5BXRA

Lnbase in complex with lnb-nhacdnj
Total Genus 234
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
234
sequence length
634
structure length
634
Chain Sequence
SSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVSD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lacto-N-biosidase
publication title Gaining insight into the catalysis by GH20 lacto-N-biosidase using small molecule inhibitors and structural analysis
pubmed doi rcsb
source organism Bifidobacterium bifidum jcm 1254
total genus 234
structure length 634
sequence length 634
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2015-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 5bxrA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5bxrA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5bxrA01
1XHGA 3VIIA 4D1IA 1BA7A 3VM7A 2Q9XA 3WO2A 4ML4A 2BVTA 2EPNA 1YQ2A 3AIQA 4WKHA 3HSMA 2CKSA 2O9RA 2CCRA 1FP8A 5BQUA 5JIPA 4AN6A 1QNOA 1QNQA 4UFIA 3FJJA 1J0IA 1U30A 1UR0A 1V3LA 2Y2WA 3VX0A 2Y24A 3ZQ9A 3THCA 4USPA 2GJXB 2V5CA 3AZVA 1B1YA 3FJCA 1VFUA 3PBGA 1H1NA 4OWKA 2E3ZA 1UD6A 4I4XA 2J7CA 2UY2A 2RG9B 3A47A 4W7UA 4XFSA 3S8JA 3MV11 4HPHA 1E72M 1EIBA 1AFCA 3KE0A 3NYDA 3VPLA 1J10A 4CD6A 2DH3A 1E55A 4AISA 3I3DA 1M16A 4H41A 1HJQA 1J0KA 2OYMA 4PTVA 4KGLA 2O9OA 3WL0A 4XV0A 3AKHA 3NDYA 4UNIA 1UD5A 4PRWA 1B0IA 3OLDA 4MTVA 2J62A 2HW9A 3ARVA 2VR5A 2J25A 4QKRA 1A47A 1TVNA 1YBIA 3AIWA 4GXPA 3UR7A 1G9HA 3NSNA 3ZJ7A 1SR0A 5CXPA 2YOCA 2B31A 5E09A 3SURA 3VIGA 2D3LA 3AIVA 1HP4A 1C7TA 1CGWA 4JKQA 4OUEA 5E70A 4RL3A 6TAAA 4I4PA 4P7QA 4J3XA 1UA3A 3ZJ8A 5BWFA 1A8DA 4G9NA 1SR4A 3ZSSA 3AZTA 5I78A 4U3AA 1BGGA 1UD3A 1BFNA 1S0LA 2NTDA 4QP0A 5BQUC 3ARRA 4CN1A 3U5YA 4HOZA 3TP4A 1S0GA 1XSKA 2ZX9A 4UQEA 4Z2KA 3DECA 1H41A 2XIIA 4OOUA 5TD4A 4MNLA 2YA1A 2CETA 4J7RA 4Z2HA 3FJDA 3BADA 2E40A 3OG2A 1UG6A 4AC1X 1RMLA 1UYQA 3WD0A 2WKGA 4I4SA 3AKIA 5A6AA 2QYIB 2VSAA 5EFFA 5JUVA 1EGZA 3GNOA 2WLYA 4YHEA 2VXTI 2Z1KA 3A4WA 4TX6A 1ZB5A 4Z9WB 4CUCA 2DH2A 1FH8A 2QPSA 1JI1A 3MO4A 3GXMA 1U33A 3AS3A 3WNMA 4KEIA 