5P7XA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 330
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7xA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p7xA01
2ZJNA 5P4UA 4Y3SA 3TOHA 3URIA 3QVCA 5P6KA 5P78A 2AZ9A 3TNEA 3FKTA 1JLDA 3QRSA 2VA5A 3OU3A 1EC2A 1Z8CA 1TSQA 3BHEA 5P7PA 2WEAA 5P8HA 4Y3GA 5P5KA 5OYWA 3LITA 4RRSA 3NLSA 5P37A 3O9BA 4J1CA 5P2QA 4S1GA 3TPLA 4U7QA 5P6DA 5OZ2A 3O9CA 2F80A 3T7QA 5SXNA 4WY1A 5P5CA 5P5AA 4APRE 2O40A 1FQ8A 5P2UA 5P5NA 1MSNA 2ANLA 4CPQA 4L7JA 5OZ8A 3NR6A 2HM1A 4OBZA 3LZYA 3VFAA 5EZZA 4A6CA 1NH0A 3HZCA 1EPNE 2R3TA 3Q5HA 5P59A 1QBUA 5JODA 5P6NA 3B7VA 2ZGAA 1A9MA 1QBTA 3T11A 4X2LA 3UDQA 1AZ5A 4WY6A 2B8LA 4LXKA 4WTUA 4Y4AA 3N3IA 1E5OE 2B8VA 1HEGE 3OOTA 3OXVA 5P55A 4K4QA 4NJTA 2Q3KA 2ER0E 1BILA 2BJUA 4GIDA 5P7VA 3IVHA 4XXSA 4B00A 3NYGA 4FE6A 1AVFA 1HPVA 3QP0A 1SDUA 5P41A 1OHRA 2G21A 4HEGA 5TOLA 1C6YA 2V16C 1EPOE 3EXOA 4M8XA 5P1XA 1EPLE 5P8OA 5C9FA 3O9LB 2RENA 4Q1YA 1HIHA 3KMYA 4GYEA 3DCKA 3M9FA 5P0VA 5P1ZA 4Y4XA 1GNNA 1EBKC 5DGWA 1NPVA 5P40A 4Y5PA 1AJXA 5IE1A 4Y37A 2G69A 3UDHA 3HAUA 5P38A 4JOOA 3WZ8A 3TOGA 3SQFA 5P70A 5T4SA 3UDJA 4DQCA 4YDGA 5BWYA 5P7YA 3CYWA 3LIQA 5P32A 2AOIA 5OYTA 5KQFA 1KJFA 5P3FA 5P46A 5HU1A 3IN4A 3IXKA 4DFGA 5P1MA 4I11A 5P47A 8HVPA 1OEWA 5P80A 4CKUA 3EKYA 2AOFA 2VNNA 3EKWA 3NDTA 4TVHA 1XE6A 5P7WA 5P64A 3KFNA 1T7JA 1MUIA 3DOXA 1W5WA 2IRZA 1BBSA 1HVSA 4CMSA 2Q15A 3I8WA 4D83A 5P2YA 2V11C 4Y4JA 1IVPA 4PEPA 5DGUA 4DQGA 3GI6A 1CZIE 5P4AA 5DR7A 3LNKA 3EM3A 1UH8A 5P8JA 3FV3A 3JW2A 5P2AA 1MPPA 3HAWA 3TH9A 3OGQA 5P1VA 1VIJA 1UH7A 4Y3HA 3OUAA 5E5KA 5OZVA 5IVQA 2F3FA 5P6EA 4I0GA 5COKA 3S85A 3PMUA 5P7MA 2JJJA 5OZRA 2V13A 2BPVA 2QNQA 4A4QA 3G72A 2IGYA 4DJXA 1FG8C 1APWE 2XYFA 4Y36A 