5P7LA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 318
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7lA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7lA01
3SACA 3BRAA 3LZSA 2FGUA 4HDBA 4Q5MA 1RV7A 3PGIA 3VFAA 4Y3GA 5P6KA 1SBGA 1PSNA 4ZSRA 2QU3A 4B1EA 3SO9A 3EKYA 3C9XA 3D3TA 3I6OA 4AZYA 3HD8A 5P6JA 4FE6A 4NJSA 5P1CA 5P2DA 1AJVA 1KZKA 5P0XA 5P5ZA 3DCRA 4NKKA 3S56A 4B77A 3UQXA 4M8XA 3KFNA 3OK9A 3OU1A 4DJUA 1PPLE 3OOZA 5KR2A 4CKUA 1K2CA 4LL3A 4HA5A 5COOA 3ZPTA 2V16C 1GVXA 1ZPAA 3N3IA 2F8GA 3SPKA 5HTZA 4CPQA 1MRXA 5DQ1A 4FM6A 5F00A 1HPVA 9HVPA 1QBUA 3D1YA 1IIQA 3PCZA 1YX9A 1IVPA 5P7BA 4KE0A 1HEGE 1YTGA 4I0FA 4NPUA 3ZOVA 3NUOA 5P0DA 4K4PA 2NMYA 4Y51A 3GW5A 5P6SA 1K1UA 3VFBA 3IVHA 3UFNA 3PBDA 3BVAA 3DOXA 2OHNA 3LPKA 3VSXA 2PWCA 3ZLQA 5P58A 1D4LA 5I3VA 2OAHA 1A8KA 3FX5A 2FLEA 1IZEA 4GJDA 3OU4A 5P4GA 3RTNA 5P3PA 2HB4A 1A9MA 5P2GA 3VV8A 4DPFA 1TSUA 5DR0A 1ENTE 2QAKA 2QI6A 5P2AA 2VS2A 4DJRA 3MXDA 2PC0A 4APEA 3KFPA 1QBTA 1GKTA 1LF3A 5P41A 5P04A 3O99A 5P5WA 5AH9A 3ZPUA 1XS7D 3VV6A 4MC9A 4FRKA 1IBQA 4Y5GA 1HHPA 5P0CA 3OQDA 2QNNA 1LZQA 5P48A 1PSOE 2ZJIA 5P2UA 2ZJHA 5P6CA 3R1GB 5P44A 4YOBA 3OADB 1QBSA 3O9GA 5P33A 2VIZA 2HS1A 3LINA 2JJIA 5HDVA 3K5FA 4QJ2A 1B6PA 5P1DA 1PFZA 5P63A 5P8AA 3UPJA 2G21A 2VA6A 3T7XA 5P59A 3BXRA 4F73A 4AA8A 1KJGA 2CEMA 3NU6A 1MT7A 5J25A 3QBHA 5AHAA 1MSNA 2QZXA 3QVCA 5OZUA 5P6ZA 3WZ7A 5P7EA 4Y3YA 5P35A 4JPCA 4EJDA 1N49A 3TL9A 2ER6E 5P47A 5DGUA 2V00A 4Z2ZA 2AIDA 2AZCA 3ZKMA 3ER3E 4Y53A 5P7UA 1XN2A 5P07A 3CMSA 4H3FA 5P52A 5OZZA 5P2CA 3Q70A 3S53A 2G20A 3D20A 2FMBA 3DK1A 1SGUA 5P2FA 2Q54A 2I4UA 2VIYA 2PSGA 5P5GA 4Y48A 5KQYA 2QK5A 2FIVA 3UDNA 2V10C 1W5VA 5P72A 5P3IA 3QI1A 2IENA 5P2HA 3KT2A 3EL0A 3L5FA 2VNMA 