The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
72
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structure length |
72
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Chain Sequence |
PVNPKPFLKGLVNHRVGVKLKFNSTEYRGTLVSTDNYFNLQLNEAEEFVAGVSHGTLGEIFIRCNNVLYIRE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
U5 snRNA
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| total genus |
8
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| structure length |
72
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| sequence length |
72
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| f | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4M78 B; 1MGQ A; 4RCB A; 4EMH A; 1WPY A; 4XTZ A; 1M5Q 1; 1U1S A; 2DVE A; 5GAM g; 4M75 D; 3JB9 G; 2I2L A; 3GIB A; 3HFN A; 1HK9 A; 2E1H A; 4M75 C; 2K57 A; 1M8V A; 3RKY A; 4WF2 A; 4M77 D; 4PNO A; 4PJO E; 1BIB A; 3QUI A; 4M77 C; 5GAN 6; 3SWN C; 4PJO F; 5GAO p; 2FB7 A; 4JRK A; 4XQ3 A; 1I81 A; 2DZ9 A; 4Y91 A; 4M7A D; 4M7A C; 2HNI A; 3FB9 A; 4QVC A; 3PGG A; 3JCM V; 1I8F A; 1LOJ A; 2Y90 A; 4V2S A; 4M7D A; 2JN0 A; 4M78 G; 5I21 A; 3L2Z A; 2QTX A; 2YLC A; 3JB9 D; 1D3B A; 3BFM A; 5GAM f; 4N0A A; 5GAO l; 4A53 A; 1WNL A; 5GAO n; 4HT8 A; 3JCM h; 4XU3 A; 4C92 G; 5GAM e; 5GAN j; 1JBM A; 1X01 A; 5LJ5 d; 4F7U E; 3QO3 A; 4M75 E; 5GAN h; 3EFR A; 2FYK A; 4EMK A; 3JB9 I; 4F7U F; 4M75 F; 3L1A A; 3AHU A; 4C8Q B; 2EJ9 A; 4M7D B; 3JCM e; 4M78 D; 4M77 E; 5GMK h; 2VXE A; 4M78 C; 3BDU A; 4M77 F; 3JCM g; 5GAN 3; 1D3B B; 4C92 B; 4M7A E; 3RKW A; 4J5Y A; 5GAN g; 3JCM P; 4M7A F; 1B34 A; 1TH7 A; 4PJO A; 5LJ3 d; 5GAN 2; 1JRI A; 4XTW A; 4XTX A; 3JCM c; 2DXT A; 4C92 D; 2DTI A; 3RUX A; 2EJG A; 4J6W A; 4JUV A; 3JCM Q; 3JCM W; 4EMK B; 2ZGW A; 3JCM b; 3FIF A; 2DTH A; 1Y96 A; 4MMK A; 3JB9 F; 5GAN 8; 3FJP A; 4OP0 A; 3QHS A; 4X9D A; 3VU3 C; 1LNX A; 5GMK i; 3SB2 A; 4C8Q G; 4EMG A; 1WQ7 A; 4M7D G; 2DTO A; 2DZC A; 1B34 B; 1LJO A; 3JCM f; 5GAO q; 1H64 1; 5GAO m; 3V7S A; 2EAY A; 4NL3 A; 4PJO B; 3V8K