5P8FA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 348
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8fA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8fA01
5P7TA 1W6IA 5P8JA 1HSGA 1HPSA 3DJKA 4LBTA 5P5JA 3WB5A 1NPAA 4LXAA 4GJCA 5COKA 4R91A 3ZKSA 1APVE 5P7AA 3LIVA 5KR1A 5OZUA 3S53A 4Q1XA 5OZ2A 5P42A 3NLSA 4OBJA 3PI5A 3LNKA 4YOBA 5P20A 3RU1A 1MRWA 2O4PA 2BJUA 3B80A 3ZKNA 3HBOA 5AH6A 2V12C 3HAUA 1ZLFA 2IENA 3OXVA 4D83A 5P6UA 5P1KA 4H3GA 4Y47A 3BUGA 2O4KA 4FGXA 2ZHSA 4A6BA 3OUDA 5P4MA 3KDDA 2OHRA 5P7BA 5P7OA 5P1CA 1HIHA 5P2RA 1K6CA 1SP5A 1MERA 5P6MA 5KQZA 4Y3QA 2ZYEA 3HD8A 3QPJA 3PRSA 3HVGA 3PEPA 1TQFA 5P8SA 3UF3A 1EPNE 5P7UA 4I0EA 5P1UA 4GJ9A 3GI0A 3LPIA 5P2SA 5OZFA 1XE5A 4Y5CA 2IKOA 3UHLA 1B6JA 4I10A 4WY6A 1FFIC 4QGIA 5P2IA 4Y58A 3MSLA 1RPIA 4J0TA 3Q6YA 5OZNA 1QBTA 1TW7A 3KF0A 4B70A 5P87A 4CPSA 2IDWA 4Z4XA 5P4XA 5P5IA 4OD9A 5OZIA 5EZZA 3NU9A 4YD4A 3HZCA 2AVVA 4E43A 5P2WA 3R2FA 5SZ9A 1EPOE 3VF3A 3GGVA 3S2OA 5HTZA 3CKRA 3K5CA 4OBGA 1D4LA 3PWMA 2AVOA 5HE5A 5P0BA 3I25A 1WKRA 3TKGA 2AVSA 3ZKQA 4Y39A 3L3AA 3MXEA 3CKTA 4FRJA 4XX3A 2AOJA 4B1EA 2PK5A 3OY4A 2I4WA 1HVSA 3LIYA 1IVPA 4K8SA 5FIVA 3O99A 3IN3A 5OYYA 5P15A 5P5XA 4YCKA 1PSNA 4QJ9A 1TZSA 2QI4A 4RGHA 4YE3A 3ZPSA 3LPJA 1B5FA 4ZPFA 3GI6A 5HDZA 5P8CA 2A4FA 4U8WA 1QBRA 5P7PA 2JJIA 3ST5A 1MT7A 5P2FA 5P2NA 3PMUA 1META 1EAGA 3U6AA 2BB9A 3L5BA 2HM1A 3PI0A 3PB5A 5IVQA 5P4IA 1DAZC 5DR1A 4FRSA 4BFBA 4CP7A 2HPEA 5HVPA 3JVYA 2HB3A 4LXKA 3KFSA 2FXDA 5P4BA 2WKZA 2BPVA 5OZEA 4GJ8A 3PWWA 4FRIA 5DGWA 4Y36A 5P3AA 5P6YA 2VJ7A 1YM2A 1HPVA 5P8RA 3ZPTA 4DQFA 5P1SA 4YD6A 2G69A 2JE4A 2IRZA 3HVPA 4LHHA 4Y4XA 5OZDA 4NJVA 5AH9A 4N00A 5P06A 2QI3A 4Y57A 4YOAA 3DOXA 5P17A 4LC7A 4NJUA 5P5UA 5P1EA 