5P8RA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 360
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8rA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8rA01
2QI6A 3TOGA 5OZTA 2BBBA 2SAMA 5P0IA 3EMYA 1FMXA 1GKTA 4YOAA 1FQ4A 3OU1B 1MIQA 4Y6MA 1W50A 4EXHA 3HBOA 4Y57A 2QP8A 3PSUA 5OYTA 1D4YA 1FKNA 5P5YA 4RZ1A 2RKGA 5P0NA 3GGAA 4Y5CA 5OZNA 3IXKA 2V13A 5P3CA 1YM2A 4Y4BA 5P3AA 5KQXA 3PRSA 5P83A 1XDHA 4OBZB 5P1UA 2AOCA 4MC6A 1BDRA 2HB2A 2G24A 3TPJA 4J0YA 3K4VC 5P8TA 4Y4AA 5P8JA 2OHUA 2H6SA 1BWBA 2G20A 2VNMA 3DV5A 4K8SA 1T7JA 3TPRA 3ZPUA 5P2YA 1A8KA 1G2KA 4D83A 5P0KA 5P2CA 5HCTA 5COPA 1DP5A 5P46A 2QI5A 2ZE1A 1T3RA 3BHEA 5OZKA 3ZKNA 5P3HA 2G1OA 3VLBA 5ENMA 1HVSA 1D4IA 2O40A 2AOGA 3G72A 3UQUA 5P5VA 5P24A 5P2IA 4Y48A 2NR6A 4Q1WA 4ZLSA 5P1BA 3TL9A 4QJ6A 2R5PA 5P5KA 4J55A 5P6WA 5P2QA 5HDUA 4DQFA 2OHLA 4EQ0A 5P53A 4EQJA 2FGUA 1Z8CA 5OZGA 5P4KA 1HIIA 3CKRA 2WJOA 2ZHUA 3O9DA 3PHVA 2FXDA 3FKTA 3IXOA 4B77A 2IKUA 4Y4XA 3HAWA 5ISJA 3VF7A 3I2LA 3L5FA 3OXXA 3T7QA 4HVPA 1GNOA 4FRKA 3GGVA 1MTRA 5P1XA 1FFFC 5P1PA 5DQ2A 1APUE 1BXQA 1ZP8A 5OZZA 2JXRA 4YDFA 5P6CA 2P3BB 4I8WA 3OGQA 5P5FA 2PK5A 3VLAA 4UPJA 3T6IA 5P8EA 5P52A 2VA5A 5P3MA 1PPME 5OZIA 5P2JA 5P5MA 3CYWA 2IRZA 5P3DA 5P65A 3OAGA 3RU1A 3PSGA 1HEFE 1XL2A 3NDTA 5P01A 3K1WA 5P7KA 4J1HA 5P7AA 1BXOA 3EKTA 3S43B 2F3FA 5HE4A 2QI1A 5P1QA 1AJXA 5OZ5A 5P0VA 1G6LA 3S56A 4GJCA 5P72A 5P30A 3HD8A 5JFPA 2ZHTA 3NWXA 3LZSA 4PZWA 5TOLA 2VIZA 1KZKA 5SXNA 5OZ4A 4R91A 3MXEA 3BXSA 4F74A 1FEJC 1IVPA 3SA9A 5P2VA 5P6OA 3EL9A 3UQWA 1UH8A 5F01A 5P8BA 2Q5KA 4Y43A 5P5GA 1LF4A 3OUBA 1SGZA 5P6AA 5OZ0A 1T6GA 1XS7D 3BUFA 2QMPA 3VSXA 2G27A 3KFSA 1AXAA 5P7DA 2QHYA 4Y3XA 1SGUA 3PBDA 4DJPA 5AHCA 4HZTA 2PK6A 2P8HA 4EP2A 