5A5RA

Crystal structure of human atad2 bromodomain in complex with 5-5- methoxypyridin-3-yl-3-methyl-8-piperidin-4-ylamino-1,2-dihydro-1,7- naphthyridin-2-one
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
SMQEEDTFRELRIFLRNVTHRLAIDKRFRVFTKPVDPDEVPDYVTVIKQPMDLSSVISKIDLHKYLTVKDYLRDIDLICSNALEYNPDRDPGDRLIRHRACALRDTAYAIIKEELDEDFEQLCEEIQESR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ATPASE FAMILY AAA DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
publication title Fragment-Based Discovery of Low-Micromolar Atad2 Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 55
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2015-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5a5rA00
2R0VA 2R0YA 5CRZA 5ENFA 4QY4A 5FE2A 1WUGA 5EWCA 4BW3A 2R0SA 2I7KA 2R10A 4UYHA 2L5EA 3MB4A 5LUUA 4QSXA 5CTLA 3U5KA 5EV9A 4UYGA 2YEKA 4E96A 5AD3A 4UIUA 5KU3A 5HEMA 4NR7A 4C67A 5I88A 3D7CA 3U5LA 3QZVA 4O7FA 3U5JA 2YQDA 5LKXA 5D3JA 4O7AA 5HM0A 5DFDA 4WIVA 4XY8A 3P1DA 5D7XA 3U5MA 5CP5A 3DAIA 2DATA 3UVWA 4UIXA 2D82A 3Q2FA 5HLSA 4NYWA 4N4FA 5H1TA 4LYSA 4MR3A 5D3NA 5FFYA 4GPJA 3LQJA 3UV4A 3SVFA 5C87A 4O75A 5CQAA 5FH7A 5FE9A 5F25A 4QSPA 5CU8A 5HENA 4IORA 4QB3A 2YEMA 4MEQA 5CUCA 5EK9A 3DWYA 5EISA 5HJCA 4HBVA 4PCIA 5HCLA 5IGNA 5HRVA 5DBMA 3IU5A 2RNYA 4TT6A 4TZ8A 5CUAA 2OUOA 5I29A 4YYNA 5AMEA 4QEVA 3JVMA 5D24A 3SVHA 4PY6A 4NR8A 4N4HA 4IR5A 5ENIA 4A9MA 5CGPA 4HXMA 5FH6A 5L96A 4N4IA 5D0CA 3LJWA 5EWWA 4MEPA 5A5RA 5KTUA 5IGLA 4J0SA 5E0RA 1JM4B 4HXLA 4NR9A 4O76A 4MR6A 4N3WA 5HQ6A 4TU4A 5CPEA 5DFCA 3UV2A 2DVQA 4HBYA 3O33A 3UW9A 5LKUA 3LQIA 2YELA 2E7OA 2F6JA 4YYKA 4PTBA 5F5ZA 5EPRA 4O7EA 2H60A 4WHWA 5K29A 5HELA 5FE0A 5HQ5A 4YAXA 5LVQA 5A81A 2RO1A 5KTWA 5A7CA 2DWWA 4XYAA 5LJ0A 5DYAA 3S92A 5ETBA 3UVXA 2YDWA 4KCXA 5E9YA 3UVDA 5CQ7A 5I7YA 4QSRA 2F6NA 5KHMA 4C66A 5CS8A 4HXPA 4A9EA 5BT3A 5DKCA 4HXRA 4LZSA 4ZW1A 4YYDA 5AMFA 4LRGA 4O70A 5I80A 5CFWA 5JWMA 3I3JA 3MXFA 4OGIA 4MR4A 4NYVA 5F2PA 5FE6A 4Q0NA 5ENEA 4Z6IA 4TZ2A 4QSSA 3UVYA 4NS5A 5TCMA 4QZSA 5F3AA 