5P88A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 341
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p88A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p88A01
2V13A 4EJDA 4CPXA 4FAEA 2QI6A 5P6FA 4OBZB 1YM4A 5P0AA 4OC6A 2QMGA 5DR1A 3L5BA 4J0TA 3INFA 5P35A 1RL8A 4L7GA 3BUFA 5P64A 1HPSA 4Y3MA 1ME6A 3TLHA 4GZFA 5ER2E 4DJVA 1IZHA 2NXDA 4H3JA 4FSLA 5P6CA 3OUBA 1W5YA 5P19A 1BV9A 3URJA 4D88A 1HVCA 2OHRA 4R92A 4JECA 2OHLA 3O9DA 5P04A 3UTLA 4ZPFA 4ZPEA 4K8SA 4FRIA 4AA9A 4Y38A 5P3CA 3CIDA 3OQAA 1A9MA 1MTRA 3EKXA 2QD7A 2RKGA 3IAWA 5P85A 3O9LA 4FM8A 4MC9A 3NU4A 1W5XA 5P11A 4B77A 5C9DA 2AZCA 1M43A 1MSNA 1PSAA 2AZ9A 2OHTA 4OD9B 3H5BA 1C6ZA 4Z50A 4GJ9A 1HIVA 1APTE 5P6PA 5P8QA 4FRJA 3VV8A 5OYSA 5P80A 3T7XA 1EBKC 2ZHTA 3C9XA 3EMYA 4J5JA 3LIQA 3K4VA 3CMSA 2ZJNA 4I0FA 5P4MA 2VJ6A 1HXBA 3VFBA 1DPJA 5P1YA 2R38A 5DR3A 3SM1A 2P3BA 5P0QA 5P7UA 4D89A 2Q3KA 5P6BA 3S8IA 2J9JA 1T6GA 5P7BA 3VG1A 3PJ6A 4Y45A 5P7YA 3BGCA 3NU3A 2XFJA 2I4VA 2ER6E 4HDFA 3NXEA 4L7JA 4Y3JA 5P6TA 3UF3A 5P3BA 5IE1A 3TNEA 1IBQA 4A4QA 2PH6A 2FGUA 5P0FA 4XX3A 5P5AA 4RYGA 2UY0A 1GVWA 2FMBA 4J1KA 5KR0A 5OZGA 3GW5A 4YD5A 4NJSA 4EJ8A 2IL2A 3EKQA 5P15A 5KR1A 2Z54A 5P03A 5HU1A 3UFLA 3APPA 1HBVA 4B1EA 4F74A 4Y4DA 3NLSA 5P4PA 1XL5A 3GGXA 2ZHRA 5KR8A 4Y4WA 7UPJA 5PEPA 3D91A 5P3VA 4L1AB 2PYMA 5COPA 1RNEA 2HC0A 3LITA 4ACUA 5KOSA 1NPWA 1D4LA 2AZ8A 5P2ZA 3D20A 3ZKIA 2WF0A 1FMUA 3VYDA 1TZSA 3BHEA 5OZ2A 2QU2A 5P5WA 5P1PA 5P4WA 2F81A 1BVGA 3WB5A 3SA7A 5P4TA 1ODWA 3KM4A 2AOCA 3R1GB 4DJRA 4D8CA 3IGBA 5BRYA 1D4SA 5KQFA 2F3FA 5AH9A 1APWE 5HVPA 3PSGA 1W6IA 1FFFC 5P8NA 1SMRA 5P0EA 3IN4A 3Q70A 2A1EA 3OTSA 3DCRA 4Q1NA 3GGUA 2CENA 3FNUA 5P7EA 5P31A 4RVIA 4HA5A 5P1EA 4Y3XA 5OYZA 1BWAA 1QBRA 3UDYA 