5CGQ | Genus

Total Genus 101

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	101
sequence length	268
structure length	268
Chain Sequence	MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSRSGVTGAENRGALPLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASRA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords	Tryptophan synthase alpha chain
publication title	Crystal structure of Tryptophan Synthase from Salmonella typhimurium in complex with F9 ligand and the product L-Tryptophan in the beta-site. rcsb
source organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium
total genus	101
structure length	268
sequence length	268
ec nomenclature	ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date	2015-07-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00290	Trp_syntA	Tryptophan synthase alpha chain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5cgqA00

1TTIA 3DHFA 1FWWA 2FDSA 3O07A 5BMWA 2ZFAA 4O0ZA 1AW5A 2CLLA 3R5EA 4EF9A 5DXYA 3NQMA 2ISWA 1OX4B 4RZ4A 1IXNA 1IF2A 1L6YA 4JTHA 5LNSA 2GPTA 3GNDA 2ZA3A 1KM3A 1KBIA 4HHPA 3WJZA 4ZMGA 3EB2A 2H3BA 2Y7DA 1AL7A 3O06A 4X9SA 5CPNA 4FEZA 5CKSA 2GQ9A 3P67A 1AW1A 2V2DA 2C13A 3W7NA 3FKKA 3L0NA 3ELFA 4QITA 4LS0A 1YLVA 5AHEA 4LVBA 4HNUA 4LUJA 2Q8ZA 3LCGA 2FB2A 3RF9A 1YDNA 3R89A 3SW6A 1FCBA 4HIBA 4UFHA 3TC7A 1Y0EA 3HB9A 4R33A 4FNRA 3ATYA 4RXGA 5HR7A 3CLMA 3IVSA 3A5FA 4UFKA 5K9XA 3I7RA 2CZEA 2W6RA 3PSWA 3QFEA 1LOLA 2ATSA 1GVSA 3DFTA 3ABQA 3CIWA 1B4EA 4UTHA 3QQ1A 5DELA 1VPXA 4IGHA 3PR2A 1PL9A 4N6FA 5CPLA 2O7SA 3W87A 3W75A 2EAWA 4PL2A 1OFRA 4WJEA 1KLZA 1VQTA 4NX0A 3OIXA 2V30A 3NQ8A 5HMSA 2I9EA 4G1KA 3L2IA 3G1SA 2Q3RA 3IIZA 3G1DA 5J5DA 1LOSA 1RQEA 2R91A 4KWWA 4BWLA 3A24A 4AWTA 4AEOA 3GR7A 4AWSA 2V2CA 3QEZA 3TXVA 1IXPA 1OYCA 3RLUA 1TQXA 4JTLA 4AH7A 2G96A 1JVNA 1M5WA 5G2WA 4TU1A 5C5YA 2QCHA 2Y70A 5EA9A 3MMTA 4HN4A 1KM4A 3M5XA 4IJBA 3BLEA 3NDOA 1IIHA 4IXHA 3IIVA 3PSVA 4FXSA 3QM3A 3R12A 2WO5A 1KW1A 3QZEA 3EWUA 3NVTA 3KVJA 4BFAA 4BWLC 2V2HA 4AF0B 3BW3A 3LCWA 3MBDA 4L4LA 3B0VC 2YW3A 2FJKA 4O0KA 1KLYA 4DO5A 