5CE3A

The yersinia yopo - actin complex with mgadp
Total Genus 122
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
122
sequence length
370
structure length
358
Chain Sequence
VAALVVDNGSGMCKAGFAGDDAPRAVFPSIVGRPRSYVGDEAQSKRGILTLKYPIEHGIITNWDDMEKIWHHTFYNELRVAPEEHPVLLTEAPLNPKANREKMTQIMFETFNSPAMHVAIQAVLSLYASGRTTGIVLDSGDGVSHTVPIYEGYALPHAILRLDLAGRDLTDYLMKILTERGYSFTTTAEREIVRDIKEKLCYVALDFEQEMATAAASTSLEKSYELPDGQVIAIGNERFRCPEALFQPSFLGMESCGIHETVYNSIMKCDVDIRKDLYANTVMSGGTTMYPGIADRMQKEITALAPSTIKTKIIAPPERKYSVWIGGSILASLSTFQQMWISKEEYDESGPGIVHRKC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Contractile protein/transferase
molecule keywords Actin
publication title The Yersinia YopO - actin complex with MgADP
rcsb
source organism Yersinia enterocolitica
total genus 122
structure length 358
sequence length 370
chains with identical sequence C
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ce3A01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 5ce3A02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 5ce3A03
3MN9A 5BN9A 3WXIA 4BGBA 3FZKA 3WXJA 4CBUA 4CJ7A 4PKIA 3FZLA 3H3OB 4ISGA 1J6ZA 3AARA 1YVNA 4QS7A 3O1BA 3SMSA 1HX1A 3HSCA 5FPNA 2V51B 5ELZA 2V52B 5E84A 4BRKA 3WXLA 4B1UB 4CBWA 4H5VA 2GTDA 4IWVA 4BG8A 3O08A 5LY3A 3FGUA 4WQ4C 1LCUA 4DCHA 1HKGA 1BOTO 3A8YA 4BROA 3W0LA 2P9UB 4M7YA 3ID8A 3DXMA 5AQIA 4BRDA 3AAQA 3HM8A 5AZJB 4BC5A 3BF3A 1DKGD 2NRHA 4MO4A 4IXCA 2V7YA 2H3GX 4ISFA 2CH6A 4CI6A 4BRGA 2I7PA 4H5WA 3GE1A 4PL8A 2FSJA 5I9EB 2Q0RA 4H0OA 2QXLA 5FPEA 2P9UA 1G99A 4PKGA 4WQ5C 2QWOA 2Q0UA 5AZJA 4H0PA 3KZBA 4XH4A 1C0GA 3DXKB 1R59O 3WEEB 1HUXA 3WQTA 4BRNA 3M6GA 1NGBA 4BRAA 4FL9A 3GBTA 3P4IA 1BDGA 1RDWX 3DWLA 4I6MB 1TYQB 2E2QA 2P9PB 3BUZB 3LDLA 1MA9B 4BR7A 3VETA 3O4WA 2ZGYA 1BG3A 4CD3A 2YCHA 2V7ZA 3C7NA 4O8KA 2QWPA 3GL1A 3HI0A 1QQMA 4BR0A 2W40A 2ZGZA 4H5TA 1HLUA 3LDNA 3DXKA 3WEEA 1XQSC 2VCPA 4BC4A 3S41A 4EIAA 2DPNA 4M63C 1NGHA 2A40A 4H5NA 4BGAA 3LDQA 3MMVA 4I6MA 1YAGA 1TUYA 3O8MA 3JXUA 1KAXA 2FSKA 2F9WA 3MN7A 1JCFA 1ZXOA 5KPRA 3CJ9A 3IMXA 4MLHA 3BF1A 4CBXA 2QWRA 4WQ4A 5KQ8A 1KAZA 3LL3A 2A6AA 5AQKA 5FPMA 4JHDB 5BN8A 4DHYA 3CJ1A 5JICA 