5AC4A

Gh20c, beta-hexosaminidase from streptococcus pneumoniae in complex with galnac
Total Genus 263
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
263
sequence length
625
structure length
625
Chain Sequence
VRFTGLSLKQTQAIEVLKGHISLPDVEVAVTQSDQASISIEGEEGHYQLTYRKPHQLYRALSLLVTVLAEADKVEIEEQAAYEDLAYMVDCSRNAVLNVASAKQMIEILALMGYSTFELYMEDTYQIEGQPYFGYFRGAYSAEELQEIEAYAQQFDVTFVPCIQTLAHLSAFVKWGVKEVQELRDVEDILLIGEEKVYDLIDGMFATLSKLKTRKVNIGMDQAHLVGLGRYLILNGVVDRSLLMCQHLERVLDIADKYGFHCQMWSDMFFKLMSADGQYDRDVEIPEETRVYLDRLKDRVTLVYWDYYQDSEEKYNRNFRNHHKISHDLAFAGGAWKWIGFTPHNHFSRLVAIEANKACRANQIKEVIVTGWGDNGGETAQFSILPSLQIWAELSYRNDLDGLSAHFKTNTGLTVEDFMQIDLANLLPDLPGNLSGINPNRYVFYQDILCPILDQHMTPEQDKPHFAQAAETLANIKEKAGNYAYLFETQAQLNAILSSKVDVGRRIRQAYQADDKESLQQIARQELPELRSQIEDFHALFSHQWLKENKVFGLDTVDIRMGGLLQRIKRAESRIEVYLAGQLDRIDELEVEILPFTDFYADKDFAATTANQWHTIATASTIYTT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords N-ACETYL-BETA-D-GLUCOSAMINIDASE
publication title A Second beta-Hexosaminidase Encoded in the Streptococcus pneumoniae Genome Provides an Expanded Biochemical Ability to Degrade Host Glycans.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 263
structure length 625
sequence length 625
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date 2015-08-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF18088 Glyco_H_20C_C Glycoside Hydrolase 20C C-terminal domain
A PF18229 GcnA_N N-acetyl-beta-D-glucosaminidase N-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.120.670 Mainly Alpha Up-down Bundle Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) N-acetyl-b-d-glucoasminidase 5ac4A03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5ac4A02
3.30.160.230 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Double Stranded RNA Binding Domain N-acetyl-beta-d-glucosaminidase 5ac4A01