1LEEA 2Q11A 3O9AA 3EL1A 2AVVA 1HVSA 3TL9A 1LYBA 5P0TA 1T6EX 1AJVA 4Y4XA 4CKUA 2BPVA 5P3IA 5P1XA 5KR2A 1Z1HA 3KMXA 1ODYA 5P39A 5P55A 2I4QA 5P5UA 5P01A 3H0BA 4JOOA 2NNKA 5P00A 5P61A 2PH8A 5OZ3A 2QHZA 3UQWA 5P73A 1SP5A 3NDWA 5P6EA 1AIDA 3T7PA 3SA4A 4E43A 2VS2A 4QLHA 3PBZA 4GJ5A 3U7SA 1HRNA 5P8TA 1PPLE 3FSMA 5P8HA 4Y5BA 3EKPA 4EXGA 5P0WA 1KJ7A 1HSIA 1D4HA 1FFIC 4B00A 5P6VA 1C6XA 5P2RA 4Y5CA 1LYWB 5P3YA 1EC2A 2B42A 3NU5A 1MTBA 2P3BB 3KDBA 3BRAA 5P3SA 1MIQA 2J9JB 4RRNA 5DGUA 1E80E 1HTGA 1BAIA 1SDTA 5P8MA 1WKRA 2V10C 1TCXA 5P2IA 5P8JA 1HSGA 3OU4A 3QVIA 5DGWA 5P4HA 1DP5A 2AOJA 3S43B 5P36A 4Q5MA 5ENMA 3TOGA 4FIVA 5P6ZA 2QD6A 4Y44A 4DFGA 1OD1A 3PWRA 2IS0A 3VLAA 4H3GA 4TRZA 1B6LA 3NU9A 2WEZA 4Y54A 5P4NA 3BVBA 2FXEA 4Y3FA 2A4FA 3UHLA 4I0JA 5P7RA 4PPHA 5P3GA 3BUHA 5P47A 2IKUA 4I0DA 2IDWA 2VIYA 4KUPA 4J1CA 5OZ7A 4LHHA 5IVTA 5P8OA 1FQ6A 2PSUA 4DVFA 5AHAA 5P1IA 5P7MA 5CLMA 5P1JA 3S85A 2OAHA 3SA3A 6APRE 3L3AA 3KFSA 2B7ZA 5P28A 3HAWA 2XFIA 3L5DA 5P54A 4CPSA 2AIDA 1LS5A 2ER7E 3D1YA 3LPKA 1IIQA 4YHQA 5P1AA 4Y4TA 1HEGE 4GJCA 1FG8C 2OHSA 3OXCA 5OZWA 5P4KA 5P7OA 3K5FA 3NDTA 1ZPAA 5JFUA 2QP8A 4B78A 5P6OA 3ZKSA 5P5LA 4QJAA 1HPVA 5P7SA 5I70A 3PSUA 4ZSRA 3INHA 5P1QA 1SMEA 4M8YA 5OYQA 2I0AA 2XYFA 3O99A 3QBHA 1B6MA 5P5ZA 5OYVA 1KJFA 1EBWA 1GNNA 1LYBB 1OEWA 2R8NA 3K4VC 5P7VA 4A6CA 1MVPA 4ZSMA 4QJ8A 5P5PA 3KFRA 3ZKGA 1SGZA 5P1KA 3PBDA 4Z2ZA 1C6YA 1G6LA 5HDXA 5JFPA 2QMPA 1F34A 5HU0A 2ZJLA 3OU3A 5P68A 5P0OA 2FDEA 4HDBA 2WF2A 5CONA 2F3KA 3RU1A 5P3MA 5P72A 3NDXA 4Y3SA 4FRKA 2R43A 3OU1A 4XX4A 1FQ8A 3OQ7A 2B7FA 2VNNA 3Q6YA 5P4JA 3ZL7A 5P22A 2XFKA 4Y4UA 4APRE 1QDMA 1D4JA 5OZYA 3GI6A 4N00A 5P3KA 1AXAA 2FNTA 1FQXA 4Y3PA 5P0HA 5P49A 5COKA 4Y5KA 4Y3LA 4XXSA 3VYEA 4ZSPA 2QHYA 