5COIA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with benzo[cd]indol-2(1h)-one ligand
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
132
structure length
132
Chain Sequence
HHLVPRGSNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein/inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Discovery of Benzo[cd]indol-2(1H)-ones as Potent and Specific BET Bromodomain Inhibitors: Structure-Based Virtual Screening, Optimization, and Biological Evaluation
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 41
structure length 132
sequence length 132
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5coiA01
2L84A 1JM4B 5DY7A 5HM0A 5HQ7A 5DKDA 4NRAA 5F5ZA 2F6JA 2YYNA 5G4RA 4A9OA 4NUDA 4YYGA 4BW4A 5I89A 4MR5A 5FDZA 2OUOA 4J0SA 2RNYA 5H1TA 5CGPA 5ACYA 5IGNA 4YC9A 5F3AA 4NYXA 5E7DA 5EPSA 2RI7A 2YELA 2L85A 4N4FA 5CS8A 2RFJA 2R10A 3IU6A 2DWWA 4HXPA 4N4IA 3Q2FA 4BJXA 2DATA 5FFYA 5COIA 5FE3A 3U5LA 3MQMA 4A9NA 5FE9A 3QZSA 3P1FA 2E3KA 2R0SA 3JVJA 4QSTA 5LUUA 4LDFA 4LYSA 5ENEA 5D7XA 4QSPA 5F2PA 4O77A 3DWYA 4NQNA 4PTBA 4HXLA 4MR3A 5LJ2A 4TZ2A 5K29A 5LJ0A 4DONA 3AQAA 3UV5A 4A9LA 3NXBA 5HQ5A 5G4SA 1N72A 4NUEA 5HFRA 2D82A 5C89A 4YK0A 5CRZA 2WP1A 2WP2A 2LSPB 5A81A 3G0LA 4BW1A 5JI8A 3HMEA 5D25A 4UIVA 4QSWA 3QZTA 4WIVA 4QC1A 4N4GA 4KV4A 3UV2A 5E9IA 4QR3A 5DYAA 3U5PA 3O34A 4PS5A 5CQ5A 5EWWA 5DLZA 5ETBA 5KTXA 5L99A 5CUDA 2RS9B 4HXMA 4O76A 4FLPA 4UYFA 4A9IA 5CTLA 3UVWA 4NR8A 2L5EA 5HCLA 4YAXA 5JWMA 3UW9A 2E7NA 4C67A 4IOOA 4HBXA 4NR9A 4NS5A 4Z1QA 5C87A 5FFVA 5CP5A 5CUGA 4QUUA 2R0VA 4Q0NA 3ONIA 4A9MA 3G0JA 4MENA 4HXNA 5EK9A 5A5RA 5C4QA 5DKCA 2I7KA 4CUSA 4QNSA 5I7YA 4LRGA 5II2A 4YBSA 4OGJA 4O7AA 4E96A 4ZC9A 4YYMA 2MJVB 4O71A 5EP7A 4KV1A 5CRMA 4F3IA 5ENFA 3LQJA 5J0DA 5A85A 5CQ8A 5EWVA 4A9JA 4TYLA 3FKMX 4BHWA 5CZGA 4HBYA 4HXSA 4NYWA 5CQTA 1JSPB 5FE0A 4QUTA 5D3SA 4UYHA 3P5OA 4XY9A 4YABA 4CFLA 5DW2A 4QYDA 5FH7A 5ETDA 5F36A 4IOQA 2E7OA 5I7XA 5C85A 3RCWA 4UIUA 4IR3A 5FE1A 4QSSA 3Q2EA 5CQ6A 5I29A 3JVKA 4YYKA 4QEVA 4Z93A 