The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLNFFVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of photosystem II and substrate binding at room temperature.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Photosystem II protein D1 1
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| molecule tags |
Photosynthesis
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| total genus |
21
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| structure length |
62
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| sequence length |
62
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| chains with identical sequence |
z
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-10-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Z | PF01737 | Ycf9 | YCF9 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Photosystem II PsbZ, reaction centre |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5TIS Z; 3JCU Z; 3KZI Z; 4PJ0 Z; 5GTH Z; 4IL6 Z; 3A0B Z; 4UB8 Z; 5B66 Z; 5E79 Z; 5H2F Z; 3WU2 Z; 5KAF Z; 2AXT Z; 5GTI Z; 4UB6 Z; 1S5L Z; 3A0H Z; 5B5E Z; 5KAI Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 3CRQ A; 4YJ2 B; 2QKA A; 1NQT A; 5B1A C; 1YSC A; 4EKW A; 2ZKO A; 3JAW A; 1R3I C; 2GHY A; 5BMV A; 1DK1 A; 1V55 C; 5KMG B; 2ZDI A; 1Z5W A; 3RVY A; 3LUT B; 1DF4 A; 2ZD9 A; 1FXH A; 3ZMU A; 4EFB A; 4DR3 B; 2ZNJ A; 1VQL V; 4LF4 O; 4HAM A; 5IDJ A; 1NU1 H; 4TQD A; 3D3I A; 2UXB B; 3BA8 A; 4PHZ A; 4CC6 A; 5LGT A; 3G4S V; 3KKY A; 1AP5 A; 3SGI A; 1JOY A; 4FFB B; 5LMN B; 1VQ8 V; 4CH6 A; 2QWP B; 3CWB H; 1S77 D; 2NNU A; 3OR7 C; 3CME V; 5K1X A; 5E1A C; 1SQB H; 3E35 A; 2RQ6 A; 3JSN A; 2ZE6 A; 1KC8 W; 3K79 A; 1J5E B; 3B2E E; 5DEC A; 4DK1 A; 4WFF A; 1B6Q A; 1JCH A; 2JJ2 G; 5J2U A; 2CH7 B; 1Q86 W; 4L8J A; 2ZXW C; 2ILM A; 2PGG A; 1RPR A; 4PA3 A; 4PEL A; 3ABM C; 4JZ2 A; 1H2L A; 2AGA A; 1M57 C; 4JI1 O; 3F5T A; 3N2G B; 4K0K O; 3CEI A; 1QNM A; 1SF9 A; 1HNZ O; 2WLJ A; 2HR3 A; 1W59 A; 2N74 A; 4PDR A; 2Q8V A; 5L3E A; 1I5Y A; 1P4R A; 3RWR D; 3AG1 C; 1GN4 A; 3OUS A; 3T1Y