5F9TA

Crystal structure of streptococcus pneumoniae nanc, covalent complex with a fluorinated neu5ac derivative
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
659
structure length
659
Chain Sequence
ETPVLEKNNVTLTGGGENVTKELKDKFTSGDFTVVIKYNQSSEKGLQALFGISNSKPGQQNSYVDVFLRDNGELGMEARDTSSNKNNLVSRPASVWGKYKQEAVTNTVAVVADSVKKTYSLYANGTKVVEKKVDNFLNIKDIKGIDYYMLGGVKRAGKTAFGFNGTLENIKFFNSALDEETVKKMTTNAVTGHLIYTANDTTGSNYFRIPVLYTFSNGRVFSSIDARYGGTHDFLNKINIATSYSDDNGKTWTKPKLTLAFDDFAPVPLEWPREVGGRDLQISGGATYIDSVIVEKKNKQVLMFADVMPAGVSFREATRKDSGYKQIDGNYYLKLRKQGDTDYNYTIRENGTVYDDRTNRPTEFSVDKNFGIKQNGNYLTVEQYSVSFENNKKTEYRNGTKVHMNIFYKDALFKVVPTNYIAYISSNDHGESWSAPTLLPPIMGLNRNAPYLGPGRGIIESSTGRILIPSYTGKESAFIYSDDNGASWKVKVVPLPSSWSAEAQFVELSPGVIQAYMRTNNGKIAYLTSKDAGTTWSAPEYLKFVSNPSYGTQLSIINYSQLIDGKKAVILSTPNSTNGRKHGQIWIGLINDDNTIDWRYHHDVDYSNYGYSYSTLTELPNHEIGLMFEKFDSWSRNELHMKNVVPYITFKIEDLKKNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Neuraminidase C
publication title Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
pubmed doi rcsb
source organism Streptococcus pneumoniae
total genus 200
structure length 659
sequence length 659
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-12-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02012 BNR BNR/Asp-box repeat
A PF02973 Sialidase Sialidase, N-terminal domain
A PF13088 BNR_2 BNR repeat-like domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.220.10 Mainly Beta Beta Barrel Intramolecular trans-sialidase; domain 3 Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 5f9tA03
2.60.120.200 Mainly Beta Sandwich Jelly Rolls Jelly Rolls 5f9tA01
2.120.10.10 Mainly Beta 6 Propeller Neuraminidase Neuraminidase 5f9tA02