3SVGA 5DW1A 5DYUA 5E9KA 4J1PA 5F63A 4CUUA 3LXJA 4ALHA 3LQHA 3UVYA 2DVSA 2NXBA 4CFKA 5A5OA 5E3DA 4YATA 5FE4A 2RNXA 5ENCA 5EV9A 4TU4A 4A9KA 4O70A 4UYFB 4XYAA 4YH3A 5BT5A 5BT3A 4KCXA 5I83A 5ENHA 4TT4A 4TT2A 4NRBA 5EPBA 5LJ1A 4YYHA 4QBMA 4QEWA 5CUCA 5CQ3A 5BT4A 4CUPA 3O37A 4LC2A 4C66A 5EWDA 3LQIA 4UIZA 3U5KA 5IG6A 4HBVA 4ZQLA 3UVXA 3S92A 5A5SA 4QSVA 4Y03A 4TTEA 5F1LA 5E9MA 4YY4A 4TQNA 4LYIA 4XUAA 5FB0A 4MEPA 3HMHA 4YBTA 5FH8A 5FH6A 5A82A 5L98A 2GRCA 3GG3A 3K2JA 2YW5A 5I80A 3SVFA 5F60A 5EA1A 4NR6A 4TU6A 5D26A 2F6NA 3P1EA 5E3GA 5LKZA 2DVVA 5E73A 3QZVA 3MULA 4HXKA 5HRWA 5FBXA 5LKTA 5LVQA 3AADA 3U5OA 2H60A 4J0RA 4CUQA 2YEKA 3I3JA 4RVRA 5FG4A 4NRCA 3LJWA 5D3RA 4LZRA 4Z6IA 4X2IA 5L96A 5D3LA 4Q0OA 5IGMA 4O72A 5DFDA 5DKHA 5KTUA 5CQ4A 5LKXA 5TB6A 4QZSA 3MXFA 4QYLA 5ENIA 5FE8A 4IORA 4LZ2A 5D24A 5II1A 5D3JA 4YYJA 4WHUA 4CURA 2OO1A 5FB1A 5HFQA 4O7BA 5DYCA 3P1DA 4O7EA 5IIDA 1WUGA 5EU1A 5I1QA 5IBNA 4HXOA 4TZ8A 5IGKA 4YYNA 4QY4A 4CL9A 4ALGA 4UIYA 5FE6A 4LZSA 5CFWA 5ENJA 5DYXA 5EVAA 4J3IA 5D3PA 4IR6A 5A83A 4PCEA 5HENA 5EWHA 5FE7A 4UIWA 3ZYUA 4PY6A 4Z1SA 5CUEA 5FE2A 5H1UA 2FSAA 4O78A 4Z6HA 5EWCA 3O35A 3O36A 5E9VA 5HRXA 4TS8A 4YYIA 5D3HA 3UV4A 2DKWA 4N3WA 4UYDA 5ENGA 5I88A 4QR4A 4QSQA 4YYDA 3TLPA 5AMEA 4O75A 5L8TA 1ZS5A 3JVLA 5DX4A 3HMFA 2D9EA 5FG5A 2RNWA 4O7CA 5EQ1A 4NUCA 2R0YA 3P1CA 4TT6A 5E74A 5CQ7A 5HQ6A 1EQFA 4QB3A 4MEOA 5EGUA 5EM3A 2G4AA 5E9YA 5E9LA 1F68A 5HLSA 5DFBA 5I86A 4QC3A 3UVDA 4AKNA 3JVMA 5CPEA 4UYEA 3U5NA 5HRVA 2OSSA 5C8GA 4QR5A 5A5QA 3DAIA 1X0JA 5D3TA 2RO1A 4OUFA 4LYWA 5CU8A 2DVRA 4IR4A 4OGIA 2DVQA 5ENBA 5F61A 5HEMA 4BW3A 5CY9A 5A5NA 4CUTA 4YBMA 1E6IA 4MR6A 4QSXA 3MUKA 3U5JA 5FE5A 4N4HA 5EPRA 5D0CA 4PKLA 5FG6A 5I40A 5DBMA 4A9HA 4XY8A 5CUAA 2YEMA 5H85A 3IU5A 4UYGA 5KU3A 4PCIA 2I8NA 3SVHA 4WHWA 5KHMA 4XUBA 5KTWA 4ZW1A 5HJCA 4NQMA 4MEQA 2YDWA 4NXJA 4NR7A 4BW2A 3U5MA 4QSRA 2YQDA 4A9EA 5IGLA 5AD2A 3MB3A 5KO4A 5L8UA 4YY6A 4NR5A 5LVRA 5TCMA 4CLBA 2KTBB 4NYVA 5F62A 1WUMA 5EISA 5A5PA 4A9FA 3D7CA 4QSUA 5CQAA 4UITA 4O74A 