5A3ZA

Structure of monoclinic lysozyme obtained by multi crystal data collection
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME
publication title Meshandcollect: An Automated Multi-Crystal Data-Collection Workflow for Synchrotron Macromolecular Crystallography Beamlines.
pubmed doi rcsb
total genus 44
structure length 129
sequence length 129
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2015-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 5a3zA00
1W08A 4BAFA 1IWTA 3CT5A 3TXFA 4WO9A 1BWHA 1AKIA 1A2YC 4YM8A 1OUDA 4HP0A 3EXDA 3GXRA 3SP3A 2A7FA 1GFUA 1BHZA 4H9HA 2Z38A 1JTOL 2BQKA 1CNSA 1LSYA 1BB6A 3A95A 1G7JC 3LN2A 4H9AA 4NGJA 4B4IA 1E8LA 3B6LA 1C10A 2LHMA 2HEFA 2BQIA 4H8YA 4CGEA 4WG1A 1XGRC 5A3ZA 1HC0A 4N0JA 1HEQA 1LZ9A 4J7VA 4NHPA 1OUCA 1YKZX 3AGGG 4YF2A 3GXKA 2W1LA 1I56A 4H9CA 4NGKA 3RZ4A 1LZDA 1IWYA 5KXXA 3OK0A 4D9ZA 2FYDA 134LA 5IDDA 3FI7A 5M1YA 1GD6A 1LJJA 4WMGA 3P65A 1LSDA 5HMJA 1IP1A 1WQMA 2DQEY 2XBRA 4LFXA 2DQFC 4DD9A 1LJGA 3TXJA 2BQFA 1BB5A 5DLAA 5C6IA 1CKFA 4PHIA 1JKDA 3IJVA 1EQEA 4H93A 2BQGA 3WL2A 1TDYA 3WXTA 1WVVA 3A90A 1IOSA 1LZ6A 4KXIA 5KXLA 3TXBA 1IEEA 1JTTL 2YBMA 3P66A 3WH1A 4ET8A 4M4OA 4G49A 1XSFA 2C8OA 1IP7A 1F0WA 1YL0X 4J0LA 1OUIA 1DPWA 2BQEA 1H87A 2CGIA 2PC2A 4TSBA 1GAYA 1KXXA 5LXWA 1UCOA 4NHTA 1IORA 1JHLA 4U3XB 1GBWA 1QQYA 3A8ZA 1QUTA 1D0MA 2LYMA 1BQLY 1PS5A 5DM9A 5A3EA 2ZNXY 1B5ZA 1GE2A 1OUHA 1J1OY 1GDWA 1HFZA 2BQBA 1GE0A 4LYOA 5LVIA 1GB5A 1W6ZA 1CJ6A 5L3IA 1QSWA 1UIBA 4LYMA 4BAPA 4C5FA 4YEMA 3WVXA 2EIZC 1LZ8A 3TXDA 1OUBA 1MLCE 133LA 4OWBA 1LMTA 1JIYA 4A7DA 3B0KA 3BKVA 1QSAA 1XEJA 1B5UA 4FJRA 3W6CA 1RJCB 1LZBA 1YROA 1LZYA 4QY9A 1A4VA 1LHHA 4LT1A 1CKCA 5D5FA 5AMYA 1RCMA 1QDTA 4H9FA 4R6CA 1EQ4A 1C45A 2G4PA 1VFBC 3N9EA 4GCCA 5FCPA 1LHLA 1B7MA 2Q0MX 5KXRA 1GHLA 2BLXA 1FN5A 1HELA 3CSZA 4LGKA 1FLQA 5KXKA 4TTDA 4NHIA 2HEAA 3G3BB 3RNXA 4DDBA 4NGZA 135LA 1NDMC 4GN5C 2DQHY 5HNLA 1JJ3A 4EMNA 2IFFY 2YBNA 3WU7A 1G7LC 2ZYCA 2DKVA 3N9CA 1CJ8A 1HHLA 4RW2A 1RFPA 3LYOA 1VDTA 2Z37A 4BADA 4UWVA 1BWIA 1LJHA 2YSSC 1GF9A 1WQNA 4H92A 4YOPA 2BQOA 5FEKA 