5FRNA

Crystal structure of the prototype foamy virus (pfv) intasome in complex with magnesium and the insti xz419 (compound 4c)
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
367
structure length
367
Chain Sequence
DAELDQLLQGHYIKGYPKQYTYFLEDGKVKVSRPEGVKIIPPQSDRQKIVLQAHNLAHTGREATLLKIANLYWWPNMRKDVVKQLGRCQQCLITNASNKASGPILRPDRPQKPFDKFFIDYIGPLPPSQGYLYVLVVVDGMTGFTWLYPTKAPSTSATVKSLNVLTSIAIPKVIHSDQGAAFTSSTFAEWAKERGIHLEFSTPYHPQSSGKVERKNSDIKRLLTKLLVGRPTKWYDLLPVVQLALNNTYSPVLKYTPHQLLFGIDSNTPFANQDTLDLTREEELSLLQEIRTSLYHPSTPPASSRSWSPVVGQLVQERVARPASLRPRWHKPSTVLKVLNPRTVVILDHLGNNRTVSIDNLKPTSHQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords PFV INTEGRASE
publication title HIV-1 Integrase Strand Transfer Inhibitors with Reduced Susceptibility to Drug Resistant Mutant Integrases.
pubmed doi rcsb
source organism Human spumaretrovirus
total genus 102
structure length 367
sequence length 367
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-12-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
A PF17921 Integrase_H2C2 Integrase zinc binding domain
A PF18103 SH3_11 Retroviral integrase C-terminal SH3 domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.2300 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Arc Repressor Mutant, subunit A 5frnA04
1.10.340.70 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Endonuclease III; domain 1 Endonuclease III; domain 1 5frnA01
2.30.30.140 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 5frnA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 5frnA03
