5CONA

X-ray crystal structure of wild type hiv-1 protease in complex with grl-015
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title C-5-Modified Tetrahydropyrano-Tetrahydofuran-Derived Protease Inhibitors (PIs) Exert Potent Inhibition of the Replication of HIV-1 Variants Highly Resistant to Various PIs, including Darunavir.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5conA00
4Y48A 5P0YA 2EWYA 5P7GA 5P6RA 1E80E 4Y3QA 3U6AA 5P5LA 4DUSA 1LF3A 5P76A 4YDFA 1SDUA 5OZKA 2QHCA 4DJXA 5P13A 3HVPA 3Q3TA 4CPRA 1APWE 5P2MA 1GKTA 2PK6A 3NR6A 4OBZB 1NSOA 5P0JA 4OBHA 5P72A 2FXEA 3UDRA 5P65A 4EJKA 5P37A 4JECA 4B72A 3L58A 4FLGA 4Y39A 3HD8A 4Y53A 3FKTA 3IN4A 5P5SA 1D4SA 1SDTA 3LHGA 5P3IA 5P5VA 2AOGA 1CMSA 1PPME 3OY4A 1HIHA 5HDUA 3OU4A 1LYBA 4LP9A 5HE5A 3PB5A 4MC6A 5P70A 2J9JA 4L1AA 5P6FA 4R5NA 4ZSPA 5OZGA 2P3AA 1NPAA 2NNPA 5ER1E 5OYQA 5P8VA 1GVTA 1MEUA 2WEBA 5C9BA 1D4LA 4RYCA 5P1OA 4J1KA 5P7MA 3AIDA 5OZ8A 3S85A 4PHVA 5P4JA 1XDHA 3KFRA 4LC7A 2V13A 3Q5HA 5P1QA 2QZXA 3EC0A 3GGVA 2BQVA 5P24A 5KQZA 5P2HA 4ER2E 2JJJA 1J71A 5P6OA 3S7LA 1FF0C 5P3QA 3DV5A 2QK5A 5HE4A 2HC0A 1LYWA 5DR4A 3RU1A 5P6GA 4Y4WA 5P1MA 3L5DA 1HXWA 1OHRA 5IE1A 1FQ8A 4B70A 1EAGA 1CPIA 5P4CA 1B11A 4ZSMA 4DQCA 5J25A 3OXWA 4YE3A 5P0OA 5P14A 3OHHA 3EL0A 1AZ5A 2Q64A 5P4IA 3S54A 3S45A 2R5QA 3VF5A 2WL0A 3KT2A 3K5DA 3LZSA 1XL2A 3CICA 5P5EA 3D91A 4R95A 3ZLQA 5P4KA 3OU4B 5P8QA 1LYBB 1HTEA 3QS1A 3UDHA 4I12A 2AQUA 1A8KA 2AVOA 1PPKE 3PM4A 2VNMA 2HB3A 1E81E 5P8SA 3DM6A 5P4EA 2OHUA 3I8WA 5DGWA 3BGBA 5OZAA 5P8OA 3SA4A 4PEPA 1EC0A 1T6EX 5P6VA 1MTBA 1PSAA 4PZXA 5P6QA 5DQ4A 2CENA 2I4QA 3PSYA 4XX4A 2R5PA 5P7NA 2G1SA 3CKPA 5P2EA 5P3TA 1HTGA 3RVIA 3S2OA 3LPJA 5P39A 4MC9A 5P87A 1HIIA 3WSJA 4CPTA 1RPIA 3SM2A 2BBBA 5P6IA 2BPYA 3OU3A 5P19A 1SDVA 2B8VA 5P28A 5P2FA 4Y3NA 5P4SA 5P15A 1XE5A 3D3TA 5I3VA 5P4HA 1LYWB 4J17A 5P2UA 3UHLA 5P88A 4H3IA 3K4VA 5P6EA 1FFIC 1BVEA 5SZ9A 2VIYA 2B8LA 5P47A 3WB4A 4Y58A 3ZKNA 1G2KA 5P7FA 3KMXA 1W5YA 4FL8A 2OF0A 5P59A 