3D1XA 2HB4A 3SA4A 4TRZA 1D4HA 4KE0A 1E81E 1HVIA 1LEEA 4CPSA 3KFRA 3C9XA 5P48A 3K4VA 4L7HA 1FMBA 5OZSA 2WEBA 5P17A 3OQAA 5P3XA 5KOQA 5OZQA 3PVKA 3VEUA 5P1NA 2B8LA 1MT7A 3VYDA 5P8AA 4NJTA 5P68A 6FIVA 1GVWA 3LZYA 5P59A 3L5DA 4GJBA 4ZPGA 1UH9A 3O9LB 5P2NA 5P6UA 4DQGA 3BXRA 4GB2A 5P7FA 4L6BA 5P0RA 1HPXA 3L5CA 2ASIA 1HVLA 5P49A 1MRXA 5P2TA 2F80A 4Z4XA 1HIHA 2QI0A 1FF0C 3SM1A 2ZHSA 1YG9A 3UFNA 2IQGA 1HHPA 1B6KA 5HE5A 1CZIE 5P1YA 4Y39A 4ZSPA 4D88A 4B1EA 5P0SA 4LC7A 3NUJA 3PI0A 2Q64A 1IIQA 4TRWA 4CMSA 5P1JA 3URIA 3EL4A 3SFCA 5OYRA 3UFLA 1FQXA 1OHRA 2R8NA 4DPFA 3EKXA 5P15A 3INDA 3IN3A 5OZVA 4FL8A 1UPJA 1EC3A 5P5HA 5P35A 1YM4A 4FIVA 5P6VA 1HVRA 4ZEAA 1LYWA 2IGYA 4Y5KA 5P03A 4EPJA 2QD6A 5P0WA 1HVKA 4AMTA 1ZSRA 5E5KA 4A6BA 1META 4LL3A 3DUYA 3RTNA 4X7IA 1HSHA 2V11C 4B1CA 3PSYA 1SP5A 1QS8A 2R43A 3D20A 1C70A 4Y4EA 1K1UA 5P32A 3S7MA 4ZE6A 5P0CA 2EWYA 5P5JA 1APWE 4FM6A 3GI4A 5P3ZA 2PQZA 2QMDA 1ZBGA 2ZJNA 5KR2A 2ZYEA 5P3TA 1QBRA 2BPWA 3APPA 5OZ6A 3VV6A 4HEGA 4DPIA 5P77A 5HDXA 5P5IA 2J9JB 3OUCA 2FMBA 4EWOA 1MSNA 5P3YA 5P71A 1HRNA 5P6PA 1TCWA 2PC0A 1RL8A 2P83A 3KDDA 5KR1A 3RTMA 4R93A 4WY1A 2I4DA 5P3BA 4J17A 3OTYA 3TPPA 3PWRA 3O9CA 5P4CA 2PMAA 1OEWA 4YD3A 3U7SA 5P4MA 5P1SA 1RQ9A 2PSGA 1RPIA 5P19A 3IAWA 4R5NA 5OZ3A 5P0ZA 1TQFA 2B8VA 1K2BA 3LIYA 3PWMA 4Y56A 5P2SA 1LV1A 2WF0A 5P1IA 1NH0A 3VF3A 3LHGA 5P3OA 5IE1A 3TOFA 4F73A 3R2FA 5PEPA 4CPTA 3FIVA 5P4PA 4HDBA 5P2BA 2Q55A 4GJ9A 5P26A 2VIEA 3EM6A 2R9BA 5DGWA 3EKWA 5P18A 3NWQA 4H3JA 4DJWA 1ZPAA 1NSOA 1FGCC 4RRSA 5P6DA 1ZAPA 4QJ9A 5P7XA 4AA9A 4EJDA 5DQCA 1YTIA 2ZJKA 5OZWA 2WHHA 3OU1A 4B1DA 2I4QA 2AQUA 4FS4A 3LPJA 4HDFA 3WB4A 1GVVA 5CLMA 1MVPA 5P78A 1M4HA 4Y3SA 4GYEA 2AODA 3BGCA 4J0TA 5P40A 3KFPA 2NXLA 3OGPA 5KR8A 