5PEPA

X-ray analyses of aspartic proteases. ii. three-dimensional structure of the hexagonal crystal form of porcine pepsin at 2.3 angstroms resolution
Total Genus 74
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
74
sequence length
326
structure length
326
Chain Sequence
IGDEPLENYLDTEYFGTIGIGTPAQDFTVIFDTGSSNLWVPSVYCSSLACSDHNQFNPDDSSTFEATSQELSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLSETEPGSFLYYAPFDGILGLAYPSISASGATPVFDNLWDQGLVSQDLFSVYLSSNDDSGSVVLLGGIDSSYYTGSLNWVPVSVEGYWQITLDSITMDGETIACSGGCQAIVDTGTSLLTGPTSAIANIQSDIGASENSDGEMVISCSSIASLPDIVFTINGVQYPLSPSAYILQDDDSCTSGFEGMDVPTSSGELWILGDVFIRQYYTVFDRANNKVGLAPVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(acid proteinase)
molecule keywords PEPSIN
publication title X-ray analyses of aspartic proteinases. II. Three-dimensional structure of the hexagonal crystal form of porcine pepsin at 2.3 A resolution.
pubmed doi rcsb
source organism Sus scrofa
total genus 74
structure length 326
sequence length 326
ec nomenclature ec 3.4.23.1: Pepsin A.
pdb deposition date 1990-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5pepA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5pepA01
1HSIA 3EKXA 2Z4OA 5P8OA 5P6PA 2HB4A 1NH0A 2QK5A 3OGPA 2VA6A 5P2RA 2I0DA 4D85A 3EKWA 3OXWA 4QGIA 1HIIA 1G6LA 1LYWA 2Q64A 4YOAA 3O9LA 1DPJA 5IVRA 4QJ9A 2I4UA 1EPNE 5P8EA 5P49A 5HDVA 2G1YA 3VV6A 2IRZA 4YD6A 3EXOA 1BDQA 4J1HA 2Q63A 3O9AA 3WZ6A 3CICA 5P8QA 1IIQA 3KFNA 3G6ZA 4Y3YA 4EP2A 1EC0A 1ZLFA 5AHCA 4Y4UA 2NXLA 3ZMGA 3K1WA 5HE4A 5P4IA 4DQEA 5OZEA 1Z1HA 5HU1A 4OC6B 5P3VA 3QI1A 2ZDZA 5HU0A 1KZKA 4Q1YA 3OUDB 3Q3TA 3UQXA 1AXAA 3KA2A 3S45A 4J1EA 2B42A 3R0YA 3TPPA 2J9JA 4CKUA 1IDAA 4DJXA 3LZSA 3ECGA 1HVLA 3S8IA 4DQHA 5P8VA 1XL2A 1N49A 1HTGA 4Y4XA 1IVPA 4H3FA 2P3AA 1W5WA 5OZ0A 5P26A 4XX4A 4NJSA 3TTPA 1HVCA 3OTSA 2VIZA 4FCOA 2NR6A 3R2FA 4I10A 5P4KA 2NNKA 5P8MA 4FM7A 3ZPTA 2F81A 4Y3PA 1PPKE 5P4TA 