5P8NA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 356
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8nA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8nA01
3D1YA 3EMYA 3UDQA 4XX3A 1LS5A 3DJKA 1YT9A 5OZVA 5P46A 5P4BA 5P22A 2G20A 5OYYA 1AAQA 2QP8A 1BBSA 5P7VA 7HVPA 1MRWA 5P7ZA 2NNKA 5OZ2A 4B1CA 1A94A 4J0VA 2ASIA 2AOFA 3O9AA 3T11A 5P6JA 4Y3GA 4L7GA 5KR8A 3SA3A 4Y51A 5BWYA 2R38A 3LPIA 3EL4A 3JVWA 4J55A 4YE3A 5P2GA 2OHQA 1MRXA 3PI5A 1BDLA 5P5IA 5P4GA 2QI1A 3SLZA 1T7IA 1IZIA 3T7QA 1DPJA 1W5VA 2PQZA 3FSMA 3HAWA 5ER2E 4S1GA 1GVWA 2PSUA 1K6TA 2FLEA 2ZE1A 5P1BA 4EQJA 4RYCA 1A8KA 5P41A 5P8EA 3NR6A 2ZYEA 2G69A 5P29A 5P6DA 4Y4WA 5P6FA 4NPTA 5KQYA 4DJUA 4ZE6A 4GMIA 5DGWA 1D4HA 2ZJJA 2QNQA 3ZKMA 2FS4A 2V10C 1SIPA 1HIHA 1HVCA 3LPKA 4YD6A 5P0FA 3GI6A 5P0BA 3TLHA 2PYMA 4JPEA 2I4VA 1KJ7A 1HPXA 2BBBA 3LIQA 5P83A 3SA6A 3H5BA 1MVPA 3KMXA 4Y5KA 1HSGA 5P64A 5P3GA 3AUPA 8HVPA 3NLSA 5P40A 2FNSA 4F74A 4WY6A 4UPJA 3HVGA 2NXLA 1FMUA 5IVTA 1AJXA 5HE5A 4ZSMA 4OC6A 2F8GA 5F01A 2VS2A 3BVBA 5P0GA 3CKRA 4OBDA 4HDPA 1HVHA 4IVTA 3LZSA 3Q5HA 4L1AB 1IZEA 4Y4EA 1SP5A 3TNEA 4Y57A 1Z1RA 3WZ6A 3UQXA 4FRJA 3OQFA 1WKRA 3ZKNA 3PJ6A 3OUDB 3SKGA 3IVHA 4HA5A 3PWWA 5P6CA 4OBZB 5P6AA 4Y36A 3LIZA 3QVIA 3TPJA 4Y4XA 1SMEA 3GI0A 5P7KA 3OXVA 4K8SA 4NJVA 5P3EA 5P1NA 4J0TA 5OYTA 4LXAA 2IGYA 5OZBA 5P03A 4DUSA 5P0PA 5SZ9A 4CPQA 3BGBA 1VIKA 4PYVA 5P10A 2APRA 1K6PA 4I0GA 5P5UA 3S43B 5P25A 4A4QA 2IRZA 5P55A 3IN4A 2PSVA 4HEGA 5P2AA 2R5PA 2WECA 3UHLA 1RNEA 2Z4OA 3K5DA 1YM2A 1FF0C 4HVPA 5P89A 5P44A 1XL2A 1NPAA 1AZ5A 3CYXA 3CIDA 4J54A 5P0DA 5P6YA 3ZMGA 1B11A 3CYWA 4DQHA 3R1GB 5P73A 5AHCA 1DP5A 1TW7A 3NWXA 3CICA 5P3FA 4Y3MA 5P7TA 3TH9A 4ACUA 4MC2A 3APPA 3GGUA 3NYGA 3QP0A 5P7EA 