5P7SA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 325
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7sA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7sA01
4ZSPA 4RYGA 3VLAA 5P39A 3QBFA 1NPAA 3NWQA 2V00A 2A1EA 5P8HA 1UH9A 1NH0A 3F9QA 3GGAA 1BIMA 5P35A 2ER7E 4B1CA 3H5BA 4K4RA 4Y3NA 2Q54A 5P3DA 3SA6A 5P0UA 1E5OE 3ZPTA 3OQAA 1ZJ7A 2JE4A 1B6JA 3OADA 2OHKA 3OADB 4YD3A 4RVXA 2VKMA 3L5DA 2R9BA 1EPOE 3VFAA 2VA5A 3GGXA 3I25A 4DJOA 4OBFA 5P84A 2QAKA 3NDUA 5P14A 5IE1A 5OZGA 1QBSA 5P44A 1W6IA 3O9BA 4M8YA 5P40A 1W5YA 1IBQA 2AQUA 2OHQA 2ZHRA 1FMBA 4JP9A 1W5WA 5P64A 3OQKA 3INHA 5P15A 3ZLQA 5P7QA 5DQ2A 1HVSA 3GI0A 3I7EA 4EJKA 5P54A 1KJ4A 5P2NA 4FSEA 1IZEA 4AA9A 1BXOA 2V13A 5P2XA 2V11C 4EPJA 3PHVA 5P1KA 3URLA 1K1TA 5P0LA 1OHRA 1FF0C 3OXCA 1RL8A 3QIHA 5P5IA 5P8CA 3NLSA 2AVQA 2QU3A 2IENA 3VF3A 5IVTA 1VIKA 3HW1A 4L7HA 1G0VA 4GZFA 5COOA 5KOSA 7HVPA 4OBHA 1HVCA 1HSGA 2CEMA 5P7KA 5P3QA 5P33A 5P3IA 2XFJA 5OZOA 4JPCA 2VIJA 3KDDA 3TL9A 1QBRA 4U8WA 5AH9A 5P7RA 1GVWA 3K1WA 5P6FA 5P4AA 3R4BA 1BXQA 4Y3MA 3R0WA 1HVHA 1IDBA 3UTLA 4PZXA 1HRNA 4Y3RA 3UDKA 1XL2A 5P2QA 4FAFA 5OZXA 1T7KA 4TVGA 4TRYA 5P5OA 4DJQA 5P23A 4J0ZA 5OZ8A 5P55A 2WF3A 5OZEA 2G24A 5HE7A 4DI2A 5P4KA 3PI5A 4GJ6A 3GI4A 2R3WA 1IZDA 2PC0A 2PH8A 5P0YA 3SPKA 5DR1A 2B60A 3MXDA 3UDPA 2VIEA 5P7WA 3INEA 4BFBA 2I4UA 3SFCA 3DV1A 3GGVA 4MC1A 4RCDA 2H6SA 1MTBA 2OF0A 4YDFA 5DPZA 1HTFA 1K1UA 2I4QA 4ER1E 3SQFA 4APEA 4YBFA 1B6KA 5P3JA 4R93A 3KMYA 2UXZA 1HVLA 5IS4A 1APVE 1EC0A 3HVPA 3NXEA 5OZIA 2PYMA 3U6AA 2CENA 1HHPA 2AVOA 5HE5A 4Y48A 2Q15A 3D1ZA 1FG6C 1MVPA 5JG1A 4Y4UA 5TOLA 5P46A 1FFFC 5P62A 3VV6A 5P5RA 4DJRA 2B7FA 5KR1A 3CICA 3O9HA 3KFSA 5OYWA 2P3AA 2OHSA 5P31A 4X7IA 5CONA 1FQ8A 4I8ZA 1KJFA 