5P8SA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 361
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8sA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8sA01
4DJYA 3VV8A 1TZSA 2PC0A 2QU3A 2J9JA 1FFFC 3OUBA 2F81A 3GGVA 3D1XA 3SKFA 3VF5A 5P7DA 5P39A 1MT9A 3BGBA 3C9XA 5P8RA 5P3EA 3CKTA 2H6TA 2PH8A 1SIPA 5P1FA 5P3BA 3FV3A 1FIVA 5COPA 4WY1A 5P1GA 3UF3A 2FIVA 3EL4A 3UDRA 5P86A 5P7HA 3QN8A 4XX3A 5P4BA 5P2RA 4I0GA 2AOEA 3IA9A 5P76A 3KF0A 1IBQA 3L3AA 5HU1A 2I4WA 4ZEAA 2ER0E 4Y4UA 1WBKA 3UQWA 4MC6A 1IDAA 1ZLFA 4I0IA 4DQHA 2RKFA 1AAQA 5P2LA 5P62A 5CONA 1APVE 3L5EA 4L1AB 1SMEA 5EZXA 1SIVA 3GI4A 4ER1E 5P6SA 3Q6YA 4Y3NA 4CPTA 4Z2ZA 1PSOE 4MC2A 4HE9A 3EM4A 5P1LA 5P0JA 4GMIA 5P2TA 4N00A 4Y5PA 3NU3A 4QJ2A 3LPIA 4B1DA 5P2SA 5PEPA 3OK9A 4I1CA 4KE0A 5APRE 1C6YA 4F76A 5OZUA 1HVHA 5P1QA 1EPLE 3NWXA 1HEGE 4A6BA 5OZZA 1FMBA 4I10A 4B77A 4RVXA 2PK6A 4YCKA 2A1EA 2ASIA 4LHHA 5P0LA 1FMXA 3LINA 3OHFA 3K4VA 2NMZA 2I4VA 5P6WA 1EPOE 4FAEA 2XFIA 2O4NA 1EC3A 1SDVA 5P4XA 4YOBA 3HW1A 5P2HA 3N3IA 5P6UA 2B8LA 5P0TA 5COKA 5P5VA 2B7FA 5P0IA 5UPJA 4RRNA 3SABA 2OHUA 4CPSA 5BS4A 1BXOA 5P33A 3QRVA 1W6IA 4B0QA 4OD9A 5P2NA 5P3HA 3OY4A 1IDBA 5P53A 3TLHA 4ZLSA 5P51A 5OZQA 1FQ5A 2HS1A 4PZWA 3EL9A 3SFCA 2F3KA 4IVTA 5P1VA 3OWNA 4Y3FA 3NR6A 1ME6A 3QVCA 3HD8A 3R4BA 5HCTA 2VKMA 2QI7A 4DJUA 5P4KA 4ZSRA 2FS4A 1ZSRA 5P8MA 5DQ5A 4WY6A 5P27A 4F75A 3D91A 3OU3A 4DJOA 1BXQA 1FFIC 1TSUA 1KJ7A 2QHYA 5P6TA 4Q1XA 2HPFA 3UQXA 4DV9A 4EQJA 3BC4A 4LBTA 2ER9E 3WZ7A 4B1EA 2FXDA 4H3FA 3UDMA 3JVWA 5P1RA 3OGPA 2UY0A 5P2IA 2VA7A 1PPKE 2WL0A 5P71A 4QJ6A 1RL8A 3PBDA 4OD9B 2P3DA 2HS2A 5OZVA 5P13A 4Y3AA 2G69A 5P04A 4DFGA 3PBZA 1MRXA 5P72A 1B6KA 3LNKA 2PWRA 4GJ5A 5KR1A 4CMSA 5P65A 3IN4A 1XN2A 1UH8A 4GJBA 3URLA 4OBZA 5P8GA 5P6VA 4Y5GA 5P4EA 5OZ9A 5P8BA 3TOHA 1XN3A 4TRZA 4F73A 4FRSA 5P5LA 5P4AA 1GVXA 4YBIA 5P87A 5P6LA 1HPOA 5P2WA 3O9HA 5P4JA 2VS2A 3QROA 4J0ZA 5P7QA 1BIMA 3OXWA 1HSGA 2WF2A 4OBJA 