3MXEA 4YDGA 5SY2A 1EPQE 1RPIA 3VCMA 1LYWA 4AA8A 5P6RA 4EJDA 5P5KA 1IDAA 3QN8A 4Y6MA 5P37A 5CLMA 1META 5E5JA 5P7BA 4K4QA 5P7NA 3HBOA 5P5FA 3OXCA 4I0JA 4ACXA 2JJIA 3QS1A 2AVQA 5P6BA 5P4ZA 3VYEA 2IQGA 1EPNE 2R9BA 2P3BB 4Y58A 3PEPA 1BDRA 3L5FA 2VA6A 3TL9A 4CPTA 4F75A 3OQDA 4J1CA 1B6PA 4GIDA 5P27A 2FNTA 4YCYA 2O40A 2Q63A 4Y3YA 5P2EA 5P1KA 3VUCA 2WF1A 2VA7A 5P4PA 5P0JA 4FRIA 4NPUA 5HD0A 1KJFA 2G1YA 4Z50A 2ZHTA 2CEMA 4FIVA 5P6LA 2BPXA 5P07A 2R3TA 5HDZA 5P4KA 1EBWA 3D91A 4RRNA 4FSEA 4L7JA 1AM5A 3SM2A 5UPJA 5P5JA 2PH8A 5P4UA 5HCTA 3ZLQA 3UQUA 5P61A 2G26A 4FGXA 2IS0A 3QIHA 5P6VA 1BXQA 1LF2A 2G1RA 2ZHUA 1IIQA 5P24A 5P8KA 4A6BA 5COPA 3HZCA 5OZFA 2O4SA 1PSNA 2P8HA 4FRSA 1QDMA 5P8QA 5P3XA 3T6IA 2QZKA 5P8UA 5P3YA 4QJ8A 1M43A 2VNMA 1ZLFA 1YTHA 3I8WA 5P6HA 3QRVA 4DFGA 5P4EA 1BWBA 5P05A 1EBKC 4M8XA 3MXDA 2Z54A 4GJ6A 5KQFA 2WL0A 5OZZA 5P5RA 4Y54A 5BS4A 4I0IA 1FMBA 1K2CA 3L5BA 1XS7D 3HD8A 2VIZA 4Y3AA 1LF3A 4CPUA 1MERA 5P34A 1B6KA 1HWRA 5OZOA 1QBSA 1VIJA 4DQFA 4YDFA 3EXOA 5P1YA 4YBIA 5P53A 3INEA 1W5XA 2P3CA 5P3CA 2R3WA 3OK9A 3SA9A 5P43A 5P58A 5P7WA 5IVSA 5OZ3A 1LF4A 1W5YA 2V00A 1APVE 3VV6A 2UXZA 3HLOA 4Y3XA 1C6ZA 4EJ8A 3NDUA 4ZPFA 4X7IA 2I1AA 4GJ5A 1J71A 5P71A 5P0WA 4PHVA 2RENA 1FFFC 5AH9A 3ZPTA 2QZLA 5P28A 5P4SA 2ER6E 3O9EA 4D88A 1M4HA 4Y5CA 4YCTA 4R93A 4I12A 3GW5A 5OZMA 5I70A 3HVPA 4J0YA 3PI0A 1HBVA 1EPOE 3OUCA 3R4BA 1BIMA 2IGXA 5P39A 3B7VA 2B8VA 4TVHA 5P0LA 5OZNA 4PEPA 4Y3TA 1GNMA 4Y5MA 5P0RA 3LITA 5P8VA 2G1SA 3T7XA 5P4VA 3G6ZA 2Q11A 3PBZA 1E5OE 1YTJA 1KZKA 2ZJHA 2HB2A 1APUE 2BPWA 4LHHA 4Y3QA 1F34A 4FRKA 5P5XA 2WF4A 3HW1A 3KFRA 1TCXA 2F80A 5P75A 1GVXA 4FAEA 3PM4A 2G1OA 3NU3A 3PHVA 1HVKA 3L58A 2P3DA 3KA2A 4NKKA 5P12A 3OU1B 4ZPGA 5P5OA 1C6YA 1XE5A 4RVIA 5DQ1A 