The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
97
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structure length |
97
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Chain Sequence |
b'ELVNVVDEKLGTAYGEKIDLNNTNIAAFIQYRGLYPTLAKLIVKNAPYESVEDVLNIPGLTERQKQILRENLEHFTVTEVETALVEGGDRYNNGLYK'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of photosystem II and substrate binding at room temperature.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Photosystem II protein D1 1
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| molecule tags |
Photosynthesis
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| total genus |
28
|
| structure length |
97
|
| sequence length |
97
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| chains with identical sequence |
u
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-10-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| U | PF06514 | PsbU | Photosystem II 12 kDa extrinsic protein (PsbU) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | Photosystem II 12 kDa extrinsic protein |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3WU2 U; 4PJ0 U; 5TIS U; 5GTI U; 5E79 U; 3KZI U; 4UB8 U; 3A0H U; 1S5L U; 5KAF U; 2AXT U; 5B5E U; 5B66 U; 5KAI U; 4IL6 U; 5GTH U; 2DUY A; 4UB6 U; 3A0B U; 5H2F U; #chains in the Genus database with same CATH topology 3DV9 A; 9ICN A; 4QWB A; 4EX6 A; 3PW0 A; 1SB3 C; 1N5W A; 4CNQ A; 2PI5 A; 2GO7 A; 4YMN A; 4O3R A; 4IS7 A; 9ICK A; 1QCK A; 4F5O A; 1ZQJ A; 5HML A; 4LVS A; 2VIX A; 1ZQF A; 2NO5 A; 4BUG A; 4PGX A; 1RYR A; 3OTQ A; 2W43 A; 5AM5 A; 5HMM A; 2HHV A; 2VA3 A; 4JV0 A; 1X42 A; 3AL0 B; 1TKD A; 3FAH A; 5J2B A; 1ZQX A; 5AI5 A; 2NYV A; 5AKG A; 3FC4 A; 4CCH A; 3SD7 A; 1U47 A; 4G9B A; 5L9X A; 7ICE A; 5EWF A; 1N2X A; 5J0W A; 3LWM A; 3NVW A; 2KKV A; 5AKL A; 4MF8 A; 5J2A A; 3ZD9 A; 4I2C A; 1TVA A; 2NRW A; 5KFV A; 2F2A B; 2Y9U A; 1SIJ A; 4BXO A; 4RNM A; 4DOB A; 4KLT A; 3CYM A; 3JPO A; 3QUB A; 3N4M B; 3RB3 A; 3UQ0 A; 4K4H A; 2ZTC A; 3F5A A; 1A6S A; 4LJX A; 3WK6 A; 3WU2 U; 2H3V A; 4KLO A; 4F4Y A; 4RQ4 A; 5DB6 A; 1JXE A; 2WB1 C; 2RP5 A; 3GIJ A; 3CRX A; 4O5C A; 2LI6 A; 3BQ7 A; 4C4S A; 4DEZ A; 2MU2 A; 5J0P A; 5AKH A; 3MGV A; 4DL7 A; 4CF4 A; 3AN1 A; 5AK5 A; 3OHA A; 1DK3 A; 4RUA A; 2WAQ C; 2DQN B; 4P0Q A; 3EW9 A; 4DFM A; 4QZ8 A; 2Y0S C; 2KKP A; 4Y2S A; 4NLZ A; 1MN8 A; 3QU2 A; 5AK3 A; 3QU5 A; 9ICL A; 3A0H U; 3GZF A; 2ATL A; 3E2E A; 1ZJN A; 5AHX A; 3PX4 A; 4OO1 J; 4R64 A; 1D9D A; 1N5X A; 3OSN A; 5KFL A; 2FPM A; 2KSO B; 5AIC A; 3F53 A; 4R8U B; 3QU9 A; 5HHH A; 8ICR A; 4QZD A; 1M6Y A; 1NJW A; 2KEY A; 1VJ5 A; 5KT4 A; 3BQT A; 2E5S A; 3T3F A; 4IQU A; 1XU4 A; 2W9A A; 5KG2 A; 8ICX A; 4M9N A; 2MAX A; 2KG5 A; 1X9M A; 2G07 A; 4UAU A; 1SKR A; 4YMO A; 5J2K A; 1CEZ A; 4YCX A; 2KP7 A; 3NTU A; 4KLI A; 1ZQO A; 1K1Q A; 3KHG A; 3ZDA A; 1KTQ A; 2K4P A; 3F2C A; 4RU9 A; 2HOF A; 4LZD A; 2FJ6 A; 1NK7 A; 2F1I A; 1UA0 A; 4F5N A; 1IIP A; 2XVT A; 2F3N A; 1MC8 A; 2G5I B; 4UAR A; 2W8L A; 4F93 B; 4KTQ A; 5KG7 A; 4Y2U A; 2M0N A; 5KFH A; 2KOB A; 4GXJ A; 1FEZ A; 2DL0 A; 3H8M A; 4DSI A; 5ALD A; 2O6K A; 3MR3 A; 8ICV A; 5CHG A; 5CB1 A; 4DSJ A; 3PO5 A; 4J9S A; 4BJQ A; 1ZQI A; 2OCE A; 3MDA A; 3C2K A; 1Q3V A; 1DK2 A; 1EXN A; 2RLT A; 3RJG A; 1L7P A; 4ECU A; 3N28 A; 5KG0 A; 1H38 A; 3PO4 A; 4DL5 A; 3UM9 A; 1NI3 A; 2OYY A; 7ICP A; 3OJS A; 2KK0 A; 4YP3 A; 4IQT A; 4YQW A; 3OSP A; 4RQ6 A; 1F44 A; 4KX3 A; 1WWU A; 4C4T A; 4IQW A; 5KFO A; 1HUO A; 1Z4N A; 4Y2J A; 1DGS A; 7ICH A; 3G6V A; 1SWW A; 4B9M A; 1S9F A; 2FPL A; 4NY8 A; 3KZI U; 1ZRN A; 1U45 A; 2I1Q A; 1ZQA A; 2XY6 A; 1TFR A; 4DWI A; 1JRP A; 2C2E A; 2BQ3 A; 4FBT A; 4RPY A; 1WCL A; 4ACO A; 2PMZ C; 4I2F A; 4QZC A; 2IMW P; 2YML A; 1SV0 C; 9ICO A; 5TIS U; 3V6J A; 3LDA A; 5E79 U; 1CUK A; 9ICT A; 4RPX A; 1KDH A; 7ICK A; 9ICU A; 1SV4 A; 1ZQG A; 3PX6 A; 3SQI A; 