A; 5GAN f; 5LJ5 j; 2YHT A; 4M78 E; 4NL2 A; 4F7U A; 2DXU A; 4M75 A; 5LJ5 h; 5GMK j; 2VXF A; 4M78 F; 4JLI A; 1KQ2 A; 1Y96 B; 4XTV A; 5GAN e; 4C8Q E; 2E10 A; 4M77 A; 2YLB A; 4JRI A; 3SWN A; 5GMK l; 5LJ5 e; 4C8Q D; 4M7D D; 3QSU A; 1KQ1 A; 4MML A; 1U1T A; 2EWN A; 1BIA A; 4C8Q C; 5GMK e; 3HFO A; 5LJ5 g; 5GAM d; 4C92 E; 3INZ A; 4M7A A; 5LJ3 j; 4XU2 A; 1WQW A; 4M7D C; 4C92 F; 3V7R A; 5LJ3 h; 3V8L A; 4QVD A; 4N0A C; 4PJO G; 4C92 C; 5GAN 4; 1I5L A; 4F7U B; 4M75 B; 3V8J A; 1N9R A; 3JB9 H; 3RER A; 5LJ3 e; 1I4K 1; 2CGH A; 3RKX A; 4M77 B; 4XTY A; 4DQ2 A; 3SWN B; 5LJ3 g; 3RIR A; 3JCM X; 4EMK C; 3JB9 J; 4HA8 A; 4M7A B; 3BY7 A; 2DKG A; 2DJZ A; 5CAI A; 3RES A; 2E65 A; 5LJ5 f; 3BW1 A; 4A54 A; 5GAN 5; 2DEQ A; 4PJO D; 4NOY A; 4M78 A; 4PJO C; 3M4G A; 2EJF A; 4M7D E; 5DY9 A; 4F7U G; 4RCC A; 4M75 G; 4C8Q F; 5GAN 7; 4M7D F; 4J6X A; 4C8Q A; 4J6Y A; 2RB6 A; 3JCM J; 3HSB A; 3EFS A; 1HXD A; 4XTU A; 1YCY A; 1N9S A; 2RA2 A; 2VC8 A; 4M77 G; 2RM4 A; 5LJ3 f; 5GMK m; 5GAM j; 4C92 A; 5GAM h; 4X9C A; 4HT9 A; 2RD1 A; 3V7C A; 3JCM d; 4M7A G; 2E64 A; 5GAO r; 4XU0 A; 4XU1 A; 5GAN d; 2E41 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1MGQ A; 2KDS A; 4RCB A; 4PL6 A; 4IKF A; 4J7I A; 1U1S A; 3ME9 A; 2K57 A; 4E7S A; 2RK1 A; 1QMC A; 1I81 A; 2ROL A; 1BI0 A; 5J39 A; 2E3I A; 4L59 A; 1MUZ A; 1QKX A; 4N0A A; 1OEB A; 2RK2 A; 4J9I A; 2DAQ A; 3AT1 B; 4GBQ A; 3EFR A; 1K76 A; 3JB9 I; 2JM9 A; 1QWE A; 3P8D A; 3CCE Q; 3QYG B; 4M77 E; 3VS1 A; 5HK0 A; 4C92 B; 2FO0 A; 4ANJ A; 3CD6 Q; 1SF9 A; 2QQ9 A; 4EMK B; 1M2V A; 4J9C A; 3IQL A; 1T3S A; 2KRS A; 4C8Q G; 4LN2 A; 3NTH A; 1K9A A; 3JCM f; 2LNV A; 2DX1 A; 2EKH A; 4N4G A; 3FEO A; 4F7U A; 8AT1 B; 1KD1 C; 2D0Q B; 1AZE A; 4PLI A; 4FW2 A; 3OYB A; 1SG5 A; 3SWN A; 3PTA A; 1K8A C; 2EWN A; 1WQW A; 3V7R A; 2OTJ Q; 1FMK A; 1I5L A; 2E70 A; 1K73 C; 2WAC A; 1N9R A; 4EPC A; 2LJ1 A; 2RHI A; 3D7S B; 3QJ6 A; 1VQN Q; 3RKX A; 1DJ7 B; 5LJ3 g; 1GBQ A; 2L3R A; 1NJI U; 2DKG A; 1VYU A; 5I2M A; 3R6O A; 2FPD A; 4AT1 B; 2DEQ A; 4C5G A; 1E7O A; 2MAM