5P7VA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 328
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7vA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7vA01
2WL0A 4EQ0A 1LZQA 5P64A 1E82E 5OZGA 2IQGA 3OUBA 3LHGA 3TL9A 4Y5EA 2WEDA 3NWXA 4DQCA 1GNNA 3S2OA 3LZUA 2QI7A 3HD8A 3EBZA 3BGBA 3O9LA 2FMBA 1SDTA 5P1KA 5KR1A 1LYWA 4J17A 3EM3A 3OQ7A 2V10C 3EL1A 5P4EA 5P4HA 4RCEA 3BXRA 5P4SA 3S85A 5OYUA 1T7IA 2VJ9A 3OY4A 1EPNE 5P08A 2F81A 3UHLA 5P0JA 5P29A 2UPJA 3KDDA 2OHUA 2FXEA 3K5FA 2OHTA 2P3CA 3BXSA 2HC0A 3S7MA 3GI0A 3U7SA 1RNEA 1APUE 4Q1NA 1BAIA 2G94A 3NDTA 2QNQA 4GJ6A 4EJKA 5P3EA 5ER1E 3OAGB 5P2VA 3NU4A 2HPFA 5OZCA 1HWRA 3OADB 4PZWA 4DPIA 5P4ZA 4MC6A 1HVCA 2QP8A 4Y50A 1K2BA 5P0SA 3OGQA 3I25A 3LZYA 4J1IA 1D4HA 4RVJA 5P8OA 5I3WA 2ANLA 3WZ6A 1W5YA 2AQUA 5P34A 1IZIA 2ZYEA 4U7VA 5P53A 3N4LA 5OYWA 5P3IA 2VIEA 2ZHRA 6APRE 4J54A 3TLHA 4CPQA 3CIDA 3PBDA 2VJ7A 2ER7E 5P57A 4U7QA 5AH8A 5P2IA 5P2TA 5P8UA 4HDPA 4YD3A 5P85A 3NXEA 2FLEA 2EWYA 5OZDA 4FRKA 2R8NA 2HB4A 2NMYA 4DQGA 4YBIA 4CPUA 3KFRA 3KDBA 1EPPE 4Y37A 2QU2A 3KA2A 1AIDA 1ZSFA 2AZBA 4ZSMA 3DV1A 5P73A 3T7XA 3INEA 2B42A 5P1JA 5P2WA 1EPLE 3L5EA 3DCKA 3ZPTA 4ZSPA 3K5GA 5P2MA 4Y3ZA 1HIIA 2O4NA 5JODA 3QBHA 3TOHA 1ZSRA 1YTGA 4Y4GA 4Y4AA 3S43B 3KMXA 3LINA 1UPJA 3SA8A 1MT9A 5P2EA 1LV1A 2HS1A 3OU1B 1HEFE 3PGIA 5P2DA 2VS2A 3TKWA 3HVGA 4H3GA 1HVIA 5P6SA 1HVHA 3L5DA 5P5UA 5P8EA 4DQHA 2B8LA 3SA4A 4DJRA 3SM2A 5P7WA 5P0OA 1MSNA 3OU3A 4OC6B 4J0PA 3C9XA 4R92A 3TOFA 5P1NA 1APVE 2V0ZC 5OZQA 3EL5A 5KOSA 3UQXA 3RSVA 2Q63A 3O9GA 5P3VA 5P1MA 1F7AA 5OZ9A 2WEBA 2AOIA 5P36A 5P5HA 4QGIA 2HIZA 3PJ6A 2QMFA 5P7JA 2G20A 4J0TA 4EPJA 3UFLA 1W6HA 4I0JA 1D4SA 4MC1A 3PVKA 3PCWA 2WEZA 5P0KA 5P27A 5COKA 5P7YA 1SP5A 