5P86A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 339
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p86A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p86A01
2R38A 3GI5A 4Y43A 4FLGA 5P4TA 4K4QA 2PWRA 5P38A 3LITA 5P86A 5JG1A 1PSOE 3FKTA 4ZSMA 3FSMA 3NXEA 4EXHA 3G70A 4KB9A 2NXLA 5APRE 2JYSA 2VJ7A 1KJGA 4I0FA 4J1HA 3OADB 5P06A 1EBZA 4X7IA 2AOEA 2BBBA 2WL0A 3UDYA 2XYFA 1YTIA 1BV9A 5ER1E 5AHCA 5KR1A 2ANLA 5P17A 1TCWA 2R5QA 1XN2A 3D1YA 5DQ4A 5P2GA 5P2UA 3CICA 4YD3A 3NSHA 3Q6YA 2OHSA 3BHEA 2WEDA 5AH6A 5P6UA 5DGWA 1HVCA 3OU3A 2PYMA 2PYNA 5P4CA 1QDMA 2B8VA 3ZLQA 1TSQA 3ZPUA 4Y4DA 4J1KA 2NNKA 3PMUA 4TRWA 5P1MA 2OHRA 3KDCA 4Y6MA 3R1GB 5HCOA 3G72A 5P3YA 3SM2A 2HAHA 5DR7A 5DQ2A 2FDEA 2Z4OA 4RVJA 2G94A 5P0MA 1T6EX 1GNOA 1HTFA 1T7KA 2EWYA 2J9JB 2JXRA 5P1SA 5P50A 4Y5KA 5P2EA 4Y3TA 1AAQA 3L5BA 3LINA 3WZ7A 4DJOA 2QZKA 3L38A 5P88A 1EPME 5P5CA 3NYGA 5DQ5A 1QBTA 5P68A 5P28A 3PSUA 4YCTA 1ENTE 5SY2A 3LZUA 3U71A 3TPRA 4B77A 1EPPE 4I12A 3Q5HA 5P0AA 1HTRB 4J1IA 2ZE1A 5P5HA 5P25A 4J1EA 1GVTA 2A1EA 3TLHA 6FIVA 5UPJA 3SA4A 5P20A 1B6MA 5P79A 3UCBA 2QZWA 2VIEA 2FXEA 4FM6A 1SBGA 5OZAA 4U7QA 2G26A 3VYDA 3QROA 3KT5A 5P5BA 2I4XA 2NTRA 3SQFA 2ZHVA 2P83A 2V0ZC 2QMGA 3OQFA 3NU5A 4D89A 3DK1A 2AZCA 4GIDA 3SA5A 3EL0A 3CIDA 5P8DA 3O9AA 5P1XA 4EQ0A 5OZJA 2RKGA 1IDBA 5OZTA 5P8LA 5P2AA 1FQXA 3OQKA 1LYWB 4YD6A 5P87A 5P5GA 3SKFA 2QNPA 5OZ0A 4S1GA 5P58A 3VV8A 5P6ZA 4Y4ZA 2PH8A 1ZLFA 2JJIA 4OBHA 3O9FA 4Y5PA 1K6VA 2NPHA 1E5OE 3SACA 5KQFA 3OQDA 3PSYA 2IEOA 1B5FB 5P89A 6UPJA 5P3WA 5IVRA 3QVIA 4I1CA 4NJTA 2V16C 5P5QA 5P2QA 1META 3PI5A 4HDBA 3VEUA 5HDVA 1RV7A 5P4VA 5P2MA 3FNTA 3GW5A 2OHPA 1W6HA 1AXAA 5P3OA 2OHUA 3UQXA 4QJ7A 2Z54A 2JJJA 5P6SA 1MVPA 4GJ6A 5P0UA 5P8IA 