5P5UA 3GI0A 4YD5A 1J71A 3C9XA 5P5QA 2WF0A 5P59A 5P8SA 2IEOA 3N4LA 4QLHA 3OUBA 5F01A 1EPLE 1K6PA 2HB2A 3BUFA 4MC2A 6UPJA 4N00A 5P3YA 5COPA 3O9GA 4RVXA 2XYFA 5P6MA 3EM6A 4Y3MA 1LYBB 5OZNA 3PRSA 3WB4A 3UQUA 4J0TA 1FFFC 1XE5A 1XS7D 5P5LA 4D89A 5J25A 5SY3A 4R5NA 4IVTA 3KT2A 1FKNA 5P7RA 3PHVA 3SO9A 3OQAA 5IVTA 5P2YA 1YTHA 2HPFA 2HS2A 3G72A 2QU3A 5DPZA 5P89A 3LIVA 5P40A 3TKWA 5OZPA 5P0QA 3LIQA 4HDPA 4EXHA 2O4KA 2B7ZA 3EM3A 1D4HA 2B8VA 4BEKA 5P0LA 3NDXA 1W6HA 4FLGA 5OZMA 5KOQA 5KR1A 1K1TA 5P0MA 5P64A 3IVIA 1KJ7A 5P66A 3PMYA 5P4XA 2XYEA 3VV7A 5P4EA 1FQ6A 1XE6A 5T4SA 2NTRA 5P1UA 1BVGA 4KB9A 4YDFA 3BXSA 2PWRA 4Y50A 1E5OE 4Y3XA 4RRNA 4F74A 5P4RA 5P02A 1BXQA 3OXVA 5P7HA 5EZXA 2QZLA 5P6LA 4UPJA 1IZHA 1AIDA 1ODXA 3ZKQA 4IVSA 5P2IA 4DQFA 5OYTA 3UFNA 3INHA 1TQFA 2I4VA 1MTBA 4Y4GA 4WY1A 5E5JA 5P3IA 1E82E 4Y48A 1W5XA 1E81E 4YBFA 5OZBA 3BGBA 3OUAA 1K2CA 1XDHA 3IN4A 5P50A 4Y4JA 5COOA 2CEJA 2OHRA 3QVCA 3UDNA 5C9BA 4Y47A 1PFZA 5P6GA 5JFPA 3T7XA 5P2GA 2F3EA 5P31A 5P77A 5P41A 3RSXA 1K6CA 3BXRA 4MC9A 3EKVA 3TPRA 2P3CA 5P00A 4Y5EA 2PWCA 3ZKMA 3EL0A 3HBOA 2BB9A 4I0GA 4LAPA 4XXSA 2OHQA 5I3XA 2FS4A 3IGBA 4OC6A 1HVKA 4QJ7A 3OOZA 4PHVA 4DJYA 3OUDA 1C6XA 2WEZA 2AOIA 5P5RA 4F75A 3LPJA 2QZXA 3UDQA 1D4SA 2G94A 5ER1E 2P8HA 3T7PA 2Q54A 1SMRA 3FSMA 4I1CA 4OBKA 2VIJA 1GVUA 4I0HA 2AVSA 5P81A 4EP3A 2AOHA 3CIBA 1MRWA 4DUSA 5OZOA 5P5CA 3GI4A 1RV7A 5P2AA 1BV7A 3PI0A 2VIEA 3NXNA 2V10C 4QJ6A 2ASIA 1SIPA 3TKGA 5P3AA 4DJWA 3NSHA 2G1OA 2XFKA 5P45A 5P7IA 4I11A 3TOHA 5P1LA 4B00A 3OU1B 3GGXA 2BPVA 1EC1A 3D3TA 5P3CA 1UH8A 4H1EA 5KAOA 5P0TA 4LXMA 2QI4A 2PK5A 3SA5A 3I25A 4Y5NA 5P47A 2OHKA 5P6DA 5P1QA 2FDPA 4TRWA 4Y5PA 3LINA 3ZKNA 1LYBA 1DAZC 2AOJA 2PH6A 5P6NA 5P5NA 5P7SA 3ST5A 3NU9A 5SXNA 5P2KA 1BVEA 5OYQA 3OADB 5OZDA 3Q5HA 4GZFA 2AVQA 1KJGA 4RZ1A 4EJDA 5P39A 4B0QA 2QMGA 3HLOA 4D8CA 1ZAPA 5P07A 2NXMA 4ZPEA 5P5KA 5OZ4A 5P4FA 1QBSA 4K9HA 2FDDA 4CPTA 5HE7A 4EWOA 3UFLA 3UF3A 1SBGA 