3NDZA 4BQ5A 1X6LA 1LL4A 5EHAA 3G6LA 1E15A 3AZWA 1KXTA 1EXPA 2RQ9A 2DRYA 1K6AA 1H11A 3VEQA 1CXLA 2ZUWA 3WH9A 2PWFA 1XCWA 3WO4A 2BY2A 5BXPA 1CGTA 2XFFA 5AYIA 5GQBA 2AOSA 4I4QA 1MYRA 3IIRA 1M53A 2WMIB 3CA5A 4L4PA 1PUUB 1S0BA 4PUDA 2Y8KA 1UWTA 4M82A 2VO5A 2YUGA 1QQKA 2GUYA 1DWHM 2WC7A 4ZFWB 4JFWA 4WKFA 2YL6A 3CA3A 4UZUA 1OGGA 1HIBA 2F8QA 3AYRA 3BX1C 2D23A 1GNXA 4D0TA 5FL1A 3ZM8A 2D0GA 3V0BA 2DIJA 3HOMA 5D4YA 3ARTA 2WMGA 5CPSA 4AZCA 4UFHA 1KCKA 4H8HA 1EDQA 4MB5A 2Y9XE 2VCCA 5E0FA 2UY4A 2XM2A 2VI0A 5A1AA 4I2SA 3CAHA 4A7ZA 3I29B 4GI9A 3GNRA 1DWJM 5GNZA 2KLLA 4U33A 5CGTA 3A4XA 3UDAA 1CDGA 2CPUA 2MANA 1VB9A 4PMZA 3AKFA 1B9ZA 3WNNA 2QF8A 4B15A 2JE8A 2WZHA 5FKYA 3FJKA 3BAIA 1OWQA 1JDAA 1TR1A 2E8YA 1BFCA 1HVXA 4RE4A 2BVDA 3FAXA 1K9FA 2VX7A 1JG9A 1CE7B 1W9PA 3CMGA 2WCAA 1HWNB 1B2YA 4QKSA 2FGFA 3WNLA 5BVPI 4B3KA 3WH5A 1ZBWA 2G4FA 4PTMA 2QV4A 5I0DA 1JQZA 1QHOA 3B9AA 1V3KA 3VGHA 3T0BA 4G1RA 4EB2B 1KBBA 3WD3A 1CGYA 4F34A 1WDRA 3UG5A 3VM5A 5ABEA 1FGAA 4XFUA 3Q7YA 3CZEA 3VT0A 5HOSA 3H6RA 1EHNA 1G5AA 1BAGA 1PX4A 1S46A 3TA9A 5GPRA 3P6JA 3AICA 3MU7A 1GGPB 1HX0A 4EE9A 3VIFA 3T08A 3WH6A 3GH5A 2E4MC 3OZPA 1ISXA 3CGTA 4D6GA 3SCRA 4XKIA 1PZZA 3WDPP 5EB8A 3WD2A 4OWJA 3WA1A 2PWHA 1HKMA 3K46A 3IJ7A 1S0DA 3VDAA 4OW4A 3K8KA 2AAIB 3BCFA 2PWEA 1W3JA 1DFCA 1QBBA 1I1EA 1UR9A 4AD5A 4C90A 3GZAA 1FWVA 5HXMA 2V5DA 3CRHA 1CTNA 4GO8A 5CSUA 3IJ9A 2YL8A 2Y4SA 1HXJA 1E56A 3LMYA 4J3SA 4HTYA 3N18A 4DWSB 3N15A 3VSZA 5A6JA 4GZJA 1WP6A 1MFUA 3QOKA 4R6UB 1GOQA 2DSKA 4ZEPA 2AAAA 2WXDM 1JF5A 1B30A 4U5KA 1GJUA 1E4IA 2WHJA 1E3ZA 1C8YA 1MW1A 1XRVA 3PZUA 2WBKA 3PG0A 4W7WA 4JFUA 4V27A 1TE1A 3WBEA 1UHVA 1Q03A 3FW6A 4EEEB 2RGMA 2PBOA 2PI6A 2D24A 5D8ZA 2FH8A 5A2CA 2ZUSA 1LWJA 1QI5A 4OEFA 3UCQA 1J9YA 1JF6A 3N7LA 3AMDA 3VD4A 2XWEA 3KL3A 1EPWA 4CCDA 5BRPA 3FUOA 3OGRA 4E4PA 1EDGA 4J2XA 3AS0A 1JZ2A 2IWTB 1ZU8A 4LO7C 1RY7A 1J11A 1NWRA 4LGXA 1BSIA 2VL4A 3QHMA 1VRXA 4UQBA 1BYAA 21BIA 1W9XA 1ZBVA 4W8AA 4KGJA 3IM6A 3TTOA 3WELA 1O7AA 1V3HA 2VTFA 2XFRA 3MKKA 4J3UA 2NP0A 1DZCA 1UA7A 3IJ8A 1HJUA 2JALA 1OGSA 