1B5FB 5KQZA 5P60A 5P5JA 5P59A 2QD8A 2EWYA 1W5YA 5F01A 1FB7A 2XFKA 5AH7A 4HEGA 5ISKA 4CPUA 3I7EA 4YBFA 1YTIA 1BV7A 1RNEA 5P1XA 1DAZC 3VYEA 5P3JA 5P2OA 3PMUA 4Y36A 3QP0A 4Y4TA 3GW5A 5DQ2A 2G22A 4JPEA 2QI1A 3VYFA 5P77A 4U8WA 3KMXA 4R8YA 4FSLA 5OZTA 1BWAA 2ZHSA 5P3AA 4RLDA 5P2GA 1GVUA 5P3KA 5P4MA 2QNNA 2B42A 3S7LA 3FNTA 2NR6A 4YOAA 1QDMA 3Q70A 5P3LA 3S43A 1LF3A 5FIVA 4YDFA 3R0WA 1LYWA 4GZFA 3NDWA 2ZHRA 5DQ1A 5OZJA 5P6OA 4EJ8A 2ZJIA 1G6LA 2O4LA 1D4SA 4X7IA 5OZNA 1GNMA 3QRSA 4PPHA 5AHCA 4AUCA 2VIJA 5P4OA 2PSGA 2AZ8A 5P0EA 2BJUA 1DP5A 2R43A 4HDFA 5P6HA 1ZPKA 3OQ7A 2G1OA 1HSHA 4CPWA 1HTRB 4PZXA 2WEBA 3APPA 5P0QA 5P36A 4Y4AA 4CPQA 3OU1B 1VIKA 5P7VA 5P32A 2VIZA 3Q3TA 2B7ZA 3PI5A 2AOFA 4H1EA 4I11A 1MT7A 1ZAPA 3INHA 1HPSA 4ZPEA 2NXMA 1F34A 4Y50A 3LZVA 3CICA 5P2UA 5P18A 5P83A 4GJ6A 5P7AA 5P6GA 5OZXA 4Y37A 4Y3QA 5JG1A 4B05A 3VF3A 3JW2A 2AZCA 4YA8A 5HDXA 4TVGA 5COOA 5ISJA 1Z1HA 3MXDA 1W6HA 4R5NA 5DGUA 5P31A 5P46A 4U7QA 5P01A 2OHRA 3KN0A 3ZL7A 4Y4WA 1BDLA 2QMFA 4I0HA 5F00A 4DI2A 3ZOVA 1Q9PA 1CZIE 1FQXA 1WBMA 5P7CA 2BB9A 2FGUA 1SGZA 1ZJ7A 2OHTA 3KDCA 1M43A 2QK5A 5OZIA 5P35A 4DJQA 1SMRA 2R5PA 3BUGA 5T4SA 2G21A 4Y3SA 3GI0A 5EZZA 3FSMA 4D8CA 3PB5A 1DIFA 1YX9A 5BWYA 3EKVA 3PCWA 3T7QA 4Y3ZA 5P4CA 3S8IA 4D88A 2ZHUA 5P5FA 4ZPFA 3TPRA 2P83A 5P5UA 1BDRA 3S56A 3WSJA 1OEXA 1QBTA 2FXEA 3PGIA 2AOIA 4L7HA 5P48A 1ER8E 1HOSA 3TKWA 5OZOA 3IVIA 4FM7A 3EXOA 4YCYA 2R8NA 3OTYA 3UFLA 5P4NA 5P2YA 1OD1A 5P79A 5OZAA 4I8ZA 5P6QA 3URIA 3PWMA 5P44A 1XDHA 5P3XA 1LS5A 3R0YA 5OZBA 1EPRE 4XKXA 2NPHA 5P00A 1G35A 4FL8A 5P2VA 1QBSA 2F8GA 3OXXA 3BXRA 4Z50A 5P4ZA 4J1HA 5P3DA 1HIIA 2BKTA 1B6JA 2PK5A 3L59A 5P5ZA 2OHNA 4HDPA 3TPPA 3ZKQA 5P3NA 5KR8A 3SA3A 1C6XA 3K1WA 4Y3WA 5HE4A 4GJ8A 2HB2A 3INEA 4D83A 4RYGA 5P0GA 5P7FA 5P2JA 2WF3A 1LEEA 1TW7A 4DQGA 4PEPA 3NDUA 4WTUA 1B6LA 3ST5A 4CPXA 4XX4A 1MEUA 1T7KA 2G1YA 5P03A 5P2QA 1D4JA 1NPVA 3O9IA 3EM6A 3RTNA 3NUOA 4K4RA 2QHZA 4TRYA 4PYVA 5P6IA 5HD0A 