5A5PA

Crystal structure of human atad2 bromodomain in complex with 8-2-(dimethylamino)ethylamino-3-methyl-1,2-dihydroquinolin-2-one
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
SMQEEDTFRELRIFLRNVTHRLAIDKRFRVFTKPVDPDEVPDYVTVIKQPMDLSSVISKIDLHKYLTVKDYLRDIDLICSNALEYNPDRDPGDRLIRHRACALRDTAYAIIKEELDEDFEQLCEEIQESR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords ATPASE FAMILY AAA DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
publication title Fragment-Based Discovery of Low-Micromolar Atad2 Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2015-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5a5pA00
4HXNA 3MXFA 5KTXA 3HMEA 5DX4A 2RNYA 4O74A 5E0RA 5ACYA 4OGJA 4PS5A 5C87A 2L84A 3I3JA 5CQ7A 5F3AA 5CUEA 5I80A 5ENHA 4QSWA 5HRVA 5D3RA 5CUDA 3DAIA 5D7XA 2RO1A 5ETBA 5FE6A 5DLZA 4NRAA 5KTUA 5EA1A 5CTLA 4QY4A 3P1DA 5EGUA 5CQAA 5DFCA 5KHMA 4CUQA 5C4QA 5A5PA 4TTEA 1X0JA 3MQMA 4NXJA 5CQ6A 5E7DA 5CGPA 4Z93A 5I89A 4KV1A 4UIZA 5H1UA 5EWDA 5F62A 4MEPA 5CQ4A 4N4FA 2GRCA 2MJVB 5D26A 5FFYA 2DVQA 3LQHA 4NYWA 3QZSA 4QSUA 5A81A 4J0RA 4LZ2A 5G4RA 4TZ8A 5ENEA 5D3LA 4NRCA 1ZS5A 5A5SA 4YBSA 5HJCA 4TU4A 3IU6A 4YYKA 4YYMA 4LYWA 4FLPA 4YYGA 3DWYA 5EI4A 4NR5A 4UYFA 5DKHA 4CURA 3G0LA 4NYVA 5E9LA 4YH3A 4PCEA 4PTBA 5FE1A 4HXSA 5IGNA 5HEMA 5KTWA 4TT2A 5LJ2A 4MR5A 4ZC9A 5EICA 3GG3A 4NYXA 5HQ5A 4A9IA 4NUEA 5LKUA 4UYEA 5AD2A 5D3SA 2YEKA 5FG5A 4NR4A 5A5QA 5A5OA 4O72A 5FE3A 4RVRA 4QBMA 4CFKA 2RNWA 4HXLA 5F5ZA 4A9KA 2L85A 5I86A 3U5NA 3RCWA 4KV4A 2WP1A 4A9FA 4YC9A 5ENFA 5FE0A 5FE2A 5FE8A 5CUCA 5II1A 4IR3A 2NXBA 5CUBA 5FH6A 4BHWA 4HBYA 5EPBA 5BT4A 4IOQA 4O7AA 5CQ5A 1N72A 5EM3A 5EWVA 2R0VA 5EQ1A 3JVMA 4O75A 3SVFA 5IGLA 4WIVA 5CS8A 3MUKA 5A7CA 2N9GA 4A9OA 5BT5A 5HM0A 2YDWA 4QEWA 4YATA 3S91A 3IU5A 4C67A 5E9KA 3O37A 5D24A 5IGKA 4XY9A 4YH4A 4IOOA 5DYUA 4TYLA 4BW4A 4CL9A 5CRMA 5CUGA 2R10A 5CY9A 2DATA 3D7CA 4LRGA 5CFWA 4HXMA 5L99A 5KO4A 4MR4A 4YAXA 4DONA 2DVSA 4NR8A 5D3JA 4QSXA 5KU3A 5ENGA 5AD3A 3U5OA 5C89A 4YYNA 4J1PA 3SVGA 3LXJA 