5P8MA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 355
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8mA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8mA01
5P27A 5ISJA 3K4VC 1KZKA 3OWNA 4Y3SA 4Y4AA 3URJA 1LYBA 2Q55A 4Y3ZA 1W5YA 4YD3A 5BS4A 3QP0A 1PPKE 2O4SA 3FV3A 4KE1A 4RZ1A 2P3CA 5P68A 3OU1A 3OAGA 3EM4A 1E5OE 4LXMA 5P2CA 3OUBA 5DQ5A 1FQXA 3OGQA 5DR4A 3TOGA 3EKYA 3QPJA 2OHPA 2OAHA 5P55A 3IN4A 2ZYEA 5OZMA 2WEAA 4FM8A 5P0LA 5P8PA 5P03A 4Y45A 1G6LA 5AH8A 5P23A 5P1QA 5P2VA 4FL8A 1TCWA 1RL8A 2O4LA 5P11A 1APWE 4D85A 5JFPA 1XE6A 2ZDZA 3BXRA 1YX9A 5P50A 4HDBA 3GW5A 4DJYA 4OBZA 4PEPA 1W5VA 4L7HA 4FRKA 5P63A 3SLZA 2G24A 5P3BA 3ZMGA 4F73A 1SH9A 5P00A 4I0JA 5P46A 2R38A 4TRWA 3DM6A 4GB2A 4JP9A 4Y3QA 4Q1XA 2Q5KA 5P6TA 1B6JA 2G69A 1LF4A 3C9XA 4HDFA 5P18A 3TTPA 1BDQA 1M43A 3ZKXA 2QI4A 3IVHA 3R4BA 2AOGA 5P5VA 3OUDA 4B70A 3KF0A 3KM4A 3EKXA 5OZIA 1BIMA 5P7NA 1BVEA 5P57A 4H3IA 4J1EA 3RVIA 3NU4A 3VYDA 5P5CA 2V12C 4Y48A 5OZJA 1QBSA 3D3TA 3QIHA 1QS8A 3URLA 3TLHA 4Y58A 2I4XA 5P4EA 1EBZA 1EEDP 4CPWA 3KMYA 4S1GA 4HZTA 3OQDA 5C9DA 5P8MA 1W6IA 3O9IA 1IZIA 2P3DA 5IVQA 4AA8A 3CKPA 5P1LA 5P4OA 3SA9A 3OXVA 5P41A 4KUPA 3UFNA 2QI3A 1XE5A 2V11C 1GVXA 3JVYA 4ZPFA 4Y4XA 5P5RA 3EKVA 5P4NA 3ZL7A 1WKRA 3S56A 2EWYA 1MIQA 4J1IA 3VV6A 3N3IA 5P82A 4PYVA 3KT2A 3K4VA 3F9QA 2I0AA 5AH6A 5P30A 5P8QA 1QDMA 5P7AA 2G27A 1PSAA 3VG1A 3DV5A 1T6GA 4HA5A 3INHA 5P3HA 4Y3EA 5P4YA 4D83A 1W6HA 1HVKA 3O9BA 1GVUA 4RRSA 1G2KA 4R92A 5P5JA 3O9AA 3PSGA 1MSMA 2FGUA 4DVFA 5P5IA 3GGVA 1HIIA 5P5UA 4LXAA 4RVXA 2HM1A 2AOJA 1GVTA 5P0ZA 3OXCA 5P0SA 5P8RA 3M9FA 1AVFA 2HC0A 1ZBGA 5IVRA 3PRSA 7UPJA 4GJ6A 4NKKA 4K4RA 5P06A 3URIA 3TPLA 3SA8A 4RVJA 3OQFA 2VNMA 2PWCA 4I10A 5P2OA 2WHHA 5P70A 