2PWDA 1X6LA 2BS9A 4AMCA 4P8UA 4C7GA 2WHKA 1W3HA 3B9DA 3O6AA 7CGTA 1J01A 3CMGA 3KL5A 1OGBA 2QMJA 3G6LA 2GJXB 3PZIA 1ZBKA 4ZEPA 3VNZA 5CPTA 1R87A 3VU2A 1UR4A 2GK1B 3VX0A 1BTCA 4MAZA 2VQUA 4OOZA 4JZ5A 1J0IA 1G94A 4AD0A 1B3VA 1A3HA 4OBRA 3AYRA 2DT0A 4UQ9A 2NT1A 4D6HA 3E1F1 3VD5A 3WQ4A 5C70A 2F61A 1GQIA 1CDGA 1LWJA 1UD6A 1MFUA 1BHGA 1XH1A 1W9UA 2DQXA 1B9ZA 2V3FA 1KGXA 1CBGA 3OGRA 1QPKA 4B9ZA 3CZGA 2PBOA 3ARXA 1J0JA 3ZJ8A 4QLKA 4K68A 3VKKA 3OZPA 2FDMA 2DT2A 5A6BA 1UWSA 4JFSA 2YBTA 5I24A 1LG1A 4C7FA 2XUCA 5I78A 3NCOA 1BYAA 3ARUA 1CWYA 2D0FA 2VX6A 1W32A 1Q6FA 4MAVA 1UWRA 1EDTA 5DT7A 3ARTA 3RMEA 2ZX9A 2WMGA 4P8VA 2XVPA 1VAHA 1ZB5A 3WNKA 1F4HA 4MTVA 4FLOA 2WMIB 3WEOA 3AOFA 3OLIA 3SCRA 2VX5A 3K1DA 4HTYA 3UCQA 2Y8KA 1DWGM 1J0KA 3SEPA 3A4XA 3A47A 5A8QA 1M04A 2DEPA 1BYCA 4W85A 6A3HA 8A3HA 2VCBA 2UY2A 2VZOA 3VGEA 1UD3A 1L0PA 2XFYA 1BAGA 4UOQA 1ITCA 2XVNA 1MWOA 1VJZA 3T09A 1F4AA 2WLYA 2A3HA 2UY4A 1QNRA 4P7RA 4UR9A 5DFAA 3WD2A 2VVNA 3W27A 1XD0A 3OA5A 1UWIA 4HA3A 1GJUA 3SUSA 1JDDA 3MUAA 2VX4A 4RE4A 2WBKA 2XFFA 5E6YA 1C8XA 1OIMA 1Y7VA 4PMRA 1H0IA 4DUWA 1V03A 3RJXA 5IDIA 2V5DA 3PZ9A 1E56A 3U7VA 3KZSA 4M56A 4NSBA 2WZEA 1UR0A 2CBVA 3AS1A 4WKHA 2O9TA 3ZR6A 3AMCA 5ABGA 3WQ5A 1PZ2A 1EOMA 1MW3A 5A69A 3WH9A 2ZIDA 3A4WA 2VRJA 4V28A 3N9KA 4D6FA 1KGWA 4HA1A 1B3ZA 2W63A 2C7FA 1GZJA 5D9PA 5ABHA 3VX1A 5HPOA 1UH3A 1BYBA 1J0ZA 1CTNA 3IAPA 1KGUA 5HOSA 3VIGA 3SUVA 3OLGA 2E9MA 3GNRA 1WDRA 1W1PA 1QNPA 4D6DA 1E6PA 1M7XA 2XWEA 2V3GA 2VVSA 1ZBCA 4YHEA 3F5KA 2WXDM 1PJ9A 2EPOA 3KWXA 3CZEA 3CZJA 5A8NA 2WPGA 1SFSA 1KB3A 3T2PA 2WBGA 5HNNA 1J0HA 1R7AA 3WDRA 4H7VA 4E2OA 5AC4A 1QI4A 2YLLA 2JF7A 4QLLA 3VMNA 1UWUA 3FAWA 3I3EA 4XZBA 2RGMA 3CPUA 7TAAA 1U30A 3WKZA 3CGTA 2JIEA 3BAXA 2JF6A 3WH7A 1MQPA 1XHGA 4TUFA 2XWDA 1AMYA 1EA9C 3UESA 3NSXA 1QBAA 1GONA 1Q6DA 3A4AA 3EDKA 4UFHA 3WF1A 2J25A 3VIHA 2QF8A 3UG3A 2DT1A 4MNJA 4W86A 2YIHA 4GPNA 4LGXA 4D1JA 1C3FA 1PX4A 2J7BA 1MQRA 2CESA 3ARSA 