1MEUA 4TVGA 5P4UA 1C6ZA 1KJGA 4PEPA 1VIJA 4JPCA 5ER1E 1FG8C 4HA5A 5P1HA 3OOTA 5P0AA 1FB7A 2NXMA 3KDBA 4Q1NA 4Y5NA 2VS2A 4B00A 3G70A 1YX9A 3H5BA 1NPAA 4GJ5A 4HDPA 5P1GA 4FAEA 4YCKA 4A6CA 3NUOA 3OHHA 3SM2A 5EZZA 2PSVA 5P1OA 5BWYA 4Y41A 5P8PA 3OADB 5P54A 1SIVA 1E80E 5P08A 3DCRA 2ANLA 1HOSA 1MRWA 1WBKA 4I12A 4Z50A 1IZDA 5P5ZA 4CPQA 5P4IA 5P73A 1DPJA 5P85A 1ZSFA 2B7FA 1XE5A 3L59A 2P3CA 4QJAA 2ER9E 1T7KA 5P4XA 2G1SA 2IL2A 2V00A 5P4FA 2HAHA 4FM8A 5F00A 4GJAA 4ER2E 1MTBA 5C9FA 3HVGA 3EL0A 2P3BA 2VIJA 3OQKA 3EM3A 4AA8A 4QJ7A 5P4YA 1BV7A 3U71A 2WEAA 1KJ7A 3BVAA 1TCXA 4Y3YA 3EM4A 5P0QA 4I1CA 3S43A 1W5WA 2QMGA 5P4LA 2WEDA 3VV8A 4Y53A 5P2GA 5OZ9A 2PWRA 4APEA 2OHPA 4Y3WA 3S7LA 5P04A 5P80A 1APVE 5P3RA 5P3GA 5P5CA 5P3PA 1HXBA 2CEMA 7HVPA 1Z1RA 4EP3A 2JJIA 4N00A 1EC0A 4YOBA 5P2RA 5P8DA 4J0ZA 4QJ2A 4FRSA 5P31A 4DJVA 4F75A 5FIVA 3OQFA 5P23A 5P2HA 4CPWA 1BILA 2R3WA 2P3AA 1HPOA 4H1EA 2BPVA 5OZYA 2AZCA 4Y5MA 2XFJA 3S2OA 2G94A 5P67A 2QD8A 5DQ1A 5P6NA 2QZKA 3RVIA 1J71A 5AH9A 1PPKE 1FLHA 5P6KA 3KF0A 4AUCA 5P7NA 2PSUA 5KQYA 1BAIA 4Y4GA 1NPWA 2ZJLA 3QRSA 2R5QA 3F9QA 5AH6A 4Y35A 2UXZA 1A94A 3CKPA 4U7VA 4Y3QA 3O9LA 5OYQA 2H6TA 3LIZA 3MSLA 5P47A 1K1TA 4Y3MA 2WF3A 2PYNA 5P6SA 5P29A 3VUCA 3QROA 5KQZA 4HE9A 3SA6A 4J1KA 3WZ6A 2R3TA 3WB5A 1PSAA 1HIVA 1ZLFA 1EPLE 3OU4A 4APRE 5P45A 4L1AA 4YD5A 4J1IA 4OBGA 3KDCA 3TOHA 4DJYA 5P4AA 3QP0A 5OYYA 5P8CA 4FRIA 5P4EA 2JE4A 3PCZA 3ZL7A 4YHQA 1CMSA 1OD1A 3PCWA 3FSMA 4LAPA 2Q3KA 4DJUA 5P1CA 5OZ1A 5P8KA 5HTZA 3QBFA 5P6FA 3ZKQA 3UDRA 1EBYA 2FIVA 9HVPA 1PFZA 5P4SA 4Y3AA 5P1ZA 5P74A 3I7EA 1XE6A 3UHLA 5P6ZA 4F76A 5P4NA 4EHCA 1W5VA 2MIPA 2NNPA 5P5PA 5P3WA 4E43A 1SDVA 3URLA 2I4VA 1HVHA 5P1EA 3INHA 4Y3GA 4L7JA 4J0VA 4QLHA 4ACXA 2I0AA 4KE1A 