5P81A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 334
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p81A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p81A01
3EC0A 2P3CA 5HDVA 4Y39A 3OU3A 3PHVA 4DJQA 4OBGA 5P7AA 4HLAA 4DJWA 1M43A 1LF4A 4B00A 1B6PA 2IGXA 1EBZA 2Q64A 3S43A 4DH6A 2ZHUA 5P50A 3DV5A 5P0VA 1HVKA 4Y5PA 3EM6A 3MSKA 5SZ9A 1EC2A 3OGQA 5P1YA 1EPOE 2AVVA 4FRIA 5P1OA 1XS7D 3OQDA 4J1FA 1IVPA 2JJJA 2AOIA 5P7VA 5P52A 4NJVA 4ACUA 5AHAA 5AH6A 2P4JA 4FIVA 5OZDA 2V12C 4OBZA 4YOBA 1FB7A 1HSGA 1PPKE 5P7LA 3JW2A 4X2LA 5P19A 5AH8A 1G2KA 5P5KA 1YTGA 2O4NA 4I0FA 4I0DA 5OZKA 3UFNA 4RCDA 5ER1E 1HEFE 4U8WA 1FIVA 5P5JA 4RRNA 1ZTZA 1ZJ7A 1EC3A 2UY0A 1EC1A 1YTJA 1A8KA 4Y57A 3K1WA 3PBDA 3H5BA 5P2VA 1UH8A 1W5WA 5P49A 2NMZA 4Y5EA 5P20A 3T7XA 2AOFA 1MESA 4Y37A 1QRPE 3URLA 5P2KA 4EJDA 4GJAA 4RRSA 2AZBA 1EPME 4FAFA 3SA3A 5P3GA 1K6VA 5P5GA 2CENA 5P5MA 3R0WA 2P8HA 3DK1A 2VKMA 3CIBA 5P59A 4EHCA 2I4VA 3UPJA 4CPWA 5P85A 4YDFA 2APRA 5DR0A 3QBHA 1LYAA 5J25A 1HRNA 5P4EA 4I1CA 5KR0A 3OY4A 3PSYA 3SA8A 5OZMA 1C6YA 3CKPA 3I8WA 3KMYA 5P0CA 4CPSA 5P0LA 4J55A 1HXBA 5P1IA 4ER1E 5P7ZA 4CPQA 1D4IA 2F80A 4I8ZA 3HVGA 1MTBA 3UF3A 3SPKA 2OF0A 3UHLA 4QGIA 1AIDA 1E81E 3SQFA 4I0GA 3UDHA 4Q1XA 4OC6B 4L7HA 5P8RA 5P27A 4IVSA 3OU4B 3UDNA 2J9JA 5SXNA 5P7FA 5OZFA 3IXKA 3S85A 2Q55A 3EL5A 5IVRA 4D83A 3UQRA 2G1NA 1FQ8A 5P7IA 2G1RA 4X7IA 1MRWA 3S45A 1GVWA 1FLHA 2AODA 4ZSRA 1D4LA 5OYSA 3OXXA 2BPZA 3KDBA 3PGIA 4U7QA 4FRKA 4Y35A 2PQZA 3INDA 5P24A 2ZJKA 1QS8A 3ZPSA 5KQFA 3LPIA 1J71A 5P3DA 5P12A 4DJVA 5COKA 5P0YA 5P35A 5P84A 3T6IA 5P8CA 5OZIA 3APRE 4F75A 4DV9A 5DGWA 2VJ6A 4PPHA 2QHZA 2XFKA 2QNNA 5P1LA 1GNNA 5P3MA 5OZJA 5P1AA 2AOGA 2QD8A 4Y4UA 4Y5MA 4Y5GA 3UQUA 1AXAA 2Q54A 