5COOA

X-ray crystal structure of wild type hiv-1 protease in complex with grl-085
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 protease
publication title C-5-Modified Tetrahydropyrano-Tetrahydofuran-Derived Protease Inhibitors (PIs) Exert Potent Inhibition of the Replication of HIV-1 Variants Highly Resistant to Various PIs, including Darunavir.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5cooA00
1IZIA 2QMPA 4HZTA 1APUE 4OBZA 5KQFA 1YTIA 1EPQE 2I0AA 4H3JA 4HDFA 1HIHA 3IXOA 4Y43A 5HCOA 1K6CA 2G1YA 3EKXA 1KJFA 1MSNA 2ZDZA 3KF0A 3O9BA 1AVFA 5P71A 1IZDA 5P73A 4JOOA 3UCBA 4EYRA 5OZEA 4ACUA 5P77A 5P6OA 1SIVA 3SO9A 3MXEA 1GVVA 4CPWA 2AZ8A 2APRA 3LPIA 4J1HA 2I4VA 1PPME 5UPJA 3LPKA 1BDRA 2A1EA 5COOA 2FIVA 5P3WA 2PYMA 1BILA 4FM6A 4CPRA 3NDWA 3URLA 4QJ8A 5P3NA 3M9FA 4J1KA 5OZOA 5P70A 4CPSA 1MEUA 2FGUA 2ZYEA 2XFJA 3OU1B 2Q54A 4MC2A 1M43A 2JXRA 5P1VA 1FQXA 1YG9A 4YOAA 2WF1A 1HVHA 4DJOA 1AJVA 5P1ZA 2V12C 3WSJA 3VF5A 4I0IA 2BPYA 5P0DA 4Y3GA 1GNMA 4I0GA 5P4BA 4B72A 3SA3A 5P7FA 3L5FA 3S43A 3UDPA 2B8LA 2F81A 3D3TA 2Q64A 3LNKA 1DW6C 1WBMA 4CKUA 5P6UA 3NDXA 4JPCA 5P4UA 1K6VA 5P7GA 3HAWA 2WEAA 1W6HA 3KDDA 1KJ7A 1HTGA 3GI5A 5P5WA 5P6RA 3ZKSA 4ER4E 5P4EA 3L5CA 1D4JA 4EP3A 4I0EA 5P2AA 4Y3PA 3O9LA 4ZSPA 2G1RA 3L58A 3OQDA 3KMXA 4NJUA 4YCTA 1IDBA 3UQUA 4Y35A 4Y4UA 3LZVA 5P2MA 5P5CA 3L5EA 2UXZA 4L1AB 2ER6E 2QNQA 5P0MA 3I2LA 4B1DA 5HTZA 4FRIA 4QJ9A 2QU3A 3ZLQA 4M8XA 2J9KA 4QJ7A 3I8WA 4ER2E 1HPSA 3OUAA 3TPJA 4D83A 2QP8A 5P37A 1PFZA 2WHHA 3DUYA 2G69A 2QZLA 1G6LA 2WF3A 5P02A 3K5CA 5P0NA 5P1TA 5KOSA 2G26A 3FNSA 2FXEA 5OZAA 1XL5A 5HDVA 1B6LA 3NSHA 2ER7E 1TCXA 5OYQA 3DCRA 5P4QA 5P5BA 3EKYA 3OQFA 5KR0A 3MSKA 5C9DA 1HVCA 4Y3XA 3UTLA 2AZ9A 3PEPA 5P7JA 5T4SA 3KDCA 3S54A 4R92A 4B1EA 3DCKA 2OHUA 5P4DA 3INEA 3TPPA 2WL0A 1HEGE 4Z4XA 5P8VA 3OY4A 1VIJA 4ZSQA 3WZ8A 2RSPA 1QRPE 3TOHA 1K1UA 2PWRA 4E43A 2JYSA 5P1SA 2NMZA 5HU1A 5P05A 5P66A 5P3MA 1MT8A 3SQFA 3MXDA 5AGZA 3NUOA 4NJSA 2G21A 4NJVA 1TZSA 4PZXA 1OEWA 3SA6A 4RZ1A 