5I7YA 4YYDA 5HELA 5F25A 5F63A 4BW3A 5HQ7A 4NR7A 5EWCA 5DYAA 4YYIA 5DLXA 4QSPA 4OUFA 5F36A 4J3IA 5EWWA 4QSTA 5L98A 4UITA 4ZQLA 1E6IA 2E7NA 4ALHA 5F1LA 5II2A 5HLSA 3O33A 4QYDA 4QUUA 5LKZA 5E9MA 2E7OA 4QC3A 4YABA 5FFVA 2RFJA 5TB6A 4A9EA 4MEOA 4UIWA 1WUGA 5IBNA 3LQJA 5LVRA 3JVJA 3P1EA 4XYAA 5I88A 5HRXA 5FBXA 3UW9A 3Q2EA 5IIDA 4BJXA 5H85A 3U5JA 3O34A 4Y03A 5E9YA 5IGMA 4CUSA 4YY4A 4IR4A 4GPJA 5F1HA 5H1VA 5E9IA 4LDFA 4MEQA 3NXBA 5D3NA 5ENJA 4HXOA 4N4IA 4PKLA 4QYLA 3G0JA 4CFLA 5COIA 5D3PA 2RNXA 4F3IA 4QNSA 4MR3A 3JVKA 5HRWA 3UVXA 4UIXA 3O36A 2OO1A 2YEMA 5EV9A 5LVQA 5G4SA 4WHWA 5J0DA 4CUPA 3UVYA 5LJ1A 5FH8A 5ENBA 3P1CA 4NUCA 1F68A 5K29A 2YELA 4Z6IA 5F60A 2WP2A 2R0YA 3U5KA 4AKNA 2YYNA 5DW2A 4HBXA 4QEVA 4YYJA 3O35A 5LKXA 4TT6A 5JWMA 3U5LA 4IR6A 4O7BA 2LSPB 5L96A 1EQFA 5FFWA 2DVRA 3U5PA 4HXRA 4LZRA 5LUUA 2YQDA 4O7CA 4TQNA 5DFBA 2H60A 4LZSA 1JM4B 5EPSA 5I7XA 4C66A 4LR6A 5ENCA 5L8UA 5FE4A 5L97A 2E3KA 2G4AA 4TU6A 5EVAA 4QEUA 5CZGA 2I7KA 3K2JA 5CU8A 4A9NA 4N3WA 4TT4A 4HXKA 4QB3A 4UIVA 4YADA 5E73A 4NS5A 5FDZA 5LKTA 1JSPB 2FSAA 3AQAA 4CUTA 4NR6A 5CP5A 4MENA 4NRBA 5CQ8A 2RS9B 4YBMA 4NUDA 4LYSA 5HCLA 5A5NA 5F2PA 4YBTA 4BW2A 4YY6A 3QZVA 4HBWA 3HMFA 4J0SA 5TCMA 4CLBA 4X2IA 5I40A 4Z1SA 4UYFB 4QR5A 4ZW1A 5A85A 4PY6A 5HQ6A 5I1QA 3JVLA 4QZSA 5ETDA 5FG4A 4KCXA 4UYHA 2R0SA 3Q2FA 4QSVA 4A9LA 5D3HA 3MB3A 5CQTA 2YW5A 3UV4A 1WUMA 5D25A 4A9JA 4ALGA 4UYDA 4YK0A 5A83A 5C7NA 5I29A 3QZTA 3ZYUA 2F6NA 4QSSA 5EISA 2D9EA 3HMHA 2L5EA 5EK9A 5DFDA 5DY7A 5DKDA 2RI7A 3UV5A 5E3GA 4UIYA 5C85A 5FE7A 4YYHA 4NR9A 5DBMA 4O78A 4O7EA 4Q0NA 3U5MA 2OSSA 5D0CA 5H1TA 2F6JA 3P1FA 5FB1A 4OGIA 4LYIA 5EPRA 4A9HA 5F61A 4XUAA 4LC2A 5EWHA 3UV2A 4O71A 4QUTA 3SVHA 4CUUA 4O7FA 5A5RA 3MB4A 4UIUA 4Z1QA 5CUAA 4Q0OA 5IG6A 4Z6HA 2I8NA 4O70A 5E9VA 5CQ3A 5DKCA 4IR5A 4UYGA 5I83A 4WHUA 4QR3A 4TZ2A 4O76A 5ENIA 5FE9A 4QR4A 5E3DA 4E96A 5L8TA 5FB0A 5A82A 4IORA 4NQMA 3MULA 5EU1A 5DYXA 2DVVA 4QC1A 3LJWA 5CPEA 5HFRA 2KTBB 4XY8A 5EP7A 2D82A 4MR6A 5LJ0A 5DYCA 3S92A 4N4GA 3P5OA 3UVWA 3TLPA 