5P89A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 342
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p89A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p89A01
1MT7A 5OZRA 3UDYA 1FFIC 3F9QA 1A30A 2P3BA 3OU1B 2IEOA 3U7SA 4K4QA 5P4GA 5P1QA 1XL5A 2IGYA 3Q70A 5P2XA 1ER8E 2HS1A 3PSYA 5P00A 3EKTA 2G1SA 5P4FA 3U6AA 5P1UA 1SIPA 3FSMA 5P4YA 3TOFA 1GVUA 5HE5A 2AOIA 1AJXA 1M4HA 3HBOA 2XYEA 4Y5NA 5P57A 4FAFA 5I3YA 5P6QA 5P28A 2PSGA 5FIVA 3OXCA 3ST5A 3IXJA 4B1CA 5P32A 3UDPA 5KR8A 5P7HA 3QBHA 2JJJA 4QJ7A 5P1BA 4HDPA 4YD6A 1RV7A 5OZ5A 4R95A 3DCRA 5P6RA 2HPFA 3OUCA 5P6ZA 4J1FA 4AUCA 5JG1A 1KZKA 4YDGA 3PBZA 5P4WA 5P7MA 1FG8C 4ZIPA 1W6HA 2IQGA 4XKXA 4FAEA 5AH7A 1EEDP 5P4AA 5P71A 5P87A 2ZYEA 2PMAA 4QJ2A 5P70A 3CKTA 3VEUA 4R8YA 4I0EA 3OGQA 4Y41A 2AOCA 2PSUA 1IZHA 4YD5A 4A6CA 2FLEA 3ZKXA 5C9DA 5OZNA 2O4PA 3AIDA 1K1UA 3UDRA 2I4QA 4Y4AA 3CYXA 5OZYA 3KDDA 5P09A 3ECGA 2I0DA 2A1EA 2ZGAA 3QPJA 4Y38A 1HXBA 2G1RA 4NJTA 1LYBB 1LYWA 4Y5BA 4D8CA 4EHCA 5P53A 1TZSA 4L7JA 3EL9A 4Y9WA 3L38A 1Z1HA 5P4HA 4TRWA 3I8WA 2B42A 2VIYA 4EJLA 4J0ZA 5P5RA 4DQBA 4YD3A 3G6ZA 5SY2A 2ZJIA 5P2YA 5P2LA 5P59A 7HVPA 3VFAA 2QCIA 1A9MA 5P1MA 5P7DA 1HVKA 4Z4XA 5P81A 4Y3JA 2I0AA 4D89A 4J55A 3UTLA 5P60A 3NXNA 2I4XA 4Y4BA 3H0BA 5P5JA 5P1RA 4FL8A 2VS2A 5P2NA 3UQXA 2WF3A 5P2BA 1HSGA 3L3AA 2FDPA 5OZ4A 4Z50A 3ZL7A 5P47A 4HVPA 4KUPA 3T11A 2F3FA 1E81E 1RNEA 1HXWA 3TKWA 2AQUA 1YT9A 5P2RA 1MIQA 2ZHTA 1RQ9A 2OHPA 3LITA 4PHVA 3VLBA 2G1YA 4MC1A 3NU3A 1BXOA 5OYVA 2ZHVA 1GKTA 1HRNA 5OZ0A 5OZPA 2Q63A 1IVQA 3URJA 1KJ7A 4CMSA 4J1EA 4YCTA 4HE9A 3ER3E 5P4KA 3O9CA 3UDHA 3ZKGA 5P2SA 5P8SA 2QI0A 3UDQA 5P46A 4F74A 2NXMA 4OBZA 5P3EA 5P79A 3LPIA 3L58A 4EPJA 4I0HA 5J25A 3ZPTA 3OQDA 1VIJA 4B78A 1LYAA 5DQ1A 3HZCA 3LZUA 4FRKA 3VYEA 3KFNA 1IBQA 4DQCA 1OD1A 4Y4JA 3JVWA 5P56A 5UPJA 1UPJA 3ZLQA 5P2ZA 5P3LA 3KM4A 3NLSA 1FIVA 3LZYA 1SMRA 1XL2A 1B5FA 4IVTA 3OTYA 1MTBA 4Y4EA 4OC6A 4D85A 4FSEA 2ZJHA 5P43A 3OTSA 8HVPA 