3HOJA 1G69A 4ADSA 2ZQ0A 1WOBA 4JICA 3B0UX 4NX5A 3GNNA 3EX1A 5HUOA 1JUEA 3NQAA 2DORA 1SR9A 2ZZ4A 3P82A 3P61A 4AHOA 4NVTA 3STEA 3KVKA 1Q3NA 3IIOA 4A2RA 4EWND 1SO5A 1TTQA 1XUUA 1P1XA 2BSLA 4MIMA 3N3MA 1ML1A 4K6AA 2ZA2A 1RZMA 1AMKA 1XBVA 4I7WA 2C1HA 1VJIA 4IMFA 4UTIA 4YCPA 3I7SA 2C19A 3O6DA 2O7QA 4MJZA 4O15A 5U7SA 5C2XA 2H90A 4JTUA 1W5MA 5F2GA 5F2IA 2E6DA 3WJXA 5AYYA 5EMUA 4Z1BA 3UZ5A 3CEPA 1KM1A 2X1TA 3LBCA 1L9WA 7TIMA 4UR7A 2YSWA 1I2PA 1XDLA 2QCMA 5F4XA 3U6WA 2FPVA 2TMDA 5SWUA 1LP6A 3G8RA 5DCDA 4BI5A 4A21A 4CQ8A 1LM1A 5AC7A 5CPMA 2XN1A 1GVRA 3S8HA 1VZWA 4JY9A 1OVDA 1F5ZA 3WK2A 4RX0A 3S42A 5CSSA 2GJNA 4JTJA 3TW7A 4BI7A 2ZA1A 4PL1A 1J5TA 1PVNA 4DF2A 4MVAA 4TMCA 3SR7A 4O1DA 3DFQA 3NR0A 1AK5A 2R14A 3IGSA 1EWDA 1VCGA 4KFOA 4E38A 3G3MA 2C14A 3WK0A 3PUDA 4ADUA 1SFJA 1H7RA 3SGZA 1XDMA 2ABBA 2Y88A 1DKWA 3O8AA 1BEUA 4IPIA 1K7EA 2B7QA 4DF0A 3NNTA 3M9YA 1FDJA 3TA6A 2A85A 2UV8G 4AVFA 3N2XA 3DU0A 3N14A 4LC8A 5D37A 2ZZ6A 3MI6A 2DZTA 3LV5A 1RQBA 3GYEA 3CQ0A 4GFSA 1ME7A 1OABA 4O1BA 4IPJA 4NJJA 1W37A 2YDAA 3DFOA 4O11A 4IUOA 3H54A 4AHPA 4JTSA 5TBOA 4UFLA 1WX0A 3CT7A 2DJLA 1EWEA 3NG3A 2NX9A 4Q4KA 3VE9A 4IWWA 3L0GA 4JX4A 5LKYA 1T99A 3S0CA 3W88A 3FOKA 4UTLA 5EY5A 1G4PA 5CPOA 5DCEA 1H7PA 2QJHA 3FYOA 4LTSA 4O57A 5DBUA 1UUOA 1NF7A 4FB7A 1VC4A 1AW2A 4ZQMA 4HKPA 4I7UA 4OWGA 2C6QA 4GE8A 1NVMA 1S5VA 4DBDA 3QMSA 4M6QA 3W7EA 2J88A 1VLIA 3PF3A 4JEQA 3V1PA 4GC4A 2NUYA 2C16A 3BG9A 4IMGA 1W31A 2R8WA 3WJSA 4RK8A 2FPTA 3U2OA 5LGZA 1O4UA 3S5NA 1PS9A 2Q8LA 3CWNA 3BW2A 3LHZA 1R2RA 1FCQA 3JS3A 1GZGA 1NAL1 4IX2A 1V5XA 3L65A 3THAA 2YPIA 4UTWA 5CZJA 3VKJA 3IVTA 1H7NA 3G1VA 1W56A 1M7PA 4QISA 3DENA 1XBYA 3OG3A 4MZ1A 4WZHA 1I2NA 4N6EA 1HO1A 2QCGA 1YXDA 4LS2A 2QDHA 4UR8A 4NZJA 3GK0A 3W71A 3O6CA 2PRHA 1K8ZA 2YCEA 3W9ZA 2Y85A 1WDWA 2VELA 4JDYA 3QF0A 5FF7A 5HWJA 3UPBA 5KSWA 4O4VA 4CQ9A 1R2SA 1SW7A 3S5YA 4UTWC 5AYXA 3G1XA 3BGGA 1QPQA 4O1AA 1LZOA 3HPSA 2RHGA 4UNLA 2GOUA 3N9RA 1EEPA 3INPA 4WY0F 4JIPA 3W3OA 1L6WA 1PHQA 1FBAA 1Z41A 3GAKA 4OU1A 1N8FA 4JGDA 3SY5A 3EX3A 3VI2A 2WSQA 1FUYA 2CFFA 3BVJA 3BO9A 4LW7A 3AO0A 1K8YA 