5P82A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 335
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p82A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p82A01
1ZJ7A 4Y4GA 4Y3SA 4ZPFA 4MC9A 1SBGA 1A8GA 5P61A 3NU9A 1AJVA 1HTEA 4Y5KA 3TNEA 5SZ9A 4GJ7A 4R92A 4DQFA 5P4QA 5OZ9A 5P2GA 1BV9A 1LYAB 2IL2A 5P6JA 4J0ZA 2BPWA 4LBTA 3OU1B 3TL9A 4U8WA 5DR7A 3EKQA 4HDPA 2AOJA 4OBDA 3BHEA 2G94A 2OHNA 3PCZA 1HIIA 3LHGA 3BRAA 5P5FA 3OADB 3QBHA 4Q1NA 3D3TA 4DJWA 3KFNA 2PYNA 3S85A 2OHUA 5DGUA 5OYYA 4Y3LA 2PYMA 3M9FA 5P5RA 1WBKA 2I0AA 1NH0A 1GNMA 3QPJA 2NMYA 3QRSA 5P5GA 2F3FA 1B6JA 2QHZA 1E81E 4FRIA 5P2VA 3OHFA 5P2FA 3FKTA 4YOAA 3NU5A 9HVPA 5P28A 2QAKA 1GVXA 5KQXA 4FGXA 5P0UA 4GIDA 1EAGA 1B5FB 2OAHA 5OYUA 1BXOA 2P8HA 3ZMGA 4B1CA 2QI1A 5DQ1A 1ZTZA 2AQUA 3D1ZA 4DPIA 2MIPA 1IZIA 2QI7A 3VF5A 3RSXA 3Q6YA 5P8LA 5P0BA 3LITA 4Y54A 1EC1A 2QZXA 3HLOA 1EPME 4QJ6A 3ZKGA 2RENA 3VV6A 2FS4A 1FQ8A 3O9FA 1HEFE 5J25A 5P7GA 4Q1WA 2VJ6A 4FE6A 5P2NA 5BWYA 4TRWA 3FNTA 1NPAA 2H6TA 1W5XA 5P6CA 5P65A 1HPVA 3VCMA 1FFFC 5APRE 2EWYA 4DJQA 1EPQE 1PPLE 2G20A 1UH7A 2HS2A 1EPNE 5P1BA 3ZKXA 1EEDP 4B77A 5P89A 4QLHA 1QBUA 3G70A 2G24A 2AVMA 4R91A 5P1RA 5P88A 1HVLA 5P4EA 4BFDA 3R4BA 3R2FA 4YDGA 4XX3A 2Q3KA 2I1AA 3DJKA 2IKOA 1QRPE 3H0BA 3OY4A 5P7KA 1VIKA 2ASIA 4BEKA 4F76A 2O4PA 4OBZA 4Y48A 3OTSA 3QVCA 3L58A 5P8SA 1RNEA 2AOCA 4ZSMA 3IXOA 5P3MA 4Y4XA 4EJKA 1HXWA 5B18A 1KJ4A 3UDYA 1K2CA 5P2RA 2VIJA 2BKTA 2I4QA 3K5DA 1UH8A 5HE5A 3O9LA 4ZSQA 5P2BA 4Y4BA 2G1OA 3KT2A 1OHRA 3IAWA 3LZSA 4I11A 3LIQA 4RVIA 3K4VC 5P2XA 2NMZA 5P1KA 5P4PA 1HWRA 2G27A 4RCEA 5P34A 2IRZA 5OZMA 3SA4A 5P6RA 2UXZA 2P4JA 1FB7A 2Q5KA 3D91A 5P84A 4DJUA 3BC4A 3WZ8A 2Q64A 1HVSA 3NU3A 4Z4XA 1K6TA 4ZLSA 2ZHSA 3SA9A 