5BWJA

Structural characterization and modeling of the borrelia burgdorferi hybrid histidine kinase hk1 periplasmic sensor
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
208
structure length
195
Chain Sequence
KDIFKFKLVDQFFPFYYKNNKGEYEGLIFSILDKWAKDNNADIMVEHIDNLNESEIEDEAIYLGLTYNVKLNDFFYFKSELARSISILFFKNSNFNIGVIKNTIYEDILRLKNVNTIFLADNSQELVLALKNDKVDYIYGDCKTLHYIANNFLSEDLVIFTGDVFYSIKNRVAISRNAPEIVKNLNLDLFSYLMK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural characterization and modeling of the Borrelia burgdorferi hybrid histidine kinase Hk1 periplasmic sensor: A system for sensing small molecules associated with tick feeding.
pubmed doi rcsb
molecule tags Signaling protein
source organism Borrelia burgdorferi
molecule keywords Sensory transduction histidine kinase, putative
total genus 54
structure length 195
sequence length 208
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00497 SBP_bac_3 Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 5bwjA02
2UYEA 4LZ8A 4O3BA 4YB5A 4PFTA 1B5JA 2QS4A 3RUMA 1SW2A 2OCUA 4RK9A 3R26A 4F39A 3H6TA 4DCYA 2V84A 2P1SA 1OQGA 3EN3A 4N13A 2QS2A 3CSBA 2F7AA 2LAOA 5I56B 3R7XA 2ZYOA 4EXKA 3QXMA 3PMWA 2NUVA 2AIXA 1USYE 3EQ1A 1ZIUA 4F18A 3MZBA 4DE8A 4FIMA 1URGA 1HSJA 3DELB 3RPWA 1Y1MA 2HEUA 2DWHA 3M8UA 3K01A 3C33A 4NF6B 3O6GA 4QFOA 1PB7A 2HXWA 5B7DA 3MQ9A 1MXUA 3TQLA 4IY6A 4NE4A 3S9MC 5I2NA 3LSFB 3OENA 2DSFA 1MDP1 4DXCA 3SERA 3KSXA 1A40A 1TXFA 1F9BA 3B6WA 4Q5TA 2IA4A 3MJNA 1AOVA 4G8MA 5H8SA 1S50A 4FAJA 2W7YA 5J1DA 3QK6A 4G68A 2Z22A 4IO6A 2DXRA 3RN8A 2OWSA 3L6HA 1R9LA 4OYVA 4R6YA 5CMCA 1SQYA 4EXLA 3AXFA 3E4RA 3K6WA 3OO8A 2DS9A 4OWDA 4PP0A 1JNFA 3MP8A 1MQIA 4IGRA 2RF1A 3FVNA 3FZVA 5KCJA 1VFDA 4GXAA 1B3LA 2XXIA 4GRKA 2ZYMA 4QRZA 5CM6A 4IO2A 1B40A 3MZ9A 2XXPA 3GZGA 4FE8A 3N6TA 3TPAA 3JYRA 