3CJ7A 3ZETA 4F9OA 4BRLA 5JMVA 4FWQA 5AQJA 5KPZA 5TKYA 3HBTA 3D2FA 1U6ZA 3M3ZA 4FWLA 4H0TB 3I33A 4B9QA 3SMPA 4BR9A 2YI1A 1ATNA 4FSVA 4A62A 3H46O 2E2OA 3OHRA 4WQ5A 3DJCA 4EAHD 4AM7A 1SZ2A 4EHUA 5BR9A 5AR0A 2HF4A 1OKJA 3W3DA 1ATRA 3KHYA 2QWNA 3MDQA 4ISEA 4NO7A 4NB4A 2WUSA 5E26A 1GLBG 2IVOA 1Q18A 2P9KB 4FPAA 4BC2A 5BRHA 5AQWA 2NLXA 1NGGA 2Q1NA 2HOEA 2GWKA 2A5XA 2AP1A 3IUCA 3ATVA 2NZTA 2E8AA 2PBDA 5F0XA 1NGCA 2Q36A 3EN9A 3DXMB 1WOQA 5AQQA 3FFKB 1GLCG 1K8KA 3FR0A 5AQPA 4RTFD 3EL2A 2BUPA 4CZJA 5BREA 5LJVA 3A5OC 3VEWA 2GUPA 5KPTA 2YHWA 2IIRA 2CGKA 3A5LC 1E4GT 5BRDA 4GY2B 3I8BA 1T6DA 1S3XA 2P9KA 3MK6A 1MWKA 3VGLA 5AQHA 1KAYA 3UKUB 3VF6A 4H03B 3M1FA 3ZX2A 3U9ZA 2FXUA 4FWNA 4PKHA 5AQZA 3R8EA 2A3ZA 2CGLA 3IFRA 2A42A 3QFUA 4GNIA 3ZEUA 1X9JA 1YXQA 5AQYA 2I7NA 4FWMA 5BPNA 4CZKA 2HMPA 3QBWA 3B8AX 1GLDG 4A2BA 2YHXA 3O80A 1DEJA 4BRHA 2GELA 2HF3A 4CZHA 1KXPA 3UKUA 1D4XA 1CZAN 5AFUH 1IJJA 3C7NB 3CETA 4FO0A 2P9NB 4FWSA 2D0PA 1IG8A 1X3NA 3O5BA 3AY9A 5AQOA 5F1XA 1QQNA 1U2VA 2W41A 4PL7A 5AQMA 3QB0A 4XEIA 2IVPA 1NGEA 3VGKA 1BA0A 1WUAA 4CZIA 3VEXA 3A5NC 1T6CA 4FWKA 4BRCA 3VEYA 1DGKN 1NWKA 4BR5A 3EZWA 1S22A 3HZ6A 3H3NO 2P9NA 1ZBSA 4DQ8A 4QS8A 1H1VA 1GLJO 2QWMA 3BP8A 2ASPA 3CERA 3ZETB 4A61A 4KBOA 1ATSA 1V4SA 3CQXA 1Z6RA 3D2FB 5LJWA 2YJEA 3U9DA 2FF6A 3QMLA 2CGJA 5AQRA 4FWRA 2P9SB 4K25A 5AZIA 3JS6A 2OANA 3H45C 2E1YA 4M7XA 1LOTB 3MN6A 3ZX3A 2D0OA 3VOVA 3ULEB 3CJAA 3O6WA 3QDKA 1NMDA 5F2RA 2QWQA 3J8AA 2BTFA 1YUWA 3A5MC 3HTVA 1NGJA 5KQDA 1BWFO 4BC3A 4B1XB 2KHOA 4XH5A 3LM2A 3QBXA 1XC3A 3TPQA 5AQVA 1C0FA 3VERA 3FZMA 2UYTA 1BUPA 4JN4A 1T44A 4CZFA 2P9SA 2Q31A 2EWSA 4CZEA 1NLVA 3AAPA 3L0QA 4LC9B 4FPBA 3FZHA 1QZ6A 3BEXA 4O5FA 3H6EA 2Q2RA 1K8KB 1MWMA 3ULEA 1SAZA 4BQLA 4BR4A 3CQYA 4J8FA 4CD1A 4MLEA 2ASMA 4BQZA 5EOYA 2P9IB 4RWTA 2ZWHA 4Z94A 3KVGA 5AQNA 1V4TA 3VEOA 4H0YB 1Y64A 1RGIA 1RFQA 1GLAG 3L4IA 4BRPA 3CI5A 5EVZA 5ADXH 3ZEUB 4C23A 5JLHA 4IJNA 4RCHA 4EFHA 3H1VX 2P9IA 5JLFA 2VYPA 5AQGA 4A2AA 3A0IX 3D2EB 4HWIA 3R9PA 2FLOA 2GEMA 2AA4A 4CZMA 3GDQA 3U4LA 3WT0A 3WUHA 2A41A 3SJHA 5AQUA 5AQLA 2E1ZA 4FWOA 5CE3A 1JCGA 4FOEA 1U2VB 2YJFA 1E4FT 2E88A 3ENOA 3H1QA 4IO8A 4JNEA 1P8ZA 