2ZACA 3AZYA 1IS5A 2FMDA 1EURA 4YZ2A 1MACA 2WQZC 4MJVA 5KXEA 2QWGA 1DQ0A 1YIFA 3UK9A 1LEMA 4GZXA 1DQ1A 4AVTA 4KS2A 2AGSA 1FX5A 3POSA 4FOYA 4GZSA 4FVVA 1DQ2A 4CPOA 2A6ZA 4Z8BA 2HTQA 4WV8A 3NN9A 1JXNA 1QNWA 3M1HA 3GVJA 3RRDA 2CWSA 2F24A 1LGNA 1DQ6A 2WNEA 3TI4A 1I3HA 1VALA 4GJTA 4Q26A 4HL0A 2VW0A 5DXDA 5AVAA 2NP0A 4I00A 1MVEA 2XZKA 2VSMA 3O12A 4YM2A 3SITA 3VKOA 3AYEA 2GDFA 4IQPA 3WVJA 3AP6A 1S1AA 5T5LA 1L7HA 4GA9A 2DUPA 1NN2A 1NMBN 4FPKA 3UJQA 2SILA 5H9QA 2YDTA 2F29A 2F25A 1YI7A 2CY6A 3POYA 4FPHA 2JE7A 1ULFA 1DILA 4Y1VA 1CPNA 1SACA 4XJUA 3WUCA 2EIGA 1R1ZA 4AGVA 1B9SA 1A14N 5IK7A 3INAA 5DUXA 4JCKA 1UZZA 2JECA 4FPFA 2C9AA 2W68A 1LECA 4GKXA 1UPSA 1WLWA 4XOGA 4KBBA 1XOEA 3WDTA 1KITA 4X47A 1AXKA 2CTVA 3K3AA 1QGLA 1LOGA 2AUYA 4DRVA 4X6KA 3ZXKA 5M1ZA 4M3MA 1NCAN 2F12A 2F10A 3AZVA 3SLIA 5JVVA 3WCRA 1X50A 3CYEA 5EYXA 4GZOA 1WLDA 4ATEA 2BATA 2H0BA 2WT0A 5JOXA 1BZWA 3D12A 4BLIA 1AXZA 5GZEA 3GNEA 4NOTA 2QWIA 3WDYA 1WW4A 4M3CB 4YW1A 2BERA 3M3OA 2A5ZA 5KXDA 4LBOA 1MR5A 2FHRA 3Q9OA 1JBCA 1OFSA 5CA6A 4C1XA 3WG4A 4CPMA 2ZMKA 3WZ1A 1UAIA 4NCSA 2HT5A 2UURA 4Q2FA 4XJ8A 2VXRA 3WG1A 4K1ZA 1W6NB 4XIOA 1H30A 2HT7A 4BBWA 1W6MB 4MWVA 4YG0A 3O0XA 1YXWA 4FQZA 2GMEA 4K3YA 3N7KA 4W65A 1AJKA 2B7YA 3RMXA 4XJQA 3O9JA 4UW6A 1NMAN 4CPZA 2DUOA 1INFA 4B7RA 2ZGTA 3T2TA 4Q6KA 1UN1A 3BIWE 4Y20A 1DYPA 1W6OB 3ZXEA 1AF9A 4XMIA 2EXIA 3MEPA 1IKPA 4ASMB 3UJOA 3H73A 3INBA 1S0JA 2LALA 2GMMA 3WUDA 1QOOA 2VW2A 2EALA 1IS3A 2D6PA 2ZKNA 7NN9A 3ZVXA 1WD4A 1ENRA 5GLVA 3B00A 3IKWA 2YA6A 2HT8A 3AP7A 2QWDA 4AWDA 3K39A 3ILNA 2D3PA 2BF6A 2LTNA 4PQ9A 3OY8A 4K20A 3CL0A 1HLCA 5IUQA 3FUOA 1W6PB 4B7QA 3TI8A 2D6KA 5GJ6A 1DGLA 2YA5A 3RSJA 2ES3A 3WNXA 1LULA 2Q5TA 2PHFA 3AYAA 4XBLA 2DURA 4XXAA 4Y22A 3R05A 1LEDA 2XG3A 3ZYPA 1XOGA 3BOPA 4BQ1A 2YXSA 1GLHA 1QF3A 2PHWA 2BQPA 1KJRA 1SCSA 4Y1UA 1V6NA 4YG6A 5GLWA 2UWCA 4WZFA 1V3EA 2GNTA 1NMCA 2WSUA 1BYHA 