5P7IA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 315
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7iA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7iA01
5P04A 2NMYA 2PSUA 5P68A 3TH9A 1A9MA 5P24A 3OXVA 5P12A 3OQDA 4GJ7A 1GVTA 5OYYA 3ECGA 5P7DA 5P8VA 3EBZA 5P8GA 2R5QA 5OZPA 5P2GA 1MSNA 3K5GA 1KZKA 5P4MA 2OHRA 1XDHA 4Y3HA 4Y36A 4APEA 3S85A 3S45A 1PROA 5P55A 5P87A 3OOTA 4Y3DA 5P54A 4Y4JA 4Y3AA 1IBQA 1T7IA 5P5QA 2IKOA 4DJXA 1B6JA 4Y45A 3KT2A 4FAFA 4Y5BA 5P79A 2B7ZA 1APWE 3I8WA 2WF2A 4CPRA 4S1GA 3IGBA 4QJ9A 3APPA 4Y37A 4L7HA 2WF0A 4Y3PA 1XL5A 5P36A 1HEFE 5OYWA 1BWBA 2AODA 2EWYA 5BWYA 5P6QA 1RNEA 4FRSA 2Q11A 5HE7A 5KQZA 4JOOA 1EC0A 2WEZA 2QD6A 4OBHA 1BWAA 3WZ6A 3O9LA 4FRIA 3TKGA 2CENA 5P4QA 4LL3A 1AM5A 1B6LA 2QHZA 3UHLA 3FNSA 2QMGA 3CKPA 3S43A 1AJXA 1T3RA 5P3EA 5P5DA 5P53A 1PSNA 2UXZA 5P89A 3OADB 2OHLA 4Y3ZA 4OD9A 4XKXA 4J0VA 5DQ4A 5OZOA 5F00A 2PMAA 2WEDA 1HIIA 5COPA 4F73A 2JE4A 5P8DA 1B6PA 4DVFA 2VA5A 4X7IA 3DM6A 3D1ZA 1IZDA 3T6IA 2F3KA 3ZPUA 1T7JA 3LIXA 4CKUA 3PBZA 5TOLA 1MTBA 2G69A 5OZEA 1ZBGA 5P85A 3S56A 1W5WA 3LNKA 1A8GA 4Y41A 3SA9A 3S8IA 2QMDA 1K2BA 5F01A 2QAKA 1FQ6A 1BV9A 4YD6A 1KJGA 3NWXA 3R0WA 1PPLE 4TRZA 4Q1YA 1QBUA 5P8JA 1LS5A 3A2OA 4Y39A 2XFJA 5HTZA 3PCZA 5P5NA 5P0GA 5OYZA 1HIHA 5P7YA 4QJ6A 5P0IA 1ZSRA 4DQGA 2HC0A 2AOEA 4YCYA 3KFRA 4YDFA 5P78A 1AVFA 2QNNA 4QGIA 2FGUA 3PHVA 1N49A 3BRAA 5P7LA 4GZFA 5HE4A 5P67A 1XE6A 4Y53A 5AHBA 5P4EA 3H5BA 5ER2E 5OZNA 2WECA 5P4HA 1MERA 4I8ZA 1EPME 1CPIA 4Y47A 1APVE 3KF0A 5P0RA 4RVJA 2G22A 5JG1A 3HD8A 5P3MA 3UDNA 3N4LA 2P8HA 5P1VA 2P83A 5P3FA 5P7BA 3RU1A 4LAPA 1HTFA 3BXRA 4QLHA 5SY3A 1SIVA 2G1NA 1HPXA 1SDVA 1TW7A 1YT9A 1IZHA 4RROA 1ME6A 5HDVA 4FIVA 4EQJA 1EPPE 5P2AA 3ST5A 