3O1WA 1HKBA 3VEZA 5AFUA 1QHAA 2VWBA 5AQFA 3SK3A 4BG9A 3D2EA 2CH5A 4QS9A 4K41A 3EKUA 1NGFA 4MO5A 2YHYA 1GLFO 3QFPA 3WQUA 4IJAA 4IZ9A 3LDPA 4B1WB 5EXWA 3CJCA 2QWLA 2J4RA 4YDUC 3UB5A 3VEVA 1NGAA 5EX5A 3GOIA 4BRMA 2E2NA 4FWPA 4DB3A 1MDUB 2ZF5O 4BR2A 5BPLA 1NBWA 3GG4A 2D1KA 5AZIB 1EQYA 4H5RA 4XH1A 1BO5O 4HTLA 1NGDA 2ASOA 1HKCA 3R6MA 3MN5A 3CJBA 3LM9A 3FE1A 1NGIA 4JD2B 3C0BA 1ESVA 1SQKA 3VGMA 3ENHA 4H0VB 3UE5A 3QICA 5AQSA 2D4WA 2FF3B 4B1ZA 2FSNA 4H0XB 3F9MA 3ATUA 1JCEA 4CZLA 3LDOA 3CIPA 3VPZA 4EHTA 2ITMA 3VF2A 3D7EO 1HJOA 4WYBA 5AQTA 2QM1A 3G25A 3L6QA 3WXKA 4Y0WA 2QW9A 4JD2A 4BRFA 3EKSA 3SLCA 3FZFA 4BVOA 2P9LB 3ZX0A 3UKRB 1TYQA 2P9PA 3RSEB 1GLEG 4E1JA 5BRFA 4K42A 2E2PA 2GWJA 4L3QA 1NM1A 4BREA 3VF4A 4K43A 3U8XA 2Q97A 1XUPO 3CHWA 1BU6O 5FPDA 4AM6A 2E20A 4CZGA 3DAWA 1TUUA 4BRQA 1QZ5A 2P9LA 4BVPA 4YDUA 1ZC6A 3FLCO 3UKRA 2F9TA 3RSEA 5B8HA 4B1VA 4BRIA 3VESA 5BPMA 5ADXA 2IVNA 1BA1A 4FOIA 3IDHA 5EY4A 1GLLO 3EO3A 3TU5A 3MCPA 1HPMA 1Z05A 4JHDA 1QQOA 5AQXA 4B1YB 1X3MA 4JAXA 2PAVA 3VENA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1QVFM 3WXIA 2QEXN 3FZKA 4DR5K 3E9OA 4CBUA 3H3OB 4CJEA 5J2MA 2HHSA 3AA2A 5C0YA 4QS7A 4F3TA 3O1BA 3HSCA 4B08A 2V51B 2V52B 1RBSA 5E84A 3WXLA 4B1UB 2W00A 3KLIA 1EXQA 2UUCK 3RR8A 3SV3A 5HRNA 5GIOA 1QQCA 4FJJA 1J5OA 2G8KA 4BROA 2P9UB 3DXMA 5AQIA 4BRDA 1SV5A 2DFFA 1BGXT 3AA3A 1VQ8N 1ZYQA 4ISFA 2O8CB 3QO9A 1SL2A 1DTQA 5I9EB 4IG0A 5EU7A 3K59A 1N34K 4LD0A 4YHHK 2D0AA 3AO4A 4L8RB 3TSUA 2F8TA 4I7FA 3ULDA 4X66K 3HVRA 4A57A 5AZJA 3AVLA 4CEOA 4XH4A 1C0GA 3DXKB 1R59O 3OYBA 4KHPK 2FBVA 3AVFA 2FBTA 1CXQA 1RDWX 4I6MB 3PIPL 3KKSA 2E2QA 3BUZB 1VSEA 3LDLA 4KPYA 1IKVA 4CD3A 2G8WA 4O8KA 2XO7A 3L2RA 2QWPA 3HI0A 1QQMA 3O9QA 3LZJA 1LWCA 4LF5K 4RG8A 3DOKA 1SS6A 3TSPA 4J2BA 1NGHA 4B3SK 3MMVA 4CJWA 3DMJA 3TSQA 3V4IA 3V6DA 2DFEA 2FSKA 1VRTA 1VQ6N 3VQDA 4F2RA 3CJ9A 4IOCL 3KLHA 3R3LA 5M1KA 3BF1A 5KQ8A 4WQ4A 1IG9A 2A6AA 4DU1A 4F9OA 4KHNA 2VGMA 4FJ5A 5JMVA 4FWQA 1VQPN 3EZ5A 2WC9A 4FK2A 4H0TB 5HLFA 2PYLA 4JKCA 4E7KA 3G0ZA 3K9KA 3SMPA 5J1EA 1YT3A 2HVIA 4B9SA 1RDAA 4X65K 3CCUN 4DV1K 2O8DA 4A62A 3OYCA 5KGXA 4AHTA 4CJSA 3DJCA 4AM7A 4BWJA 1SZ2A 4EHUA 