4M0A A; 4BXO B; 2QB0 A; 1ZD4 A; 2CN1 A; 3MC1 A; 3SV4 A; 1QLN A; 3D2Q A; 2Q4T A; 1ZQN A; 4X5V A; 3AEV A; 2W03 A; 5HR7 A; 4J9L A; 1SZH A; 2XIC A; 5KG1 A; 5HHI A; 2J6U A; 1S5L U; 1Y88 A; 1V9P A; 1WG8 A; 1BPD A; 5ALF A; 7ICJ A; 5KL8 B; 1XSL A; 3ONN A; 5AKY A; 2RRD A; 3D2N A; 4NLN A; 8ICY A; 1RXW A; 1RYU A; 3RH4 A; 2KJ8 A; 3MFI A; 2KZM A; 4P0Q B; 2ZIV A; 1ZQP A; 2ZG6 A; 3MFH A; 1XO0 A; 1PK3 A; 3OPX A; 1DGJ A; 3PW2 A; 4RQ3 A; 2DPI A; 5ALT A; 2JH7 A; 2PFQ A; 3R9K A; 8ICW A; 4QZF A; 2Z7J A; 5DBA A; 4UAY A; 1SZP A; 3FM9 A; 4C80 A; 3JPR A; 4EEL A; 5KFQ A; 3PSI A; 1ARO P; 2QKQ A; 2VKQ A; 4P4O A; 3MDC A; 4GXK A; 2KTQ A; 4BWM A; 2D8C A; 4RZR A; 4EBE A; 2DKZ A; 9ICE A; 4GIB A; 3U26 A; 4ECX A; 2OXO A; 1UHU A; 4NXZ A; 3WKB A; 1HJP A; 2VA8 A; 1PUZ A; 1S76 D; 1N60 A; 5AIA A; 2MRL A; 1NJZ A; 3NVZ A; 3F2B A; 7ICN A; 4ECS A; 4BWJ A; 1NKC A; 3L3F X; 3H8J A; 1L3U A; 5FP0 A; 4ECW A; 5KL1 B; 1SKW A; 4TUR A; 2XGP A; 8ICH A; 3H0R B; 1KEJ A; 3T79 A; 3GFK B; 3C2M A; 3HIL A; 1LVH A; 1J2M A; 4YFK A; 3RBD A; 3RB0 A; 1XWL A; 3JPS A; 3QXG A; 3ISC A; 1NZP A; 1COO A; 3PSF A; 4I27 A; 4BX9 C; 4KLJ A; 3V6H A; 2AH5 A; 4Q8F A; 4QWC A; 1FFU A; 4TQS A; 4ELU A; 4MFF A; 4FZM A; 3Q8S B; 2KMD A; 2J6T A; 1BNO A; 5IIN A; 4NLB A; 4TQR A; 3O0F A; 4NV0 A; 1T7P A; 3QUC A; 4QZI A; 1Q8K A; 2LYH A; 4M04 A; 4FZL A; 5J2C A; 1YZ7 A; 4QZG A; 3RTV A; 2HVI A; 2KHQ A; 4J9P A; 1MSW D; 2DKX A; 3LVW A; 3PSP A; 3C2L A; 4CDG A; 2WF9 A; 2WF6 A; 4M9L A; 2DF4 B; 5CP2 A; 4AYB C; 4C8L A; 9ICH A; 3H40 A; 1L3V A; 5K4L A; 5KG4 A; 2ZTE A; 3ZDB A; 1SKS A; 3M9M B; 8ICC A; 3KTQ A; 2FMS A; 5AM1 A; 3M6K A; 5AKX A; 3RJK A; 1ZQ1 C; 3BS7 A; 3T5K A; 1ZRM A; 2YX8 A; 5ALI A; 1BPB A; 5AKI A; 5GTI U; 3I28 A; 4JWN A; 4UBB A; 1RYS A; 4YG2 A; 5KFU A; 7ICV A; 5J2F A; 2A1A A; 2LM4 A; 5KFB A; 1T94 A; 2AU0 A; 4ECQ A; 3N7R C; 1TK8 A; 7ICO A; 4UW9 A; 3THV A; 4DO9 A; 1S77 D; 2DPJ A; 3RH5 A; 3VCB A; 3A0B U; 4QWE A; 1DOQ A; 