5BXSA

Lnbase in complex with lnb-nhaccas
Total Genus 234
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
234
sequence length
633
structure length
633
Chain Sequence
SSGLVPRGSHMGYSATAPVNLTRPATVPSMDGWTDGTGAWTLGEGTRVVSSDALAARAQSLASELTKFTDVDIKAATGSATGKDISLTLDASKKAELGDEGFKLNIGSKGLEVIGATDIGVFYGTRSVSQMLRQGQLTLPAGTVATKPKYKERGATLCACQINISTDWIDRFLSDMADLRLNYVLLEMKLKPEEDNTKKAATWSYYTRDDVKKFVKKANNYGIDVIPEINSPGHMNVWLENYPEYQLADNSGRKDPNKLDISNPEAVKFYKTLIDEYDGVFTTKYWHMGADEYMIGTSFDNYSKLKTFAEKQYGAGATPNDAFTGFINDIDKYVKAKGKQLRIWNDGIVNTKNVSLNKDIVIEYWYGAGRKPQELVQDGYTLMNATQALYWSRSAQVYKVNAARLYNNNWNVGTFDGGRQIDKNYDKLTGAKVSIWPDSSYFQTENEVEKEIFDGMRFISQMTWSDSRPWATWNDMKADIDKIGYPLDIREYDYTPVDAGIYDIPQLKSISKGPWELITTPDGYYQMKDTVSGKCLALFTGSKHLDVVTQVGARPELRNCADVSVGQDQRNTANERNTQKWQIRADKDGKYTISPALTQQRLAIATGNEQNIDLETHRPAAGTVAQFPADLVS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lacto-N-biosidase
publication title Gaining insight into the catalysis by GH20 lacto-N-biosidase using small molecule inhibitors and structural analysis
pubmed doi rcsb
source organism Bifidobacterium bifidum jcm 1254
total genus 234
structure length 633
sequence length 633
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.140: Lacto-N-biosidase.
pdb deposition date 2015-06-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00728 Glyco_hydro_20 Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A PF02838 Glyco_hydro_20b Glycosyl hydrolase family 20, domain 2
A PF14200 RicinB_lectin_2 Ricin-type beta-trefoil lectin domain-like
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.80.10.50 Mainly Beta Trefoil Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) 5bxsA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5bxsA02
3.30.379.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Chitobiase; domain 2 Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like 5bxsA01