A; 3CCS T; 1SRL A; 3EFO B; 4C8Q A; 2RHY A; 5ECA A; 1S1N A; 1IGU A; 2YT6 A; 1TUG B; 3BE3 A; 1BU1 A; 1RL2 A; 1R8O B; 1R0C B; 2NUP A; 1Q86 R; 2K3B A; 4CRI A; 2X4X A; 4M75 C; 2ATC B; 2RHX A; 4A63 B; 2YUN A; 1Z9Q A; 4M7A D; 2DF6 A; 4RTT A; 2GCX A; 1UGP B; 2DL3 A; 3QWY A; 1EZZ B; 1LOJ A; 1UG1 A; 2JN0 A; 2HBW A; 3MHX A; 4JLG A; 5CKF A; 2YRD A; 2MYS A; 2R57 A; 4FT4 A; 5GAN h; 2DXC A; 2GQV A; 4M7D B; 1M9S A; 2PUK B; 2EQK A; 5IXB A; 2ZPG B; 2Y4X A; 4KGZ B; 3RKW A; 2HKN A; 3OYY A; 1XOV A; 2J6K A; 2QG9 B; 5LJ3 d; 5GAN 2; 2MIO A; 3CEY A; 4LE9 A; 1IRE B; 1PM3 A; 1M8M A; 5KH6 A; 2HQH A; 3FJP A; 3QHS A; 5KYX B; 4PK4 A; 1KSW A; 1KD1 U; 2DTO A; 2ZAE A; 1K8A U; 2COZ A; 4LDY A; 2PVG B; 1A0N B; 2DXU A; 2QEX Q; 2EVR A; 4OB1 B; 5FRN A; 1N8R R; 3PNW C; 1W4S A; 4IUT A; 5LJ5 e; 2JS0 A; 1KQ1 A; 1Q82 C; 1S72 Q; 1PD1 A; 1JJ2 P; 1NM7 A; 3LYI A; 4DEY A; 2M02 A; 1WHK A; 4N0A C; 2E12 A; 3PVQ A; 2JTF A; 1RAD B; 1JXM A; 1RAI B; 3JCM X; 4BUG A; 3ZBD A; 1Z9Z A; 4DA4 A; 1VQ9 A; 2RNA A; 4DEX A; 3MCA B; 4OGC A; 1YJW A; 2JNG A; 2NYS A; 2KR3 A; 1QCN A; 5LJ3 f; 2DBM A; 1VQO A; 4M7A G; 4HVU A; 4RTU A; 4HKE A; 3M55 A; 4LD9 K; 1Q86 C; 1GRI A; 3G4S Q; 2RI5 A; 4FYY B; 3U23 A; 3OQ5 A; 1B3Q A; 5KYY B; 1TWB A; 1VQ8 Q; 1UHC A; 1VQ5 T; 2O4X A; 3CQT A; 1BIB A; 3QUI A; 3SWN C; 2FPE A; 4RTV A; 2BZX A; 3G71 A; 3NPF A; 4BB7 A; 2MCN A; 1XQH A; 2LQ8 A; 2VVK A; 3CCU Q; 2RJF A; 1N6A A; 2YDL A; 3CBM A; 2P84 A; 1JBM A; 1X01 A; 3N5B B; 1IHV A; 1YJ9 T; 4M75 F; 2ZCF B; 3CC4 Q; 5GAN g; 2DK3 A; 2QXF A; 2KNB B; 3OBY A; 4J6W A; 3TVT A; 2X4W A; 4MMK A; 3PMI A; 1K9M R; 2DJQ A; 2G6F X; 1GL5 A; 4QQ6 A; 2QGG A; 4AMC A; 1YIJ T; 2CDT A; 1EFN A; 1PG5 B; 5GAO q; 2LQN A; 3UA7 A; 1Q82 U; 1WXT A; 3HKS A; 3CC2 T; 2VXF A; 2YRC A; 4DBR A; 1GCQ A; 1X69 A; 4M77 A; 3CCQ A; 3CCM T; 1OOT A; 2DIL A; 4J83 A; 4C92 E; 2WSF E; 1M90 R; 2VKN A; 4F04 B; 1AOJ A; 2AKK A; 4CC2 A; 1KG1 A; 2JMC A; 2OTL T; 2ABL A; 4J9H A; 3CCV T; 2DEU A; 2L5Q A; 1JU5 C; 5L8R E; 5HY6 A; 1MMN A; 2CP0 A; 2BZ8 A; 2EGA A; 3M0Q A; 4NOY A; 