4A6CA 1GVWA 5KOSA 5P2GA 1BDRA 1LS5A 1ODYA 4K4RA 5P0MA 1K1TA 4XX4A 1TSUA 3QROA 5P6KA 1SIVA 5P7ZA 1RQ9A 3K5DA 5P4FA 3URJA 4ER2E 3U71A 2BBBA 2R38A 5P3DA 3LIXA 5DR3A 4YCYA 1BWAA 3NDTA 4Y5EA 5P2XA 4Y6MA 4L1AB 4Z22A 5OYZA 1BIMA 3UDJA 5P1NA 2OHQA 5P01A 1W50A 5HCTA 5OZ8A 5P7EA 5OZZA 1LYBB 4KUPA 5P5CA 1HEFE 5P0NA 3EL9A 3S8IA 3DUYA 4Y44A 4RLDA 5P3QA 5I3YA 2PSVA 4K9HA 4ACUA 3LINA 4GJBA 1A8KA 3FIVA 4IVTA 4HEGA 2QI1A 1BXOA 4Z2ZA 5P7NA 3DV1A 3OQKA 5P1WA 5OZCA 4ZSMA 1APWE 1C6ZA 3PBZA 3QVCA 2V0ZC 3LPKA 5P6JA 2SAMA 5SXNA 2B7ZA 3EL5A 1WBMA 3JVWA 1E81E 2BPWA 3K1WA 3UFLA 3UFNA 3SO9A 2NMZA 3L5EA 4CKUA 4DPFA 5I70A 2ZHTA 5P3XA 5P4CA 5P72A 4FM6A 5P2KA 2R8NA 4Y3LA 5OZ6A 1C6XA 5P60A 5OZQA 1ENTE 1FFFC 2BKTA 2OF0A 1FEJC 2ZJIA 5P6TA 1HPOA 5P2JA 1EBWA 3BXRA 4JOOA 5P8HA 3EBZA 3LZVA 4ER4E 3L5CA 3GGXA 4GYEA 5P22A 5P8OA 1G0VA 2AQUA 3S43B 4Y53A 1HXBA 5P1ZA 5OYRA 5P29A 1FQ8A 4Y5LA 5OYTA 4Z50A 4LL3A 4Q1WA 4KB9A 1SMRA 1PSAA 1B6LA 2VNMA 3NYGA 3OU1A 4DFGA 5P67A 4Y3RA 5P8LA 4GJAA 1YTGA 2AVQA 1M4HA 5P46A 5P1VA 4DUSA 2BPZA 2ER0E 4NJTA 2NXDA 5P14A 2WEAA 2R5PA 3IN4A 2QI0A 1TSQA 2I4DA 3SACA 1EC0A 5P66A 2QU3A 5P4OA 1HVIA 3UQXA 1HIIA 5OZKA 5P28A 4JECA 2FGUA 4I0FA 3TNEA 1HSHA 4Y35A 5JFUA 5HD0A 4YD3A 4CPWA 1AJVA 3I7EA 1LYWA 1FG8C 1A30A 4RVIA 4QJ7A 3IGBA 4KE0A 3CKPA 4F73A 2HS2A 5AHAA 4EPJA 3R0WA 5P0QA 2QZKA 4RCDA 1YTHA 5OZ9A 5P4UA 1YG9A 2G1RA 3OADB 3PSUA 5P5AA 1D4JA 4B77A 3VF5A 1FKNA 4IVSA 1LV1A 5P3TA 4EJLA 1GVVA 2OHNA 4JPEA 3IXOA 3T7XA 3S85A 4TVGA 3VV8A 1LYAB 4DPIA 4EP2A 2NPHA 5P6VA 4Y45A 5AGZA 5P5TA 4F74A 5P3NA 3OOZA 3D91A 2G94A 3TPRA 5P7KA 5OZLA 2H6SA 3SA8A 4J1KA 3OU4A 2FDPA 2V13A 5I3XA 5P84A 2QZXA 5COPA 5P4QA 3UDRA 5OZBA 1D4HA 3ZKIA 4Y3TA 2A1EA 2O4LA 3QRVA 3I6OA 1HIVA 4Y48A 1AM5A 