4FMVA 1LL4A 3N13A 2ZUWA 1ODZA 1TMQA 2W92A 3BAIA 2XM1A 4U5KA 1OM0A 4ATDA 3MMDA 3BGAA 3L4ZA 2YA2A 3WDPP 3ZT5A 2NW0A 1W2VA 2WMKA 5CG0A 1JYVA 1W1VA 1RPKA 1NOUA 3AMKA 5C8BB 2HISA 2IXUA 1CGYA 4URIA 1GQKA 3F5LA 4FLRA 2W67A 1UR9A 1XSIA 3ZM8A 1QHPA 3L4YA 3PTQA 3EMZA 5CPQA 3QR3A 2EPLX 1JI1A 4CCEA 1OD0A 1HT6A 2VRQA 1UR1A 2WHJA 5CLTA 4WIWA 4QDMA 4RE2A 1C7TA 3LMYA 4U31A 1UA3A 2W4XA 2EEXA 5A6MA 3F4VA 2CITA 1E73M 1VF8A 2PWGA 2ZXQA 1J18A 1V3LA 1G9HA 2ZE0A 3N15A 1CXEA 1JAEA 1WDSA 2CIPA 3BLPX 3K8LA 3B8SA 3VDAA 2GJXA 4Y7EA 1SYTA 1R86A 1UG6A 4WLCA 3ARVA 3ZQ9A 2VUYA 3A6OA 1UWQA 4ZE4A 1ZL1A 2GK1A 4CD4A 1HJVA 1E0XA 1I1WA 2GDUA 5LA2A 2PWEA 1KXHA 2ZOXA 3NUKA 1BG9A 1DWHM 1NOFA 1HP5A 1HNYA 4NI3A 4TVUA 3MMWA 1JNEA 2EBNA 4H8VA 1H41A 1GORA 3GTNA 3W29A 1KWGA 1BVNP 3LPFA 4BF7A 1KR0A 1ISVA 1AVAA 3MS8A 1NWSA 4PRWA 5A6LA 4DWSB 2ZX5A 1E6ZA 4D1IA 1X1NA 3L4VA 5E09A 1SR0A 1AQHA 3VD4A 2A3EA 3M7SA 5IFPA 1TZ7A 4YPJA 4BQ4A 1YQ2A 2BV9A 4AD3A 3SUTA 5BXSA 1BYDA 1LL6A 4GQQA 5EMYA 3AIRA 4AC1X 1TR1A 1QBBA 3CHFA 4MJ4A 3SCSA 3K4DA 3GXIA 1W3LA 1QOXA 5I3DA 2BHUA 4GINA 5A8MA 1KXQA 1DWFM 3SCPA 1BSIA 2WMIA 2V5CA 2A3AA 1XH2A 3AS2A 4E8DA 2JFEX 2WCGA 1YHTA 1SMDA 2CHOA 1VIWA 2JIWA 4AZIA 3OBAA 2WWDA 4E4PA 4AWEA 4H04A 1VFOA 3MO4A 4AIEA 1NARA 4F79A 5D9NA 1BFNA 4KGJA 4W87A 1GQJA 2W62A 2YOCA 3VDCA 1H49A 1JZ5A 4EE9A 2WC3A 3AIUA 4EK7A 1UD4A 3THCA 1JXJA 2XVKA 1EXPA 1XH0A 4OKDA 3CMJA 1JL8A 1Z32X 2ZX6A 2CKSA 1UH4A 4LPCA 4AY1A 1TE1A 2WHLA 1OB0A 3PZQA 3CH9A 1OT1A 1CPUA 3GZAA 4YN5A 5AYIA 1JIBA 2YDQA 3SCTA 3GDBA 4BQ5A 3MU7A 4ZXLA 4WJXA 5I5RA 4IUGA 3IANA 3BMVA 1PX3A 1PAMA 1E5NA 2E0PA 3UEQA 1FH8A 2XJ7A 1E1FA 4KRTA 4UZUA 1K9EA 1C90A 1VJSA 2XTKA 3GM8A 1S46A 3WMSA 5GQBA 1CXFA 5C71A 2YBUA 3S2CA 3WF2A 3VM7A 3GXDA 1B0IA 5D8ZA 3BCFA 4KMQA 2FHBA 3GH4A 4GZJA 4PMNA 1PPIA 3VD3A 3NDZA 4GI8A 3TTQA 2WVTA 4JKLA 1E55A 5JBFA 1QI5A 4AZBA 1GOIA 3S6TA 1BPLB 2Y2WA 1E1EA 4CU7A 4W5ZA 4CVUA 2O9OA 3VD7A 