The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
21
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sequence length |
62
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structure length |
62
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Chain Sequence |
MTILFQLALAALVILSFVMVIGVPVAYASPQDWDRSKQLIFLGSGLWIALVLVVGVLNFFVV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of photosystem II and substrate binding at room temperature.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Photosystem II protein D1 1
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| molecule tags |
Photosynthesis
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| total genus |
21
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| structure length |
62
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| sequence length |
62
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| chains with identical sequence |
z
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-10-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Z | PF01737 | Ycf9 | YCF9 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | Photosystem II PsbZ, reaction centre |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5KAF Z; 4IL6 Z; 5GTI Z; 4UB8 Z; 3WU2 Z; 1S5L Z; 5GTH Z; 2AXT Z; 3KZI Z; 5E79 Z; 5H2F Z; 5B66 Z; 5KAI Z; 4UB6 Z; 3JCU Z; 3A0H Z; 5B5E Z; 5TIS Z; 4PJ0 Z; 3A0B Z; #chains in the Genus database with same CATH topology 2F95 B; 2HJD A; 1AP6 A; 4DUZ B; 2YXY A; 4OXS A; 2IU0 A; 3ZRW A; 2BSK B; 1YJ9 V; 2RCV A; 5E1A C; 3ABM B; 4AQY B; 2UXD B; 1KYO F; 3QO5 A; 3UCS C; 3ZRX A; 1Y4M A; 2EIL B; 3LNN A; 4TWK A; 2AZ2 A; 4DR3 B; 1XMQ O; 1HWY A; 4LFB B; 3B09 A; 2IBZ H; 3GWO A; 1JPX A; 5IYZ B; 1QR9 A; 4XDJ A; 1VQM V; 3BAB A; 5IYD O; 1YEW A; 5FPO A; 1VQP V; 2Q5Z A; 3CYO A; 3BY6 A; 4U3J A; 2HFE C; 3FB6 C; 1NR1 A; 3ZMU A; 2JDI G; 2BTQ A; 4WCE V; 3SYQ A; 1VQ5 V; 3E89 A; 3STZ C; 2WWW A; 2YID A; 3KCX A; 2F93 B; 5CB4 A; 3K5N A; 2M6Y A; 3T1H B; 4JI2 B; 4IL6 Z; 4DK1 A; 1JFF A; 5IYB O; 1ZL8 B; 4DR4 O; 4O4J B; 4TQF A; 2FML A; 3G71 V; 2DJV A; 3CRA A; 3CE2 A; 