5HELA 5E0RA 3O33A 4YADA 5F1HA 3S91A 4YH4A 5D3NA 5LKUA 4QEUA 5H1VA 5CUBA 4HBWA 5EICA 5C7NA 5F25A 4O7FA 5FFWA 5A7CA 4NR4A 5AD3A 5AMFA 4MR4A 4UIXA 4LR6A 4IR5A 5DLXA 4HXRA 4GPJA 5L97A 2N9GA 3MB4A 5EI4A 5DFCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2L84A 1JM4B 5DY7A 5HM0A 5HQ7A 5DKDA 4NRAA 5F5ZA 2F6JA 2YYNA 5G4RA 4A9OA 4NUDA 4YYGA 4BW4A 5I89A 4MR5A 5FDZA 2OUOA 4J0SA 2RNYA 5H1TA 5CGPA 5ACYA 5IGNA 4YC9A 5F3AA 4NYXA 5E7DA 5EPSA 2RI7A 2YELA 2L85A 4N4FA 5CS8A 2RFJA 2R10A 3VKHA 3IU6A 2DWWA 4HXPA 4N4IA 3Q2FA 4BJXA 2DATA 5FFYA 5COIA 5FE3A 3U5LA 3MQMA 4A9NA 5FE9A 3QZSA 3P1FA 2E3KA 2R0SA 3JVJA 4QSTA 3D1BA 5LUUA 4LDFA 4LYSA 5ENEA 5D7XA 4QSPA 5F2PA 4O77A 3DWYA 4NQNA 4PTBA 4HXLA 4MR3A 5LJ2A 4TZ2A 5K29A 5LJ0A 4DONA 3AQAA 3UV5A 4A9LA 3NXBA 5HQ5A 4AKHA 5G4SA 5HFRA 4NUEA 2D82A 5C89A 4YK0A 5CRZA 2WP1A 2WP2A 2LSPB 5A81A 3G0LA 4BW1A 5JI8A 3HMEA 5D25A 4UIVA 4QSWA 3QZTA 4WIVA 4QC1A 4N4GA 4KV4A 3UV2A 5E9IA 4QR3A 5DYAA 3U5PA 3O34A 4PS5A 5CQ5A 5EWWA 5DLZA 5ETBA 5KTXA 5L99A 5CUDA 2RS9B 4HXMA 4O76A 4FLPA 4UYFA 4A9IA 5CTLA 3UVWA 4NR8A 2L5EA 5HCLA 4YAXA 5JWMA 3UW9A 2E7NA 4C67A 4IOOA 4HBXA 4NR9A 4NS5A 4Z1QA 5C87A 5FFVA 5CP5A 5CUGA 4QUUA 2R0VA 4Q0NA 3ONIA 4A9MA 3G0JA 4MENA 4HXNA 5EK9A 5A5RA 5C4QA 5DKCA 2I7KA 4CUSA 4QNSA 5I7YA 4LRGA 5II2A 4YBSA 4OGJA 4O7AA 4E96A 4ZC9A 4YYMA 2MJVB 4O71A 5EP7A 4KV1A 5CRMA 4F3IA 5ENFA 3LQJA 5J0DA 5A85A 5CQ8A 5EWVA 4A9JA 4TYLA 3FKMX 4BHWA 5CZGA 4HBYA 4HXSA 4NYWA 5CQTA 1JSPB 5FE0A 4QUTA 5D3SA 4UYHA 3P5OA 4XY9A 4YABA 4CFLA 5DW2A 4QYDA 5FH7A 5ETDA 5F36A 4IOQA 2E7OA 5I7XA 5C85A 3RCWA 4UIUA 4IR3A 5FE1A 4QSSA 3Q2EA 5CQ6A 5I29A 3JVKA 4YYKA 4QEVA 4Z93A 3SVGA 5DW1A 5DYUA 5E9KA 4J1PA 5F63A 4CUUA 3LXJA 4ALHA 3LQHA 3UVYA 2DVSA 2NXBA 4CFKA 5A5OA 5E3DA 4YATA 5FE4A 2RNXA 5ENCA 5EV9A 4TU4A 4A9KA 4O70A 4UYFB 4XYAA 4YH3A 5BT5A 5BT3A 4KCXA 5I83A 5ENHA 4TT4A 4TT2A 4NRBA 5EPBA 5LJ1A 4YYHA 4QBMA 4QEWA 5CUCA 5CQ3A 5BT4A 4CUPA 3O37A 4LC2A 4C66A 5EWDA 3LQIA 4UIZA 1ZKRA 3U5KA 5IG6A 4HBVA 4ZQLA 3UVXA 3S92A 5A5SA 4QSVA 4Y03A 4TTEA 