3B80A 5P59A 5HDZA 5HDXA 5P3VA 1HPOA 5P74A 2B8VA 5P6XA 3VG1A 4OBKA 5OZPA 2Q11A 2AZ9A 3AIDA 1FQXA 2XFKA 4ZPGA 3UCBA 5CLMA 2ANLA 1MPPA 3PM4A 1FLHA 4FAEA 5P68A 4FS4A 1ZPKA 5P0RA 5P24A 2V16C 1IDBA 1GVVA 3INDA 2P3AA 5P75A 3UQPA 3CKRA 3IXJA 5P29A 3NYGA 3UDRA 3ZKMA 5P8PA 4D88A 1EBWA 4Y5MA 5P22A 3S8IA 2IEOA 1DMPA 4Y43A 3NUOA 5P17A 5P8RA 1WKRA 1ME6A 1BWAA 3NDUA 5SXNA 3T3CA 1AIDA 2AZBA 2OHSA 3O9EA 2QP8A 2OHMA 4D83A 3GGXA 4S1GA 3T7PA 1APVE 4Y3RA 1XL2A 5OZIA 5P3EA 3OXXA 5OZHA 1T7JA 3CMSA 3K5CA 1MTRA 5P3TA 1E80E 2G1NA 1LZQA 4Y3PA 5OYTA 5P37A 5T4SA 2QCIA 3NU4A 1DAZC 5P55A 5P6SA 5P3JA 4I8ZA 1HSHA 3RTNA 4K4RA 3VF7A 5P8TA 1EPPE 2BKSA 4Y3HA 1HTFA 4TRZA 2OF0A 5P0OA 4Y47A 2PSUA 4NPTA 4R95A 4Y5AA 2BBBA 1EC2A 2AVVA 5IVRA 2XYEA 2ZJJA 3EKPA 5P8FA 5P0DA 1HTRB 5P4SA 4J1FA 4OBZB 3HDKA 4HE9A 5CONA 1HVHA 2QNQA 2ZJHA 5P85A 2JJIA 3GW5A 3S2OA 1C70A 3SABA 5P60A 5P2EA 1YTGA 2R3WA 5P12A 5HU0A 1XE5A 5P2KA 5P3DA 5P30A 4GJDA 5DQ5A 4Y3QA 3PGIA 5P3NA 5P8DA 4Y4DA 3UQUA 1RV7A 5P4YA 3QBFA 3OXWA 2Q54A 5KQFA 3K5FA 5ISKA 4FSEA 2BJUA 5P7LA 2WF1A 3S7MA 5HDVA 5P0KA 2SAMA 3D1YA 5P45A 4J0TA 5OZXA 5P19A 3VUCA 4L1AA 2I4VA 3MSKA 4DJYA 1FMXA 3Q5HA 5OZNA 1HSIA 5P3AA 5P0WA 5P7VA 4GZFA 3MSLA 4ZSPA 1E82E 1VIJA 2BQVA 2HS1A 5P3HA 3OWNA 4Z2ZA 4ZIPA 5DPZA 4Y5EA 3TOHA 2WF3A 1GVTA 2HB2A 1QDMA 1MRWA 3IXKA 5P2YA 1T7IA 3GGVA 1EPRE 1HXBA 1QBSA 3PSGA 1TSQA 1HVRA 5OZOA 4RGHA 4Y38A 5P6IA 5P0TA 1LYBA 2FDPA 3GI6A 5P0JA 1HBVA 1HEGE 1NPWA 4RCDA 5P5VA 1K2BA 4Y37A 4EHCA 4J55A 3NDWA 4HEGA 5JG1A 3SFCA 4HDBA 4RLDA 5P4CA 3EKYA 5P5XA 1SGUA 4NJTA 1LF3A 2ZGAA 3KFPA 1Z8CA 4Y35A 5AH9A 1CMSA 2ZHUA 2QHCA 3VYFA 5P86A 3FNUA 2O40A 2B42A 3NR6A 5P41A 4H3JA 1IZHA 2WF0A 5P1JA 4PPHA 4I0IA 4ER2E 2QI4A 4GJAA 4Y51A 4Y36A 4HLAA 3CYXA 