2GUZ B; 5LA6 B; 1I94 B; 3OTO B; 3THO A; 2OIE A; 2A3Q A; 2ODM A; 3K04 A; 4DR7 B; 1Q86 W; 2QDO A; 1KP3 A; 4O4I B; 2HJF C; 2BTO A; 3HKE B; 2F4V B; 2NLJ C; 1IXB A; 1HNZ O; 3LSS A; 2QKA A; 5LXT B; 2X6A A; 5KHI A; 4KUM A; 1TVK B; 3VQV A; 4A5U B; 4CBC A; 3CS5 A; 1F51 A; 5LMN B; 1XI1 A; 4FPP A; 5EYP B; 1F4M A; 1ZUQ A; 2JJ2 G; 1BGY H; 4Q20 A; 2YC0 A; 3CCJ V; 4R8C A; 4WFE A; 2Q9L A; 5CA0 A; 3H1L H; 2HEP A; 1FXH A; 2VWK A; 3P30 A; 2EIK C; 4H37 A; 1MZE A; 1ZAU A; 4DV5 B; 4WBN B; 1KBH A; 3EFF K; 4DUY O; 1BHB A; 2LQT A; 4LFA B; 5CMU A; 1A32 A; 5IWA O; 4DR2 O; 3HKD B; 1EFR G; 3RYC B; 3BRC A; 3OUF A; 3LDE A; 3SPI A; 3P3N A; 3JSL A; 2ZQM A; 3ASN C; 2DYR B; 4JI6 B; 4EKW A; 2E75 B; 2UXB B; 5LMU B; 1VP7 A; 1YIT V; 2UUA O; 1XMO O; 3QG5 A; 3TXS A; 3TGU H; 3E8H A; 2W0F C; 2P4K A; 4DUZ O; 1RM1 B; 2UUC O; 2CTR A; 1BQ0 A; 4NXN O; 1JR9 A; 1VQN V; 3Q4H A; 2QA4 V; 2WLH A; 4G28 B; 2ATK C; 1I5X A; 1TAE A; 1NKD A; 2E76 B; 4DR3 O; 4LFB O; 1M56 C; 5KAI Z; 2YDE A; 2QWP B; 2QM4 A; 2ZCE A; 2A06 H; 5KUM A; 4LR3 A; 1AJQ A; 1YTF B; 1FFX A; 3ZRS A; 4ZHQ A; 2ETN A; 2KG7 B; 4KXR A; 2ZKO A; 3M7M X; 5LGN A; 2QWO B; 4HAM A; 2D3O W; 1WA8 B; 2AHZ A; 3FX7 A; 4LF9 B; 2YIB D; 4W4K A; 3JAL A; 3RWR D; 3ABK C; 3STL C; 1L0L H; 4LWS A; 3ZHV A; 4YIO A; 1IBL B; 4NYK A; 4EB6 B; 1OCR C; 1BCC H; 1SZT A; 3JD0 A; 2AHY A; 2ITD C; 4B7K A; 1LUW A; 1JCH A; 3JYC A; 3WU2 Z; 3OUS A; 5JWP A; 4X1I B; 3W7T A; 4TUY A; 4FLW A; 1M1K W; 1GAX A; 3RYH B; 4U7N A; 1GH6 A; 1GRJ A; 3RFR A; 1WN7 A; 4O4H A; 2ITC C; 3L71 H; 1DTO A; 3NXS A; 1VQ6 V; 4JAA A; 1S5J A; 2IJH A; 4J41 A; 3WB1 A; 3VBB A; 2X6C A; 1Y74 B; 4DO2 A; 3F7Y C; 3JD1 A; 2HVJ C; 4J42 A; 1RFY A; 4PV1 B; 1Q7Y W; 4I50 A; 5JJN B; 4JTA B; 4X1Y B; 2VRZ A; 2YSU B; 1N32 B; 3C3S A; 5LMN O; 4HYO A; 4UUJ C; 1PKX A; 1Y66 A; 5L3G A; 5LBQ A; 3B77 A; 1N8R W; 2CTW A; 2CUG A; 1K4C C; 5J2U A; 3CJH B; 2YS8 A; 1XQ8 A; 2ZE5 A; 1J95 A; 4LBE C; 1V9P A; 2UU9 B; 1GMG A; 1XUQ A; 4DV5 O; 3SJC C; 1KD1 W; 1Z5V A; 3EVK A; 3MDS A; 4PJ0 Z; 2A79 B; 3AG1 C; 3KKY A; 3RYI B; 1IBK B; 3ZCC A; 3SYO A; 4FJC C; 3NR7 A; 3AK1 A; 4JI6 O; 1R6T A; 3CP1 A; 2UXB O; 1JMK C; 5EZY A; 4BIO