5P2DA 2NNKA 2ZHRA 4OD9A 5P1XA 4LAPA 5P2EA 3FV3A 5ER2E 2NXMA 3SA9A 3PBZA 4PYVA 2P3BB 4TRZA 1XN2A 5P8LA 1HIIA 3BUFA 5P1PA 2FLEA 4RGHA 5P6TA 5P11A 4LXAA 4XX4A 3APPA 2FS4A 4DQGA 3OU4B 2QZWA 2AVMA 3OXWA 4Y57A 5P87A 1MT9A 5P1OA 1ODXA 5P59A 5P6WA 2G1OA 1RNEA 5E5KA 3TPLA 4GMIA 1LYAB 2HB4A 3R4BA 4J0VA 4Y4GA 4YD7A 3APRE 3GI4A 2VA7A 5P3CA 2CENA 5HDZA 1MT7A 5OZ7A 5P2HA 1XL2A 1ZPKA 5P6QA 3DV5A 3SM1A 2BQVA 2IL2A 2WECA 9HVPA 3VF3A 4R8YA 5P4CA 5P1LA 5F00A 1HIVA 2IGYA 5OZIA 4CPQA 4ZE6A 3S43B 5P7SA 2HC0A 3H0BA 3UDRA 5P34A 2RKFA 2WF4A 3PI5A 5P83A 3A2OA 2OHNA 2PSVA 5P1AA 1K1TA 2ZJKA 1XDHA 1YX9A 5P0QA 5P4PA 4Y5GA 4APRE 5BWYA 5P80A 2NTRA 5P54A 2QHZA 5P3LA 1A30A 3GGAA 3O9CA 5P4LA 5OZ4A 5P7UA 4EJLA 5P35A 5P7RA 3HBOA 4I8WA 3KDBA 4Y47A 4PEPA 4YD3A 4UPJA 2A4FA 4PZWA 1TQFA 1BWBA 4YDFA 2PH8A 3EL5A 1HSIA 3K5FA 1AAQA 5P08A 2AOGA 4EPJA 5P5KA 1EEDP 1HBVA 5P36A 7UPJA 2QNPA 2QZXA 1BV9A 3NDTA 2ZJLA 3OUDA 1SBGA 3ZKNA 5P50A 5P8BA 1HSGA 5P6EA 4GJ9A 5P3TA 3QS1A 3B7VA 4RRNA 4ACXA 1PPKE 2VA6A 4Y3NA 5HU0A 2I4DA 2AOJA 3DJKA 5OZQA 3VYFA 1W5WA 4D89A 3OGPA 5APRE 4B1CA 5P8OA 2PSUA 2AOFA 2AZBA 3FNUA 3DK1A 2PK5A 3OU1A 5P0FA 5IVQA 5B18A 2IKUA 5P38A 3KYRA 2VIYA 5P4NA 2F3KA 5DGUA 5C9BA 1A8GA 4HEGA 1FGCC 3LIZA 5P6PA 3T7XA 1EPLE 2AZCA 2R8NA 4Y3DA 2JE4A 5OZPA 3Q4BA 5P12A 4OD9B 1SDUA 4Y5MA 4J1CA 4Y3HA 3UQXA 3B80A 3NLSA 3PLLA 2B42A 2R5PA 1KJ4A 2QAKA 5P7AA 4RLDA 5P62A 2Q3KA 4Y3MA 2G20A 3GI6A 5P0IA 2ZJIA 5DR8A 5P4AA 2ZHTA 1GVWA 2AOIA 4YD6A 5P6NA 3HZCA 4RCFA 2AODA 3EKVA 4ZEAA 1A9MA 3O9IA 4YCYA 2FDDA 3PI0A 2PWCA 5KQZA 5KR1A 5P5ZA 5OYYA 5P1BA 3ZL7A 4GJBA 3VFBA 4DPFA 5P0VA 2VKMA 1N49A 5P6VA 5P5NA 4DJVA 1F34A 4Y4EA 1ZSFA 1C70A 1HVKA 4FSLA 2OHTA 5OZ3A 5P3XA 1IBQA 2I4UA 2FGVA 5P1NA 4Y5AA 3NR6A 4J0YA 5P7TA 2UY0A 5P5JA 1OHRA 1NPWA 3CKRA 2NNPA 4DH6A 4Y38A 4Y3RA 3CYXA 5P22A 2WF2A 4NJTA 1IVPA 2VIEA 4OBKA 2BKTA 3GW5A 1BXOA 1UH7A 5P67A 5P03A 5P42A 1EPPE 5P55A 4EQ0A 4Y3QA 5BS4A 3JW2A 3SLZA 2QZKA 1MRWA 3I6OA 5P01A 5SY3A 2ER9E 3VSWA 4BEKA 5P7EA 3NU5A 2QD8A 4DJYA 