3QE9 Y; 4DSF A; 5D4B A; 4DCC A; 3QEA Z; 3BQ2 A; 2ODG A; 2P6U A; 4CF3 A; 3K4G A; 3C5G A; 4O3S A; 1ZQL A; 5BOM A; 1NJX A; 2QB0 B; 5DG9 A; 3IHQ B; 2K4H A; 4DQQ A; 2NRZ A; 3I1Y A; 2HBJ A; 1JUD A; 2ZXI A; 5EWE A; 5L1J A; 8ICL A; 4I2G A; 2ZJA A; 4KIT B; 3PY8 A; 5GTH U; 3TAQ A; 5IIM A; 8ICS A; 4RQ5 A; 4FE3 A; 2ZIV B; 2ZIX A; 4RPZ A; 4FS2 A; 2BCU A; 3Q8K A; 3VC8 A; 2JV3 A; 4F5P A; 2I6X A; 4O5K A; 1IV8 A; 1B0X A; 4NM2 A; 2W9B A; 4QZB A; 2IOF A; 4DL6 A; 5L1K A; 4DLG A; 4FFD A; 4O3O A; 5J0Q A; 3BDP A; 2FI1 A; 4HYK A; 1BVS A; 3WKA A; 2KVC A; 1ZQY A; 3V7L A; 4R66 A; 5KFJ A; 4F3O A; 1L8L A; 3F5E A; 2G0A A; 5ALG A; 4C7Y A; 2DWQ A; 3GIL A; 4RQ8 A; 5AI6 A; 2ZUC A; 1S10 A; 2W04 A; 2ZTD A; 1A76 A; 2K8A A; 5DQG A; 3GII A; 3C28 A; 4F72 A; 3RH6 A; 4YD1 A; 1F5S A; 2ES6 A; 1ZQH A; 2KHV A; 2JEI A; 5KFP A; 4DOC A; 5KG6 A; 4ED2 A; 4DQS A; 1NJY A; 2LYA A; 1PVR A; 4NLG A; 2KVS A; 1LKY A; 3H0L B; 2HOQ A; 2PFO A; 3QUT A; 5ALZ A; 2LKY A; 5IIJ A; 7ICL A; 5KFS A; 4UAZ A; 2XGQ A; 1U49 A; 4IR1 A; 5IIK A; 2CXY A; 2VAN A; 3KZX A; 4J9Q A; 4YR3 A; 5J29 A; 1BGX T; 4O0I A; 8ICA A; 4XUS A; 4KLS A; 5CEH A; 4J9O A; 1NK6 A; 2R8K A; 3HT3 A; 3PV8 A; 1V85 A; 3C1Z A; 3C29 A; 4UAW A; 2L5Y A; 4OCZ A; 2E1E A; 4JV1 A; 2E8O A; 4F2R A; 4YXM A; 2JMG A; 5J0R A; 2UVV A; 4IR9 A; 5AI9 A; 4RQN A; 1FO4 A; 4PL2 A; 3L5K A; 1ZD2 P; 4UQG A; 1RDF A; 3BJY A; 2K8C B; 3ORY A; 1L7M A; 1V38 A; 5AKJ A; 5G5H A; 2BPC A; 4O9M A; 1S0V A; 2HHW A; 2C2D A; 2JGA A; 4M47 A; 3TI0 A; 3KOO A; 3ETR A; 4F2S A; 2KZ3 A; 3RRH A; 2K60 A; 3SR6 A; 4Y2Q A; 4PL1 A; 8ICF A; 1Z00 B; 4B9L A; 3ALR A; 1TAU A; 1HEK A; 2W9C A; 1XS9 D; 7ICG A; 2CPR A; 3TAD C; 5KFF A; 2E8P A; 3AU6 A; 2F44 A; 4DL4 A; 3PW4 A; 7ICI A; 2MUT A; 4Q44 A; 4F5Q A; 2PXI A; 2CRX A; 2P66 A; 3EPI A; 2P35 A; 5KTQ A; 3OGU A; 4EZ6 A; 3K75 D; 2J6S A; 5KG3 A; 2FLP A; 1QQ7 A; 1PVP A; 7ICT A; 2LM1 A; 3GV8 B; 2F77 X; 4M6W A; 5AKZ A; 5KNI A; 2OWO A; 2FMP A; 4DFD A; 