1W6IA 3UDKA 1BDRA 5I3VA 5P1RA 1UH9A 2VJ9A 1D4LA 4GJ8A 2VA6A 5T4SA 3QI1A 5P4YA 5P39A 3T7XA 3BXSA 2P3AA 5P0KA 5P84A 1META 3DK1A 2QZLA 3LZSA 4AZYA 5UPJA 3PLDA 2O4NA 1ZP8A 2I4QA 1EPRE 2XYFA 5OZZA 5OYTA 5P83A 2Q54A 4Z22A 4EQ0A 2QI0A 5P4RA 1GKTA 5P1ZA 2Z4OA 3HW1A 4K4RA 3OK9A 2AZBA 5OYXA 3Q4BA 4KE1A 5OZRA 2AQUA 4BFDA 1Z1RA 2F81A 4Y44A 1IZIA 1F34A 3S54A 4DQHA 3UTLA 5P7AA 1D4JA 3L3AA 4H3IA 3RTHA 1YM2A 5P0UA 5P4AA 5P5EA 1YTGA 3ZPSA 4R95A 5P6VA 4Y43A 5P2EA 2I4WA 1SGZA 3O9AA 2O4SA 3QIHA 4CMSA 5P5CA 2JYSA 3KYRA 5P4JA 5P1TA 4KE0A 3TOHA 3I6OA 3OUDB 4CPSA 1ZJ7A 3KT5A 1YG9A 5JODA 5P0JA 4OBZB 4LHHA 5KR2A 5P7CA 2QI3A 3NU6A 3VYEA 1HVJA 2HB2A 3LHGA 5P18A 5P26A 4A6BA 3VG1A 5P4TA 4Z2ZA 2JXRA 1M4HA 4GJAA 5P8HA 4NJUA 3LITA 5P7PA 1D4SA 3OTYA 5P4NA 5P3YA 2PK5A 3NUJA 5C9BA 2P3BB 2HS2A 2OAHA 2RMPA 1HVSA 1MPPA 2F8GA 3C9XA 1ENTE 6UPJA 3IAWA 5P1BA 4Q5MA 4ZIPA 5P7WA 4DH6A 4L1AA 2J9JB 4DJWA 2HB3A 5OZXA 3R2FA 1MRWA 5P8PA 2F3FA 5P59A 4Y4BA 5P3TA 5COKA 5OZCA 4F76A 3GI0A 2R5PA 1EEDP 1PSOE 3K5DA 5P0AA 2QHCA 4U7QA 5DR0A 4QJ2A 3OQKA 5P7IA 4OC6A 3INDA 5P76A 1MT9A 5FIVA 3EL1A 1HVLA 4HA5A 5P58A 3LIVA 3LPIA 1TCXA 5AH6A 2VJ7A 1FLHA 5P1UA 3LZUA 4Y3JA 3CKRA 5P0OA 4JECA 4Y4DA 1OD1A 3IVIA 4GJ5A 5P4SA 3SABA 3EMYA 5P6WA 5P45A 1RPIA 3PI5A 2O40A 5P1GA 1APUE 5P5GA 4J1HA 3SPKA 4AA8A 5P4DA 3WB4A 5OZKA 2I1AA 5P6ZA 4DJUA 1CZIE 2PWRA 5P56A 4PYVA 3VF7A 5P5OA 3O99A 2IRZA 2OHQA 4GB2A 3EKWA 3GI4A 5SZ9A 4YA8A 5OYVA 5P3NA 3MXDA 5P16A 1FQ7A 4ZPEA 1DP5A 3D3TA 5I70A 4YBFA 5OYSA 5P32A 3VSWA 3VF3A 1BDLA 3OU1B 2H6TA 2QI5A 5P2BA 3O9HA 3U7SA 1J71A 2B8VA 2ZDZA 4FM7A 2QZKA 4DJQA 3VFAA 1FQXA 4HLAA 4HDFA 1ZLFA 2I0DA 3NXEA 3QPJA 3U71A 3SAAA 4TRWA 4HDBA 2HPFA 3Q3TA 1HOSA 3FIVA 2VIJA 5P5RA 4Y4XA 2AOCA 4I0HA 5P3VA 