5P0AA 5P1PA 3UQUA 2I4XA 2P3CA 3ZMGA 4R8YA 5P80A 5DGUA 2R5QA 2B8VA 4DJVA 4DQBA 5P0EA 3GI4A 3ZL7A 4ZE6A 1SGUA 4DJRA 1YTIA 3IVHA 2G20A 3ZKXA 1XL5A 1MEUA 3ER3E 2P83A 2AOIA 3NWXA 4PZWA 2AOCA 3IXJA 3PM4A 4FSEA 1KJ7A 4Y5PA 3UQPA 5P48A 2QI7A 5HDVA 3NDXA 2F81A 4HZTA 3IA9A 4BEKA 1MT8A 3RTNA 3CIDA 4L7HA 5P43A 4Y3GA 4EXHA 5P3GA 5P5KA 4APEA 5KAOA 3LITA 5OZ3A 5P5LA 3LZSA 4CPUA 2AODA 1HTFA 3TOGA 5P5FA 5P8BA 1MVPA 2WHHA 3LZYA 3NUOA 1FMUA 1LF4A 5OYSA 2WEDA 4FM8A 3TKWA 2V11C 1W51A 4OBKA 4FL8A 2ZHRA 4B05A 1FIVA 2G1OA 4Y41A 4CMSA 4EJ8A 2NNKA 3NDUA 1EC3A 2J9KA 2ER9E 4FIVA 4I0GA 4BFDA 5P25A 5P07A 4DJOA 3UDPA 4NKKA 4Y5MA 3EKYA 5P6RA 5ENKA 1WBKA 2QCIA 2NTRA 1EPME 2O4NA 3EKVA 3TOHA 2V00A 3JW2A 5P5SA 3RTHA 4J17A 2AOFA 4Y38A 4D89A 4TRZA 3I8WA 3UDNA 5P5PA 3OUBA 3VEUA 1W6HA 5OZYA 5P3VA 2ZJNA 2WF0A 3H5BA 4Y3FA 3VSXA 1RL8A 2XFKA 2G24A 4PZXA 2RSPA 3OGQA 5OZAA 3RSVA 3QBHA 4RRSA 2FS4A 5P82A 3T6IA 5DR7A 2OHPA 4Y3ZA 3TPJA 1GKTA 5P2LA 1G2KA 3GGAA 5P1QA 2G1YA 5P7HA 2QHCA 2JYSA 1FGCC 4GZFA 2P3DA 4Y3SA 5P0TA 2BPXA 2JJJA 4RYGA 5P78A 3O9CA 3O9AA 5E5JA 5F00A 3O9DA 3ECGA 3MXDA 5CLMA 5P32A 5P7VA 1VIKA 5DR8A 3QRSA 3DK1A 3KYRA 4WTUA 2HB4A 2Z4OA 4Y4EA 1IZHA 4FLGA 5P1BA 5OZ7A 1SDUA 3NSHA 3KA2A 2QHYA 4YCTA 5P31A 3OUCA 2P3AA 5P23A 5IVSA 5IE1A 5P85A 3QI1A 4I12A 2P3BB 4HDBA 2Q3KA 5P8NA 3ZKGA 2ZE1A 3OUAA 1MESA 4FS4A 2B42A 1BILA 5P75A 5P4LA 3O9EA 4M8YA 1ZSRA 3EKWA 3QAAA 2ZJKA 1UH7A 1UPJA 4Y4WA 5P6LA 4ZSRA 5DQ4A 2QMFA 3BC4A 2FGVA 3OQAA 5P2TA 2O4SA 3UDMA 4R92A 2OHUA 5P5MA 1IZDA 1SDVA 4K4PA 4Y4ZA 1PSOE 3D1YA 3HLOA 4J1FA 1MRXA 4J0PA 3VLAA 1Z1HA 5C9BA 1T7IA 2VA7A 5P4ZA 5P3OA 5AH7A 3QBFA 4DQCA 4RRNA 3RSXA 5OZXA 3O9GA 2G22A 4I0ZA 3OK9A 3WZ7A 2QP8A 3BVBA 3OTYA 1MTBA 5P1OA 4L1AA 1EBKC 2P4JA 3BUFA 