5P8AA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 343
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8aA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8aA01
3URIA 2IGYA 3NWXA 5P0SA 1MT9A 4DJXA 5P0AA 2OHPA 2Q3KA 4I10A 1SP5A 5P3QA 5P7RA 3PSYA 4DV9A 5P3ZA 3WZ8A 1AAQA 2PSUA 5P0PA 4MC9A 3DCRA 5P4BA 1HIVA 5P79A 4Y47A 4RYGA 5P6DA 1T6GA 4OD9B 4GJ7A 4LXKA 3S8IA 3HZCA 4MC6A 4HDFA 3OOZA 4U7QA 1T7JA 2QI5A 3BXSA 2EWYA 3JVYA 5P47A 3U7SA 2MIPA 4DFGA 1TW7A 1D4JA 3S7MA 3L5EA 2P3BA 5OZEA 3ZKGA 4GJ5A 5C9DA 1LF3A 2FLEA 4B1DA 5P44A 1HPVA 1RPIA 4R93A 1W5YA 3ZLQA 3UFLA 5P6HA 3UQWA 4J1CA 4RCFA 3ZMGA 2FDDA 4JP9A 2A4FA 5ENMA 5P1NA 2G69A 4EQJA 2ER6E 2B8VA 3CMSA 1ZTZA 5P40A 4YCKA 5P6VA 3A2OA 3Q5HA 2H6TA 5AH7A 1KJ7A 4HDBA 1T7IA 5P7VA 3S53A 4D8CA 5P3DA 1QBUA 2ZE1A 3EL4A 2AZCA 3UDYA 3S56A 3RSXA 3PBZA 1PSNA 3BRAA 2VA7A 4DJQA 2NMZA 1SDUA 4Y3SA 1PROA 4Y51A 3NSHA 2Z54A 4ZE6A 5P50A 5P81A 4GJ6A 1HVIA 3SFCA 3LIYA 2P3CA 2AQUA 5DQ5A 3OOTA 5P19A 1EAGA 3VSXA 2AVOA 4Y53A 2QU3A 5P3RA 2HPEA 3DUYA 4MC1A 3LZSA 5P3OA 3OU1A 1PPKE 4R92A 3RU1A 5C9BA 4APRE 2I4VA 4A6BA 1LZQA 4I1CA 1OEWA 4I0ZA 1MRWA 5OZVA 4YD7A 3MSJA 1LEEA 3GGAA 5P0ZA 4ER1E 2QNNA 5P38A 4DUSA 3H5BA 4AA8A 2BPZA 3D20A 2ZHVA 2NPHA 2WHHA 5P8GA 1YTGA 3OGPA 4PZWA 5OZ1A 3BUFA 5P5QA 1CZIE 2ZJIA 3BC4A 2R43A 1HVSA 2AVVA 1B6KA 1ZPKA 5P4KA 4A4QA 5P17A 4Y43A 4L7JA 4YCTA 1HVRA 5P6GA 4DPIA 3KDDA 1HSGA 1C6XA 3QVCA 3T6IA 2G1YA 3O9GA 5SXNA 3O9HA 4Y3XA 5P8TA 5P3XA 3PMYA 1KJFA 5ER2E 1MTRA 4ZIPA 4BFDA 1MERA 5ISJA 5P1XA 4Y3EA 5P37A 1FG6C 1K2BA 2FS4A 3FKTA 3TOGA 4D85A 1Z1RA 5P8HA 5P89A 4Y4AA 2HS1A 4H1EA 4I0EA 5P82A 3QP0A 5P13A 4FCOA 3SO9A 3TH9A 4DJWA 1SIVA 1XN3A 1SDTA 3URJA 3VYEA 5P1TA 4CPQA 4DJOA 5P5TA 5SZ9A 2NXMA 3WSJA 2BJUA 2WEAA 3NU9A 1TCWA 4GJCA 5ER1E 4Z22A 4HZTA 1TSQA 2F3EA 1E5OE 5P3EA 2ER7E 5HU1A 4Y37A 5OZ7A 4JPCA 1YTIA 5P0IA 2WEDA 4RCDA 5HDZA 1QDMA 3CYXA 3OADB 5P6RA 5P41A 5P7WA 3G6ZA 4AZYA 2IS0A 3CIBA 3OXCA 4EXGA 1ER8E 5P5DA 