3EKXA 3BUFA 3O9GA 3LITA 2QI4A 2UY0A 3PEPA 5P0OA 4YD6A 3EM4A 3OGQA 5JFUA 3IVHA 3PMYA 5OZNA 4PHVA 4EP2A 3GW5A 5P50A 4Y3PA 2I1AA 4Q1XA 5P3ZA 1F7AA 1SBGA 2ANLA 3LZSA 1DW6C 5P48A 1SP5A 3PB5A 3PJ6A 2J9JA 3O9AA 1D4HA 5EZZA 3TPRA 3JW2A 4I0EA 4LC7A 4F76A 2ZJNA 4RROA 4OBJA 1A30A 1DPJA 5DR4A 5P09A 1EPQE 4CMSA 5P1SA 2QHYA 3O9FA 5APRE 4Q1YA 1C6ZA 5P6BA 5P8LA 2ZHSA 2OHTA 3T6IA 5P74A 4GJ8A 3MSLA 5P2IA 1C6YA 3LIVA 2RKFA 3NU5A 3U7SA 4FRSA 3LNKA 5P3NA 5P8BA 5OZVA 3VUCA 5P08A 1T3RA 4QLHA 3QS1A 5BS4A 1HWRA 2QHZA 1SMRA 5P8MA 2AOGA 4LHHA 1HIHA 5P6YA 3CKTA 3D1XA 3S45A 1XE5A 2QMPA 3DCKA 4L6BA 3SO9A 3UDQA 5P8SA 1APTE 3BUHA 5P42A 3DV5A 3ZKQA 3WZ6A 4QGIA 4AA8A 3FV3A 5OYYA 2QZLA 3CYWA 4HLAA 4J0PA 2P3BB 3RTMA 1QRPE 5P3EA 1Q9PA 4CP7A 1E81E 5P8NA 2P4JA 1RQ9A 4LP9A 1J71A 2ZGAA 3ER5E 5P89A 3OU1B 1VIJA 5P22A 5P65A 5P45A 1BDLA 1IIQA 1HIVA 5P19A 1OD1A 3L3AA 2G1RA 7UPJA 2B7ZA 5P6CA 2G26A 1MT9A 5COPA 2RENA 4PPHA 3SA5A 1QBUA 5P30A 3OY4A 1WBKA 5P7ZA 2QZXA 3PWWA 4H3IA 2IS0A 2H6TA 1G2KA 3D91A 5OZ2A 1FKNA 3OTSA 4NJTA 4DQBA 2BPVA 4OBDA 1M4HA 1BWAA 4B0QA 3OUCA 5OZZA 5COKA 5P5HA 3CIBA 4AZYA 5P0EA 3QAAA 4CPUA 2HC0A 3TPLA 5P3YA 2OHPA 2BQVA 5P5AA 4GMIA 3KM4A 4B00A 2ASIA 3MXEA 5P7SA 3VFBA 1IVPA 1NPVA 1HXWA 1K6VA 5P1CA 5AHCA 1FFIC 5F00A 4GB2A 2IGXA 5DQCA 5OYTA 2ZHVA 3NYGA 1W51A 3FKTA 1W50A 1HVKA 3QP0A 3PI0A 2P3DA 2OHUA 4ZLSA 2HB3A 1W6HA 1MSMA 1LYBA 1GNNA 5P69A 4L7GA 1LYBB 3PWRA 2AOFA 4LAPA 1BDQA 5P7VA 1FQ5A 5KQZA 4Y3GA 3IN4A 1SH9A 3NU6A 4L7JA 5P5WA 5P6QA 2AIDA 4XX4A 3D20A 5C9BA 1FLHA 2NR6A 1ER8E 3PBZA 3UDNA 2PYNA 3OXWA 5P5QA 2WECA 3LZVA 2FLEA 3Q4BA 5DQ5A 4XX3A 3AIDA 2B42A 4RRSA 5KR2A 3BUGA 1ODXA 3S43B 5P6MA 5P0NA 3QVCA 4DUSA 3URIA 5P18A 2JJJA 3TNEA 1GNOA 5P7PA 1MRWA 1MRXA 3EL0A 2XYFA 