O; 1AI4 A; 1MSW D; 1IBL B; 5CB4 B; 4OX9 B; 2B9Z A; 1AVM A; 3L72 H; 2HLD G; 4NKG B; 1CEZ A; 4JI5 O; 2Q73 A; 3HB3 B; 3QF7 A; 1RFY A; 3K9S A; 1G4Y B; 1ZUQ A; 4P30 A; 4XDJ A; 3E8B A; 4JI2 O; 1X4T A; 4JV5 O; 4WFE A; 4D7S A; 3OMN B; 3ZHU A; 4UVA A; 2FYU H; 3LDE A; 3H1L H; 5H5N A; 1IXB A; 2VS0 A; 5JCO C; 5CA3 A; 1FXV A; 2P7T C; 4XDK A; 4BIZ A; 1G8M A; 1Y6X A; 4E4E A; 1I5X A; 2CK3 G; 4O4H B; 4X89 A; 2BSK A; 1XHZ A; 1IVS A; 3SPH A; 1ZLZ A; 5B1B B; 5EYP B; 4IIJ B; 2P5O A; 1KB9 F; 4X8A A; 3CCJ V; 2OTL V; 4RUE A; 4PDL A; 4DW1 A; 3X2Q B; 3AG3 C; 4ZHQ A; 1CP9 A; 1S5H C; 3H1H H; 4RQE A; 2QM8 A; 1RM1 B; 4PA6 A; 4D7T A; 3ZMV A; 4X20 A; 2E75 B; 3OTO B; 5LMU O; 1OCZ B; 3ICX A; 1YIJ V; 5LP6 A; 4GKK O; 1WA8 A; 4N21 A; 3UM7 A; 1XRE A; 4XBF A; 5GTH Z; 2RMK B; 3JCZ A; 3JAT B; 3N2K A; 5KX5 A; 2A3Q A; 2XAF A; 1H38 A; 1VQM V; 3LSQ A; 3WG7 C; 3LDD A; 3STL C; 3FYE B; 4H0L B; 1FKA O; 1HNX B; 4DR4 O; 3K5O A; 2GTS A; 2CDY A; 3G6E V; 4L87 A; 5LHI A; 2GSM B; 1YVW A; 3OGC C; 4IHJ A; 1AJP A; 4MVM A; 3HPL C; 1K3E A; 1QVF U; 4UV9 A; 3L70 H; 4E2L A; 2WAM A; 1M5I A; 1L0L H; 5FNV A; 1R3L C; 2IJI A; 4LF4 B; 3RYF B; 4NTY A; 4FVM A; 3CRC A; 3WU2 Z; 4DV0 O; 3ZJZ A; 1JPX A; 4DR6 O; 2EIJ B; 4FM0 A; 2QWR B; 1YCI A; 1L8D A; 2JGD B; 5H9C A; 1N0J A; 1HW7 A; 2DOS A; 2OCC C; 3K06 A; 4B3M B; 4UVC A; 4QE9 A; 2IU0 A; 1Q90 D; 4DRX A; 1XHX A; 5CA0 B; 2KKW A; 1N36 O; 2QWQ B; 1SQP H; 2Z3Y A; 4X66 O; 5DM6 V; 5EZY A; 4CS3 A; 2EIN C; 1R1B A; 3W7S A; 1XNR O; 2IH3 C; 2XAH A; 1LNQ A; 2R70 A; 2RNB A; 2XAJ A; 1H8H G; 2HEP A; 3KCX A; 5F2V O; 4X1K B; 1TUB B; 3HKE B; 4TWK A; 3HKD B; 4RAI A; 4HYO A; 2XTA A; 4PI0 A; 4JYB A; 2PUS A; 4JI1 B; 4K8Z A; 4K0K B; 3VOU A; 1HNZ B; 1K8A W; 3ABT A; 3H9V A; 1QR9 A; 1H8E G; 5FPO A; 3SYC A; 1URF A; 1FYJ A; 3BRC A; 2PY5 A; 1A32 A; 1UFI A; 2B5U A; 3T1Y B; 1H2K A; 3E89 A; 4ASU G; 2KB1 A; 3WB0 A; 4YJ3 B; 2IW5 A; 2ZNI A; 1Y67 A; 3CS5 A; 5EBM C; 3T1C A; 1BZK A; 1I08 A; 5JJN B; 5LL6 Y; 2WSS G; 2BCC H; 3L9D A; 4BWA A; 4MW8 A; 2X0L A; 3B4S A; 5BR8 O; 1K4C C; 2LP7 A; 2Y69 B; 3DGE A; 1BQ0 A; 2RDC A; 4JI5 B; 