4FJMA 3EAEA 2MWOA 1KVBA 1BISA 1A5VA 3M8QA 3ZSWA 2G8IA 4BACA 1VRTA 4DQSA 4HUGA 1XI1A 3NFAA 3DLBA 4N4IA 3ASMA 2ETJA 3K5NA 3QINA 3KLFA 3VQPA 3L2UA 1C6VA 3MO8A 5FRNA 1TKZA 4IFYA 4CGDA 4E1MA 1S6PA 1OZ3A 4KHUA 4FJGA 1W9HA 1WAJA 4CK2A 3L3UA 1WGSA 1HQUA 4FJHA 1EP4A 2X78A 3AVHA 4Q0BA 3LDSA 4JRQA 1UA1A 2EKOA 2Q3SA 4DG1A 3PO5A 3QJ6A 3VQ5A 4CHPA 1G15A 3QIIA 1SV5A 3HSTB 4I9QA 1WAFA 4HUFA 4B9NA 5IAYA 4IUVA 5HRNA 1NKBA 3FFIA 1RBSA 4NCAA 3NF6A 4LH4A 4L59A 2R57A 1S1XA 1N5YA 4RG2A 1KLMA 3G10A 2O4GA 4QAGA 3F73A 1LWEA 4N56A 2RO0A 2BE2A 1LW2A 2X6NA 1L3UA 3PX0A 2F8TA 4AHCA 3NTHA 2G8HA 2D5RA 4KTQA 3F9KA 4Z4IA 2B5JA 4IG0A 4JLHA 3V1OA 3SUNA 2E5QA 1BCOA 4E19A 4EDUA 2R5AA 3HXMA 2RHIA 3OMCA 3C94A 3OYLA 4NS5A 3KJVA 3RWUA 3QESA 3QO9A 2P0KA 4N5SA 4FLVA 4FM0A 3QEPA 3LLRA 4DTMA 1S1WA 3ZSOA 1ITGA 3AO4A 1C0TA 3OS1A 1T05A 2DFEA 5J26A 2ITGA 4OKJA 2G8FA 2EQJA 2VG5A 1U45A 3IRXA 5KE3A 1NK9A 4DU4A 2KTQA 4PA1A 3IG1A 1WJSA 1NKCA 1KCFA 1J53A 4CEBA 4FK0A 1TVRA 1NJYA 4IFVA 3RR8A 1SSFA 1TK8A 3LP1A 3UWNA 1QSSA 1N6QA 3ISNC 2GF7A 1C1AA 3L2VA 2PYLA 3HVRA 3HPGA 1Y97A 3THVA 4DSKA 2YNHA 4DQRA 4KHWA 2G8UA 3VN5A 4NYNA 2L8DA 4CF9A 4CEEA 4PY5A 2RJCA 1S6QA 2FBTA 3AVJA 3AVCA 4CEOA 2G8VA 4LSLA 2OPSA 4I2QA 1IG9A 3LGLA 4YNQA 3PFSA 4GY5A 3KD1E 4NCBA 3G0ZA 2RJFA 1DTTA 4LY7A 3AVNA 1CXQA 3K2PA 5FRMA 4CGJA 3FEOA 1F21A 3SQ4A 2G3RA 3VQ6A 4I9LA 4QQGA 2L3RA 4FW2A 4IBNA 1B9FA 3QETA 4CEZA 1UOCA 3KLIA 4PUOA 4FLXA 3OB9A 5DK5A 4RG8A 5CY4A 3PUFA 5M9OA 4E0DA 1NOZA 3EZ5A 2DFFA 4J2AA 4ELTA 4CK1A 1DLOA 2FHDA 2RHXA 3E9GA 4C8MA 3P8DA 3ME9A 3ALYA 2GV9A 1G5VA 2PZSA 4HCZA 1C0UA 3LP3A 3O4NA 5KCOA 4AHVA 4CJVA 3DB3A 3VQQA 1WSHA 5KGWA 3MEVA 2KQ2A 2XHBA 4C5HA 4E7JA 1RTIA 3VQAA 2A1SA 1RILA 4CGHA 3CFOA 3LZJA 3C95A 4NZGA 1L5UA 1KSPA 2XDPA 4IUUA 4CFBA 2RHYA 1KFDA 5KRTA 3TAQA 4HHTA 1QSYA 2BKDN 3AA3A 4F4KA 1HJRA 3AO3A 4KHSA 3MXJA 4BWMA 4Q5WA 5J2NA 4FJ9A 1QQCA 3ZT0A 2RHUA 4FVMA 2BDPA 3OYAA 3PX6A 4M3RA 4CIFA 1U47A 5J2QA 4E89A 4RW7A 3V1QA 2ZD1A 4KHQA 1A5XA 1REVA 1XHZA 4EP4A 5EU7A 4RW4A 4YFUA 2XK0A 4CGGA 4FLTA 1J54A 1NK5A 3OYNA 4X34A 4H4MA 3SUPA 1NK4A 4GW6A 4DSEA 1SKWA 