4R74A 2B65A 2E1SA 3ONMA 3N94A 4NWCA 1BP5A 2O1LA 1BTJA 1O64A 2R6GE 1B7ZA 4GL8A 3IORA 3K1PA 3R6UA 2OLBA 2Q89A 1FTLA 1I6AA 1FQBA 2QS1A 3V89B 3BFUA 2NXOA 2RC7A 3IOUA 4I9DA 2QMXA 1TFDA 3VXCA 3HN0A 5JTYA 1UQWA 1NFTA 4GIZA 2DXYA 3SESA 1TT1A 1P1UA 3N6UA 3MPLA 1B3HA 3UP9A 2I4CA 2O69A 1LFIA 4P11A 2NOOA 3EPEA 2PX1A 3PMVA 3OXNA 3EHTA 2XXYA 1B51A 4BDLA 2Z8FA 5TPAB 2VD3A 4IB2A 3PUXE 3H06B 2B3BA 3HV1A 4U4SA 1AH5A 2I49A 4RY1A 4LZ7A 3KOSA 1M5FA 1DOTA 3CI8A 2ZNTA 4NEDA 5TP9B 2VP1A 1IITA 3S4UA 1B4HA 1SYHA 5ICQA 3C36A 1ZJLA 4OQOA 1SBPA 3H6VA 1NMUA 3SEWA 2O1MA 3MBPA 3BFTA 2OJTA 1OIBA 5I57A 1UTHA 3GXAA 4F2QA 3U93A 3OO7A 2F34A 5JK4A 2ZYNA 1ANFA 3TZAA 3KFMA 4GQOA 3QSLA 4JWYA 1QUKA 4XKQA 4I1DA 1B4ZA 3HHFA 4OFOA 2ZYKA 2DE3A 4QFLA 2H98A 1MQDA 1LBBA 2DWAA 4QHQA 4F1YA 3TTRA 4YB7A 2REJA 4EF2A 5H8QA 2GHAA 2AL5A 1JVYA 3I3VA 3W9WA 4XXUA 4ELOA 2F7CA 4DCXA 3CFXA 3UGWA 1SI0A 4OETA 1LAXA 3B7DA 3PPPA 2O51A 5CMKA 1Y3PA 5L9MA 4ISUA 2DE2A 1NH7A 4JSOA 2I6EA 3CVGA 2DVCA 3T9XB 4F22A 4KCCA 3RY3A 2XXQA 5I56A 4ZECA 1OVTA 3CFZA 2NVUB 1DPPA 4LP2B 2DE4A 4EDPA 1GR2A 1LFGA 1A99A 5HBCA 3VV5A 4G4PA 4QFKA 3IOWA 1SW5A 2OWTA 2RC9A 5HM4B 3UIFA 4OESA 3PMXA 5AA3A 3N5LA 1OLCA 1IZ1A 1ZLQA 1B3GA 3TCFA 3PGFA 2HCAA 4NF6A 4YICA 2HZKA 1D9VA 3VVEA 4E0XA 1CB6A 4O3CA 4XKRA 4KR5A 2Y7RA 1MM6A 2D5WA 4ZEBA 3K1NA 4THIA 2RINA 4XIGQ 3RTFB 3TCGA 1I69A 3U8QA 4MLQA 1EU8A 4RPNA 4ZEFA 2R71A 2XXTA 3U94A 1Y4CA 2VD2A 1IXHA 3Q28A 4QSDA 4TLLB 5AA1A 4KPTA 5I84A 3PPNA 5F1QA 4ESWA 1B05A 1IIWA 5EHMA 2FNCA 3TCHA 3QUFA 1LAGE 2OBGA 3ILTB 3O66A 1N3WA 4R2BA 4NMYA 3L6GA 2UVJA 1H43A 2HAVA 3HCQA 1MPCA 3RTWB 4MLVA 4O3AA 4OEUA 3G3IA 1QKBA 3TDJA 1FQEA 3DLNA 3H4ZA 4OVJA 5EHSA 2DP8A 2G29A 2ONRA 1DMBA 1B7HA 4I62A 4ZE8A 5FHMA 3H03A 3QAXA 5CBRA 5L8DA 1VFEA 2YLNA 4KI0E 3E13X 3ZSFA 3ODBA 2IEEA 3PV0E 4R73A 1NNFA 2XXHA 3MP1A 3IJXB 3UORA 