2VNNA 3AIDA 3PI0A 5P3IA 3NU6A 5P7MA 3VSXA 4AMTA 2RKFA 2Q64A 5P2XA 3IGBA 4OBGA 3UF3A 5P6VA 4Y5NA 3S43A 3TPJA 5HE4A 4I0DA 3CKPA 3DM6A 5P1KA 1IZHA 1AJXA 2O40A 5CLMA 3EKWA 1DAZC 5P46A 3GGUA 5P6IA 4L7HA 5P1HA 1EC1A 4ER4E 5P7FA 3HDKA 2FNTA 2R9BA 4RVIA 5P7WA 5OYUA 5P4DA 3LZYA 2G1RA 4PPHA 4EJ8A 4Y3ZA 1K2BA 2HS1A 1QBSA 1LYAB 2WF3A 1Q9PA 2ER0E 5P8UA 4ZPGA 2HIZA 2WKZA 5P65A 4OBDA 3DJKA 5P5JA 4ZPFA 1KJ4A 1YM4A 4UPJA 2VIZA 5P1FA 2FLEA 3D1ZA 2H6SA 2H6TA 5P2JA 1ER8E 4GJDA 4CPUA 4APEA 1SIVA 4I0ZA 2OHQA 4J0TA 5DR1A 3S54A 4DJWA 4RZ1A 2F81A 4Y5BA 3D1XA 3GI4A 4R91A 2ZHSA 3HZCA 4Y5EA 5P7DA 5P4IA 3O9LA 4AZYA 2QD7A 3KFRA 3INFA 4Y50A 5DGUA 4BFBA 2QZLA 1IBQA 3O9CA 3QRMA 3D3TA 5OZUA 1IZDA 4Y36A 2AOHA 5FIVA 4CPWA 2BJUA 5I70A 1FQ8A 1A8GA 5P41A 3KFSA 3GGXA 3K5FA 3Q3TA 1RPIA 1CZIE 1D4YA 5OZRA 1RQ9A 4HEGA 4F73A 2OAHA 2ZJMA 3O9EA 5KR0A 5P5RA 3BGCA 2VIJA 3EKXA 1LYBB 1MTRA 2R8NA 4WTUA 5HU1A 5P8AA 5P1TA 5OZWA 1NSOA 3LHGA 4APRE 4YBIA 4QJ8A 5P76A 5P3BA 4Q1NA 3B7VA 5P6HA 1EPLE 2HB4A 5HE7A 4YD7A 3B80A 1HHPA 3DCRA 3DUYA 5P4NA 5P73A 1HWRA 1ZP8A 5E5KA 5P5WA 5P6KA 1IDAA 1FLHA 5P5FA 2F80A 4Y4WA 5IVSA 4CMSA 1OEWA 2VJ6A 1YTGA 1BAIA 2I4VA 2Q54A 5P61A 1IIQA 5P3JA 1LS5A 3GGAA 4M8XA 2ER7E 3WB5A 2G1YA 4YOAA 1W5XA 5F00A 2V11C 3VF3A 4Y3XA 1TCXA 4Y3YA 2OHLA 5P14A 3ER5E 3APRE 4K4RA 2P3BA 3RTHA 2OHNA 1KJFA 5OZSA 1FMXA 3OADA 2G1OA 3OQAA 4HE9A 4L7GA 3PLLA 3O9GA 2IL2A 5P8PA 3UFLA 3GI0A 4D85A 1EPOE 5OZKA 5P0BA 4B1EA 4DJRA 5P1BA 2VJ9A 3MSKA 2WEZA 4LL3A 5EZXA 3EXOA 4DQCA 4R92A 3SO9A 5OZFA 5BWYA 1A94A 1K1TA 3VV7A 2IDWA 5P6LA 4FSLA 4LXKA 1ZPAA 2Q5KA 5P1EA 5P0OA 1DMPA 5P1NA 3OHHA 2AIDA 3QRSA 4J5JA 5HD0A 4J0ZA 2G1SA 2HS2A 1DW6C 3IXOA 5P4GA 1HPSA 5OYQA 3EM3A 4ZE6A 3OQ7A 3LPJA 3UQUA 1FMUA 4Y3MA 2ZJKA 