5P5QA 1BXQA 4K8SA 5P3GA 4AUCA 1T3RA 4XKXA 3S56A 1K2CA 5OYZA 3TOFA 2IGXA 2VS2A 5P3VA 3FNTA 5P81A 4N00A 3CMSA 5P0LA 5P1DA 5P0OA 5DR0A 3KA2A 2AOHA 1FQ7A 1FFIC 3S2OA 4GJ8A 4Y3SA 3Q5HA 4A6BA 1JLDA 3OUDB 3OUCA 4ZLSA 3O9EA 5CLMA 1B6KA 1FKNA 2NXLA 2P3BA 1Z1RA 5P82A 3SA7A 5AH9A 3INHA 5OZHA 4EHCA 4Y4TA 3EL0A 3QP0A 3OUBA 4DQEA 2QI7A 1A8KA 1T7JA 3ZMGA 1EBZA 5P0TA 3IVHA 4CPUA 4DFGA 1APVE 3OU4A 5P79A 3PLDA 5COPA 4YHQA 4Y3JA 1ZP8A 4J0PA 1W6IA 5P46A 4ZIPA 3KFPA 4DJQA 1YM4A 5HE4A 5OYUA 1Z8CA 5P0XA 3L5BA 2I4QA 2BKSA 1LYAA 4KE0A 4JPEA 2IENA 1LV1A 5P48A 4Y6MA 1YTGA 2QMFA 1D4HA 5P0UA 5P4GA 1SGUA 3LZUA 1K2BA 3PSGA 4TVHA 4DJUA 1D4IA 4Y4ZA 1HXBA 3HLOA 3NXNA 3GGXA 1WKRA 2QI6A 1NPAA 5P7ZA 1APTE 1MVPA 5AHCA 4GJDA 3URIA 5P6FA 1EPNE 3OADB 4K4QA 4D88A 1RV7A 1META 2QI1A 3LIYA 3K5DA 1G35A 1T6EX 5OYWA 4Y54A 5P52A 3CIBA 5P3AA 3EKQA 4FIVA 3HW1A 5P8PA 3EL1A 5P3PA 5OZLA 5P00A 5P53A 2VNMA 3EXOA 3O9HA 6UPJA 4IVTA 4L7HA 4WY1A 2ASIA 3GGUA 5SZ9A 7HVPA 4YBIA 5P0HA 3KFSA 5P2GA 5P8TA 4FLGA 5P85A 5P28A 4BELA 3RSXA 1IZHA 3K5GA 3Q3TA 2XFKA 4L6BA 1E82E 5PEPA 5AHAA 1HTRB 2I0DA 4Y48A 5P4YA 1PPLE 4Q1NA 5P0EA 3UDJA 5OZVA 3VV6A 3NU3A 5OZUA 2QI4A 4ZPEA 1GNOA 1K6TA 2AOCA 2FDPA 1NH0A 3ZKIA 5P5MA 5AHBA 5P6XA 5P8SA 3PJ6A 4F74A 1HRNA 1FB7A 5P2UA 2G1NA 5P8KA 3K4VA 4AMTA 3UFLA 1PROA 2HB2A 3L3AA 4J17A 4RYGA 5SXNA 2O40A 3KM4A 5P2SA 5P7OA 2VJ6A 4FAFA 1XE6A 4DJWA 4FAEA 3U7SA 2OF0A 2OHKA 4Y50A 3RVIA 5P2RA 1QS8A 1K6PA 5P5PA 1LYWA 2R9BA 2PYNA 1FLHA 4RCDA 5OZYA 5P2IA 1TCWA 1FIVA 5P19A 4DJRA 3I25A 3OOTA 3OXVA 5OZ6A 1WBKA 2VJ7A 3EM6A 4HE9A 1FFFC 3PHVA 3OQAA 2IRZA 3CIDA 5AH6A 4FE6A 2QD7A 5P3QA 3KMYA 3S7MA 5ENKA 5P3YA 3O99A 3IAWA 1TW7A 4Y3TA 1OEXA 1MRXA 5P58A 1XN3A 4MC9A 5P3FA 3K1WA 5OZGA 5P84A 4GIDA 4I1CA 2XFIA 3OHFA 5P7QA 1UH9A 4GZFA 5P69A 3UHLA 3EKTA 5P1WA 2FDEA 3OTYA 5KOQA 3BC4A 5P1GA 2G24A 3LHGA 4HDBA 4DQHA 1SDTA 5P5YA 3IVIA 3QROA 5P64A 5P5OA 2RENA 2O4LA 4MC1A 5P7XA 4J0ZA 5KR8A 2PC0A 4D8CA 5OYTA 3KFNA 3T7QA 5P2TA 5IVSA 1YM2A 3VYEA 3NYGA 5P0SA 5EZXA 5P51A 