2F3FA 3KA2A 5P52A 4D89A 3I8WA 1A94A 2O4LA 2HM1A 2QMGA 2G22A 1PSOE 1AZ5A 3DJKA 7HVPA 1BWBA 4XXSA 1YG9A 1WBKA 2ZJJA 3LZVA 4Y57A 5P02A 5P1DA 1OEXA 3KFRA 4COEA 1FEJC 2WECA 2FNTA 1FMUA 1HTEA 5P6UA 1SIPA 3Q4BA 3QS1A 2PQZA 4CPRA 1HRNA 5J25A 1TSUA 3OHHA 5P5YA 3VV6A 5P7YA 3TNEA 3UDNA 5P4DA 4K4PA 4LP9A 4Y38A 3PMUA 4RRNA 1XS7D 3R0WA 3NLSA 2FDPA 4Y54A 5P8JA 3PSUA 5KR0A 3LIQA 5P4RA 3I7EA 3VV8A 1EC1A 2AVSA 2IQGA 2B60A 3INEA 1HPXA 1D4YA 2R3WA 4Y39A 4OD9A 2QHYA 2FGUA 3KT5A 5P7GA 2ZGAA 3UQPA 3NUOA 3TPLA 1LYBA 4B72A 5P4JA 1E80E 4Q1NA 3PRSA 3VLBA 5E5KA 4EP2A 2QI3A 3UQXA 1SDVA 4Y5KA 3F9QA 5P8PA 3OUDB 4Y50A 4S1GA 1BWAA 2ZYEA 1AJXA 3KDBA 1HVHA 4L7GA 3EM3A 4QJ6A 5P84A 2ZJNA 4B77A 5P3HA 5P3SA 5P6KA 2FXDA 5P8AA 8HVPA 6FIVA 2VNMA 4Y4WA 2G1RA 4Y56A 4EJKA 3D1ZA 3LZUA 3TOFA 5P07A 3OQKA 4HDPA 3RTNA 1GNMA 4Y41A 3SM2A 3K5FA 1MTBA 3LITA 4J17A 3TPJA 2BBBA 5IVQA 5P62A 1FGCC 1PPME 3OUAA 4RZ1A 4X7IA 5P73A 4Y45A 1B6JA 1APUE 4FM8A 2AOEA 1EPNE 3BGCA 4B70A 5P7BA 3SA9A 1IDAA 3EM6A 4OBJA 3Q70A 3EBZA 4N00A 1G35A 3ZPUA 4Y5EA 4NPTA 3LZYA 5DPZA 3OY4A 2OHLA 5P5LA 1GKTA 2QHCA 1EPME 4R8YA 4FM6A 3O9AA 1HVCA 4CP7A 1HBVA 3BGBA 5P4IA 1TZSA 1MT7A 4Y4ZA 4HA5A 1YTHA 5P7OA 5HVPA 1JLDA 4ACXA 4QJ8A 3G72A 3SA3A 5OZLA 2FXEA 3EM4A 5HDVA 4FRJA 1T6EX 3UDQA 3DCKA 1HOSA 1W50A 1FB7A 1ZP8A 3PLLA 2P83A 3I6OA 3UTLA 4HLAA 1IVPA 5P5BA 1K6PA 2R3TA 5P42A 5P8LA 5P2MA 3UHLA 3SQFA 6UPJA 1KJGA 3OU4A 5IE1A 2Q5KA 5P0NA 3FIVA 4HE9A 3IAWA 4QJAA 5SY2A 1AXAA 5P6EA 2PK5A 1HEGE 3T7XA 5P1EA 3KF0A 3R4BA 1QBRA 4YBIA 5P2AA 4AA9A 5DQ4A 5OYXA 2JJJA 5P4OA 5P7SA 6APRE 1IDBA 3APRE 2NMYA 3QI1A 3URLA 4EP3A 3SA5A 3M9FA 1K1TA 5OZJA 5OZAA 5P8SA 1SH9A 2RKFA 5OZBA 1DIFA 5P5AA 3HLOA 1BIMA 3OAGB 4KUPA 5IS4A 2CEMA 2HC0A 3L5DA 4K9HA 3NU3A 4Y3AA 1E82E 2HB3A 5P7JA 3NU6A 2R9BA 3K5DA 2NR6A 3VUCA 2QZXA 5P1OA 5P4UA 1Q9PA 3ZKXA 1BILA 1BXQA 4DJVA 5OZPA 3FNSA 4I12A 1FQ8A 4NJVA 5AGZA 3EL1A 4R91A 1RNEA 1IIQA 5P5SA 5P0MA 4K4QA 1NH0A 3NU4A 2HPFA 2IGXA 5P0HA 