1GG1A 2DJXA 2ZDRA 3OVPA 1E51A 1VGAA 1FWTA 2V9DA 4UXDA 1GYNA 1W5NA 3HQ1A 4OQVA 3W7OA 5KTLA 4UUIA 3W1LA 5TQLA 1VCFA 2P0OA 5F1UA 3O6YX 3GDTA 3C2FA 1P4CA 3SSJA 4Z0SA 2YZRA 4FNUA 3MYPA 4GUGA 4Y90A 1VS1A 1SZGA 4FX6M 3GDKA 5FI8A 3W83A 2BX7A 4LOCA 2B7NA 3QPYA 4NXKA 1KFLA 3UD6A 4DO6A 3LLFA 1LLWA 4AXKA 2VEPA 3M6YA 3UPWA 3NL3A 3FFSA 2ZCGA 5FEWA 3G0XA 1KV5A 1RR2A 2EF9A 3LV6A 1RV8A 5F4WA 4WY0A 4QNEA 4IX0A 2Z6JA 2J9ZA 3F4WA 4MFDA 3C56A 4XZ9A 4DPQA 2NZLA 4LC6A 4C1KA 3DFSA 4DBEA 3BARA 3LCHA 1B4KA 4WOQA 3KRZA 3W2MA 1OJXA 1AG1O 4DELA 5LNWA 2VXNA 4LVGA 1OF8A 4XQ6A 4RLIA 3KOFA 3C61A 3CPRA 2QCCA 1A53A 1MSSA 3B0PA 4S2CA 3UWYA 3PM6A 1LLZA 3W7DA 4JTKA 4TR9A 4DF1A 3NM3A 4UTKA 3W7CA 3P7YA 2Z2UA 1X6UA 3ZWTA 4FHAA 2RDUA 4XUGA 4OBTA 3LHTA 3MYOA 1GVOA 4K37A 5F4SA 2ATMA 3PVFA 4LRSA 3SGUA 3W1RA 2YGYA 1TSIA 2CLHA 4O8RA 4OT7A 3W1NA 3M5YA 3M0ZA 1F2JA 3LHUA 3HG5A 2VKZG 4MZ8A 3LERA 3NM1A 1VR6A 4LVFA 2YXGA 5G5IA 1Q6RA 3NQ2A 3W86A 4O17A 2WNQA 2CLKA 2A7NA 1N7KA 4AWUA 3ATZA 3HGSA 3H55A 2E5DA 3PUOA 1XL9A 2YW4A 2ZTKA 3ABSA 4D2JA 3LDVA 4NT0A 5D2XA 3ABOA 4Z1AA 2HS8A 2Z0IA 1ICSA 1WAUA 5J5RA 4WQ6A 3TR2A 1NEYA 4MLJA 5C55A 3UQNA 2H8XA 1OG0A 2P10A 3W84A 5BW6A 5AHMA 2E1DA 2DP3A 3NPWA 5HNRA 2IQTA 3UYCA 3TKFA 3PBWA 1DQWA 3ANYA 5C6MA 1QR7A 1KFJA 2X2GA 5I3JA 1H1ZA 2E68A 1XUZA 2J27A 3SECA 4L4MA 3BLIA 4UTTC 1Z44A 1SSDA 5F2MA 3YPIA 2J24A 3PC0A 1O94A 4S1FA 4N9EA 4RCXA 1P5BA 4O16A 3A5VA 4HPJA 3DFNA 1RQHA 3UXAA 1W0MA 3FS2A 2ABAA 4K39A 3PB0A 3GKFA 2KZHA 5A5WA 3EEGA 3TNOA 5D32A 1W3TA 1JCXA 3FKRA 2E09A 3SJ3A 3FA5A 1Q45A 2PC4A 2RDTA 4GBUA 2GVGA 4H4IA 1KM6A 2F84A 2H8ZA 4LU0A 1R47A 2E5BA 5D03A 5H2ZA 3NO5A 3W2NA 3CIXA 1SU5A 1IXQA 3DHDA 2RFGA 3EWWA 3MUXA 3NQGA 3RMJA 1SUXA 1JCLA 3GXTA 4AMAA 2QCDB 5AHNA 3TAOA 4UIOA 2NWSA 3P5YA 4N9BA 1DORA 3M41A 3T40A 2NV1A 1CW2A 3Q94A 1TRDA 1GPWA 3F4NA 4GUJA 3BV4A 2RH9A 1R46A 1VYSX 2TSYA 3LXCA 4PCFA 4KKXA 3T7VA 2W0UA 1ME9A 1F05A 4O1CA 1ZAIA 3N2MA 1K7XA 3TDFA 3I65A 3NZRA 3LM7A 3EX4A 1JCJA 1EX5A 4A22A 3DFPA 1W8SA 3ZR4A 3PB2A 3PAJA 3PWAA 4JYFA 3ABRA 4MJMA 3JRKA 1ICQA 3CB8A 5BOOA 1YYAA 1TV5A 2X30A 