3AADA 5BT3A 4TS8A 4QSRA 5HENA 4HBVA 4HXPA 5HFQA 2DKWA 5JI8A 4XUBA 4NQNA 4A9MA 5FH7A 5AMFA 2DWWA 5FE5A 4QSQA 3FKMX 4BW1A 5FG6A 5D3TA 2OUOA 3ONIA 3UVDA 5DW1A 4N4HA 3LQIA 5AMEA 4O77A 5CRZA 5C8GA 4PCIA 5E74A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HXNA 3MXFA 5KTXA 3HMEA 5DX4A 2RNYA 4O74A 5E0RA 5ACYA 4OGJA 4PS5A 5C87A 2L84A 3I3JA 5CQ7A 5F3AA 5CUEA 5I80A 5ENHA 4QSWA 5HRVA 5D3RA 5CUDA 3DAIA 5D7XA 2RO1A 5ETBA 5FE6A 5DLZA 4NRAA 5KTUA 5EA1A 5CTLA 4QY4A 3P1DA 5EGUA 5CQAA 5DFCA 5KHMA 4CUQA 5C4QA 5A5PA 4TTEA 1X0JA 3MQMA 4NXJA 5CQ6A 5E7DA 5CGPA 4Z93A 5I89A 4KV1A 4UIZA 5H1UA 5EWDA 5F62A 4MEPA 5CQ4A 4N4FA 2GRCA 2MJVB 5D26A 5FFYA 2DVQA 3LQHA 4NYWA 3QZSA 4QSUA 5A81A 4J0RA 4LZ2A 5G4RA 4TZ8A 5ENEA 5D3LA 4NRCA 1ZS5A 5A5SA 4YBSA 5HJCA 4TU4A 3IU6A 4YYKA 4YYMA 4LYWA 4FLPA 4YYGA 3DWYA 5EI4A 4NR5A 4UYFA 5DKHA 4CURA 3G0LA 4NYVA 5E9LA 4YH3A 4PCEA 4PTBA 5FE1A 3D1DA 4HXSA 5IGNA 5HEMA 5KTWA 4TT2A 5LJ2A 4MR5A 4ZC9A 5EICA 3GG3A 4NYXA 5HQ5A 4A9IA 4NUEA 5LKUA 4UYEA 4AKHA 5AD2A 5D3SA 2YEKA 5FG5A 4NR4A 5A5QA 5A5OA 4O72A 5FE3A 1PUOA 4RVRA 4QBMA 4CFKA 2RNWA 4HXLA 5F5ZA 4A9KA 2L85A 5I86A 3U5NA 3RCWA 4KV4A 2WP1A 4A9FA 4YC9A 5ENFA 5FE0A 5FE2A 5FE8A 5CUCA 5II1A 4IR3A 2NXBA 5CUBA 5FH6A 4BHWA 4HBYA 5EPBA 5BT4A 4IOQA 4O7AA 5CQ5A 1N72A 5EM3A 5EWVA 2R0VA 5EQ1A 3JVMA 4O75A 3SVFA 5IGLA 4WIVA 5CS8A 3MUKA 5A7CA 2N9GA 4A9OA 5BT5A 5HM0A 2YDWA 4QEWA 4YATA 3S91A 3IU5A 4C67A 5E9KA 3O37A 5D24A 5IGKA 4XY9A 4YH4A 4IOOA 5DYUA 4TYLA 4BW4A 4CL9A 5CRMA 5CUGA 2R10A 5CY9A 2DATA 3D7CA 4LRGA 5CFWA 4HXMA 5L99A 5KO4A 4MR4A 4YAXA 4DONA 2DVSA 4NR8A 5D3JA 4QSXA 5KU3A 5ENGA 5AD3A 3U5OA 5C89A 4YYNA 4J1PA 3SVGA 3LXJA 5I7YA 4YYDA 5HELA 5F25A 5F63A 4BW3A 5HQ7A 4NR7A 5EWCA 5DYAA 4YYIA 3VKHA 5DLXA 4QSPA 4OUFA 5F36A 4J3IA 5EWWA 4QSTA 5L98A 4UITA 4ZQLA 1E6IA 2E7NA 4ALHA 5F1LA 5II2A 5HLSA 3O33A 4QYDA 4QUUA 5LKZA 5E9MA 2E7OA 4QC3A 4YABA 5FFVA 2RFJA 5TB6A 3VKGA 4A9EA 4MEOA 4UIWA 1WUGA 5IBNA 3LQJA 5LVRA 3JVJA 3P1EA 4XYAA 5I88A 5HRXA 5FBXA 3UW9A 3Q2EA 5IIDA 4BJXA 5H85A 3U5JA 3O34A 