A; 5LMU O; 3LNM B; 1XBL A; 1DF4 A; 1PNM A; 1SQB H; 4I0X B; 4J7K A; 4GZR B; 3QO7 A; 4TT3 G; 2F23 A; 5J2T A; 3WB2 A; 5BY1 A; 2ILM A; 4JGS A; 2P90 A; 4QE7 A; 4Z2W A; 3MD0 A; 2LO1 A; 3JAS A; 2JS5 A; 4RUF A; 4DR6 B; 1RSO B; 1MZF A; 4IT5 A; 1SQV H; 3HPL C; 1MAB G; 2R9I A; 3RN4 A; 1R6N A; 1W0K G; 5LGU A; 1SC5 B; 4LF9 O; 5K1P A; 1K5Q A; 4FM0 A; 1K34 A; 2FL4 A; 1OCO C; 1AI7 A; 4NTX A; 1CP9 A; 3IGA C; 1VMG A; 1SQX H; 4KP4 A; 5LHI A; 2ZIN A; 1YDX A; 1JJ2 U; 1IBL O; 1QLN A; 1MOF A; 3CCL V; 3CXH F; 3BFR A; 3O9O A; 2JJ1 G; 4NXM B; 1WNS A; 5KA6 A; 5LL6 Y; 1WPB A; 4X8A A; 1UPG A; 1EZJ A; 2WA3 A; 3LSQ A; 1XHZ A; 2F43 G; 2EIN C; 4FLX A; 3FD9 A; 1WB8 A; 3TJT A; 2ZXW B; 4X65 O; 4QGP A; 4FMT A; 4MVQ A; 3CCS V; 4DR1 B; 5IY5 B; 4BW5 A; 1BSM A; 3O65 A; 2GHY A; 1G6U A; 3UO2 A; 4OGQ B; 1GN4 A; 1EN6 A; 4DK0 A; 5FLX N; 1N34 B; 3UT5 A; 4B3M B; 1VQ4 V; 5B1B B; 2A7W A; 4RWU A; 2GTS A; 4YJ2 A; 3DC5 A; 1N32 O; 5CBF A; 1W0J G; 4LH7 A; 5B66 Z; 2Z3Y A; 2L6L A; 1FJG O; 1K3E A; 4MTO A; 3X2Q B; 3JD3 A; 4UVC A; 1VQO V; 2CGN A; 4B3T O; 4YY3 B; 1Y6X A; 1FFT B; 2UUB B; 1XMQ B; 4HBN A; 2WLK A; 3RYF A; 4LP8 A; 5LYJ A; 4CH3 A; 2CAZ C; 3RGB A; 3E35 A; 4FFB B; 1OHH G; 3KG2 A; 5JQG B; 1BS3 A; 3ETE A; 2QJ1 A; 5ITZ A; 1N0N A; 1VIB A; 4JF3 A; 4PDV A; 1AB3 A; 2IJJ A; 4YHH B; 1VQK V; 5JCO A; 4AHC A; 5L3F A; 2Y69 C; 3OE7 G; 4JZ2 A; 5DN6 G; 1B06 A; 2KB1 A; 3AK3 A; 4G2K A; 1SF9 A; 1LNQ A; 4TV8 A; 5KMG A; 1Z2G A; 1KB9 F; 1W59 A; 5FNV B; 1B6Q A; 2RNB A; 4MW3 A; 4GX1 A; 2ZR3 A; 4ZI7 B; 4O2B A; 4O4J A; 4X66 B; 3MHH C; 5JVD B; 4JZG A; 1ENV A; 3DXR A; 3ZRV A; 3ABU A; 1QVF U; 2E5L B; 4ZKI A; 2C2A A; 1QU7 A; 4YJ3 B; 4X88 A; 2RQ6 A; 3DSQ A; 5TIS Z; 1Z5W A; 3CXC U; 4LFC B; 2ZIO A; 1EZV H; 1IXM A; 4JI0 B; 3SGI A; 4DR6 O; 2WLI A; 3ZIA G; 2Q68 A; 3DGE A; 3E8F A; 4CC5 A; 4HNA B; 3ZED A; 1HNW B; 1NU1 H; 1AR1 B; 3H9V A; 1HNZ B; 1GTO A; 4FIP C; 4GYC B; 4MVZ A; 3OAA G; 4UB6 Z; 2A0L A; 4UCV A; 3JCU Z; 4MVO A; 2YEV A; 1XL6 A; 5L3D A; 3CMA V; 2GDS A; 1K8A W; 3OEE G; 2YUA A; 1PPJ H; 4W4L A; 3B8M A; 4JI8 B; 5IE9 A; 2QWQ B; 3K57 A; 5H5N A; 3AG7 A; 4NXM O; 4JPR A; 2Q7H A; 4DXW A; 2Q6A A; 4TOI A; 1XL4 