2XFJA 5OZWA 2NXMA 5ENKA 4DQBA 4Z4XA 5P68A 5P8QA 5HD0A 1XL2A 3UDMA 5P5FA 5OZSA 1E82E 3I25A 1YTHA 5HTZA 3ZKNA 5CLMA 4CPUA 1B11A 5OZGA 3URLA 4I0IA 1HXWA 2JE4A 4FCOA 1D4KA 5P7IA 2WF3A 5P1SA 1FF0C 5P0PA 3GI4A 3D1YA 4HVPA 5P8IA 5P16A 2QD6A 2AODA 3CKTA 5P8GA 3NU5A 4K8SA 4YDFA 1GNOA 5P5ZA 5P5MA 2ZE1A 5OYVA 4JPCA 3UQRA 2P8HA 5P3SA 3HD8A 4Y4BA 4RRNA 1FKNA 4B1DA 1B6KA 3AUPA 5OZ1A 4FL8A 4BELA 4I8ZA 5J25A 3OUDB 1EC1A 3QN8A 3ZKXA 5P67A 5APRE 4J0YA 3QRMA 2I4VA 6UPJA 2CENA 3OQFA 5P15A 5P5VA 2OF0A 3CYXA 1ZLFA 1TQFA 3G70A 4Y4WA 5P6MA 5COPA 5KAOA 1HOSA 5ER1E 5P6OA 2OAHA 1J71A 2APRA 1FQ6A 3ZL7A 5P52A 2QZXA 2IL2A 2P4JA 5P5XA 5P7RA 3D20A 3L58A 2FDDA 5IVTA 3FSMA 5P29A 3BC4A 1EAGA 4F73A 4J1KA 1VIKA 4YOBA 1AM5A 5ENMA 4FRJA 4J1EA 4GJ7A 2VIEA 4EP3A 5I3VA 1QBRA 5P1DA 4J54A 3OUBA 1XL5A 4I0FA 1EC0A 2VA7A 3ZLQA 3PI0A 4B1EA 2I4UA 3O9DA 4CPWA 2AOHA 3QS1A 4B05A 3I6OA 4GJ9A 5P7SA 1MIQA 5P45A 4EPJA 4LP9A 5P2ZA 2I1AA 3IXOA 2B7FA 3BXSA 2QI1A 3Q6YA 5P7EA 5P6TA 3DCRA 5AHBA 3SM1A 4RLDA 4BFDA 4JPEA 2A1EA 4EQ0A 5P2MA 4HZTA 4NJVA 2PC0A 5P2SA 3VLBA 4B0QA 3TOFA 4OBGA 3KA2A 2HB2A 4Y45A 3S54A 3UTLA 5P36A 1IZHA 2OHPA 4QJ6A 1K2CA 1EBZA 4Y4UA 5P1IA 5P4NA 5AGZA 1M0BA 5OZYA 5OZIA 5P2IA 5SY3A 2OHSA 3ZKMA 3O9IA 2WF4A 4J0TA 1OD1A 3VSWA 4DJWA 1FQXA 5KQXA 1XDHA 4U7VA 3R4BA 3OHFA 2V0ZC 3S45A 4AA8A 3LZVA 4Y47A 4YBFA 1APUE 1TCWA 2HPFA 3EKPA 4DPIA 2OHRA 4H3JA 5P0RA 3S8IA 4MC9A 4Y5EA 1LF2A 1OEXA 5DQ4A 2ZJIA 4Y3XA 5P73A 3EL1A 1HVRA 3EL9A 1K6TA 5P7GA 2WEBA 4Y3TA 3NU4A 1EPPE 4Y4ZA 2FDEA 2FNSA 1HVCA 2HPEA 1IZDA 1F34A 4MC2A 5F01A 3EL4A 3WZ7A 4KB9A 1GVXA 4U8WA 2HS2A 4H3GA 5P7ZA 4XX3A 1IDBA 2G1NA 4GJBA 4YCKA 4F76A 1PROA 3BVBA 3LZSA 4PHVA 3Q4BA 3UDPA 4D85A 1BVEA 2AVVA 5P8PA 4PPHA 4Y3AA 4Q1XA 3APPA 2WHHA 