1EPPE 1W6HA 1HTFA 1EPRE 4Y5PA 5P76A 5P32A 4R5NA 5P3QA 5P1SA 5P48A 3L5EA 1G35A 4FCOA 3ZPUA 2HB4A 1E80E 5P7JA 3NUOA 2VIJA 3IXOA 5P6PA 6FIVA 1GNOA 3G72A 3KN0A 3GGAA 1HVJA 4Y4TA 3OAGA 1KJHA 5DQ5A 1MT7A 5I3XA 4HLAA 2AZ9A 3S53A 4CPWA 1K6CA 5OZTA 4D83A 3ZKSA 4XX4A 4YCKA 5P5EA 1FQ5A 2CENA 5P3NA 5OYWA 4Y3FA 3SA8A 5P38A 2FIVA 1MPPA 4K4PA 3QI1A 2QD6A 5IVQA 5P6GA 5P04A 1GNNA 1YTGA 2B42A 3PMYA 5P1JA 3KFPA 2XYFA 4Y4BA 1ZSRA 4YHQA 1PPLE 1YM4A 2HC0A 4QJ9A 1K1UA 1DIFA 3IXJA 5P20A 4EWOA 3SACA 5P3OA 1PPME 3R0YA 5P84A 5P5SA 2R5QA 5JFPA 5AH7A 5P0MA 5EZXA 3OU4A 4Y38A 2AVOA 4Y4JA 1D4SA 1HPOA 3UQWA 1YX9A 4OBHA 2AZBA 4GJ8A 5OZ9A 5P2OA 3FNTA 2VIEA 5HDUA 4WTUA 4FSLA 1HHPA 1PSAA 2F3KA 4Y3EA 2BPZA 3HAUA 1IZDA 3UDKA 5OYSA 3ECGA 1HPVA 3EKTA 4H1EA 1LYAB 2G27A 5P23A 2VJ6A 3EM3A 5P0OA 5P1QA 5P3BA 5P8RA 1HEFE 1D4JA 5P45A 5P8BA 5P19A 5P8CA 4B00A 4GJ7A 1FQ8A 1M0BA 5P1CA 5P59A 5COOA 5P5AA 1FKNA 4R91A 1FG8C 5P2TA 5IVRA 3L59A 2B7ZA 5OZ1A 4AA9A 5P2FA 5DR1A 3LZVA 5ER1E 5P7XA 5P0HA 3NXNA 2A1EA 3JVYA 4B1EA 5C9BA 1GVVA 4DJYA 1Z8CA 3O9DA 1CPIA 5KQXA 1NPVA 1TQFA 1MEUA 3ZKGA 1FG6C 5OZRA 4MC1A 3N4LA 3TPRA 4Q1NA 3IVIA 4RROA 5HCOA 5P0ZA 5P8IA 5DR3A 3QAAA 5P2SA 1HVRA 3K4VC 3MSKA 4Z4XA 4Y3DA 3OQAA 3QRMA 5P77A 1LZQA 2VNNA 1QBUA 5OZUA 2NMYA 5DPZA 5P3LA 5P4HA 3DV5A 5P4LA 4Y43A 3WSJA 2QD7A 5P1MA 3FNUA 3RVIA 5P6IA 3BVAA 3O99A 3NU9A 1FLHA 2XFJA 4U8WA 1Q9PA 2BJUA 1HVSA 2FDDA 4NJUA 1BDQA 4EPJA 2Q15A 3UFLA 4GJCA 2AZCA 4YD4A 2ER0E 3OUBA 4RCEA 2QHCA 3WZ8A 3INHA 1NSOA 4KUPA 1MSNA 2BKSA 2OHTA 3BRAA 2AVVA 5SY3A 4DJVA 5P5WA 5OZLA 2OHNA 3BGCA 4DVFA 1EAGA 3Q3TA 4DI2A 1GVUA 3NUJA 1HEGE 1BVEA 2ANLA 5P2NA 5P5BA 5P2WA 5P4FA 5P2UA 5P1PA 4EQ0A 6APRE 1B6MA 1EPME 1SGZA 2PSGA 3GGXA 1W50A 2FXEA 3U7SA 4BELA 3EM4A 