5KRSA 3KKRA 3NBPA 5KI6A 2IOCA 4DSFA 4CCHA 4O0JA 4LSNA 3SD4A 4B9VA 4DTNA 4AILC 1VSHA 4FJ8A 5JS1A 3KLEA 1U04A 1TKXA 4Z4GA 3OQ5A 4J2BA 5SWMA 3K5OA 3H6ZA 3LWLA 5C6SA 1EXQA 4BE0A 3S3NA 3OY9A 4KV8A 5J2PA 1VK0A 3KLHA 4OPKA 4QQ6A 1Q8IA 1NOYA 2HMIA 1KHCA 4O0IA 4Q5VA 4OKKA 2YKMA 1RDAA 3TWHA 2HHTA 4B3OA 1C1BA 4W5TA 4FJNA 2ATQA 4DFJA 2OZSA 2IGIA 3V6DA 3NTIA 4NCGA 1TL1A 3C6TA 3D0PA 4Z4FA 4CF0A 2LVMA 5D6YA 2YNIA 4Y1CA 5J39A 3AVMA 4HTUA 3NDKA 1S9GA 2OA8A 1TL3A 1BI4A 3OYDA 3QEIA 4CF2A 1T7PA 5D3GA 3LAMA 3AO5A 3LYIA 2X6SA 3VQ4A 3RR7A 2VWJA 3ULDA 4B9TA 2EQKA 4Y1DA 1TK0A 4ID1A 4E7KA 4M42A 1ZBFA 4FK2A 2IDOA 4CFDA 3K5MA 3M9QA 2PY5A 4CRIA 1JLBA 4DQPA 2WOMA 4AHSA 3SYZA 1D5AA 4PLLA 1YTAA 4C5EA 4OJRA 1VSKA 4J2DA 1RDDA 3MEGA 3IAYA 1OYXA 4Z4HA 1WSFA 2P5OA 4OGEA 3LZIA 3MEDA 3SQ1A 4N41A 1Z25A 3IS9A 3OYEA 4CJQA 4DSJA 1RT3A 2KFNA 5CYQA 3S3OA 4FZZA 2R5MA 2QKKA 4FLYA 1JLGA 3LPUA 4MFBA 4CGFA 4DTJA 3LALA 1BQNA 4XIUA 1IH7A 4DU1A 3OYCA 2Y1JA 3MEWA 3LH0A 5CIUA 5KCHA 4DSLA 2VG7A 3WNHA 1RNHA 3E01A 3DRPA 4KI4A 5HLFA 2F96A 4R5PA 2RF2A 3HVTA 5J2MA 1W0HA 1FXXA 1S1TA 3C4SA 3OYIA 4DFPA 2BGGA 3PX4A 1A5WA 1LWCA 3I8DA 4CJFA 1BI4B 4A4GA 2O4XA 1U48A 4DTXA 4FLWA 3NGZA 1Z26A 4E1NA 2OPQA 1RDCA 2QXFA 2LDMA 1JL1A 2M1HA 1LWFA 4WE1A 1JKHA 2RPIA 3V81A 3MXIA 3VQEA 3ZT2A 2JGUA 3UIQA 3EY1A 1KVCA 4BDPA 2P5GA 4FW1A 4OVLA 4CEDA 4UQGA 3U3YA 3MP8A 5HP1A 4CE9A 1TAUA 3QEXA 3V9SA 4IUTA 4FZXC 4H4OA 3VQ7A 3DB4A 3SQ2A 4PWDA 1KRPA 2DAQA 4CIGA 3AVLA 4IUPA 4CF1A 2LTOA 3QEVA 4RW6A 4KFBA 1FK9A 1Q9YA 3VQ8A 4QVZA 3O8VA 4E7HA 2KW4A 3ZSQA 3MP1A 5T7BA 5E41A 2B6AA 1VSMA 1BIUA 4CJPA 4AHUA 1LAWA 1BL3A 1XHXA 4B9MA 4ELUA 1VSDA 2CKKA 1JLCA 4ELVA 1ZBLA 4C8KA 1UA0A 2RHZA 4JS4A 2X35A 1S1VA 1KLNA 1KFSA 3DMJA 2VWKA 3NF9A 2R58A 4M3TA 2Z1HA 3QNNA 2BANA 1D9DA 3DRSA 4PLIA 4A4HA 2O4XB 1SL0A 4KB1A 1MU2A 2E6LA 3T3FA 4JRPA 2GFAA 4C5IA 