1XC6A 4CN6A 1UUQA 4Z2LA 1E40A 4JFTA 3RM4A 2D23A 3EDEA 3W6LA 3ARQA 3DYMA 4QP0A 3W26A 4D6GA 1GVYA 3WF3A 2WM0A 4F9DA 2J77A 2CPUA 4UQAA 2JEQA 2D20A 1GHSA 1H11A 5CPSA 4JFWA 2XSAA 1E5JA 1GUVA 2WSPA 4UFJA 4F8XA 3G6MA 3VIFA 1I75A 3OZOA 1C7SA 1WZAA 2J7FA 3BAJA 4TTGA 1QVBA 5IXEA 5A8OA 4B15A 2QPUA 3GYCA 4U3AA 4KRUA 3WMBA 4W8AA 1EGZA 1KQYA 1GOWA 2ZUSA 5FKYA 4FF5A 5DT5A 1FFQA 2FH6A 3PZUA 3QHOA 2GDVA 4AZ5A 1KCLA 1HVXA 1UA7A 3AROA 3L2MA 4LYPA 5FL0A 2Z1KA 4MB4A 1XV8A 1E0VA 4DWSD 1UQYA 3AI0A 3AYSA 3WUEA 3RCNA 2OLHA 3RIKA 2WC7A 3IJ7A 2HVMA 3EYPA 2D3LA 3CO4A 2VZUA 3BMWA 1MYRA 3NSNA 3ZJ7A 1NWRA 1BQCA 1SMAA 2J7CA 1V3HA 4X0NA 4DWSC 3CUJA 3CBWA 3T0AA 1NP2A 3NYDA 2D22A 2QV4A 3WQ8A 2BHZA 2D3NA 5EFFA 3VINA 3WDJA 1G5AA 4PMUA 1MXGA 1ODUA 2WYSA 1BG4A 4JAWA 3ARRA 2WCAA 3PZNA 3RO8A 5A6KA 2IUZA 2VTFA 2GFTA 3ZJ6A 1E6XM 1UKSA 1H3GA 2G8ZA 3MKKA 5CQ1A 2PWFA 2VJXA 2MANA 1KXTA 1UD5A 2J62A 1JZ3A 3MMUA 1IV8A 3WD3A 3U5YA 3B9AA 1GJWA 4LX4A 4QAWA 1W91A 4U3CA 4W88A 1GOKA 2W5FA 2QLYA 5A2AA 2VL4A 2O9RA 3SUUA 3MUZ1 2E9LA 3HN3A 3WENA 1WZKA 1HKIA 2BVDA 2UY5A 1BGAA 4UNIA 1V3KA 2XG9A 1U33A 3B9EA 5I79A 2O92A 2EPMX 5A1AA 2Y8VA 2E3ZA 3BXWA 3T0DA 4LXFA 3WL1A 4JHOA 4PTWA 4S3KA 2YJQA 4NZCA 1Q6CA 1ESWA 4LYQA 1OWQA 1ECEA 3WELA 5HBFA 1TFVA 1M03A 3APGA 1NOWA 3LPPA 5DMYA 5BYWA 1E6RA 1QW8A 5FD0A 1ZJBA 1TUXA 3VGFA 4D72A 1IZJA 3VVGA 4Z2IA 4DWSA 2PB1A 3WH5A 3RJYA 5A2CA 4UFIA 4OJYA 1E3ZA 2W91A 4PMOA 1NQ6A 3HMCA 3VGGA 3EDDA 5CGTA 4A3YA 2G3JA 3EMCA 1WE5A 1E71M 1N82A 3FN9A 4MB1A 4PMDA 2VR5A 4JFVA 1FH7A 1XD1A 3RPMA 4PEEA 5CLWA 2VZSA 4JHZA 2PBGA 3LPGA 1UKOA 3BSGA 3AISA 1V6VA 4AYSA 1J12A 1HKMA 4AD1A 2WZHA 2FGZA 2WAGA 4UCFA 1CLVA 3DYPA 1ISZA 2J8FA 4LQ1A 3VTRA 3WDHA 4M81A 4W84A 3NIYA 2G3IA 1HJWA 4PMYA 1QNSA 4B3LA 1KR1A 3VIJA 4H8UA 1NWTA 2VC9A 1QHOA 4HPGA 4FLQA 3AXIA 3TTOA 3ARWA 2VR4A 2FHFA 5A6SA 4D71A 4TVDA 3ARYA 2NT0A 3VDBA 4N42A 4W8LA 1NP0A 4DUVA 3N12A 4IPLA 4D6JA 2EPKX 