5P5JA 5OZ7A 4B1DA 3IGBA 4B05A 2ZJMA 4BEKA 4HA5A 5P6VA 2AOIA 4L1AA 1ENTE 1K6CA 4L1AB 5P8EA 3QROA 5P1BA 4DJPA 1LS5A 5P7AA 3HZCA 2ZHTA 3G70A 1XDHA 5P2ZA 4B1EA 3C9XA 4KE1A 5OZJA 3TOHA 2VJ6A 5P2HA 4DV9A 3VYFA 3VG1A 5P1TA 5EZXA 4J54A 5P0CA 5P04A 3VLBA 1U8GA 4Y43A 2ZJJA 4FM6A 5P4UA 4CPSA 3L5FA 5P0AA 2FDDA 4Y36A 2F3EA 4YCYA 5P1PA 1QBTA 5P8OA 3SA3A 1LF4A 1D4IA 5P88A 4I0FA 5JODA 3OU4B 5P1MA 2R38A 1ZP8A 3QRSA 2WEZA 3DOXA 5P6TA 2QZWA 1FQ7A 5P2MA 1EBWA 2VIZA 5P2EA 5P0QA 2VA7A 5P57A 4FIVA 4NPUA 2NMYA 3KT2A 3S7LA 5OZFA 5P5TA 2XYEA 3ST5A 3L59A 3S53A 4Y5MA 4DJVA 3KFPA 2VA6A 4Y3SA 3LHGA 2I0AA 4DQFA 1WKRA 3EKPA 5P8GA 3PGIA 1GNMA 5P0RA 2Z54A 4RRNA 2QP8A 1HPOA 3K5CA 3PM4A 3UQRA 4ZPEA 2WEBA 3VSXA 4RLDA 1SMEA 1EAGA 4MC2A 4DJYA 4DJWA 2ER9E 4OBZB 5P3SA 1SDVA 3GI6A 4FL8A 4B78A 2WHHA 5P2LA 5P2KA 3RSXA 2G1OA 4YOAA 1PPLE 3KDCA 2PH6A 3ZOVA 4Y3HA 5P4XA 4J1CA 4EQJA 4ZSMA 4ZSRA 5OZAA 3OQ7A 3S7MA 1NPWA 5DR3A 4Y38A 3PCZA 4J1IA 5P1DA 1EPNE 5OZ5A 3AUPA 1TCXA 3L38A 4GYEA 1W5XA 4QJ8A 4YHQA 2Q3KA 1M0BA 4J1EA 4Y4JA 3N3IA 1B11A 3FSMA 5P3HA 4OD9B 1HTEA 5P5MA 2BBBA 3BRAA 4I10A 4AMTA 1OEXA 1ZSRA 2WJOA 1YM2A 2R3TA 4Y3YA 1AIDA 3RTNA 5P03A 3OXVA 4ZSQA 1DAZC 3TOGA 5P4TA 3OXXA 1M43A 5P5ZA 5P5YA 2V0ZC 4I0HA 5P1NA 1C6XA 5P0WA 4RVJA 3TH9A 4RCEA 4LXAA 1PPKE 1Z8CA 5P70A 4GJCA 5C9DA 3N4LA 5P5KA 5P8AA 3MSJA 2P8HA 5P6OA 5AHBA 3FNSA 5P6RA 3ZKSA 2WF2A 4H3JA 5HU1A 1BBSA 3NXNA 5OZ1A 2AODA 5P17A 3BC4A 5P5VA 4EJLA 2Q64A 5P01A 5P1VA 5P79A 5KQFA 1D4YA 2NXLA 5E5KA 5OZDA 1SGUA 3BHEA 4TRZA 5P51A 4BELA 5P2YA 5OZPA 5SZ9A 5P4NA 5P4CA 4FE6A 1YT9A 5OYVA 5P1AA 4CPWA 5B18A 4YD7A 3QVIA 3IA9A 3NDXA 5P56A 4EYRA 2QI5A 4LL3A 2FDPA 3WB5A 4J0YA 3FNUA 5P5LA 4MC6A 1IZHA 1BDRA 3KA2A 5P7JA 2R5QA 4D8CA 5IVRA 3HD8A 3BXSA 