1D4JA 1FMBA 1PPKE 3FX5A 4JP9A 3SABA 2AOJA 3VYDA 2QI6A 2O4LA 1SMRA 5P1EA 4YOAA 3PCWA 5OZEA 2ZJJA 1FB7A 4H3IA 1BXOA 3D1XA 5P2BA 4GJAA 2Q55A 4GJ6A 5P8TA 2QMDA 3KFSA 3TPJA 5P6GA 5P1NA 2O4KA 5P34A 5P4SA 4J0VA 5P0EA 4K9HA 5OZFA 1SDVA 1D4HA 1LEEA 2PSUA 3PGIA 4OD9B 4I8WA 4EWOA 3TPRA 2OHQA 4EXGA 1FEJC 2PSVA 3KFRA 2RSPA 3QBHA 5P1KA 4YHQA 1HVLA 3MSJA 5SZ9A 2FMBA 5BS4A 2QD7A 2VIJA 4Q5MA 5P6XA 2P83A 5P86A 1MTBA 4EJ8A 4ER2E 3NWXA 2I4DA 1TCXA 3UCBA 4RVJA 2HAHA 5P3QA 3GGXA 3R0YA 2PWCA 3ZPUA 5P54A 3OU1B 1MTRA 2NMYA 3D3TA 5P48A 3L5CA 3SA4A 3EL0A 4DJUA 3VFBA 4GJ5A 5P6YA 5P2NA 4Y5GA 1FIVA 5P4OA 5P5UA 4Y57A 5HE7A 4APEA 4DJPA 2V00A 1CPIA 3LZUA 2FNTA 1E80E 5P30A 5P6JA 5P8MA 4YD3A 3WZ6A 1PSNA 1ODWA 4RGHA 4KUPA 5AH7A 5HU0A 3LHGA 3GGVA 2UPJA 4YE3A 5AH8A 4YD5A 5P3LA 1HEFE 4QJ8A 1APTE 4Y4TA 5P22A 5P0TA 3PVKA 1EC3A 1LYAB 2NNPA 2R38A 3LINA 6FIVA 3O9LA 3Q3TA 1K1UA 2QK5A 2SAMA 5P4FA 4ZSMA 4ZSQA 2BPYA 5P0XA 4COEA 4EQJA 1GNMA 1MESA 2NMZA 3G6ZA 5OZJA 4Z2ZA 1ZSRA 2VJ9A 3AIDA 4QGIA 5JFPA 3PWMA 4RCFA 5P7BA 2R9BA 3UFLA 3S53A 4FIVA 3NU9A 5HDUA 2QI0A 2MIPA 3S43B 5P2JA 1W5YA 4FAFA 5P0YA 2PMAA 5P8EA 5HCOA 5P3HA 2VA6A 1YX9A 4FRIA 5P4VA 2OHLA 3KMXA 3UQWA 4FSLA 5P27A 1F7AA 1ZPKA 3PLLA 1T6GA 3SKFA 5P7OA 2Q64A 3VF7A 5P01A 5P1PA 2G27A 3IGBA 3OTSA 4CPXA 4ZEAA 5P75A 2BKSA 3ZPTA 3NDWA 5DQCA 5OZ9A 4ZPFA 1G0VA 2P3CA 5P24A 2R43A 4E43A 3ZKGA 2I4WA 5P69A 4D8CA 4Y3NA 4I12A 3GI0A 5P04A 4EHCA 1KZKA 5P8FA 3DV5A 5DPZA 3INHA 5P08A 4ZSRA 2IS0A 2XFKA 5P5EA 3PM4A 5IVRA 2VNMA 5OZNA 3ZKIA 3LIZA 3OY4A 2V10C 2QI3A 2BQVA 3K4VA 1PSOE 3IAWA 3CMSA 2G1YA 5OZOA 3UDKA 3C9XA 1EPRE 1EPQE 4PZXA 1UPJA 1IZIA 4A6BA 5P49A 1MRXA 5C9DA 4AA9A 4Y3QA 5P14A 3SLZA 4YCYA 3RTMA 5P09A 4QLHA 2IGXA 3HVGA 5P3MA 1ZPAA 3OGPA 4J1IA 