7HVPA 1HTRB 2XYFA 5P65A 1XE6A 2AZ8A 5OYUA 5P0SA 5KOQA 4Y3AA 5BRYA 2UPJA 1T7JA 2RENA 5P1TA 1LYBA 4JP9A 1AZ5A 4ZEAA 1HHPA 4H3FA 4Y4UA 2AVMA 3SLZA 1IBQA 1ZTZA 2Q55A 3S7MA 5P69A 2WECA 2ZJLA 3INHA 2QD7A 1HRNA 4J5JA 2PSGA 3PWRA 5COOA 5P50A 4B0QA 4EQ0A 3KMXA 1W5XA 3CICA 4HE9A 5P3KA 3NWQA 4DQHA 5P54A 1SMEA 5P7GA 6UPJA 3INDA 1D4YA 1ODXA 2VIJA 3QIHA 5P8PA 4R5NA 5P77A 3VFAA 3SM1A 5OZOA 5OZSA 1PPKE 5P5YA 5P62A 5P8TA 5P16A 1AXAA 1Q9PA 4JPCA 4PEPA 1W5YA 3TL9A 5P8EA 2XFJA 1MIQA 5P4EA 1GNOA 2ASIA 3VYDA 3B7VA 5P4TA 2I0AA 3DCKA 2QD8A 4L7JA 5DR4A 1D4KA 2I4VA 2WEZA 6APRE 3KM4A 3VUCA 3KN0A 3KFNA 3O9FA 5P8MA 4GIDA 1EPRE 2G1NA 5P6GA 1D4IA 5P64A 5P09A 2HS1A 5P71A 5KR2A 5P4NA 4B1CA 5P63A 3UDKA 2QI5A 2QI6A 3AUPA 5P6SA 4OBZB 1B6KA 1BVGA 5P36A 5P8UA 5P6NA 1OHRA 1TCWA 5KQFA 3TTPA 5C9DA 3O9LB 4GJ7A 8HVPA 5P6BA 3UDYA 5P53A 1A8GA 3AIDA 2Q64A 5P7WA 5P2QA 2NNPA 4PPHA 1HVHA 1U8GA 3FNSA 2Q15A 4FCOA 1OEWA 1LF3A 2G26A 5P3EA 5P6ZA 4GJDA 5P0DA 5IVTA 5P45A 3D1XA 3GGUA 5P13A 4FM7A 4I1CA 5JFPA 3RVIA 1NSOA 2AOHA 2AZ9A 1ZPAA 5P2MA 1ZP8A 4J55A 5KQXA 3BGBA 2XYEA 4TRYA 4J54A 5P1IA 1YTJA 5P5VA 5OZPA 2G21A 1ER8E 2ER6E 4FRKA 3G70A 2I4UA 5P3FA 1PPME 1BAIA 1G6LA 5P8FA 5OZ4A 2VJ9A 4ZSQA 4ZPGA 4OC6B 3EKXA 3MWSA 5P7DA 3U7SA 4Q1NA 5E5KA 1K6TA 3VFBA 5P0WA 5P6DA 5P6QA 3OXXA 3RTMA 5P3IA 4YDGA 1ME6A 3ZKMA 3OADA 4QJ2A 3NU5A 5P7IA 3TLHA 1ZSFA 2AZCA 3UPJA 1CZIE 3PCWA 1RV7A 5P8IA 3PSYA 1Z1RA 4FE6A 4YD7A 4DJPA 5OZVA 1IDAA 5P18A 4XXSA 3BVAA 5OZRA 2AZBA 5P7QA 5P0HA 4ZIPA 4ZSPA 5PEPA 5P0UA 2R3TA 2PQZA 5P1GA 2OHSA 3T3CA 3FV3A 1T7KA 5HDXA 5P04A 4H3JA 5P6EA 2QZWA 4MC6A 1YM4A 3K4VA 4OBHA 2VKMA 2PH6A 2V16C 4AA8A 1NPWA 4GMIA 5P89A 2QAKA 3EL1A 4H1EA 5P5DA 1BV7A 5P3LA 5P70A 2APRA 3OAGB 5P6OA 4GJ5A 5P41A 3KT2A 