1BWBA 2P3AA 1ZTZA 1D4IA 4I0JA 5OZAA 2QI5A 4B0QA 5JFUA 6APRE 1DIFA 5P6UA 4Y4WA 4EHCA 5P3JA 1T7JA 3EXOA 3L5EA 5P0WA 1MUIA 4NJVA 5P6MA 1YM2A 5P0HA 5P3VA 2ZJKA 4B1DA 3LNKA 3FNTA 1HPSA 1LYBB 1MT8A 4Y3LA 5P73A 3IVIA 4GJBA 3OAGA 3IGBA 5B18A 3KA2A 1HVRA 5P8RA 2QMFA 1BVGA 5DR8A 5P5TA 4EP2A 2AQUA 1DP5A 3EL4A 4A6CA 4Y4EA 2P8HA 5P3LA 5P62A 5P2YA 1JLDA 4ZE6A 1G6LA 4HDPA 3L58A 1DPJA 5P7CA 3URLA 1T3RA 4ER2E 3PCWA 3Q6YA 5P5YA 4Y5EA 5P7VA 4QLHA 3NWQA 5KR8A 2CENA 1NPWA 3HVGA 5I3YA 5P8MA 3UTLA 2BPVA 3KFRA 5P0TA 3FSMA 5P65A 2XYFA 5P1WA 2G1SA 2IKOA 4Y37A 3FV3A 5P80A 1GNNA 1HBVA 1LEEA 3LZYA 3K1WA 4R91A 1E5OE 4GJAA 4N00A 1WBKA 5AHCA 3GI5A 4RRSA 4GB2A 2IS0A 1IZHA 4OBFA 3INFA 4DJOA 1APWE 2QI4A 4Y5CA 3WZ8A 4PEPA 5P4SA 5KOQA 3VCMA 4FGXA 5P69A 3Q3TA 4Y3NA 3H5BA 4YOAA 3NU5A 5P34A 5P7IA 5P8QA 3QAAA 5P2EA 2JXRA 2QHCA 1SP5A 5OYYA 5P8BA 1BWAA 1LS5A 3BGBA 5P26A 4RRNA 4CPRA 4Q1YA 3DV1A 4Z50A 2V13A 3KF0A 4Y43A 3FIVA 2HS2A 4EYRA 5P7KA 4YBFA 1IDAA 3O9IA 3GI0A 5P1RA 4B1CA 1W6IA 2IRZA 1K6CA 1OHRA 4EPJA 5KAOA 4I12A 4RVJA 4Y6MA 3PJ6A 1M0BA 1ZAPA 5AH6A 4ZPEA 1RQ9A 2P83A 5P2VA 4M8YA 3OTYA 4U7QA 4DQBA 3K4VA 4DQFA 5P6TA 5P57A 4K4RA 5P1QA 2ZGAA 3PM4A 1FQ4A 1MSMA 4DQEA 2AVVA 4Y35A 1RNEA 3GGVA 5P15A 1EEDP 4FCOA 4Y44A 5P5CA 2IQGA 4Y47A 1NH0A 3OU3A 3WB5A 2NNKA 3IXOA 2R5QA 4HZTA 5P46A 5P4RA 3OXXA 5DPZA 5P54A 5OYZA 2BQVA 2ZHVA 5P8NA 1HTGA 1TZSA 5HU1A 2ZJJA 3SM1A 2I1AA 2VA7A 4R92A 4QJAA 2B42A 3TH9A 4L6BA 5APRE 2QZLA 5P7YA 4NPTA 3UDHA 1TCXA 5C9FA 2WKZA 4H3GA 5P3YA 1ZJ7A 3UDYA 4Y3FA 5P16A 5P64A 5P3SA 3SA6A 1FMBA 1META 3PLDA 3U7SA 4DQHA 5P4FA 1TQFA 3D1XA 5E5KA 4QJ6A 4Y5AA 4AUCA 4FSLA 5P11A 3RSXA 5P27A 4Z4XA 4BEKA 1FEJC 1BIMA 3OQKA 2P4JA 1FIVA 4X2LA 1HVKA 3ZKQA 1QBRA 3NLSA 4ER1E 3T3CA 1NPVA 