5P4OA 2F81A 2QI3A 3INDA 5P4PA 3PSUA 2SAMA 5P86A 1YTJA 2BB9A 5P7IA 4J1FA 5JFPA 1T6EX 4Y5GA 5P2VA 4E43A 1CPIA 1EBZA 3B7VA 2AOHA 3VSWA 5OZRA 4Y4EA 5KQXA 2G21A 3IXOA 2HPFA 1KZKA 3FNTA 1ZAPA 4Y3EA 1BVEA 1HBVA 1MEUA 2I0DA 2PSUA 2PWCA 3Q5HA 1HVJA 5P6DA 2UPJA 5KAOA 5P8TA 4FM7A 5HD0A 4Y4BA 1ZPAA 5HDUA 4S1GA 4JPEA 1LF2A 5C9FA 1PROA 3K4VC 5ER2E 1A94A 1SIPA 5P7FA 1XS7D 5AH7A 1YTIA 2WF0A 4H3GA 1RPIA 3APRE 2QD6A 5P5FA 3OUDA 3IXKA 5P2DA 1YX9A 3OUDB 1HXBA 1T6GA 4KE0A 5P3FA 5P0BA 4DQEA 5HE4A 3SKFA 1LYWA 3EM3A 4FAEA 5P11A 4DPFA 3EKTA 1LYWB 3SLZA 5P53A 2O4NA 2QI1A 5P52A 4FM8A 5P49A 2IKUA 3Q3TA 4ACXA 1FG8C 5P7MA 5P72A 5P38A 2FGVA 3UDJA 6UPJA 1LV1A 3FIVA 5P2WA 5P7XA 3SM2A 5P2FA 1KJ7A 3KN0A 4FCOA 5P1WA 3UPJA 1PSNA 1YM4A 4PZWA 3K5FA 2O4LA 4R95A 3RVIA 5KQYA 3VV7A 2EWYA 5HTZA 2HIZA 4EXGA 5P6XA 4Z22A 1PSOE 5P0JA 5P3RA 1D4JA 3UHLA 4Y4ZA 3VCMA 5P3GA 5P5SA 5OYXA 4I12A 5P2BA 4GJDA 3O99A 4A6BA 4R91A 4D83A 3QBHA 4PYVA 4F73A 3QRVA 1FEJC 2ZJHA 5P1EA 1MIQA 5P5GA 3U71A 3OHHA 5P6GA 3RSVA 4Y57A 3IN3A 1K2CA 3UQWA 2G27A 5P13A 4A6CA 2ZJLA 2HS1A 4Y5EA 5P0KA 6APRE 3QPJA 5KOQA 5P2UA 3IXJA 1K6TA 3PLLA 5DGWA 5P6IA 3KMXA 1T7JA 5HVPA 5P77A 5HCTA 4Y5AA 4I1CA 2FNSA 1K6PA 1AM5A 1SIVA 3SM1A 4Y4AA 3EL5A 2BPWA 2BPXA 5IVQA 5P7HA 3DCRA 5P85A 4DQHA 4KB9A 3VEUA 5P8QA 1MUIA 2OHLA 1ODWA 4FSLA 5P68A 1YTHA 2BJUA 5P3AA 3K5GA 3TPJA 2P3BA 2QMGA 4YE3A 2ZJKA 4Y3ZA 4GJBA 5ISKA 4HVPA 4Z4XA 2FMBA 5P6UA 5P7EA 5P2OA 3OU1A 5KR0A 5P6HA 5P7YA 1QDMA 1EPRE 3HAUA 4RZ1A 3HVGA 3I8WA 3UQUA 2J9KA 5P3OA 4EHCA 4YBIA 2AVMA 5ENKA 5P1OA 3LINA 4Y4GA 3Q70A 1YTGA 4Z2ZA 3GGUA 2ZYEA 5P8PA 1E82E 1EPME 2O4PA 5OYZA 2QMFA 2JYSA 2B8LA 2FXDA 5P25A 2QNQA 3NSHA 4Y3XA 5P81A 5P0ZA 3UQXA 4RGHA 2V12C 3ZMGA 3MWSA 2R43A 1HPXA 2P83A 2G1YA 