4DV2 O; 5B5E Z; 4LF5 O; 5CMU A; 3RW0 A; 1XL4 A; 1R6N A; 2E3C A; 4R50 A; 1P7B A; 1FXK B; 4X1Y B; 4JI2 B; 1G1X B; 2EUL A; 1GTO A; 5ITZ B; 3SDL A; 3FYI B; 2WLK A; 2OCH A; 4J7K A; 3OE7 G; 3AG4 B; 4FFK A; 2EJR A; 1SQX H; 3APQ A; 4YIO A; 1HR0 O; 1OJH A; 3CCQ V; 1Q81 W; 3I55 V; 4FFB A; 5IYD O; 2OYQ A; 2AZ0 A; 5B1A B; 1SER A; 4B7E A; 2WWW A; 3IC9 A; 2ZE5 A; 4WBN B; 2OTJ V; 2IBZ H; 4GKJ O; 5IYZ B; 2AHZ A; 2ADP A; 2LO1 A; 1WNS A; 1V55 B; 2XT9 A; 1SQV H; 1NI8 A; 1LUV A; 1KMI Z; 3JD2 A; 3ML0 A; 4P9P A; 3THO A; 1Q7Y W; 2A0L A; 3P32 A; 3RFR A; 4J9Z B; 1Q43 A; 2WLI A; 4UCU A; 4HNA A; 3CC7 V; 1WB8 A; 2CH7 A; 4N23 A; 3B40 A; 5IWA O; 5LMU B; 4OPA A; 2YUA A; 2Z0A A; 3MHS C; 3K59 A; 4GX5 A; 4GKK B; 2AXT Z; 3HKB A; 4LWS B; 3N2G A; 3ZIA G; 4GYC B; 1YJW V; 3CCE V; 3SPG A; 2Q9L A; 4JI4 O; 1AI7 A; 4NB5 A; 2FKX A; 1QBZ A; 4DR4 B; 2RN9 A; 5CB4 A; 1OV9 A; 5B1N A; 2Y0P A; 3CJH B; 2ZXW B; 1FS0 G; 2DMX A; 4DR5 B; 2IJJ A; 3ABM B; 1WP7 A; 1VQK V; 4UCR A; 3ETE A; 3EFF K; 5EK0 A; 4DV0 B; 4JYY A; 2ADQ B; 1VQ7 V; 4BR6 A; 1Z2G A; 1NR1 A; 3ABK C; 2BTQ B; 4P2Z A; 3B8N A; 5EC1 C; 1IUR A; 1TA8 A; 3W7X A; 2BOB C; 4NXN O; 2ZM6 O; 4B3T O; 3DSQ A; 3SYO A; 4X66 B; 4FLU A; 3ETG A; 4J42 A; 1ZSP A; 5BZB A; 1EFR G; 4O4H A; 3ZRS A; 3N27 A; 1XNR B; 3ZHQ A; 1Q6H A; 3UKM A; 2P4V A; 2UXC O; 4IIJ A; 3W7W A; 5CA1 B; 1OCC B; 2HG5 C; 4FLZ A; 2JGU A; 1YF2 A; 4LFB B; 4MT8 A; 1K7D A; 3CP1 A; 4B3R O; 3BAA A; 4W4L A; 1FD9 A; 1ZTE A; 3QO7 A; 3ASO C; 4NR1 A; 3TGU H; 4MVQ A; 2V7Q G; 2EIM C; 1BCC H; 1VF6 C; 4FLX A; 5IYC O; 3IGA C; 3IFX A; 1SKV A; 4HZ3 A; 2AHY A; 3CCM V; 2G38 A; 4JI6 O; 4I5S A; 1FFX B; 1BT8 A; 2ZDI C; 2P6J A; 3ETD A; 4WFH A; 2EIK C; 4RO2 A; 3ZHT A; 2P67 A; 4JI8 O; 1PNK A; 1AR1 B; 3J81 N; 2XUM A; 3AG3 B; 3JAT A; 3S3X A; 5FPR A; 5FLX N; 5J2T A; 5BR8 B; 5CBG A; 1KP3 A; 5LHG A; 4LF5 B; 1KUQ A; 4PDM A; 1BHA A; 3RYC A; 4PA9 A; 4UCS A; 3GWO A; 4IYH A; 3TXQ A; 4U3F H; 4DV5 O; 3FAV A; 3C90 A; 3UCS C; 1UJW B; 3CCS V; 4LF9 O; 3DC5 A; 4ZKI A; 3JD3 A; 2EJ7 A; 3JD0 A; 1U96 A; 2FB5 A; 1TUE B; 3RYF A; 1Y76 B; 1HR0 B; 2ZIM A; 2W6I G; 