4NJSA 5P3IA 3UPJA 4JECA 4LAPA 2QZKA 5OZ0A 3ER3E 2G20A 2AZBA 1E81E 5HDVA 3OK9A 5P3XA 2ZHRA 5JFUA 2QU2A 3OHHA 1NSOA 3SAAA 4KE0A 2ZJLA 5P7XA 4MC1A 2F3EA 3OUDA 2AIDA 3U71A 5P56A 5P5IA 3EM4A 2A4FA 1GVUA 4RVIA 4FRKA 4CPRA 3BXRA 3SA7A 1LYBB 1RQ9A 2QP8A 4I0JA 5P2CA 1B5FA 4DJYA 3QI1A 3R2FA 2AQUA 3IN3A 5P31A 5P76A 3HW1A 4X7IA 3KDBA 5P7KA 3KYRA 5P7CA 5P4TA 3SFCA 3NU3A 4RYGA 5P3AA 1B6LA 2ZHUA 3CIBA 1ZBGA 4QJ7A 3MXDA 1FQ4A 4R5NA 4HDBA 4I0DA 6APRE 1FQ7A 3QRVA 3T6IA 5P1AA 5PEPA 3IXJA 3TKGA 5P51A 2R5QA 3OQAA 5P7DA 5P7FA 2VIZA 4HLAA 3CIDA 4HE9A 2NPHA 3GI5A 3GGAA 4I10A 4OC6B 5P3OA 3ZPSA 4I0ZA 1G35A 1WBKA 1NPWA 5KQYA 1QBSA 3RSXA 3LPKA 2G94A 1AJVA 5P1JA 3WB5A 3OQDA 5I70A 3JVWA 3VSXA 4B1CA 1RV7A 5DR3A 1B5FB 2ZJHA 1BXQA 2R3WA 3OAGB 4BEKA 5P6HA 3F9QA 2BPXA 3PSGA 5DR8A 1HSGA 3NDXA 1IVQA 2J9JA 4K4RA 5HCTA 3VV6A 4J1HA 1AXAA 4DVFA 2QCIA 5P2KA 5AHAA 1DW6C 3DM6A 2PH8A 2AVSA 3PI5A 5ISJA 1LV1A 5P02A 3L5BA 3WSJA 1U8GA 5P8NA 4HDPA 5UPJA 1YTJA 4TRZA 1QS8A 4Y51A 5OZ4A 5P0QA 1FFIC 5P33A 5P2DA 2AOEA 3VV8A 1WBMA 5P83A 1T6EX 3SA3A 2ZHTA 5P3CA 2QD8A 2NNKA 1W50A 5P65A 5P0BA 3SO9A 4OBJA 4I0EA 3ZKSA 2WF1A 3B80A 5OZXA 5AH6A 5KOSA 3PLDA 5P1GA 2FLEA 2J9JB 4Y3YA 5P71A 5P3KA 3URJA 4Y3PA 2QI5A 5P42A 1ZSFA 4I1CA 1BIMA 1MEUA 2NXLA 2ZHSA 1CMSA 2B7ZA 5P3BA 9HVPA 5P6UA 3I7EA 3VYEA 1ZTZA 5P0IA 2P3DA 5P5RA 3PRSA 4ZE6A 5OZCA 3U7SA 4DH6A 3H0BA 3CICA 5P0WA 5I3XA 1MVPA 3BGBA 5KQZA 3UFNA 5HE4A 2PYNA 1YM4A 5P4BA 5P3DA 3WB4A 1HTRB 5BRYA 1YTIA 1SP5A 4YA8A 3ZMGA 3LIXA 3K5DA 4Q1NA 1DMPA 1XN3A 4FRSA 1IIQA 2OHNA 2G1OA 5P8UA 4N00A 5P5JA 5P0CA 2QMFA 4I0HA 3PJ6A 2FIVA 2G1SA 1BDQA 4Y3LA 3PB5A 2BPWA 4KE1A 1C70A 3EM6A 5P23A 4Y48A 1ODXA 3TPPA 1DPJA 2ASIA 3UF3A 4DQFA 4Y56A 2BKTA 1BVGA 3OOZA 1Z1HA 1XS7D 3FNUA 