4CC7 A; 3M4G A; 1RAE B; 3JCM J; 2CSQ A; 2AT1 B; 2DO3 A; 2D0N A; 2RM4 A; 3QXE B; 4MDW A; 2IIM A; 2RD1 A; 2MWP A; 2CP2 A; 3MPU B; 3A8O B; 4R56 A; 5GAN d; 4M78 B; 1AEY A; 2M1H A; 1PSF A; 2CZ1 B; 2RO0 A; 2NWM A; 3L2W A; 1PNJ A; 1YHQ Q; 2KXD A; 1W70 A; 4WF2 A; 5I11 A; 1F1B B; 4HVW A; 4D8K A; 4PJO E; 3HHT B; 1K0X A; 2EKO A; 1Y57 A; 3TQ7 P; 3LWI A; 2HSP A; 2LMJ A; 2P0P A; 2E3H A; 2CS7 A; 1ACM B; 3HTR A; 3GOX A; 3CCR T; 2DBK A; 2QQR A; 1TG0 A; 3NTK A; 4F7U F; 3OS1 A; 3G1J A; 2HL5 C; 5I22 A; 4J5Y A; 1FX7 A; 1PWT A; 2FZC B; 4XTW A; 1M1K R; 4BDZ A; 4C0D C; 3M53 A; 4ZN1 A; 4XK8 E; 4QKU A; 2OJ2 A; 1RAH B; 3CCS Q; 5GMK i; 1LNX A; 1BCM A; 3SB2 A; 4OB3 B; 2CT4 A; 1JQQ A; 4O5V A; 4E7Z A; 4NL3 A; 1PRL C; 3EGU A; 1H64 1; 1M3B A; 1LCK A; 4DBH A; 5GAN f; 3OYL A; 2WSE E; 3JSC A; 2YHT A; 3EGX A; 2J05 A; 1RI9 A; 3NHN A; 1KC8 R; 1D1A A; 2HD0 A; 2JXB A; 1VQ6 A; 4Z8A A; 2LJ0 A; 2B86 A; 4X34 A; 3EGD B; 2X4Y A; 5KCH A; 1W2B S; 3OYK A; 1NLP C; 1UGV A; 4PJN A; 2KSS A; 1I07 A; 1ZSZ C; 3QG1 A; 3EG2 A; 1IXD A; 1PC0 A; 2ENM A; 5A2Q E; 3HPW A; 1Q7Y R; 3BW1 A; 5GAN 5; 3OYC A; 2I0N A; 1NPR A; 2PUO B; 3EG3 A; 1MMD A; 2SRC A; 5FWB A; 4RCC A; 3CPW A; 3LH0 A; 4J6X A; 4B6M A; 1YCY A; 4HCZ A; 1X43 A; 1VQL A; 1YJN T; 2LVM A; 5KYW A; 2D8H A; 1M8V A; 4J9E A; 3QDR B; 4BY6 B; 1NYF A; 1GCQ C; 3OBW A; 4M77 C; 4C0Z A; 4KH0 B; 2FZK B; 3HRS A; 1I8F A; 5FRO A; 1MMA A; 2EQU A; 4WTO B; 1TSF A; 5IAY A; 3S3N A; 8ATC B; 1D3B A; 5GAO l; 4J9G A; 3ER0 A; 3X28 B; 1WNL A; 3UAT A; 2L3Q A; 2D1X A; 2L3S A; 3AHU A; 4JZ4 A; 2OAW A; 3S3M A; 4IIO A; 3MEV A; 1QVG A; 4IIM A; 2XU8 A; 2RF0 A; 2CT3 A; 1YIT Q; 3H8Z A; 4PLL A; 4F14 A; 2EYZ A; 4YTL A; 5KE2 A; 3I56 A; 1G3W A; 3JCM W; 3KXT A; 3REB B; 4X9D A; 2XDD A; 3DLM A; 4E6R A; 4C0F A; 3L2V A; 3QBY A; 3OYF A; 5GAO m; 2CP5 A; 2EAY A; 1WJS A; 5FU7 C; 3QDF A; 2K79 A; 3E1S A; 5DLQ E; 1LVK A; 1Y96 B; 2EYY A; 3T9N A; 4FCY A; 2CZ0 B; 3OYG A; 4JRI A; 4J8O A; 1KQS P; 1KC8 C; 4M7D D; 1UUE A; 5IHK A; 1VQK A; 2PNI A; 2QGF B; 4WCI A; 3MET A; 1VQ5 Q; 