2EPLX 1RP9A 2VVSA 4BQ4A 3FY1A 2KKIA 3ZX7A 3SUTA 3WD3A 4PUDA 4C90A 3POHA 1AXMA 4USOA 1US3A 3CA0A 1NWSA 3CQAA 1W3GA 2D44A 1B3WA 2ZE0A 5I6SA 5CG0A 1S0DA 4IHZA 3UESA 3MKKA 3AIRA 4PTWA 3WQ5A 4QCEA 5GAQA 4GXPA 4AZHA 2BNJA 1NH6A 2WC4A 1JTCA 1V02A 3A4XA 3VO0A 4C7DA 2XFFA 4LQ1A 3WFLA 1OB0A 4XFTA 1GNXA 5ABHA 2WHJA 1DQOA 1HJQA 5A3HA 5FL1A 3WELA 1GQIA 2WZIA 2X2SA 3AZTA 2ZX8A 3NDYA 1FMZA 1KXVA 4II0A 1NP0A 4WK9A 1D7FA 4GZEA 3NUKA 3D3AA 1QW8A 2GJXB 3PZTA 3AXXA 1E1EA 4HTYA 2D3NA 2WMIA 3O4CA 2XIIA 4K68A 1GW1A 1J9YA 3EDKA 1V3LA 2J78A 3WY1A 3WL0A 1XH1A 2DQXA 1E15A 4MNMA 1IZKA 2BXYA 1WE5A 5HBFA 1QHPA 1M16A 4M82A 1UPSA 4S3KA 1CGXA 4FMVA 5AYIA 2MIBA 3L2MA 1OSEA 5I77A 3OB8A 1UWTA 3EMCA 3P6JA 3L4XA 5BRPA 2WHLA 3VUOA 1AQMA 4WF7A 5FZYA 3AJ6A 4JL1A 3QOKA 1OIFA 2W4XA 2WBGA 4EKJA 3KWXA 3F5LA 2OLHA 2WCSA 3SEPA 2GVYA 5CQ1A 3WN6A 1XG6A 3ZJ6A 1OBAA 4JCLA 1XHGA 4H2CA 5A1AA 4DUVA 1XYFA 3FJCA 1EHAA 3N9KA 1E0VA 1CGWA 3CRHA 3OJ2A 1BYCA 4AY1A 2DSVA 4P8UA 1QI0A 3VVGA 1V02E 3ZSTA 1E6NA 1DWJM 4L4HA 5EBAA 3ARRA 3ARYA 1QHZA 4W85A 4OUEA 4G9MA 1NP2A 4H8VA 4PMVA 4PMXA 3T0AA 1XD0A 2QLYA 3PZ9A 2WVUA 1GZJA 4TTGA 1UH2A 4JAWA 1JF5A 3GXIA 2VR4A 2DT0A 3EDDA 5A6MA 3BRDA 1A3HA 1W9BM 4F9JA 3NBEA 3CZJA 2NW0A 3AKFA 3AH2A 1C8XA 1EQCA 2V5CA 4MJ2A 4BCEA 3DECA 3VILA 3VGHA 1S0GA 3CUHA 5FIPA 1XSKA 5ABGA 1B0IA 2WCAA 4UFHA 4IPLA 4AEFA 5D9MA 3WNMA 4QKSA 2CHOA 5BXRA 4ZXLA 2VZOA 3RTJB 3N12A 4B9ZA 2JALA 2IHOA 1UG6A 4UQ9A 4XUYA 4UOJA 1US2A 4AWEA 3OBTA 3N7JA 2ZXAA 3VU2A 4GO8A 1JT7A 4UOZA 1VB9A 2W91A 1E56A 5A6AA 5IDIA 4W7VA 1UKQA 2OWWA 1Z0HA 1CXLA 2HWMA 2GJPA 3H6RB 1U30A 2WMJA 3KEHA 4V28A 4HPHA 3SCPA 4UCFA 3P6IA 1J0IA 4X9YA 2QYIB 1EDTA 5A94A 4QLJA 3WUEA 2Y9FA 5I79A 5A8OA 2Z1KA 2G41A 3WF1A 1IRAX 1OQLB 1V3KA 1PC8B 1II4A 2WLYA 5FZUA 2X2YA 4A3HA 2E9LA 1GVIA 4PMRA 3W28A 