5ADXA

Cryoem structure of dynactin complex at 4.0 angstrom resolution
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
IANQPVVIDNGSGVIKAGFAGDQIPKYCFPNYVGRPKHVRVMAGALEGDIFIGPKAEEHRGLLSIRYPMEHGIVKDWNDMERIWQYVYSKEQLQTFSEEHPVLLTEAPLNPRKNRERAAEVFFETFNVPALFISMQAVLSLYATGRTTGVVLDSGDGVTHAVPIYEGFAMPHSIMRIDIAGRDVSRFLRLYLRKEGYDFHSSSEFEIVKAIKERACYLSINPQKDETLETEKAQYYLPDGSTIEIGPSRFRAPELLFRPDLIGEESEGIHEVLVFAIQKSDMDLRRTLFSNIVLSGGSTLFKGFGDRLLSEVKKLAPKDVKIRISAPQERLYSTWIGGSILASLDTFKKMWVSKKEYEEDGARSIHRKTF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Structural protein
molecule keywords ACTIN RELATED PROTEIN 1
publication title The Structure of the Dynactin Complex and its Interaction with Dynein.
pubmed doi rcsb
total genus 85
structure length 370
sequence length 370
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, I
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5adxA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5adxA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5adxA03
4CBXA 5CE3A 4WQ5A 3S41A 4JHDA 3KZBA 3H3NO 3EKUA 1YXQA 2J4RA 1HKGA 3EO3A 5AZIB 2FF3B 4BVOA 4PL7A 1JCGA 4QS8A 1YVNA 4BRDA 5EXWA 5ADXH 3GDQA 4L3QA 2QWMA 1HKCA 2E2PA 1QZ6A 3EKSA 3VGKA 4BC4A 4BR2A 4JNEA 4EFHA 1GLJO 4CZIA 1P8ZA 1GLCG 1T6CA 2E1ZA 4BG8A 2V51B 3O1WA 3VGLA 3ZEUA 1IJJA 3ID8A 3WEEA 2P9SB 5AZJB 1X9JA 1NGFA 5AQWA 3A0IX 4H0VB 2FF6A 3BF3A 3ENOA 4H0PA 2FSNA 5BRDA 3TPQA 3SMSA 4IZ9A 3C7NB 4M7YA 3GE1A 4A62A 1XC3A 3VF4A 3WT0A 1SQKA 4H5NA 1GLAG 3TU5A 1U2VA 2ITMA 1GLEG 2HOEA 4FWMA 3A5NC 4BR4A 3I8BA 3B8AX 2Q97A 5LY3A 1CZAN 3LDOA 4FWPA 3ATVA 1WUAA 2IIRA 4KBOA 4BR9A 3IFRA 4FWQA 5AQUA 4BRCA 4BROA 5KPZA 5B8HA 4FWNA 2D0PA 2E8AA 5AFUA 4FWKA 1LCUA 3HTVA 3H1QA 2EWSA 2E20A 5AQGA 4EAHD 4BC2A 3LL3A 2GWKA 3UKRB 3R6MA 3HM8A 4PKGA 4XH1A 3U9ZA 3ULEA 3CETA 3O4WA 1NGJA 1KXPA 3D2FA 1S3XA 4PKHA 3H45C 4FL9A 4PKIA 3CHWA 3U9DA 2P9KA 3WQUA 2VCPA 4H0XB 2UYTA 1QQNA 1ZBSA 4DCHA 3AY9A 3DXMB 4RWTA 3J8AA 2V52B 2E2OA 4AM7A 2Q36A 3WUHA 1TUYA 4FPBA 2W41A 3M6GA 4H5TA 4ISFA 1V4SA 1QQMA 4IJNA 1TUUA 2FSKA 4XH5A 4I6MA 3O8MA 1SZ2A 3ATUA 5E26A 1HX1A 3DAWA 4CZMA 1T44A 2BUPA 3F9MA 3QB0A 