1YANA 2MEEA 2ZWBA 1NWGA 4LT2A 4NY5A 1UIAA 3CT1A 1JJ1A 1KIPC 1D9UA 3QE8A 4DWXA 1LJNA 3W6BA 1GF4A 4ANRA 4G4HA 4R0FA 4KL7A 4G9SA 4MR1A 2Z19A 1GF8A 5LA8A 4DD7A 5II3A 2HTXA 3E3DA 4IASA 5KXOA 3AW7A 1GFHA 5LINA 5KJ9A 1GFVA 2DBTA 4NGVA 4MSTA 2GV0A 3HFMY 1LZRA 4WO6A 3F6ZA 4DDCA 4J1BA 5I5QA 5HQ1A 1OUFA 5KXYA 1UUZC 3ATOA 4NG1A 3ULRA 1UC0A 1HENA 3ZEKA 3AGIA 1VATA 1LSFA 1TBYA 1XGPC 4II8A 1ZVYB 1IC4Y 1LHIA 3LZTA 154LA 1YKYX 1B0DA 1LZEA 2BQHA 2BQDA 1LTMA 4N5RA 1D0LA 4LYTA 1XFPL 1JKBA 3HBEX 4NSGA 3TXGA 2BQAA 4NSJA 1G7HC 1YAQA 1C46A 4HJVA 4ETEA 1V7SA 3A34A 3KAMA 2DQIY 4GLAA 5I54A 1IWWA 4GLVA 5IHGA 4GN3A 4CJ2A 2RSCA 1IWZA 1LMAA 4B4JA 5HMVA 4J1AA 153LA 3A6BY 4YENA 1DI3A 4XJIA 1GBZA 5F16A 1DPXA 1VDPA 4G4CA 4GCFA 2DQGY 4LYCA 4OWAA 3A91A 1UIFA 1WQRA 4PGJB 1B5WA 5KXZA 1GFKA 4W96A 1V7TA 4C3WA 1IC7Y 1FLUA 4PRUA 1NBZC 1IP2A 5DL9A 5IELA 4DD3A 1GAZA 1GB9A 4Z41A 5KXMA 3T6UA 4PRQA 1C43A 1QTKA 4WM2A 2YBJA 4Z98A 2EQLA 4GCBA 1DXJA 1GE1A 5KXSA 5APCA 4HTNA 4H90A 4XJHA 1GEVA 1HEMA 2Z12A 194LA 4TX7A 4TSCA 3WYHA 2N5ZA 3B0OA 1BVXA 4P2EA 1GBYA 1IOQA 1QDRA 1XGUC 3CSQA 4HSFA 4XJGA 1IR7A 1BB7A 2XBSA 4GCDA 1VDQA 1YAOA 2G4QA 2YBIA 4RLMA 3WVYA 132LA 1YILA 1ZMYL 1LHKA 4XADA 1LYOA 2D4IA 1LMOA 3CT0A 1UIEA 2WARA 1AT5A 1GF7A 1TEWA 1G7MC 3M3UA 2FYCA 3T36A 3W6AA 2HEEA 5KKJA 4UWUA 1IY4A 1OUGA 1XGQC 4PJ2C 1HNLA 4WL7A 4TWSA 2DQAA 1B5YA 3TMXA 4DD2A 2VB1A 5FSTA 4Z3MA 4Z46A 3TXEA 3WU8A 2HECA 1LCNA 4N8ZA 4NSIA 2W1XA 1GF0A 3A3RX 5F9UA 5FDJA 5ILCA 7LYZA 1AM7A 1LSEA 4XJBA 1H6MA 3VWOA 1F6SA 4XJDA 3WU9A 4LT0A 1LMCA 3AZ7A 4WLTA 4XN6A 5D5CA 5FHWA 1UIHA 2NWDX 1REXA 1GB6A 2W1MA 4RLNA 1UIDA 4XENA 1WQQA 2F30A 4NHSA 4N1EI 4OWHA 1LJIA 2BQLA 1DQJC 4CFPA 1GWDA 4MCKA 3LYZA 4KT3A 4WG7A 1JISA 1NF5A 1OQMA 4WM6A 3A96A 1B5XA 1HERA 5I4YA 3TMVA 3D9AC 1I20A 3WW5A 1FKQA 3N9AA 1SLYA 1LJEA 1LYSA 4FDYA 4IJ4A 4ZEEA 9LYZA 3WMKA 3RU5A 1LKRA 1YAMA 4IATA 1IVMA 1CKDA 1BGIA 1GFGA 1QIOA 3AB6A 4YEOA 1F10A 1N4FA 1VEDA 1GDXA 3G3AB 4TUNA 5L9JA 1GXV2 5APEA 1ZVHL 2FBBA 2HEBA 4WLXA 1PZYA 1IR8A 1D6QA 1IP6A 1IR9A 1J1PY 5APDA 4NEBA 4RW1A 1FDLY 1FLWA 3J4GA 4H1PA 1BVKC 