1FQ5A 3RU1A 1E5OE 4MC9A 1EBKC 5P4EA 2NMYA 5P68A 5OYQA 5P78A 3SQFA 1NPWA 4I0DA 5P1OA 3LIXA 3HAUA 5P0WA 3OAGB 1N49A 5P3OA 3UFNA 5P24A 5P5OA 3MXDA 3S43B 4YA8A 3CKPA 1A94A 2FS4A 3TTPA 5P8MA 2F81A 5HDXA 5P35A 1PSAA 2XFIA 7UPJA 3HW1A 5P12A 3NSHA 5P83A 2G22A 5P0UA 3CKRA 2WECA 5P0QA 1HPSA 5P8FA 4GJDA 5HTZA 5P19A 1HTFA 3S56A 2ZHUA 3M9FA 5P27A 3QBFA 4GJBA 5ISJA 2R43A 4L7GA 3O9AA 4EJKA 4J0PA 5KR1A 4ER2E 5P39A 3ZOVA 2I1AA 4AMTA 4NKKA 1EPME 4NPTA 2R9BA 5P1CA 1SDVA 3PSGA 3OU4A 5P3AA 4Z22A 5P7PA 5P3QA 5PEPA 2RKFA 1HIIA 5P5NA 3LIQA 5P8TA 3HLOA 5P7BA 5C9FA 3PWMA 3TLHA 4Y4XA 1MTRA 1META 4QJ6A 1D4SA 2CENA 5P2IA 4EXHA 2I4UA 1FLHA 5P3TA 2QI7A 4Z2ZA 2HPEA 1SGZA 2BB9A 2P3AA 4DPIA 3UDMA 5P2OA 3EKVA 5OZ1A 2V12C 5P6SA 1MUIA 1LEEA 2QMPA 3TOGA 4FM6A 5P3PA 3OHFA 2BPWA 2UY0A 4Y37A 5P66A 3EL1A 4YHQA 2V16C 3SA4A 4I10A 1WKRA 3OUDB 1D4HA 5P5UA 1SMEA 5P63A 4B00A 5P3JA 5P8CA 1B6LA 3TH9A 4Y36A 5P49A 5F01A 5OZKA 5P7OA 4Y48A 4LXAA 3LNKA 4LHHA 2QMFA 2V0ZC 1EC1A 5P73A 4RCEA 2BPYA 3BUHA 4CKUA 4CPUA 2OHQA 5P0SA 5P37A 3RSVA 3SFCA 4TVHA 1WBMA 1IVPA 2OHTA 2WEAA 5P04A 3SA6A 4PEPA 2H6TA 4DQEA 4DJPA 3GW5A 1XN3A 1BIMA 1K2BA 3ZKMA 1EC3A 4K4RA 3T7QA 3KT5A 3O9FA 1AM5A 5TOLA 4Y3XA 2PK6A 2VJ9A 3K5FA 4NJUA 2QHYA 3KDCA 3SO9A 3KFPA 4JPEA 5SZ9A 3IXKA 4OBDA 1BWAA 4Q1NA 3ER5E 4R5NA 3N4LA 2IKUA 1CPIA 2ZJJA 4EQ0A 4Y4UA 4HA5A 1AZ5A 1SDUA 3OUBA 4DJRA 2QD6A 4Y4DA 5P02A 4FE6A 2BKTA 2ER6E 2ER7E 2AOGA 5P6NA 4GIDA 4L1AB 2H6SA 1A8GA 5HE7A 4EP3A 5B18A 1KJHA 1PROA 4B77A 4DQGA 3O99A 5P7AA 3FX5A 5P42A 2SAMA 1W5VA 1XE5A 2HB4A 5P0EA 4Q5MA 3VF3A 3D1ZA 5AGZA 4I11A 4LAPA 1EAGA 3OUAA 1DW6C 1G35A 3TPJA 3VLAA 1EC0A 2G24A 5JFUA 2PSVA 1XS7D 3Q6YA 5P5BA 1ZTZA 1QS8A 4Y50A 3H5BA 3KYRA 1HPXA 1CMSA 3MSKA 5P2DA 3PCZA 5P2UA 3D3TA 5OYZA 5OZSA 4Y44A 5F00A 1HTRB 1B6MA 5OZIA 3BC4A 5P7NA 4Y3RA 5DR0A 1A8KA 4F75A 2ANLA 2IS0A 1Z8CA 3SKGA 4Y3YA 2Q3KA 1YTGA 1AVFA 5P8KA 3INDA 5ENMA 4Y5GA 1HEGE 4ZE6A 1YTHA 2PK5A 3KDBA 2O4NA 4TRYA 4Y3EA 2Q55A 1XDHA 