5ER2E 3U7SA 5P2IA 1HEGE 1UH7A 5P2VA 4PZWA 2I0AA 1ZPKA 5P1PA 5P3RA 3T3CA 2FGUA 1QDMA 5HCOA 3S56A 5P8KA 4GJ7A 4I10A 5P61A 5P52A 3GI4A 1BVGA 2QU2A 2QI4A 3OUAA 5P86A 1APTE 5HVPA 5P02A 5OYYA 3PHVA 4Y6MA 4Y4EA 1WKRA 1EC1A 3ZPTA 4CPXA 3UDQA 3VUCA 3RSXA 1HSIA 2P3BA 3FX5A 5P29A 3L5EA 3FNSA 5P6TA 1N49A 4GIDA 3ZKGA 3SLZA 1TSUA 3LPIA 4DQBA 4DPFA 4Y3SA 2HS1A 4AUCA 1TW7A 5P1GA 1QBUA 5SY2A 5P4BA 2HAHA 3CKRA 5DR7A 3VFAA 2VA6A 1ZTZA 1HVHA 4Y51A 1ODWA 5P5WA 2O4LA 1QBRA 3ZKIA 2ZDZA 4RGHA 2F3EA 4QJ2A 1RV7A 5DR3A 3NWXA 4F74A 2RENA 3KN0A 3LITA 3VLAA 3G70A 4XX3A 5P0TA 3H5BA 5P8MA 5P1HA 5APRE 4CMSA 3T7QA 1GVVA 4H3FA 1LF4A 1ZPAA 3F9QA 5OZBA 2OHLA 2VIJA 5KOSA 5AH7A 1HPSA 5JFPA 1HPOA 5C9FA 4I8WA 5P38A 3K5CA 2PQZA 4Q1WA 2QMDA 5P3FA 3VG1A 3OADA 5P2QA 3TH9A 1FQ7A 4DQFA 2FXDA 3IXKA 3DV1A 3OK9A 5I3WA 4FRKA 2A4FA 1BV9A 2HM1A 1K6CA 2ZHTA 3Q70A 3ZKXA 2O40A 2PWRA 5OZ4A 4Y57A 5OZIA 1SMRA 3N3IA 2ASIA 3QN8A 5ISKA 4QJ9A 3OGPA 3R4BA 4FRJA 3GGAA 5AH9A 1G0VA 2BPZA 3MSKA 5TOLA 2QZKA 3LIVA 3LINA 5OZSA 5P85A 4RYGA 4Y3TA 3OQ7A 5P8CA 2OHSA 2VJ6A 4LL3A 2XFJA 5P4VA 4PPHA 5OZ7A 1XN2A 1BILA 5P0CA 2WEDA 5OZUA 5P3YA 5P7OA 3OXCA 4FRIA 2FNTA 4FS4A 4IVSA 5P4WA 4Y3YA 1UPJA 3SKFA 1HVCA 1EPPE 4Y4XA 3TPPA 4Y5EA 4KE0A 5P35A 1LF2A 5P7KA 1EBKC 5P2KA 2I4UA 4D88A 2VJ9A 3PEPA 2HB4A 4S1GA 3BVAA 3I2LA 4H3JA 4OBDA 5P0RA 5SY3A 4FAEA 5P6KA 3SA6A 1BWAA 5P7UA 2UPJA 1K2CA 4J1CA 1ZAPA 7UPJA 1SP5A 5P04A 5P1XA 1SMEA 1Z1RA 1LZQA 5EZZA 4ZPFA 4EXGA 1FB7A 2PH6A 5OZQA 5P0WA 3FNUA 1HIVA 4RVIA 2ZE1A 3MXEA 5P8BA 1FMXA 3BUFA 4Q1YA 2FS4A 5DPZA 1GNMA 4COEA 1IDAA 5P3MA 2P3CA 5P46A 4DJUA 4EJDA 2AVMA 4K8SA 5P2LA 3ZKMA 4LXMA 1YTIA 1HVJA 3BRAA 9HVPA 3DOXA 1A9MA 5P0GA 4B78A 2ZJIA 4Y5GA 1GNOA 2PSVA 4QJ7A 3PCZA 5P2WA 1SIPA 1MT7A 5P01A 2RSPA 2PK5A 5P34A 3HLOA 5P66A 4FM7A 5P64A 3VSWA 4YDGA 4MC2A 1TCWA 5P2CA 4GJ6A 5P5FA 4Y43A 5P0FA 3VV8A 5P84A 5AGZA 2JJIA 4BEKA 2WECA 2XYFA 3R1GB 1MT9A 3VV6A 3SA5A 3GI6A 4HZTA 5ISJA 1T6GA 3LZUA 1W50A 4H1EA 3QRVA 5P8FA 4OD9B 4EHCA 2NPHA 4OC6A 4YOAA 2G24A 