4HBWA 2RS9B 4J3IA 5C8GA 4YYHA 5A5PA 4HXSA 2LSPB 4CUSA 4XUBA 2I8NA 4UITA 4YADA 4Z1QA 3QZTA 5F1LA 3K2JA 4NR5A 3HMEA 4HXKA 4BJXA 2RI7A 5ENCA 4QSWA 3HMHA 4PKLA 4YC9A 5D3RA 5L8UA 5HRXA 5D3SA 5COIA 5E9IA 4KV1A 5F63A 4KV4A 5LVRA 4A9OA 2DVVA 3NXBA 5ENJA 2YW5A 5E3DA 5TB6A 5LJ2A 5A83A 5D3LA 2FSAA 5HFQA 5EPSA 5A5NA 4ZC9A 3G0JA 3ONIA 4YYIA 5A5SA 5AD2A 4J1PA 2G4AA 5H1VA 5E9KA 3LXJA 4BW1A 3LQHA 5G4SA 4QC3A 5FE7A 5FG5A 4Z93A 4LC2A 5C89A 4O71A 5CQTA 1JSPB 5L98A 4CUUA 5DY7A 5E7DA 3RCWA 4IR6A 3O34A 5FFWA 5FFVA 4CUPA 5EICA 4YBSA 4NRCA 3P1CA 2L85A 4LYWA 4IR3A 4MR5A 4HXOA 4Y03A 4O77A 5FG6A 5DYUA 4Z1SA 2OSSA 4A9LA 1WUMA 4TT2A 4NUDA 5EP7A 5E9MA 4QNSA 4IOQA 4LYIA 4A9HA 4QBMA 5LKZA 4YYGA 5ENGA 4O74A 5LKTA 5DLZA 5II1A 1ZS5A 5D25A 4QR4A 4Z6HA 4YYJA 3O37A 5D3TA 3QZSA 3AQAA 4QYLA 4ALGA 4Q0OA 1F68A 4MEOA 4UYFA 5IG6A 3U5NA 4X2IA 4YBTA 5CQ8A 4QUUA 4CUQA 5ENHA 5FE5A 4TT4A 5FB1A 4NXJA 5FH8A 5FG4A 4A9JA 4BW2A 5EGUA 2RFJA 4TQNA 5CQ5A 4J0RA 4CFKA 4UYDA 4HXNA 3P1EA 3UV5A 2E3KA 4O7BA 5L97A 4CFLA 5HQ7A 4A9FA 5E74A 4CUTA 5DX4A 1EQFA 3GG3A 3TLPA 4ALHA 5A82A 5C4QA 3HMFA 4LR6A 5H85A 4TYLA 5E9VA 5I86A 4QEUA 4TS8A 4O72A 5FE1A 2RNXA 3O35A 5D3PA 5FE4A 5IIDA 4A9NA 3S91A 3IU6A 5FE8A 2DVSA 4CL9A 2KTBB 5HFRA 5II2A 3ZYUA 3JVLA 4QSUA 5IGKA 5LJ1A 5FE3A 4NUEA 2N9GA 4QC1A 4QSTA 4TU6A 5EWDA 5IBNA 4A9IA 5I7XA 5EWVA 5ACYA 4HBXA 4NR4A 5EA1A 5FBXA 4YH4A 4CURA 5I40A 5D26A 4YY6A 2YYNA 5IGMA 4NQMA 4NUCA 5FB0A 1E6IA 5CUGA 5CQ4A 4LZRA 5E73A 5F1HA 5CQ6A 3MULA 5H1UA 5ETDA 4BW4A 4NRBA 5E3GA 4YYMA 4PCEA 5F62A 5EWHA 4O78A 4AKNA 4F3IA 4QEWA 5DFBA 4XUAA 5CUBA 5ENBA 5DYCA 4UYEA 4N4GA 4LZ2A 5C85A 4NQNA 5EQ1A 4QUTA 2GRCA 4UYFB 5E9LA 3AADA 3U5OA 5A5OA 5CRMA 5I89A 5KTXA 2WP2A 4YK0A 4YATA 5FDZA 5DYXA 4NYXA 5J0DA 1N72A 5A5QA 4BHWA 5BT5A 5I1QA 3MQMA 4PS5A 4UIWA 4QSVA 2E7NA 4UIZA 2OO1A 5DKHA 4UIYA 4OGJA 2D9EA 2MJVB 5BT4A 3P5OA 4NR6A 4CLBA 4ZQLA 5L8TA 5EU1A 1X0JA 5DW1A 2L84A 4YBMA 4QYDA 4QR3A 5DW2A 5EM3A 5CQ3A 5CZGA 2WP1A 4YABA 3SVGA 4WHUA 4O7CA 5F36A 3Q2EA 2DKWA 5G4RA 5JI8A 3JVJA 3MUKA 2DVRA 4LDFA 5F61A 4QR5A 