4Y3SA 3TKGA 1ODXA 2ZJMA 5P0FA 4LBTA 2VNMA 3PSUA 3NSHA 3KFNA 4GJCA 4Y3LA 4HA5A 4LXKA 2ZHRA 5P7QA 3EL1A 4LHHA 3O9DA 4DVFA 3SFCA 5P8LA 5P4SA 5P2GA 4GJ8A 4JPCA 4B1CA 5P5ZA 1SGZA 5P2SA 5P8OA 2I4UA 3KM4A 1NPAA 4HE9A 2AVMA 2G26A 2AOJA 5P5LA 1IVQA 3VYFA 2ZJJA 3D1XA 3KT2A 5P7DA 4YOAA 5P4BA 3B7VA 1BVGA 3G70A 1ODYA 5OYXA 4L6BA 5P6TA 1SBGA 2Q15A 4ZPFA 5UPJA 5ENKA 5OZWA 3I6OA 4FM6A 4FCOA 2WJOA 5P2JA 1TSQA 5P0XA 4J1IA 5P33A 5P11A 5P6YA 3EKYA 3OOZA 3QPJA 1KJ4A 3NU4A 4YBFA 4J0VA 5P77A 5P69A 4I0JA 3TLHA 5P8NA 4J0TA 2OHTA 1TW7A 4RGHA 5P4FA 4RZ1A 5P1RA 5P18A 5P5WA 5P5FA 5P2WA 1HSHA 1MVPA 3SA5A 3TNEA 5P5NA 5P14A 2UXZA 4FM8A 2P83A 4H3GA 1BXOA 5P0MA 3PWWA 5COOA 5P61A 4R95A 4Y3JA 5P28A 2FNTA 3KYRA 4PZWA 1MT7A 5P79A 3ZKQA 1QBRA 1XE5A 3DJKA 2RKGA 5P6CA 5P1KA 3L59A 5DR8A 5P43A 5C9FA 1HXWA 2QMPA 4Y4ZA 5P08A 2BPYA 5SY2A 5P1QA 5I70A 3ZKNA 2AVOA 4CMSA 2BPVA 1KZKA 1MSMA 5P1BA 5P8KA 3TKWA 4J0YA 1YX9A 5P5UA 1DPJA 1PSNA 3SLZA 1D4KA 1FQ6A 3FIVA 1MERA 1C6ZA 1UPJA 5P83A 3VYDA 3RSXA 2PSGA 3UQWA 1BAIA 4CP7A 3HZCA 5DR4A 4A6CA 4Q5MA 2PWCA 4F74A 4DFGA 3UTLA 1KJHA 2FGUA 4NKKA 3S53A 2G20A 5P6MA 3QRSA 4NPUA 3SACA 3IVHA 2VA7A 2O40A 4CPXA 1HTEA 3KFSA 4ZE6A 5P5EA 5P6AA 4ZPEA 3QAAA 5P8TA 3B80A 2OAHA 3SO9A 3RU1A 1SMEA 5OZ7A 4FGXA 5P7KA 2QI1A 4Y3TA 4Y5AA 4WTUA 4AA9A 4Y9WA 1MEUA 3NYGA 1B5FA 4YHQA 5P0WA 4WY6A 5P6JA 3D1YA 2B8LA 3IGBA 4I0EA 5P3SA 3N3IA 4QLHA 3HLOA 5P7WA 1TCWA 3D91A 5P0EA 2G24A 5P4HA 5P04A 1GNOA 1AVFA 1KJGA 1T6GA 3BVBA 5P2RA 1ZBGA 3IXOA 3ZKXA 2QHCA 3S7LA 1W5VA 5P10A 5P6WA 3VFBA 1LEEA 3T11A 5P8DA 2A1EA 4RLDA 5ISJA 2J9KA 3LHGA 4Y44A 5P6XA 1FMUA 3ZKMA 2V11C 3PJ6A 1ODWA 4DUSA 3NUOA 5P8IA 3I25A 5P3NA 3H0BA 2RKFA 2NNPA 3M9FA 4OBFA 2O4KA 4RCFA 5DR7A 3BVAA 3OU1B 1D4YA 5P2IA 1A94A 