1XN3A 4OD9A 3WZ6A 1FMXA 3I7EA 1BDQA 3IA9A 1W5WA 1EPPE 4RCEA 3OHHA 1GKTA 2R9BA 3HD8A 1Z8CA 3OUAA 5P5OA 5HCOA 5P44A 3L59A 5P7WA 3IVIA 4Y4JA 4DQFA 4J1FA 5P7TA 5P7PA 3EL9A 3O9HA 5P4SA 4LC7A 3OWNA 1HVLA 2PYNA 5P88A 2RMPA 4R5NA 5E5KA 4DPIA 5OZNA 2WECA 1WBMA 5ER1E 5HE4A 4L7HA 1U8GA 2G27A 1W6HA 1AVFA 5P2AA 3TPJA 3FX5A 5HDUA 3Q3TA 5P5DA 3UDJA 1MT8A 5P5BA 1SIPA 2F80A 4GMIA 4WTUA 5P3PA 5P6QA 3SA9A 4FS4A 5P3FA 5AH6A 4COEA 4Y3NA 4Y4AA 3QAAA 3UCBA 3IN3A 4EJKA 4Y3TA 1HVHA 5P2GA 5P4RA 5OZTA 1MPPA 1BDLA 3FNTA 5I3VA 3O9CA 5P2TA 2NMYA 4GJBA 3HDKA 1WBKA 1GNMA 7HVPA 1FQ7A 4L1AA 5P1UA 5P58A 3VCMA 1FMBA 3PRSA 4EHCA 3WB4A 5P5VA 5P7CA 2G1YA 5I3YA 5OZEA 3VSXA 3QRVA 5P3DA 3QIHA 4J17A 2ZHSA 5P32A 2QK5A 4WY1A 2G21A 2SAMA 3LPIA 3HZCA 3HVPA 2BBBA 4I0GA 4QJ7A 4EP2A 1HEFE 5P8PA 3O9FA 5P70A 2NXLA 5I3WA 4J0ZA 1BBSA 2WEBA 4APEA 1AZ5A 5P83A 4DQGA 2HS1A 2ZJMA 5P2SA 5P2BA 3L5FA 1EPQE 5HDVA 4AUCA 5DR8A 3QROA 5OYXA 4YCYA 3OQDA 4YDGA 4Y3HA 5P7HA 3OU1B 4DJYA 3PEPA 1FGCC 5DQCA 5EZXA 1SDUA 1BILA 3EKWA 4DJQA 2HB3A 5OZPA 4S1GA 5P3RA 5OZZA 1C70A 4DJWA 2UXZA 1EPNE 5P1ZA 5COOA 1CZIE 2BPWA 3KN0A 5OZ8A 4Y50A 1FQ4A 3L5CA 2B60A 1TQFA 2J9KA 4WY6A 3LINA 4B0QA 3LIZA 5P82A 3PWWA 4NJVA 2FGVA 5P3WA 4DQBA 4ZE6A 1LF4A 4J1HA 5P5YA 5ENKA 5P74A 4B1DA 1BV7A 1EPME 1LYAA 1LYWA 5P2VA 1TCWA 2O4LA 1HIHA 2P3DA 3PLLA 5P0NA 5P8IA 3K5DA 4XKXA 5KQZA 1GVVA 1FQ5A 4ER4E 3CKRA 2O4KA 2QZWA 5P38A 4H3IA 1W50A 2FNSA 2HIZA 3GGAA 5P0ZA 5P6HA 2OHNA 2NR6A 3PGIA 5OZLA 2BPXA 3CIBA 3S43A 3MSLA 4X7IA 2V12C 3D1XA 5P8BA 4D85A 5OZ5A 3BVAA 9HVPA 3QS1A 5F01A 3PCZA 1EC1A 5P6KA 4F76A 5P5XA 1G2KA 4MC2A 5P6LA 3UQRA 3EL5A 3ZPTA 2WEAA 2AVSA 4UPJA 4YD4A 3BC4A 3QVCA 5KOQA 2H6TA 4X2LA 5HE7A 5P1SA 3S56A 2QI0A 1K6CA 4Y35A 1KZKA 2O4SA 5ISKA 