2K5F A; 1HYO A; 1ZQ1 A; 3P8H A; 1VQ9 T; 6AT1 B; 1VQM A; 1YJW T; 2F2X A; 4PJM A; 1B7T A; 2OAU A; 2PVO B; 5IHN A; 1Y0M A; 1CKA A; 4E7K A; 1YJ9 Q; 5CIU A; 1VQP A; 1RI0 A; 2HQE A; 1SSH A; 3EFS A; 1QVG S; 2BE9 B; 4C92 A; 4AFS C; 5CK9 A; 1RAA B; 2EYX A; 3CCJ A; 1ZSG A; 1AWJ A; 4Y28 E; 3GLX A; 3RR6 A; 2KYM A; 2LCC A; 1ABO A; 3G71 T; 4QT7 A; 1UE9 A; 3HL8 A; 2DD5 A; 4ZNX A; 1YIJ Q; 3VS6 A; 1UEC A; 2LT1 A; 5CQX A; 2KY9 A; 4JRK A; 4Y91 A; 3OS0 A; 3CC7 A; 2K9G A; 1WI7 A; 2FZG B; 4JS4 A; 2JZ2 A; 3EG1 A; 4XAX B; 2YLC A; 2YXY A; 2ZPH B; 1UB4 A; 3G7Z A; 1JJ2 A; 1UDL A; 3CCM Q; 3VUB A; 1ZHI A; 2XIC A; 1WLP B; 2EQM A; 2EQJ A; 2QI2 A; 2R58 A; 4M77 F; 3PMT A; 4M7A E; 2CKK A; 3JCM P; 4Z89 A; 1B34 A; 4L6V 5; 4PJO A; 2OTL Q; 3CCV Q; 3G6E A; 2JM8 A; 2QA4 Q; 2XK0 A; 1XJW B; 2LC4 A; 3S6W A; 2DTH A; 4FSS A; 2EPD A; 1OX9 A; 1QCO A; 4M7D G; 3CXC A; 3CMA T; 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1M2V B; 3X20 B; 2PQW A; 5FRM A; 1YJN Q; 2P0Q A; 4B9W A; 4J7F A; 1BK2 A; 1GFC A; 1CKB A; 1MV0 B; 2P0K A; 2RN8 A; 1YFN A; 4FSX A; 5AT1 B; 1TOV A; 2JUF A; 4F7U B; 1O75 A; 3UT1 A; 3H0I A; 4ZGD B; 4OF1 A; 3MJX A; 3SWN B; 3VYH B; 2QEX A; 2NUZ A; 2KK4 A; 1W6X A; 1K73 U; 1S72 A; 4PJO C; 3OS5 A; 5GJV B; 3J81 E; 4MZP A; 3H0H A; 4FL6 A; 2DRM A; 2DRK A; 3CCL Q; 5D7U A; 2YUO A; 2E64 A; 1VQ7 Q; 4NS5 A; 1GFD A; 1IRX A; 2KRM A; 1QQJ A; 2P4R A; 1N27 A; 1H8K A; 3JB9 G; 2DER A; 4JS5 A; 1WHG A; 3QWX X; 1G3Y A; 3TRE A; 3VS2 A; 2OX7 A; 2NUP B; 1WXB A; 2A3L A; 1AWO A; 4M78 G; 4KBM B; 4Q5W A; 3M0R A; 4DBF A; 3CXC P; 1ZUK A; 3G4S A; 2K4Y A; 2RI2 A; 1QW1 A; 3GNG A; 1OV3 A; 5GAM e; 3M56 A; 1H92 A; 3VS5 A; 1VQ8 A; 4OB2 B; 3SFM A; 2E5Q A; 3I56 T; 2ESW A; 1R77 A; 2KVQ G; 2LCL A; 3QZ9 B; 1X6G A; 4PFO A; 2XKO C; 3L2Q A; 1SHF A; 1WHH A; 5IHI A; 2KBT A; 2JOY A; 4FW1 A; 2RQR A; 2O9S A; 1J3T A; 5CR2 A; 3CME Q; 2CP7 A; 3CC4 A; 1KIK A; 4NL2 A; 3L2U A; 2LRQ A; 2IG0 A; 2YLB A; 2M0Y A; 2CP3 A; 2XDP A; 3ZEH A; 4C8Q C; 4M7A A; 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