5P8FA 5EZZA 5P61A 5P1AA 5P1HA 3HDKA 4L1AB 4DI2A 4E43A 4L1AA 2CEJA 4J0VA 4TRZA 4B72A 1T6GA 4J1EA 3KFSA 3NDWA 3OGQA 1Z8CA 4JP9A 5P23A 2Z4OA 2XFIA 5P1VA 3HVPA 3SQFA 3PVKA 4Y4GA 5P3FA 4Y4ZA 3PRSA 5P09A 1SH9A 1E82E 4DV9A 4EXHA 4Y3DA 4TRYA 5P2WA 2P3CA 3O9AA 5OZBA 2H6TA 2H6SA 3OUDA 2ASIA 1B5FA 4YD4A 5P1LA 3PWRA 3S8IA 2WL0A 4Y5LA 1G35A 3IXJA 5SY2A 5P2XA 5P4XA 2FDDA 4Y3WA 5P8LA 1D4HA 4FS4A 2AODA 4XKXA 3RSVA 3EMYA 3T6IA 5P5LA 4IVSA 5DQ5A 6UPJA 2UPJA 4LXMA 3MSJA 4EJ8A 1KJHA 1F34A 1FB7A 1VIJA 4YBIA 1GVTA 1QS8A 1GVWA 8HVPA 4OBKA 4L7JA 5KOSA 4CPXA 5P7SA 3S43A 2WEDA 2BPZA 1D4JA 3OU1B 4RROA 5P4CA 2ZDZA 3GGXA 5FIVA 5P08A 3OUCA 2VIEA 4ZPGA 3NXEA 1MTRA 5P6LA 5P2KA 4LP9A 3EKWA 4Y5BA 3UFLA 2AZ8A 3ECGA 1BV7A 4RCFA 2V12C 5P60A 4JECA 5P51A 5P5EA 1AM5A 5I3XA 4HE9A 5BWYA 2ZHTA 5HVPA 1HXBA 1SIVA 5P5KA 5P2MA 3APPA 1FMXA 1EPQE 5P5UA 3PHVA 2OHUA 5P7AA 5OZOA 5P6RA 5IVSA 4KUPA 5HD0A 1PPKE 4J0TA 1PPME 3O9LA 5P7LA 3OQFA 3QS1A 3L3AA 1GNOA 1KJ4A 2F3KA 4GJ6A 5P19A 3VLBA 2A4FA 7UPJA 5DR1A 5P4BA 3QBFA 5OZ8A 2F3FA 5P8GA 5P10A 4ACXA 5P39A 3OU4B 2ZJLA 2WF3A 1HPXA 3EM4A 2OF0A 3PBZA 1AVFA 5P3BA 5P3AA 3QRMA 2PSVA 5OZRA 2A1EA 3NDUA 3RVIA 3WB4A 1M43A 5P17A 4Q1WA 2AVOA 5P22A 4YDGA 5P7RA 1LYAA 4ZEAA 3PI0A 2I0AA 3GGAA 1W5XA 4HLAA 5DGWA 3T11A 4J0ZA 1RPIA 5P1KA 4Z22A 1DAZC 1AAQA 3VF3A 4ZIPA 4GYEA 1MT9A 3FKTA 2HB3A 5P0JA 4PZWA 2RKGA 3CYWA 3SKGA 4ER4E 2QNQA 2IDWA 2WF0A 5P0RA 2F3EA 2QU2A 1YM4A 5COPA 2G1OA 1EC3A 2BPWA 4K4QA 2O4LA 2OHMA 1HSGA 3DJKA 4RCDA 3GI4A 2RENA 3RU1A 3TNEA 3OXVA 4RYGA 5CLMA 5P3DA 5P7FA 3G72A 3L59A 3CKTA 3SA5A 5P14A 1XL2A 1ER8E 2OHRA 4FLGA 2B8LA 3LIVA 1XE6A 4CPUA 1FKNA 3BUGA 1UH7A 5P6PA 3UDKA 4Y3QA 5SY3A 5P7HA 2IL2A 3ZKGA 2NXMA 5OZFA 5P2IA 2R5PA 4DQCA 3QP0A 1HEFE 4LXAA 