1X3MA 3FE1A 2QWOA 3QMLA 4CZLA 4FOEA 1E4GT 4FWOA 4BVPA 1NGGA 3D7EO 2BTFA 3O5BA 2E2QA 4LC9B 5BN8A 2Q2RA 4CZFA 5AZIA 1S22A 3ZETB 1EQYA 1BUPA 3R8EA 3C0BA 1TYQB 2IVPA 2P9NB 4DHYA 5AQLA 4BR0A 1HLUA 3W0LA 3WXKA 4PL8A 5AQYA 4QS9A 2YJFA 2ZF5O 3MN9A 1U6ZA 5FPNA 4B1UB 3MN5A 5KQ8A 4HWIA 1BOTO 4B1XB 1MWKA 3VGMA 4BRLA 1BA0A 1E4FT 2H3GX 4CZJA 3L6QA 5KPTA 4B1ZA 3M3ZA 2P9SA 5E84A 2A6AA 3BUZB 4H03B 1NM1A 3VESA 2GUPA 3GOIA 3L0QA 2NLXA 4FWLA 5F2RA 3C7NA 4YDUC 1BO5O 2GWJA 5F0XA 4MO4A 3FZHA 2Q0RA 3GG4A 5JLFA 5JLHA 1ZC6A 3SLCA 3R9PA 1Y64A 4EIAA 2YHWA 4O5FA 3LDQA 4ISEA 4Y0WA 4JD2B 2FXUA 3VPZA 1SAZA 3KVGA 3WXIA 3EZWA 1BDGA 1ESVA 3D2EB 1DGKN 3FZFA 4BQZA 2FLOA 1ATNA 4DB3A 3U8XA 5AFUH 3HI0A 5EVZA 4B1YB 2DPNA 3O80A 3P4IA 3VENA 4ISGA 4M63C 1QHAA 1DEJA 1NGIA 2NRHA 3CQXA 2CGJA 3ZEUB 5BPNA 3H6EA 5AQXA 1HKBA 1BA1A 1GLLO 2AA4A 3FZLA 3MMVA 2PBDA 4CD1A 3LM2A 4IXCA 3VOVA 5BRFA 2V7ZA 1LOTB 3A5OC 1NGCA 3VERA 1T6DA 4Z94A 1QZ5A 4BRIA 4EHUA 4JN4A 1MWMA 4BRAA 4RTFD 1K8KB 4IWVA 2F9WA 3AARA 4BREA 4XEIA 2HMPA 3O08A 4BC5A 3CJBA 5F1XA 4IJAA 4B9QA 3DXMA 4MLHA 3A5LC 4BRGA 2D4WA 3AAQA 4FWRA 5EX5A 4BRQA 4FSVA 2ZGZA 2E1YA 1Z6RA 2P9IB 5AQMA 2ASOA 3QFPA 4A2BA 3QBWA 4BRMA 1WOQA 1X3NA 1D4XA 1JCFA 4K42A 4NB4A 5I9EB 2NZTA 3SJHA 3SK3A 3LDNA 3MK6A 1JCEA 3RSEB 1RGIA 3VEOA 2IVOA 5AQTA 1ATSA 5FPMA 4JAXA 3LM9A 3AAPA 2QWNA 2P9PB 5AQNA 3FZKA 5BPLA 2I7NA 3DJCA 4B1WB 1G99A 3CJ1A 4QS7A 2QWLA 2CH6A 4M7XA 4BR5A 1KAZA 4IO8A 1TYQA 2P9NA 2QWRA 4FWSA 1Z05A 2P9LB 2Q0UA 4CD3A 4HTLA 3BEXA 2YJEA 4WQ4C 2Q31A 1ATRA 5FPEA 1HUXA 2A3ZA 2P9UB 2A40A 2GTDA 1YUWA 3UKUB 5KPRA 4CZKA 3FFKB 4H5VA 3EL2A 4BR7A 4MO5A 2FSJA 5JMVA 1MA9B 4BRKA 4H5WA 3DXKB 5KQDA 3MDQA 3VETA 2ZWHA 3QBXA 5BR9A 1ZXOA 1YAGA 3QDKA 5EY4A 3ZX0A 3VEYA 5AZJA 1DKGD 3HBTA 2VYPA 3QICA 4H0TB 2W40A 3CJAA 3BP8A 2AP1A 3ZX2A 2PAVA 3MN7A 1RDWX 5AQSA 3O1BA 2OANA 4CBUA 4JD2A 4FO0A 2CH5A 5AQKA 1HPMA 2QWPA 3A5MC 4BGAA 5FPDA 2HF3A 2YI1A 3HSCA 4C23A 1GLBG 3D2EA 4NO7A 4BRFA 4JHDB 3KHYA 1HJOA 3CJCA 3W3DA 3H46O 3FR0A 3MCPA 3A8YA 1KAXA 3CQYA 1IG8A 2KHOA 3I33A 3UE5A 4H0OA 4BGBA 3U4LA 1XQSC 1QQOA 3ENHA 5ELZA 4BC3A 3QFUA 5AQQA 5BN9A 5ADXA 2V7YA 4K43A 2WUSA 4FOIA 1BWFO 