2AODA 5OYWA 3N3IA 5P7WA 2OHTA 5COPA 5KR8A 3PI0A 1FG8C 3HBOA 3ZKSA 5HCTA 2QZKA 2I0DA 4EP2A 5P7EA 2HM1A 4Y3TA 1M43A 2HC0A 1YG9A 5P6HA 3UHLA 2HIZA 4NKKA 5P0AA 4HA5A 6FIVA 4LHHA 1ER8E 4J0PA 3ER3E 1UPJA 5P2OA 5P83A 1G6LA 5P0FA 3OUCA 3OQ7A 4FM7A 4DJXA 4R5NA 4Y5LA 3VLAA 5P82A 4Y3DA 5KAOA 3PWWA 1SIVA 5P8EA 2QI0A 2IS0A 5P5KA 3MWSA 2HB4A 3IN4A 3RTMA 3SQFA 5OZ7A 3NSHA 4Y5GA 4RYCA 5P0CA 2BPXA 3DOXA 4YOBA 5I3WA 3GI4A 5KOSA 5P6FA 1MT7A 5P64A 3PRSA 5P6AA 3PLLA 4FRSA 3SPKA 3OAGB 5OYSA 4RROA 1M4HA 2PWCA 3OUDA 5P10A 2P3BB 5P0ZA 2B60A 4JPCA 4QJ7A 2B7FA 3LPIA 3FX5A 5P5QA 4R93A 1ZLFA 2VA6A 3HVPA 1MVPA 4X7IA 3OOTA 4RRSA 1RL8A 4DJRA 4B70A 1META 4LC7A 1LV1A 4EXHA 5HDUA 1W5YA 1FEJC 3BGBA 3G6ZA 5P7BA 3TKWA 3SM1A 4KUPA 4L1AB 2VS2A 5P0PA 2VIEA 1FKNA 5PEPA 5P0LA 5P1CA 1SP5A 3VSWA 5P26A 5P06A 4HDFA 5P4HA 1A9MA 3O9HA 2ER6E 1BBSA 1HPXA 2CENA 2G1YA 5P3CA 2QD8A 2AOFA 4LXAA 4I0EA 4OD9B 5P4TA 3PWMA 1YTHA 4LXKA 1B6PA 5OZTA 2NTRA 4YD5A 1HTGA 5P0MA 1FMUA 3CKTA 3PI5A 5P6BA 5COOA 2WEBA 5P67A 2RKGA 2PQZA 4Y4EA 5P4WA 2QZWA 5P1UA 3KYRA 5P25A 3EL9A 5P4FA 5P73A 3RU1A 1FQ6A 5P8UA 5P6TA 4Y3AA 3DUYA 4APEA 1SH9A 1LYBB 1JLDA 5P7RA 1YM4A 3R0WA 5AGZA 3I7EA 2NR6A 5JFPA 5P5LA 4LL3A 4H3GA 5DQ2A 1ZBGA 3L5FA 4FL8A 4WY1A 1QBRA 5P1XA 1IZEA 5AHCA 1BVGA 4PHVA 3PBDA 4K4QA 1BDQA 2QU2A 3WB5A 3TLHA 3MSJA 1LS5A 5P58A 4EJ8A 5I3VA 4X2LA 1MSNA 4DQBA 1XN3A 4D85A 2FXEA 4Q5MA 4XKXA 3JVWA 5P1GA 2AVSA 3IN3A 3FNSA 5P33A 2OHQA 5P76A 5P5AA 3FSMA 2VIYA 3RSVA 1ZSRA 5OZ5A 1K6CA 4YD7A 4J1EA 5I3YA 2QNPA 2QNNA 3FV3A 4MC6A 5P8VA 5P1EA 1EBYA 5P1PA 1AZ5A 2Q55A 5P48A 1LF4A 2WEDA 4ZEAA 5P1ZA 3LIXA 2ZYEA 1C6YA 1T6EX 3LIYA 5P3PA 1BXQA 4PZXA 3APPA 5HVPA 4Y4WA 2IGXA 3CIDA 3QVIA 1HRNA 4L7JA 3UDKA 3K5GA 2I4XA 4Y45A 1XL5A 4FAFA 