1HVQA 3SUWA 1VFUA 3D3AA 2OYKA 2D0HA 3N17A 3MUIA 3WFZA 4V2XA 4PMVA 4M82A 1OGGA 3VMOA 5CSYA 2J74A 3D5HA 4Z2HA 2NSXA 1D7FA 1JG9A 2JEPA 1BGGA 1HJSA 1V6YA 5A94A 2WSKA 3WL0A 3PZMA 1WDPA 4TOQA 4ML4A 4CGTA 3ZT6A 1B90A 2WVSA 4HOZA 1C93A 1HJXA 2XM2A 1JI2A 4ZXOA 3PZOA 3IK2A 2Z1SA 4UOZA 5M03A 3ZJKA 2XYLA 1FH9A 1E4IA 1OIFA 3TP4A 5EB8A 2V38A 4UZSA 3OB8A 5A2BA 2CKRA 2ZWZA 3QOMA 1K9FA 3PZTA 3CLWA 4OOUA 3RM8A 2E8ZA 5A6AA 1W9BM 5A8PA 1JD9A 1KBBA 5KZ6A 3W6MA 1W2PA 4JFUA 2C0HA 5HXMA 4CU6A 5LA0A 3AFBA 1B3YA 1HX0A 1UR2A 2OWWA 1AQ0A 4AEFA 1ZBVA 3SCQA 1C8QA 3ZO9A 2CYGA 3CHEA 2YL5A 1MFVA 3WY1A 2D1ZA 3U7BA 4CKQA 3QHMA 3LPOA 2XIIA 1QI0A 2QHAA 5AC5A 3L4WA 4GZEA 3IAQA 3ALGA 4H8HA 4D6EA 1V6WA 3CZ8A 1KXVA 4QCFA 5CSUA 3GXMA 4U5IA 3ZOAA 4PSRA 1GOMA 3UR8A 1EO7A 5D4YA 6TAAA 3SURA 5I23A 2W66A 2Y24A 3GNPA 2ZXAA 1WNOA 3HJEA 3PZVA 1B1YA 5BXPA 3ECQA 2WMHA 2JALA 4GO9A 4B3KA 1CGUA 1HXJA 4OZOA 2DPEA 3MV01 1KFWA 3WD4A 1XRVA 3PZGA 1DHKA 4P7NA 1W3JA 1JF6A 1VRXA 4PN2A 4AD5A 5EBAA 4OBSA 3SCUA 1QW9A 3EDJA 9CGTA 2WANA 1LQ0A 5FL1A 2ZXDA 1UWTA 2E40A 7A3HA 4MPKA 1WKYA 2X1IA 2X2YA 2WCSA 1K6AA 3WFLA 3K46A 5ABEA 1CXKA 4J28A 4BQ2A 4WF7A 1GQLA 1QNOA 2CBUA 3AXHA 4BZYA 3IJ8A 2J79A 4U2ZA 5DF0A 4HU8A 6CGTA 1E4MM 1UYQA 3ALFA 4KWUA 3AZTA 4NRRA 1H09A 1UKPA 3OLDA 4R27A 3VD9A 4AZCB 1GCYA 2CNCA 1ITXA 1BVZA 2J78A 1CECA 4C7DA 3VGBA 2OYMA 2G4FA 5I77A 3PHAA 1QNQA 3GH5A 4LYRA 1J9YA 4W93A 3K8KA 1WB0A 4GI6A 4UQDA 3N1AA 5EFDA 3DC0A 2VI0A 1I1XA 5ABFA 1TA3B 2X05A 5CGMA 1OINA 4UQEA 1O6IA 3WH6A 4J3WA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3VIO A;  2CW0 F;  2V0T A;  3N11 A;  3T7V A;  1OC5 A;  4M1R A;  4NNA A;  3B0P A;  1RK5 A;  4K7B A;  2CEQ A;  2NUF A;  4XVD A;  1DXF A;  3EWZ A;  4IIS A;  5GPR A;  4AY7 A;  1MND A;  3GXF A;  2E5L E;  3RRA A;  1D8W A;  4GFI A;  4TTU A;  3GC5 A;  1IGS A;  1WDQ A;  3O2L A;  1EKZ A;  2PGE A;  3STE A;  1UIO A;  4S3B A;  4KCV A;  4DRS A;  1SUX