3I2LA 2J9JA 1D4LA 3O9BA 4EJDA 4Y3HA 4FGXA 4I11A 2R5PA 3ZOVA 2QI7A 4R8YA 3PRSA 1PFZA 5P31A 1PSNA 4DQEA 5P84A 1HEFE 3BC4A 1HTEA 4RCDA 3OOZA 5DR8A 3OXCA 1FKNA 5P24A 3I8WA 3OGPA 3OUDB 1C70A 4H3IA 1EC3A 2PC0A 4GZFA 5OZCA 1GVXA 2QHZA 5P10A 4DJVA 4KE0A 1SGZA 4YHQA 1OEXA 4M8YA 1MEUA 4MC9A 5DR0A 5P7HA 2HC0A 5P08A 2HM1A 3PJ6A 4FL8A 5P3ZA 2RMPA 5HDXA 1FFIC 4B78A 3UDKA 1GVWA 2VNMA 5P62A 2AVVA 4MC1A 5P2TA 2QNQA 5P2HA 2NNPA 4YD5A 5P7SA 1T7IA 5BRYA 2ZJLA 5P35A 5ISKA 3K1WA 3TL9A 4DUSA 2VS2A 3OXWA 4I0GA 5P49A 1AJVA 2VIYA 3VF5A 3PWRA 4WY1A 4Y3EA 5P3UA 2QU2A 1HEGE 3UDNA 3ZKGA 5P2WA 5P03A 3WSJA 3BUGA 1ZSRA 5OZ7A 1OD1A 1B5FA 5P4KA 3OGQA 3SA7A 3NWXA 1NPWA 5P0DA 3PCZA 3SLZA 2OHKA 5SY3A 4HVPA 3OHFA 2BQVA 3R0YA 4COEA 2P3BB 3O9DA 5BS4A 3CKRA 5OZMA 4Y57A 3LIZA 2WJOA 2I4QA 3NXNA 2SAMA 4YOBA 1IVQA 1MSMA 2ER6E 4EP3A 2XFIA 5P0QA 3K5DA 2IENA 5OZQA 4LHHA 5P6XA 4DQGA 4BELA 2BKSA 2AODA 4BFDA 5P2LA 2FS4A 2G20A 1A9MA 2NMYA 4Y4AA 5P6MA 1TW7A 3VSWA 5P6FA 3BVAA 3S45A 3IAWA 5P32A 5OZPA 5P83A 3T11A 5OYWA 2AOIA 3QBFA 3NU4A 3EM6A 3CMSA 3JW2A 7UPJA 1LYAA 3HVPA 5P3HA 4H3FA 5P69A 5P5PA 1TQFA 3R0WA 5P1LA 2IGXA 1SMEA 3TNEA 3OY4A 3JVYA 4TVHA 3S7LA 2ZDZA 1D4SA 1PPME 5P52A 4B72A 1NH0A 2B8LA 5P4QA 2HB2A 3O9IA 1LV1A 2QI5A 4OC6B 3ZKSA 4PZWA 2CENA 4Y41A 3EC0A 2MIPA 3KA2A 5P3TA 2BPVA 1APTE 5P6OA 1RL8A 5OYXA 4FAEA 2BKTA 4RCEA 5P05A 3MXDA 1UH8A 5HCTA 2PSUA 1FMBA 3OU1B 4J1CA 4ER1E 1HSHA 4I8WA 4Q1WA 2FMBA 4KUPA 4Y3JA 5P4WA 5P4UA 3T7XA 2AOCA 3NDTA 5ENKA 4Y9WA 2PSGA 2QI3A 3T6IA 1FQ7A 5F01A 1GVVA 4CPRA 2CEJA 1T6GA 3I6OA 4RYGA 5COOA 2B60A 3UQWA 5P8TA 4GJBA 1FQ5A 5OZ2A 5I3XA 3HVGA 1QS8A 3KM4A 4HA5A 1LYBA 3ECGA 5I3WA 3UPJA 5P0LA 1LZQA 5P3GA 5P1GA 5I3YA 3IXJA 5P0WA 5P3KA 4GJ9A 3GGVA 3T7QA 3BUHA 2ZHTA 