1LV5A 1WJRA 3CFRA 3LAKA 1HPZA 3OYGA 2YHBA 4QOZB 4CJ5A 3ZT1A 3ZEHA 5HROA 4PL6A 1BIZA 4ZHRA 4LD6A 1UWBA 2NLUA 1J5OA 2A1RA 1R0AA 2B8AA 1WSJA 4B8AB 2X4WA 3HPOA 4F8RA 2EFIA 1GOBA 4CHOA 1HNIA 1CZ9A 3DOKA 3K59A 3HP9A 3ZSXA 1HRHA 4RW9A 3P83D 1RT5A 2YKNA 4FJ5A 4DFKA 2G8KA 4KAZA 3OMGA 3AVKA 1SKSA 2HNDA 4N76A 5CYMA 3NCIA 1XWLA 3VA0A 3AVIA 4CHYA 1GOAA 1TKDA 3CYMA 3OA6A 1RTJA 3BDPA 5D6XA 3L2QA 3F70A 4FL6A 4CJSA 2KZZA 3L3VA 3OS0A 3CG7A 2PQWA 2FC0A 3LX7A 4Z4EA 4KKOA 2HHWA 4CIEA 2PYJA 3NGYA 1HYSA 1WLJA 3DLEA 3AA5X 3SI6A 4KHYA 3VQ9A 4DS4A 2X74A 3SJJA 1RBUA 1JLEA 2K3XA 1D8YA 3OVNA 4CJWA 3RMCA 4CEQA 3OYBA 2OZMA 3ZSYA 4IDKA 4HCBA 4E3SA 5D6WA 1IO2A 3TAGA 3L2RA 4Z4CA 3QIOA 3MEUA 2P51A 3DLRA 4FYDA 3O3GA 3HO1A 3NF7A 4Z0UA 3ZSZA 5JS2A 4A4EA 3NH2A 4FLUA 3UT1A 4CJRA 4C8NA 4DLGA 4DTPA 3RTVA 2HB5A 1JLQA 3AVFA 2D9TA 4FM2A 2AJQA 2F5KA 3ZSRA 1ZYQA 2E6NA 1QHTA 5DMRA 4KB0A 3H8ZA 4CECA 4CK3A 2XY7A 3HYFA 1RTDA 3KK1A 1RT4A 3QIPA 4M41A 3ASKA 2YV0X 1NKEA 4DU3A 3NH1A 3ZCMA 1RI0A 2G8WA 4FJIA 3U3GA 2RJDA 4TSXA 3QEWA 3PO4A 3SCXA 3MP6A 4FJ7A 1WSEA 3K58A 5FDLA 2VG6A 4OGCA 4IURA 3NAEA 4L8RB 3E9FA 1RT2A 3RRGA 3OS2A 2RI5A 4F3TA 2D0BA 3SZ2A 4DMNA 1SL2A 4CHZA 4CJKA 1QSLA 4GVMA 4B8CA 1Q9XA 1VRUA 4KO0A 1OI1A 3JYTA 1HYVA 2JZ2A 4FZYA 2D0CA 2Z1GA 3I0SA 3P8HA 4CEAA 3WNGA 1K6YA 3TAMA 1TV6A 2HQXA 1EKEA 4N4HA 3L8BA 3TARA 1XC9A 1WSIA 4CJLA 1TGOA 3V1RA 3VQDA 5C25A 4BDZA 3M8SA 1RBTA 2RN2A 4I7FA 2O4IA 3PNWC 5KE2A 4AHRA 4KTZA 4C8LA 2DY4A 1SKRA 2BUDA 1D9FA 2OYQA 3JSMA 4NYFA 1CZBA 3OYHA 4B08A 2XY6A 3DM2A 2ZE2A 4BDYA 3WNFA 3SPZA 3VQCA 5C24A 3SV4A 1UAXA 2LRQA 1NJXA 1RT7A 1L3VA 2XY5A 4CF8A 3NE6A 2FBVA 4CFCA 3O4QA 3OYMA 3NTKA 1JXEA 3A2FA 3M8RA 4KTWA 3VA3A 2RKIA 3ZT4A 3DOLA 3MXMA 4BWJA 4DQQA 3SUOA 1S1UA 2RJEA 3WNEA 4II1A 2IG0A 1FKPA 1HNVA 3LPTA 4ZTFA 3FC3A 4FJKA 3KD5E 4CJTA 1BQMA 4AH9A 3OJUA 1WSGA 4MQ3A 4HUEA 