1WLCA 2ZGMA 5JDBA 1N1YA 5T54A 4XILA 3USUB 5HCAA 3I4IA 2KM2A 1H9WA 4GB1A 3D4KA 1JW6A 4LBQD 4MWWA 5T5PA 4P14A 2F11A 5H9RA 1GZWA 2ZBJA 3ASIA 3OGGA 1AX0A 2A3XA 3IM0A 3N7LA 1V6KA 2RKCA 1JHNA 3WG3A 1SLTA 1KRIA 1WD3A 1JOJA 2RHPA 5GZGA 4FJ6A 3SH4A 2D3SA 5T55A 5KXBA 2W5NA 4FZHA 4FPYA 4NC5A 2P3JA 4JC1A 3WHTA 2HTYA 4XJAA 2D3RA 1W0PA 2ZAAA 3N36A 3FLTA 1LGBA 3JUUA 1V3BA 3A4UA 5H9PA 1LHOA 2OVUA 5IK4A 4CPLA 3TAYA 5GLTA 5JLVA 1RINA 3LSDA 2F0ZA 2HTUA 2DVFA 3IMNA 1Z4YA 1NCDN 2WKKA 3DUIA 1MWEA 3IPVB 2UWAA 4M3CE 2C4AA 2NYYA 3BEQA 4XJZA 2P3KA 2ZHKA 4PCRA 3FUQA 1Q56A 1FNZA 1QU0A 2VK5A 4TYSA 4XXPA 1JYCA 1IVBA 5JYYA 4BMBA 3B01A 4AYUA 5IK5A 1LOFC 1G9BA 3V0BA 1VCUA 2DVBA 1LHNA 2D6MA 4FPGA 4BOWA 3H6JA 2QWJA 2CNAA 2A3WA 4LBJA 4DPNA 4XE9A 1S0CA 1VAVA 3PVOA 1LOBA 1APNA 2CWMA 2W39A 3TICA 5EYYA 3CL2A 1RITA 4AGRA 2A6YA 4Q1PA 2YA8A 3WHUA 1SBEA 2CYFA 1LHVA 1CQ9A 3AP9A 5FREA 4FPCA 1PZ9A 4Y24A 1SLIA 1LGCA 4YZ3A 3MPPG 3PVNA 4YFZA 4M01A 2EAKA 4CPNA 2QWBA 4MWJA 5LK5A 4ZXKA 1E8UA 3HMYA 3PVEA 3V0AA 3JU4A 2NMOA 2YZ4A 4D69A 4YW4A 1Z4WA 3RG0A 3D6EA 1NCCN 4HIZA 2EF6A 1QOTA 2R0FA 2AEPA 2P37A 1CESA 3T1EA 3LCPA 4MZEA 1Q8OA 1SLLA 4DGRA 1V0EA 3ZSJA 2QWHA 2QWCA 3CKZA 2EXJA 4WVWA 1INGA 1NNAA 1ULCA 3HR9A 3VKFC 4GWMA 2OW4A 4K1YA 1NXD1 1VCJA 4Q27A 5T5JA 1C1FA 4HZZA 4YLZA 4MZAA 1KQRA 1L7FA 1VIWB 1PZ8A 3RMYA 3IN9A 3TI6A 3BODA 2PHRA 2QWKA 5B2CA 4K1JA 1C4RA 1CIWA 4LBLA 1ULDA 1UX6A 4Q8KA 4BMEA 3OYWA 4FPJA 4DQAA 3K36A 3ZSLA 2A75A 4LBQB 3ATGA 5GZCA 2D6OX 1Q8PA 1S0BA 4WEGA 2GNBA 1F31A 3UL2A 4NN9A 1UL9A 1W20A 1QMJA 1BXHA 3AXDA 2GN7A 2DUQA 1CVNA 2AREA 2ZABA 3M3EA 1G9AA 1FAYA 3SANA 3PJQA 1LOEA 1LU1A 5NN9A 5CAZA 1W21A 5GLZA 1W0OA 2ZA9A 1LODA 2NZ9A 5CNAA 4DFSA 4MWYA 3U4XA 1ULGA 1QDCA 1W1XA 1GYKA 1W6QA 2ZZJA 3GALA 1LHWA 1MZ6A 4KS5A 1AX1A 1AX2A 2AH2A 1Q8QA 1B9TA 5GM0A 4C1WA 