4GJ7A 3TPLA 1W50A 4FRSA 4DFGA 3KDDA 5P5DA 4LXMA 5P8EA 2WF2A 4PHVA 2QI4A 5P48A 3IVHA 3SA3A 2G27A 4RROA 4ZEAA 1XE6A 5B18A 4GMIA 4QJ6A 5P4RA 3QRVA 4DJPA 4DPIA 4EYRA 3ER3E 2WF1A 1MIQA 1XS7D 5P40A 4J17A 5P4EA 4A6CA 1HIIA 4D83A 5ISJA 5P3PA 4QJAA 5P2RA 4RYCA 4GB2A 5P3NA 4YD4A 5P6RA 5P0XA 1ZPKA 4Y3NA 5EZZA 5P0YA 4YDGA 5P34A 3EKYA 4FE6A 4LAPA 4Y5AA 5DR3A 5P8OA 3LIXA 3BGBA 3GI6A 3IVIA 2XFKA 2J9KA 1HOSA 5P51A 3T3CA 3SA9A 5P72A 5P00A 1U8GA 4KE1A 4YA8A 5P3XA 3NUJA 3ZPSA 3OAGA 3PBZA 3OU4B 5P0PA 5P0CA 1ME6A 4E43A 3HW1A 1MERA 1ZTZA 4Y3FA 4FRJA 3EL4A 4TRYA 5P1UA 5SZ9A 1FIVA 2O4PA 2QMFA 3LIVA 1XE5A 3UDMA 3FIVA 5P0RA 4EJKA 3NWQA 2G1NA 4Y4UA 2QD6A 1BWBA 5P78A 2QP8A 1F34A 3OUBA 3ZPTA 5P5XA 1SDUA 4Y5GA 5P4YA 4AA8A 8HVPA 2AVMA 9HVPA 5OZOA 4YCYA 1UH9A 4EWOA 4F74A 1WKRA 3VV6A 5P7OA 5P45A 2WF4A 3INHA 3OUDA 1QRPE 3OK9A 4CKUA 4ACUA 3KFPA 3ZKIA 4LXAA 1GVUA 5P3CA 1EPRE 2HPEA 3INEA 3TOFA 1IZIA 1D4JA 5AHBA 1HVJA 5P12A 1NPAA 2PQZA 5P6WA 3H5BA 3TOHA 2QI6A 3WZ6A 1YTHA 3PGIA 3K5GA 3ZKMA 1ODYA 5OYYA 3PM4A 1FB7A 1A30A 5P2SA 5P2CA 5P4OA 4B05A 1EC2A 4GJ5A 3VFAA 2O4SA 5HDUA 4FSEA 5P11A 3NUOA 4OBKA 1BXOA 3UDJA 4Y47A 4JP9A 3KDBA 1FEJC 4DJXA 4FRIA 3ZKXA 5P2FA 4Y3QA 4EXGA 3PEPA 5P67A 4CP7A 5P7QA 5P44A 5JFPA 5P5IA 5P60A 4F75A 2IKUA 2FIVA 5P1VA 5P4XA 5P2YA 1B6KA 2F3EA 5P0FA 4B00A 4JOOA 2NMZA 4Y51A 4NKKA 2R3TA 5P6EA 5P6JA 2V13A 3KN0A 1EBYA 3VLAA 1HRNA 3KF0A 3RU1A 5P7GA 3HLOA 3L58A 4I8ZA 1BXQA 3UQPA 2G24A 1EBKC 5OZEA 1HPXA 4YCKA 5OZNA 5IVTA 5P0NA 3PB5A 3OAGB 3DV5A 3EM4A 1D4IA 3L5FA 4NPTA 5P8NA 3TH9A 2BPXA 2WECA 5P0ZA 3VFBA 4CPXA 1SH9A 5P1OA 3MSJA 5P6YA 3PMYA 2G22A 4Y3LA 5P7LA 1B11A 5P7IA 5P7BA 4DH6A 4J0VA 3KMYA 5OZ5A 5P4JA 4AUCA 3L3AA 5P16A 5P5ZA 4HDPA 3QS1A 2HB3A 2ZYEA 4EPJA 2AVOA 5P56A 