3E8LC 2BY3A 4EFRA 2GDUA 1HKIA 4GI8A 3WUBA 1JLYA 2PWHA 3WEOA 2J25A 1NQ6A 4OWLA 3K8MA 4I4OA 1J11A 3RO8A 3OJVA 3O6AA 3GBDA 3IAPA 3L4UA 5BVPI 1Q6DA 2G8ZA 4I4RA 2WMFA 4R6UB 3ALFA 3QR3A 1VAHA 1EDQA 2YIHA 1B3XA 4X39A 3OGFA 4QD2B 2WW5A 1HCDA 1HWNB 1BYAA 2GSJA 3V0AA 1V0NA 1J18A 1QQKA 3S8KA 2EXOA 3QHNA 3T08A 2XGBA 2FGFA 3NJ3A 3K1DA 3CRGA 4AW7A 1OT2A 5A2AA 1HL8A 3RMXA 2RSTA 1G0CA 3WMCA 3OGGA 1DQGA 3ARUA 3VD7A 2DREA 1E0WA 4F83A 1XRVA 1BA7A 1UD8A 2K43A 1PPIA 2ZQNA 1EA9C 1UA3A 3MV11 3FJKA 1OGSA 1QI4A 3W29A 3OBAA 1AQHA 4PTMA 2WWCA 5JUVA 1TWMA 5CGTA 4QAWA 3L2LA 2VNCA 2ZUUA 4XFUA 1E6XM 4GOYA 3VGGA 1S0FA 2YL6A 3QYDA 3RMYA 1HL9A 5DT5A 2XHYA 4TX8A 2P39A 2X8RA 3RMEA 1W3AA 1C93A 3GNPA 4ZA3B 2DT2A 2OYLA 3CZEA 1UD4A 1JYWA 4IY8A 1W2VA 3AYSA 4MJ4A 4LO8B 4X38A 2WBKA 1F4AA 4ZLBB 4W7WA 1UUQA 4J3TA 4W84A 1IJTA 3WDPP 3BAHA 3VX1A 4AD4A 4W8BA 4QP0A 1PZZA 4CJMA 4HPGA 1KXQA 1S0EA 3G6MA 4AISA 1JI1A 4U3CA 1CXKA 1EGZA 1W9VA 5BXTA 4EK7A 3WH8A 1BHGA 1J0YA 3N18A 4GP3A 2GDVA 1C91A 2D43A 3N0KA 4NF7A 4PMZA 3MUIA 4TXEA 4QLKA 4D6EA 1PX4A 1F31A 2NT1A 2JFEX 4LO1A 3FJFA 1OT1A 2ZICA 2VX6A 4P8XA 5KEZA 5HNNA 2XPKA 3W82A 3SCVA 1YYNA 1E40A 1L0PA 3VGDA 1QI3A 1X6LA 2BY0A 1V3MA 3A21A 1MQPA 2BXZA 2E8ZA 2VCCA 1EOMA 1OGBA 1W9DM 3NBNA 4AZCA 3N17A 1VEOA 1W91A 1QPKA 4LO1C 2F61A 3A6OA 2RGMA 3BC9A 2WRYA 2GO2A 5TD4A 3VDHA 3K46A 2WNWA 1OD8A 1S46A 4Z2KA 2CBVA 3V79C 4YHGA 2DDXA 3GH4A 1K9EA 4MNJA 1J0SA 1HJVA 1XHBA 2QF8A 3GZAA 2Y24A 3R4SA 3AFBA 3U57A 4NZCA 3JUTA 2Q3NB 5E9AA 4ISRA 4WLCA 2CITA 4U2YA 2VQTA 2J7GA 1TFMB 1D2KA 3PTKA 3QOMA 3VMNA 2JEQA 2W5FA 3AH1A 4L4IA 2VLCA 2E8YA 1ZS2A 3PG0A 5LA1A 1MC9A 1J0KA 3AI0A 2W61A 3A23A 4HZ8A 4ATDA 4D72A 1CIUA 4P6AA 4LO0A 4A7YA 1G5AA 1LQ0A 4CKQA 4M80A 1JZ5A 4H8UA 1V08A 3AS1A 3BTAA 2D20A 1HKKA 3AMDA 3UR8A 5E24E 2PBOA 4U31A 1KBKA 1QW9A 4Y7EA 1TZ7A 2GFTA 2BEAA 4LO0C 4CU7A 1TTUA 3BAGA 1V0MA 