5CY9A 4MENA 3G0LA 5D3HA 5EPBA 3JVKA 5L99A 5I83A 5KO4A 4IR4A 2RNWA 5DKDA 5C7NA 2NXBA 5EVAA 4TTEA 5HRWA 5F60A 4A9KA 4QSQA 3FKMX 4OUFA 5EI4A 3MB3A 4RVRA 4FLPA 4UIVA 5A85A 5CUEA 4NRAA 3O36A 5DLXA 5CUDA 4IOOA 4XY9A 4YH3A 4DONA 4YY4A 3U5PA 3P1FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2R0VA 2R0YA 1PUOA 5CRZA 5ENFA 4QY4A 5FE2A 1WUGA 5EWCA 4BW3A 2R0SA 2I7KA 2R10A 4UYHA 2L5EA 3MB4A 5LUUA 4QSXA 5CTLA 3U5KA 5EV9A 4UYGA 2YEKA 4E96A 5AD3A 4AKGA 4UIUA 5KU3A 5HEMA 4NR7A 4C67A 5I88A 3D7CA 3U5LA 3QZVA 4O7FA 3U5JA 2YQDA 5LKXA 5D3JA 4O7AA 5HM0A 5DFDA 4WIVA 4XY8A 3P1DA 5D7XA 3U5MA 5CP5A 3DAIA 2DATA 3UVWA 4UIXA 2D82A 3Q2FA 5HLSA 4NYWA 4N4FA 5H1TA 4LYSA 4MR3A 5D3NA 5FFYA 3D1BA 4GPJA 3LQJA 3UV4A 3SVFA 5C87A 4O75A 5CQAA 5FH7A 5FE9A 5F25A 4QSPA 5CU8A 5HENA 4IORA 4QB3A 2YEMA 4MEQA 5CUCA 5EK9A 3DWYA 5EISA 5HJCA 4HBVA 4PCIA 5HCLA 5IGNA 5HRVA 5DBMA 3IU5A 2RNYA 4TT6A 4TZ8A 5CUAA 2OUOA 5I29A 4YYNA 5AMEA 4QEVA 3JVMA 5D24A 3SVHA 4PY6A 4NR8A 4N4HA 4IR5A 5ENIA 4A9MA 5CGPA 4HXMA 5FH6A 5L96A 4N4IA 5D0CA 3LJWA 5EWWA 4MEPA 5A5RA 5KTUA 5IGLA 4J0SA 5E0RA 1JM4B 4HXLA 4NR9A 4O76A 4MR6A 4N3WA 5HQ6A 4AKHA 4TU4A 5CPEA 5DFCA 3UV2A 2DVQA 4HBYA 3O33A 3UW9A 5LKUA 3LQIA 2YELA 2E7OA 2F6JA 4YYKA 4PTBA 5F5ZA 5EPRA 4O7EA 2H60A 3VKHA 4WHWA 5K29A 5HELA 5FE0A 5HQ5A 4YAXA 5LVQA 5A81A 2RO1A 5KTWA 5A7CA 2DWWA 4XYAA 5LJ0A 5DYAA 3S92A 5ETBA 3UVXA 2YDWA 4KCXA 5E9YA 3UVDA 5CQ7A 5I7YA 4QSRA 2F6NA 5KHMA 4C66A 5CS8A 4HXPA 4A9EA 5BT3A 5DKCA 4HXRA 4LZSA 4ZW1A 4YYDA 5AMFA 4LRGA 4O70A 5I80A 5CFWA 5JWMA 3I3JA 3MXFA 4OGIA 4MR4A 4NYVA 5F2PA 5FE6A 4Q0NA 5ENEA 4Z6IA 4TZ2A 4QSSA 3UVYA 4NS5A 5TCMA 4QZSA 5F3AA 4HBWA 2RS9B 4AKIA 4J3IA 5C8GA 4YYHA 5A5PA 4HXSA 2LSPB 4CUSA 4XUBA 2I8NA 4UITA 4YADA 4Z1QA 3QZTA 5F1LA 3K2JA 4NR5A 3HMEA 4HXKA 4BJXA 2RI7A 5ENCA 4QSWA 3HMHA 4PKLA 4YC9A 5D3RA 5L8UA 5HRXA 5D3SA 5COIA 5E9IA 4KV1A 5F63A 4KV4A 5LVRA 4A9OA 2DVVA 3NXBA 5ENJA 2YW5A 5E3DA 5TB6A 5LJ2A 5A83A 5D3LA 2FSAA 5HFQA 5EPSA 5A5NA 4ZC9A 3G0JA 3ONIA 4YYIA 5A5SA 5AD2A 4J1PA 2G4AA 5H1VA 5E9KA 3LXJA 4BW1A 3LQHA 