5P0AA 1FF0C 5OZNA 5HDXA 5P13A 3N4LA 1W50A 1PFZA 2Q63A 2RMPA 4I0ZA 3OHHA 5IE1A 3OAGA 3VF7A 3PLLA 5OZOA 1K2CA 5P6DA 5ER2E 5OZHA 4YCTA 1XL2A 2V16C 1W5XA 5KR2A 4EJ8A 4CPRA 1XE6A 3ZL7A 1F34A 4LC7A 4DJUA 2FGVA 4ZSPA 3S56A 2PK5A 5P6KA 5P8SA 5P3ZA 5E5JA 4L7JA 1HPOA 2IDWA 2BKSA 5P2MA 4AUCA 5JODA 5P01A 1MPPA 5DQ5A 4NPTA 4Y5CA 4DQHA 4Y4JA 3URJA 5DQ4A 4H1EA 1ZAPA 3K5CA 1T3RA 3TPRA 2FMBA 3GI6A 5P4PA 4AA8A 5IS4A 1FQXA 1CPIA 5OZAA 2P3DA 1U8GA 1XN3A 2VIJA 1K6PA 3O9IA 3SKGA 4Y3MA 1HIVA 5OYYA 4QJ7A 2I0DA 4IVTA 4Y3WA 5P8GA 4HDFA 1FQ4A 1SGUA 3CMSA 4I10A 2FXEA 1G6LA 3OQKA 5P6QA 5OYVA 4LL3A 3LIQA 3TPPA 4Y53A 3PVKA 1ER8E 2QMDA 3VLBA 2VS2A 5P5IA 3L5FA 3L5BA 4APEA 1SH9A 3LZUA 1IZDA 1EEDP 4FE6A 2QI5A 5HE7A 5F00A 2ZE1A 4B1EA 4DJXA 5OYTA 4F73A 1DIFA 5P6RA 4JPEA 6APRE 2WEBA 2UPJA 4Z2ZA 4NJUA 5P86A 3WB4A 5P2AA 3MXEA 2NTRA 2FS4A 1D4SA 3BUFA 3CKTA 2NXMA 1WBKA 3LINA 3OADA 2HC0A 1BV9A 1APUE 3TTPA 2QZLA 3VFAA 1K2BA 1IZHA 1ZPKA 2WF4A 2FDDA 3ZPUA 4BFBA 4Y3RA 4OBZB 4XX4A 3URIA 3LITA 3IXJA 1MSNA 2AOCA 3D3TA 3L5CA 4DI2A 3O9LB 4ZSQA 1D4JA 2BPXA 5P3XA 5P0NA 5P6GA 4ZEAA 4Z50A 5C9BA 3PCZA 4GMIA 3OTSA 1Z1HA 3NDUA 6FIVA 4Y48A 4BEKA 3GW5A 5P56A 5P7OA 4Y5LA 3FNSA 3OQ7A 5SY3A 4YD6A 1GVTA 5P0JA 4HDPA 5PEPA 6UPJA 1EPNE 4Y36A 1Z8CA 1IZEA 3VV7A 2HS1A 2F3EA 5HCOA 2BJUA 4Y3XA 4MC1A 5P2UA 5ENMA 2QMGA 1HTGA 2I0AA 2R3WA 2OHPA 1AAQA 3OUDB 4M8XA 1IBQA 5P42A 2VNNA 4YCYA 3TH9A 1VIJA 4Y41A 1AZ5A 2NMYA 2OHUA 4Y56A 3OXWA 2ZHSA 4L7GA 1GVXA 3FSMA 4Q1NA 1YM4A 2ER6E 5KR8A 2ZDZA 4JP9A 3L58A 3K5GA 1QDMA 2R38A 4FSEA 4KE0A 3OUBA 3NU6A 1LYAB 5P6PA 4KUPA 4JOOA 3O9CA 3TL9A 3EMYA 3QRMA 1E80E 2QI0A 4NJSA 3HDKA 5P6LA 5P5RA 4DQCA 4K9HA 3K5DA 4RCEA 5OZ3A 4GJ5A 4LAPA 4Y45A 5P3LA 2OHSA 4Y4XA 5P0OA 4EQJA 1MIQA 5P8BA 