1X9WA 3QERA 5KTQA 3BDLA 5CZ1A 4O5BA 4FJXA 2HVIA 1LW0A 1NK8A 3GOXA 1LAVA 4QW2A 3AVAA 3H08A 4DTOA 1NK0A 1ZBUA 5CZ2A 3RMBA 2HHXA 3MECA 3NF8A 4DSIA 2I5JA 3HK2A 3KLGA 4EZ6A 3QKJA 4CEFA 2K3YA 2E6MA 4BE2A 2YNGA 5KH6A 4OPJA 1DTQA 4M3ZA 3I0RA 3HP6A 1B9DA 4O55A 4K8XA 4E7LA 4DLEA 1RCHA 2ZQBA 4DS5A 2OPRA 1YVUA 4FJJA 3PMTA 2HW3A 3M8PA 2IS3A 1NJWA 2HQEA 1SUQA 4CHQA 3TAPA 3HL8A 1IKYA 1ZBIA 1TKTA 4CHNA 1B92A 2RI3A 4KREA 2E4LA 4CJUA 1GOCA 3T1AA 1J9AA 3SQ0A 3CQ8A 1JLFA 4CERA 2JTFA 3V9WA 4CJ4A 4FU6A 4CFAA 1QTMA 4A4FA 4QQDA 1TAQA 5HRPA 1ASUA 4O4GA 1IKVA 5K14A 3KTQA 4KPYA 4HCCA 1WN7A 1HYZA 1YTUA 5KGXA 2Y1IA 4Z02A 1X1PA 4QCLA 4M3YA 3LANA 1WJQA 4DTRA 2B4JA 2DIGA 2BIVA 4FCYA 4FK4A 3S9HA 4IUQA 4AHTA 2QQRA 4M3UA 1RDBA 3NHGA 1RT1A 1U49A 2L89A 4N4GA 3NH0A 1WNSA 2W42A 3LP0A 3OJSA 4FM1A 3AA4A 2EHGA 4HVJA 3S6WA 3VQBA 4FLZA 2HNZA 4ICLA 4ZTJA 3CM6A 3TABA 3TR8A 4OKEA 2HNYA 4JS5A 1RBRA 5C42A 4H8KA 2FBXA 3DLHA 1IKXA 5I3UA 1HMVA 1I3AA 3RMAA 4RW8A 3P1GA 3NNQA 2WONA 3LGFA 3AVBA 2GFUA 1QE1A 1KTQA 4N47A 4IG3A 3META 5I42A 2X4XA 3L42A 3AV9A 3TAFA 2F8SA 1VSEA 4OLBA 2XO7A 4M45A 3HM9A 4B9UA 3AO1A 3DRRA 1RT6A 4UC4A 4B9XA 3K57A 4G1QA 4K8ZA 1JXBA 4EZ9A 3LWMA 3Q1JA 1VSJA 3NGIA 2IAJA 3FDRA 5HBMA 3P5JA 4C5GA 1HQEA 4CESA 2DIQA 4W5OA 4I2PA 5J1EA 1NK6A 2RI2A 1VSLA 4B9LA 3PV8A 1YT3A 3V9UA 4ID5A 2NUBA 1EX4A 3ZSVA 3FLGA 4CJEA 2FBYA 2Z1IA 1VSFA 3KIOA 1FKOA 3L2WA 3AO2A 2EX3A 3O3FA 2YHAA 2KZMA 4BE1A 3U6FA 3TANA 2LSNA 3MEAA 4DWIA 4OLAA 1IKWA 2M16A 1I39A 2HHUA 1VSIA 4KHNA 3V9ZA 4CJ3A 4EP5A 4DTSA 4F3OA 1C0MA 1T8EA 2HHQA 4LD0A 4PQUA 3CM5A 3OYJA 2OPPA 2IC3A 1C1CA 2EQMA 4FXDA 1H3ZA 4B9WA 1X9SA 3ITHA 2M0OA 1S5JA 2YRVA 3V9XA 3SUQA 5IN1A 1L3SA 4CGIA 1RBVA 2HHVA 4IKFA 4B9SA 2QKBA 4OVAA 5HRRA 4W5NA 2YNFA 4M3WA 1CXUA 1TK5A 5HRSA 3CEYA 3OYKA 1NK7A 2XY8A 3QBYA 3OYFA 1ASWA 3S3MA 3TI0A 1SL1A 2EQUA 2MWPA 3KK3A 