3RM9A 4D6CA 4IONA 2W66A 1JD9A 3DYPA 5HOSA 2CCRA 1C7SA 4DENA 1TVPA 2UY5A 3K4AA 2UY3A 1WBAA 2A3CA 3ZXDA 2BY2A 4Q9PA 3AHXA 2A3HA 1LF1A 1Y7VA 2VXRA 4I0YA 4TVDA 3W25A 1R8LA 3GYCA 3QHMA 4PMDA 3QGVA 4PMUA 1AMYA 2VSAA 4F8XA 5EFDA 3RJYA 3KL5A 3B9EA 5CPQA 1T4QA 3LMYA 3VTRA 3DYOA 1FA2A 4I4PA 1CE7B 1K9FA 1H4PA 3L4VA 3WQ6A 3FJ8A 2CKRA 1EVTA 3MMUA 3VOCA 2C8NA 2D24A 1JZ4A 3FHAA 4J3WA 4KGLA 2AMGA 4BQ3A 3BX1C 3ZT7A 4D1IA 2XJ7A 1DZCA 6TAAA 2FO1A 4F79A 4AC1X 4R5EA 4Z8SB 2DT1A 1E70M 4HA1A 3CUIA 4GAFA 5A6BD 1HVXA 1KFWA 1H11A 1GHRA 1ISWA 3AMGA 1XCWA 4PSRA 3O44A 4MTVA 1MW1A 2ERMA 2D0GA 5D8WA 4HA2A 2Y4SA 3NSXA 4GQQA 3IJ9A 4M81A 1BGAA 3RJXA 3NSNA 1ZL1A 4F66A 1XGZA 1H49A 3AIUA 1GCYA 2KLLA 1IILA 2XUCA 1LWJA 4FF5A 2YLLA 2ZUTA 1HWOB 4JHOA 3AZSA 2VSEA 1CDGA 1O7AA 4I4VA 3CRIA 4AEEA 2WMHA 5A2BA 5HPOA 3CUGA 3CUFA 1UKTA 3WMBA 1ECEA 1GHSA 1KR0A 1BGGA 3VINA 4FGFA 4JPZA 2F2HA 4ZFWB 4FK9A 1TIEA 1WB0A 5CSUA 1FHLA 1PUMB 3FJIA 2R9KB 1BG9A 2WPGA 1BSIA 4OEFA 1UZ1A 1TCMA 1OCQA 2E4TA 1R85A 1K9TA 1MWOA 1UR9A 3VDAA 4GAIA 3ECQA 3WA1A 3MALA 4B3KA 4KEJA 4B3LA 3ILAA 1JQZA 1ZBKA 3ARTA 2YDSA 3F4VA 1MW0A 3AXHA 1Z4SA 5CPSA 1C8QA 1KXTA 4PTVA 2BVTA 3V0BB 4J23B 4A7ZA 1W9PA 5BROA 4AZ7A 5ABFB 1M03A 2CKSA 4ZKTB 5D9NA 1NUNA 4J3XA 1HVQA 3N7MA 3CGTA 1WBCA 2Y9GA 2WKGA 4DWSA 4D8HA 3WH9A 4LYPA 4J27A 2Y5EA 4DM1A 5LYRA 4I4SA 4W5ZA 1HCEA 2OSWA 3R4UA 1EV2A 3O9NA 4QO3A 3AICA 4GKLA 1J0HA 2QHAA 1FFQA 3MSDA 2PI6A 5CJ5A 4BQ2A 1WZAA 4WKAA 4DWSC 2V3GA 3I3BA 3ARZA 1D0HA 1XSIA 2WHKA 3L4ZA 4IISA 3WH5A 1FH9A 1PBGA 1NARA 5ABEA 2FFUA 3FHQA 2X1IA 2X0HA 1IT0A 1VEPA 1E9LA 1BFGA 2RG9B 3FJHA 2CBUA 1CECA 4AD5A 1E6ZA 3DHUA 4QALA 4HU0A 3WDJA 4JHZA 2J74A 2VQUA 1Q6EA 4D1JA 1XCXA 3JUGA 1E3ZA 1BTCA 2XTKA 3AQUA 2B31A 3IAQA 1PX3A 4KMQA 1HJWA 5BRQA 3MSGA 3B8SA 3ZC9A 1E71M 1G01A 5JLVA 1UD5A 2J62A 5A6LA 4UQBA 4PRWA 3ZT6A 3CA5A 1W9XA 3W6MA 2FH6A 4JKMA 1EO5A 