4QEQA 1YKXX 2W1YA 6LYTA 1HSXA 1LYZA 2HUBA 2YDGA 5B06A 1UA6Y 1GFEA 3EO5A 3LYMA 4NGIA 4UWNA 1GB3A 1WTMA 5F14A 8LYZA 1GFRA 5ILFA 1IP5A 2ZILA 5J7CA 1OUJA 4B4EA 4QGZA 2D6BA 2I6ZA 5C6LA 4ML7A 3A3QA 1SQ2L 4CHXA 3BKHA 4WOAA 1AT6A 3W6EA 5EBHA 1C08C 1T3PA 4H94A 5JENB 2BPUA 1GPQC 1DKJA 3A92A 1YQVY 3AZ5A 4ETBA 2EPEA 2D4KA 4ETCA 1JTPL 1NHEA 1GF6A 4NGYA 4X3BA 1OUEA 3B0IA 1UIGA 4BS7A 1WVUA 1KXYA 1IOCA 1LMPA 5F81A 4DDAA 2MEHA 4HV1A 4XJFA 2YVBA 4AXTA 1F6RA 5C6JA 4WM5A 4G4BA 3QNGA 1OUAA 1WTNA 1YIKA 3D3DA 3FE0A 4H9IA 1IOTA 3RT5X 2DQCY 5LAGA 3WUNA 5T3FA 4EOFA 5E4PA 3RW8A 3TXHA 2H9JA 3AYQA 4OWCA 1GBSA 1LAAA 1LSAA 1RI8B 5KY1A 2BQCA 3HBHA 5HLLA 1GB2A 3TXIA 4HJYA 4H9EA 1G7IC 1LZSA 4NHQA 1NBYC 1UICA 1JJ0A 2HEDA 4OW1A 1LSGA 3TMWA 1B7RA 1FKVA 1LSPA 2MEIA 2DQDY 1LSMA 5I4XA 5LAFA 5LA5A 1NDGC 1LZTA 1KIQC 2B5ZA 4RDSA 3B72A 1D0KA 2Z18A 2ZYPA 2DQJY 4WLYA 1AZFA 2BQJA 2A7DA 5LYMA 2MEDA 2FBDA 1LZCA 2LZ2A 3K3TA 1GBOA 3CSRA 1NQIA 1B7NA 1CKHA 1KIRC 4GCEA 5I53A 2LYOA 2F2NA 2MEBA 2G4NA 4WL6A 3J6KA 3LZ2A 4N9RA 4DC4A 4LYBA 1IP3A 2F4AA 6LYZA 1UBZA 4NWEA 1NMMA 3TXKA 4WM4A 1GB7A 1EL1A 1LZ5A 1IWXA 1LSZA 1LSCA 3P64A 1FLYA 4HPEA 5KXTA 1WQPA 1XGTC 2BLYA 3OJPA 4QDNA 1GB0A 4KPMA 4WLDA 2ZQ3A 1B7QA 1B9OA 1HEWA 5KXPA 1IWVA 2D4JA 4ET9A 1XEKA 1IX0A 5LIOA 1ALCA 1LOZA 5KKIA 2AUBA 4NGLA 3HBDA 4CFOA 2ZIJA 4AGAA 1B7SA 2BAAA 1HEOA 1HFYA 5E9RA 1INUA 3WPKA 1JKAA 2MEAA 4GN4A 1LZNA 3WPJA 1B7OA 3AZ6A 5I4WA 4NIJA 3WUAA 2XJWA 3CB7A 5B59A 4O34A 1GE3A 3AGHA 3TMUA 4DD0A 1QUSA 2IHLA 2I26L 1UACY 1MELL 5B05A 1REYA 3CQLA 5B07A 1GB8A 1REZA 4N1CC 1TAYA 3ATNA 2H9KA 4HV2A 4OWEA 3WW6A 2MEFA 1GFTA 2C8PA 2Z2FA 4DT3A 5DN5A 1T6VL 1YAPA 3ZVQB 1GBXA 3WPLA 4NWHA 1O23A 1LYYA 2MEGA 3P68A 4H91A 4B49A 5FELA 1JITA 2HU1A 3ZVQA 1GFAA 1LZGA 1J1XY 3WXUA 2CJLA 5L3HA 4LZTA 1FBIX 1CJ9A 3AJNA 1D6PA 1DI4A 1HFXA 1DI5A 1LZ1A 3WUMA 4OOOA 5KXNA 2LYZA 2H5ZA 207LA 1LJFA 2ZQ4A 3MGWA 1NKHA 1GEZA 1HSWA 1DKKA 4E3UA 1REMA 1LZ4A 1KXWA 2I25L 1B7LA 4HTKA 1JUGA 1LJKA 1LMQA 2Z39A 2MECA 2LZTA 1EQ5A 1LSNA 4ETAA 4W94A 2F4GA 1GFJA 1LSBA 1HEPA 1ZV5L 193LA 2Z2EA 4WM3A 3A67Y 1GF5A 4OOTA 3P4ZA 