2IENA 5P7MA 3UDNA 2NPHA 5P4FA 4D89A 1MERA 5P5LA 4QGIA 1YT9A 3IXOA 2G1NA 2ER9E 3S85A 5COKA 4I0ZA 3TKWA 1CMSA 4A4QA 1GNOA 2O4KA 3KFNA 1YM2A 3DUYA 3PSYA 2ZJIA 5P0KA 3O9EA 2J9JB 5P3CA 5P7UA 2NXMA 5P52A 5EZZA 2BB9A 3K5DA 2HB4A 2I0DA 3VF3A 3VSXA 4FRSA 4OBJA 1HTRB 4N00A 2G22A 4ZEAA 4DJUA 3QRVA 1MT9A 5E5JA 4ZSPA 3DCRA 3PEPA 4I1CA 4PHVA 5OZ8A 2OHNA 1C6YA 3BUGA 3OU3A 5P1JA 5ISKA 5P69A 1W50A 4Y3GA 5OZ6A 2G1SA 3K5GA 1T6EX 1A94A 3OU4A 5HDZA 4OBFA 1ZSRA 3EC0A 3PI0A 2FXEA 1IIQA 1YTIA 1BBSA 5P3UA 5P4WA 3O9LA 3KDDA 5P65A 4DJRA 3T3CA 3OHHA 3ZKSA 4UPJA 1YM4A 2QMDA 1MEUA 5HU0A 4BEKA 5P8KA 4M8YA 5P3XA 4J0VA 5SY3A 4EQ0A 4F75A 5P3LA 4QLHA 5P8DA 5P74A 5SZ9A 5P7RA 3O9CA 5P2LA 5P5YA 4Y9WA 2JJIA 5P6RA 1D4JA 3MXDA 1B6LA 4OC6B 5JG1A 5P08A 1KJ7A 4Y4JA 4IVTA 4B05A 3TOFA 2VA7A 5P3FA 5DR7A 2ASIA 5P4AA 5P0IA 5P42A 4F76A 2ZJMA 2QHYA 5P2UA 5P3OA 5P51A 1APUE 3S45A 4E43A 5P16A 3OHFA 2NMZA 3MWSA 3WZ7A 5P8JA 5FIVA 4OBKA 5P4XA 3GI4A 4NPTA 1MSNA 2F80A 2OHUA 1OEXA 3QRSA 3SA6A 5P10A 5P8UA 5P4ZA 4EQJA 1BV9A 4XX3A 2R3TA 2B60A 2XFIA 5OZDA 5JODA 3PBZA 3LPIA 1A8KA 4EJLA 3LNKA 5AGZA 3QBHA 2FDDA 3B7VA 3O9GA 5P7DA 3CYWA 5OZTA 4ZIPA 5I3WA 5P6FA 2HAHA 4KB9A 4DJWA 5P4UA 2ZJHA 5OYRA 1B6MA 5P6QA 5P5TA 3T11A 4Y5EA 2F3KA 4FAEA 3S43A 3PHVA 4J17A 4I0GA 5EZXA 4APEA 1HTGA 2P3BB 3FIVA 5P87A 5P1CA 5P34A 2B7FA 5P78A 2Q54A 3KT5A 3ER3E 5HVPA 5P39A 5P6MA 1LYAA 2HS1A 4FRIA 2P3AA 5P58A 5P6AA 3I8WA 2BKSA 3WB4A 3O9FA 4A6CA 2A1EA 3B80A 1IVQA 5P0OA 4R91A 1SMRA 4Y4ZA 4MC6A 2F8GA 4EJKA 5P4BA 5P0AA 4K4PA 3BGCA 5P8IA 1FB7A 5P7WA 3UQXA 4MC2A 5P6IA 4Y54A 3SFCA 3QROA 3FSMA 2I4UA 4Y5GA 2BPXA 2G1RA 4FM6A 5AH9A 4YCKA 4DJPA 1APTE 5P0QA 5P7ZA 2VKMA 5P6JA 5P7QA 4HEGA 1HSHA 4Y5AA 2NXDA 2IQGA 4YE3A 3I7EA 1WBMA 1META 5P77A 