3BUHA 4RLDA 5P3SA 5P66A 4FM7A 2RENA 3LZVA 3HAUA 3NDXA 4R95A 5P5OA 5P37A 5P7BA 3O9HA 3QVIA 4OD9B 1EBWA 1D4KA 4HLAA 2J9JA 5P5BA 1GVTA 1OEXA 1ODYA 5I70A 4Z2ZA 3H0BA 3NXNA 2APRA 2RSPA 1ODXA 2NMZA 3CIDA 3N3IA 3R4BA 3EKVA 3UTLA 2ZJIA 1EBKC 3NU4A 5P3FA 2O4KA 5P1FA 1FQ8A 4RRNA 5P1RA 1APTE 2FGVA 4CPRA 2P3DA 1MPPA 3CYXA 1QDMA 4PHVA 2HS1A 1T6EX 1YTJA 4OBJA 3KFNA 4U7QA 2QAKA 5P34A 3UF3A 5P8SA 4Y9WA 4EXGA 1SIPA 3TKWA 3ZOVA 5OYZA 2G21A 5P4WA 4NPTA 2I1AA 2IKOA 2VKMA 3WSJA 1HTRB 5P02A 1E82E 5APRE 3ZLQA 1IBQA 1NPVA 2AIDA 3OUDB 3S54A 3UQXA 3RTHA 2O4NA 5P20A 4RCEA 4FRJA 3NU9A 5P3EA 3NDUA 3SQFA 3Q70A 3IVIA 5OZPA 5P7WA 3VV7A 5JODA 2HIZA 1RV7A 4I0GA 1BIMA 2UPJA 2OHQA 1EPQE 4RROA 2FNSA 1XN2A 5HCOA 4DJQA 5DR3A 5I3WA 1BBSA 5P6IA 2ER7E 3SA8A 1B5FB 4CP7A 4YD6A 1U8GA 2QNQA 5P4QA 4NKKA 4Y3ZA 2VNNA 2ZHVA 5P0OA 3UCBA 4OBKA 2CENA 2VJ7A 2QI7A 2ER6E 5OZ7A 5P8GA 1UH7A 2Q63A 2ER0E 2AVSA 2AVOA 3QPJA 1DIFA 3NU5A 4IVTA 1LF2A 1W51A 2XYFA 1ENTE 3UDQA 2J9KA 1C6XA 5COKA 4LXMA 5P6XA 4LP9A 1T7IA 5OZDA 3OY4A 3OHFA 2IENA 3PJ6A 4FSEA 5KOSA 3DOXA 2AOEA 3PEPA 4ER4E 2F3KA 5P50A 3INFA 3D3TA 2OAHA 3OADA 3ST5A 1D4JA 5P8UA 1EEDP 2QNNA 4NJUA 5P0LA 3O9BA 3RSVA 5OYWA 5P6GA 1MT9A 5HD0A 5IVTA 3QIHA 1EC1A 4COEA 1EPPE 5P1WA 2OF0A 3M9FA 5P6QA 1LYBB 3SKFA 3URJA 1EPNE 3LINA 3DCKA 3I25A 4K9HA 1HSIA 3NU3A 5P7VA 4LXAA 4GZFA 1K6CA 1EPOE 4Y3FA 3GW5A 3OXCA 3HZCA 5P61A 5P5NA 5P62A 3N4LA 2FLEA 2IDWA 1K6TA 4PZXA 5E5JA 2AOIA 1C6YA 5P09A 3TKGA 5P69A 1KJFA 3L58A 2PH6A 4Y4TA 3L5BA 4QGIA 4Q1YA 5IS4A 2QHCA 1BDLA 3KT2A 5OZXA 1PPLE 5P79A 5P5XA 2QZXA 3LPIA 4PPHA 4YA8A 2QNPA 4LBTA 3O9GA 1FIVA 5P76A 4D8CA 1LYAB 3QAAA 1FG6C 4Y50A 5HVPA 3JW2A 1BDQA 5OZBA 1TZSA 1HXWA 2G69A 4RVIA 1GVXA 2QD7A 5OZLA 3KM4A 3O9IA 3AUPA 5DR8A 