6NN9A 3DGTA 1ULEA 2ENRA 1QNYA 1WCSA 1ZM1A 3O9KA 3FLRA 2VK7A 1IVEA 2UU8A 1EPWA 2YMZA 1FYUA 3KQRA 3MW3A 4J9TA 1JYIA 1V3DA 1CPMA 4GZWA 1ENSA 4GDIA 2XZJA 4YZ5A 4CZSA 1SLCA 4Q8LA 4Y1YA 1KJLA 4K21A 4PF5A 1SNTA 1V00A 5CBLA 3K38A 3C2UA 5JMCA 4GKYA 4KS1A 3WDUA 1F5FA 3AZXA 1V0ZA 4GALA 1QDOA 4Y26A 1BQPA 1EUSA 1DFQA 1GNZA 5HCBA 3NV3A 1GZCA 1SO7A 1V6JA 1O4ZA 4DS0A 1DBNA 1MS1A 2G4IA 1LOAA 1O4YA 1PZ7A 3PMEA 3SALA 1S0FA 2A70A 5DUWA 2VK6A 2W20A 3AK0A 1SFYA 3B9CA 3NWKA 2SIMA 3LSEA 4HZWA 1FV2A 4L8QA 5E89A 3AXEA 3ZXLA 3B69A 5H9SA 2ZGRA 3B7EA 4ISRA 5SV8A 1LOCA 3FFZA 4K1KA 4DRRA 3N7MA 4R9BA 5DUUA 1DHKB 3AP4A 4KS4A 2Z42A 1Z50A 2E7QA 1HKDA 1IVCA 4FQ4A 1DQ4A 1DQ5A 3WDVA 2B8HA 2WJSA 3N7JA 2ARXA 4AGGA 2D6NA 1CJPA 3TIBA 4LBNA 1CN1A 2GMPA 5IK8A 3ZYRA 1GKBA 3R4SA 1Z4ZA 4XJ9A 3ZXFA 2PHTA 3V65A 1GZ9A 2DVDA 3TB0A 2A3YA 1UZYA 1XQNA 1LHUA 1YRZA 3A0NA 4FVKA 4MX0A 5GZDA 5BYNA 1V2IA 1WW7A 1Y7BA 4XMAA 3POWA 3O0VA 2ZGOA 1F9KA 4Y1ZA 4QN5A 4FP2A 5L73A 3SISA 4HANA 1LENA 2CL2A 1NNCA 2ZGPA 2ZHLA 3L2YA 4MWXA 4M4NA 5DZGA 2AENA 5HUKA 4Y1XA 3AFKA 1IVFA 2DU1A 1C1LA 1N1TA 2OUHA 3AJZA 1YO8A 1USXA 3WLUA 1LTEA 2D44A 5GALA 5B2DA 1B9VA 2UWBA 3ILFA 2DTYA 5EWSA 1LJ7A 4MWLA 2A7AA 2W08A 1FATA 4YW5A 2W52A 5GZFA 2AR6A 2R49A 3AP5A 2QWEA 4FOVA 5DZFA 4Y20B 3SH5A 5DZEA 4GZPA 4F83A 1V6IA 1LU2A 2GNDA 2R0HA 1HQWA 4YGDA 3AZZA 3R4UA 3ZSKA 3M3QA 3QLQA 1G9FA 3W59A 4MYEA 5T5OA 3ENRA 4YG3A 2CMLA 4FOQA 2YA7A 1N47A 1AXYA 2E51A 4BPZA 4UW3A 2VY0A 4YM1A 2D6LX 2WT1A 4FPOB 1E8VA 2ARBA 1BJIA 2HTWA 2P34A 1MZ5A 4PBPA 4GZQA 1FV3A 4K1HA 2P3IA 2R16A 4WEFA 3W58A 2C4LA 2E7TA 1GANA 1G86A 4M3CA 2ZGQA 3AYDA 1SBFA 4FPEA 3NSSA 3TIAA 2DVAA 2ZGSA 3OY8B 1VAMA 4MWQA 1ENQA 1JN2P 4U36A 3VKMA 1NSCA 2ZGKA 1IS4A 4Y22B 1W6NA 4CPYA 1OQ1A 5E88A 1W6MA 1DYKA 3WV6A 1MS9A 4XDQA 5HCFA 4WA4A 4D8SA 1GBGA 2XZIA 3TI5A 3AX4A 