5DQCA 1D4YA 4Y38A 5P77A 3S85A 3SAAA 5P68A 2MIPA 4R95A 2G1YA 3BHEA 5P0QA 4HEGA 5P28A 2FNTA 5P5XA 5P89A 1NPAA 3ZL7A 5BS4A 1HTEA 4HDFA 2OHQA 1YG9A 3K5GA 4CMSA 5P1GA 3RTHA 1PROA 4S1GA 5P76A 3RTMA 3EBZA 2O4KA 4A4QA 3KDBA 5P4IA 3ZKNA 4OC6A 5ER2E 3UDQA 3QPJA 5P7OA 1XN3A 1YTIA 2JE4A 1BDRA 2ZJMA 1EPOE 4ACUA 4UPJA 4I0EA 4I10A 4JOOA 5P4VA 3L38A 3OQ7A 1ZSRA 3CKPA 5OZ0A 3HW1A 5P5VA 2VJ6A 3S7LA 1AZ5A 2IGXA 5P12A 5P5JA 5P85A 2AVMA 3O9EA 4B70A 5HE5A 1BILA 3UQRA 2EWYA 1U8GA 1FQ7A 4IVTA 2AOHA 5ISKA 3OAGB 2QI3A 2AOEA 1SIPA 3NU9A 1HPOA 5P7NA 5P0ZA 3OUBA 5P6NA 1EBWA 2NXDA 2ZE1A 4GJ8A 2G27A 2Q11A 5OZ3A 3Q5HA 1XE5A 4Y50A 4ZLSA 1BBSA 5P4QA 1EBKC 3KDDA 3PMUA 2QI0A 5P6VA 3S7MA 3TKWA 3B80A 2VNNA 5ER1E 2NPHA 3NXNA 2AOGA 5P4YA 5P5IA 5SXNA 2B7FA 1SMEA 5P0YA 3BXSA 5P1MA 5P78A 3VUCA 4WTUA 5OZVA 5P6FA 4Y41A 4Y39A 1EPPE 3KM4A 3EKVA 5OZMA 5SZ9A 5P83A 3NDTA 4FRSA 3TLHA 2QMDA 2Q5KA 3BUHA 2Z54A 5P06A 2WHHA 2B60A 4AA9A 4B78A 1IZIA 2OHTA 5P8UA 1B6JA 5P70A 5OYQA 5P8OA 4K9HA 4KB9A 5P6HA 1ODYA 4R93A 1OEWA 4D8CA 4EP3A 4B05A 5P24A 5P5MA 3OWNA 5P1SA 3QROA 5P5OA 3ZKXA 2QD6A 5P1ZA 3U6AA 5P8TA 3OOTA 2I4XA 5I3WA 4I8ZA 4Y5NA 3KMYA 1SGZA 1SDVA 4CPTA 4DQGA 3AUPA 4FRJA 3M9FA 1K2BA 2R43A 5ISJA 5E5JA 1Q9PA 5P4NA 2Q64A 1KJ7A 2WEZA 3D1ZA 5P36A 2Q15A 3CICA 4DJQA 4I0IA 4R8YA 4DVFA 2QMPA 2B7ZA 4J5JA 5P7TA 1XL5A 1TCWA 2J9JA 1LYWB 1LYWA 2P3BA 1EC1A 1UH8A 1APUE 2R3TA 2AVSA 2V11C 1BV9A 1TW7A 2ER7E 5P5FA 1B6MA 3A2OA 1HSHA 4H3IA 5P3CA 3EKPA 2HAHA 5P3OA 3AIDA 5OYXA 1SDTA 5P7ZA 4PPHA 1FMUA 2RMPA 2VA5A 2ER0E 4OBZB 4A6BA 5P3ZA 2G24A 4Y5PA 4OBZA 5P0PA 4QJ8A 5P42A 5P2RA 2PSUA 3CIDA 3IN3A 5P6QA 5P1XA 3EKXA 5P2BA 5P6AA 2UXZA 1FG6C 5P32A 2FDEA 3ZMGA 3R0YA 2PH6A 5P45A 1IDBA 4FM7A 4OBDA 3LIYA 5AHBA 5P4AA 5P30A 