4Y3RA 4MC6A 2QHCA 4OC6A 5P6QA 1W5YA 5E5JA 1QBRA 2VA7A 3R2FA 5P3AA 1UPJA 4H1EA 3TOGA 3JVWA 5P59A 4QJ2A 2G69A 3PBDA 4Y38A 2APRA 5P6GA 4DQHA 1BDQA 3SA8A 1C6ZA 5P04A 3PHVA 5HE5A 1M0BA 4CPQA 3TKGA 5P85A 3PWWA 3CYXA 2QI0A 3OU1A 2A4FA 2ZJJA 3SAAA 1PPKE 2B42A 4H3JA 1SIPA 3DOXA 1SDVA 5P5SA 5P3MA 5OZDA 3NU3A 5DR4A 5P8FA 1HVLA 4ZPEA 5COPA 5P6BA 1VIJA 4ZIPA 4YE3A 4Y4EA 3URLA 4Y4JA 5P7XA 5KOSA 4QJ9A 1MT8A 5P75A 1EAGA 1RNEA 3HD8A 5P33A 2FDDA 4K9HA 1TZSA 2WEBA 1HPOA 2AVQA 5P5TA 2IS0A 2IQGA 4DV9A 4FAFA 5P0KA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2R38 A;  3GI5 A;  4Y43 A;  4FLG A;  5P4T A;  4K4Q A;  2PWR A;  5P38 A;  3LIT A;  5P86 A;  5JG1 A;  1PSO E;  3FKT A;  4ZSM A;  3FSM A;  3NXE A;  4EXH A;  3G70 A;  4KB9 A;  2NXL A;  5APR E;  2JYS A;  2VJ7 A;  1KJG A;  4I0F A;  4J1H A;  3OAD B;  5P06 A;  1EBZ A;  4X7I A;  2AOE A;  2BBB A;  2WL0 A;  3UDY A;  2XYF A;  1YTI A;  1BV9 A;  5ER1 E;  5AHC A;  5KR1 A;  2ANL A;  5P17 A;  1TCW A;  2R5Q A;  1XN2 A;  3D1Y A;  5DQ4 A;  5P2G A;  5P2U A;  3CIC A;  4YD3 A;  3NSH A;  3Q6Y A;  2OHS A;  3BHE A;  2WED A;  5AH6 A;  5P6U A;  5DGW A;  1HVC A;  3OU3 A;  2PYM A;  2PYN A;  5P4C A;  1QDM A;  2B8V A;  3ZLQ A;  1TSQ A;  3ZPU A;  4Y4D A;  4J1K A;  2NNK A;  3PMU A;  4TRW A;  5P1M A;  2OHR A;  3KDC A;  4Y6M A;  3R1G B;  5HCO A;  3G72 A;  5P3Y A;  3SM2 A;  2HAH A;  5DR7 A;  5DQ2 A;  2FDE A;  2Z4O A;  4RVJ A;  2G94 A;  5P0M A;  1T6E X;  1GNO A;  1HTF A;  1T7K A;  2EWY A;  2J9J B;  2JXR A;  5P1S A;  5P50 A;  4Y5K A;  5P2E A;  4Y3T A;  1AAQ A;  3L5B A;  3LIN A;  3WZ7 A;  4DJO A;  2QZK A;  3L38 A;  5P88 A;  1EPM E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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