A;  3NGF A;  1VEM A;  4JNM A;  2YL6 A;  4CN4 A;  2X0H A;  2EMF A;  1WXR A;  1EP1 A;  1XGZ A;  3H4G A;  4R5E A;  4R88 A;  3GW3 A;  3OIH A;  5JBD A;  3FXY A;  1UZ1 A;  4BS0 A;  5M5D A;  2Y7G A;  1J5E E;  1UCW A;  4OIQ F;  3L67 A;  3ZXW A;  3W25 A;  1JYW A;  1SR2 A;  4L4P A;  5KYY B;  4M6P A;  2OX4 A;  2J47 A;  2JK2 A;  1M65 A;  1I4Z A;  5D91 A;  3LEN A;  4BMJ A;  3EX6 A;  3THD A;  4JYA E;  2GJN A;  1EUN A;  5E3C A;  1MRA A;  2PU1 A;  2QDH A;  5I3I A;  4WCJ A;  4UTH A;  3MHF A;  2HJ3 A;  2XLW A;  3GR7 A;  3TLL A;  2ZX8 A;  3QV6 A;  3CV7 A;  4FI4 A;  3VZZ A;  2DMI A;  5AY7 A;  4HCD A;  1DJW A;  3E96 A;  2CER A;  4QM1 A;  1LI7 A;  3HNL A;  3F6G A;  1P0E A;  3BID A; 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 1MNS A;  5FEP A;  1MRQ A;  3WOD F;  4ZB0 A;  5KIN A;  4NAF B;  4LF6 E;  4NP7 A;  5TF0 A;  4LBR A;  2XFW A;  3L0K A;  2ATS A;  5T9C E;  3ORW A;  1V6U A;  3NKD A;  3R25 A;  4JTC A;  3DKJ A;  3KBM A;  4J40 A;  4XLP F;  2RDU A;  3VGH A;  2XL6 A;  2YX0 A;  1FY6 A;  4PK4 A;  3I3B A;  1KTB A;  1JZ6 A;  1YVI A;  1R85 A;  3OHM B;  3FYY A;  3P74 A;  3CAK A;  5FSE C;  5E6Z A;  3TW7 A;  1NDW A;  5CZS A;  4EPB C;  2VEN A;  1X6N A;  1DJN A;  1MSS A;  1IF2 A;  3SCV A;  5DCD A;  3S1U A;  1W0M A;  4HEI A;  1IR2 A;  3GHR A;  4D9P A;  4J3S A;  1QML A;  3MAN A;  2PP4 A;  3UER A;  2X1S A;  1IXO A;  4C90 A;  1E6N A;  3ZSS A;  4U9D A;  1T39 A;  2UUB E;  1H2J A;  2BVY A;  3BLF A;  4UTL A;  1G2D C;  2HBV A;  3TC3 A;  5I3G A;  1EX5 A;  3UGR A;  4C3B A;  5T1D B;  3RF9 A;  3MDW A;  4NYY A;  4HK7 A;  4L64 A;  2EN1 A;  3ABL C;  3DXJ F;  2VRK A;  3BCD A;  3KL0 A;  4LNC A;  3EA1 A;  4RDV A;  1GZ6 A;  2L2K B;  4BHB A;  3GWN A;  1PO9 A;  1X6H A;  3UXD A;  3EXS A;  2HV7 A;  3AS3 A;  1XNR E;  1HKJ A;  3UPB A;  3TQO A;  3HV8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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