3C3NA 1TPH1 5KMYA 4EVZA 1XC4A 1QAPA 4HT3A 2ZRWA 3C2OA 3O15A 4WXZA 3NQVA 1JCNA 3RU6A 4BR1A 4XBSA 3LI1A 3TX9A 1XFBA 1LDCA 3MWAA 4JS3A 4N2YA 1EUAA 3G22A 1JUKA 4O4WA 3C0JA 1EP1A 3O16A 3IGUA 3HG2A 3GDMA 2CZ5A 3S1XA 4TX9A 4ZQPA 3M7WA 1VHCA 3RFAA 3HF3A 4M6PA 3QMTA 1VHNA 1TB3A 3CHVA 1H62A 2DZXA 3N73A 1SW3A 3M43A 3KRUA 4EF8A 4JTIA 3SFKA 3TAKA 3G0SA 4ZL1A 4JX5A 3GAYA 1Z42A 3OVRA 5DXXA 1IIGA 5FF0A 3QC3A 4Y8FA 2QUTA 1SFLA 2QCLA 3NAVA 3M5VA 1TJRA 1ZJIA 3HMJG 1KV8A 1TV8A 5LZLA 2NXGA 6ALDA 2Y63A 1TCDA 4I9AA 4FNQA 2A2IA 4POCA 4DEFA 3MP4A 1SZFA 4M5PA 4FIRA 2OJPA 4TO8A 3UXDA 4GRSA 2QKFA 1HG3A 1MO0A 4NU7A 1VYRA 4HPXA 3BG5A 4WY0B 1TTJA 1BWLA 1SO6A 4DPPA 1TTPA 1TRIA 1I2RA 1GTHA 1LROA 4WD0A 2GVJA 4GUIA 5IBXC 3M16A 2FFCA 4N4PA 1S5WA 3USBA 3PBUA 1HO4A 3BLFA 1JQVA 2CZFA 3IIXA 4R34A 2VFDA 3EKLA 2FLIA 2WV8A 3LHYA 4RV8A 1H7OA 2TYSA 3O63A 3NQ7A 3C2EA 2I14A 1WOAA 3QH2A 1QNVA 2VEKA 4JXCA 3QRHA 4MUZA 4Q32A 2QAPA 4MY9A 4PFMA 4KFNA 1YPIA 5KITA 1ME8A 3LOTA 4HNTA 2DZPA 3W73A 1JUBA 4I7VA 5D04C 1HTIA 2GJLA 3QPZA 3MW7A 3UWUA 1G7UA 1K7FA 1SZEA 3IEBA 3QSRA 4M7SA 4AB4A 4MFEA 2NUWA 1U83A 3NGJA 1GYLA 1DBTA 3UNDA 4OV4A 4CNOA 4H3DA 1TPB1 3H53A 1JRCA 4FNPA 4W9TA 3B05A 1T8XA 4QSHA 1KM2A 4NNBA 5AN7A 3VCRA 2ZZ7A 3GIYA 1A5CA 3W7HA 2ZZ3A 3GB6A 3E0IA 1QWGA 3T44A 3TCEA 1B3OA 4DQWA 3HIJA 1CI1A 3NQFA 2VFGA 4XTIA 4EOUA 5FF2A 1XCFA 2H3DA 5G4WA 1X1ZA 5CZ0A 2HTMA 3TJXA 5AHIA 4LV9A 1F6KA 4RZ5A 3GXPA 2JGYA 2QJGA 3GX9A 3MBFA 4Y6GA 4O14A 4A29A 1KFBA 1OFOA 3P81A 3TU9A 4NJKA 1DV7A 4NNCA 4PC8A 4QM1A 4XKYA 3NZ1A 2WQPA 3MO7A 3W7GA 3SZ8A 1TQJA 3M1ZA 3QW4B 1WA3A 3FIGA 1DVJA 5CZSA 4RXFA 5AFDA 2WSYA 4LWWA 2QCDA 1I45A 3QW3A 4QJ1A 4O13A 1QO2A 2HMCA 1ADOA 3W23A 1MXSA 4BF9A 4N9CA 1ALDA 2A1YA 1TPUA 3LLDA 5F2LA 5FEZA 1FWNA 2WKJA 3PS7A 5D30A 1ZAHA 4O28A 3P62A 2G5WA 3BPWA 3Q2DA 3PG9A 5HULA 5HQEA 4GXMA 2P1FA 2EHHA 2RKXA 3UWVA 5K7JA 3OHIA 1KFKA 2WJZA 1FWSA 1KTNA 1PIIA 1SSGA 2XN2A 2QF7A 3TJLA 4CCDA 3W74A 3S9YA 3CWOX 1LRNA 1EP2A 4N9DA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5CGQA

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