1BYDA 4EFQA 2HW9A 1XSJA 7A3HA 1AQ0A 5A95A 1VJZA 3UR7A 1VFUA 3TTYA 1H09A 3MUY1 5E0CA 2FHFA 7CGTA 4UZUA 4XKIA 3PZGA 3BCFA 1DLLA 2C7FA 2WK2A 1K5VA 1RH9A 1W1PA 1H2JA 1XH0A 2M49A 1CXEA 2K4AB 1V6VA 2HWAA 1BYBA 1VFOA 1PZ3A 3O2LA 4ML4A 4P8VA 2XSBA 3O3QA 2W67A 3ZMRA 1G9BA 3WD2A 4Z2LA 4QDMA 3EBVA 2LIQA 4V2XA 1X6NA 4MB5A 1W3LA 1FN0A 4I37A 2XVGA 3CIVA 3POKA 4D0TA 1CZ1A 3I29B 1GQLA 2DGAA 1JY0A 4JL2A 4ZGRB 5I78A 4EAMA 8A3HA 2YL9A 2WVSA 3S6TA 5DT7A 2LIEA 3O4AA 4HMEA 2VX5A 1BARA 2CBIA 4F34A 2J7DA 2W62A 2NM1A 4WBCA 3OGRA 4KC3A 1BAGA 3AS0A 4D6IA 2TAAA 3BAOA 4PCSA 4G6MA 3SCQA 2YDQA 3T8SA 3SIMA 1Q4NX 1OM0A 1UR2A 4WKFA 3BH4A 3K8KA 2JIEA 1G9DA 4TLPA 4P0LA 2J7FA 5FCZA 3VD9A 4AYSA 2WYSA 3I3EA 3OBRA 3CMJA 4AZIA 2ZUSA 2VOTA 3SCNA 5EG6C 3O49A 4JKKA 3W9TA 1IZJA 4QKRA 3VNZA 2HISA 3U7BA 2DEPA 4UFLA 3SNVA 5D9OA 4PBGA 1BASA 1TOOA 1G9HA 1QNRA 2DSUA 1V6XA 3Q7WA 3RPMA 1VRXA 4I4XA 1K9DA 2F8QA 2Y8KA 1ILR1 2I1BA 2ZQOA 2D0FA 2BFGA 3F5JA 3MUAA 3PHAA 2V3EA 1VENA 1HKNA 3NDZA 5FNWA 2VMFA 5HPZA 1W9UA 2G3JA 8I1BA 3WUFA 2Z49A 2A3AA 4JIEA 3PZMA 4NSBA 4LO7B 5FNXA 1FH7A 1XH2A 4AZ5A 1KXHA 3UJ0A 1JXJA 2VO5A 1S0BA 2J8FA 1VFMA 4P0KA 3EYPA 5IFPA 2EO7A 1E3XA 4PCTA 4X0NA 4CD4A 2WMGA 5D8ZA 3UG4A 1XV8A 4HOZA 4OEEA 3H6SE 1JT5A 4FVVA 1B3VA 2WKLA 2GJXA 2ZUWA 1C3FA 4BA0A 4ZE5A 3RCNA 2XIBA 2CBJA 3MMDA 2XVNA 4IM4A 4A3YA 3AJ5A 1GPFA 3SCRA 3ARWA 1XZZA 3MU7A 4HA3A 3MUZ1 2J79A 4Z2GA 1FMMS 3WD1A 5EMYA 3WNPA 1E6RA 1S0LA 4AZ6A 2PBGA 4OW4A 4ZOTA 3MMWA 5M03A 5BWFA 3BLPX 3BSHA 1DFCA 3SCSA 5GPRA 3VD3A 2GUYA 5D61A 2BHZA 1VJSA 3VUPA 1JZ2A 2D23A 3WNOA 3O4BA 2E3ZA 1C90A 3DYMA 4D71A 2OYKA 2ZXBA 1V0KA 3PTQA 1EXPA 1UH3A 2PWFA 5LA2A 4LYRA 2DPEA 1W3JA 2WZEA 2ESUA 1TP0A 2NTDA 1B3YA 1E55A 5BOWA 4J7RA 1JDAA 1GOQA 2AXMA 2IXUA 4Q22A 4JRAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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