4FM7A 3S85A 1FMBA 5KAOA 5P7KA 2P4JA 4Y41A 3UPJA 1BIMA 2CEJA 1MIQA 4BFDA 1HEFE 5I3WA 3HAUA 4QJ6A 5OZZA 1ZSRA 2AOEA 5P6AA 3RSVA 5P75A 2ZJNA 3QIHA 5OZ9A 5P61A 5P3ZA 4KUPA 4Y3EA 2BPXA 1Z1HA 3SFCA 1Q9PA 1SH9A 3LPJA 2IKOA 5P3KA 5P7LA 4DVFA 3ZKGA 4EP2A 3O9GA 3WZ7A 4F75A 2XYFA 4Y5LA 5P72A 2P3DA 2HIZA 1ZAPA 4DPIA 4RCEA 1ENTE 2QHYA 5P0PA 8HVPA 5P76A 1TSUA 4EJKA 3RU1A 2NR6A 5F01A 5OZJA 3QI1A 4CPXA 3EMYA 1B6MA 5P04A 5P5EA 1DMPA 4Y5PA 3INDA 3TH9A 1FQ6A 5P39A 5P1KA 3VSXA 2UPJA 3H5BA 4RYCA 5P6BA 1C6YA 1IDAA 5DQ4A 1M4HA 5P7BA 5I3XA 3VV8A 1F7AA 2BPZA 5P2XA 2NPHA 1D4YA 4I0FA 4TRYA 4LHHA 5P24A 4Y4JA 4QJAA 4RVIA 3BGCA 4Q1YA 5P10A 4DUSA 3VYDA 2MIPA 3VF7A 5OZ2A 2AVQA 3ZPTA 3QVCA 1HOSA 1UH8A 3WB5A 2H6TA 5P2CA 3MSLA 5P3SA 4FSEA 2IEOA 4QJ2A 5P8AA 4Y37A 5OZ5A 5OZTA 1XE5A 4YD5A 3TNEA 1LYWB 4Y4AA 1AXAA 5P3IA 1GVUA 4RVJA 2ZHVA 4Q1XA 4Y53A 4RROA 5OZNA 2HPFA 2G22A 4OC6B 2AVSA 3S45A 4FL8A 5P0BA 3BGBA 5HE5A 2V13A 4GJ5A 3VUCA 4AA9A 3SA8A 1QBUA 3DM6A 1LF2A 5HE7A 3KFRA 5P23A 3NDUA 5P5AA 4H3GA 2G1SA 4CP7A 1ZBGA 4PHVA 1FQ5A 2HB3A 4J55A 5P2LA 4I0DA 4GJ6A 5P0AA 4OBFA 5P4FA 3LZYA 5P6KA 5HDXA 5J25A 2B7FA 3PVKA 3Q6YA 4Y5CA 4GB2A 4GJCA 2R5QA 4EQJA 2O4KA 4I10A 4RRSA 2QMGA 1HSHA 3NU6A 5CONA 1MTRA 3OTSA 2JJJA 3OADA 3PCZA 3FIVA 5P8FA 2HS2A 5P6ZA 1HVJA 4R5NA 1AIDA 2AIDA 4CMSA 2QMDA 5P29A 3TPRA 3ECGA 4J5JA 3OGQA 3LIXA 2CEMA 4EJ8A 4RVXA 2HAHA 1LYBB 1W5YA 1W50A 4Y3YA 4ZSRA 3ZPSA 1MERA 3FX5A 3LIQA 4Y5BA 1B6PA 5P0JA 3PRSA 5P8JA 4OBJA 5AH8A 4KB9A 5P6DA 4I0ZA 5OYXA 3PGIA 4Z22A 2Q15A 1AJXA 5OYVA 5P8HA 1HXWA 4YCKA 4M8YA 5DR4A 4F76A 2V00A 3UFNA 4Z2ZA 5P5LA 5FIVA 1KZKA 5OZSA 2ZJHA 4Y3FA 2J9JB 4Z50A 1YT9A 4I11A 5ISJA 3IXJA 2BBBA 5P74A 5P07A 3PB5A 4NPTA 4CPTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IZI A;  2QMP A;  4HZT A;  1APU E;  4OBZ A;  5KQF A;  1YTI A;  1EPQ E;  2I0A A;  4H3J A;  4HDF A;  1HIH A;  3IXO A;  4Y43 A;  5HCO A;  1K6C A;  2G1Y A;  3EKX A;  1KJF A;  1MSN A;  2ZDZ A;  3KF0 A;  3O9B A;  1AVF A;  5P71 A;  1IZD A;  5P73 A;  4JOO