1FNYA 1G8WA 3T1MA 1GICA 4QN6A 1MS8A 1WUVA 1W6OA 1YYNA 4XZPA 2HU4A 4LBKA 1OKQA 1S0DA 3H71A 3O5SA 4R9AA 5CB7A 4WA3A 2EXHA 4CTEA 3ALWA 4YFWA 4RA0A 1CONA 1D2SA 5IT6A 4R9CA 1A78A 1SBDA 2A71A 2YV8A 4XBQA 4GDJA 3AJYA 3GVLA 1SCRA 1GZWB 1BJQA 1G9CA 4GEZA 4HZVA 4YM0A 3MW2A 2HTVA 2EXKA 1F8CA 1N1SA 3NV1A 1N1VA 1IVGA 2DV9A 1I1EA 3ALXA 4X49A 2HYKA 2VH9A 1W6PA 3ZPYA 1V3CA 2VVZA 4QNPA 4ISQA 2R1BA 4MWUA 2DTWA 4Q1RA 3WDWA 2A6XA 5F9TA 3D5OA 4XHBA 4KS3A 4M00A 3ZXJA 1JUIA 2VSKA 4QN4A 1EUTA 3OBRA 2QWAA 4YGBA 4XHXA 1HDKA 3K37A 3TI3A 2GALA 1S0IA 2TEPA 2ERFA 1Z0HA 4NO4A 2YY1A 4K1IA 2SLIA 3H0OA 3OPZA 2W38A 2DVGA 4WVVA 1RIRA 4FP3A 2D7FA 1MS4A 4XBNA 4XJRA 1A4GA 2NN8A 3APBA 4ATFA 1WW5A 5JOZA 3USUA 1INHA 1SLBA 1QKQA 3WOGA 1GSLA 1ONAA 4XIKA 3GVKA 3V0BB 4AVVA 4MJUA 1LOFA 2ZGUA 3VUOA 1E8TA 4H53A 2ZB5A 3I8TA 4XTMA 4QN3A 1F8BA 4ZKTB 1MVQA 4XJWA 1J1TA 1U0AA 1SLAA 1V6MA 1Q8SA 2ZMNA 1ZA4A 1GNHA 5KXCA 2AEQA 1DLLA 4BLJA 1DIWA 3A71A 2I2SA 4YGEA 3AYCA 2OUJA 4UW4A 1Z4XA 3FBYA 4CRQA 1KDMA 1INWA 4JRAA 3NV4A 4YZ1A 4BM8A 4XTPA 3VKNA 5DUVA 3CNAA 1QOSA 1TEIA 1F8EA 3V0AB 2XB6C 1V6LA 4YM3A 3W09A 4ITCA 4LBMA 2XCYA 1W8OA 1F8DA 3IPVA 3WG2A 1BKZA 1S0GA 1AJOA 1N3QA 4H52A 2JD4A 2PHXA 3T1LA 5HX0A 4I30A 5GLUA 2F13A 3MW4A 2F27A 1MS0A 2A6VA 5JOYA 3HN1A 3WDXA 1Q8VA 1N3OA 4GZTA 4X4AA 1W8NA 5FRAA 4MC7A 5E8AA 1AZDA 1DIMA 3A72A 2NM1A 2E53A 4FPLA 1WBLA 1IKQA 2E6VA 4QN7A 3QCWA 2DWRA 4YGCA 3SILA 4YW3A 4P9XA 3N35A 5HUNA 3OYWB 2GNMA 1WW6A 4R9DA 1G7YA 5HUMA 2ZGLA 2V73A 4GXLA 2BZDA 4HZYA 1IS6A 5F5QA 3D11A 1WBFA 2P2KA 4RL7A 3M2MA 3VV1A 1DZQA 2WLQA 4XYXA 3M3CA 3AZWA 4SLIA 4B7MA 1HQLA 1IVDA 1URXA 1C57A 4JF7A 2PELA 2V5YA 2VWDA 2SBAA 1S0EA 5T50A 1H9PA 2YROA 2NMNA 1A4QA 1LCLA 4M4VA 1INVA 2WT2A 4P9YA 3V64A 1NSDA 3ILRA 3JU9A 3RS6A 2AYHA 4M3CF 4PBOA 1A3KA 1NNBA 2WSVA 2JE9A 3ZSMA 4MWRA 