A; 2B1G A; 3CCQ V; 4OPA A; 5EC2 C; 4DUY B; 2QSA A; 1VQL V; 2R9A A; 2IM9 A; 2LJ2 A; 4NTY A; 1QLE B; 3K0G A; 2WPD G; 5IWA B; 3AG2 C; 3CWB H; 4L87 A; 3HKC A; 1IDS A; 4WFF A; 3QVN A; 5B3S C; 2KKW A; 1M9N A; 2WLL A; 1U96 A; 2JS3 A; 3B8N A; 1QBZ A; 3U11 A; 2WLM A; 2UUC B; 3ZJZ A; 2VS0 A; 1D5A A; 4NXN B; 3A2F A; 2WSS G; 3BA8 A; 3N2G B; 2ZE7 A; 3QO8 A; 4YY3 O; 5BR8 O; 4TV9 A; 2UUB O; 2BOB C; 1V55 C; 3TXQ A; 3JAK A; 5LHG A; 2BE3 A; 5EBM C; 1VQ8 V; 4LF8 O; 1GM9 A; 4QPJ A; 5DEC A; 4N21 A; 4YHH O; 4UCR A; 1NTZ H; 3MAQ A; 4DRX B; 1YVW A; 5JCO C; 2XAG A; 2ZNI A; 3ETG A; 1N0J A; 1RPO A; 4NVP A; 3ZN1 A; 1P7B A; 4IYI A; 2QKS A; 2OTJ V; 2Q8V A; 5GW7 A; 3R66 A; 1CEZ A; 4GLX A; 1YTF D; 5GTI Z; 4X66 O; 3ZHU A; 3ZHQ A; 2E5L O; 4I4T A; 5EIB D; 4IHJ A; 4LFC O; 4MW8 A; 3FAV A; 1S3J A; 4JI0 O; 1HW7 A; 1R1B A; 1FYJ A; 1G1X B; 1GM8 A; 5KX5 B; 1HNW O; 4IIJ A; 5IJ0 A; 2MW2 B; 2IJK A; 3E83 A; 3S3W A; 1ZWI C; 1XIL A; 4I5S A; 3RVZ A; 2QR4 A; 3JAR A; 3RT3 C; 1Q6I A; 1X59 A; 3BPZ A; 1L8D A; 2VWJ A; 5HFL A; 1ZX3 A; 1SER A; 4I9Q A; 2GTA A; 2LFS A; 1LUV A; 1AIL A; 1VEW A; 3CJH A; 4JI8 O; 4JAV A; 2Q69 A; 1J5E O; 4F6R A; 3EXA A; 1ZTE A; 3FYI B; 4LNU A; 3JD4 A; 1DF5 A; 3ZS8 C; 3UQ8 A; 1AJN A; 5LP6 A; 2OT5 A; 3CPW U; 2JGD B; 5AG2 A; 2CE4 A; 1V54 C; 1K7D A; 2BOC C; 2NNU A; 3T2M A; 4X1K B; 1M90 W; 1BZK A; 4QIW F; 3L74 H; 4H33 A; 2EIK B; 3I5D A; 1QCE A; 3N2K B; 2ZDI A; 4NKG B; 5JJJ B; 1H8E G; 1BMF G; 5D5P A; 1XDC A; 4K8X A; 3CB2 A; 1Y76 A; 4O4L A; 2EBO A; 3SYA A; 3A0B Z; 3E22 A; 3SJB C; 2YIB A; 3E8G A; 3OGI B; 2B1I A; 1GN3 A; 3H1I H; 1H2S B; 1M5I A; 2Q0A A; 5IJ9 B; 3ASN B; 5J9P C; 2K9P A; 2WLJ A; 1ZLZ A; 2IW5 A; 4BR6 A; 4FZ0 A; 5H9C A; 4LCU C; 4X20 A; 1OZ0 A; 3ZRW B; 3K5L A; 2LFR A; 2QM8 A; 4L8J A; 4IGG A; 3L75 H; 1DGS A; 3F5W C; 4BWA A; 1X4T A; 1M56 B; 5LOV A; 4FM2 A; 2DN9 A; 3CHX A; 1KKD A; 5BMV A; 4CH5 A; 2AZ0 A; 3ZN0 A; 1GK9 A; 3A0R A; 2UXX A; 3H1K H; 4U3J B; 1FXK A; 4UCO A; 2CK3 G; 3FB5 C; 4UV9 A; 1E79 G; 1OCZ C; 2ZR2 A; 3ABK B; 3JAT A; 2LP7 A; 1UJW B; 2BTQ B; 5KHH A; 4J7J A; 4I9W A; 4GX5 A; 2F1M A; 1OCR B; 5CB4 B; 4X65 B; 1JVM A; 4J7Z A; 4JV5 O; 2XOK G; 3A0H