4BD3A 2VYTA 2XRIA 2JLEA 2KFZA 3C6UA 1ASVA 5SZTA 1CLQA 1L3TA 3QNOA 2HHSA 1BCMA 3O3HA 2LCCA 3V4IA 3MAQA 2QQSA 3PY8A 3DI6A 3B6OA 1ZBHA 1MHNA 3B6PA 3EYZA 4FJLA 4M3XA 3KKSA 3QLHA 1JL2A 4DF4A 1XNIA 2X4YA 3BGRA 1N27A 3CFPA 2QK9A 2HVHA 4J2EA 3AVGA 4DTUA 1BHLA 2GBZA 3T19A 2GUIA 4F2SA 3KUFA 5C0MA 3HJFA 3RRHA 4KRFA 3SNNA 1O1WA 3ZT3A 2P1JA 1JLAA 4O44A 3AA2A 3LP2A 3DLKA 4DFMA 1U4BA 2D0AA 2R7YA 4F2RA 3RMDA 3SV3A 4E7IA 1OZ2A 1BGXT 2DFHA 3HPHA 1X9MA 3DLMA 4GMJB 1KVAA 3MEEA 3TAEA 3K5LA 1RTHA 4W5QA 5FROA 1NJZA 3HT3A 3D45A 1QS4A 4LH5A 3SPYA 2DTUA 2WACA 1EETA 1S9EA 4DF8A 3PMIA 3KK2A 4C8OA 3DYAA 4DQIA 1T03A 3DLGA 2Z1JA 4KI6A 4W5RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ABLH 2MWOA 2XRLA 4LF5K 3RTRA 1NEBA 4L0ZB 2E5KA 3G1OA 3M8QA 1LOTB 4S0HB 2G9WA 2HVQA 2WY8Q 3T8RA 4BACA 1UFFA 4RAGA 5DCMB 1G99A 4C3HJ 4GGGA 2K5LA 4CYCA 4IHTA 1U1TA 4MZPA 2IBDA 3NFAA 3DLBA 3ASMA 1TWFJ 3QINA 1YIJN 1SFEA 1DPUA 1RACB 3MO8A 4BXFA 2E10A 4J9EA 4H0VB 1OZ3A 4BB7A 1MMSA 1K1ZA 4KHUA 1R77A 4FJGA 4LN2A 1EH7A 3SBGA 4CK2A 3CJBA 1DKGD 2ZMEA 4U7BA 2ENMA 3DEUA 2IGKA 3BROA 3CD6I 4AIDA 2UXCK 3BY7A 2A42A 3RMQA 4DEYA 1EP4A 2X78A 3LL3A 1ZLJA 4GLKA 4Q0BA 1VQLI 4G7OF 4JRQA 2BBYA 3RR6A 3NGPA 4XLAA 4KISA 5LJ3h 1G15A 3HSTB 3C6AA 2RREA 1WAFA 5AQQA 4HUFA 1X27A 3CCRT 5IAYA 4IUVA 1D0XA 3NF6A 3CC4I 3OW2A 4J9HA 5J8CA 2OUMA 1XUPO 4BBRJ 3ZQIA 4MLHA 3KK7A 4F91B 4RG2A 5GAOm 1QVGS 4EW0A 2JHJA 5GPAA 3F73A 5AR0A 4N56A 3J7AP 2VGNA 5BPLA 2I10A 3NTHA 2P7VB 2I7NA 4IG0A 4YOQA 3KEYA 4JD2A 1RAGB 2FE3A 2VGMA 2DL4A 5CPRB 3MDQA 3JB9I 3SUNA 2E5QA 4E19A 4PL7A 1U06A 3CMEI 4B1YB 1FEXA 4WF9L 1FOXA 4AFUC 3KJVA 4NS5A 2P0KA 3JS6A 4N5SA 3KZBA 4DTMA 2KQWA 4HF1A 3ULEB 2FNAA 1G3SA 1QVFP 1ITGA 4C1NI 3AO4A 4KIFA 4OO1J 4C0DB 1T05A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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