4LXFA 2YL9A 4MAZA 4TUFA 3CMJA 5A8OA 3K8LA 4OBRA 3WD1A 3ALFA 3MS8A 1LG2A 1E6XM 1NZKA 4FF5A 5A8NA 2A3BA 4KH2A 3MSGA 3RIKA 1KWKA 3SCVA 2W61A 3AJ5A 4ISRA 2J77A 3ZT7A 1NWTA 2OYKA 4HOXA 1HWOB 3O4DA 2D1ZA 3CPUA 1EOMA 3VO0A 1XV8A 3WDHA 2HWMA 6I1BA 5FOOA 3B9EA 5I79A 1RZOB 3V0AA 3BAXA 5I3DA 2NSXA 1AQMA 4GI8A 3VD7A 2Y9GA 2JF6A 1XSIA 3AJ6A 1CIUA 3JUTA 8I1BA 2FDBM 1JYXA 2ET2A 1UPSA 4LO2C 2JIEA 1KGXA 1VBRA 1PUMB 3OGGA 1LQ0A 3G6MA 4HA4A 1WB0A 1DQOA 4MNJA 3ARPA 3L4VA 2XM1A 4UFKA 2YDRA 5A8QA 3CA0A 4G6JA 1JAEA 2M49A 3FHQA 1TVPA 4M24A 3ZT5A 1V6VA 3OA5A 1VEMA 1S0FA 1UQYA 1XCXA 2VT0A 1JY0A 4CKQA 3ZC9A 1QI4A 2XSAA 3BMWA 2NVHA 5BXRA 4S3JA 3E1F1 1ECEA 3NSXA 5M5DA 1UKPA 3W6MA 1Q6DA 1JZ4A 3VIKA 4M29A 5A6MA 3W82A 2J8FA 4MJ4A 4F9DA 1C92A 4Q91A 3POHA 4Q22A 3DYPA 4M1RA 2ZOXA 1ISZA 2UY5A 3D7WB 1DP0A 2FGLA 4P7OA 3EDKA 4B3LA 2D2OA 1XSJA 3MMUA 3BAWA 2DEPA 2Y9FA 2WB5A 3UG3A 2V3DA 1PZ2A 1JIBA 2WBCA 4P8UA 5E0CA 1C93A 1KGUA 2VX5A 4BCEA 1V0KA 3UD9A 1OD0A 1E73M 3GXIA 1HL8A 4H9WA 4RE3A 5ABFB 1HJXA 3AQUA 3H6RB 4IY8A 4JZ5A 4PTWA 3JRRA 1W3KA 3W28A 1QQLA 3FFZA 2EPOA 4AD3A 3BB2A 2VZTA 1E0WA 2W67A 2AXMA 2W66A 5GAQA 1P6WA 4JKKA 1OQLB 2P39A 3CO4A 4LX4A 2GDVA 4GZIA 1MW3A 4TXEA 5A3HA 4PCSA 2EJ1A 3WEZA 1C91A 3NJ5A 1FP9A 1QI3A 4JCMA 2XPKA 3HU7A 1BGAA 2XWDA 1W3FA 4JKMA 2XVLA 2W91A 4PMUA 1ODUA 1E3XA 1VFOA 2A3EA 1DWAM 4KWUA 1J18A 1WKYA 2G3IA 1WD4A 2VZUA 31BIA 3ZXDA 2VZVA 3IM7A 1AMYA 2VZOA 5E6ZA 1UH3A 1HP5A 1KBKA 4UTFA 4Q9GA 1GOIA 1HCEA 3DHUA 1M01A 1K9TA 2J75A 4QALA 3SCOA 4BF7A 2DSWA 3NIYA 2BXYA 2ZXDA 1CECA 1WDSA 1EO5A 1F31A 2WW5A 1AF9A 1JNDA 1KXHA 3CZLA 2PWGA 1I75A 1AVAC 3KEHA 4D72A 2BS9A 1E6RA 2VRKA 3PTMA 3O4OA 4F9JA 2X2SA 1J12A 2GZBA 1R7AA 1OIMA 5JMCA 1X6NA 1TCMA 2W4XA 3VVGA 3TONA 1UWRA 3O5WB 4OOZA 2OLHA 4Z2JA 1G9CA 3VT2A 1B31A 1B90A 5CSYA 4I4UA 2OSXA 2K4AB 2O92A 3WKZA 1IILA 2BVYA 3F62B 1QXMA 2NW0A 4H7VA 3S2CA 2CESA 3AMLA 3N11A 1ITCA 1NUNA 3LPPA 1QNRA 2YDQA 2GVYA 4M56A 1V08A 2WPGA 1QHPA 3RJYA 5EBAA 5G00A 2F2HA 5EG6C 1DWFM 3WNPA 4HMCA 3CRGA 3QHNA 3L2MA 1IV8A 4Z2IA 4PMDA 2O9PA 4AD1A 3UD7A 