2LBO A; 1RM6 C; 3MR5 A; 5EOZ A; 4UB3 A; 2XY5 A; 1B22 A; 4B9U A; 4F92 B; 2HHX A; 3ED5 A; 2ZIX B; 1QSL A; 3UMB A; 3GV5 B; 2XO7 A; 9ICQ A; 5CJ7 A; 3M9O B; 4DF4 A; 3MGH A; 3HWT A; 1ZQM A; 4Y2R A; 3M7D A; 5J0U A; 2W3R A; 3D6J A; 1X6I A; 2YB4 A; 2G09 A; 3HKZ C; 4UB1 A; 2LPE A; 2MSN A; 9ICM A; 2DGZ A; 2YTU A; 4KN7 A; 4B9N A; 2XY7 A; 3MR2 A; 4QIW C; 2ZIW A; 3D2S A; 2JEG A; 2W9M A; 2V4Q A; 3KKA A; 1J2N A; 1UPH A; 4IRD A; 4QZ9 A; 4OJ6 A; 2IA6 A; 2KJ9 A; 3M9N B; 4PHP A; 5A0L A; 1CRX A; 2DBY A; 5AK4 A; 5ALX A; 5KFG A; 1IXR A; 3AQF A; 1MA7 A; 2FLN A; 1DXS A; 3Q8R B; 4ELV A; 5DBC A; 5KFC A; 4KX5 A; 4I29 A; 5AM2 A; 4KMU A; 2W54 A; 8ICU A; 1Z1V A; 2D3D A; 4Y2T A; 4RNO A; 4ECZ A; 4MEY A; 4O5E A; 2LMR A; 2UVR A; 2HBM A; 2F76 X; 1QTM A; 3NVV A; 1LKY B; 3KBB A; 3V7J A; 1NKB A; 2R8H A; 2G5H B; 1KFS A; 2GWS A; 4QZH A; 3NS1 A; 1NK4 A; 7ICS A; 1Z19 A; 1S0M A; 2KIV A; 8ICP A; 1JI7 A; 3QX7 A; 1NZB A; 7ICQ A; 1S0O A; 2BQU A; 2F1J A; 4P0P A; 2VA2 A; 4ECV A; 2JZB A; 7ICM A; 5DG7 A; 2R18 A; 1UT8 A; 2E1F A; 4UB2 A; 1L3S A; 4ECY A; 2Q0Z X; 5F3X B; 3GU3 A; 4WJ3 B; 2ZIU A; 5AK6 A; 3QUQ A; 1KRP A; 3V6K A; 8ICK A; 1SGG A; 3KHR A; 3RFA A; 4XRH A; 1ZJM A; 5DG8 A; 1C20 A; 9ICJ A; 2BHN A; 3C1Y A; 1NOM A; 4PGY A; 2KIW A; 2P6R A; 5III A; 1COK A; 3IP4 B; 4GFJ A; 3PR4 A; 3IN5 A; 4HAI A; 4NM1 A; 3ZI4 A; 1ZET A; 3RAX A; 1Q46 A; 3L4P A; 5ALJ A; 2B6G A; 2JHD A; 4Q45 A; 5G5G A; 2QB1 A; 1B43 A; 1QQ5 A; 3H0M B; 3G6X A; 3RR8 A; 5KFM A; 4ED8 A; 2HW3 A; 4QJF B; 1NNL A; 4F5R A; 2EZY A; 3WKE A; 1XSP A; 3GQC A; 2WB1 F; 5ALH A; 4QW8 A; 3M8R A; 2W9C B; 2C2R A; 2BCS A; 4U6P A; 3EZ5 A; 1ZOL A; 2YY6 A; 2OH2 A; 4M2Y A; 2FMQ A; 1UT5 A; 2KIC A; 3UMG A; 5CA7 A; 2MUT B; 2HOI A; 8ICM A; 3Q8L A; 2FPK A; 2HDO A; 2WAQ F; 4OJL A; 2ZUD A; 8ICT A; 4KLF A; 3H8W A; 5KFT A; 4UBC A; 2IHM A; 1X40 A; 1X9X A; 2KJ5 A; 2EDU A; 1LV5 A; 1RQL A; 3AUO A; 4I2J A; 5TZV A; 3NRW A; 4M6W B; 3NVY A; 3M8S A; 4O3Q