Y38A 4Y3TA 5AHCA 3PWRA 4PHVA 3D1YA 1D4HA 5P0IA 5P2SA 3L5BA 5P22A 3D1ZA 4GJ6A 1HVJA 5OZCA 2Q64A 3VCMA 4YOBA 4HDFA 1DW6C 4WY1A 1W6HA 4YD5A 1LYAA 1NPWA 3ZPUA 3PVKA 2RENA 5P8GA 5DQ5A 1F7AA 4I0HA 3AIDA 1FG6C 5P5AA 5KAOA 3VF3A 3GI6A 2ZJHA 2ZHTA 5HDUA 1EC3A 5P7EA 5DGUA 5P1KA 1B6LA 3KM4A 4Y36A 5P7AA 2G69A 1XL2A 5P5IA 2JXRA 2G1NA 3VEUA 3TKGA 3APPA 4MC1A 3CKTA 5P6QA 5SY3A 5P3SA 3ECGA 2ER7E 5P2UA 5P8JA 3Q70A 4Y58A 5P15A 5OZ6A 4YHQA 4I8ZA 3URJA 1M4HA 2Q54A 1LF4A 2B7FA 5P2CA 3CKPA 3O9FA 3HVPA 2IS0A 3K1WA 1K1UA 2ER6E 4Y5LA 4Y5GA 5P6UA 3QBFA 1FGCC 5HTZA 1HVHA 1K6PA 4Q1NA 3VYEA 2O4PA 5OZ0A 5P1VA 4Y48A 5P33A 2I1AA 4IVSA 3NXNA 2R3WA 3AUPA 5P83A 5P5BA 1EBYA 4Y4XA 5OZJA 5P50A 3UHLA 5P3RA 5OZ8A 1YM4A 4ER4E 5ER2E 2FDEA 3NWXA 3VYDA 1A30A 2R38A 5P8PA 4Y3GA 2JE4A 2OHRA 2AVSA 3OWNA 3OUDB 4RYCA 1ZPKA 5P6OA 1W5VA 3BVBA 3UDRA 2PSGA 1HEGE 4Y3PA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1XN3 A;  1BXO A;  1FQ5 A;  4GZF A;  1PSO E;  5P8D A;  3NU4 A;  5OZK A;  4OBD A;  5P6X A;  3UTL A;  1JLD A;  2AVO A;  2P8H A;  2QMP A;  4M8Y A;  2Z4O A;  1BVE A;  1YT9 A;  3S54 A;  2ZJM A;  4ER1 E;  5P1A A;  5P7W A;  2WEZ A;  5P74 A;  2AOC A;  5P1P A;  4L1A B;  1KJ4 A;  1YG9 A;  2VA7 A;  1HVR A;  1K2C A;  3SKG A;  5BWY A;  3I7E A;  2ZJJ A;  3OUA A;  5P4V A;  3OU4 A;  1EPQ E;  5P2G A;  5P4P A;  2XYF A;  2XFI A;  5P8I A;  3MXE A;  2WEB A;  4LXA A;  4Y3Y A;  4J1K A;  2B60 A;  3ZKS A;  3DUY A;  1MSM A;  2VJ7 A;  4B1E A;  2ZHR A;  5P6V A;  5P8B A;  3CMS A;  5P78 A;  3INE A;  1EAG A;  1WBK A;  4Y3J A;  5IVT A;  3DV1 A;  3NU3 A;  2BQV A;  3U71 A;  5P01 A;  4A4Q A;  4B00 A;  2G94 A;  2QZL A;  5AHA A;  1Q9P A;  3OTS A;  4DJR A;  3MSJ A;  1W5W A;  3G72 A;  2OHM A;  2G27 A;  2OF0 A;  3UFN A;  4F76 A;  5P2M A;  4EJ8 A;  3ST5 A;  5P1D A;  4J0T A;  5P0E A;  4J0Y A;  4GB2 A;  1EBZ A;  4RGH A;  5P79 A;  3EL5 A;  5P5K A;  4CKU A;  5P1L A;  5P6Y A;  5P3C A;  1YTI A;  3OU1 B;  4N00 A;  1MTR A;  4Y47 A;  4XX3 A; 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 3PMY A;  4Y3A A;  4FRK A;  5P89 A;  2QMG A;  5P4I A;  3OU1 A;  4DJP A;  5OZU A;  3UQX A;  5P6F A;  3RTN A;  2VIY A;  1PPL E;  4Y35 A;  5P3I A;  5HU0 A;  5AH6 A;  2FIV A;  2VS2 A;  1YM2 A;  2Q3K A;  4TVH A;  2F80 A;  1UH9 A;  2QK5 A;  3ZKN A;  1W5Y A;  2B42 A;  3O99 A;  5OYY A;  5P7O A;  5COO A;  5P3Y A;  3LIZ A;  3VSX A;  2A1E A;  5KOS A;  2VNM A;  1FEJ C;  3S85 A;  4Y56 A;  2BPX A;  2O4N A;  1M0B A;  4I0J A;  3LIQ A;  1OD1 A;  1T7K A;  4QJ7 A;  5OZA A;  5DR0 A;  2QI5 A;  1BVG A;  5P6A A;  2IL2 A;  1PSA A;  1HVK A;  1CPI A;  4FRI A;  4J5J A;  4Y4Z A;  1E81 E;  4LC7 A;  2VIJ A;  4R92 A;  1AZ5 A;  4MC9 A;  4J1H A;  2WF2 A;  5P4M A;  5P0N A;  1GKT A;  2CEM A;  2OHL A;  3FNT A;  1MT9 A;  2V0Z C;  4CPT A;  3SM1 A;  5OZ9 A;  3QRV A;  4ACX A;  5P1E A;  5P3J A;  2QMF A;  1D4J A;  2AOH A;  3PI5 A;  5P0Z A;  3TLH A;  2FLE A;  3CIC A;  3CKR A;  2BPY A;  5F01 A;  1T7I A;  4U7V A;  5SZ9 A;  4Y54 A;  3LPJ A;  5P1F A;  4YDF A;  2ASI A;  1ER8 E;  1SME A;  5OZ7 A;  5P4Q A;  5P82 A;  4K8S A;  5P7B A;  4DQG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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