6FIVA 1IVQA 5P1OA 1ODWA 3TPRA 1FG8C 3OHFA 1QDMA 5P4PA 4RLDA 2AOIA 1YTHA 4EXGA 5IVQA 5P6EA 3NUJA 4XX4A 1SDUA 3ST5A 1DW6C 4Y3TA 3NDXA 2ZHRA 5IE1A 3DUYA 4CPSA 2ANLA 1MTBA 2PMAA 4YE3A 4OBJA 5P25A 3TPPA 2FXDA 3OQAA 4YCTA 4R5NA 5OYSA 5P86A 3EKTA 3UQWA 5DR4A 2PYNA 2SAMA 5P0AA 5P2NA 4COEA 3T7PA 4I8WA 4I0ZA 5P7MA 3MSLA 5P5AA 5P87A 4FAEA 3DCKA 3LITA 5P0OA 4MC1A 5P3MA 4BFDA 5OZ6A 4LXKA 1ME6A 1HXWA 2JYSA 2JJJA 3DV5A 3TOHA 3NWXA 4J0YA 1Z1HA 3K5DA 5P6XA 4J55A 3IA9A 5BRYA 1AJXA 4XXSA 4YA8A 3SABA 3UDRA 5P0KA 2BBBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SAC A;  3BRA A;  3LZS A;  2FGU A;  4HDB A;  4Q5M A;  1RV7 A;  3PGI A;  3VFA A;  4Y3G A;  5P6K A;  1SBG A;  1PSN A;  4ZSR A;  2QU3 A;  4B1E A;  3SO9 A;  3EKY A;  3C9X A;  3D3T A;  3I6O A;  4AZY A;  3HD8 A;  5P6J A;  4FE6 A;  4NJS A;  5P1C A;  5P2D A;  1AJV A;  1KZK A;  5P0X A;  5P5Z A;  3DCR A;  4NKK A;  3S56 A;  4B77 A;  3UQX A;  4M8X A;  3KFN A;  3OK9 A;  3OU1 A;  4DJU A;  1PPL E;  3OOZ A;  5KR2 A;  4CKU A;  1K2C A;  4LL3 A;  4HA5 A;  5COO A;  3ZPT A;  2V16 C;  1GVX A;  1ZPA A;  3N3I A;  2F8G A;  3SPK A;  5HTZ A;  4CPQ A;  1MRX A;  5DQ1 A;  4FM6 A;  5F00 A;  1HPV A;  9HVP A;  1QBU A;  3D1Y A;  1IIQ A;  3PCZ A;  1YX9 A;  1IVP A;  5P7B A;  4KE0 A;  1HEG E;  1YTG A;  4I0F A;  4NPU A;  3ZOV A;  3NUO A;  5P0D A;  4K4P A;  2NMY A;  4Y51 A;  3GW5 A;  5P6S A;  1K1U A;  3VFB A;  3IVH A;  3UFN A;  3PBD A;  3BVA A;  3DOX A;  2OHN A;  3LPK A;  3VSX A;  2PWC A;  3ZLQ A;  5P58 A;  1D4L A;  5I3V A;  2OAH A;  1A8K A;  3FX5 A;  2FLE A;  1IZE A;  4GJD A;  3OU4 A;  5P4G A;  3RTN A;  5P3P A;  2HB4 A;  1A9M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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