A; 1OW5 A; 2KFZ A; 3HRD D; 2JR5 A; 4YD2 A; 2V4R A; 2GOL A; 4PGQ A; 2OEH A; 3PST A; 4NJ8 A; 4DSK A; 4QZA A; 2H3F A; 9ICA A; 3RBE A; 2BGW A; 3T5L A; 2YN4 A; 1UCV A; 3WK4 A; 2HHT A; 4MF2 A; 1K1S A; 9ICG A; 4EEN A; 4YR0 A; 4CF5 A; 3C21 A; 4EYH B; 5F9N A; 2RHF A; 3AM9 A; 4QZE A; 3B0X A; 3QU7 A; 3NGD A; 3KHL A; 1BPX A; 3ICX A; 4MFA A; 3BQ0 A; 2ESE A; 2NV3 A; 3TAD A; 4C8K A; 9ICP A; 2F8K A; 4CE6 A; 3TAC B; 4PJ0 U; 2ZIW B; 2A3V A; 3ZDC A; 2ZUB A; 4DSL A; 5J2J A; 2UVW A; 1ZQK A; 2H5X A; 1ZD5 A; 4PZN A; 2JEF A; 3EWA A; 1TV9 A; 2LYB A; 1JAL A; 3RAQ A; 4J03 A; 1KW4 A; 4P4P A; 2PKE A; 2VJ4 A; 2YMQ A; 1KFD A; 3ZDE A; 4PHD A; 5EE1 A; 2KFN A; 3HP6 A; 3UXP A; 2H3I A; 2LHT A; 8ICE A; 4DS5 A; 2NRV A; 3Q8P B; 3TKA A; 5ALL A; 5ALO A; 4OJO A; 3K1R B; 4KLU A; 2JRZ A; 1RG6 A; 1D9F A; 1IM4 A; 4DFJ A; 1Z3E B; 4QNL A; 1VLB A; 5KFX A; 5AI4 A; 4ECT A; 5DGA A; 5D49 A; 4JB3 A; 2C28 A; 2R8I A; 4G3I A; 3KKA C; 1BPY A; 2WF5 A; 3GDX A; 4QW9 A; 4P0P B; 7ICF A; 1SL0 A; 2JZB B; 4DQP A; 3Q8Q B; 4Y2P A; 2ZJ5 A; 2K4E A; 3RRG A; 2HHU A; 3H7I A; 2ZIU B; 3C23 A; 2BCV A; 5KFN A; 3NRZ A; 4GC7 A; 1D8Y A; 2BPF A; 2ALZ A; 2NRX A; 3WK9 A; 8ICN A; 4F8R A; 1GO3 F; 4GXI A; 2PMZ F; 4B9V A; 4M9G A; 5ALV A; 5KFK A; 3NAS A; 3WK8 A; 5ALR A; 1HUZ A; 1XSN A; 1DRG A; 3SEI A; 1KQQ A; 2BCQ A; 4TUP A; 4P4M A; 1NK9 A; 2H3Q A; 1N63 A; 3KHH A; 2PI4 A; 4DF8 A; 5IIO A; 1TE2 A; 3B0Y A; 3QYP A; 5ALK A; 1ZQD A; 4UB8 U; 1L6N A; 4YXJ A; 2XCP A; 2NRT A; 4EBD A; 3SV3 A; 3T5J A; 5KAI U; 1OXJ A; 2ASL A; 4BDP A; 3RJH A; 5DB9 A; 2K4I A; 2F1H A; 3N7P D; 4RT2 A; 2PFP A; 3SYZ A; 4Y2V A; 4CGZ A; 4C7Z A; 1N62 A; 4I2I A; 4EEK A; 3LK9 A; 4ED7 A; 4ED1 A; 4QWD A; 2AQ4 A; 1JIH A; 3N7S C; 1URJ A; 2I9G A; 1WUD A; 3G6Y A; 1S0N A; 5DGB A; 1L7O A; 4KLE A; 2E8M A; 3SAH A; 2OM6 A; 4KLM A; 1ZQC A; 3RF9 A; 2YQE A; 3AQE A; 1Q3U A; 9ICC A; 1WWV A; 1T3N A; 5EE3 A; 2WF8 A; 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