3WZ7A 4Y53A 3PMUA 5P4FA 4YA8A 1AZ5A 1B6LA 4YDGA 5P47A 3H0BA 5P1GA 5P1YA 4ZPFA 4I0IA 4H3FA 4JOOA 1IDAA 5P76A 4Y5PA 1TCWA 4IVSA 1HPSA 5BWYA 2AVSA 2IDWA 9HVPA 2AVVA 4J5JA 3EL4A 5P7NA 2B8VA 5OZCA 2G20A 4Y45A 2QU2A 3OK9A 2FGUA 4Y5NA 2QMDA 1B6MA 4YD5A 3JVWA 5OYUA 5IVSA 2Q11A 4F74A 4YOBA 1JLDA 1DMPA 1MESA 2VS2A 4K4PA 1PFZA 3I2LA 3TPPA 4Y3WA 3EC0A 4NJUA 5P07A 3NR6A 3OAGA 5P16A 5P4DA 3S43A 1A8KA 4NPTA 1ZLFA 3OAGB 3T7PA 3PLDA 5P3WA 4AUCA 4ZEAA 1APUE 5OZ9A 5AH6A 4FRKA 5ISJA 3S8IA 4HDBA 2Z4OA 5P6ZA 5I3XA 4J0VA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ZSP A;  4RYG A;  3VLA A;  5P39 A;  3QBF A;  1NPA A;  3NWQ A;  2V00 A;  2A1E A;  5P8H A;  1UH9 A;  1NH0 A;  3F9Q A;  3GGA A;  1BIM A;  5P35 A;  2ER7 E;  4B1C A;  3H5B A;  4K4R A;  4Y3N A;  2Q54 A;  5P3D A;  3SA6 A;  5P0U A;  1E5O E;  3ZPT A;  3OQA A;  1ZJ7 A;  2JE4 A;  1B6J A;  3OAD A;  2OHK A;  3OAD B;  4YD3 A;  4RVX A;  2VKM A;  3L5D A;  2R9B A;  1EPO E;  3VFA A;  2VA5 A;  3GGX A;  3I25 A;  4DJO A;  4OBF A;  5P84 A;  2QAK A;  3NDU A;  5P14 A;  5IE1 A;  5OZG A;  1QBS A;  5P44 A;  1W6I A;  3O9B A;  4M8Y A;  5P40 A;  1W5Y A;  1IBQ A;  2AQU A;  2OHQ A;  2ZHR A;  1FMB A;  4JP9 A;  1W5W A;  5P64 A;  3OQK A;  3INH A;  5P15 A;  3ZLQ A;  5P7Q A;  5DQ2 A;  1HVS A;  3GI0 A;  3I7E A;  4EJK A;  5P54 A;  1KJ4 A;  5P2N A;  4FSE A;  1IZE A;  4AA9 A;  1BXO A;  2V13 A;  5P2X A;  2V11 C;  4EPJ A;  3PHV A;  5P1K A;  3URL A;  1K1T A;  5P0L A;  1OHR A;  1FF0 C;  3OXC A;  1RL8 A;  3QIH A;  5P5I A;  5P8C A;  3NLS A;  2AVQ A;  2QU3 A;  2IEN A;  3VF3 A;  5IVT A;  1VIK A;  3HW1 A;  4L7H A;  1G0V A;  4GZF A;  5COO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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