5APRE 2P3BB 3O9FA 5P3EA 2ER9E 1W6IA 3QN8A 3PWRA 2G1SA 1A30A 5P31A 2NR6A 3OU4A 3NWXA 3PMYA 5P4JA 2BBBA 4I12A 1YT9A 1LS5A 4J0PA 2J9JB 2XFIA 3FX5A 2RENA 3KMXA 5JFPA 3QROA 4FLGA 5AGZA 3T7PA 2O4SA 3SA6A 3IN4A 5DR3A 4M8YA 5P4CA 3K5FA 1HPSA 3PLDA 5P2TA 4MC2A 4BELA 5OZYA 4DPFA 4EXHA 5P0KA 1EBYA 3U7SA 2O4PA 5OYUA 1T6EX 5KOQA 2PYMA 5P7BA 3TPLA 4WY1A 4GJ6A 5P1NA 2RSPA 3NXNA 2BB9A 3OXVA 5P4IA 3EKQA 3EKTA 1RL8A 2IKUA 2MIPA 3ER3E 2FDEA 4Y3PA 5P3FA 3NDWA 2F3FA 1A8GA 1IDBA 3KDDA 4I11A 1EPPE 3T3CA 2VIYA 3GI5A 5P1SA 5CONA 3QP0A 4CPTA 3NXEA 5P8HA 2G21A 4YA8A 5P37A 4A4QA 4R93A 7HVPA 2H6SA 1B6MA 5E5KA 4Z22A 1LYBB 4OD9A 3D20A 1UH9A 2QNQA 3OQFA 5HVPA 4Y38A 3BGBA 3EKVA 1CMSA 5P4GA 1TZSA 5P4AA 3DOXA 3HW1A 5P4WA 5P3WA 3EXOA 3LZSA 5OZLA 4GJ9A 5P8EA 3PBZA 1EPRE 5P60A 5AHBA 4Y3DA 3ST5A 1T7KA 1HTFA 3VV6A 4EJKA 5P4VA 3D1ZA 1NPVA 4NJTA 3LZVA 1K1UA 3ER5E 5P3QA 4B77A 5P0BA 3HBOA 1ZP8A 3QVIA 1HVIA 1W51A 1PROA 5P5AA 5P3BA 1HHPA 3I2LA 4DQEA 5C9DA 5P30A 5P3IA 5P6NA 2A4FA 3ZPTA 4QJAA 1PPME 5OYWA 5P7XA 3SM2A 3QBFA 5BS4A 1VIKA 2WEZA 5OZCA 4ZPGA 5P7HA 3RTNA 5P7SA 3F9QA 2R43A 2R9BA 2G1OA 3PEPA 4QJ9A 3K4VC 3IN3A 2QI3A 4Y3FA 2G27A 5P7JA 5P4OA 1FFFC 3EBZA 1SDTA 4LP9A 1HPXA 4ZLSA 3VF3A 3R1GB 5HDZA 3BGCA 5P4XA 4U7VA 5P29A 1SP5A 5P2CA 1ENTE 2WKZA 4Y5BA 5P6FA 5OZBA 5P40A 2B7FA 1F7AA 1DP5A 4ER4E 2QHYA 5P1FA 5P70A 1PPLE 1FQ7A 4LXMA 3R2FA 1FMBA 2V0ZC 4BFDA 2VA5A 4D8CA 3VF5A 4E43A 5HE4A 4YD5A 7UPJA 5AHCA 4I8WA 3G6ZA 1TQFA 3GGUA 2PSVA 3EL4A 1FG8C 3OXCA 4YD7A 4YD4A 5P66A 5P5CA 5HU1A 5P72A 5P48A 4A6BA 5P2NA 3UDPA 4AMTA 4N00A 5P0IA 5P4YA 5P5DA 5P6BA 3TOHA 3Q3TA 4R5NA 2HB2A 3NUJA 4HEGA 3WZ7A 4J0ZA 4J1HA 3IA9A 1B5FB 4D89A 1APTE 1FEJC 4Y4GA 5DR1A 1LYWA 4S1GA 2IEOA 2FXDA 2QMFA 4COEA 3INFA 5P1ZA 