1TCWA 3D20A 3UQWA 3EKQA 3INHA 2NMZA 3CIBA 5P3PA 1E5OE 1W50A 3DCRA 3BUFA 2HPEA 2PYMA 3EM4A 3G6ZA 3RVIA 3CYWA 4A6CA 1GVXA 2NR6A 3MWSA 3ZKGA 7UPJA 1MESA 2WF1A 3LIQA 2G94A 4K8SA 4J0TA 3M9FA 5JFPA 5P0TA 3UDQA 3TLHA 3DUYA 5OYRA 2G21A 4L6BA 4F75A 2QI1A 3K4VC 5KR8A 3PSGA 4OBJA 5P6CA 4J54A 5P7RA 1HSHA 2ZE1A 5P77A 3PB5A 4XXSA 1TSUA 5OZBA 4DI2A 2FMBA 1WBKA 3URJA 4I0IA 3S7MA 4Y4EA 4Y3WA 1Z8CA 5B18A 4YOAA 5P2OA 5P4XA 5P5XA 5OZDA 1MT7A 3G70A 3TOFA 4Y3SA 5DR1A 1HIVA 1IVQA 2UY0A 5P0VA 4QJAA 1C6XA 4YE3A 2JJIA 4FE6A 3HDKA 3QBHA 1D4KA 1MTRA 2ZJJA 4Y9WA 4HDPA 5DQ5A 1A30A 1HVRA 2HS1A 3TTPA 5P1AA 5P0EA 1SDTA 1BVGA 5DPZA 2QZXA 5P4OA 5P49A 2FXDA 1K1UA 3PCWA 5P0NA 1K2CA 5P42A 3HLOA 5P17A 5EZZA 4RCEA 5P7ZA 3SA6A 3NDUA 5P1FA 3VFBA 5OZUA 3IXOA 5P8UA 3KFNA 5P6EA 3R1GB 1ZSFA 3PJ6A 5P3UA 5P5AA 5DR7A 4LC7A 1EC3A 3SKFA 1EBZA 4DQCA 1LYAB 2ZYEA 5P5PA 1FKNA 2OHTA 1AXAA 3GI6A 5IVSA 1QRPE 5P2KA 3QRMA 5P6LA 3GGVA 3KMXA 5P0MA 3WB5A 5CLMA 2QD7A 2F3EA 3EKVA 4Y4GA 1B6KA 3L5DA 2Z54A 1XS7D 4GJBA 5P47A 4Y5EA 5I3WA 4GJ6A 5P00A 4J1KA 4B72A 4ER1E 6APRE 1ER8E 1BXOA 3SKGA 5IE1A 4OBDA 4YBIA 4I12A 2NTRA 3UDRA 5P3KA 5P0CA 3FKTA 5P5YA 1AIDA 4ZSRA 1D4YA 1AJVA 5P6AA 5P8LA 5P50A 4E43A 1MVPA 3OAGB 5OZWA 3SA3A 4EP2A 3EL5A 3EL9A 1G6LA 3CYXA 3NYGA 3S2OA 2OHKA 3NDXA 1E80E 4RVIA 4DJVA 1VIJA 4YCKA 5P71A 3UQXA 4Y35A 5HDXA 1XN3A 5P5ZA 5P51A 2XYEA 4QJ8A 5P5IA 1G0VA 1GVVA 3RTMA 1HRNA 3VV6A 4DPIA 4FCOA 3ER3E 2G1RA 4M8XA 1PPME 3DJKA 5P2YA 5P33A 4J1EA 1HXBA 4NJVA 5P1KA 5P28A 5P30A 2QNQA 5KOQA 5P2TA 3OQFA 1DPJA 1ZTZA 4BFBA 5P3BA 5AGZA 4IVTA 4DQFA 5OZJA 3UDHA 4Y3MA 2PH6A 4J55A 4A4QA 4KUPA 3IN4A 3MSLA 5P0FA 4PEPA 1YM4A 5ENKA 5P2MA 2WF4A 2WKZA 3HVPA 3SQFA 4K9HA 5KQXA 4COEA 2ZHTA 1PSAA 4N00A 4ZEAA 4Y3TA 3D91A 