1K6VA 4GZFA 3KMYA 1IBQA 1Z1HA 5P1MA 4Y3MA 4J1HA 5P5HA 3HD8A 5P5WA 4EXHA 5P5GA 3LPKA 4B78A 3EL9A 4FRSA 3L5FA 3GW5A 1MPPA 4ZLSA 1T7KA 1SGZA 2P8HA 4CPXA 2VA6A 1EC2A 1EBZA 5P16A 2VIYA 5P58A 5P6NA 4GJ9A 2JYSA 5P5ZA 1HEFE 3O9LB 3UF3A 4R5NA 4Y5NA 3I2LA 5P57A 4J5JA 2IKOA 2PK6A 1HTGA 4GJDA 5EZXA 3EKQA 2OHRA 4Q1XA 4EHCA 1BDRA 4FAEA 2NXLA 3EKWA 1HTFA 1U8GA 2V0ZC 5P7KA 5P2DA 5AH9A 1GVVA 5P2JA 5P7NA 1APTE 3GGUA 1KJHA 2VJ6A 5BS4A 3SPKA 2UPJA 3HDKA 2O4SA 5P2IA 5P7ZA 3PLDA 3TLHA 3K4VC 3OXXA 4GMIA 3CKPA 3ZPTA 1W5WA 1NPVA 5P4WA 4YDGA 5P8OA 4ZPGA 2O4PA 2Q11A 2HAHA 2AZ8A 2I4WA 3GGXA 3HVPA 5DR1A 1EC0A 5DR0A 2PMAA 5P3GA 4I0HA 4WY1A 3KT2A 1G0VA 1B5FB 2FIVA 1RQ9A 3L38A 5IVSA 5P2UA 1HPSA 2BPYA 3O99A 2I4DA 5HE4A 3EC0A 2JJIA 5OZKA 1XN2A 4Y3ZA 5E5JA 1LV1A 2JE4A 4JPEA 2OHTA 3AUPA 3IXJA 5P6OA 2CEJA 5OZWA 1ME6A 5HDUA 3CIDA 2QD8A 4LXMA 1XDHA 2WF2A 3KDCA 5P22A 1EBKC 1BVEA 2I0DA 5P35A 5DQCA 5P27A 5COKA 4Y4TA 5P68A 3QN8A 1PSAA 2QI0A 4Y3FA 2R5PA 3NYGA 5FIVA 5P53A 3D3TA 3BXRA 4K8SA 5COOA 3INHA 3SKFA 5P2OA 1BV7A 1YX9A 5I3WA 4Y3JA 4TVGA 5OZIA 3S45A 5I3YA 5OZZA 4YD6A 3APPA 2ER9E 5F00A 5P0TA 1MSNA 3OQFA 4B1CA 5P5CA 1HTRB 2HB2A 3NDTA 4FRIA 5P8FA 3WB4A 2VJ7A 1M4HA 5OZTA 5P6PA 3KN0A 2PC0A 4Y5BA 2QD6A 5P8CA 3SAAA 1ZLFA 1HVLA 1ZPAA 5JFUA 4H3IA 5P70A 5OZSA 4DJPA 2H6SA 3C9XA 5P3UA 4OBHA 5P1ZA 2IKUA 3TPRA 2WL0A 2QMDA 2OHUA 1SGUA 4FRKA 5OZCA 3FNUA 2VIZA 3IA9A 2VKMA 5DR8A 3N3IA 2Q64A 5KOSA 1MT8A 2F80A 5P8EA 4LXAA 4QLHA 1UPJA 3EL5A 3VF3A 1NSOA 1BXOA 3KM4A 5UPJA 2IDWA 2P4JA 1DP5A 1M0BA 1NPAA 1YM4A 3NXNA 4I0DA 4L1AB 3IVIA 2XFIA 3KYRA 5P26A 1N49A 1YTJA 5AHBA 1FKNA 2P3AA 5P3WA 3S85A 1KJ4A 1XE5A 5P7EA 5P0QA 3S43B 3NU5A 5P4VA 3LPJA 5P0JA 4XX4A 5DR7A 4DVFA 3LINA 4Y3PA 3PGIA 3OWNA 5P3MA 2OHQA 3H0BA 2Q63A 5P7LA 3QBHA 5P60A 3MXEA 2FGVA 3INFA 4J1KA 3MXDA 1MEUA 2R38A 5OYZA 5P8NA 5P2HA 5P0WA 2A1EA 3LNKA 5OZFA 4YCYA 5P87A 3SACA 2FNSA 2AVMA 4IVSA 5P55A 5P7FA 1WKRA 4YD5A 2AODA 5P4GA 1SMRA 3EKVA 4RGHA 2IENA 