1URDA 3ECRA 2UXAA 1FQFA 3K6VA 4OHNA 3HHGA 4TQUQ 3T9VA 1P1WA 3FUZA 2HAUA 3C35A 3CG1A 1QUJA 2CMOA 1Y3NA 3TTMA 3K4UA 4WXJA 4XKPA 3U92A 1XVYA 1LGBC 4H8IA 2THIA 4EQBA 5KDTB 3O28A 3IAZA 2M8CA 2F78A 1Y4TA 4IGTA 4ZZAA 5CC2A 4YKIA 5CMBA 3GLBA 5CRYA 5TPAA 4YMBA 4BLAA 2F6GA 2Y7PA 4IO3A 1B3FA 1LSTA 1JW4A 2Q8JA 4LQ5A 3D4CA 1ZMGA 5TP9A 1SDXA 4ONYA 1XC1A 1XVXA 2PVUA 4FORA 1TWYA 1P99A 4OENA 2PMSA 1N0TA 2V3QA 3MVXA 4JBZA 1XS5A 2P0SA 1POY1 1Y3QA 2BJJX 1MY2A 3HO7A 1MM7A 1P1QA 4NF4A 2ZMBA 3Q27A 3ZKLA 2NWJA 2A5TB 3MZ1A 3W15C 1D9YA 1MDQA 3C9HA 1J1NA 3S9LC 4F3BA 4BDQA 1MQJA 1FW0A 3O9PA 2R9JA 3I6VA 2UVIA 4EUOA 2QL3A 3SEVA 4OEVA 1L5TA 3OO9A 5FHNA 1H3DA 2ALUA 4C1UA 3P7IA 3BKIB 4BDRA 1R9QA 3FVGA 3VLWA 1Z7ME 2I0CA 4Z7EA 3KN7A 1D3KA 4G77A 4QFNA 3BBRA 1UIVA 1POTA 1B32A 4OFLA 1AL3A 4ELRA 3FV2A 3FXQA 1A8FA 3RT6B 3WAFA 2F35A 5I58B 4PFWA 4Q8RA 3C31A 3I5OA 4H8JA 4JDFA 1P1NA 3G3FA 2H99A 4ZEIA 4R6KA 3FATA 3VDFA 3OEMA 4AB5A 1WDNA 4JSDA 2YPNA 4NF8B 3FIRA 4X1DA 1LFHA 2HZLA 2VOZA 1HSLA 2XX7A 3LR1A 2I0BA 3M3FA 3K2DA 3TKDA 3OEKA 4U2RA 1IQ7A 2D21A 3U72A 3TTNA 3OELA 3DP6A 4FATA 2REGA 1A8EA 1ZKBA 3TTLA 4R9GA 4YZZA 2I3VA 2ABHA 3N26A 2XHDA 1FCKA 3S9EA 5DEXB 3SKPA 4GVOA 3LSLA 4U1ZA 4BDNA 3UK4A 1N3XA 4LONB 3KOTA 3TQWA 1FQCA 4GLIA 4IO7A 1LB8A 1B0LA 4YKJA 3E9XA 5I2NB 4YB6A 4KYDA 1I6BA 1IXCA 2RCBA 3CFLA 3CG3A 3IB2A 3K1MA 1ZU0A 1B7UA 4N6PA 5CBSA 4F3PA 2D3IA 2DOJA 4PE5B 5I2KB 4HW8A 5L9SA 1MXWA 4PFYA 3V5AA 2VGQA 1QULA 2UYFA 4U1OA 5H8FB 3M3KA 2FA7A 3USDA 2RKMA 2QS3A 1UTBA 4LATA 4U22A 5ELVA 2DWIA 1H45A 1DTZA 3QIMA 2H4IA 1QJMA 5K2XA 1SW4A 1B9JA 4H1XA 4OERA 1LBCA 4R75A 5DVJA 3KZGA 4LA9A 1SW1A 4ELPA 4QF9A 5I59B 1CE2A 1H76A 2F97A 5HPQA 2GH9A 1NH8A 4X48A 1M5BA 3DP4A 3SEYA 5A5XB 1YTVA 1GTKA 1QUIA 2XXWA 5K2YA 4NWDA 2B3FA 3TEPA 4P0GA 1JEVA 1RKMA 3KJ7A 2QRYA 4H5FA 2H5YA 4H6DA 5CMMA 5IAIA 