4XYYA 1JEFA 1GF3A 2Y8PA 3EMSA 4LFPA 1I1ZA 5LYZA 2CDSA 5LVKA 2ZIKA 5LYTA 1IO5A 5DN4A 3W6FA 2ZNWY 4HTQA 1LMNA 1B7PA 4LYZA 1IY3A 5F9XA 4WM1A 1YL1X 3LYTA 1B2KA 2EKSC 4PPOA 4H9BA 4I8SA 1JSEA 1LKSA 4NGOA 3W6DA 5K7OA 5KXWA 5LVJA 3AW6A 5LVGA 5B1FA 1CKGA 3EBAB 1OP9B 1BB4A 1C7PA 1HF4A 1JPOA 4H8ZA 1XEIA 1IC5Y 208LA 1DZBX 4B0DA 4ZIXA 1B5VA 1LJ3A 5LVHA 4I0CA 1GXXA 4NG8A 1IWUA 4HJZA 4DYGA 5HNCA 4L41A 5B1GA 1VDSA 3LHMA 3IWRA 4B1AA 1IP4A 4DD1A 3A6CY 1GE4A 1JSFA 1LHJA 4ETDA 1P2CC 2BQNA 1HMKA 2BQMA 1LZAA 2YBLA 3A94A 3WULA 1LJ4A 1Z55A 1JKCA 1HMLA 1BB3A 1CJ7A 3W3EA 1IIZA 1RE2A 2X0AA 3IJUA 4HPIA 1QTEA 3M18B 4M6DA 1WQOA 1VAUA 3AZ4A 2XTHA 4LT3A 3QY4A 4NFVA 5APFA 4ZFPA 2CWIA 4NGWA 2YBHA 1LHMA 1BWJA 1TCYA 2HU3A 3A93A 4NSHA 4H8XA 1LPIA 1JWRA 2D91A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1C6TA 1IWTA 1P46A 107LA 3HWLA 1L19A 229LA 3SP3A 3DNAA 240LA 2Z38A 1JTOL 2BQKA 146LA 1CNSA 1BB6A 1G0GA 4H9AA 4B4IA 256LA 2HEFA 4H8YA 4EJ4A 1C69A 5A3ZA 1L57A 4J7VA 4EPFA 4YF2A 1I56A 4NGKA 3RZ4A 1IWYA 4D9ZA 5IDDA 3FI7A 198LA 1L77A 3P65A 2XBRA 2DQFC 4W55A 4DD9A 2BQFA 1C6JA 6LZMA 4H93A 1TDYA 1LZ6A 4KXIA 3TXBA 2YBMA 3P66A 3WH1A 4M4OA 3C7WA 1KXXA 5LXWA 1UCOA 1JHLA 1C6LA 3HT9A 1LYEA 2B6XA 3NY8A 1L51A 1GDWA 2BQBA 1C6PA 1W6ZA 1L09A 1C6QA 1L18A 1UIBA 2EIZC 1LZ8A 1MLCE 133LA 4OWBA 3BKVA 1XEJA 253LA 1A4VA 1LHHA 4LT1A 1RCMA 1LYFA 4GCCA 1B7MA 1LHLA 1OYUA 3CDTA 4I7QA 4LGKA 4PJZA 4NHIA 2HEAA 2DQHY 3WU7A 1G7LC 2DKVA 1CJ8A 4RW2A 1QSBA 1LWGA 1L24A 1DYFA 5FEKA 2OTYX 2ZWBA 4NY5A 4AQNA 4DWXA 1GF4A 1KW5A 4R0FA 149LA 3NY9A 1KNIA 168LA 1C6DA 3E3DA 3HTFA 1QTBA 4IASA 211LA 219LA 1SWZA 259LA 3C81A 1OUFA 186LA 5KXYA 3AGIA 1LSFA 1XGPC 1B0DA 4NSJA 4ETEA 3DN0A 2DQIY 1L71A 1CV0A 5IHGA 226LA 4W51A 4LYCA 155LA 4GCFA 246LA 2OTZX 1WQRA 4PRUA 5DL9A 3FADA 4DD3A 1GAZA 3T6UA 3SB7A 1C43A 4GCBA 1L99A 1GEVA 3WYHA 4P2EA 3B0OA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1W08 A;  4BAF A;  1IWT A;  3CT5 A;  3TXF A;  4WO9 A;  1BWH A;  1AKI A;  1A2Y C;  4YM8 A;  1OUD A;  4HP0 A;  3EXD A;  3GXR A;  3SP3 A;  2A7F A;  1GFU A;  1BHZ A;  4H9H