5BR9A 5AR0A 2HF4A 3E66A 3MEEA 3W3DA 4YOVA 3HPHA 4C1NK 4ISEA 4NO7A 4NB4A 1NJYA 4C8KA 1GLBG 3TI0A 4BC2A 2NLXA 2Q1NA 1QS4A 2GWKA 4DTUA 2NZTA 2PBDA 1HJRA 4NYNA 4FJMA 1WBBA 1O1WA 3FFKB 4G1QA 2HBLA 3NCIA 4RTFD 1Z25A 5FDLA 5BREA 2GUPA 2E4LA 1D9DA 3T3FA 4OKKA 3AVGA 3CCJN 4OLAA 1GOCA 3O9TA 4GW6A 2P9KA 3PV8A 5AQHA 3UKUB 3NH2A 4GKKK 2FXUA 4FWNA 4PKHA 5AQZA 3J7ZO 1XMOK 2A3ZA 2O8BB 1LWEA 3PO5A 4H4OA 1D5AA 1X9JA 2YNGA 3O4QA 5AQYA 1BCOA 4FWMA 1I94K 3HYFA 2HMPA 4JKAA 4KHWA 1GOAA 1GLDG 2YHXA 3ID6A 1DLOA 3IAYA 2ZQBA 2D0CA 5KI6A 1RBTA 4DUZK 3CETA 1D9FA 2QI2A 3G4SN 1IG8A 3SZ2A 1N8RO 1U2VA 2W41A 1NGEA 1K73O 3CD6N 3VEXA 3A5NC 1UOCA 4M3YA 5HBMA 1NK6A 3VEYA 4FLUA 4BR5A 1A5WA 1RT1A 3H3NO 3OYKA 1ZBSA 4X64K 4QS8A 3OYJA 3ZETB 3U3GA 4A61A 4PWDA 1RCHA 4BWMA 3D2FB 1Q82O 4FJKA 3SPYA 3CCLN 5AQRA 2OCEA 4FWRA 4I9QA 3AA4A 4FJXA 4F3OA 3NH0A 4CK3A 1ZBUA 4J2DA 3RVCA 3V81A 3QDKA 1ZBIA 5F2RA 4R79A 3MEGA 1NGJA 1BWFO 3LPUA 1IKYA 4XH5A 3WNEA 3M8SA 3CCEN 4CF1A 1T44A 4RW8A 4FVMA 3MWTA 5C24A 2P9SA 4NXNK 2EWSA 2YKMA 3DI6A 3OYFA 3BZCA 3OYGA 5M1QA 3FZHA 1QZ6A 3BEXA 3DLGA 4O5FA 3H6EA 3OYAA 3ULEA 3Q7CA 1M90O 3HXMA 1QSLA 5LMUK 2GV9A 3CQYA 4J8FA 4CD1A 4E3SA 4DF8A 3PX6A 2HBKA 2RN2A 1VQ5N 2ZWHA 4GVEA 3KVGA 3VQ8A 4LF6K 4CEQA 3MWPA 1C1BA 1GLAG 1YTUA 5HROA 3CI5A 2Z1HA 2KLAA 3DM2A 4DR4K 5J2PA 2QKBA 3I55N 4AQYK 2P9IA 1L3TA 4NLCA 5JLFA 2VYPA 4A2AA 4LF9K 3CYGA 3VQPA 2GEMA 4A59A 4B9UA 1KC8O 4YY3K 3AVJA 1KLNA 3V9UA 4NXMK 3MX5A 1JCGA 2BANA 4FOEA 5J2NA 4CK1A 3U3YA 2E6MA 4IO8A 1BISA 4JNEA 4U67L 1Q86O 1TKTA 3KD1E 1QHAA 1YTAA 4QS9A 3VTIA 5C2FA 3MXIA 3L2QA 2YHYA 4YOTA 4CJ4A 4IZ9A 5EXWA 2VGNA 1YI2N 3UB5A 3DLRA 1X9MA 3P31A 4M3WA 1Z26A 4CJPA 4FLYA 4OPKA 2OTJN 4X62K 4B9MA 3NAEA 1NBWA 3GG4A 2D1KA 3V9WA 3F5TA 4IDKA 1EQYA 4H5RA 4XH1A 2P5OA 4K8ZA 5H1SQ 3LDSA 4HTLA 4MFBA 1R0AA 4C8OA 3CJBA 4DU4A 4YOWA 2G8IA 3CM5A 1ESVA 4WFAL 1F21A 3QICA 2D4WA 4JI2K 3OY9A 2DTUA 3ATUA 1JCEA 4OPHA 4JI7K 1T7PA 4DSIA 1RT6A 3VF2A 1LW0A 3ASMA 4B3TK 2QM1A 4HCBA 1NJWA 4O55A 3WXKA 4Y0WA 1OH5A 4DTOA 3FZFA 4BVOA 2HNZA 2NRWA 1RDCA 2NRVA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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