3TNEA 4NPTA 4YDGA 1DPJA 2OHMA 5P6XA 3IAWA 5OYRA 2AOHA 5P73A 4Q1YA 5P09A 3SA8A 5OZ3A 1XE5A 2Z54A 2JE4A 2BPVA 3NU9A 3FX5A 2P3BA 3NXNA 4OBDA 1F7AA 5P1HA 2R38A 2QMDA 5P56A 2CEMA 3DJKA 2V10C 5KOSA 4Y3HA 5OZEA 3SAAA 5P7ZA 3D20A 1XS7D 3OQKA 3T7PA 5OYWA 1MUIA 4FAFA 3NU5A 2JJIA 4Q1NA 4B1CA 4YD6A 5P7BA 2WF0A 4Y5CA 5P4RA 5P3SA 2IGXA 3DUYA 3ZMGA 2FNTA 6FIVA 4EQ0A 3DK1A 1PFZA 4Y3RA 4Y53A 4EP2A 2SAMA 3VCMA 1D4YA 5P20A 5P05A 2F3EA 4Y4DA 3PRSA 1KJ4A 5P74A 4EP3A 2HB3A 4Y5KA 5OZPA 2H6SA 3B80A 3A2OA 2HM1A 2FDEA 4Y5MA 1FQ4A 5IS4A 5OZ5A 5P7IA 3CMSA 4GIDA 4YHQA 3L5FA 2J9JB 2ZJJA 1EC1A 2G1NA 4Y4XA 3SA9A 5P84A 1MVPA 4R91A 2G1SA 4I8WA 5P15A 2VJ6A 3ECGA 2OF0A 4D85A 3JVYA 4HA5A 3S85A 5P82A 4LXAA 2P3BB 4RVIA 2VNMA 1HVKA 3RTHA 5HDUA 2WJOA 3MSKA 1HPVA 3HAUA 5P1YA 4DJVA 5DR7A 5OZWA 5P1ZA 1FQ8A 4TVHA 1XL5A 2ZE1A 4B72A 3KT5A 1RPIA 5ER2E 5C9FA 2IEOA 5P5HA 5P5GA 5P1JA 3LPJA 3EKQA 1QBUA 2FDPA 5OZMA 3T11A 1KZKA 1HVCA 3M9FA 3N4LA 4KUPA 5P0YA 5P3MA 3UDYA 1LYBA 1M0BA 1IZHA 3GGAA 3DV1A 2I1AA 3R1GB 1RQ9A 3KFPA 3AUPA 3NUJA 3OGQA 5KOQA 3EBZA 4EXGA 3QBHA 1GNOA 1KJFA 5P07A 4Y3MA 3MSJA 5P3TA 1MT8A 5OZGA 1HEFE 3UFNA 1YM4A 2CENA 1HVSA 5P5IA 4DQFA 5OZ1A 2ANLA 4YE3A 5P2MA 4Y44A 5P1KA 3TTPA 3SA6A 4RCFA 2AODA 5IVTA 3SQFA 5P0CA 4J54A 1YTHA 5P8LA 2R9BA 5P5BA 5P57A 5P78A 5AHAA 5P5XA 4CKUA 4COEA 1ENTE 3EKWA 3NDTA 2ZHTA 4LP9A 5OYSA 2O4KA 1HHPA 4J1FA 3DOXA 4J0VA 5I3XA 4Q5MA 4TRWA 4BFDA 4DJPA 4AA8A 1W51A 3EKPA 1HTGA 3LPKA 4JP9A 1YT9A 1LV1A 2WEAA 2QAKA 2ZGAA 2ZDZA 3NDXA 5P8JA 1IZDA 2IENA 4FRJA 3APRE 2V12C 7UPJA 2G27A 1PPME 2IRZA 5OZ7A 1LYBB 5P75A 3UDJA 3K4VC 3DM6A 5E5KA 1A8GA 2Q54A 4DUSA 5P6NA 4DJWA 5OZ0A 2BPXA 3RVIA 5P2BA 5IVQA 4RRSA 1D4KA 5P5QA 3IN3A 3BXSA 5P7TA 3NYGA 4HDBA 3ZPTA 2IL2A 3HVPA 3SO9A 2ER7E 1YTJA 1AVFA 3LZUA 1EBYA 4Y5LA 5P06A 3EM3A 1SGUA 1LF4A 5P8AA 5P58A 4LXKA 3SA5A 1B6MA 1XL2A 3TL9A 3L5CA 5P63A 5P43A 1HTFA 2APRA 5P3UA 5P5WA 4B70A 3UTLA 2I4XA 3BRAA 3VLAA 5P4GA 5HDZA 1SH9A 