Z; 1JFF B; 3ZMT A; 4H0L B; 4B3S O; 1NQT A; 5CBG A; 2EZO A; 3B4S A; 2DQ0 A; 1QVG U; 4CS3 A; 5KA5 A; 4JYA B; 4R6Z A; 4DV3 O; 4P30 A; 4PDL A; 1HDJ A; 2WA4 A; 1FJG B; 3CC4 V; 4B08 A; 2H94 A; 3CRM A; 2B9Z A; 3IFX A; 4B3T B; 3BEH A; 3W7X A; 2EX3 A; 3L9D A; 2ZE8 A; 3J80 N; 2YIA A; 4U7O A; 3CCR V; 1AI5 A; 3K59 A; 5JH7 A; 5GTH Z; 4TSF G; 1HP8 A; 5JQG A; 5H2F Z; 2XHB A; 4FFK A; 2E74 B; 5C93 A; 4WFA V; 2W6I G; 3QNE A; 4DW1 A; 1MA1 A; 1URF A; 5LP6 C; 4QNH B; 1Q82 W; 1R3L C; 3LSU A; 2Q0O C; 2DWD C; 4GX2 A; 1WAZ A; 1R3K C; 3MHS C; 3IC7 A; 2JRI A; 5CA0 B; 3ZHT A; 3FKS G; 3K58 A; 4QE9 A; 3HKB A; 3JAM N; 2RDC A; 2CH7 A; 3JAW A; 2ZDI C; 1R3J C; 4U3F H; 1SKV A; 1Q6U A; 3AG1 B; 2EIJ C; 1SA0 A; 1L0N H; 4YJ3 A; 4FLZ A; 4I55 A; 4ICG A; 2CDY A; 2QWN B; 3OT7 A; 4NR1 A; 2YIC A; 4O2A A; 4MS2 A; 4X64 B; 2UXN A; 3ZHS A; 1XHX A; 1NH2 D; 4MVR A; 5KHK A; 4LF7 O; 2YXH A; 3B2E E; 2XAH A; 1PL4 A; 5C8Y A; 4YIP A; 1JA8 A; 3Q4H B; 3HR0 A; 4RUE A; 3KCY A; 2XTA A; 1CPY A; 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4K35 A; 1UFI A; 1T5E A; 1ZL8 A; 1NH2 B; 2YI9 A; 2G38 A; 3ASO C; 4PA7 A; 3ABL B; 2ZE6 A; 3SPJ A; 3WG7 C; 4LC1 A; 2Y69 B; 4NB5 A; 5FL7 G; 2P5O A; 2GUZ A; 4UCU A; 5LA6 A; 1SZX A; 2R70 A; 1XRE A; 1SQF A; 3K9S A; 2P06 A; 2LW1 A; 4UCS A; 1AVM A; 1I0H A; 5KAF Z; 3DTU B; 4J9Y B; 3CRQ A; 4UB8 Z; 4IYH A; 4X64 O; 5BZB A; 1EN5 A; 4O4I A; 4JAU A; 5EZY B; 3CCU V; 2AXT Z; 1OJH A; 3HKE A; 4PA4 A; 4PA6 A; 1OCC C; 3LUT B; 2DWE C; 5LXT A; 5J2T B; 3G6B A; 3VQY A; 2X0L A; 2Q73 A; 1WLE A; 1TVK A; 2A9H A; 3OW2 U; 4LH6 A; 3JAS B; 5EYP A; 5CA3 A; 2WLN A; 3C3T A; 4KHP O; 4GUN A; 2ZNJ A; 1G8M A; 2R9R B; 1EM1 A; 3IJ4 A; 1K5S A; 2N74 A; 5L3B A; 4DV4 B; 3VOU A; 1J5E B; 2PY5 A; 3ABT A; 4R50 A; 2DYS C; 1B3Q A; 1BQZ A; 1NS1 A; 1FXV A; 1KEC A; 4X89 A; 4LF4 B; 1PM9 A; 2UXC B; 3AG3 C; 1KKC A; 2P7T C; 3FB7 C; 1N33 B; 3UM7 A; 2YI8 A; 4WBN A; 1NTM H; 3W7U A; 1S0V A; 2VQE B; 4NTW A; 3R65 A; 1R73 A; 3RW0 A; 3HKD A; 3RYC A; 5IYC O; 2LGW A; 4JI4 O; 4JI1 O; 3OFN G; 2H8P C; 3G6E V; 4GKK O; 3FB8 C; 5KHJ A; 5KLV H; 1O9G A; 3WB0 A; 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