3EKXA 3UDKA 4HLAA 5P80A 3KFRA 1D4JA 5DQ5A 4Y51A 5P0OA 3EL0A 4NPUA 5P0DA 1DIFA 1EPQE 5P8PA 5P8BA 2PYNA 1FGCC 4I0ZA 4AA9A 4ZLSA 2PQZA 5P1GA 1EPLE 4ZSQA 2IL2A 2QU2A 1MVPA 3INHA 2ZJNA 3T6IA 1HVCA 4RRSA 1BVEA 5I3XA 3R0WA 1LF3A 1ZAPA 4RYGA 3OQAA 2AZCA 1T7JA 2V11C 2G69A 4Y3LA 5E5JA 3R2FA 2NXLA 1APTE 3RVIA 3QAAA 2ZJMA 5KAOA 3DV1A 2BKSA 3LZSA 5P5IA 2OF0A 4XX4A 3BXSA 5P23A 1K6PA 3BVAA 3ZKQA 5P4VA 4L7HA 5P2WA 5P7QA 3UDJA 2P3BB 4A6BA 4Y6MA 2R5QA 2QNNA 3NDXA 5P0MA 4M8YA 1FQ7A 1YM4A 3S54A 4I1CA 4E43A 5P6WA 2OAHA 5P2MA 1D4IA 1HVRA 1ZSRA 5P7YA 5KR0A 2CEJA 1TSUA 4Y35A 2R5PA 5P48A 1XN2A 5AH9A 4F76A 3LZVA 1B6PA 5P3IA 3WZ6A 1EPRE 2J9JA 4YOAA 4ZPFA 5P3GA 1F7AA 3NU4A 4DVFA 1C70A 2NXDA 3HAWA 3KT2A 5P89A 3KA2A 3OXXA 1DP5A 3LHGA 5OZDA 2FIVA 5P8OA 2AOHA 1IZDA 1E82E 3EKPA 1MSNA 4YBIA 4Y39A 5P25A 1D4LA 5P2VA 5P16A 4I0GA 3EKQA 5P6XA 4HEGA 3BUFA 1AIDA 4PPHA 3VF5A 1GNOA 3PMYA 2Q11A 4RYCA 5P6PA 4OD9A 5P0FA 4HZTA 1HIVA 5HDUA 3VYFA 1UH7A 3OWNA 3VF7A 3FKTA 3QI1A 3LIZA 5P4UA 1G2KA 2RENA 5CLMA 5P11A 3O9BA 4J1IA 3Q4BA 4B0QA 3IXOA 4EXGA 1ZP8A 1LYWB 3GGXA 1APWE 2AIDA 5P4PA 1D4YA 3L5EA 1M0BA 3RTHA 1HVHA 5P0KA 2IKOA 5P8AA 4RCDA 2VA6A 5OZ7A 3URIA 3INEA 5P3KA 5P44A 3QN8A 4ER4E 1T3RA 1U8GA 1HVSA 1KJ4A 3K4VC 5KOQA 4DQHA 3SAAA 5OZUA 3VG1A 5P08A 4KB9A 5P40A 5P84A 5P41A 2G1OA 3CIDA 3D1XA 5P5KA 1PFZA 1HVJA 1BVGA 4GJCA 5P1AA 5P6DA 2AVSA 1HOSA 3S85A 4Q1YA 3TPPA 2AVQA 4ZSPA 5P5FA 1FQ4A 3FNSA 4RVJA 5P5MA 4S1GA 1APVE 1ME6A 4ACUA 1GVXA 3MSLA 4U7VA 1SP5A 5P8VA 1W51A 3GI0A 5P2QA 2XYFA 3LIYA 4Y53A 2NNKA 4JP9A 5APRE 2PWCA 5P3FA 3SA3A 2G20A 5P05A 5P75A 3SM1A 4FLGA 3S7MA 5P45A 2QNPA 1K6VA 3QROA 4HDFA 5P64A 4I0IA 3ZMGA 3SA8A 5EZZA 1EBWA 3CICA 3GGUA 3O9EA 5DR7A 5P0XA 1ZPAA 2JYSA 4OBZB 3PMUA 2B60A 2B8LA 1SBGA 3OGPA 3PGIA 1HTGA 1SDTA 2IGXA 5P0LA 5P8UA 1LYAB 4Y3AA 5KQZA 3G72A 1YX9A 5ISKA 4D88A 5P3BA 3S53A 2OHNA 2A4FA 5P8EA 3JVYA 4LL3A 5OZCA 5P6UA 5P1PA 3QRVA 3D1YA 3UCBA 2FNSA 5P6BA 1B5FB 1BILA 3SABA 3IAWA 