5OYZA 2AZ9A 1HXBA 3AUPA 1AJVA 5OZUA 2OHKA 5P32A 2ASIA 5C9DA 5P7KA 3NU5A 1FIVA 3HZCA 1TCXA 1MEUA 4Z2ZA 4ZSRA 4Y51A 5P3GA 1GVXA 1HPXA 5P5WA 1K6PA 5P1VA 5P4KA 5HCOA 5P3TA 5PEPA 4FM7A 3SLZA 2RKGA 1KZKA 3R0WA 1BV9A 5C9FA 1WBKA 3MXEA 5DR3A 3QROA 2JYSA 2NNKA 3O9LB 2VKMA 3PMYA 1LYWB 1PSNA 5P25A 3VFBA 4H1EA 4J1HA 4A6BA 5P7MA 5P7NA 4Y3LA 2O4LA 3JW2A 5P5PA 4XXSA 4Y45A 5ER2E 5P4IA 4R93A 3UDRA 1HVSA 4BEKA 1OD1A 5P6NA 3BGCA 4B05A 3ZLQA 1XE5A 1HTFA 4Y3FA 5DGWA 5P4YA 3LZVA 4GJBA 5I3VA 2ZJLA 2RKFA 3SA9A 4NJUA 5AHBA 5OZ1A 5P88A 5P44A 3EL4A 4HZTA 3KFPA 1FEJC 4OD9A 1BVEA 5P5AA 2R43A 4RGHA 3TPRA 1SMRA 3APRE 5APRE 5P4LA 2H6SA 1E80E 5OZEA 1YG9A 5SXNA 2F3EA 3L3AA 5P2KA 1AXAA 4DJYA 3N3IA 1BWBA 1HVLA 5P0XA 4B72A 3OOTA 2V16C 5P7TA 5P7EA 1W5XA 4J1KA 1T7JA 5OYRA 2NXLA 2Q15A 4RVIA 3L5BA 5HDVA 5P3OA 2IKUA 3PRSA 2BKSA 1K1UA 3NUOA 5P0TA 3DCRA 5P7CA 5IVRA 5P2GA 1Z1RA 5P3JA 3S7LA 5P2LA 2XFKA 5KR0A 2PSUA 5DQ5A 4COEA 3VUCA 5E5KA 3BUFA 1MESA 1SIPA 1YM2A 4L6BA 4FM8A 2R9BA 4FS4A 1EBWA 2AZCA 4Y3DA 4Y5CA 2BJUA 4GIDA 5P11A 4Y3MA 3LIZA 2BKTA 2IS0A 4ZIPA 5BRYA 3S53A 2OHRA 2PMAA 2PH8A 3RTHA 3QVIA 2F3FA 5P2NA 5P4AA 1A30A 4YD5A 5P82A 5P58A 2ZJKA 4DJPA 2BQVA 2Z4OA 4ZLSA 2HB2A 5OZWA 4HVPA 4Y3RA 4B70A 2PC0A 5P7RA 2WJOA 3PEPA 4Y58A 1CMSA 5P83A 5P5DA 3R4BA 3FV3A 1FQ5A 5OZ8A 2I4XA 3SO9A 1ODYA 5P1ZA 2Q5KA 1FF0C 1MUIA 5JG1A 5P1EA 3VV8A 5P1OA 2NTRA 5OYSA 5P0LA 4ZPGA 1QBTA 2ZGAA 1HBVA 5P46A 3WB5A 1B6PA 3T11A 5P4MA 5HE5A 3UDKA 3D1ZA 2P3BA 3IGBA 4L7HA 5CLMA 4YCTA 2SAMA 4UPJA 1SIVA 4MC9A 5COOA 3SACA 1B6JA 4DJUA 1NPVA 5P3CA 3AIDA 5P14A 3L5FA 1HOSA 2O40A 3NDWA 1PFZA 3BRAA 5P0HA 4GJAA 4FRJA 3R2FA 5AHAA 3PB5A 1QS8A 5FIVA 5OYXA 5OZHA 4OBFA 5HD0A 5KQZA 1OEXA 5ISJA 3FNTA 5P6PA 2Q64A 3QAAA 1MSMA 1MIQA 