2QCIA 5E5JA 5P12A 4Y5BA 4FRIA 5P0OA 3FKTA 5P6KA 3EMYA 2ZJHA 5P11A 1A9MA 3O9CA 4YD5A 5OYYA 4ZE6A 2PWCA 5P08A 1M4HA 2ER6E 1HIHA 2HB4A 5P5MA 3MSLA 4K4QA 5B18A 5P4DA 3PMYA 4AZYA 1FG8C 5P68A 1PPLE 3TKGA 5HVPA 3LIVA 3IXKA 3O99A 5AHBA 1CPIA 4Z22A 5IVSA 1E82E 3LZYA 5P25A 1FLHA 5OYTA 4K4PA 2MIPA 4ER4E 2V13A 4DQEA 3QPJA 5DR1A 5P8TA 3SA4A 2QP8A 1AM5A 3VV7A 4OBZB 1JLDA 2G94A 2NMYA 3O9LA 5P54A 2NNKA 5ER1E 4LXMA 1WKRA 1K1UA 1CMSA 1Z8CA 2ZYEA 2AVVA 4Y3XA 3KFRA 4GJ7A 2P8HA 1T6EX 4EXHA 2Q15A 1E5OE 3KDDA 1MRWA 2QI6A 3FNSA 4OBFA 5C9DA 4Y5AA 2OHLA 3NWQA 5P4YA 1HBVA 3TH9A 5DR3A 4EJLA 3D1YA 1KJHA 4OBGA 1A94A 4S1GA 5OZHA 2BPYA 5P5EA 2IS0A 4H3IA 3OUCA 1SDUA 2ZJKA 3I6OA 4IVSA 4F74A 7HVPA 1ODYA 2QI5A 1EC2A 1ODXA 1OHRA 2JYSA 2FMBA 1B6PA 4Y3JA 3KYRA 3S54A 2F80A 5P1DA 4QJAA 3QVIA 2HPEA 5P7MA 3PVKA 1B11A 1BVEA 2QI0A 2OHPA 2VIEA 3O9GA 3K5CA 1LF2A 3S2OA 5OYXA 5P30A 4M8XA 1K2CA 5P1OA 3INFA 4QGIA 5P0XA 5P7RA 2PYNA 4APEA 4U7VA 5P19A 1MTBA 3S43B 4YD7A 1LYWB 1G2KA 1HVLA 2BKSA 3KM4A 5P3PA 5SY2A 3OAGA 5P67A 3OQFA 5P5YA 1HVIA 2I0AA 1NH0A 2G20A 5P69A 2WEDA 2G26A 4RROA 5KQFA 5OZ2A 4RZ1A 5P49A 2AIDA 3K5DA 5P8OA 4AMTA 4EJKA 4Y6MA 4I0ZA 5P52A 3ZKMA 1GVWA 4GYEA 1LYAA 5P14A 3VEUA 3UDQA 5AH9A 3UDKA 1ZP8A 5P6EA 3UDPA 1GKTA 3OOTA 5P3YA 5P3ZA 3PM4A 4J0PA 2JJJA 4ZPGA 4Y3LA 5AH6A 1T6GA 3IGBA 5P2EA 3LZSA 2QHCA 2XYFA 5P16A 1GNNA 3OQDA 5P0HA 1AJVA 3L5DA 4LC7A 5P1IA 1TQFA 2VA5A 2V00A 3EKTA 3H5BA 2IKUA 3CIDA 4Y43A 5P0NA 3UDNA 3OUDA 4Y47A 2O4PA 5TOLA 3ER3E 4KB9A 3ZKXA 3ZKSA 1IZEA 4Y3PA 5OYUA 5P3OA 3OADA 5P8UA 5HCOA 3RSVA 5P64A 1K6VA 2PH6A 4HLAA 1G0VA 3SACA 5P45A 4OC6A 3UQPA 2Q5KA 3DCKA 5P3RA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DJY A;  3VV8 A;  1TZS A;  2PC0 A;  2QU3 A;  2J9J A;  1FFF C;  3OUB A;  2F81 A;  3GGV A;  3D1X A;  3SKF A;  3VF5 A;  5P7D A;  5P39 A;  1MT9 A;  3BGB A;  3C9X A;  5P8R A;  5P3E A;  3CKT A;  2H6T A;  2PH8 A;  1SIP A;  5P1F A;  5P3B A;  3FV3 A;  1FIV A;  