1IIQA 2I0DA 5P8GA 5P6HA 2AOIA 4Y4BA 5P71A 2UY0A 5OYVA 2AIDA 4I1CA 5P53A 2QAKA 3INEA 2R8NA 1APUE 5P3PA 5HU1A 4DJPA 5IVQA 4Y3RA 1EEDP 5IS4A 2G1OA 5P6NA 3TPLA 2R3WA 2AOJA 5KR8A 3OQFA 4R92A 3UFLA 2QNQA 4J1IA 5BRYA 3NXNA 1BBSA 5P3SA 5P08A 3R0YA 3FV3A 1Q9PA 5OZ9A 1B6PA 5P7CA 5P79A 3UDMA 1F7AA 5P6CA 4DJWA 3EXOA 1T7JA 5P0PA 1EBZA 4KUPA 3NDWA 2PSUA 3HW1A 1Z8CA 1DP5A 4Y4UA 2WEAA 4WY6A 4Y4ZA 5P48A 5C9DA 5P5BA 5P51A 2IKUA 3LIYA 2J9KA 3UQRA 1PSNA 3KYRA 2R38A 3O99A 5P07A 2Z54A 5P5UA 5P2BA 3KT5A 5P12A 5P4MA 4FIVA 5P58A 1BDQA 3QVCA 1BV7A 4A6CA 3TKGA 3OU1A 1LYAA 3OOTA 5P7ZA 5OZLA 2AZ9A 2G1NA 4M8XA 5P4PA 1EBYA 3KFSA 4NJSA 3AUPA 2OHMA 5P1VA 3DJKA 5OZJA 4QLHA 3HAUA 2AVVA 3BGCA 1EPME 2OHRA 4APEA 1MT8A 1EPQE 3VCMA 3IGBA 4YA8A 4Y54A 3UQXA 5DQ5A 1GNNA 4ZSRA 5P2JA 5P80A 1B6KA 2QZWA 5P0BA 4AZYA 3OGQA 4OC6B 1HVSA 4HDFA 3PGIA 2QD6A 2NXMA 5P0EA 4YBFA 3N4LA 3UCBA 4Y3JA 1IVPA 3UDPA 5P3VA 5P6LA 5P5MA 1TSQA 3CKTA 4ZPEA 3TNEA 5KOQA 4JPCA 4KE1A 5P0ZA 4J55A 3M9FA 2V16C 1KJGA 2VIEA 3OXXA 4NKKA 2PYMA 5OYWA 2QHYA 2NXLA 3SKGA 4H3GA 1APVE 2OHQA 3GGUA 3G72A 1OEWA 5JG1A 3KMYA 5P89A 5OZ1A 4OBGA 4A4QA 2BB9A 2IEOA 4BFBA 1ZSFA 3NU5A 3LZVA 3EL1A 5P63A 5HDZA 2WEZA 5P7QA 3UQWA 1HSHA 3C9XA 5HE7A 5P6YA 1DAZC 2O4NA 4XKXA 3MXDA 2BPXA 4Y5BA 5P3XA 4DFGA 4ZLSA 1HBVA 5I3YA 1C70A 1HHPA 5P0HA 3EKVA 5P0QA 1YTJA 3OWNA 2G22A 3L5CA 4GJ9A 3QRMA 2QI3A 3OU1B 4YHQA 5P1CA 2WF4A 3OXVA 5P4FA 2ER0E 1ZSRA 5COOA 5P73A 2Q55A 1U8GA 2BKTA 2F80A 4Y3LA 5P2DA 5P0IA 4FM6A 2CEJA 3R2FA 3S53A 5P2NA 1BXQA 4GJDA 4YCYA 5P00A 2V11C 5P22A 4Z50A 5P7VA 3EKTA 2Q5KA 3CMSA 4HVPA 4EYRA 5P7LA 2J9JB 2OHNA 1ME6A 4L1AB 5P1YA 5P05A 2RKFA 5P2TA 3A2OA 2AZCA 4KB9A 5P5TA 5P6AA 4Y50A 3QIHA 4JPEA 4EJ8A 2G27A 5P3WA 5HDVA 4J54A 5P2SA 2OAHA 5JODA 3IXOA 1M0BA 5P3HA 5COPA 5P7JA 4Y3GA 5ENKA 2HPFA 2QMPA 1PSOE 4GJCA 5P1RA 4ZSQA 5P5CA 4Y35A 5OYUA 3EKQA 3KDBA 4Y5LA 4D89A 5P03A 5OZFA 2XYEA 2IS0A 5P2RA 5P40A 3LZYA 3RTMA 5P31A 3QROA 5CLMA 1KZKA 1HOSA 2R43A 1IBQA 4Y5MA 4Y44A 5SXNA 5P4DA 2NMZA 3OQDA 