1T7KA 5P5DA 3QROA 2JYSA 3OUDB 1IVQA 2FNSA 4YCTA 5P6LA 3NLSA 5JODA 2J9JA 5EZXA 5P8JA 2I4WA 5P7FA 4BELA 2V00A 3UQRA 4E43A 2VIZA 2R5QA 5OZFA 2ER9E 5KR0A 1A8KA 3O99A 4Y6MA 3EKWA 5P23A 2ZHVA 2NXMA 3HD8A 5P3LA 3UDMA 5P6KA 3OU4A 4U7QA 4YD4A 5OZYA 4B72A 2O4NA 3BXSA 5P16A 1APUE 1ENTE 3URLA 3PHVA 1QS8A 3KMXA 3OQFA 4KE0A 5KOQA 1SMRA 5OZ8A 3CYWA 1CZIE 4DQEA 1FG6C 1FMBA 2QK5A 1XS7D 3OGPA 5P2AA 5P6PA 2ZE1A 1SIPA 1ZAPA 1K6PA 4CPWA 5C9BA 5P5HA 5P1WA 3OGQA 4Y53A 2XYFA 3OQKA 3VLBA 5P3RA 5P7YA 1KJ7A 1HHPA 3L59A 5P4UA 2P3DA 5P7AA 1B6LA 1FQ7A 2B8LA 3L38A 3L3AA 5OZKA 4ACXA 5P5UA 2NNKA 4Q1YA 5P0VA 5P01A 1T6GA 4I1CA 5P7JA 1EPOE 2A1EA 5P2UA 3S43A 3MXDA 5P8HA 1MT9A 3QRMA 2VA7A 3UTLA 1J71A 2R5PA 5P2JA 4A4QA 1BDRA 4J1HA 3VF3A 3D1XA 2P3CA 5P56A 4YHQA 2AZCA 3OUBA 5P15A 4DUSA 3NWQA 5P27A 5P38A 2PSVA 4NJVA 5JFUA 1K1TA 5P35A 3QI1A 2IQGA 3OUAA 5P1VA 3PB5A 1G2KA 1PSNA 3O9BA 5P51A 1ODYA 3RVIA 3ZKQA 4GJ6A 1DIFA 1GVUA 4J5JA 4J1IA 5P2DA 3EXOA 2ZJNA 5P53A 1LEEA 3IVHA 1D4YA 4I0DA 5P2CA 2BPVA 3WSJA 4K9HA 5P6EA 4RYGA 3GI0A 1ZP8A 4Z50A 1SMEA 5P2LA 5P5PA 3EC0A 4QGIA 3ZLQA 2QMPA 5P77A 3HAWA 4GJCA 5P1IA 5P08A 5IS4A 3EL5A 5P6YA 2ZDZA 2V0ZC 2AIDA 5P0EA 4K8SA 3SA5A 1IBQA 5SY3A 1UH9A 1A30A 5P1YA 4EQJA 1K1UA 3EBZA 4CMSA 3D20A 3O9GA 1TQFA 2NXDA 3LPKA 2J9JB 2I4DA 2ZHRA 4DH6A 4Y4AA 5OZLA 3C9XA 5HD0A 4LP9A 1C6ZA 2NNPA 1W6HA 3KN0A 5P6UA 3O9LB 2PMAA 5P05A 4RCFA 4CP7A 4EJLA 5P7TA 1W50A 4J0VA 3EM3A 3H5BA 4RVXA 2CEMA 5P47A 5OZUA 3T6IA 5AHAA 2F81A 2QD6A 2BB9A 5P7IA 4M8YA 3CKPA 3KT5A 1KZKA 4D8CA 1PFZA 4YBFA 1DW6C 4CPUA 5P7SA 5BRYA 2WF4A 5SY2A 5P7PA 4TRYA 4JP9A 3B7VA 1EBZA 5OYZA 1EC0A 1KJGA 3T7QA 5OZ3A 3VFAA 4Q1XA 2FDEA 3PVKA 1HVKA 5OZZA 5P1QA 3VYEA 1LYAA 3O9AA 2F3EA 4DJVA 3TOFA 2QMGA 5OZRA 3DM6A 