4I11A 5F00A 5P1FA 3NWQA 1XL2A 2WKZA 2Q3KA 3SA3A 3UQWA 5P59A 1FQXA 1ME6A 2UY0A 2ZHUA 5DR7A 5P7PA 2PYNA 1LEEA 1K2CA 1BDLA 5P4DA 5P87A 3VV6A 4I0EA 5P18A 3WB4A 4D89A 2PK6A 1W5WA 4Y4ZA 4Y4DA 3KMYA 3VLAA 3VSWA 4QJ7A 4ACXA 5P0YA 1M43A 4YDFA 3OGPA 4Y3JA 3CKTA 5P02A 1FB7A 5P0NA 4AA9A 4YCKA 1LS5A 5ISKA 5P0MA 4Y3GA 3PLDA 3GGAA 3CMSA 3QI1A 5OYYA 4B78A 5P2UA 2I4DA 1LYBA 5BWYA 3EM6A 1G0VA 4I12A 4Y5BA 4NPTA 5P4TA 1HVRA 3GGVA 4HDFA 2FXDA 5KOQA 3QBFA 4I0HA 5OZNA 1T7KA 5P6ZA 5P4GA 4AZYA 1QBUA 2ZE1A 1KJHA 1VIKA 4RROA 4LHHA 5P8JA 5P1CA 3INHA 4APEA 2R38A 4WY1A 5P5CA 4CP7A 3VSXA 4OD9B 5EZZA 1ZLFA 2I0AA 3CICA 3URJA 3KF0A 5P2OA 4RRSA 1UH7A 5P7GA 2QI4A 2G1NA 2WF1A 5OZYA 9HVPA 4K4PA 4Y4BA 1A94A 2CEJA 3PWRA 1B5FA 5P0DA 3KT5A 3ZKSA 4EHCA 1HSGA 1MT8A 2FGUA 5SY3A 1A8KA 3MSJA 1B6MA 4EJDA 1NPAA 3NLSA 3KFNA 2I4UA 5P8CA 1T6GA 4R8YA 5P7LA 4FRIA 5OZ2A 2WHHA 5B18A 4EJ8A 2CENA 3JVYA 4AUCA 4FAEA 3UDYA 5P2BA 3ZKGA 5P6MA 1FFFC 4QJ2A 4Q5MA 5P6LA 3IXKA 4EP2A 4I1CA 3D20A 3D3TA 5P6CA 3O9IA 1K6CA 5P6IA 2ZJJA 4WY6A 4Y3NA 4EXHA 5HU1A 3PLLA 1XDHA 4Y3QA 5P1BA 3K1WA 2BBBA 4Z4XA 1G2KA 1IZHA 5P24A 4Y4JA 1GVVA 1TZSA 3FNUA 3VFAA 5P6TA 1C6YA 5OZXA 1EC2A 2ZJMA 1BDRA 5P50A 2PQZA 4B1DA 4J0VA 2B7ZA 3OTYA 1HXWA 4Y4TA 1F34A 2WF0A 3UDMA 2WF2A 5P5SA 4Y53A 5P2XA 1U8GA 2A1EA 1B11A 5P49A 1AJXA 4OBZA 5OZSA 5P7VA 2V11C 4Y57A 5P7DA 1APWE 1MPPA 5DQ2A 4CPTA 5P8FA 2P3BB 1KJ4A 5P3QA 4I8ZA 4YD6A 5OZJA 2G27A 4HDBA 3O9CA 1AAQA 5P8KA 2AOFA 1LYAA 3GI4A 5P89A 3PM4A 5P42A 5OZ3A 5P41A 1D4JA 5P2CA 3LPKA 1WBMA 5OZ7A 3T7QA 5OZAA 4DJOA 2J9KA 1YTIA 2NR6A 2QCIA 3PWWA 3K4VC 4J1EA 4M8XA 2OHQA 3FKTA 4EWOA 1E81E 4DQEA 1NH0A 3QPJA 1ZTZA 2AVVA 4B00A 1DIFA 3LIQA 5P81A 1PROA 2G21A 4YD4A 2VIJA 3FX5A 5P0FA 1YTJA 4IVTA 1BDQA 5P16A 