3T66A 3CIJA 3KSJA 2XX9A 1MY4A 1N76A 1B5HA 5KDTA 3ZKKA 2G93A 1LCFA 3C4MA 2ONSA 3MPKA 3K0VA 2OK2A 3CR9A 4X1BA 3FJMA 1DPEA 3OMBA 3K6XA 3PD9A 4GD5A 2O7UA 4EQ7A 1MY1A 1MG1A 1BLFA 4C0RA 3FASA 5EYFA 2PBWA 5LOMA 3T9UA 4F29A 2V3UA 1B0HA 1FTOA 1M5EA 3DP8A 1FTKA 4PETA 1NKXA 1MY3A 1MY0A 4F19A 1SYIA 4RA1A 2I48A 3LSXA 3TELA 4GWOA 3IX1A 1IXGA 3Q29A 1TFAA 3RT8A 4Q30B 1SI1A 2PT1A 1R6ZA 1Y9UA 4DDDA 1O63A 3KN3A 5FTHA 4ZS9A 3O6IA 4K3FA 3IB0A 4QFPA 4ZEDA 4MBPA 2Q2AA 4NF5B 3VFJA 4ZE9A 2A5TA 4G68C 1B1HA 1M5DA 3PD8A 1MXXA 5ICTA 4HS7A 3G3KA 1UIUA 1I6QA 1BKAA 4LZ5A 2DYXA 5F7VA 3RNNA 4Q0CA 4H0WA 1Q1KA 1LB9A 4DZ1A 5DVFA 1PC3A 2QPQA 1MS7A 5JEIA 2Z8EA 1N7WA 4KCDA 4YKPA 2O68A 4C1TA 1PB9A 1ZBMA 3A09A 4U4XA 3GBAA 2A5SA 2F5XA 1WVJA 4IO5A 4KQPA 2V3TA 2X7QA 4ZZEA 4POXA 4PFUA 1NNTA 3OO6A 4LQ2A 1HSEA 4QSEA 5AA4B 2AYSA 3S2VA 4ECFA 1ELJA 5I58A 4OFJA 3CRBA 2UVGA 1H44A 1VR5A 3ILUB 2DVZA 2DQVA 1USYH 1B5IA 4KFQA 1AIVA 3IOTA 4DLDA 3KBRA 4NF8A 2RCAA 1B1XA 1EH3A 2O84X 3G3JA 1RYXA 3G7WA 5FTIA 3T22A 5AE4A 5AA2B 3LUYA 4JWOA 4AB6A 1US5A 3IO6A 2XXXA 3PPQA 1RYOA 4YMAA 1N7XA 4DXUA 3MVZA 4U23A 5FHOA 1MXZA 3HSTA 3MUQA 4PQJA 1MQGA 4ELQA 5H8NB 3OSQA 3KJTA 4BDMA 3Q25A 5DEXA 4YKKA 1URSA 1QVSA 1SD3A 4ZDMA 4G2ZA 4RK2A 3IOVA 3HPIA 3EHUA 3MP6A 3IL1B 2ESNA 3Q26A 4FECA 4POWA 3TAJA 2RC8A 3KGCA 1AMFA 3V8XB 3LSWA 3MVWA 1PBPA 3VVFA 5I2KA 4N07A 1FQDA 1A54A 4Z0IA 3EHSA 4U21A 4HCYA 3D4GA 4F31B 5CI5A 3OD7A 2ONKE 1II5A 1NNKA 2H9BA 4G8HA 1N04A 5H8FA 4IY5A 2ZXTA 4QSCA 4JXIA 2H25A 3TYHA 1MRPA 1MH4A 4ESXA 3CSGA 3O2AA 4E0WA 3PPOA 1XHYA 3A3CA 4NTLA 3FGSA 3IB1A 5ITPA 3FVKA 2XXRA 5BUUA 2Z23A 3RGYA 1KWHA 1B58A 1N84A 4F3GA 4M1VA 5H8HB 3TODA 5I59A 1T0KA 1B46A 5KZTA 1VSOA 3FVOA 3H7MA 2X26A 4RYAA 5AA2D 5L9OA 2F36A 1Q35A 4AQ4A 5A5XA 2GHBA 4UACA 3SETA 5ISUA 4LVQA 2XX8A 4ZEKA 4OXVA 2XXUA 3FV1A 3K6UA 1M5CA 5DT6A 5ITOA 