5AQVA 4B1VA 2I7PA 5AQHA 3M1FA 3H1VX 2E2NA 2E88A 4CZHA 3O6WA 3VF2A 2Q1NA 3VEVA 4A2AA 1BG3A 1OKJA 4WQ4A 5AQIA 1V4TA 3UKRA 5AQZA 2IVNA 3VEZA 3WEEB 2GEMA 1NGEA 1NBWA 3H3OB 4CI6A 3FLCO 1K8KA 3FGUA 3LDLA 4WYBA 3UB5A 4BG9A 4BRNA 5BRHA 2D0OA 1J6ZA 1Q18A 3VEWA 3HZ6A 1NWKA 3IMXA 5EOYA 1GLFO 2CGLA 2QM1A 5AQJA 1NLVA 1U2VB 2P9IA 3VF6A 2F9TA 3WXLA 4CJ7A 3JS6A 3CI5A 4CZEA 4BRPA 2GELA 3JXUA 1R59O 5TKYA 3LDPA 4O8KA 4H5RA 3RSEA 4H0YB 3WXJA 3EN9A 4YDUA 4E1JA 4K25A 3CJ9A 4J8FA 2ASPA 5JICA 3OHRA 4WQ5C 3MN6A 1RFQA 2QW9A 3G25A 5AQPA 5AQFA 4BRHA 2VWBA 1H1VA 1NGBA 1C0GA 2P9PA 3DWLA 5LJWA 2A42A 2ZGYA 3ULEB 3CIPA 2YCHA 1NGAA 2CGKA 5AQRA 4EHTA 3D2FB 2P9LA 4RCHA 3WQTA 2YHXA 4DQ8A 2YHYA 3ZETA 1GLDG 2P9KB 2P9UA 5AQOA 3FZMA 2A41A 3UKUA 2HF4A 1KAYA 3GL1A 4CZGA 4FPAA 4GNIA 3VEXA 4AM6A 1MDUB 3CJ7A 4MLEA 5BREA 3ZX3A 1NMDA 3BF1A 3IUCA 2A5XA 1NGDA 3DXKA 5BPMA 4BQLA 3IDHA 2QXLA 3CERA 3L4IA 5LJVA 4I6MB 4A61A 1NGHA 1C0FA 2QWQA 1XUPO 2D1KA 2ASMA 3GBTA 4K41A 4GY2B 3SMPA 4F9OA 1BU6O 4CBWA 5AR0A 4XH4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CBXA 4WQ5A 3CCRN 3IG1A 4N5SA 1C0MA 1WBBA 5FRMA 2J4RA 1HKGA 3EO3A 5AZIB 5HRRA 1J5OA 4DSKA 4E7LA 4QS8A 1KD1O 4DS5A 2O8CB 1HKCA 4LH5A 3M8PA 4BC4A 2GBZA 4BR2A 3VQAA 3HP6A 4JYAK 3WNHA 1GLJO 4JKEA 1XI1A 3AVHA 4J2BA 3TR8A 4I2QA 1IH7A 3O1WA 2B4JA 3O9UA 4JRPA 3ZEUA 1KRPA 1HNZK 5AZJB 1K9MO 3O3GA 1JXEA 5JVGL 2VG6A 2FSNA 3MXIA 1CXQA 4AILC 4RW7A 1BQMA 4M7YA 3HM9A 1NK7A 4MDBA 3VF4A 3CFRA 1HYSA 1U2VA 3BGRA 2PYJA 1IKVA 3O9QA 3A5NC 2NRWA 4BR4A 4CVNE 1QSSA 1RBSA 3B8AX 1VQNN 3N4QA 1CZAN 4E7HA 3ITHA 1RDCA 4OPHA 1RDBA 4KBOA 2F8TA 4BR9A 4IDKA 3OVNA 4FWQA 5GAHP 5CZ2A 1JLFA 4B3SK 2HHHK 5KPZA 5B8HA 1BIUA 1LCUA 4KH5A 3H1QA 2EWSA 4B8CA 5AQGA 2O8FA 4DR4K 4DV7K 1OH7A 1LV5A 4FYDA 1NGJA 1DTTA 4CHYA 4XJXA 3H45C 3CHWA 1VQKN 4IKFA 4DU1A 2HMIA 1QQNA 2PY5A 1ZBSA 4DCHA 4W5QA 3J8AA 3QO9A 3BDPA 1I94K 4AM7A 3HT3A 3NGZA 3PLAA 4FPBA 4G1QA 1KTQA 3OYAA 3NE6A 2QI2A 1S9GA 4JKGA 4KO0A 3ATUA 3OY9A 5E26A 5KRSA 3MECA 4HUGA 3CD6N 2QWOA 2YX6A 2RN2A 3L8BA 2FBYA 2XY5A 4FK0A 1RCHA 2BTFA 4M42A 3RR8A 2E2QA 4CESA 3LALA 4R5PA 1EQYA 4OKEA 2O4GA 2XRIA 4I2PA 5AQLA 4E7JA 4QS9A 