4DJQA 3PLDA 3K5CA 1AXAA 5KOQA 5P6XA 4Q1YA 5P5GA 1PPKE 4H3JA 4ZSQA 4Y3JA 5DQ2A 5P60A 2BB9A 1EEDP 2PYNA 5P0NA 5HTZA 4FAFA 3T3CA 4OBKA 3KYRA 3CKPA 1OEWA 5P54A 2PMAA 2B7FA 3RSVA 4PZXA 3UPJA 1CMSA 4KE0A 3URJA 4FLGA 1ZJ7A 4RRSA 5PEPA 5P36A 3HDKA 1APTE 2FGVA 3KF0A 3PCZA 1EC0A 5P3ZA 5P6NA 5P2JA 4EHCA 4DJWA 2R43A 1B5FB 4H3GA 4LL3A 2VJ7A 4LAPA 5P4CA 5P3RA 3LHGA 4Y41A 4JOOA 3O9FA 2Q54A 3O9LB 5P78A 2I4XA 5KR1A 2ZDZA 3O9CA 5BRYA 3BHEA 5P0QA 5TOLA 3KT2A 2Q3KA 4I0DA 5OYQA 3AIDA 5P7UA 2Q5KA 5P13A 3Q6YA 4GJDA 4BEKA 1IZHA 5HE7A 1FB7A 3FKTA 3OUDA 5P2XA 3SM1A 3EKWA 2H6SA 4QJAA 4LBTA 4OBZA 2QNNA 1DAZC 5OZAA 2G21A 5OYZA 4EJLA 3OXXA 4TVGA 2JJJA 3KFNA 2WKZA 3VF5A 4ER4E 2WF2A 5OZ8A 2QZXA 2V13A 3KDBA 1JLDA 5JFUA 5P14A 4Q1WA 2V0ZC 1GVTA 2ZJIA 3S54A 3SAAA 5P79A 2P83A 1E82E 2RMPA 1EBZA 2XFKA 4I11A 5P35A 2O4NA 3GI4A 4RVXA 5P8AA 5OYUA 3BUHA 3RSXA 5P2QA 3R0WA 5P1OA 3NWQA 1BWAA 1D4IA 3EL1A 4Y3SA 2HB3A 4ZPEA 4GYEA 2WEBA 2NPHA 2PH6A 4EXHA 5P4QA 3QVCA 2QMFA 3UCBA 4DQEA 2J9JB 3TPLA 3O9HA 4EP2A 5I3YA 5OZ4A 1HTRB 4GZFA 1FFIC 3RTNA 5P1FA 3TOHA 2PK6A 1ODXA 4DPIA 1LYBA 3ZKQA 1HTEA 3BUFA 2AOJA 4Y50A 3IN3A 1HXBA 4L6BA 2CEJA 4Y4GA 5KR2A 4GJ9A 4RCDA 1B6LA 3BUGA 5P8DA 5P01A 5ISJA 4J0PA 4OBGA 3TPPA 1PSOE 4GJAA 5P4RA 5P7SA 4AUCA 2NNPA 3PWRA 2P3BA 3PMUA 3EKYA 3EC0A 3JW2A 2F81A 2QI0A 5P2LA 5OZXA 3IAWA 2ZHSA 5P7DA 4Y56A 3LINA 2O4PA 4OD9B 5P2BA 5P30A 4H3FA 4Q1XA 5P47A 4L7HA 4CPXA 4I0HA 2G94A 3MSLA 3ZL7A 4RGHA 5FIVA 3S7LA 4CKUA 3FNSA 3OADA 3EKVA 5P74A 2NMZA 5E5KA 5P18A 4CP7A 5P4WA 4F73A 1W6IA 2B8LA 3A2OA 3OTSA 5KAOA 3NDTA 5P7GA 5P0XA 4R92A 5P70A 2OHKA 2OAHA 1B6JA 1ODYA 3UDYA 4B1DA 4FS4A 4Y37A 1TSQA 3Q70A 2HPFA 1N49A 3I6OA 5OZWA 4DH6A 1ZPKA 3ZPSA 4Y53A 3R2FA 2NTRA 4Y4DA 4TRYA 5P8SA 2F3FA 