3BC4A 5P5XA 3LIXA 4GJDA 1BXQA 1ZPAA 3OQAA 1NH0A 5P53A 5P4NA 1LF3A 1B11A 1YTIA 5P6OA 1HVJA 3NDTA 5EZXA 5P15A 4AZYA 1SDVA 2I1AA 5P0PA 1K1TA 5P2ZA 2ZJNA 5P73A 3SABA 4DQGA 5P0GA 3ZOVA 2HAHA 5P7TA 1QBTA 5P1JA 1EBWA 3KFRA 1HTRB 3OU1A 2G69A 4HVPA 2AQUA 3L5DA 5P06A 5P1DA 2HPFA 2WEAA 3DCRA 5P0DA 5P4ZA 5P5VA 2ZHTA 1TSUA 2ANLA 1E5OE 5P02A 4OBDA 1AJVA 1W5YA 4RROA 3ZKSA 5P41A 1WBMA 4Y6MA 2I4QA 3QVCA 1FFIC 4QJ6A 1M0BA 5P07A 5P7YA 4Y3ZA 4RVXA 2JJIA 2PMAA 2PH8A 4OBHA 3WSJA 3UFLA 1JLDA 3SA7A 2SAMA 4RVIA 2Q11A 5P76A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3EC0 A;  2P3C A;  5HDV A;  4Y39 A;  3OU3 A;  3PHV A;  4DJQ A;  4OBG A;  5P7A A;  4HLA A;  4DJW A;  1M43 A;  1LF4 A;  4B00 A;  1B6P A;  2IGX A;  1EBZ A;  2Q64 A;  3S43 A;  4DH6 A;  2ZHU A;  5P50 A;  3DV5 A;  5P0V A;  1HVK A;  4Y5P A;  3EM6 A;  3MSK A;  5SZ9 A;  1EC2 A;  3OGQ A;  5P1Y A;  1EPO E;  2AVV A;  4FRI A;  5P1O A;  1XS7 D;  3OQD A;  4J1F A;  1IVP A;  2JJJ A;  2AOI A;  5P7V A;  5P52 A;  4NJV A;  4ACU A;  5AHA A;  5AH6 A;  2P4J A;  4FIV A;  5OZD A;  2V12 C;  4OBZ A;  4YOB A;  1FB7 A;  1HSG A;  1PPK E;  5P7L A;  3JW2 A;  4X2L A;  5P19 A;  5AH8 A;  1G2K A;  5P5K A;  1YTG A;  2O4N A;  4I0F A;  4I0D A;  5OZK A;  3UFN A;  4RCD A;  5ER1 E;  1HEF E;  4U8W A;  1FIV A;  5P5J A;  4RRN A;  1ZTZ A;  1ZJ7 A;  1EC3 A;  2UY0 A;  1EC1 A;  1YTJ A;  1A8K A;  4Y57 A;  3K1W A;  3PBD A;  3H5B A;  5P2V A;  1UH8 A;  1W5W A;  5P49 A;  2NMZ A;  4Y5E A;  5P20 A;  3T7X A;  2AOF A;  1MES A;  4Y37 A;  1QRP E;  3URL A;  5P2K A;  4EJD A;  4GJA A;  4RRS A;  2AZB A;  1EPM E;  4FAF A;  3SA3 A;  5P3G A;  1K6V A;  5P5G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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