4Y47A 1D4HA 2Q63A 1FGCC 2IL2A 3D20A 3RSVA 1AXAA 2SAMA 5P3DA 5P8PA 1MUIA 1Z1HA 5OZWA 3DCKA 1ODYA 4JOOA 3PJ6A 3U71A 4HLAA 3O9LA 3TOFA 4Q1XA 1EC3A 3VV7A 1A94A 1HXBA 4Y36A 4ER1E 1FMUA 5P8TA 1MERA 2H6TA 5P0XA 5HDXA 1OD1A 5P06A 3KDCA 2FNSA 3TTPA 1MPPA 2Z4OA 5OZCA 1T3RA 1D4YA 1C6YA 1K6PA 5P8JA 5P5YA 2AVQA 1GVUA 3CIDA 1HWRA 3QBFA 1KJ4A 5P1TA 5P4GA 3UQPA 4ZEAA 4J0VA 5P20A 2WF1A 1IZEA 3LIQA 3NUOA 4HE9A 5P3LA 1EPRE 5HTZA 5P7SA 2P8HA 4ZIPA 2ZJNA 1HTRB 3OTSA 3K4VC 4HA5A 3EKPA 2WKZA 3TLHA 2QMGA 3SA3A 1NPVA 4J0PA 4Q1NA 4BFDA 3NDUA 2BPWA 3UQUA 2B42A 1SBGA 3EMYA 3O9AA 3KM4A 5P74A 3SA9A 4WY1A 1AJXA 5OZDA 5P1ZA 3INHA 3VLBA 4YCKA 3IVHA 3L5FA 4B1CA 1AJVA 1M4HA 5P3KA 1GVXA 3IA9A 4RCEA 2P3DA 4U7VA 3JVYA 3TL9A 6FIVA 5P27A 4B77A 3QVIA 2V00A 1HVIA 3CYWA 5P5RA 5P6UA 4K4RA 1BAIA 4F73A 1B6LA 2QHZA 5OZ2A 5HD0A 2I1AA 4I8ZA 2VJ7A 1B5FA 3SO9A 4N00A 3UDNA 3O9FA 3OUDA 3PLDA 3PBDA 1B6MA 3WZ6A 1AAQA 1FQXA 5P7XA 2HIZA 2AOCA 3LNKA 2ZJHA 5KQXA 2ER7E 5P3UA 4J0ZA 4Y3WA 5E5KA 5P1UA 5P69A 4R91A 1DIFA 4Y3DA 4Y37A 1HTFA 3Q4BA 1QRPE 2ZHUA 1MESA 5P2AA 5ENMA 4TRYA 5KAOA 2WJOA 5BWYA 5P1LA 3UDYA 5P78A 2QNPA 5P49A 2FDPA 1ENTE 3B7VA 5P3EA 5P1AA 2P3BB 3FIVA 5P50A 5P1SA 4OBJA 5P6XA 4GJBA 5P7YA 5P56A 5P5GA 1KJHA 2G1RA 4Y3XA 2VNNA 3VYFA 3SM1A 3VYEA 3EL9A 2Q3KA 2B7ZA 3PI0A 1ZJ7A 1E82E 3NDXA 5FIVA 1MTRA 5F01A 1YX9A 4GMIA 4I0JA 3KFNA 2G21A 1FEJC 3NU4A 1T7IA 5P67A 5OYRA 3QP0A 3R0WA 4ZE6A 5P5IA 1FIVA 1WBKA 3BUHA 1DMPA 3LIXA 1UH9A 1ZBGA 2WHHA 2ZYEA 1FQ6A 5P81A 2QP8A 3OOZA 4RVJA 3OAGA 5KR1A 5P7TA 4BELA 3TOGA 4B1DA 3KDDA 3OADB 8HVPA 4Q5MA 1META 3HZCA 4TRZA 3GW5A 5P1KA 1B5FB 4L7JA 5KQYA 5P8HA 2AZBA 2NR6A 3CYXA 4EPJA 5P1JA 1G35A 1C6XA 5IVTA 4Y3HA 1C6ZA 3UDJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y48 A;  5P0Y A;  2EWY A;  5P7G A;  5P6R A;  1E80 E;  4Y3Q A;  3U6A A;  5P5L A;  4DUS A;  1LF3 A;  5P76 A;  4YDF A;  1SDU A;  5OZK A;  2QHC A;  4DJX A;  5P13 A;  3HVP A;  3Q3T A;  4CPR A;  1APW E;  5P2M A;  1GKT A;  2PK6 A;  3NR6 A;  4OBZ B;  1NSO