4UPJA 3IXKA 2AOIA 1ODYA 5P8MA 3DV1A 3LIXA 5P29A 5OYRA 4TRZA 2F81A 1HSHA 1YT9A 2G1NA 3PEPA 5P3FA 4F73A 1GVXA 2PH8A 4OBFA 1QBTA 2Q55A 5P6LA 4PZXA 3LHGA 4YDFA 5KOQA 5I70A 1AM5A 2F3KA 4J54A 4NJUA 3SLZA 5P75A 5P4QA 5P2QA 4R95A 4OBDA 5P5NA 3I25A 5OZHA 1W6HA 3PCZA 3OUBA 3PWWA 3CICA 3O9LA 5P5KA 4CPSA 3GI6A 1A30A 3MWSA 2B8LA 5HE7A 9HVPA 2PSGA 2I4UA 5P0XA 2QZKA 3T7PA 1ZJ7A 3OTYA 2Z4OA 1MIQA 2QZLA 5P20A 4GJBA 5P4XA 5P8UA 3HAUA 2CENA 1E81E 5P0BA 2J9KA 5P2RA 1MUIA 1BV9A 1GVTA 1HVJA 3PM4A 2WKZA 3D1YA 3QBFA 5P5XA 1LS5A 4K4RA 3UQRA 1T3RA 2RMPA 5P3PA 2V16C 3PVKA 2RKGA 4J0VA 3ST5A 4DJUA 5JODA 5OZ5A 5P03A 5P4HA 4CPUA 4CPWA 5OYQA 1DW6C 3VCMA 1DMPA 2VJ9A 4RCEA 5P01A 3UCBA 4J0ZA 4GB2A 1EPLE 5DQ2A 4BFBA 1K1UA 2ZDZA 3IN4A 1HIIA 3B80A 3HW1A 2WF3A 5P6FA 2P3DA 3S2OA 2G1SA 4PEPA 5P25A 5P86A 5P6IA 5KQFA 5OYTA 1B5FA 3D91A 2QNQA 4QJ7A 5P63A 4JECA 3ZKIA 2OHMA 1AVFA 4LAPA 5P06A 4Y3LA 5P09A 2QI6A 5AH6A 3O9BA 5P67A 5P1SA 5I3VA 4EPJA 1APVE 1GNOA 5OZNA 1BBSA 3ER5E 2I4QA 5P51A 4A6CA 5JFPA 2ZHSA 2SAMA 1HHPA 4ZSMA 1VIKA 5P5OA 2ZHUA 4DJYA 3PSGA 5EZZA 4RYCA 5P04A 2WJOA 3QVIA 4GJ8A 4KE1A 1FQ7A 4BELA 1BDLA 1APWE 1BVGA 4Y44A 1W5VA 2APRA 1DAZC 3U71A 4I0JA 1F7AA 2VNNA 2V00A 4Y9WA 5OZOA 3PHVA 5P33A 4WTUA 1BAIA 1QBSA 1D4KA 1TCXA 3T7QA 4AUCA 1WBMA 1GNNA 5P6AA 5P2EA 4Y4BA 5P2XA 2G26A 2BB9A 5P48A 5P8VA 1EBYA 5P4EA 5P05A 5P2VA 4M8YA 3EL0A 4CMSA 5P1RA 4DQBA 2PSVA 5KR1A 2ANLA 1AIDA 5P2KA 2AZBA 2O40A 3NUJA 3FNTA 5P4CA 4U8WA 1RV7A 5P18A 1B6MA 1MVPA 7UPJA 1QS8A 3QAAA 1IZHA 5P5FA 2QMFA 5P1GA 4EJ8A 1ODWA 5P8DA 2QNPA 4X2LA 4OC6B 4Y3TA 5P14A 1K2CA 3QPJA 2AOGA 4FS4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3URI A;  2IGY A;  3NWX A;  5P0S A;  1MT9 A;  4DJX A;  5P0A A;  2OHP A;  2Q3K A;  4I10 A;  1SP5 A;  5P3Q A;  5P7R A;  3PSY A;  4DV9 A;  5P3Z A;  3WZ8 A;  1AAQ A;  2PSU A;  5P0P A;  4MC9 A;  3DCR A;  5P4B A;  1HIV A;  5P79 A;  4Y47 A;  4RYG A;  5P6D A;  1T6G A;  4OD9 B;  4GJ7 A;  4LXK A;  3S8I