4H3JA 1DIFA 4Y4AA 3KFSA 2IS0A 2I4UA 4RGHA 3GGAA 3ZKMA 5P8EA 3RSVA 4R92A 4TVHA 2NNKA 1LYBA 3VLBA 2WHHA 1NPVA 2P4JA 4Y5GA 4PPHA 5P1EA 3LZYA 5P5FA 3EKTA 3L58A 3UDMA 3JVWA 4Y5MA 4FM8A 4EWOA 1EBWA 5OZVA 4D83A 3OQ7A 2FDDA 5P5VA 4EPJA 5P2SA 4JPCA 3IXJA 2P3DA 5P4LA 5P8AA 4DQEA 5P7GA 1ZPKA 1SMRA 4BELA 3CMSA 4Y5PA 2PSGA 4ZSQA 3OXXA 5P2DA 3OQAA 4J5JA 4M8YA 1GNOA 5P61A 4TVGA 1T6GA 2VNMA 5P7EA 2Q15A 2I4DA 5DQ2A 2AOHA 3WZ8A 2BBBA 4FM6A 2AOFA 2XFIA 5HCOA 1C6ZA 3PMUA 3VV7A 3OHFA 5OZAA 2IQGA 5P6RA 1HVHA 5P3SA 2FLEA 3FNTA 1SDUA 3UDYA 1EC1A 2AOJA 1SBGA 2QI6A 5P2IA 1SGUA 2VIZA 1K6TA 3OADA 1HPOA 2QCIA 5P4WA 1FQ8A 5P4FA 5P4GA 3QS1A 4U7VA 4L7JA 5P0QA 1T6EX 1PFZA 1NPWA 2J9KA 2ZHUA 5HVPA 3TPJA 5P7UA 3CIDA 3PGIA 5P5SA 5APRE 3K4VA 3UFLA 3ZKIA 3SA7A 3HAWA 3QBFA 4YD3A 5P80A 5P2LA 3EKPA 2XFKA 5OZ9A 5P60A 2FS4A 5AHAA 5P1OA 4J1FA 4Y50A 3S53A 3N3IA 2BJUA 3QROA 4NJSA 1B5FB 5P0DA 1XN2A 1MEUA 5P5MA 5P0PA 3MSKA 1LZQA 5P7TA 2R38A 3O9BA 4HE9A 2G27A 4ZLSA 2VS2A 2SAMA 5HDZA 4DV9A 4CPWA 2IKUA 3OTSA 4RLDA 1D4IA 3KN0A 5P0XA 5KQFA 2O4PA 5BS4A 2IL2A 3BHEA 5P0ZA 1DAZC 1VIKA 1HTEA 2G20A 3ZKNA 1G2KA 4RZ1A 4ZSMA 4J0ZA 4Y48A 5P13A 4Z50A 1QBSA 4Q1WA 5P03A 3OHHA 5OZYA 2V0ZC 1RQ9A 5DR3A 1KJFA 4I1CA 4LXAA 5P2XA 1HXWA 3UQPA 4Y51A 3QVCA 4H3FA 1YTIA 4NPTA 5P3IA 5P7KA 5P2QA 5P86A 5PEPA 1ODWA 2ER0E 5P37A 3I25A 3UDJA 3PEPA 5P5WA 5P0WA 5OZ6A 1BILA 5KQYA 2AOGA 3R4BA 4Y3XA 5P40A 5P6JA 4XX3A 1SH9A 4CPQA 3BC4A 1HPSA 3GI5A 3T3CA 2IGXA 2FNSA 2MIPA 3EKYA 4K4QA 3H0BA 4I0FA 4R5NA 2AZ9A 5P81A 1KJHA 1FQ4A 3OU4A 1EBYA 5P1WA 3ZLQA 3VF5A 3LINA 2QD8A 4FL8A 5AH9A 4Y3GA 2OHPA 1EPLE 1RL8A 1MRXA 5P1XA 4EJDA 4YD5A 4WTUA 3NDTA 2R8NA 4HZTA 1JLDA 4ZE6A 5P6KA 2ZGAA 3HVGA 4L7GA 5P22A 3BGCA 3PM4A 1EAGA 1E82E 4Y4WA 5J25A 