A;  5P0J A;  4OBH A;  5P72 A;  2FXE A;  3UDR A;  5P65 A;  4EJK A;  5P37 A;  4JEC A;  4B72 A;  3L58 A;  4FLG A;  4Y39 A;  3HD8 A;  4Y53 A;  3FKT A;  3IN4 A;  5P5S A;  1D4S A;  1SDT A;  3LHG A;  5P3I A;  5P5V A;  2AOG A;  1CMS A;  1PPM E;  3OY4 A;  1HIH A;  5HDU A;  3OU4 A;  1LYB A;  4LP9 A;  5HE5 A;  3PB5 A;  4MC6 A;  5P70 A;  2J9J A;  4L1A A;  5P6F A;  4R5N A;  4ZSP A;  5OZG A;  2P3A A;  1NPA A;  2NNP A;  5ER1 E;  5OYQ A;  5P8V A;  1GVT A;  1MEU A;  2WEB A;  5C9B A;  1D4L A;  4RYC A;  5P1O A;  4J1K A;  5P7M A;  3AID A;  5OZ8 A;  3S85 A;  4PHV A;  5P4J A;  1XDH A;  3KFR A;  4LC7 A;  2V13 A;  3Q5H A;  5P1Q A;  2QZX A;  3EC0 A;  3GGV A;  2BQV A;  5P24 A;  5KQZ A;  5P2H A;  4ER2 E;  2JJJ A;  1J71 A;  5P6O A;  3S7L A;  1FF0 C;  5P3Q A;  3DV5 A;  2QK5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2APR A;  3VEU A;  2IKO A;  4Y3E A;  5P75 A;  3VYD A;  2V0Z C;  3OHF A;  4J0Y A;  4CPW A;  3T7P A;  5P0V A;  1FG6 C;  4CKU A;  3KF0 A;  5DR0 A;  4OBF A;  4D8C A;  3SQF A;  4QJA A;  1W6H A;  5OZM A;  5P5A A;  3ZMG A;  1EPO E;  1LS5 A;  4R93 A;  4OD9 A;  3HBO A;  2NNK A;  5P6B A;  5P2Z A;  4TRW A;  5P25 A;  5IVR A;  4QGI A;  4YD5 A;  5P5D A;  3ST5 A;  4I0I A;  3UFN A;  2WF3 A;  3ER3 E;  5P6M A;  4Y3M A;  3PI5 A;  5P3J A;  3TPR A;  1A8G A;  3EKW A;  3NU9 A;  4X2L A;  4EQJ A;  3QI1 A;  5P32 A;  4J5J A;  2IGY A;  4B1E A;  4RVX A;  1RQ9 A;  4DJR A;  3O9G A;  2A1E A;  5OZT A;  1HPV A;  4LBT A;  5F00 A;  1NPW A;  2P83 A;  4GZF A;  2ZJL A;  5OYT A;  1PRO A;  1MRW A;  2ZJM A;  1BIM A;  4J1E A;  5P1B A;  5OZR A;  3PVK A;  3OQA A;  3ZKS A;  2ZHS A;  1DW6 C;  5OYS A;  3LIZ A;  3OUD B;  1YTG A;  3ER5 E;  2IRZ A;  3UF3 A;  1A30 A;  3PCW A;  3OUB A;  2AOD A;  1QBS A;  4L7H A;  5P6W A;  5HCT A;  3K1W A;  4U7Q A;  5P5Z A;  3JVW A;  5T4S A;  4YD3 A;  5EZX A;  5P30 A;  5AH6 A;  2IQG A;  3FNT A;  5P8A A;  5P0K A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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