5HE4A 4GJ9A 2IKUA 5P5EA 1HSGA 5OZEA 5P0XA 3SO9A 3PCWA 3Q3TA 4LAPA 2BPYA 5E5JA 3L5BA 4YCYA 4Y3MA 2FNTA 3OXCA 1FQ5A 5P43A 3ZOVA 3U6AA 1F7AA 2QMDA 1HPSA 5P71A 5P6VA 5OZBA 4QJ8A 5DR4A 4ER4E 5EZZA 3KM4A 1IIQA 2AZ8A 1BIMA 3HW1A 3QN8A 5OZ1A 2G26A 5P44A 5P46A 3GGUA 5P7MA 3PEPA 2BPZA 1NSOA 3NDTA 5OZ2A 1XE6A 1FF0C 5P3SA 4YDFA 3URIA 1PPKE 5P20A 3LNKA 3WZ6A 2ZHTA 3L5DA 1M0BA 3INHA 1A94A 2QD7A 4I10A 4AZYA 3PSUA 5P7HA 2NXLA 1YX9A 5P62A 5ER2E 3CIBA 3LZUA 5DGWA 5P3BA 5P36A 4OBFA 4AA8A 1QBTA 2PK5A 3WB4A 3DCKA 2UY0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZJ7 A;  4Y4G A;  4Y3S A;  4ZPF A;  4MC9 A;  1SBG A;  1A8G A;  5P61 A;  3NU9 A;  1AJV A;  1HTE A;  4Y5K A;  3TNE A;  5SZ9 A;  4GJ7 A;  4R92 A;  4DQF A;  5P4Q A;  5OZ9 A;  5P2G A;  1BV9 A;  1LYA B;  2IL2 A;  5P6J A;  4J0Z A;  2BPW A;  4LBT A;  3OU1 B;  3TL9 A;  4U8W A;  5DR7 A;  3EKQ A;  4HDP A;  2AOJ A;  4OBD A;  3BHE A;  2G94 A;  2OHN A;  3PCZ A;  1HII A;  3LHG A;  3BRA A;  5P5F A;  3OAD B;  3QBH A;  4Q1N A;  3D3T A;  4DJW A;  3KFN A;  2PYN A;  3S85 A;  2OHU A;  5DGU A;  5OYY A;  4Y3L A;  2PYM A;  3M9F A;  5P5R A;  1WBK A;  2I0A A;  1NH0 A;  1GNM A;  3QPJ A;  2NMY A;  3QRS A;  5P5G A;  2F3F A;  1B6J A;  2QHZ A;  1E81 E;  4FRI A;  5P2V A;  3OHF A;  5P2F A;  3FKT A;  4YOA A;  3NU5 A;  9HVP A;  5P28 A;  2QAK A;  1GVX A;  5KQX A;  4FGX A;  5P0U A;  4GID A;  1EAG A;  1B5F B;  2OAH A;  5OYU A;  1BXO A;  2P8H A;  3ZMG A;  4B1C A;  2QI1 A;  5DQ1 A;  1ZTZ A;  2AQU A;  3D1Z A;  4DPI A;  2MIP A;  1IZI A;  2QI7 A;  3VF5 A;  3RSX A;  3Q6Y A;  5P8L A;  5P0B A;  3LIT A;  4Y54 A;  1EC1 A;  2QZX A;  3HLO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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