2OSYA 3W81A 3CQAA 1UZ4A 1X1NA 1V0NA 2MIBA 1CLXA 3A3HA 4D6IA 4KRTA 4HU8A 2MLLB 3MV01 5AC4A 1GPFA 1II4A 5DT5A 5E24E 2G8ZA 1OD8A 1JTCA 1VCLA 2DT0A 3UEQA 4MDOA 5BOWA 8A3HA 5M3WA 5F8SA 2CBVA 2PF0A 1PC8B 2Y8VA 1EDTA 3WFZA 1E9LA 3L4YA 3AISA 3WMBA 3T0DA 1TFVA 2UWFA 5D9OA 5FNXA 3AZRA 4A3YA 1TWEA 1EH9A 3W9TA 1YHTA 2EO7A 3GM8A 2G41A 4LPCA 5AC5A 3P6IA 4UOQA 3K1XA 4GAIA 4W93A 1TMQA 5FL0A 3MUY1 4IZEA 5D9PA 1UD4A 4HPGA 3RJXA 5BXSA 3AIRA 3AS1A 4LYRA 2HZ9A 3UERA 4ZENA 1W32A 3W29A 4MB1A 3RO8A 4UQDA 2ZUUA 5I23A 1IZJA 7A3HA 3VD3A 1J0YA 5D9NA 2D22A 3WQ5A 1FOBA 5IHSA 2CBIA 1NM9A 4IHZA 4UOZA 6A3HA 4OIFA 2RSTA 2CEQA 2V38A 3AHZA 2QLYA 4XZWA 3IAPA 2WHMA 3WMVA 3FJIA 2CXGA 4I6IA 2KI4A 4ENDA 1L2HA 3VKKA 1FH9A 1EQPA 1OT1A 1ONKB 1GUVA 3RTIB 2VCBA 2DT2A 1BVNP 2D44A 1YTOA 4ACZA 4TTGA 1YYNA 1E6QM 4OKDA 4IQPA 4W87A 3WO3A 1PX8A 4HMDA 1E0XA 2WVSA 1US3A 4AD2A 3AMKA 4PUEA 4S3KA 3T09A 4MDPA 1EHAA 3PZMA 1V6WA 3WQVA 3VMOA 1BVZA 1HJSA 1KWGA 2ZX8A 4YOLA 4PCTA 4C7GA 1IHKA 4QC4A 1GVYA 1PEZA 3MUIA 8CGTA 1DHKA 3I3BA 3V79C 1E4MM 1V3IA 4ZGRB 1JT4A 1DLLA 1ZS2A 4UFMA 4I37A 4W8LA 1PX3A 1W1TA 1BFBA 4PMYA 2LIEA 4XX6A 1UH4A 3F5KA 4TOQA 3ZOAA 1V02E 1HCDA 3CZGA 1RD6A 1WZLA 1BF2A 2JEQA 3SCUA 4JCLA 1C8XA 1GVIA 4YHGA 5AY7A 1CGXA 1V6YA 4BQ4A 2Y9WC 2FHFA 2XJ7A 2DT1A 4KC3A 4ZFUB 2D20A 1XH2A 1D7FA 1WZAA 1Z2VA 3AHXA 4LYPA 2Z48A 2DS0A 3EDDA 4P7RA 1ITBA 3AJ7A 3OLIA 4XFTA 1T9FA 3VGFA 1XYFA 3VDCA 4GPNA 3BRFA 2KKIA 2J7BA 3II1A 1HWPB 1OM0A 3PZOA 4JHOA 3SIMA 5A6LA 1AVUA 2MC2A 2DDXA 5IXEA 1JD9A 4U2YA 3CA4A 4HMEA 1KR1A 1XGZA 2ESUA 3LPFA 4J2KA 3CUIA 3BA4A 4AZHA 5FZYA 4HOWA 3UJ0A 2E4MA 4HA2A 1GQIA 2QN4A 3WINC 2YBUA 1TA3B 4NZCA 3J7HA 5CG0A 4Z8SB 5KEZA 5A6BD 2WHKA 3RSJA 1HJWA 1SMAA 1H4PA 2GJRA 1KXQA 3AH4A 3PUBA 1CPUA 4UQCA 1VFMA 4AZGA 1UR4A 3NBEA 1H5VA 4C7DA 3N13A 1VEPA 5D62A 4P0KA 2VOTA 3ARQA 4ZFMA 4CU6A 2ZR1B 4CCCA 1EVTA 3OJVA 1ISWA 4U31A 5FZUA 2C7FA 1ITXA 1JDCA 1YXWA 2J7FA 1OBAA 1ESWA 2WMKA 3FHAA 2CERA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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