4LXKA 5P07A 3SACA 2ZYEA 3LZYA 2HPEA 5P6RA 1K2CA 3SPKA 5P18A 4GJ6A 1HVRA 2AVMA 1MT7A 5APRE 4EWOA 3LZUA 1KJGA 4OBDA 1K1TA 2MIPA 5P7AA 4ER2E 5P12A 3UDKA 3EM3A 4F73A 2JJIA 1OEXA 1A8GA 3NXNA 5P5QA 2PQZA 1M0BA 5P4LA 1KJ4A 4PEPA 2Q54A 5KQYA 2WF1A 5JODA 2BPZA 4AZYA 4ZEAA 3SABA 3PSYA 5P2KA 5P5KA 2AQUA 1HVJA 5P16A 1G35A 3IXOA 4Y51A 2VIEA 2I4XA 3MXDA 2WHHA 5OZXA 5P10A 5P37A 5OYYA 3QN8A 5C9BA 4YD3A 5P1DA 1YT9A 3VLBA 2JE4A 5P29A 2QU3A 5P6NA 4DQEA 1BDRA 1IZIA 5OZ4A 4NPUA 1XE6A 1EBYA 4Y3RA 3S45A 1ZBGA 5AH7A 3LIVA 2B8VA 3DCKA 4DQHA 2QI4A 3GI0A 1SIVA 2QMFA 4Y6MA 4EYRA 4Y41A 3VSWA 3OAGA 3WSJA 5IVQA 1BXQA 3DJKA 8HVPA 2FXDA 5OZOA 1AM5A 5P3TA 4JP9A 1BIMA 2QZKA 4Q1YA 2CEMA 4YOAA 1DAZC 3MWSA 3UFNA 4Y3AA 1FF0C 3T11A 3SQFA 5P26A 1MEUA 4J0YA 4Y39A 4CPRA 1YTJA 1LYAB 2ZJIA 3A2OA 5P30A 5P86A 1HWRA 1ZJ7A 4J54A 4OBFA 1AAQA 5P6AA 4L6BA 3LZSA 4K4QA 5OYRA 5P17A 1G0VA 4B05A 4JPEA 4GYEA 5AGZA 5P1TA 5P7GA 5P3QA 5OZVA 3OUDB 3R0WA 3B7VA 4Z4XA 5P51A 2BKTA 3HLOA 4RCDA 1W51A 2I1AA 4FGXA 1IDAA 2FIVA 2RENA 4GJDA 4TRYA 5P1BA 4Y37A 5HDZA 3B80A 4RCFA 1EEDP 1A94A 1E81E 5T4SA 4YBIA 4Y5EA 4Y56A 5OZJA 5P5TA 3ST5A 3BXRA 4Y47A 5P43A 5P6UA 3D1ZA 3EL0A 1APVE 3T3CA 3SA8A 4Y3EA 5P2UA 4Y3DA 4EXHA 5SY3A 3VV7A 3O9GA 3ZOVA 1K1UA 5DQ4A 3O9IA 2G22A 3PCWA 3PMUA 2I4DA 5P7FA 4AMTA 2AOGA 3F9QA 2PK6A 4ZPGA 3ECGA 3TOFA 1NPVA 1GVUA 4YOBA 5P59A 4R93A 4BFBA 5P1GA 3UDMA 5P0DA 5P6WA 5P1CA 1JLDA 1QBUA 5P6GA 5P45A 3AUPA 2IGXA 5P5EA 3WZ7A 5P6IA 5P63A 1PFZA 5OZDA 5KQXA 2V16C 3EKTA 4YD7A 3UDNA 3ER3E 5P0MA 3MSKA 2AOFA 2RSPA 4B70A 2AVOA 4LP9A 5P3EA 5OZSA 5OZBA 1HIIA 3INDA 1ENTE 4DJUA 2Q63A 4LXAA 4Y5AA 3FIVA 3I6OA 3R0YA 5SZ9A 5IS4A 4Z22A 5DPZA 4GB2A 1ODXA 3GGVA 2OHUA 3GI5A 5P3JA 2FDDA 1XS7D 2JYSA 2PSVA 1MT9A 3ZLQA 2FDPA 