5F1LA 5E9MA 4YY4A 4TQNA 4LYIA 4XUAA 5FB0A 4AKGA 4MEPA 3HMHA 4YBTA 5FH8A 5FH6A 5A82A 5L98A 2GRCA 3GG3A 3K2JA 2YW5A 5I80A 3SVFA 5F60A 5EA1A 4NR6A 4TU6A 5D26A 3VKGA 2F6NA 3P1EA 5E3GA 5LKZA 2DVVA 5E73A 4AI6A 3QZVA 3MULA 4HXKA 5HRWA 5FBXA 5LKTA 5LVQA 3AADA 3U5OA 2H60A 4J0RA 4CUQA 2YEKA 3I3JA 4RVRA 5FG4A 4NRCA 3LJWA 5D3RA 4LZRA 4Z6IA 4X2IA 5L96A 5D3LA 4Q0OA 5IGMA 4O72A 5DFDA 5DKHA 5KTUA 2EJNA 5CQ4A 5LKXA 5TB6A 4QZSA 3MXFA 4QYLA 5ENIA 5FE8A 4AKIA 4IORA 4LZ2A 5D24A 5II1A 5D3JA 4YYJA 4WHUA 4CURA 2OO1A 5FB1A 5HFQA 4O7BA 5DYCA 3P1DA 4O7EA 5IIDA 1WUGA 5EU1A 5I1QA 5IBNA 4HXOA 4TZ8A 5IGKA 4YYNA 4QY4A 4CL9A 4ALGA 4UIYA 5FE6A 4LZSA 5CFWA 5ENJA 5DYXA 5EVAA 4J3IA 5D3PA 5DFCA 4IR6A 5A83A 4PCEA 5HENA 5EWHA 3ERRA 5FE7A 4UIWA 3ZYUA 4PY6A 4Z1SA 5CUEA 5FE2A 5H1UA 2FSAA 4O78A 4Z6HA 5EWCA 3O35A 3O36A 5E9VA 5HRXA 4TS8A 4YYIA 5D3HA 3UV4A 2DKWA 4N3WA 4UYDA 5ENGA 5I88A 4QR4A 4QSQA 4YYDA 3TLPA 5AMEA 4O75A 5L8TA 1ZS5A 3JVLA 1PUOA 3HMFA 2D9EA 5DX4A 5FG5A 2RNWA 4O7CA 5EQ1A 4NUCA 2R0YA 3P1CA 4TT6A 5E74A 5CQ7A 5HQ6A 1EQFA 4QB3A 4MEOA 5EGUA 5EM3A 2G4AA 5E9YA 5E9LA 1F68A 5HLSA 5DFBA 5I86A 4QC3A 3UVDA 4AKNA 3JVMA 5CPEA 4UYEA 3U5NA 5HRVA 2OSSA 5C8GA 4QR5A 5A5QA 3DAIA 1X0JA 5D3TA 2RO1A 4OUFA 4LYWA 5CU8A 2DVRA 4IR4A 4OGIA 2DVQA 5ENBA 5F61A 5HEMA 4BW3A 5CY9A 5A5NA 4CUTA 4YBMA 1E6IA 4MR6A 4QSXA 3MUKA 3U5JA 5FE5A 4N4HA 5EPRA 5D0CA 4PKLA 5FG6A 5I40A 5DBMA 4A9HA 4XY8A 5CUAA 3D1DA 2YEMA 5H85A 3IU5A 4UYGA 5KU3A 4PCIA 2I8NA 3SVHA 4WHWA 5KHMA 4XUBA 5KTWA 4ZW1A 5HJCA 4NQMA 4MEQA 2YDWA 4NXJA 4NR7A 4BW2A 3U5MA 4QSRA 2YQDA 4A9EA 5IGLA 5AD2A 3MB3A 5KO4A 5L8UA 4YY6A 4NR5A 5LVRA 5TCMA 4CLBA 2KTBB 4NYVA 5F62A 1WUMA 5EISA 5A5PA 4A9FA 3D7CA 4QSUA 5CQAA 4UITA 4O74A 5HELA 5E0RA 3O33A 4YADA 5F1HA 3S91A 4YH4A 5D3NA 5LKUA 4QEUA 5H1VA 5CUBA 4HBWA 5EICA 5C7NA 5F25A 4O7FA 5FFWA 5A7CA 4NR4A 5AD3A 5AMFA 4MR4A 4UIXA 4LR6A 4IR5A 5DLXA 4HXRA 4GPJA 5L97A 2N9GA 3MB4A 5EI4A 1N72A
chains in the Genus database with same CATH topology
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