3LPKA 4OC6B 2FMBA 2ZHRA 2HB3A 2ASIA 5SY3A 5COKA 5P1VA 5OZTA 1BWBA 4AZYA 2NMZA 1TW7A 5P2FA 5OZEA 4BELA 5OZBA 2G1NA 2QZLA 1SIVA 4CP7A 1EBZA 2O4KA 2G94A 1PPME 3VYDA 2P3DA 3A2OA 4Y43A 1PSOE 5KOSA 1B11A 3OOZA 4DQFA 2WF2A 3O9GA 2P4JA 1BDQA 5P2GA 3L5DA 5AHCA 3MSJA 2RSPA 1IZEA 1XE6A 5P0VA 4FIVA 1MRWA 2HB2A 4RRNA 5KR2A 2G21A 5DR8A 5P2JA 3CMSA 4PYVA 4H3GA 1IZIA 2QI5A 5OZLA 5P5WA 4LXMA 4XXSA 2PWRA 4DV9A 2WF1A 2IENA 1SH9A 4Y3WA 5DGUA 2JXRA 2AZBA 2Z54A 2R3TA 2BPZA 4RVXA 5I3VA 4KE0A 1HPOA 5HCOA 1AJVA 2FGVA 3EXOA 3NUJA 2QP8A 5P8IA 3OU4B 4K9HA 5P30A 5P6FA 1OEWA 3Q3TA 5HDZA 6UPJA 3HVPA 4FGXA 5P7UA 3QVCA 2AOEA 2QZWA 5P65A 4J54A 5OYUA 3PB5A 4OBJA 3O9IA 1FKNA 3EKWA 4OBFA 3SA9A 4Y54A 3QS1A 2QD7A 4MC2A 5P3ZA 4B70A 5OZXA 2ZE1A 1HPVA 1BV9A 1TQFA 1OHRA 1QBRA 2WJOA 4CPQA 3PBDA 4APEA 5P2EA 1DPJA 2Z4OA 5E5KA 4Y3HA 2VNMA 5P4QA 5P5ZA 1BBSA 3EC0A 5OZAA 4FRSA 4B1DA 2WL0A 4YCYA 3ZKNA 5P4XA 5P13A 3UQWA 4F73A 2O4LA 4PZXA 4Y3NA 5OZMA 4Y4ZA 1RPIA 5BS4A 5P01A 4EYRA 1BXQA 5OYXA 3K5GA 3R1GB 4IVSA 2F8GA 5KQYA 5P86A 5HVPA 3NDUA 2G27A 4Y3GA 3OQKA 4BFBA 3UF3A 1T7IA 2R8NA 3VSXA 2QNQA 4H3FA 5P0BA 5P4LA 5P7IA 2QI4A 5P1ZA 5P2AA 4RGHA 3VV6A 3L5FA 1OEXA 4DI2A 5P2HA 2FDEA 1NPVA 5P7ZA 1K2CA 5OZOA 4DH6A 2CEMA 2F80A 1ZLFA 5P1NA 4U8WA 5P3WA 4FRIA 1F34A 1FEJC 2RMPA 5COPA 3HD8A 3GI5A 4GJ8A 1Z1RA 2V10C 2PYMA 3OADA 3WZ8A 2AZ8A 4DUSA 2HS2A 5P7CA 4J5JA 3K5DA 5P1EA 3QIHA 5EZXA 2WHHA 4DJQA 2UXZA 3GGVA 1LS5A 5HE4A 3PM4A 4GB2A 5P8RA 2P83A 3BRAA 3HDKA 2ZJLA 4CPXA 1C6XA 1K6TA 2OHSA 1FQ8A 3R4BA 3WB5A 2Q64A 2BBBA 5P36A 4Y5LA 3GI6A 1K6CA 2G26A 1PPKE 5AH8A 3R0YA 1ZJ7A 5AH6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MT7 A;  5OZR A;  3UDY A;  1FFI C;  3F9Q A;  1A30 A;  2P3B A;  3OU1 B;  2IEO A;  3U7S A;  4K4Q A;  5P4G A;  5P1Q A;  1XL5 A;  2IGY A;  3Q70 A;  5P2X A;  1ER8 E;  2HS1 A;  3PSY A;  5P00 A;  3EKT A;  2G1S A;  5P4F A;  3U6A A;  5P1U A;  1SIP A;  3FSM A;  5P4Y A;  3TOF A;  1GVU A;  5HE5 A;  2AOI A;  