1XIL A; 3WG7 B; 2PYJ A; 1AJQ A; 4UXN A; 2GUZ B; 3SYP A; 5HFM A; 2Y48 A; 5EBW C; 2OT5 A; 4GKJ B; 3M99 B; 2HP8 A; 1BQZ A; 1PD3 A; 4O2A B; 1N8R W; 2HVK C; 1PP9 H; 4PI2 A; 2MK3 A; 2JEU A; 3RYH B; 1N4C A; 1GN3 A; 1J95 A; 1AR4 A; 2DQ0 A; 2WLL A; 3K9A A; 2Q7G A; 1IX9 A; 3K03 A; 1PPJ H; 5LXT B; 4DUZ O; 3IJ4 A; 3D8C A; 3NR7 A; 3HKE A; 3HKD A; 2OCC B; 1VF7 A; 5IWA B; 1K73 W; 5DED A; 1HWY A; 3U10 A; 4LFA O; 4I55 B; 1EZV H; 4NTX A; 4AI8 A; 4NXM O; 4DR1 O; 5E79 Z; 4HBN A; 1YTF D; 2R72 A; 2AW9 A; 1WPX A; 3P3N A; 2EIN B; 4JI4 B; 2LFR A; 1XNQ O; 3TCU A; 1VQ6 V; 2YDE A; 1JQ0 A; 3Q4H B; 4YJ3 A; 3O9O A; 1SA0 B; 4UCO A; 2YI8 A; 4H44 B; 3OFN G; 4JYC A; 5C8Y B; 4LC1 A; 3ZMS A; 2QGN A; 2PTM A; 2X6C A; 4DW0 A; 4LH6 A; 3CE2 A; 1YEW A; 1FXK A; 4X1Y A; 3UO2 A; 2E74 B; 4AQY O; 5ITZ A; 1MG1 A; 1XEQ A; 4TQF A; 5H2F Z; 1N34 O; 2DE0 X; 4NVP A; 4NXN B; 1F7Y A; 2ZM6 B; 3ZMZ A; 4B3T B; 2IJH A; 5L3D A; 2JEX A; 3AEI A; 4FZ1 A; 2YXL A; 3K3W A; 3R66 A; 4DR2 O; 3S3W A; 2W6J G; 4KHP O; 3OM3 B; 2YEV B; 4I4T B; 2UXC B; 1QU7 A; 5IYZ A; 4KXR A; 4D6T H; 1GRJ A; 2F43 G; 5KUK A; 4B3R B; 5JH7 B; 2OIG A; 3OMI B; 1AB3 A; 4F6R B; 1OCC C; 3CCR V; 1BE3 H; 2WLN A; 2IM9 A; 3PJS K; 1ROP A; 3WB1 A; 4PD4 F; 1THZ A; 2XOK G; 4DYL A; 4JI6 B; 4K8X A; 5B66 Z; 4GUN A; 2UUC O; 1MA1 A; 1WN7 A; 2GBO A; 1FJG O; 4KFM A; 4JI0 O; 3E22 B; 4DUY O; 4JI8 B; 4EB6 B; 1YJN V; 2DYS C; 4KP4 A; 3K04 A; 1D5A A; 4OPH A; 2ARH A; 4NTW A; 1YI2 V; 3ASN C; 4CS2 A; 1X59 A; 4IGG A; 1F51 A; 3RYI B; 1ARO P; 2WLH A; 3KCY A; 4G27 B; 4JYA O; 4UUJ C; 1NVP D; 2R9A A; 2HKO A; 4J10 A; 3OW2 U; 4DV5 B; 3VBB A; 1WPB A; 1JFF B; 2YIB D; 4LF9 B; 1AI5 A; 1QLE C; 3CRA A; 2Z5U A; 4TV8 A; 2JJ1 G; 2Q0O C; 2CGN A; 4U7N A; 4GLX A; 3I5D A; 3ZMT A; 2CTR A; 3UO3 A; 3QO5 A; 1Q5O A; 1TVK B; 2ZR2 A; 2WA3 A; 2FML A; 2BTQ A; 1VQP V; 3CSX A; 1AR5 A; 4AHC A; 1K97 A; 2ITD C; 1DTO A; 4OXS A; 3HKC B; 4MVZ A; 3L75 H; 4LF8 B; 4UVB A; 4MTG A; 1BSM A; 2QTS A; 1EN5 A; 2QM4 A; 4BW9 A; 4AIL C; 5TIS Z; 4CH5 A; 5B3S C; 4FIP C; 2GV9 A; 5KHI A; 5JJJ B; 4DUZ B; 2CTQ A; 1SS3 A; 2ZE7 A; 3AK1 A; 4ABM