2CZLA 1MPDA 3H6WA 3TFLA 2Y7IA 1GV8A 1MH3A 3VLVA 5DYHA 1B3EA 3SDFA 2KLFA 1WODA 4H65A 4EQ9A 4F3SA 3VVDA 4HTGA 3T9HB 5BWJA 2FYIA 4EF1A 2Q9TA 4FEBA 4X9TA 4KHZE 1DSNA 1EZOA 5DTBA 5TU0A 3B6QA 1QKAA 2P2AA 4RPOA 1EZ9A 3UN6A 4KYSA 1D4NA 3PPRA 3LBSA 3FJGA 2E0SA 3C32A 2HQ0A 1P1OA 1LLSA 1LCTA 4GL0A 1LAHE 2F6PA 4M4GA 5DVIA 1NL5A 4KD5A 1MXVA 3MAMA 1XT8A 4WKMA 1GVCA 3GBBA 3FXRA 2Y84A 4JWXA 3DM0A 4DXBA 2V93A 1ATGA 1O7TA 3WAEA 1IEJA 1A7LA 2F8DA 1IUDA 4NF5A 1PB8A 4JB7A 1Z7NE 3A3UA 1FQAA 1S7YA 2Z8DA 1XOCA 2YJPA 3H3GA 1OQHA 4G68B 3QUJA 3KG2A 3MC2A 3RQTA 3PU5A 3VLUA 3KEIA 4MH5A 4HCWA 3IO4A 2XXVA 4NF4B 4OMBA 3U1OA 3RLFE 4ND9A 3SEXA 3S9NC 1B52A 3G3HA 1FTMA 1Y20A 2QJEA 2ANJA 4DIGA 1OMPA 4MFIA 2OZZA 3C34A 1BIYA 5KCJB 1IXIA 4FJPA 1JQFA 1DTGA 2F7BA 3K00A 5AA4A 1JEUA 2WKYA 4R2FA 2PYYA 2QSXA 3F11A 4OZ9A 4XTCQ 3EF7A 3V83A 2VHAA 2V25A 1PBQA 2I4BA 3PUWE 3MW0A 1JETA 3QYTA 1PDAA 1MQHA 2X7PA 4R9FA 4GFRA 3FJ7A 5AA2A 3O97A 4TLMB 2Y7KA 1JVXA 3IK6B 3T96B 4KYEA 1R1NA 1S9TA 3FD3A 4WEPA 4UA8A 4WEDA 1QW0A 3IR1A 1NNPA 2DWJA 2Q88A 2I58A 3B6TA 4FEDA 5H8NA 5JTYB 4YAHX 2QMWA 3MWBA 3MVYA 3FXUA 2O6AA 4L17A 1US4A 1JW1A 3VXBA 3O29A 2ZNSA 3IJOB 1MPBA 2Q2CA 3M3LA 1JW5A 1ZTYA 4YU0A 1GGGA 4F2OA 5IKBA 1YCJA 2O7IA 4BDOA 4H5GA 2GFEA 4GOTA 1Y1ZA 2Y7WA 4TOZA 3KN8A 3T93B 3H6UA 4I8CA 3ZS6A 3TUSA 1OVBA 3PUZE 1A55A 4IO4A 2AL4A 4P0IA 2ZNUA 1MXYA 3OSRA 1YPNA 3LC8A 4GF8A 2I3WA 1FTJA 1EZPA 4MF3A 1B2HA 3PUYE 1SVXB 4LUBA 1VE4A 4RXLA 3G3GA 3O6HA 3THIA 4R72A 4GXSB 1PEBA 5I57B 1UTHB 4H67A 1LAFE 4F1UA 3UA8A 3JV9A 4RNSA 1UTBB 2HFBA 2PT2A 3JZJA 5M2VA 5H8HA 4OTEA 4G8NA 4R6HA 3E3KA 4RJZA 1OLAA 2GRVA 3SEUA 2XD3A 5B70A 3W9VA 4XKNA 3TTKA 4F1VA 2UVHA 2XD2A 3K02A 3OOAA 3PUVE 3VE1B 1YAEA 1B6HA 5H8QB 3TMGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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