2ZDZA 3UQPA 1E5OE 2Q11A 1DMPA 1SDTA 3CMSA 3JVWA 5P4GA 3NXEA 4I10A 5P27A 4X2LA 5P7SA 1ER8E 4J1FA 3BGBA 5P70A 2HS2A 5P0TA 5OYSA 1FFIC 4OBZA 5P44A 4RYCA 5P6JA 3Q3TA 3DJKA 4B78A 4Y3LA 4ACUA 3UDJA 4R92A 5P64A 3ZKGA 3B80A 1FMUA 5P1AA 4FAFA 3KN0A 5IVQA 4RVXA 3OQDA 2OHNA 5P0FA 5OZFA 3EL5A 5P7ZA 2HPFA 4GJ7A 1DW6C 4ER1E 4RYGA 3G6ZA 3VSWA 1FQ5A 1MT8A 3KMYA 3VFBA 4Y3NA 3UDPA 4B0QA 3MXDA 4OBFA 2BPYA 2FDPA 4Y5BA 5P7RA 1W6IA 5P5AA 5P4JA 2FS4A 5C9BA 5OYVA 3ZKSA 2FDEA 1LF3A 5KQFA 5CONA 3Q5HA 1GVUA 4DV9A 2I4XA 3LNKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QI6 A;  3TOG A;  5OZT A;  2BBB A;  2SAM A;  5P0I A;  3EMY A;  1FMX A;  1GKT A;  4YOA A;  1FQ4 A;  3OU1 B;  1MIQ A;  4Y6M A;  1W50 A;  4EXH A;  3HBO A;  4Y57 A;  2QP8 A;  3PSU A;  5OYT A;  1D4Y A;  1FKN A;  5P5Y A;  4RZ1 A;  2RKG A;  5P0N A;  3GGA A;  4Y5C A;  5OZN A;  3IXK A;  2V13 A;  5P3C A;  1YM2 A;  4Y4B A;  5P3A A;  5KQX A;  3PRS A;  5P83 A;  1XDH A;  4OBZ B;  5P1U A;  2AOC A;  4MC6 A;  1BDR A;  2HB2 A;  2G24 A;  3TPJ A;  4J0Y A;  3K4V C;  5P8T A;  4Y4A A;  5P8J A;  2OHU A;  2H6S A;  1BWB A;  2G20 A;  2VNM A;  3DV5 A;  4K8S A;  1T7J A;  3TPR A;  3ZPU A;  5P2Y A;  1A8K A;  1G2K A;  4D83 A;  5P0K A;  5P2C A;  5HCT A;  5COP A;  1DP5 A;  5P46 A;  2QI5 A;  2ZE1 A;  1T3R A;  3BHE A;  5OZK A;  3ZKN A;  5P3H A;  2G1O A;  3VLB A;  5ENM A;  1HVS A;  1D4I A;  2O40 A;  2AOG A;  3G72 A;  3UQU A;  5P5V A;  5P24 A;  5P2I A;  4Y48 A;  2NR6 A;  4Q1W A;  4ZLS A;  5P1B A;  3TL9 A;  4QJ6 A;  2R5P A;  5P5K A;  4J55 A;  5P6W A;  5P2Q A;  5HDU A;  4DQF A;  2OHL A;  4EQ0 A;  5P53 A;  4EQJ A;  2FGU A;  1Z8C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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