5COP A;  4WY1 A;  5P1G A;  3UF3 A;  2FIV A;  3EL4 A;  3UDR A;  5P86 A;  5P7H A;  3QN8 A;  4XX3 A;  5P4B A;  5P2R A;  4I0G A;  2AOE A;  3IA9 A;  5P76 A;  3KF0 A;  1IBQ A;  3L3A A;  5HU1 A;  2I4W A;  4ZEA A;  2ER0 E;  4Y4U A;  1WBK A;  3UQW A;  4MC6 A;  1IDA A;  1ZLF A;  4I0I A;  4DQH A;  2RKF A;  1AAQ A;  5P2L A;  5P62 A;  5CON A;  1APV E;  3L5E A;  4L1A B;  1SME A;  5EZX A;  1SIV A;  3GI4 A;  4ER1 E;  5P6S A;  3Q6Y A;  4Y3N A;  4CPT A;  4Z2Z A;  1PSO E;  4MC2 A;  4HE9 A;  3EM4 A;  5P1L A;  5P0J A;  4GMI A;  5P2T A;  4N00 A;  4Y5P A;  3NU3 A;  4QJ2 A;  3LPI A;  4B1D A;  5P2S A;  5PEP A;  3OK9 A;  4I1C A;  4KE0 A;  5APR E;  1C6Y A;  4F76 A;  5OZU A;  1HVH A;  5P1Q A;  1EPL E;  3NWX A;  1HEG E;  4A6B A;  5OZZ A;  1FMB A;  4I10 A;  4B77 A;  4RVX A;  2PK6 A;  4YCK A;  2A1E A;  2ASI A;  4LHH A;  5P0L A;  1FMX A;  3LIN A;  3OHF A;  3K4V A;  2NMZ A;  2I4V A;  5P6W A;  1EPO E;  4FAE A;  2XFI A;  2O4N A;  1EC3 A;  1SDV A;  5P4X A;  4YOB A;  3HW1 A;  5P2H A;  3N3I A;  5P6U A;  2B8L A;  5P0T A;  5COK A;  5P5V A;  2B7F A;  5P0I A;  5UPJ A;  4RRN A;  3SAB A;  2OHU A;  4CPS A;  5BS4 A;  1BXO A;  5P33 A;  3QRV A;  1W6I A;  4B0Q A;  4OD9 A;  5P2N A;  5P3H A;  3OY4 A;  1IDB A;  5P53 A;  3TLH A;  4ZLS A;  5P51 A;  5OZQ A;  1FQ5 A;  2HS1 A;  4PZW A;  3EL9 A;  3SFC A;  2F3K A;  4IVT A;  5P1V A;  3OWN A;  4Y3F A;  3NR6 A;  1ME6 A;  3QVC A;  3HD8 A;  3R4B A;  5HCT A;  2VKM A;  2QI7 A;  4DJU A;  5P4K A;  4ZSR A;  2FS4 A;  1ZSR A;  5P8M A;  5DQ5 A;  4WY6 A;  5P27 A;  4F75 A;  3D91 A;  3OU3 A;  4DJO A;  1BXQ A;  1FFI C;  1TSU A;  1KJ7 A;  2QHY A;  5P6T A;  4Q1X A;  2HPF A;  3UQX A;  4DV9 A;  4EQJ A;  3BC4 A;  4LBT A;  2ER9 E;  3WZ7 A;  4B1E A;  2FXD A;  4H3F A;  3UDM A;  3JVW A;  5P1R A;  3OGP A;  2UY0 A;  5P2I A;  2VA7 A;  1PPK E;  2WL0 A;  5P71 A;  4QJ6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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