A;  3UCB A;  4EYR A;  5OZE A;  4ACU A;  5P77 A;  5P6O A;  1SIV A;  3SO9 A;  3MXE A;  1GVV A;  4CPW A;  2AZ8 A;  2APR A;  3LPI A;  4J1H A;  2I4V A;  1PPM E;  5UPJ A;  3LPK A;  1BDR A;  2A1E A;  5COO A;  2FIV A;  5P3W A;  2PYM A;  1BIL A;  4FM6 A;  4CPR A;  3NDW A;  3URL A;  4QJ8 A;  5P3N A;  3M9F A;  4J1K A;  5OZO A;  5P70 A;  4CPS A;  1MEU A;  2FGU A;  2ZYE A;  2XFJ A;  3OU1 B;  2Q54 A;  4MC2 A;  1M43 A;  2JXR A;  5P1V A;  1FQX A;  1YG9 A;  4YOA A;  2WF1 A;  1HVH A;  4DJO A;  1AJV A;  5P1Z A;  2V12 C;  3WSJ A;  3VF5 A;  4I0I A;  2BPY A;  5P0D A;  4Y3G A;  1GNM A;  4I0G A;  5P4B A;  4B72 A;  3SA3 A;  5P7F A;  3L5F A;  3S43 A;  3UDP A;  2B8L A;  2F81 A;  3D3T A;  2Q64 A;  3LNK A;  1DW6 C;  1WBM A;  4CKU A;  5P6U A;  3NDX A;  4JPC A;  5P4U A;  1K6V A; 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 3T7X A;  1EPL E;  2AZC A;  2R8N A;  4Y3D A;  2JE4 A;  5OZP A;  3Q4B A;  5P12 A;  4OD9 B;  1SDU A;  4Y5M A;  4J1C A;  4Y3H A;  3UQX A;  3B80 A;  3NLS A;  3PLL A;  2B42 A;  2R5P A;  1KJ4 A;  2QAK A;  5P7A A;  4RLD A;  5P62 A;  2Q3K A;  4Y3M A;  2G20 A;  3GI6 A;  5P0I A;  2ZJI A;  5DR8 A;  5P4A A;  2ZHT A;  1GVW A;  2AOI A;  4YD6 A;  5P6N A;  3HZC A;  4RCF A;  2AOD A;  3EKV A;  4ZEA A;  1A9M A;  3O9I A;  4YCY A;  2FDD A;  3PI0 A;  2PWC A;  5KQZ A;  5KR1 A;  5P5Z A;  5OYY A;  5P1B A;  3ZL7 A;  4GJB A;  3VFB A;  4DPF A;  5P0V A;  2VKM A;  1N49 A;  5P6V A;  5P5N A;  4DJV A;  1F34 A;  4Y4E A;  1ZSF A;  1C70 A;  1HVK A;  4FSL A;  2OHT A;  5OZ3 A;  5P3X A;  1IBQ A;  2I4U A;  2FGV A;  5P1N A;  4Y5A A;  3NR6 A;  4J0Y A;  5P7T A;  2UY0 A;  5P5J A;  1OHR A;  1NPW A;  3CKR A;  2NNP A;  4DH6 A;  4Y38 A;  4Y3R A;  3CYX A;  5P22 A;  2WF2 A;  4NJT A;  1IVP A;  2VIE A;  4OBK A;  2BKT A;  3GW5 A;  1BXO A;  1UH7 A;  5P67 A;  5P03 A;  5P42 A;  1EPP E;  5P55 A;  4EQ0 A;  4Y3Q A;  5BS4 A;  3JW2 A;  3SLZ A;  2QZK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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