5ER2E 3SO9A 5P4QA 5OZZA 4Q1WA 5P7BA 5P1YA 5P6BA 3NWXA 4NPUA 4KE0A 5E5KA 3UF3A 2QHZA 4NJTA 7HVPA 1FMXA 5P0HA 5P3TA 5SY2A 1XL2A 1HSIA 1QBRA 2FDEA 3NXEA 3KMXA 5P29A 4WY1A 8HVPA 3I6OA 1SGUA 1HBVA 3NDWA 3OOZA 1WBKA 4MC1A 5KOQA 2QZLA 1EC1A 5OZAA 1OHRA 5P36A 4I8ZA 4M8XA 1B5FB 4Y35A 5P7VA 3HZCA 1ODYA 2FNTA 4JPEA 1QBTA 3K1WA 5KR2A 1HPOA 5P4CA 1AAQA 3HW1A 5P0UA 2BKTA 4DQCA 2PSUA 2QMGA 5P62A 3SM1A 4EJDA 5COPA 2QI1A 1D4LA 2AVSA 9HVPA 5OZCA 5OZ5A 5P7JA 2B8VA 3PCZA 2BQVA 4I0FA 5P8SA 3PLDA 4R5NA 4Y3DA 3TPPA 2O40A 2OHQA 3VV8A 4YCYA 2RSPA 1DPJA 1HHPA 3OOTA 3DV1A 4Y3PA 1EPPE 2G26A 5F01A 2HPFA 5PEPA 3WZ8A 5P0RA 5P40A 1HVJA 3NYGA 5P4KA 1K1UA 2ER7E 3UCBA 3EKTA 5OZVA 2OHMA 5P7SA 4L6BA 5P7GA 5P3VA 1SIVA 1W5WA 4Y5KA 4YD4A 5P7CA 3FX5A 4U8WA 3L5CA 4CP7A 3CMSA 5OZFA 3GI5A 1QRPE 5P3MA 5P5EA 1D4YA 1F34A 3OY4A 4Y5MA 3SAAA 5OZHA 5P1BA 3S2OA 2UXZA 5KQFA 5P54A 2AQUA 2JYSA 3TL9A 2F3FA 5OYTA 3PWWA 1VIKA 5OZ3A 1ZJ7A 3Q3TA 5P59A 2PH6A 3ZLQA 4EHCA 3S7MA 4HDPA 3PCWA 2R3WA 4Y41A 4OD9B 1ZPKA 5P43A 5P1SA 4I0EA 4Y5CA 1XS7D 1FMUA 2WL0A 5P4MA 2V16C 2IGYA 3IVIA 5P6SA 3NU3A 3INFA 1IZHA 3APRE 1G35A 4LC7A 2B8LA 1XN3A 5P15A 1FFFC 3LZSA 2R9BA 3OK9A 2H6TA 3RTNA 5DQ4A 4J5JA 1C6XA 2P4JA 3LPJA 4PPHA 3PI5A 5AHAA 1YTHA 2BJUA 5P2FA 1HVRA 4DH6A 4B1DA 4GJCA 1MT7A 3EL9A 3R1GB 2G21A 2PWRA 1T7JA 1MVPA 2PMAA 3GI0A 2AZBA 5CONA 4Z50A 4YDFA 2AZCA 3VF5A 3EL5A 3NU9A 5P3GA 1OEWA 4R8YA 2XFJA 4H3JA 3Q70A 5P4HA 1ZSFA 5J25A 4CPQA 1SMEA 5P8VA 4J1FA 3VYFA 1UH8A 3UDKA 3SQFA 5OZWA 2F81A 3ZOVA 5P6PA 4DPFA 4I12A 5P45A 2IRZA 3ZPUA 4BFBA 4FM7A 4ER1E 4Y4TA 2FGVA 1HEFE 2BBBA 5DQ2A 3MSLA 1SBGA 1EBWA 3HAUA 5P33A 1CPIA 5IVSA 2HIZA 5P6UA 5P6HA 4FSLA 5P8BA 4I0DA 3BC4A 5P1XA 5ENMA 3G6ZA 2IL2A 3GI6A 1AZ5A 3D91A 1AJVA 2ANLA 