1XC9A 3KLGA 1U6ZA 3NF6A 3U3YA 4JKFA 4F3TA 1U47A 5KQ8A 4ILHA 3NVMA 4HWIA 1LWCA 4DUZK 1BOTO 1GOAA 1MWKA 3NBPA 5HRPA 4CZJA 3L6QA 4CFAA 4QOZB 4PUOA 5E84A 3CCUN 2A6AA 3QLHA 4IG0A 1RTDA 3GOIA 4DR3K 2NLXA 1FXXA 3HXMA 4MO4A 4W5OA 4UQGA 4O5FA 4BE1A 4FZXC 2DTUA 4KB0A 2FXUA 3VPZA 3KVGA 4B8AB 1QSYA 3QNOA 3EE9A 1KFSA 1BDGA 3LP2A 3V81A 1VSLA 3FZFA 3THYB 2FLOA 1ATNA 3OYKA 1YF5L 1WSFA 5AFUH 3G71N 1WN7A 1Q82O 3SJJA 1WAFA 4E1NA 4ISGA 1FKPA 2NRVA 5HL7L 3NHGA 3VQ9A 1XNRK 4CJVA 1HKBA 1BA1A 1GLLO 3FZLA 4CD1A 3LM2A 3KLHA 3LWMA 4Z94A 1T6DA 2O8EB 4CHQA 4JN4A 1MWMA 1F21A 3E1YA 5F1XA 4DTUA 2BGGA 1YITN 4X66K 3PX4A 2HB5A 3DXMA 1SS6A 1RDAA 5M1KA 4DUYK 4PY5A 2ZGZA 5HP1A 1Q7YO 5AQMA 4A59A 4FJXA 3QBWA 4BECA 1WOQA 3E9LA 1NJZA 2OTJN 3SJHA 3AVIA 4YOWA 3MK6A 1E3MA 1JCEA 1VQON 1NJWA 3ZSZA 4JAXA 1VSIA 4IBNA 1Q8IA 2BE2A 4CEEA 1L3SA 3ZT2A 3SPYA 3TAQA 4IEEA 3DJCA 4N41A 3CCEN 3EEQA 3RMBA 2HBMA 4CFCA 2QWLA 4E7KA 2CH6A 2GX9A 4KHPK 3ZT4A 2Q0UA 3F2KA 2XY8A 4HTLA 3LAMA 3BEXA 4GVMA 4WF9L 1L3VA 1KCFA 4KHNA 3F5TA 3WXMB 5FPEA 4CEDA 3SI6A 4CJTA 2ATQA 3S3OA 3CCLN 4FM1A 4KHQA 3TAMA 3V9ZA 2QKKA 4ID1A 3OW2M 1MU2A 1C1CA 4AHSA 5KQDA 1W2BM 3VETA 5BR9A 3QDKA 1I3AA 2O8DB 2LSNA 2B6AA 5AZJA 3QICA 3CJAA 2D0AA 3BY5A 3RMDA 3PUFA 1D5AA 3O1BA 2HNDA 4JD2A 3A5MC 4BGAA 1NKBA 4LF4K 3HSCA 4CHNA 3D2EA 3HYFA 3W3DA 4KRFA 3MCPA 4DF4A 3TWHA 1IG8A 1EKEA 4BGBA 3U4LA 1NG9A 3QFUA 4DQRA 4K43A 4TSXA 3PO4A 1DTQA 1WSJA 5AQVA 4DV6K 5SZTA 1W7AA 4Z4EA 2QKBA 3H1VX 3C94A 3O6WA 3VF2A 1S5JA 4C8OA 1V4TA 5AQZA 3CMAN 2IVNA 3ZT0A 1HYVA 1NGEA 1B92A 3P39A 4CJFA 1KLMA 3LDLA 5HRSA 2X74A 5GIOA 3UB5A 5BRHA 2VQFK 2X6SA 1QS4A 1XWLA 1RT1A 2BDPA 1GLFO 3NAEA 3HRGA 5AQJA 5J1EA 1NLVA 1U2VB 3PV8A 1WNSA 4HCBA 2HHIA 1T05A 4CJ7A 1NKEA 3QEXA 3JS6A 5A2QO 4M45A 3JXUA 3VTHA 3PIOL 3LDPA 3P1GA 4FJ8A 4BDZA 3RSEA 4FLUA 3HOTA 4N47A 4E1JA 3CJ9A 4J8FA 3L2VA 3CQ8A 2OPQA 4CJLA 2KFNA 3OYFA 4CJ4A 3C6TA 3LP3A 5AQPA 4LH4A 3MEEA 2O8FB 1C0GA 4L8RB 4DTJA 2G8HA 3V4IA 3PSIA 1U48A 1OVQA 4CJQA 1XMOK 1NGAA 3AO5A 3AA3A 5AQRA 1DT9A 3K5NA 3TSQA 3UIQA 4CE9A 4FLWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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