2FNSA 2BPWA 2QZWA 2WL0A 5P03A 4EJKA 1LEEA 1W50A 2RKGA 1FMBA 4YD3A 6APRE 4OBJA 3SA8A 4FE6A 4Y3AA 5P0DA 1ER8E 1T6EX 4DV9A 2ZJHA 2QNQA 1B6LA 5P0BA 3S54A 5P71A 4J1KA 5P7KA 5P5ZA 5C9FA 5P4YA 3BHEA 1W5VA 5P1TA 1PROA 4F76A 5P16A 5P1MA 1OHRA 2ZHVA 5P1HA 2HC0A 3UDJA 5OZ7A 5P28A 1B11A 5P01A 3APPA 5OZ2A 1YT9A 3K4VA 2JXRA 2PSGA 1WBMA 3OAGB 3QRSA 5P5OA 3FNUA 2ER6E 3QN8A 3T11A 4FRSA 2ZHRA 4CPWA 4Y4BA 2JJJA 5P2FA 5P5IA 3RVIA 3VYFA 2QCIA 2QI6A 5P1AA 4B72A 2A1EA 3S2OA 4A6CA 1TW7A 5P1FA 3T6IA 3S56A 4MC1A 3SACA 1YG9A 4L7HA 3KFSA 1K6VA 5P86A 2WEDA 4FIVA 1FG6C 3PSYA 5P82A 1HPVA 4CPQA 5P2BA 5P6VA 5P8CA 3INFA 4PZWA 3B80A 4A4QA 5HD0A 4X7IA 5P8HA 4B1EA 5P5HA 4Y51A 1AAQA 1BWBA 4HE9A 1MT9A 3VV8A 1ZPAA 4LP9A 1HSGA 4Y3LA 1EPME 1YM2A 3MSKA 3AUPA 2EWYA 2OHSA 5P7BA 5P3BA 4COEA 5DGUA 3OQKA 2F3KA 1LV1A 4Y3ZA 5P7ZA 3GGAA 4R93A 4L1AB 1CZIE 5P2XA 1GVVA 5P7VA 4I12A 3URLA 2QD8A 3PWRA 2F8GA 5P4MA 5DR8A 3CIDA 5EZZA 1M4HA 4D88A 5P6YA 5P1JA 1IZIA 2V16C 4Y3EA 4EQ0A 1LYAB 5P27A 4BFBA 4PEPA 1T7JA 2QZKA 4FAFA 3DV1A 2QU2A 3KM4A 5P08A 5P5YA 1MVPA 3PI5A 5OYYA 1LF4A 4GJBA 1FFIC 3ZL7A 4EXGA 3UDHA 4PZXA 2ZJIA 4RVIA 4GJCA 5P2QA 2ZYEA 4HZTA 5OZKA 3UQWA 5P8NA 5P3FA 2HIZA 2ER7E 3OU1A 4XX3A 4AA9A 4B1DA 5P0IA 5P3ZA 5P3OA 5P54A 5C9DA 2QI1A 1GVWA 5OZZA 2P3BB 2OHPA 5E5KA 5OZHA 5P0ZA 5P42A 5P8LA 5P3XA 4Y4DA 3INDA 3RTMA 4Y44A 3OY4A 5P78A 4OBFA 3OADA 1F7AA 2PQZA 5OZ9A 4FS4A 5APRE 2NNPA 1D4LA 2HB3A 1ZBGA 2ER9E 5P0NA 5P4ZA 3NU5A 5P6KA 1HOSA 4FRJA 2ZJJA 2QI3A 5HDZA 8HVPA 2IENA 2WEAA 5P04A 4Y35A 4DQGA 4R91A 2R3TA 3QIHA 3OQ7A 1U8GA 4NJTA 5F00A 3ZPUA 1FB7A 3ER3E 5P1DA 2BKSA 5JG1A 4DPFA 2R5QA 3DK1A 1EPQE 5P3MA 2AOFA 5P6BA 1PPME 5P6JA 2R43A 4B78A 3H0BA 4L6BA 1PSOE 5P5EA 1MRXA 2WF4A 2WJOA 4KE1A 5P09A 1HXWA 1YM4A 5P62A 1EBKC 4LL3A 3HD8A 5P25A 5P44A 2QNPA 3L3AA 4Y4WA 2QMFA 1FQ7A 2FIVA 1PSAA 3IN3A 3NUOA 3K5DA 1B5FB 5P12A 1M43A 4Y45A 4U7VA 1A8GA 1SGZA 4R92A 3VCMA 4ACUA 4OBDA 3PBDA 3OAGA 5P7GA 5DQCA 2WKZA 