5G4SA 4QC3A 5FE7A 5FG5A 4Z93A 4LC2A 5C89A 4O71A 5CQTA 1JSPB 5L98A 4CUUA 5DY7A 5E7DA 3RCWA 4IR6A 3O34A 5FFWA 5FFVA 4CUPA 5EICA 4YBSA 4NRCA 3P1CA 2L85A 4LYWA 4IR3A 4MR5A 4HXOA 4Y03A 4O77A 5FG6A 5DYUA 4Z1SA 2OSSA 4A9LA 1WUMA 4TT2A 4NUDA 5EP7A 5E9MA 4QNSA 4IOQA 4LYIA 4A9HA 4QBMA 5LKZA 4YYGA 5ENGA 4O74A 5LKTA 5DLZA 5II1A 1ZS5A 5D25A 4QR4A 4Z6HA 4YYJA 3O37A 5D3TA 3QZSA 3AQAA 4QYLA 4ALGA 4Q0OA 1F68A 4MEOA 4UYFA 5IG6A 3U5NA 4X2IA 4YBTA 5CQ8A 4QUUA 4CUQA 5ENHA 5FE5A 4TT4A 5FB1A 4NXJA 5FH8A 5FG4A 4A9JA 4BW2A 5EGUA 2RFJA 4TQNA 5CQ5A 4J0RA 4CFKA 4UYDA 4HXNA 3P1EA 3UV5A 2E3KA 4O7BA 5L97A 4CFLA 5HQ7A 4A9FA 5E74A 4CUTA 5DX4A 1EQFA 3GG3A 3TLPA 4ALHA 5A82A 5C4QA 3HMFA 4LR6A 5H85A 4TYLA 5E9VA 5I86A 4QEUA 4TS8A 4O72A 1ZKRA 5FE1A 2RNXA 3O35A 5D3PA 5FE4A 5IIDA 4A9NA 3S91A 3IU6A 5FE8A 2DVSA 4CL9A 2KTBB 5HFRA 3D1DA 5II2A 3ZYUA 3JVLA 4QSUA 5IGKA 2EJNA 5LJ1A 3VKGA 5FE3A 4NUEA 2N9GA 4QC1A 4QSTA 4TU6A 5EWDA 5IBNA 4A9IA 5I7XA 5EWVA 5ACYA 4HBXA 4NR4A 5EA1A 5FBXA 4YH4A 4CURA 5I40A 5D26A 4YY6A 2YYNA 5IGMA 4NQMA 4NUCA 5FB0A 1E6IA 5CUGA 5CQ4A 4LZRA 5E73A 5F1HA 5CQ6A 3MULA 5H1UA 5ETDA 4BW4A 4NRBA 5E3GA 4YYMA 4PCEA 5F62A 5EWHA 4O78A 4AKNA 4F3IA 4QEWA 5DFBA 4XUAA 5CUBA 5ENBA 5DYCA 4UYEA 4N4GA 4LZ2A 5C85A 4NQNA 5EQ1A 4QUTA 2GRCA 4UYFB 5E9LA 3AADA 3U5OA 5A5OA 5CRMA 5I89A 5KTXA 2WP2A 4YK0A 4YATA 5FDZA 5DYXA 4NYXA 5J0DA 1N72A 3ERRA 5A5QA 4BHWA 5BT5A 5I1QA 3MQMA 4PS5A 4UIWA 4QSVA 2E7NA 4UIZA 2OO1A 5DKHA 4UIYA 4OGJA 2D9EA 2MJVB 5BT4A 3P5OA 4NR6A 4CLBA 4ZQLA 5L8TA 5EU1A 1X0JA 5DW1A 2L84A 4YBMA 4AI6A 4QYDA 4QR3A 5DW2A 5EM3A 5CQ3A 5CZGA 2WP1A 4YABA 3SVGA 4WHUA 4O7CA 5F36A 3Q2EA 2DKWA 5G4RA 5JI8A 3JVJA 3MUKA 2DVRA 4LDFA 5F61A 4QR5A 5CY9A 4MENA 3G0LA 5D3HA 5EPBA 3JVKA 5L99A 5I83A 5KO4A 4IR4A 2RNWA 5DKDA 5C7NA 2NXBA 5EVAA 4TTEA 5HRWA 5F60A 4A9KA 4QSQA 3FKMX 4OUFA 5EI4A 3MB3A 4RVRA 4FLPA 4UIVA 5A85A 5CUEA 4NRAA 3O36A 5DLXA 5CUDA 4IOOA 4XY9A 4YH3A 4DONA 4YY4A 3U5PA 3P1FA
chains in the Genus database with same CATH topology
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