A;  2Z38 A;  1JTO L;  2BQK A;  1CNS A;  1LSY A;  1BB6 A;  3A95 A;  1G7J C;  3LN2 A;  4H9A A;  4NGJ A;  4B4I A;  1E8L A;  3B6L A;  1C10 A;  2LHM A;  2HEF A;  2BQI A;  4H8Y A;  4CGE A;  4WG1 A;  1XGR C;  5A3Z A;  1HC0 A;  4N0J A;  1HEQ A;  1LZ9 A;  4J7V A;  4NHP A;  1OUC A;  1YKZ X;  3AGG G;  4YF2 A;  3GXK A;  2W1L A;  1I56 A;  4H9C A;  4NGK A;  3RZ4 A;  1LZD A;  1IWY A;  5KXX A;  3OK0 A;  4D9Z A;  2FYD A;  134L A;  5IDD A;  3FI7 A;  5M1Y A;  1GD6 A;  1LJJ A;  4WMG A;  3P65 A;  1LSD A;  5HMJ A;  1IP1 A;  1WQM A;  2DQE Y;  2XBR A;  4LFX A;  2DQF C;  4DD9 A;  1LJG A;  3TXJ A;  2BQF A;  1BB5 A;  5DLA A;  5C6I A;  1CKF A;  4PHI A;  1JKD A;  3IJV A;  1EQE A;  4H93 A;  2BQG A;  3WL2 A;  1TDY A;  3WXT A;  1WVV A;  3A90 A;  1IOS A;  1LZ6 A;  4KXI A;  5KXL A;  3TXB A;  1IEE A;  1JTT L;  2YBM A;  3P66 A;  3WH1 A;  4ET8 A;  4M4O A;  4G49 A; 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 1KXW A;  2I25 L;  1B7L A;  4HTK A;  1JUG A;  1LJK A;  1LMQ A;  2Z39 A;  2MEC A;  2LZT A;  1EQ5 A;  1LSN A;  4ETA A;  4W94 A;  2F4G A;  1GFJ A;  1LSB A;  1HEP A;  1ZV5 L;  193L A;  2Z2E A;  4WM3 A;  3A67 Y;  1GF5 A;  4OOT A;  3P4Z A;  4XYY A;  1JEF A;  1GF3 A;  2Y8P A;  3EMS A;  4LFP A;  1I1Z A;  5LYZ A;  2CDS A;  5LVK A;  2ZIK A;  5LYT A;  1IO5 A;  5DN4 A;  3W6F A;  2ZNW Y;  4HTQ A;  1LMN A;  1B7P A;  4LYZ A;  1IY3 A;  5F9X A;  4WM1 A;  1YL1 X;  3LYT A;  1B2K A;  2EKS C;  4PPO A;  4H9B A;  4I8S A;  1JSE A;  1LKS A;  4NGO A;  3W6D A;  5K7O A;  5KXW A;  5LVJ A;  3AW6 A;  5LVG A;  5B1F A;  1CKG A;  3EBA B;  1OP9 B;  1BB4 A;  1C7P A;  1HF4 A;  1JPO A;  4H8Z A;  1XEI A;  1IC5 Y;  208L A;  1DZB X;  4B0D A;  4ZIX A;  1B5V A;  1LJ3 A;  5LVH A;  4I0C A;  1GXX A;  4NG8 A;  1IWU A;  4HJZ A;  4DYG A;  5HNC A;  4L41 A;  5B1G A;  1VDS A;  3LHM A;  3IWR A;  4B1A A;  1IP4 A;  4DD1 A;  3A6C Y;  1GE4 A;  1JSF A;  1LHJ A;  4ETD A;  1P2C C;  2BQN A;  1HMK A;  2BQM A;  1LZA A;  2YBL A;  3A94 A;  3WUL A;  1LJ4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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