2PWCA 4GJ7A 2ZJKA 1BXOA 2RKFA 4Y4BA 5DQ5A 4I10A 3HAUA 3OAGB 4DH6A 3VF3A 5P0YA 5P75A 2BKSA 2OF0A 4TVGA 1PROA 3O9BA 2BPYA 2P4JA 1SBGA 4Y57A 1PSOE 5OZCA 1QRPE 2Q15A 5P0KA 3QRMA 5OZ9A 1BWBA 3LNKA 5P40A 2QI3A 3SA5A 1GNOA 1HOSA 5OZ0A 3QP0A 5P0PA 4FAFA 4Y36A 4ER1E 1TW7A 3NU6A 3OUCA 1LV1A 1RQ9A 4U7QA 1CPIA 3OK9A 5P5JA 5P62A 2P3CA 5P7LA 5P5GA 3ZKXA 3JVWA 3IVHA 3T7QA 1OHRA 4YBFA 1J71A 1BVEA 1IDBA 2ZE1A 2QZLA 2G1OA 5P8DA 2G24A 5P2NA 3S2OA 4M8XA 5E5JA 3TH9A 5AHBA 5OYTA 5P53A 2AOEA 3QI1A 4BELA 3G6ZA 4RGHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2V13 A;  4EJD A;  4CPX A;  4FAE A;  2QI6 A;  5P6F A;  4OBZ B;  1YM4 A;  5P0A A;  4OC6 A;  2QMG A;  5DR1 A;  3L5B A;  4J0T A;  3INF A;  5P35 A;  1RL8 A;  4L7G A;  3BUF A;  5P64 A;  1HPS A;  4Y3M A;  1ME6 A;  3TLH A;  4GZF A;  5ER2 E;  4DJV A;  1IZH A;  2NXD A;  4H3J A;  4FSL A;  5P6C A;  3OUB A;  1W5Y A;  5P19 A;  1BV9 A;  3URJ A;  4D88 A;  1HVC A;  2OHR A;  4R92 A;  4JEC A;  2OHL A;  3O9D A;  5P04 A;  3UTL A;  4ZPF A;  4ZPE A;  4K8S A;  4FRI A;  4AA9 A;  4Y38 A;  5P3C A;  3CID A;  3OQA A;  1A9M A;  1MTR A;  3EKX A;  2QD7 A;  2RKG A;  3IAW A;  5P85 A;  3O9L A;  4FM8 A;  4MC9 A;  3NU4 A;  1W5X A;  5P11 A;  4B77 A;  5C9D A;  2AZC A;  1M43 A;  1MSN A;  1PSA A;  2AZ9 A;  2OHT A;  4OD9 B;  3H5B A;  1C6Z A;  4Z50 A;  4GJ9 A;  1HIV A;  1APT E;  5P6P A;  5P8Q A;  4FRJ A;  3VV8 A;  5OYS A;  5P80 A;  3T7X A;  1EBK C;  2ZHT A;  3C9X A;  3EMY A;  4J5J A;  3LIQ A;  3K4V A;  3CMS A;  2ZJN A;  4I0F A;  5P4M A;  2VJ6 A;  1HXB A;  3VFB A;  1DPJ A;  5P1Y A;  2R38 A;  5DR3 A;  3SM1 A;  2P3B A;  5P0Q A;  5P7U A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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