5CLMA 3EKWA 2ZHRA 3ZKMA 1SDTA 5P8AA 3HVPA 2AZ9A 4GJ9A 2Q15A 2RENA 4J54A 4TVHA 5P1RA 3JW2A 4JOOA 3QVCA 3PWMA 2CENA 3ZKNA 3VLBA 1MESA 1K6PA 1LF2A 5C9BA 3OXXA 3VF7A 1NSOA 5P6LA 1RNEA 4Y5BA 1PPLE 4AUCA 5DR3A 3UHLA 5P8TA 1PSNA 2Z54A 4D88A 4B1EA 3SKGA 5UPJA 4Y4GA 3PB5A 1AXAA 2WECA 3K5CA 3HD8A 4Y50A 1M4HA 2Z4OA 4H1EA 2BPVA 3IXJA 4K9HA 4CMSA 4RCFA 3D1XA 4X2LA 3O9HA 4GMIA 5P1NA 3UQWA 3A2OA 1DMPA 2QNQA 3BRAA 5DR1A 5P6YA 5OZBA 3SA5A 3UDHA 4GJDA 3TH9A 1E82E 5OZOA 3R0WA 2VIJA 2NTRA 1D4IA 4GJ8A 4RLDA 3EM6A 5P19A 5P4TA 2XFKA 2AOIA 1FQ4A 5P2QA 2V0ZC 1E81E 5BWYA 4Y38A 5P44A 3HAWA 2OHRA 5P3IA 5P2YA 5P6EA 5P24A 5OZ2A 5P47A 5OYQA 2IS0A 5P3QA 3O99A 5DPZA 5P4JA 5P8EA 4B0QA 4NJSA 4FIVA 5P6OA 2OHKA 1ZAPA 2QI6A 4Z2ZA 3CKRA 2WEDA 4Y3NA 5OZGA 2HPEA 5P7HA 2AOEA 4Y3WA 1MT8A 3KA2A 3NDUA 4XXSA 5P3JA 2JJJA 2AIDA 2J9JA 5P89A 5P48A 2B7ZA 4GIDA 4I11A 3OADB 3R0YA 3TPJA 2I4QA 4D8CA 4YCTA 4Q1YA 4QJ8A 3UQPA 5P31A 4EPJA 1ODWA 2FLEA 5P7FA 5P09A 3FNTA 3NUOA 1GKTA 2NR6A 4Y4WA 1B6KA 4ZSQA 5P6ZA 2PYNA 4EWOA 5P32A 4Y3LA 5P02A 3I25A 1CZIE 4K4QA 4Y3RA 5P6WA 5OZYA 3L5FA 5P0JA 3QS1A 3IAWA 5P4RA 4B00A 3BVAA 5OYXA 1Z8CA 4AA9A 3UQUA 3OGPA 5P1UA 1K6VA 3ZPSA 1EC0A 3NDXA 1HSGA 5OZNA 1Q9PA 2QNPA 5P1HA 4Y3MA 1M0BA 2I4WA 5P2NA 1FQ7A 2PQZA 5DGWA 2VA5A 5HU1A 3Q4BA 5OZXA 5P5OA 1SP5A 5P7KA 5P5QA 3AUPA 5P3RA 4MC9A 4WTUA 1BV7A 4OC6A 2FNSA 5TOLA 4FGXA 3L3AA 5P88A 3RU1A 1HIHA 1HXWA 2QD8A 3BHEA 3KFPA 4RCDA 4H3FA 5P0YA 2Q63A 4YDGA 6UPJA 2NNKA 5P3NA 2AOCA 1HWRA 1NPVA 1B6PA 4GYEA 4Y53A 5C9FA 4CKUA 2WEZA 2NXLA 5B18A 3VLAA 3D1YA 3PMYA 2IKUA 4CPUA 4J0YA 4PZWA 1HVIA 3HVGA 3UPJA 3ZKQA 5P4GA 1GNMA 4B78A 3SA4A 5P0NA 3PLLA 2V10C 5P2EA 1NPAA 3L38A 1Z1HA 3HBOA 1KJHA 2QI5A 1YG9A 4EYRA 4JECA 5P4VA 2JE4A 1DP5A 3EXOA 