3OUCA 5P2AA 3SA5A 5P0VA 5P4NA 7HVPA 5HDZA 5J25A 3NU9A 3MSKA 4X2LA 2OAHA 2BPWA 5P05A 4LC7A 3LPJA 5P2JA 3PCZA 1IDBA 3G6ZA 3KM4A 3DK1A 5P7AA 2G26A 1QBRA 1GVTA 4FRSA 4RCDA 5P35A 5P84A 3PI0A 3BUGA 3TH9A 1LYBB 3PWMA 5P6HA 4DI2A 5P6FA 1LF2A 5P5JA 1ZPKA 1APTE 2ER6E 5P10A 1IZDA 3WZ7A 3UPJA 1T6EX 5IS4A 4I0IA 3NXNA 3UQUA 5DGUA 2G1YA 5AH7A 4BELA 1B6LA 2PYMA 3K4VA 4EQJA 4GJCA 5P5MA 4Q1YA 2QMPA 4YE3A 1B5FB 1EEDP 3O9FA 4CPRA 3DM6A 8HVPA 5OZVA 5P2FA 3NSHA 3RVIA 3BC4A 3NR6A 1JLDA 4YCYA 5P6BA 4LP9A 5OZKA 3NU6A 4FAFA 5P04A 5P0ZA 4PEPA 4Y3EA 3TNEA 3KT2A 1FQ8A 2FIVA 5P6KA 3ER5E 2ZDZA 5P4QA 5P5TA 1IBQA 2AODA 3KFSA 2XFIA 3OWNA 2XYEA 5HTZA 4Y4UA 2P4JA 2QMDA 5P8AA 3R0YA 5P3MA 5KQXA 3DV5A 1C70A 4K8SA 3EMYA 3L5CA 4Y41A 2QI1A 5AH6A 4Y56A 3SPKA 5P22A 3HAWA 4GJ5A 5P4CA 3IN4A 1OEWA 4H3JA 1EAGA 4TVHA 4A4QA 5P63A 1EPME 2XFJA 1MRWA 4PPHA 4Y48A 1KJ7A 5P28A 5CONA 1YTHA 5P7SA 5P8SA 5OZBA 3VEUA 2BPYA 2QAKA 2MIPA 1QBSA 3OHFA 1E5OE 2FDDA 4FGXA 5P4JA 5P76A 5OZRA 3U71A 3UDPA 4Y5GA 3GI5A 5JFUA 1A9MA 1ZAPA 4F75A 4AA8A 4OBZB 1BXQA 1PSAA 2F80A 4YD7A 5P4RA 3RSXA 5P4BA 4KE1A 3D91A 3ZL7A 5OZLA 4R95A 3SM1A 5P5RA 5P1HA 3UDQA 5HCTA 5P69A 3M9FA 5P1RA 3VYFA 3ST5A 4LXAA 3OXXA 5P43A 5P2RA 1LYAB 1HTGA 2IDWA 5P1IA 3HDKA 1Z1HA 3RTMA 4CPSA 2WECA 2ZHVA 1A8GA 1RV7A 3GGUA 1AVFA 4RYGA 2I4QA 4NJTA 1B6KA 2OHPA 3PSUA 1HTRB 5ENKA 5P1YA 3QP0A 2O4SA 1MTRA 5P8MA 5P17A 3GGXA 4I8WA 4EP3A 2G1SA 5P4UA 5P7IA 3NU3A 1MERA 2O4KA 1CZIE 1D4KA 3UDJA 6UPJA 4Y4XA 2WF3A 4XX4A 2AVMA 5P5XA 4YBFA 2VA5A 4Y54A 3CYWA 3LIXA 5P7ZA 2IRZA 4Y5AA 1HIHA 2P3DA 2QNPA 4YOAA 1PPME 3NYGA 5IE1A 2AOEA 2AZ8A 1HSIA 3UFNA 4EYRA 5P0RA 5DQ1A 2QI3A 4GB2A 3ER3E 1HSHA 5TOLA 4FM6A 3GI6A 4Y5NA 4I0GA 3ZKNA 5P1WA 2ZJHA 5P47A 5P7XA 2AOGA 4QLHA 2QK5A 