5P2UA 1C6YA 5P19A 5P8MA 3OUAA 5P1CA 5P1NA 4HEGA 4GMIA 2G26A 5OZ2A 4YHQA 2FXEA 4JPEA 1K6VA 3OGQA 2IDWA 3ZPTA 5P06A 2FNTA 3O9IA 1WKRA 1EPQE 4J0YA 3OUBA 5P6TA 4JP9A 2V12C 1AAQA 3O9CA 4AA9A 3UPJA 2B7FA 3LZVA 4Y4TA 4WY1A 4Y5LA 3UCBA 2I4VA 5SXNA 5P88A 4EYRA 5P3DA 5OZQA 2ZJNA 5P43A 5OZ5A 1YX9A 2ER6E 4Z4XA 1GNMA 4ER2E 1E81E 1SMEA 3OUDA 5P3ZA 4I8WA 3NUOA 1LYWA 3KFPA 2WJOA 5DR8A 2CEMA 5HCTA 5P65A 3ZKQA 5OZFA 3INFA 1W6HA 1TSQA 2UPJA 3VLAA 3O9LB 2BQVA 3EL0A 5P11A 3TPRA 1HWRA 2V13A 4DQBA 2OHNA 4QJ7A 5P6GA 3S43B 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P04 A;  2NMY A;  2PSU A;  5P68 A;  3TH9 A;  1A9M A;  5P24 A;  3OXV A;  5P12 A;  3OQD A;  4GJ7 A;  1GVT A;  5OYY A;  3ECG A;  5P7D A;  5P8V A;  3EBZ A;  5P8G A;  2R5Q A;  5OZP A;  5P2G A;  1MSN A;  3K5G A;  1KZK A;  5P4M A;  2OHR A;  1XDH A;  4Y3H A;  4Y36 A;  4APE A;  3S85 A;  3S45 A;  1PRO A;  5P55 A;  5P87 A;  3OOT A;  4Y3D A;  5P54 A;  4Y4J A;  4Y3A A;  1IBQ A;  1T7I A;  5P5Q A;  2IKO A;  4DJX A;  1B6J A;  4Y45 A;  3KT2 A;  4FAF A;  4Y5B A;  5P79 A;  2B7Z A;  1APW E;  3I8W A;  2WF2 A;  4CPR A;  4S1G A;  3IGB A;  4QJ9 A;  3APP A;  4Y37 A;  4L7H A;  2WF0 A;  4Y3P A;  1XL5 A;  5P36 A;  1HEF E;  5OYW A;  1BWB A;  2AOD A;  2EWY A;  5BWY A;  5P6Q A;  1RNE A;  4FRS A;  2Q11 A;  5HE7 A;  5KQZ A;  4JOO A;  1EC0 A;  2WEZ A;  2QD6 A;  4OBH A;  1BWA A;  3WZ6 A;  3O9L A;  4FRI A;  3TKG A;  2CEN A;  5P4Q A;  4LL3 A;  1AM5 A;  1B6L A;  2QHZ A;  3UHL A;  3FNS A;  2QMG A;  3CKP A;  3S43 A;  1AJX A;  1T3R A;  5P3E A;  5P5D A;  5P53 A;  1PSN A;  2UXZ A;  5P89 A;  3OAD B;  2OHL A;  4Y3Z A;  4OD9 A;  4XKX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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