5P5JA 4H3GA 4F73A 2PC0A 5P84A 1UPJA 5P1XA 3LZUA 5PEPA 4FSEA 5P6AA 2OF0A 2A4FA 1LF3A 3S43A 5P6ZA 3R0WA 2AOCA 4PPHA 3PLDA 3OUCA 3QS1A 3URIA 1ODWA 4ER4E 1BBSA 3VYEA 5P8KA 2Q15A 1EPOE 2I0AA 3F9QA 5P6XA 1Z8CA 1NPWA 3PB5A 1MESA 1T6GA 1QS8A 2ZHUA 3SKGA 2FLEA 2XFIA 5I3VA 3SA6A 5P8AA 4FSLA 4LC7A 5P6SA 3EM4A 1FQ4A 2WF2A 4I8ZA 1HTRB 1HTEA 4FM8A 5ENKA 4B70A 5OZFA 1EBZA 3WSJA 5I3YA 3KDDA 1TSQA 5AH8A 5P2NA 1K1UA 3S7MA 5P4BA 5P2SA 3ZKIA 1B6MA 3PSUA 5P32A 2QD6A 1SDVA 2ZHTA 2O40A 3KMYA 5P67A 3PLLA 4YOBA 5P7YA 1ME6A 2FNTA 3WZ8A 3PJ6A 2G69A 1D4IA 3RSVA 5P85A 1DW6C 1IDBA 5P23A 5P4JA 2VS2A 4B77A 7HVPA 5P0PA 3O9IA 5P3DA 4GB2A 3UDYA 3NDTA 5P68A 2F3FA 4ZEAA 1FLHA 2OHUA 5P0GA 2ER0E 5P5GA 5FIVA 4R95A 5DR4A 1IBQA 2G20A 4ZIPA 2PYNA 3SFCA 2QHCA 2J9KA 4Y3WA 2UPJA 5P2CA 1LZQA 4Z4XA 1W6IA 3L5EA 4HDBA 3WB5A 2HAHA 1SGUA 5P6HA 4YD4A 5P1BA 5JODA 5KOSA 3DCKA 3KN0A 3NXEA 4JECA 2I4WA 4J17A 2RMPA 5AH6A 4L7GA 5DQ5A 1ZP8A 5P1RA 3HDKA 4K8SA 4YA8A 2QD7A 5P5WA 1PSNA 3L5BA 5P1WA 2G1RA 1BDRA 2VIYA 3EL9A 5P1VA 4YD7A 1EC3A 5P4LA 5P3RA 4EPJA 3NR6A 5P79A 3OU3A 5P29A 2PK6A 5P6EA 4RLDA 3DOXA 5OZGA 4YCTA 5OZQA 5P33A 2H6SA 5DQ1A 5P4WA 5P5XA 3D1YA 2QI5A 1GKTA 5DR0A 5P5DA 4J5JA 3OU4B 5P2TA 1GNMA 5P1EA 5P4OA 2APRA 3LZVA 1BAIA 4FAEA 5P2UA 5ER2E 3VEUA 4YCYA 5P10A 3LNKA 4Y5MA 4DJQA 3ER5E 3OWNA 1HVJA 3K4VC 3PMUA 1W51A 4R8YA 5P57A 2JJIA 5P3SA 3BC4A 2IL2A 4S1GA 5P87A 6FIVA 4GJ5A 4J0VA 3O9LB 5P8DA 4EJ8A 5P7XA 2I4QA 4I0IA 9HVPA 2OAHA 3EKTA 2OHMA 1FQ8A 2VA5A 4RGHA 5P3NA 3VFBA 5SZ9A 5P56A 1B5FA 3CKPA 5P3HA 3KDBA 3SM2A 5P6WA 1TZSA 2WECA 2WEBA 4Y3GA 4OBZB 1NSOA 4Y4EA 3BGCA 3LIZA 2JYSA 3KFRA 5P4GA 1E80E 5ENMA 3EBZA 5P0XA 5P6IA 3LZYA 1YTJA 3ZKSA 3QVIA 4J1FA 3SPKA 2IGYA 5P3KA 3CKRA 1HVIA 2AZBA 1B6JA 5P8PA 5P8JA 2AIDA 1OEWA 4GMIA 3TH9A 1FG8C 5P3EA 4LXKA 2J9JB 3SAAA 1BIMA 4NPTA 3CKTA 1AJVA 3EKYA 1MEUA 3PWWA 5P5MA 1DMPA 1PPLE 3NLSA 1FQ5A 5OZYA 1HBVA 2G1NA 1B6PA 2O4PA 5P34A 2FGVA 5P3PA 2UXZA 3UHLA 4FRKA 