3L3AA 4B70A 5OYRA 5ENMA 3D1ZA 4D85A 4J1IA 5P8NA 1LEEA 1OHRA 4U7QA 5OZSA 5P3HA 3UDRA 1PFZA 5P7MA 4HDBA 3BC4A 1EC2A 4EP3A 3RTMA 1BV9A 1F7AA 4NJTA 4CMSA 4Y35A 3H0BA 2XFIA 5COKA 3OU3A 5OZ7A 1FIVA 1ER8E 2MIPA 2G22A 5P6OA 5DGUA 3KMYA 3LIVA 5OZPA 2OHRA 5P42A 4DQGA 1DW6C 3FIVA 5P0VA 3NXEA 1WBMA 5P69A 3NU6A 6UPJA 4FL8A 5P0KA 5HE4A 2WEAA 5JG1A 1EPLE 4I8ZA 4NJSA 1K2BA 5P0CA 3QBFA 5P31A 3OWNA 4EJKA 1QBRA 1SIVA 4MC9A 5OZIA 2I0DA 1SBGA 2UY0A 4ER1E 5P88A 3F9QA 3NDWA 3PGIA 4GJBA 5HDVA 3KDCA 2ZJLA 5P8OA 4LXKA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3D1Y A;  3EMY A;  3UDQ A;  4XX3 A;  1LS5 A;  3DJK A;  1YT9 A;  5OZV A;  5P46 A;  5P4B A;  5P22 A;  2G20 A;  5OYY A;  1AAQ A;  2QP8 A;  1BBS A;  5P7V A;  7HVP A;  1MRW A;  5P7Z A;  2NNK A;  5OZ2 A;  4B1C A;  1A94 A;  4J0V A;  2ASI A;  2AOF A;  3O9A A;  3T11 A;  5P6J A;  4Y3G A;  4L7G A;  5KR8 A;  3SA3 A;  4Y51 A;  5BWY A;  2R38 A;  3LPI A;  3EL4 A;  3JVW A;  4J55 A;  4YE3 A;  5P2G A;  2OHQ A;  1MRX A;  3PI5 A;  1BDL A;  5P5I A;  5P4G A;  2QI1 A;  3SLZ A;  1T7I A;  1IZI A;  3T7Q A;  1DPJ A;  1W5V A;  2PQZ A;  3FSM A;  3HAW A;  5ER2 E;  4S1G A;  1GVW A;  2PSU A;  1K6T A;  2FLE A;  2ZE1 A;  5P1B A;  4EQJ A;  4RYC A;  1A8K A;  5P41 A;  5P8E A;  3NR6 A;  2ZYE A;  2G69 A;  5P29 A;  5P6D A;  4Y4W A;  5P6F A;  4NPT A;  5KQY A;  4DJU A;  4ZE6 A;  4GMI A;  5DGW A;  1D4H A;  2ZJJ A;  2QNQ A;  3ZKM A;  2FS4 A;  2V10 C;  1SIP A;  1HIH A;  1HVC A;  3LPK A;  4YD6 A;  5P0F A;  3GI6 A;  5P0B A;  3TLH A;  2PYM A;  4JPE A;  2I4V A;  1KJ7 A;  1HPX A;  2BBB A;  3LIQ A;  5P83 A;  3SA6 A;  3H5B A;  1MVP A;  3KMX A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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