A; 1P84 F; 3ABK B; 5CA1 A; 4X1I B; 1NBM G; 2UU9 O; 1RSO B; 4LFA B; 1AI6 A; 2K1E A; 4NXM B; 2FTK A; 4DR1 B; 4X65 O; 5JCO A; 2IH1 C; 3T4Z A; 1LUW A; 2NR5 A; 1SQG A; 1N0N A; 2WA4 A; 4LBE C; 2Q7E A; 1XNQ B; 1FFX A; 1NR7 A; 4IT5 A; 3BA9 A; 2F4V O; 1NKD A; 1YXB A; 3P3P A; 4X62 O; 3RGB A; 1SRY A; 4CH3 A; 2VQF O; 4X88 A; 3ASO B; 1SES A; 2EIM B; 2QKC A; 3E2E A; 3ABL C; 4WF9 V; 3JAR A; 2ZR3 A; 4DR7 O; 3B77 A; 4JI3 O; 5BMV B; 3AG7 A; 2ETN A; 5H6Q A; 1PNL A; 3GWK C; 3OD4 A; 2EIK B; 1R3K C; 1N34 B; 2DW4 A; 4KUM A; 1PKX A; 4YXW G; 3M7M X; 4A5U B; 2UUB O; 4X9Q A; 1Y76 A; 1MNG A; 4DR2 B; 4BAY A; 5EBL C; 4KHP B; 4IYI A; 2DQ3 A; 3LNN A; 3CPW U; 2GUZ A; 5LA6 B; 1E1R G; 4O4L A; 5KHG A; 4ZIB A; 2RJZ A; 1I0H A; 4J11 A; 2QM7 A; 2BOC C; 1PL0 A; 4DV7 O; 3JAK B; 1V9P A; 2QSA A; 1JMK C; 1AP6 A; 1K4D C; 3H01 A; 4DO2 A; 4YJ2 A; 3P30 A; 4O2A A; 1GH6 A; 2X7R B; 5D5P A; 3RYH A; 5FL7 G; 5AG2 A; 5KMG A; 4JV5 B; 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1GO3 F; 1KU9 A; 3CCL V; 2LQT A; 1ZL8 B; 3E22 A; 4X62 B; 1F23 A; 4EB6 A; 3H1J H; 1NH2 B; 5BXZ A; 1H2G A; 1N33 O; 3N2K B; 3QTC A; 5EYP A; 2VQF B; 1JJO A; 4JPR A; 4J7Z A; 2YXY A; 1SQQ H; 3RYI A; 3K5N A; 4QPK A; 3DC6 A; 3T2M A; 3FD9 A; 1QCE A; 4OX9 O; 2ATK C; 4DR7 B; 4U3J B; 4FLT A; 2Q68 A; 4BIO A; 1K5Q A; 4JI3 B; 2L6L A; 2KG7 B; 1GKF A; 2YC0 A; 4RUF A; 5DN6 G; 3CX5 F; 4CS4 A; 3MDS A; 5FNV B; 2CTP A; 1VQN V; 1D2D A; 1KBH A; 1SC5 B; 1CPY A; 2BE3 A; 2DYS B; 2VRZ A; 1I7F A; 2YIA A; 5IJ9 B; 1N32 O; 2EZP A; 1TVK A; 1NH2 D; 3ASN B; 1S76 D; 2NLJ C; 2Q69 A; 2QTO A; 4JAS A; 2UXN A; 4QJF B; 1OZ0 A; 4DV7 B; 3HKC A; 4DV2 B; 2CE4 A; 5LGU A; 1QLE B; 1M90 W; 3K58 A; 2IJK A; 1FFT B; 1NTM H; 3VQV A; 3CRM A; 2W0X A; 4GZR B; 1VQ5 V; 4R6Z A; 4B3S B; 3SJQ C; 2R9I A; 3BPZ A; 3E83 A; 2PF4 E; 1KYO F; 4X1I A; 5D5Q A; 1RSO A; 3U0Z A; 2GDS A; 1XMO O; 4K3A A; 4GX2 A; 1L1F A; 1KP2 A; 1UPG A; 2E5L O; 4Q6G A; 2W0F C; 5IE9 A; 2JGD A; 1T5E A; 3QO8 A; 2KQX A; 2EIL C; 2LGQ A; 1YJ9 V; 1XMQ O; 1NZ6 A; 2UUA B; 3A0R A; 1YTF B; 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