1AJX A;  1M4H A;  3HBO A;  2XYE A;  4Y5N A;  5P57 A;  4FAF A;  5I3Y A;  5P6Q A;  5P28 A;  2PSG A;  5FIV A;  3OXC A;  3ST5 A;  3IXJ A;  4B1C A;  5P32 A;  3UDP A;  5KR8 A;  5P7H A;  3QBH A;  2JJJ A;  4QJ7 A;  5P1B A;  4HDP A;  4YD6 A;  1RV7 A;  5OZ5 A;  4R95 A;  3DCR A;  5P6R A;  2HPF A;  3OUC A;  5P6Z A;  4J1F A;  4AUC A;  5JG1 A;  1KZK A;  4YDG A;  3PBZ A;  5P4W A;  5P7M A;  1FG8 C;  4ZIP A;  1W6H A;  2IQG A;  4XKX A;  4FAE A;  5AH7 A;  1EED P;  5P4A A;  5P71 A;  5P87 A;  2ZYE A;  2PMA A;  4QJ2 A;  5P70 A;  3CKT A;  3VEU A;  4R8Y A;  4I0E A;  3OGQ A;  4Y41 A;  2AOC A;  2PSU A;  1IZH A;  4YD5 A;  4A6C A;  2FLE A;  3ZKX A;  5C9D A;  5OZN A;  2O4P A;  3AID A;  1K1U A;  3UDR A;  2I4Q A;  4Y4A A;  3CYX A; 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 3SFC A;  4TVH A;  1WBM A;  1IVP A;  2OHT A;  2WEA A;  5P04 A;  3SA6 A;  4PEP A;  2H6T A;  4DQE A;  4DJP A;  3GW5 A;  1XN3 A;  1BIM A;  1K2B A;  3ZKM A;  1EC3 A;  4K4R A;  3T7Q A;  3KT5 A;  3O9F A;  1AM5 A;  5TOL A;  4Y3X A;  2PK6 A;  2VJ9 A;  3K5F A;  4NJU A;  2QHY A;  3KDC A;  3SO9 A;  3KFP A;  4JPE A;  5SZ9 A;  3IXK A;  4OBD A;  1BWA A;  4Q1N A;  3ER5 E;  4R5N A;  3N4L A;  2IKU A;  1CPI A;  2ZJJ A;  4EQ0 A;  4Y4U A;  4HA5 A;  1AZ5 A;  1SDU A;  3OUB A;  4DJR A;  2QD6 A;  4Y4D A;  5P02 A;  4FE6 A;  2BKT A;  2ER6 E;  2ER7 E;  2AOG A;  5P6N A;  4GID A;  4L1A B;  2H6S A;  1A8G A;  5HE7 A;  4EP3 A;  5B18 A;  1KJH A;  1PRO A;  4B77 A;  4DQG A;  3O99 A;  5P7A A;  3FX5 A;  5P42 A;  2SAM A;  1W5V A;  1XE5 A;  2HB4 A;  5P0E A;  4Q5M A;  3VF3 A;  3D1Z A;  5AGZ A;  4I11 A;  4LAP A;  1EAG A;  3OUA A;  1DW6 C;  1G35 A;  3TPJ A;  3VLA A;  1EC0 A;  2G24 A;  5JFU A;  2PSV A;  1XS7 D;  3Q6Y A;  5P5B A;  1ZTZ A;  1QS8 A;  4Y50 A;  3H5B A;  3KYR A;  1HPX A;  1CMS A;  3MSK A;  5P2D A;  3PCZ A;  5P2U A;  3D3T A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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