4R93A 5P39A 4AZYA 3LIQA 5P8GA 3O9IA 5OZJA 4L7GA 4OBDA 5BWYA 4PHVA 3VYEA 3DV5A 2ZDZA 3QVIA 4Q1YA 4F75A 4D85A 1HVRA 5OYQA 3DM6A 3TOFA 3CYWA 5EZXA 1HOSA 5OZGA 1GVXA 4Y4JA 1G35A 5P51A 1DMPA 5P2YA 1HWRA 5P1AA 1F7AA 4Y4GA 5P40A 5P7RA 2F80A 3VSWA 3UTLA 1W5VA 5P7LA 5P12A 3KDBA 5P1DA 5P4RA 3NDWA 4Y4BA 2QD6A 4FAFA 5P58A 3BHEA 5P73A 4J1IA 1BWBA 5HE7A 3G72A 3KDCA 1K2CA 3NR6A 1UH8A 5DQ1A 5P7MA 4YA8A 3L5FA 3HAWA 5P5OA 5P24A 1KJFA 3EC0A 2VA5A 3PJ6A 1K6PA 2WL0A 3PBDA 5P4SA 4A4QA 3N4LA 3LZUA 4XKXA 2VNNA 1E80E 3CMSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7T A;  1W6I A;  5P8J A;  1HSG A;  1HPS A;  3DJK A;  4LBT A;  5P5J A;  3WB5 A;  1NPA A;  4LXA A;  4GJC A;  5COK A;  4R91 A;  3ZKS A;  1APV E;  5P7A A;  3LIV A;  5KR1 A;  5OZU A;  3S53 A;  4Q1X A;  5OZ2 A;  5P42 A;  3NLS A;  4OBJ A;  3PI5 A;  3LNK A;  4YOB A;  5P20 A;  3RU1 A;  1MRW A;  2O4P A;  2BJU A;  3B80 A;  3ZKN A;  3HBO A;  5AH6 A;  2V12 C;  3HAU A;  1ZLF A;  2IEN A;  3OXV A;  4D83 A;  5P6U A;  5P1K A;  4H3G A;  4Y47 A;  3BUG A;  2O4K A;  4FGX A;  2ZHS A;  4A6B A;  3OUD A;  5P4M A;  3KDD A;  2OHR A;  5P7B A;  5P7O A;  5P1C A;  1HIH A;  5P2R A;  1K6C A;  1SP5 A;  1MER A;  5P6M A;  5KQZ A;  4Y3Q A;  2ZYE A;  3HD8 A;  3QPJ A;  3PRS A;  3HVG A;  3PEP A;  1TQF A;  5P8S A;  3UF3 A;  1EPN E;  5P7U A;  4I0E A;  5P1U A;  4GJ9 A;  3GI0 A;  3LPI A;  5P2S A;  5OZF A;  1XE5 A;  4Y5C A;  2IKO A;  3UHL A;  1B6J A;  4I10 A;  4WY6 A;  1FFI C;  4QGI A;  5P2I A;  4Y58 A;  3MSL A;  1RPI A;  4J0T A;  3Q6Y A;  5OZN A;  1QBT A;  1TW7 A;  3KF0 A;  4B70 A;  5P87 A;  4CPS A;  2IDW A;  4Z4X A;  5P4X A;  5P5I A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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