5KR0A 1APVE 5P8RA 4I0FA 5P73A 4L7JA 2FGUA 5P0CA 3NU6A 4MC6A 4CPXA 4APEA 5P4SA 4E43A 3IA9A 5P70A 4DJOA 5P1IA 1TCXA 3IVHA 5P0YA 4NPUA 1SH9A 2OHLA 3U7SA 2VJ7A 4HEGA 1UH7A 3SM1A 3TLHA 2FXEA 2RKFA 3OK9A 4WY6A 1GNNA 1A30A 1EBWA 2HM1A 3NDUA 3O9EA 4JPEA 5P83A 3O9HA 3A2OA 1XN3A 5KQZA 3URJA 2G27A 1FMXA 5AHAA 4DI2A 5OZ3A 3LITA 4Y37A 3MSLA 4Y5KA 4I0JA 1A8KA 4J1CA 5P24A 5P4NA 1C70A 3O9CA 1KJFA 3PWMA 3BVBA 2Q55A 2MIPA 3R4BA 1KJ4A 1XN2A 2AZ8A 5IVSA 5P2WA 4Y3JA 3FV3A 4DQCA 4YE3A 5AH7A 5P37A 3KT5A 4Q1XA 3HZCA 2VKMA 5B18A 4OD9B 5OZCA 4K4RA 3O9FA 1HPOA 3D1XA 3KYRA 5KR2A 5OYXA 5P52A 1RL8A 2BPZA 5P46A 5P3GA 5P06A 4J1IA 3G70A 5P6RA 3VF7A 5ISKA 1QBTA 4GJAA 4YDGA 1MERA 3MXEA 4J0PA 5P38A 1YX9A 1GNOA 5P4QA 1ZJ7A 5P1ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1HSI A;  3EKX A;  2Z4O A;  5P8O A;  5P6P A;  2HB4 A;  1NH0 A;  2QK5 A;  3OGP A;  2VA6 A;  5P2R A;  2I0D A;  4D85 A;  3EKW A;  3OXW A;  4QGI A;  1HII A;  1G6L A;  1LYW A;  2Q64 A;  4YOA A;  3O9L A;  1DPJ A;  5IVR A;  4QJ9 A;  2I4U A;  1EPN E;  5P8E A;  5P49 A;  5HDV A;  2G1Y A;  3VV6 A;  2IRZ A;  4YD6 A;  3EXO A;  1BDQ A;  4J1H A;  2Q63 A;  3O9A A;  3WZ6 A;  3CIC A;  5P8Q A;  1IIQ A;  3KFN A;  3G6Z A;  4Y3Y A;  4EP2 A;  1EC0 A;  1ZLF A;  5AHC A;  4Y4U A;  2NXL A;  3ZMG A;  3K1W A;  5HE4 A;  5P4I A;  4DQE A;  5OZE A;  1Z1H A;  5HU1 A;  4OC6 B;  5P3V A;  3QI1 A;  2ZDZ A;  5HU0 A;  1KZK A;  4Q1Y A;  3OUD B;  3Q3T A;  3UQX A;  1AXA A;  3KA2 A;  3S45 A;  4J1E A;  2B42 A;  3R0Y A;  3TPP A;  2J9J A;  4CKU A;  1IDA A;  4DJX A;  3LZS A;  3ECG A;  1HVL A;  3S8I A;  4DQH A;  5P8V A;  1XL2 A;  1N49 A;  1HTG A;  4Y4X A;  1IVP A;  4H3F A;  2P3A A;  1W5W A;  5OZ0 A;  5P26 A;  4XX4 A;  4NJS A;  3TTP A;  1HVC A;  3OTS A;  2VIZ A;  4FCO A;  2NR6 A;  3R2F A;  4I10 A;  5P4K A;  2NNK A;  5P8M A;  4FM7 A;  3ZPT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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