5KR8A 4J1HA 3UDPA 3U7SA 1HTFA 5P35A 5P72A 1HPXA 5P2AA 1LZQA 4DQBA 2VIEA 5P49A 5P1DA 4R93A 5P3ZA 4GJBA 3EBZA 4FE6A 1HOSA 2P3BA 1J71A 4YD6A 1ZLFA 5P6KA 1FLHA 4J0ZA 2ZJKA 5P07A 5P04A 1EPNE 5COOA 2WF1A 5P8NA 3QN8A 5KOSA 1GVVA 3EL0A 4QJ2A 4DV9A 3U71A 1EBYA 2XYFA 1FIVA 1FGCC 1LYWB 1D4KA 5OYSA 4LBTA 2OHTA 5I3VA 3APPA 5HE4A 4Y3XA 5P1OA 4U7VA 2IKOA 1D4HA 5P8FA 3VFBA 5IE1A 3CIDA 5P3AA 3VEUA 1TW7A 5P1GA 2HB2A 5F00A 5KQXA 3EMYA 2RKFA 2VA6A 4Y44A 1K6CA 2AOFA 1RV7A 2WEBA 4GJAA 5T4SA 2AVMA 1BDRA 4Y37A 1EAGA 3BVBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P27 A;  5ISJ A;  3K4V C;  1KZK A;  3OWN A;  4Y3S A;  4Y4A A;  3URJ A;  1LYB A;  2Q55 A;  4Y3Z A;  1W5Y A;  4YD3 A;  5BS4 A;  3QP0 A;  1PPK E;  2O4S A;  3FV3 A;  4KE1 A;  4RZ1 A;  2P3C A;  5P68 A;  3OU1 A;  3OAG A;  3EM4 A;  1E5O E;  4LXM A;  5P2C A;  3OUB A;  5DQ5 A;  1FQX A;  3OGQ A;  5DR4 A;  3TOG A;  3EKY A;  3QPJ A;  2OHP A;  2OAH A;  5P55 A;  3IN4 A;  2ZYE A;  5OZM A;  2WEA A;  4FM8 A;  5P0L A;  5P8P A;  5P03 A;  4Y45 A;  1G6L A;  5AH8 A;  5P23 A;  5P1Q A;  5P2V A;  4FL8 A;  1TCW A;  1RL8 A;  2O4L A;  5P11 A;  1APW E;  4D85 A;  5JFP A;  1XE6 A;  2ZDZ A;  3BXR A;  1YX9 A;  5P50 A;  4HDB A;  3GW5 A;  4DJY A;  4OBZ A;  4PEP A;  1W5V A;  4L7H A;  4FRK A;  5P63 A;  3SLZ A;  2G24 A;  5P3B A;  3ZMG A;  4F73 A;  1SH9 A;  5P00 A;  4I0J A;  5P46 A;  2R38 A;  4TRW A;  3DM6 A;  4GB2 A;  4JP9 A;  4Y3Q A;  4Q1X A;  2Q5K A;  5P6T A;  1B6J A;  2G69 A;  1LF4 A;  3C9X A;  4HDF A;  5P18 A;  3TTP A;  1BDQ A;  1M43 A;  3ZKX A;  2QI4 A;  3IVH A;  3R4B A;  2AOG A;  5P5V A;  3OUD A;  4B70 A;  3KF0 A;  3KM4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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