1OHRA 1EPQE 5P5KA 5P5ZA 5P8PA 3WSJA 1QRPE 1ZJ7A 5UPJA 3SABA 2FDPA 3Q5HA 3KDCA 1GNMA 2B7FA 1SH9A 1K1TA 2AOCA 5KR2A 1BIMA 1TW7A 5P39A 4ER2E 1W6IA 1K6TA 3IAWA 2QD6A 2PSVA 1EBZA 2VA6A 4LBTA 1ENTE 1ER8E 1UH9A 2FDEA 3BVAA 3L58A 4JP9A 5P4XA 3I6OA 1GVUA 5P38A 1MTBA 4J1CA 2NXMA 5P5NA 3D1XA 2PSGA 2IKOA 5P7OA 4K4QA 4BFDA 3VYDA 4Y47A 1BILA 1YX9A 4Y3XA 5P67A 4B1EA 4LXKA 3Q6YA 2QHZA 3DOXA 5DR4A 1D4YA 1ZBGA 3EC0A 1EC1A 5OZTA 5HVPA 3MSLA 2QZLA 5P0CA 1UH8A 4RCFA 5P6YA 3I8WA 1M4HA 4TRZA 1FMXA 5P86A 3S8IA 5P13A 4ZSQA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WL0 A;  4EQ0 A;  1LZQ A;  5P64 A;  1E82 E;  5OZG A;  2IQG A;  3OUB A;  3LHG A;  3TL9 A;  4Y5E A;  2WED A;  3NWX A;  4DQC A;  1GNN A;  3S2O A;  3LZU A;  2QI7 A;  3HD8 A;  3EBZ A;  3BGB A;  3O9L A;  2FMB A;  1SDT A;  5P1K A;  5KR1 A;  1LYW A;  4J17 A;  3EM3 A;  3OQ7 A;  2V10 C;  3EL1 A;  5P4E A;  5P4H A;  4RCE A;  3BXR A;  5P4S A;  3S85 A;  5OYU A;  1T7I A;  2VJ9 A;  3OY4 A;  1EPN E;  5P08 A;  2F81 A;  3UHL A;  5P0J A;  5P29 A;  2UPJ A;  3KDD A;  2OHU A;  2FXE A;  3K5F A;  2OHT A;  2P3C A;  3BXS A;  2HC0 A;  3S7M A;  3GI0 A;  3U7S A;  1RNE A;  1APU E;  4Q1N A;  1BAI A;  2G94 A;  3NDT A;  2QNQ A;  4GJ6 A;  4EJK A;  5P3E A;  5ER1 E;  3OAG B;  5P2V A;  3NU4 A;  2HPF A;  5OZC A;  1HWR A;  3OAD B;  4PZW A;  4DPI A;  5P4Z A;  4MC6 A;  1HVC A;  2QP8 A;  4Y50 A;  1K2B A;  5P0S A;  3OGQ A;  3I25 A;  3LZY A;  4J1I A;  1D4H A;  4RVJ A;  5P8O A;  5I3W A;  2ANL A;  3WZ6 A;  1W5Y A;  2AQU A;  5P34 A;  1IZI A;  2ZYE A;  4U7V A;  5P53 A;  3N4L A;  5OYW A;  5P3I A;  2VIE A;  2ZHR A;  6APR E;  4J54 A;  3TLH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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