1D4LA 5P0DA 3D1ZA 5P6FA 4Y3WA 4QJ2A 1IZEA 4OD9A 5OZ3A 4Y5CA 5ER2E 2HB3A 1FQ5A 5P39A 5OZMA 5OYZA 1GKTA 3PWWA 1SMEA 3EBZA 2JYSA 3SA8A 5ISKA 2WEZA 4OBFA 5OZDA 3BUFA 3S2OA 5E5JA 5P4HA 1LYWA 3TL9A 5P6IA 3EKQA 3OU1A 3OU4B 3K1WA 5DQ1A 5P4RA 2V12C 1W5XA 1SIVA 3SACA 3HVPA 5P79A 5P1QA 2OHKA 5CONA 5I3YA 4B78A 5P6ZA 2OHTA 4R95A 2FDPA 4IVTA 4ER1E 3EKVA 5OZAA 5P2VA 5OZHA 3O9AA 5P2HA 4L7GA 5P8BA 5EZXA 4Y5KA 4XX4A 4Y44A 3TKWA 1K2BA 1ME6A 2AOCA 3SA9A 3Q70A 5P2WA 5P4DA 3K5GA 1TZSA 5P20A 5P5GA 2PSGA 1HIVA 4CPTA 4Y5MA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZJN A;  5P4U A;  4Y3S A;  3TOH A;  3URI A;  3QVC A;  5P6K A;  5P78 A;  2AZ9 A;  3TNE A;  3FKT A;  1JLD A;  3QRS A;  2VA5 A;  3OU3 A;  1EC2 A;  1Z8C A;  1TSQ A;  3BHE A;  5P7P A;  2WEA A;  5P8H A;  4Y3G A;  5P5K A;  5OYW A;  3LIT A;  4RRS A;  3NLS A;  5P37 A;  3O9B A;  4J1C A;  5P2Q A;  4S1G A;  3TPL A;  4U7Q A;  5P6D A;  5OZ2 A;  3O9C A;  2F80 A;  3T7Q A;  5SXN A;  4WY1 A;  5P5C A;  5P5A A;  4APR E;  2O40 A;  1FQ8 A;  5P2U A;  5P5N A;  1MSN A;  2ANL A;  4CPQ A;  4L7J A;  5OZ8 A;  3NR6 A;  2HM1 A;  4OBZ A;  3LZY A;  3VFA A;  5EZZ A;  4A6C A;  1NH0 A;  3HZC A;  1EPN E;  2R3T A;  3Q5H A;  5P59 A;  1QBU A;  5JOD A;  5P6N A;  3B7V A;  2ZGA A;  1A9M A;  1QBT A;  3T11 A;  4X2L A;  3UDQ A;  1AZ5 A;  4WY6 A;  2B8L A;  4LXK A;  4WTU A;  4Y4A A;  3N3I A;  1E5O E;  2B8V A;  1HEG E;  3OOT A;  3OXV A;  5P55 A;  4K4Q A;  4NJT A;  2Q3K A;  2ER0 E;  1BIL A;  2BJU A;  4GID A;  5P7V A;  3IVH A;  4XXS A;  4B00 A;  3NYG A;  4FE6 A;  1AVF A;  1HPV A;  3QP0 A;  1SDU A;  5P41 A;  1OHR A;  2G21 A;  4HEG A;  5TOL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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