1V0FA 1W6QB 1B09A 2VUAA 5EXOA 4WA5A 4B7NA 5DG1A 2JDZA 3SNMA 4UF7A 2ZHMA 1Z4VA 1MS3A 1D0HA 4YZ4A 1KDKA 1EUUA 2C5DA 1VLNA 1CR7A 2ZMLA 4UW5A 3OBTA 4GWNA 2PHUA 4H55A 5HUGA 4FOWA 4B7JA 3SH3A 4P9WA 2ZHNA 2ZB6A 4OZXA 2VW1A 2DYCA 4HZXA 1MS5A 1INXA 3N3HA 1GV9A 2VU9A 1NLSA 2HTRA 5JOWA 2R1DA 1L7GA 4LBQA 1UKGA 5T52A 1UMZA 4TZDA 1LESA 2JKBA 1NSBA 1NCBN 3RQ0A 3O0WA 1Z78A 1INYA 3FLPA 2YDPA 4YW2A 1WCQA 1AVBA 2A6WA 3B3QE 1N3PA 2DU0A 2QWFA 1V6OA 3H72A 2HU0A 4M4UA 2F26A 2GN3A 2YA4A 1USRA 5DG2A 3NV2A 3WCSA 4AVSA 2W5OA 3KM5A 4U2AA 2JJ6A 1A8DA 2ZGNA 3A0KA 3VKLA 3OJBA 3BTAA 1G9DA 2F28A 2X9MA 2D43A 1IOAA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2ZACA 5I93A 3HN3A 2YB7A 3DKQA 4QU2A 1AR61 3I3DA 4PJYA 1AR82 1IS5A 3AZYA 1PNFA 1XNDA 1ZBE3 4FO9A 3LEIA 4OI4A 5L7OB 2CAVA 2JDYA 2FCTA 4P9LA 2FMDA 4WVZA 2RR11 3WW1A 3W5MA 5KHKA 1I9RA 1EURA 3FBMA 4YZ2A 5ANNA 1O59A 4IE5A 1MACA 4YVSA 2V09A 2WC2A 1N6EA 2WQZC 4MJVA 5KXEA 2QWGA 4HPKA 1DQ0A 1RUH2 3U75A 1YIFA 3WNLA 2MEV1 5IVBA 3UK9A 4CH9A 2WNVB 1AR93 1LEMA 4IEZA 4UFLA 1OLRA 1S2EA 2OT7A 2ZX1A 1J3PA 2Z5WA 1DQ1A 4XVHA 4AVTA 4CCDA 4GZXA 3AVRA 4QDRA 1W8TA 1HV1A 2AGSA 3ZR5A 4EZHA 1ULOA 1FX5A 1R1A2 3POSA 4FOYA 4GZSA 4FVVA 1DQ2A 1UXZA 5LA9A 4AEJA 2A6ZA 4Z8BA 4CPOA 2HTQA 3KVBA 4OQ9A 3BYCA 4WV8A 3NN9A 1RJ7A 1JXNA 2Q8OA 1OA4A 3SC7X 1XU1A 2QZ2A 1QNWA 2ZJCA 3M1HA 1YQCA 1RUI3 4QDSA 5I8YA 4MGZE 3T4VA 2XL9A 2VPJA 3LEGA 3GVJA 2VOTA 3RRDA 2CWSA 4Y5TA 2JG9A 2F24A 4QPWA 1KXGA 3LI4A 2QJVA 1PVC3 3V65B 4FFGA 1LGNA 2VNGA 4BH9A 1NA1C 4EWAA 2K46A 4CEWC 4YRDA 1DQ6A 1M4WA 1C8M1 4EWEA 5EPAA 2DCYA 2WNEA 5F39A 1I3HA 3TI4A 2F4PA 4IEUA 4A6SA 3GZEA 2WAOA 4P9JA 1JZ8A 5FZGA 2Q8EA 4QQ2A 5CVRA 4NHKA 1VALA 2RMU1 2HEYF 4OI1A 4BQ3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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