A;  3HZC A;  4MC6 A;  4HDF A;  3OOZ A;  4U7Q A;  1T7J A;  2QI5 A;  3BXS A;  2EWY A;  3JVY A;  5P47 A;  3U7S A;  2MIP A;  4DFG A;  1TW7 A;  1D4J A;  3S7M A;  3L5E A;  2P3B A;  5OZE A;  3ZKG A;  4GJ5 A;  5C9D A;  1LF3 A;  2FLE A;  4B1D A;  5P44 A;  1HPV A;  1RPI A;  4R93 A;  1W5Y A;  3ZLQ A;  3UFL A;  5P6H A;  3UQW A;  4J1C A;  4RCF A;  3ZMG A;  2FDD A;  4JP9 A;  2A4F A;  5ENM A;  5P1N A;  2G69 A;  4EQJ A;  2ER6 E;  2B8V A;  3CMS A;  1ZTZ A;  5P40 A;  4YCK A;  5P6V A;  3A2O A;  3Q5H A;  2H6T A;  5AH7 A;  1KJ7 A;  4HDB A;  1T7I A;  5P7V A;  3S53 A;  4D8C A;  5P3D A;  1QBU A;  2ZE1 A;  3EL4 A;  2AZC A;  3UDY A;  3S56 A;  3RSX A;  3PBZ A;  1PSN A;  3BRA A;  2VA7 A;  4DJQ A;  2NMZ A;  1SDU A;  4Y3S A;  1PRO A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2BPW A;  4FSL A;  5P6J A;  3SM1 A;  1ZSF A;  4B05 A;  3GI5 A;  2QK5 A;  2WF1 A;  4HVP A;  2P3B B;  4J1E A;  5AHA A;  4Z4X A;  4H3F A;  2QI4 A;  3PI5 A;  3TTP A;  4YOB A;  2R5Q A;  3Q3T A;  5DR4 A;  4EJD A;  2QI7 A;  5P6M A;  5OYS A;  3ECG A;  5P4N A;  3L59 A;  4DH6 A;  3EMY A;  3QRO A;  4Y58 A;  2Q54 A;  1LF2 A;  1PFZ A;  5P7X A;  3KFN A;  2Q15 A;  3KFS A;  5P2S A;  5KR8 A;  4YBF A;  3OHF A;  1D4H A;  3R0Y A;  3OQ7 A;  3VFB A;  2BQV A;  5P15 A;  3UDR A;  4YD3 A;  5P8K A;  3O9D A;  2G20 A;  3K4V A;  3UDK A;  1G2K A;  5P5M A;  4ZSQ A;  4Y36 A;  2VIJ A;  2PWC A;  3BVB A;  3SA7 A;  4J1I A;  5IVR A;  3DK1 A;  4Y4U A;  4FE6 A;  5P0O A;  2O4N A;  1IZE A;  1LYW A;  5DGW A;  3NDW A;  5P12 A;  4DPF A;  4Y3D A;  2B7F A;  4Y5M A;  2OHN A;  1PPL E;  3EKT A;  5P7M A;  2AOF A;  5B18 A;  3FX5 A;  5P31 A;  5P2Z A;  5P4S A;  5JG1 A;  1C6Y A;  3IXO A;  4Y5G A;  1EPQ E;  5P3V A;  5P54 A;  1MES A;  4U7V A;  3ZL7 A;  5P59 A;  3NR6 A;  1A8G A;  4I0I A;  3OU1 B;  1NPW A;  4F74 A;  3RSV A;  3S54 A;  5OZ0 A;  3PCW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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