4Y03A 5E9YA 5IGMA 4CUSA 4YY4A 4IR4A 4GPJA 5F1HA 5H1VA 5E9IA 3D1BA 4LDFA 3NXBA 4MEQA 5D3NA 5ENJA 4HXOA 4N4IA 4PKLA 4QYLA 3G0JA 4CFLA 5COIA 5D3PA 2RNXA 4F3IA 4QNSA 4MR3A 3JVKA 5HRWA 3UVXA 4UIXA 3O36A 2OO1A 2YEMA 5EV9A 5LVQA 5G4SA 4WHWA 5J0DA 4CUPA 3UVYA 5LJ1A 5FH8A 5ENBA 3P1CA 4NUCA 1F68A 5K29A 2YELA 4Z6IA 5F60A 2WP2A 2R0YA 3U5KA 3ERRA 4AKNA 2YYNA 5DW2A 4HBXA 4QEVA 4YYJA 3O35A 5LKXA 4TT6A 5JWMA 3U5LA 4IR6A 4O7BA 2LSPB 5L96A 1EQFA 5FFWA 2DVRA 3U5PA 4HXRA 4LZRA 5LUUA 2YQDA 4O7CA 4TQNA 5DFBA 2H60A 1ZKRA 4LZSA 1JM4B 5EPSA 5I7XA 4C66A 4LR6A 5ENCA 5L8UA 5FE4A 5L97A 2E3KA 2G4AA 4TU6A 5EVAA 4QEUA 5CZGA 2I7KA 3K2JA 5CU8A 4A9NA 4N3WA 4TT4A 4HXKA 4QB3A 4UIVA 4YADA 5E73A 4NS5A 5FDZA 5LKTA 1JSPB 4AKGA 2FSAA 3AQAA 4CUTA 4NR6A 5CP5A 4MENA 4NRBA 5CQ8A 2RS9B 4YBMA 4NUDA 4LYSA 5HCLA 5A5NA 5F2PA 4YBTA 4BW2A 4YY6A 3QZVA 4HBWA 3HMFA 4J0SA 5TCMA 4CLBA 4X2IA 5I40A 4Z1SA 4UYFB 4QR5A 4ZW1A 5A85A 4PY6A 5HQ6A 5I1QA 3JVLA 4QZSA 5ETDA 5FG4A 4KCXA 4UYHA 2R0SA 3Q2FA 4QSVA 4A9LA 5D3HA 3MB3A 5CQTA 2YW5A 3UV4A 1WUMA 5D25A 4A9JA 4ALGA 4UYDA 4YK0A 5A83A 5C7NA 5I29A 3QZTA 3ZYUA 2F6NA 4QSSA 5EISA 2D9EA 3HMHA 2L5EA 5EK9A 5DFDA 5DY7A 5DKDA 2RI7A 3UV5A 5E3GA 4UIYA 5C85A 5FE7A 4YYHA 4NR9A 5DBMA 4O78A 4O7EA 4Q0NA 3U5MA 2OSSA 5D0CA 5H1TA 2F6JA 3P1FA 5FB1A 2EJNA 4OGIA 4LYIA 5EPRA 4A9HA 5F61A 4XUAA 4LC2A 5EWHA 3UV2A 4O71A 4AI6A 4QUTA 3SVHA 4CUUA 4O7FA 5A5RA 3MB4A 4UIUA 4Z1QA 5CUAA 4Q0OA 5IG6A 4Z6HA 2I8NA 4O70A 5E9VA 5CQ3A 5DKCA 4IR5A 4UYGA 5I83A 4WHUA 4QR3A 4AKIA 4TZ2A 4O76A 5ENIA 5FE9A 4QR4A 5E3DA 4E96A 5L8TA 5FB0A 5A82A 4IORA 4NQMA 3MULA 5EU1A 5DYXA 2DVVA 4QC1A 3LJWA 5CPEA 5HFRA 2KTBB 4XY8A 5EP7A 2D82A 4MR6A 5LJ0A 5DYCA 3S92A 4N4GA 3P5OA 3UVWA 3TLPA 3AADA 5BT3A 4TS8A 4QSRA 5HENA 4HBVA 4HXPA 5HFQA 2DKWA 5JI8A 4XUBA 4NQNA 4A9MA 5FH7A 5AMFA 2DWWA 5FE5A 4QSQA 3FKMX 4BW1A 5FG6A 5D3TA 2OUOA 3ONIA 3UVDA 5DW1A 4N4HA 3LQIA 5AMEA 4O77A 5CRZA 5C8GA 4PCIA 5E74A
chains in the Genus database with same CATH topology
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